新型MGB探针特异性检测变形链球菌

目的:设计一种新型TaqManMGB探针,利用实时荧光定量PCR检测变形链球菌,提高PCR法检测变形链球菌的特异性,减少检测的假阳性。方法:提取6种不同链球属细菌的DNA,分别进行巢式PCR和TaqManMGB实时荧光定量PCR,比较两种PCR方法检测变形链球菌的特异性。巢式PCR第1轮扩增的引物是细菌16S rRNA基因通用引物,第2轮扩增使用变形链球菌16S rRNA基因可变区序列的特异性引物。TaqManMGB实时荧光定量PCR的引物与第2轮巢式PCR特异性引物相同,设计的MGB探针序列与变形链球菌16S rRNA基因中特异性序列相匹配,不与其他细菌的基因序列匹配。将变形链球菌标准株的DNA样本从2.5 mg/L至0.16μg/L按5倍梯度稀释,制备出实时荧光定量PCR的标准曲线。结果:变形链球菌和格氏链球菌在巢式PCR中均扩增出282 bp的DNA片段,出现假阳性结果。TaqManMGB实时荧光定量PCR能定量检出变形链球菌标准株和临床株,不检出其他链球菌,比巢式PCR特异性更好。TaqManMGB实时荧光定量PCR对变形链球菌DNA的最低检出浓度为20μg/L。结论:本研究设计出一种针对变形链球菌的TaqManMGB探针,建立利用TaqManMGB实时荧光定量PCR特异性检测口腔中变形链球菌的方法。     

ACACB基因rs2268388多态性检测的实验条件

［摘要］目的　建立一种快速、准确、特异的定量检测ACACB基因rs2268388多态性的方法．方法　针对ACACB基因序列设计引物和Taqman探针,探索实时荧光定量PCR技术检测ACACB基因rs2268388多态性的最佳条件,设立不同浓度,并检测其灵敏度和特异性．结果　 PCR反应预变性时间为10 min,退火、延伸时间为1 min时扩增产物效果理想． Taqman实时荧光定量PCR探针及引物浓度 0.5 μL （ 0.2 μM）,TaqMan Genotyping Master Mix 5 μL ,dH2O 2.5 μL总体系为10 μL时扩增产物效果理想并节约了实验费用,检测特异性良好．结论　优化Taqman探针法的实验条件能够灵敏、特异、稳定地对ACACB基因rs2268388多态性进行定量检测,并有效节约了实验成本.     

DNA条形码技术用于肉制品基因鉴定

【目的】 针对当今社会越来越严重的假肉事件,建立一种快速、特异性强的基因鉴定方法,实现对猪、牛、羊、马、鸡、犬、鼠等常见肉类和加工熟食肉制品的鉴定。 【方法】 利用DNA条形码原理,用Genedoc软件多序列比对猪、牛、羊、马、鸡、犬以及鼠等常见肉源动物线粒体基因,寻找能够特异性区分各物种和亚种的基因片段。针对DNA序列,利用Primer Premier 6.0设计特异性引物,考虑到加工的熟肉制品DNA存在降解,引物设计时PCR产物大小限定在350 bp以下。随机混合2~3种肉类DNA,采用多重PCR方法扩增,检测引物的特异性。利用PCR方法,稀释DNA模板以10、1、0.1、0.01 ng进行PCR扩增,检测PCR的灵敏度。在羊肉中按10%、5%、1%比例混入猪肉,取100 mg混合肉,提取DNA并用猪肉引物进行PCR扩增,评价样品检测的灵敏度。以熟肉包、泡椒凤爪、香肠、牛肉粒、鸡肉派等深加工肉为原料,检测上述PCR方法的适用性。 【结果】 通过序列比对,选择线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)作为受检基因, COⅠ基因1 680~1 710 bp区域有极高的物种特异性,例如水牛和奶牛、山羊和绵羊在该DNA区域的差异碱基有5~7个。以该区域为PCR下游引物,分别针对每个物种设定上游引物,建立了七种动物源性成分的DNA条形码。DNA条形码区域为COⅠ基因1 200~1 710bp的序列,其中猪、水牛、山羊、马、鸡、犬、鼠7种动物的PCR产物大小分别为103、313、157、120、251、119和128 bp。对于大小接近的PCR产物,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳方法检测。结果表明利用COⅠ基因,通过混合模板、混合引物进行交叉PCR,均能特异性检测相应肉类。DNA模板的灵敏度可达0.01 ng,肉制品中1%的假肉(猪肉,1 mg)可被检出,熟肉的基因鉴定也是阳性。 【结论】 利用COⅠ基因1 200~1 710 bp区域,可以较好的区分不同肉类物种。该PCR方法特异性强、灵敏度高,所需检材微量,方法不受添加剂和高温加工等干扰,快捷准确,可作为肉制品中动物源性成分的鉴定方法进行推广。     

人细小病毒B19实验诊断技术研究

目的建立一种快速、准确、特异和定量检测人细小病毒B19的实验检测方法。方法以B19病毒NS1基因为靶序列,设计并合成引物和Taqman探针,优化引物与探针比例,调整镁离子浓度,建立对细小病毒B19进行荧光定量检测的实验方法。同时利用荧光定量PCR技术检测本院收集的490例孕妇血清。结果引物与Taqman探针比例为1∶4,镁离子浓度为2.5mmol/L时,反应的本底最低,荧光信号最强。该方法的灵敏度为1.0×101拷贝,有较好的特异性和重复性。检测的490例临床孕妇血清标本,人细小病毒B19DNA阳性为44例,感染率为8.9%(44/490)。结论使用Taqman探针技术的荧光定量聚合酶链反应,能够准确快速定量检测血清中的人细小病毒B19。     

基于PCR指纹技术鹿鞭鉴定方法的建立及检测试剂盒的研制

目的 建立鹿鞭及其伪品指纹鉴定方法,开发鹿鞭DNA检测试剂盒.方法 采用改良的SDS方法从鹿鞭及牛鞭基因组中提取DNA.以鹿鞭线粒体细胞色素b作为靶基因,设计鹿鞭特异性引物,利用现代DNA指纹技术,研制了鹿鞭DNA提取和检测试剂,建立鹿鞭指纹鉴定方法,开发出鹿鞭DNA检测试剂盒.结果利用PCR指纹技术提取的鹿鞭基因组DNA为21000 bp,纯度为1.80±0.10之间;应用特异性引物可准确鉴别鹿鞭及牛鞭样品,鹿鞭特异性扩增产物DNA分子片段为307 bp,而牛鞭及阴性对照无扩增条带;自主研发鹿鞭DNA检测试剂盒经反复冻融依然有效,多次进行特异性、稳定性和重现性试验,结果完全一致.结论 鹿鞭DNA检测试剂盒可作为鹿鞭鉴定的有效方法,该方法客观、准确、方便,可有效区分鹿鞭及其伪品.     

Taqman荧光探针技术检测结核分枝杆菌

目的：比较Taqman荧光探针技术与常规PCR电泳技术检测结核分枝杆菌的灵敏度及特异性，评价Taqman荧光探针技术（Taqman技术）检测临床标本中结菌的应用价值。方法：应用细菌培养法，常规PCR电泳技术与Taqman技术检测300份临床结核病患者痰标本及50份非结核呼吸系统疾病患者痰标本。结果：细菌培养法检测结核阳性率为112/300；常规PCR电泳技术检测结核菌阳性率为169/300，特异性96%；Taqman荧光探针技术检测结核菌阳性率为141/300，特异性100％。结论：Taqman荧光探针技术是一种全新的PCR分子杂交模式，集PCR扩增、荧光探针杂交、荧光检测一体化，在单一管内完成，简便、快速、防污染、敏感性高、特异性强，是结核病辅助诊断的有效方法。     

荧光定量PCR检测细胞代谢综合征相关基因表达的优化

目的优化MRSG mRNA表达的Taqman荧光定量PCR检测反应体系并进行系统评价。方法设计荧光PCR适用的引物和探针,从模板、引物、探针、镁离子浓度等方面优化荧光定量PCR检测反应体系,评价优化系统的特异性和稳定性。结果确定系统的模板取样量为2μl,引物浓度为0.4μmol/L,探针浓度为0.2μmol/L,Mg~（2＋）浓度为4mM,建立了稳定的MRSG mRNA表达的Taqman荧光PCR检测方法。结论优化后的MRSG mRNA荧光PCR检测方法特异性和稳定性较好。     

人源化小鼠人源细胞检测方法

目的人源化小鼠在人类疾病与再生医学研究中具有广泛应用,为获得一种理想的人源化小鼠检测方法,研究人特异性线粒体序列扩增作为人源化动物模型中人类DNA检测方法的可行性。方法设计人线粒体DNA特异性引物,并用该引物对人脐血造血干细胞嵌合体小鼠进行了检测。结果在人源化动物模型的人类DNA检测中,这种人线粒体DNA的PCR检测方法能够达到理想的特异性与灵敏性,是一种理想的嵌合体小鼠检测方法。结论获得了一种理想的人源化小鼠人源细胞检测方法。     

人类mdr1基因新型Taq Man-MGB探针实时定量PCR检测方法的建立

目的建立一种比现有方法敏感、特异性高、重复性好的实时荧光定量PCR检测的新方法检测人类mdr1基因。方法以含有目的基因mdr1cDNA的质粒pHaMDR1/A为阳性模板,用Primerexpress2.0引物设计软件设计引物和TaqMan-MGB探针,建立荧光定量PCR检测方法。结果当待扩增DNA浓度在3.601×103cps/ml～3.601×109cps/ml范围时,模板浓度与循环阈值(Ct)之间的相关性良好,相关系数r2大于0.98。结论应用TaqMan-MGB探针的实时荧光定量PCR方法检测人类mdr1基因,具有灵敏度高、特异性高和精确度高等优点,可作为进一步研究人类mdr1基因的方法。     

基于双重PCR技术的鹿茸及其伪品DNA指纹特征和鉴定

目的：分析鹿茸线粒体细胞色素b （Cytb）和细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因特异性,建立双重PCR技术鉴别鹿茸真伪的分子指纹特征。方法：利用碱变性法提取梅花鹿茸、马鹿茸、驯鹿茸和新西兰鹿茸的基因组DNA,应用引物设计软件Premier 5.0针对Cytb和COⅠ分别设计特异性引物（分别为Cytb1、2和COⅠ1、2、3）,采用单一及双重引物分别进行PCR扩增,筛选特异性强的引物,确定最佳PCR反应条件。结果：采用碱变性法提取的鹿茸基因组DNA片段长度为23 000bp,DNA纯度即A （260）/A （280）为1.80±0.02;应用单一引物进行PCR扩增无法鉴定鹿茸的真伪,而引物Cytb 1和COⅠ1组合后,解链温度为58℃时,梅花鹿茸（吉林、安徽）、马鹿茸均能扩增出395和525bp大小的2个片段,而驯鹿茸和新西兰鹿茸均未能扩增出相应片段;采用该提取方法及最优化的PCR反应条件,对市售样品进行检测,检测结果与实际情况完全一致。结论：双重PCR技术可从分子水平鉴别鹿茸的真伪,该方法特异性高、实用性强,且简便快捷,在鹿茸真伪鉴别方面具有较高的应用价值。     

半重叠式多重引物PCR和基因扫描技术在T细胞淋巴瘤诊断中的应用

[目的]探讨半重叠式多重荧光多重引物PCR和基因扫描技术在T细胞淋巴瘤诊断中的应用.[方法]从普通石蜡切片组织标本中提取基因组DNA,用半重叠式多重荧光多重引物PCR扩增,利用DNA测序仪对其产物进行基因扫描分析.[结果]37例T细胞淋巴瘤中27例检测出有克隆性重排;25例B细胞淋巴瘤中2例呈阳性;10例何杰金氏淋巴瘤和7例反应性增生病例均呈阴性.[结论]在T细胞受体γ基因重排克隆性检测中,半重叠式多重荧光多重引物PCR及基因扫描技术具有样本来源便利,灵敏度高,特异性强,耗时短等优点,可作为T细胞淋巴瘤的诊断及鉴别诊断的辅助检测手段.     

隐孢子虫PCR检测体系的建立及其应用

目的建立快速检测隐孢子虫卵囊的PCR检测体系,以期在人群和食品及其饮用水腹泻原虫监测中推广应用。方法以隐孢子虫小亚基SSU r RNA和卵囊壁蛋白(COWP)为靶基因,设计巢式PCR和荧光PCR的引物和探针;以分离纯化后的微小隐孢子虫卵囊基因组DNA为模板进行扩增,分别进行两种检测方法的敏感性和特异性试验;再用某水牛养殖场采集的58份牛粪样考核检测体系的应用价值。结果设计的巢式PCR引物和荧光PCR引物探针特异性都很高,巢式PCR对隐孢子虫DNA的检测最低OD阈值为2 pg隐孢子虫DNA;实时荧光PCR显示最低检测阈值为200 fg隐孢子虫DNA,灵敏性都比较高,实时荧光PCR的灵敏性比巢式PCR高1个数量级(10倍);58份检测样本中,有一份为阳性样本,PCR产物经序列分析显示为微小隐孢子虫。结论巢式PCR和实时荧光PCR检测隐孢子虫的特异性和灵敏性均高,操作简便,能为隐孢子虫感染的诊治和预防提供有效的技术手段和方法依据。奶牛感染人兽共患微小隐孢子虫基因亚型,具有人兽共患传播的可能性。     

实时荧光PCR和RT—PCR方法检测登革病毒的比较研究

目的通过2种检测登革病毒方法的比较，以提高检测登革病毒的灵敏度和特异性。方法利用Taqman MGB技术，根据登革病毒3’端非编码区的一段高度保守序列，设计登革1～4型荧光PCR通用引物和TaqmanMGB探针，以登革热毒株作为标准，以乙脑毒株作对照，建立实时荧光PCR检测登革病毒的快速方法。并对10份ELISA法检测阳性的临床血清标本进行RT—PCR及荧光PCR扩增。结果RT—PCR检测10份临床血清标本，2份阳性，阳性率为20％。实时荧光PCR检测登革病毒与乙脑病毒无交叉反应，检测10份临床血清标本，5份阳性，阳性率为50％。从RNA提取到检测结果仅需4h。结论Taqman MGB实时PCR检测方法快速、敏感性高、特异性强，可作为登革病毒的快速检测方法，应用于登革热的临床早期诊断。     

用cox1基因片段的PCR鉴别亚洲带绦虫和牛带绦虫

目的：用cox1基因片段的PCR技术对亚洲带绦虫和牛带绦虫的快速鉴别。方法：用亚洲带绦虫和牛带绦虫线粒体cox1基因片段的特异性引物以及带绦虫cox1基因片段的通用引物,对贵州省都匀地区和从江地区的带绦虫虫卵和节片DNA进行常规PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测和核酸序列测定,并用NC-BI Blast对扩增产物的核酸序列与NCBI数据库中带绦虫的cox1基因进行比对。结果：5株都匀带绦虫DNA样品经亚洲带绦虫cox1基因片段的特异性引物PCR,均扩增出约260 bp的产物,PCR产物的核酸序列与NCBI数据库中亚洲带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为100%;2株从江带绦虫的DNA样品用亚洲带绦虫特异性引物和牛带绦虫特异性引物的PCR均未见扩增产物,而通用引物PCR则扩增出约1 000 bp的产物,核酸序列与NCBI数据库中牛带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为99%,在牛带绦虫特异性引物的结合位点存在一个碱基差异。结论：常规PCR扩增特异性的cox1基因片段可快速鉴定亚洲带绦虫;从江牛带绦虫株的cox1基因特异性片段部分存在变异,导致与特异性引物结合能力的差异,可采用cox1基因通用引物PCR结合测序进行鉴定。     

新型Taq Man-MGB探针实时荧光定量PCR检测人类mdr1基因

目的建立一种比现有方法敏感、准确性高、重复性好的人类mdr1基因的新型实时荧光定量PCR检测新方法。方法用Primer Express 2．0引物设计软件设计引物和MGB探针,以Taq Man-MGB探针技术为基础,运用Taq Man-MGB探针,以含有目的基因mdr1cDNA的质粒pHaMDR1／A为阳性模板,建立实时荧光定量PCR检测方法。结果所建立方法的最低检测限度为15个基因拷贝／反应,在待扩增DNA浓度为3．061×103 cps／ml-3．061×109cps／ml范围时,模板浓度与循环阈值(Ct)之间的相关性良好,决定系数r2为0．988243。结论应用Taq Man-MGB探针的实时荧光定量PCR方法检测人类mdr1基因,具有灵敏度高、特异性高和精确性高等优点。     

实时荧光PCR检测蓝氏贾第鞭毛虫和隐孢子虫方法的建立

目的 建立贾第鞭毛虫和隐孢子虫的基因检测方法.方法 根据GenBank中贾第鞭毛虫和隐孢子虫相对保守序列,设计引物及其相应的Taqman探针.通过对引物和探针浓度、Taq酶以及反应条件等优化筛选后,建立检测贾第鞭毛虫和隐孢子虫的荧光PCR方法.结果 贾第鞭毛虫和隐孢子虫的检测结果为阳性,对其它DNA样本如日本血吸虫、刚地弓形虫、溶组织内阿米巴、旋毛虫和阴道毛滴虫的检测均为阴性.本法的敏感性高,可检测到10～102copies/μl的DNA浓度.结论 建立的基因检测方法,对贾第鞭毛虫和隐孢子虫的检测具有高度的特异性和敏感性,可用于饮用水和临床样本等的快速检测.     

线粒体转录复合物各因子质粒标准品的构建

目的:构建大鼠线粒体转录因子TFAM(A)、线粒体转录因子TFB1M(B1)、线粒体转录TFB2M(B2)及线粒体RNA聚合酶(POLRMT)的质粒标准品,为检测内耳细胞线粒体TFAM、TFB1M、TFB2M、POLRMT的mRNA表达水平做基础。方法:设计特异性引物和探针,提取大鼠内耳组织总mRNA逆转录成c DNA,PCR扩增、纯化目的片段,将纯化产物与p Zero Back/blunt载体重组,提取重组质粒,经测序鉴定后,用实时荧光绝对定量PCR建立标准曲线。结果:测序结果与各目的序列一致,获得良好的标准曲线(R2>0.99)。结论:成功构建了各目的基因的质粒标准品。     

Taqman PCR检测人博卡病毒的阳性率

目的：建立核酸特异、快速、敏感的Taqman探针实时定量PCR检测方法筛选疑似人博卡病毒（HBoV）感染者鼻咽拭子临床样本中的阳性样本。方法：比对编码HBoV—sh9的基因序列,选取保守区序列设计引物和探针,建立Taqman PCR检测人博卡病毒的阳性率的方法,进行特异性实验,检测214例临床样本。结果：所建立的Taqman PCR方法可以用于检测人博卡病毒的阳性率,对所收集得到的214例急性上呼吸道感染者的咽拭子标本进行检测,结果显示,荧光定量PCR检测出8例阳性,其阳性率为3．74％。结论：建立了HBoV TaqMan探针实时定量PCR检测方法,可以快速灵敏的检测出阳性人博卡病毒,为临床治疗提供快速可靠的诊断依据。     

TaqMan 探针荧光定量PCR支原体快速检测方法的建立及应用

目的： 在支原体16SrRNA的种属特异性区域设计一对引物及其相应的Taqman探针,建立荧光定量PCR方法,检测细胞培养物中支原体。方法：选择16srRNA支原体种属特异性区域作为扩增区,设计支原体通用引物,PCR扩增片段的预期大小为288 bp。回收PCR扩增产物,连接pMD-18T载体,转化JM109大肠杆菌,涂布Amp+琼脂平板,挑取阳性克隆进行PCR鉴定后提取质粒。构建荧光定量PCR绝对定量的标准品,设计荧光定量引物、探针,采用矩阵法对反应体系进行优化,建立绝对定量的标准曲线。利用十倍稀释法检验灵敏度并与普通PCR法及培养法进行比较;对支原体及其他5种革兰氏阳性杆菌进行特异性检验;对培养法、普通PCR法及荧光定量PCR法检测样本的灵敏度进行比较。结果：支原体PCR产物大小约为288 bp,质粒质量浓度为13.9 mg/L,A260/Ａ280 (Ratio)为1
.780,质粒溶液浓度为4.25×109拷贝/ μL。10 μmol/L的引物浓度和10 μmol/L-1探针浓度为最佳反应浓度,双温循环及60℃退火温度为最佳的循环条件。检测灵敏度为4.250×101 拷贝。拷贝数与Ct值之间的线性关系表达式：Ct= －2.916×log拷贝数+40.02。特异性检验中5种革兰氏阳性杆菌样本检测均为阴性,支原体样本为阳性,表明特异性好。准确性检测中变异系数小,表明稳定性好。组内及组间相同浓度样本检测具有相同的Ct值,表明重现性好。样本检验中,荧光定量PCR检测出的阳性样本高于普通PCR及培养法。结论：支原体荧光定量PCR法检测细胞样本及临床样本中支原体快速、特异性强、灵敏度高、稳定性好。     

各类病毒的PCR检测

1 检测人类T-细胞淋巴瘤/白血病病毒 应用体外基因扩增技术棗PCR大大地增进了人类癌基因逆转录病毒的检测,因此PCR技术作为人类T-淋巴瘤/白血病病毒(HTLV-1.II)的临床诊断和流行病学研究的手段,广泛地应用于淋巴细胞增生性疾病和神经系统疾病的病人和携带者的检测.由于该技术具有相当高的敏感性,可以准确地鉴别出已发生感染的无症状携带者,因此还可能促进分子流行病学的建立.引物的探针系统包括普遍性和特异性两种.普遍性引物和探针系统用于扩增和检测HTLV-1和HTLN-II,而特异性引物和探针系统用于区别这两种病毒.对于流行病学筛选,常规应用普遍性引物探针系统进行初筛,对于阳性的DNA再进一步进行特异性分析.