复检核酸阳性的新型冠状病毒感染者分布及传染性特征分析

  目的  分析四川省成都市新型冠状病毒肺炎（新冠肺炎）复检阳性病例的流行病学及临床特征,为新冠肺炎疫情防控提供参考依据。  方法  截至2021年6月15日,回顾性地收集成都市147例新冠肺炎复检阳性病例资料,描述病例复检阳性前后的流行病学特征及临床特征差异。  结果  成都市共计有147例复检阳性病例,复检阳性170人次,复检阳性率为15.05 %（147/977）。采集440份标本进行检测,不同标本类型的阳性率无明显差异（P > 0.05）。复检阳性病例中,12例胸部影像学表现为进展性病变;12例有临床症状;采集180份病例住所环境样品进行检测,有2份物表涂抹样阳性,但其48名密切接触者均未发病。病例从出院至复检阳性的平均间隔为16.95 d,复检阳性病例的平均排毒期为56.58 d。复检阳性前后病例的住院时间、淋巴细胞数、D – 二聚体、血清铁蛋白、肌酸激酶同工酶有明显差异（P < 0.05）。  结论  新冠肺炎病例可出现多次复检阳性,且新冠病毒可在人体多个样本中检出,可同时采集多个标本进行检测有助于避免漏诊。     

四川省成都市境外输入新型冠状病毒肺炎病例流行病学特征分析

目的 分析四川省成都市境外输入新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例的流行病学特征,为科学开展疫情防控提供依据.方法 收集截至2020年11月30日成都市入境航班及境外输入病例相关信息,采用Epidata Manager、WPS 2019和R 4.0.3软件进行数据管理和统计分析.结果 截至2020年11月30日,成...     

新型冠状病毒肺炎聚集性疫情流行病学调查技术指南(试行第一版)

  目的   分析新冠肺炎聚集性疫情流行病学及病毒基因序列特征,探讨可能影响聚集性疫情发生发展的危险因素。  方法  对四川省成都市2020年1 — 2月新冠肺炎聚集性疫情特征进行流行病学分析。用实时荧光RT-PCR方法检测标本中的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）核酸,用NGS测序技术测定病原基因序列,分析病毒基因型别和变异特征。  结果  成都市2020年1 — 2月共发生24起聚集性疫情,共75例病例。发生在农村的每起疫情病例数多于城镇。79.17 %（19/24）的首发病例具有成都以外旅居史,病毒传播类型主要为家庭传播（22/24）。发病后未就医、及时就医和作为密接隔离的病例其发病到核酸检测阳性的平均间隔时间依次缩短,分别为7.67、5.54和2.05 d（P < 0.0001）。包含无自觉症状患者的疫情病例数（平均4.25例）多于不包含无自觉症状患者的疫情（平均2.56例）（P < 0.05）。首发病例标本的病毒核酸检测ORF1ab基因Ct值 < 续发病例（P < 0.05）。病毒基因型主要为B.1.1、B和A型。突变位点集中在ORF1ab区,刺突糖蛋白区（S）,核衣壳蛋白区（N）3个区域,突变集中的基因区域在各起疫情间无显著差异。  结论  城乡差异,人员流动性,家庭聚集,不及时就医是聚集性疫情发生的危险因素,潜伏期病例和无症状感染者对疫情规模有重要影响。在疫情研判时,须结合流行病学和病毒基因序列特征分析,有助于阐明聚集性疫情的源头和传播特征。     

接种灭活疫苗后的境外输入性新冠肺炎患者临床特征

  目的  了解新冠病毒疫苗突破感染者感染特征及其预后情况,为新冠肺炎疫情防控提供参考。  方法  选择 2020年12月10日 — 2021年7月7日由成都市入境的38例中国籍新型冠状病毒（新冠病毒）感染者为研究对象,将其中14例有国产新冠病毒灭活疫苗接种史且基因分型明确的感染者作为疫苗突破感染组,将其中24例无新冠病毒疫苗接种史的感染者作为自然感染组,比较2组感染者确诊时核酸Ct值,IgM、IgG以及总抗体滴度等感染特征,入院时首次淋巴细胞计数,CD3⁺、CD4⁺、CD8⁺计数等临床指标及核酸转阴时间、住院时长等预后情况方面差异。  结果   确诊时,疫苗突破感染组感染者新冠病毒核酸N基因Ct值（26.8 ± 4.1）、ORF1ab基因Ct值（29.4 ± 4.5）均明显高于自然感染组（22.4 ± 7.4）、（24.8 ± 6.9）（t = 2.376、2.228,均P < 0.05）,IgM、IgG、总抗体滴度P₅₀（P₂₅,P₇₅）分别为0.9（0.3,11.6）、4.5（1.7,7.6）、31.9（4.6,916.4）,也均明显高于自然感染组0.040（0.027,0.096）、0.006（0.003,0.052）、0.015（0.010,0.038）（均P < 0.05）。疫苗突破感染组入院时首次淋巴细胞计数,CD3⁺CD4⁺计数、CD3⁺CD8⁺计数、CD3⁺计数等指标均明显高于自然感染组（均P < 0.05）;嗜酸性细胞数、中性粒细胞百分比均低于自然感染组（均P < 0.05）。2组感染者从确诊时核酸阳性至核酸转阴间隔时间及住院时长差异均无统计学意义（t = 1.106、1.889,均P > 0.05）,但疫苗突破感染组住院时长 < 20 d的比例明显高于自然感染组（P < 0.05）。  结论   接种新冠病毒疫苗有助于降低疫苗突破感染者体内的病毒载量,可增强感染者机体T细胞免疫反应,对感染者预后产生积极影响。     

2014-2019年成都地区诺如病毒聚集性疫情时空分布特征分析

  目的  应用地理信息系统（GIS）对成都地区诺如病毒聚集性疫情进行时空分布特征分析,为诺如病毒疫情防控提供依据。  方法  以成都地区2014 — 2019年聚集性疫情病例资料建立数据库,利用GIS软件与成都地区矢量地图关联,应用集中度法与圆形分布法分析疫情时间聚集性,Moran’s Ⅰ 法分析空间自相关。  结果  成都地区诺如病毒聚集性疫情M值为0.3927872,具有一定时间聚集性,冬季高于其他季节,夏季最低;不同型别的平均发病日与发病高峰期不同,时间集中于11月至次年3月。 空间分布呈现中心城区高于郊区特点,不同季节“热点”与“冷点”区域不同。  结论  成都地区诺如病毒聚集性疫情时空聚集性显著,应关注重点区域开展防控。     

肠道病毒71型温度适应性进化对毒株毒力的影响研究

目的 研究EV71病毒温度适应性进化过程中的毒力变异,为相关手足口病的防控提供参考。方法 以EV71姊妹株（谱系#100、#101）亲代株、各温度适应株分别感染Vero细胞,进行噬斑实验验证、CCK-8细胞毒性实验、Vero细胞感染后宿主蛋白质组学研究,确认表型差异、比较不同毒株细胞抑制率,质谱检测并分析宿主细胞差异表达蛋白的功能。结果 确认Vero细胞感染热适应株（谱系#101）后发生噬斑变异;各温度适应株细胞抑制率较亲代株均有增长,但增幅不同。聚类分析与主成分分析显示,Vero细胞感染后宿主蛋白质组表达热适应株与亲代株、冷适应株与常温适应株分别具有相似性,组间差异表达蛋白500种（上调蛋白239种,下调蛋白261种）;其中上调蛋白功能与转录后蛋白修饰等功能有关,下调蛋白则与SRP依赖性共翻译蛋白的膜定位/易位、逆蛋白转运有关。结论 EV71病毒在温度适应性进化中可能伴随毒力变异,其作用机制有待进一步研究。     

变异新冠病毒对口岸疫情防控影响的快速风险评估

  目的  通过流行病学调查和基因测序,对四川省成都市一起新冠病毒（SARS-CoV-2）疫苗接种点疑似感染者核酸检测阳性样本进行基因溯源,为SARS-CoV-2疫苗接种点防控工作提供建议。  方法  对2021年2月24日四川省成都市A区B医疗机构报告的1例SARS-CoV-2疫苗接种点疑似感染者进行流行病学调查,对该患者及其密切接触者、所处环境、B医疗机构环境、医务人员的工作服进行样本采集及实验室核酸检测,并对阳性样本进行二代基因测序及溯源分析。  结果  2021年2月23日该患者因咳嗽、喉痒、流涕症状就诊于B医疗机构（疫情期间承担SARS-CoV-2疫苗接种和样本采集工作）并于当日进行SARS-CoV-2核酸采样,结果呈阳性。流行病学调查结果显示,该患者及其密切接触者14 d内均无境外旅居史、无新冠肺炎（COVID-19）确诊/疑似患者接触史和SARS-CoV-2暴露史,其亦无SARS-CoV-2疫苗接种史;该患者SARS-CoV-2核酸检测阳性样本与B医疗机构接种点的SARS-CoV-2疫苗样本序列同源性高达99.99 %,Pangolin分型同属B型。  结论  该疑似感染者不符合新冠肺炎确诊病例或无症状感染者相关国家诊断标准,其SARS-CoV-2核酸检测阳性样本可能为B医疗机构疫苗接种点工作人员携带或穿着已被SARS-CoV-2疫苗污染的物品或防护服等进行核酸采样时所致。因此,建议基层医疗机构将新冠病毒疫苗接种和样本采集人员分岗工作,严格遵守接种规范和操作规程,避免因疫苗污染所致的假阳性样本。     

一起医疗机构环境新型冠状病毒核酸阳性事件溯源调查分析

目的  针对成都市一起医疗机构环境SARS-CoV-2核酸检测阳性事件,开展溯源调查并分析发生原因,探讨医疗机构环境SARS-CoV-2核酸监测模式及异常处置方案。方法  成都市和双流区疾病预防控制中心联合开展针对A医疗机构的调查,通过对A医疗机构相关影响因素进行流行病学调查,并采用SARS-CoV-2核酸检测试剂盒进行检测、开展二代测序检测溯源。结果  2021年1月18日―2021年1月20日A医疗机构采集环境标本62份,检出SARS-CoV-2核酸阳性标本30份(48.39%,30/62)。30份阳性标本根据采样地点分为公卫楼(9份)和综合楼(21份),公卫楼标本的ORF1ab基因Ct值低于综合楼,差异有统计学意义(t=2.452, P=0.036);根据标本性质分为外环境涂抹样(24份)和清洁工具涂抹样(6份),外环境涂抹样的N基因Ct值低于清洁工具涂抹样,差异有统计学意义(Z=-2.204, P=0.028)。经基因测序分析,本次检出的SARS-CoV-2核酸阳性环境标本序列与SARS-CoV-2疫苗高度同源(＞99.9%)。结论  本次A医疗机构的SARS-CoV-2核酸环境阳性是由于SARS-CoV-2疫苗接种过程中疫苗安瓿瓶破损,导致公卫楼接种室被污染,再经由清洁工人通过清洁工具扩散至发热门诊及综合楼等院内环境。随着SARS-CoV-2疫苗接种工作推进,医疗机构接种区域疫苗液环境污染发生概率大,因此需细化具体实施方案,科学有序开展疫苗接种,减少社会影响。     

厦门市实施“14+7隔离”与“核酸+总抗体筛查”策略对发现境外输入性新型冠状病毒感染者的作用分析

目的:评估厦门市实施入境人员“14+7隔离”与“核酸+总抗体筛查”策略（联合筛查策略）对发现境外输入性新型冠状病毒（新冠病毒）感染者的作用。方法:研究对象为2020年3月17日至12月31日厦门市入境人员、7月18日至12月31日外地隔离不足21 d的入境人员。收集和分析实施联合筛查策略后的境外输入性新型冠状病毒感染者...     

新型冠状病毒疫苗接种对成都市境外输入病例流行病学及临床特征的影响分析

目的:分析新型冠状病毒（新冠病毒）疫苗接种对成都市境外输入病例流行病学及临床特征的影响,为新型冠状病毒肺炎疫情防控提供参考依据。方法:截至2021年4月15日,经成都市入境的新冠病毒感染病例,根据新冠病毒疫苗接种史被分为疫苗接种组和疫苗未接种组。回顾性收集和分析病例的流行病学及临床特征资料。实验室检测项目包括新冠病毒核...