结核杆菌抗原Ag85C的HLA-A*0201限制性CD8+CTL表位的预测及鉴定

目的：预测及鉴定结核杆菌（Mycobacterium tuberculosis，Mtb）抗原Ag85C的HLA-A＊0201限制性CD8^＋CTL表位，为基于表位的结核疫苗研究提供依据。方法：应用SYFPEITHI数据库预测结核杆菌抗原Ag85C序列中可能存在的HLA-A＊0201限制性T细胞表位，利用T2细胞株分析各预测的抗原肽与HL-A＊0201分子的亲合力，选取高亲合力肽诱导特异性CTL细胞，检测各高亲合力肽刺激其特异性CTL细胞分泌的IFN-γ水平、在体外的CTL增殖反应以及细胞杀伤毒性，逐步鉴定出Ag85C的HLA-A＊0201限制性CD8^＋CTL表位。结果：SYFPEITHI数据库从Ag85C序列中预测到14条能够结合HLA—A＊0201分子的抗原肽，其中3个抗原肽（170～178aa、317～325aa和144～153aa）显示与T2细胞上HLA-A＊0201分子有高结合力，而抗原肽FLTREMPAWL（144～153aa）能够诱导大多数HLA—A＊0201阳性结核患者及PPD（＋）健康志愿者产生特异性CTL细胞，并分泌大量的IFN-γ，能够诱导CTL体外发生增殖，能够产生特异性杀伤活性。结论：成功鉴定出抗原肽FLTREMPAWL（144～153aa）结核杆菌抗原Ag85C的HLA-A＊0201限制性CD8^＋CTL表位，可作为结核疫苗设计的候选表位，为进一步研发新型有效的抗结核疫苗奠定了基础。     

QLFATINSTL（93-102aa）是隐球菌抗原MP98CTL优势表位

目的鉴定隐球菌抗原MP98中的HLA—A＊0201限制性CD8^＋CTL表位。方法应用数据库SYFPEITHI预测隐球菌MP98中可能存在的HLA—A＊0201限制性CD8^＋CTL表位，经流式细胞术分析各抗原肽与HLA-A＊0201的亲合力，经时间分辨荧光法检测外周血单个核细胞（PBMC5）对各抗原肽产生的增殖反应，经细胞毒性实验研究各抗原肽诱导的特异性T细胞的细胞毒杀伤活性，逐步鉴定MP98的HLA—A＊0201限制性CD8^＋CTL表位。结果位于MP98氨基酸序列肽3（93—102aa）与HLA—A＊0201分子具有较高的亲合力，并都能刺激HLA—A＊0201阳性个体PBMC增殖，并诱导产生具有特异性杀伤活性的CTL。结论肽3QLFATINSTL（93—102aa）是抗原MP98上HLA—A＊0201限制性CD8^＋CTL的优势表位，可作为隐球菌疫苗设计的候选表位。     

结核杆菌抗原Ag85C的HLA-A*0201限制性CD8+CTL表位的预测及鉴定

目的:预测及鉴定结核杆菌(Mycobacterium tuberculosis, Mtb)抗原Ag85C的HLA-A*0201限制性CD8 CTL表位,为基于表位的结核疫苗研究提供依据.方法:应用SYFPEITHI数据库预测结核杆菌抗原Ag85C序列中可能存在的HLA-A*0201限制性T细胞表位,利用T2细胞株分析各预测的抗原肽与HLA-A*0201分子的亲合力,选取高亲合力肽诱导特异性CTL细胞,检测各高亲合力肽刺激其特异性CTL细胞分泌的IFN-γ水平、在体外的CTL增殖反应以及细胞杀伤毒性,逐步鉴定出Ag85C的HLA-A*0201限制性CD8 CTL表位.结果:SYFPEITHI数据库从Ag85C序列中预测到14条能够结合HLA-A*0201分子的抗原肽,其中3个抗原肽(170～178 aa、317～325 aa和144～153 aa)显示与T2细胞上HLA-A*0201分子有高结合力,而抗原肽FLTREMPAWL(144～153 aa)能够诱导大多数HLA-A*0201阳性结核患者及PPD( )健康志愿者产生特异性CTL细胞,并分泌大量的IFN-γ,能够诱导CTL体外发生增殖,能够产生特异性杀伤活性.结论:成功鉴定出抗原肽FLTREMPAWL(144～153 aa)结核杆菌抗原Ag85C的HLA-A*0201限制性CD8 CTL表位,可作为结核疫苗设计的候选表位,为进一步研发新型有效的抗结核疫苗奠定了基础.     

丙型肝炎病毒HLA-A＊0201限制性CTL表位免疫学效应研究

目的：研究前期实验鉴定的2条丙型肝炎病毒HLA-A＊0201限制性CTL（活化的CD8＋T细胞）表位的体内外免疫学效应。方法：采用丙型肝炎病毒HLA-A＊0201限制性CTL表位肽C_181（LLSCLTTPV）和NS2_172（VLQAGLIRV）分别体外刺激HLA-A＊0201阳性健康志愿者外周血单个核细胞（PBMCs）和免疫HLA-A＊0201转基因小鼠,采用酶联免疫斑点实验（ELISPOT）和细胞内细胞因子染色（ICS）/流式细胞术检测表位肽特异性CD8＋T细胞的水平。结果：C_181和NS2_172诱导HLA-A＊0201阳性PBMCs产生了高水平的肽特异性分泌IFN-γ的细胞和肽特异性IFN-γ＋CD8＋T细胞;在C_181和NS2_172免疫的HLA-A＊0201转基因小鼠脾细胞中检测到了肽特异性分泌IFN-γ的细胞和肽特异性IFN-γ＋CD8＋T细胞。结论：C_181和NS2_172具有较好免疫学效应,有望用于研发CTL表位肽疫苗。     

结核杆菌抗原CFP21/MTB12/Rv3881 C的HLA限制性细胞毒T淋巴细胞表位预测

目的:预测结核杆菌分泌抗原CFP21/MTB12/Rv3881c的HLA限制性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位.方法:利用SYFPEITHI、BIMAS和NetCTL方法预测分析抗原CFP21/MTBl2/Rv3881c的HLA-A*0201限制性CTL表位,进一步运用NetCTL方法对抗原CFP21/MTB12/Rv3881c的HLA-A其他等位基因和HLA-B限制性CTL表位进行预测分析.结果:初步筛选出3个候选抗原HLA-A*0201限制性CTL优势表位各4条,分别为CFP21 5-13、13-21、134-142、189-197;MTB12 26-34、36-44、40-48、61-69;Rv3881c 204-212、207-215、234-242、260-268.得到3个候选抗原HLA-A3和HLA-B7限制性CTL优势表位共21条.结论:初步筛选出抗原CFP21/MTB12/Rv3881c潜在的HLA-A*0201、HLA-A3、HLA-B7限制性表位33条.     

原发性胆汁性肝硬化患者中自身抗原丙酮酸脱氢酶特异性CD8+CTL表位预测及鉴定

目的鉴定原发性胆汁性肝硬化(PBC)患者中自身抗原丙酮酸脱氢酶(PDC-E2)上的HLA-A*0201限制性CD8 CTL表位,为临床探索特异性免疫治疗奠定基础.方法应用数据库SYFPEITHI预测PDC-E2上两段涵盖B细胞表位和CD4 T细胞表位的氨基酸序列(163～184aa和36～49aa)附近可能存在的HLA-A*0201限制性T细胞表位,再通过T2细胞株、细胞增殖试验和细胞毒性检测分别分析各抗原肽与HLA-A*0201的结合力、诱导患者外周血单个核细胞(PBMCs)增殖能力及抗原肽诱导的抗原特异性T细胞杀伤毒性,逐步鉴定HLA-A*0201限制性CD8 CTL细胞表位.结果数据库初步预测到5个可能性较大的HLA-A*0201限制性抗原肽,其中两个抗原肽(159～167aa和165～174aa)显示与T2细胞上HLA-A*0201分子有较高的亲和力,这两个抗原肽能刺激大部分HLA-A*0201阳性PBC患者PBMC增殖,并且由其诱导产生的CTL具有特异杀伤活性.结论位于PDC-E2内酯酰区上的KLSEGDLLA(159～167aa)和LLAEIETDKA(165～174aa)是PBC患者体内HLA-A*0201限制性的CD8 CTL表位.     

结核分枝杆菌CFP21抗原的HLA-A*0201/*03限制性细胞毒T淋巴细胞表位预测

目的:探寻结核分枝杆菌CFP21抗原的同时针对HLA-A*0201/*03型别的广谱细胞毒T淋巴细胞(CTL)表位。方法:对结核分枝杆菌CFP21抗原的HLA-A*0201候选肽,利用在线数据库预测HLA-A*03限制性的天然表位肽,通过氨基酸置换适当修饰获得对应的改造肽。通过T2A3细胞结合力实验筛选候选肽,用于细胞毒活性实验。结果:在线数据库预测共获得4条母体肽和3条改造肽。结合力实验显示,改造肽p134-1Y2L、p134-1Y2L9L和母体肽p134与HLA-A*03分子均具有较高的结合力。改造肽p134-1Y2L9L和母体肽p134均能诱导CTL反应,但p134诱导出的CTL对靶细胞具有更强的杀伤效应。结论:p134(AVADHVAAV)是同时针对HLA-A*0201/*03型别的广谱CTL表位。     

SARS冠状病毒E蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位的预测

目的预测SARS冠状病毒E蛋白的HLA-A·0201限制性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位.方法联合应用超基序法和量化矩阵法.结果预测出13个九肽CTL表位.结论通过对SARS冠状病毒E蛋白抗原CTL表位进行预测,从而为SARS冠状病毒E蛋白CTL表位的实验探测和鉴定提供了线索,为认识CTL介导的细胞免疫机制以及基于CTL表位的疫苗研制提供了基础资料.     

HLA-A^＊0201限制性AFP抗原决定簇肽特异性肝癌疫苗的制备

目的探讨人HLA-A^＊0201限制性AFP抗原决定簇肽（含MHC—I类分子HLA-A^＊0201）作为原发性肝癌特异性抗原制备肝癌肿瘤疫苗的可行性。方法应用14佃AFP抗原决定簇肽片段分别体外脉冲刺激健康人血液树突状细胞（DC）,将DC与自体T淋巴细胞共同培养并扩增其数量,使AFP抗原决定簇肽导入CD8’阳性T淋巴细胞（CD8^＋-CTL）并对表达相应AFP抗原决定簇肽的K562／A2．1细胞（人慢性髓原性白血病细胞株K562转染人HLA-A^＊0201基因）产生特异性杀伤并释放gamma-干扰素（ELISPOT测定）。结果有4个AFP抗原决定簇肽对表达相应AFP抗原决定簇肽的K562／A2．1细胞杀伤能力较强,称之为免疫决定簇肽（Immunodominant）;另有10个AFP抗原决定簇肽对表达相应AFP抗原决定簇肽的K562／A2．1细胞杀伤能力较弱,称之为亚免疫决定簇肽（Subdominant）。结论AFP抗原决定簇肽可以作为肝癌特异性抗原制备肝癌肿瘤疫苗,K562／A2．1细胞可以作为有效的抗原提呈细胞（APC）用于实验研究。     

人肿瘤转移相关抗原肝素酶HLA-2.1限制性CTL表位的预测及初步鉴定

目的预测并鉴定肿瘤转移相关抗原肝素酶来源的HLA-A2．1限制性CTL表位。方法采用超基序、量化基序和分子模拟相结合的方法，对肝素酶HLA-A2．1限制性CTL表位进行预测，合成候选表位肽；利用T，细胞的特点，对合成的候选肽与HLA-A2．1分子进行亲和力分析，初步验证预测结果；利用标准”cr释放试验检测特异性CTLs诱导活性。结果在所筛选的5个候选CTL表位中，Hpa（525-533）、Hpa（277-285）、Hpa（405-413）可在体外有效诱导肝素酶特异性CTLs的产生，对肝素酶阳性且HLA-A2阳性的KATO-Ⅲ细胞具有明显的杀伤效应。结论Hpa（525-533）、Hpa（277-285）、Hpa（405-413）有可能是肿瘤抗原肝素酶HLA-A2．1的限制性CTL表位。     

肿瘤抗原MAGE-n HLA-A2限制性细胞毒性T细胞表位的预测及合成鉴定

目的　采用表位重建技术 ,对预测MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位结合活性进行研究。方法　用SYFPEITHI超基序法远程预测系统和量化基序多项式法结合的预测方法 ,筛选新的MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位作为候选表位。对预测的抗原表位进行多肽合成 ,并用HPLC进行纯化 ,质谱法 (MS)鉴定。候选表位与HLA A2位点的亲和力及结合稳定性用竞争结合抑制实验、T2结合稳定性实验及MHC 肽复合体稳定性实验测定。结果　用表位预测法筛选MAGE n抗原 5个HLA A2限制性CTL表位为候选表位。QLVFGIEVV(15 9 16 7)、IMPKTGFLI(195 2 0 3)和FLIIVLVMI(2 0 1 2 0 9) 3个表位具有较高的HLA A2结合力 (IC50 <15 μM)和结合稳定性 (DT5 0 >6h) ,可作为MAGE n抗原HLA A2限制性CTL候选表位进行进一步研究。结论　表位预测结合表位重建方法可提高肿瘤抗原CTL表位研究的效率。MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位经免疫学鉴定后 ,可望用于新型肝癌治疗性多肽疫苗的设计研究 ,为临床肝癌特异性治疗奠定基础。     

登革病毒高度保守的HLA-A*1101限制性T细胞表位鉴定和体内免疫反应研究

目的：鉴定登革病毒2型（DENV-2）HLA-A*1101限制性T细胞表位并探讨其诱导的T细胞反应的特征。方法：基于DENV-2的氨基酸序列,采用T细胞表位预测软件预测HLA-A*1101限制性候选T细胞表位;基于HLA-A*1101转基因小鼠,采用ELISPOT实验、ELISA实验和CD8+T细胞（CTL）杀伤实验研究候选表位的HLA-A*1101限制性和所诱导的T细胞反应的特征。结果：在合成的14条候选表位中,9条肽（NS1161-170、NS1263-272、NS36-15、NS4b44-53、NS333-42、C58-67、E30-38、NS3576-584和NS4a72-80）免疫HLA-A*1101转基因小鼠可诱导产生肽特异性分泌IFN-γ的T细胞。除了分泌IFN-γ,C58-67和NS3576-584特异性T细胞也可分泌TNF-α,而E30-38特异性T细胞更可同时分泌TNF-α和IL-6。DENV-2感染的HLA-A*1101转基因小鼠体内也可检测到针对NS4b44-53、NS333-42、C58-67、E30-38、NS3576-584和NS4a72-80的分泌IFN-γ的T细胞。采用上述6条肽的混合物免疫HLA-A*1101转基因小鼠所诱导的效应细胞可显著杀伤DENV-2感染的小鼠脾单核细胞。结论：本研究鉴定出了9条全新的DENV-2特异性HLA-A*1101限制性T细胞表位。     

登革病毒HLA-A*0201限制性T细胞表位诱导免疫反应的研究

目的：探讨登革病毒（DENV）HLA-A*0201限制性T细胞表位诱导DENV血清型间交叉反应性T细胞的效应。方法：基于已鉴定DENV-1中HLA-A*0201限制性CD8+ T细胞表位（NS4b40-48TLYAVATTI）序列,合成在其他血清型中相似的候选表位,采用MHC-肽复合物稳定性实验检测候选表位与HLA-A*0201结合力。采用酶联免疫斑点（ELISPOT）实验研究已鉴定表位及候选表位免疫HLA-A*0201转基因小鼠产生的CD8+ T细胞识别相同及相似表位能力;采用ELISPOT实验研究不同DENV血清型感染HLA-A*0201转基因小鼠是否产生能识别已鉴定表位及候选表位的T细胞反应。结果：DENV-3中NS4b39-47TLYAVATTV与HLA-A*0201具高结合力,但DENV-2中NS4b39-47TLYAVATTF与HLA-A*0201结合力弱。DENV-1-NS4b40-48和DENV-3-NS4b39-47免疫的转基因小鼠脾、淋巴结和外周血中存在可识别DENV-1-NS4b40-48、DENV-2-NS4b39-47和DENV-3-NS4b39-47的交叉反应性CD8+ T细胞。在DENV-1,-2,-3感染的转基因小鼠体内也存在类似的T细胞反应。结论：DENV-3中NS4b39-47TLYAVATTV为新的CD8+ T细胞表位,该表位及已报道表位NS4b40-48TLYAVATTI均可诱导DENV血清型间交叉反应性CD8+ T细胞反应,二者有助于我们研究DENV血清型间交叉反应性CD8+ T细胞的功能以及用于评估DENV候选疫苗的T细胞免疫效应。     

肾母细胞瘤基因衍生肽诱导细胞毒性T淋巴细胞对白血病患者骨髓CD34+细胞的体外杀伤效应

目的 探讨肾母细胞瘤基因(WT1)衍生肽负载树突状细胞(DC)诱导细胞毒性T淋巴细胞(CTL)对白血病CD34+细胞的体外清除效应.方法 合成一段针对HLA-A*0201锚位的WT19聚肽,体外负载来源于HLA-A*0201*健康人的DC后,诱导产生WT1肽特异性CTL(A组),以噻唑盐(MTT)比色法观察其对WT1表达阳性白血病患者(HLA-A* 0201+者3例,HLA-A*0201-者3例)骨髓CD34+细胞、健康人(HLA-A*0201+者2例,HLA-A*0201-者1例)外周血CD34+细胞和白血病NB4、K562及U937细胞株的体外杀伤效应,粒细胞-巨噬细胞系集落形成试验观察其对白血病患者骨髓CD34+细胞和健康人外周血CD34+细胞粒细胞-巨噬细胞系集落形成单位(CFU-GM)形成的影响.设立单独DC诱导CTL(B组)和IL-2诱导T细胞(C组)作为对照.结果 在效靶比为20:1时,A组CTL对3例HLA-A*0201+白血病患者骨髓CD34+细胞和NB4细胞的杀伤活性(分别为55.3%±2.8%,67.1%±3.2%、49.4%±3.8%和55.0%±3.7%)明显高于对3例HLA-A*0201-白血病患者骨髓CD34+细胞、健康人外周血CD34+细胞及K562、U937细胞的杀伤活性(均<20%),并明显高于B组和C组CTL(均P＜0.01).2例HLA-A*0201+白血病患者骨髓CD34+细胞经A组CTL处理后CFU-GM集落相对形成率分别为17.8%±4.0%和20.8%±3.4%,明显低于经B组CTL处理后(分别为88.9%±3.4%和91.8%±5.7%,均P＜0.01);HLA-A*0201-白血病患者骨髓CD34+细胞、健康人外周血CD34+细胞经A组和B组CTL处理后CFU-GM集落相对形成率差异尤统计学意义.结论 WT1肽特异性CTL能够以HLA-1类抗原限制方式杀伤高表达WT1基因的白血病CD34+细胞,且能特异性抑制其CFU-GM集落形成,WT1基因的表达产物可以作为清除白血病CD34+细胞靶点.     

人MUC4氨基酸序列片段CDT_8~+细胞表位的多参数预测

目的:预测人MUC4氨基酸序列(AAD53171)的CD8T细胞表位。方法:结合2种常用表位预测数据库和工具,应用多种参数和方法进行综合分析,包括主要组织相容抗原(MHC)结合力、蛋白酶体切割位点等综合预测方法。结果:得到HLA鄄A鄢0201的1(ATLLPVTSL)、145(ATPLPVTSL)和52(LPVTDASSV)3个可能表位,和HLA鄄A24的145(ATPLPVTSL)、1(ATLLPVTSL)两个可能表位。结论:本研究为应用合成肽抗原制备MUC4肿瘤疫苗提供了依据,提供了表位预测的可行方法。     

免疫球蛋白重链框架区的抗原九肽诱导特异性细胞毒T细胞增殖

目的 探索免疫球蛋白重链可变区(IgHV)是否存在T细胞识别的表位。方法 PCR扩增108例急性淋巴细胞白血病(ALL)的7个IgHV家族的重排基因,PCR产物直接测序并翻译成氨基酸。利用互联网生物信息资源分析B-ALL IgHV基因的重排类型和基因变异,利用SYFPEITHI和BIMAS软件预测IgHV基因编码蛋白质的T细胞表位。合成代表性九肽IgHV1家族的QLVQSGAEV,进行12结合分析、合成九肽诱导的T细胞扩增、扩增细胞的HLA-A*0201／QLVQSGAEV四聚体检测等实验,确定合成九肽的免疫原性。结果 66％的B-ALL检测到IgHV基因重排克隆。在40份测序得到的B-ALL IgHV序列中,选出26份进行HLA-A*0201分子结合九肽的预测,发现7个IgHV家族共有12条抗原九肽。除1条位于第3互补决定区(CDR3)外,10条(83％)位于框架区(FR),并与相应胚系VH家族的代表序列相同;为同一IgHV家族的白血病细胞所共有。合成的IgHV1抗原九肽可将12细胞表面HLA-A*0201分子的表达提高1．63倍。HLA-A*0201正常供者的外周血淋巴细胞接受该九肽负荷的自身PBMC的1轮刺激,CD8^ 四聚体^ 细胞达1．64％,继续接受该九肽负荷的12细胞的2轮刺激,CD8^ 四聚体^ 细胞增至82．57％。结论 B淋巴细胞的免疫球蛋白重链框架区有CTL识别的IgHv家族特异的抗原九肽,正常人外周血T细胞库存在这些抗原九肽特异的CTL,这些抗原九肽可诱导特异性CTL的增殖。     

肿瘤抗原MAGE-A亚家族HLA-A2限制性CTL表位的预测及分析

目的:预测肿瘤抗原MAGE-A亚家族的HLA-A2限制性CTL表位,为肿瘤治疗选择合适的CTL表位提供依据.方法:用SYFPEITHI超基序法远程预测系统和量化基序多项式结合的预测方法进行HLA-A2限制性CTL表位预测,采用DNAstar软件提供的蛋白质核酸序列编辑、分析工具,对MAGE-A亚家族成员进行CTL序列同源性分析.结果:共预测出了50个HLA-A2限制性CTL表位,且部分CTL表位高度相似或一致.结论:SYFPEITHI超基序法和量化基序多项式法结合的预测方法是一种高效、准确的表位预测方法,结合CTL表位的同源性分析,可为肿瘤治疗性疫苗的制备中选择合适的CTL表位提供依据.     

丙型肝炎病毒HLA-A＊1101和A＊2402限制性CD8＋T细胞表位的研究

目的：鉴定出丙型肝炎病毒（HCV）特异性HLA-A＊1101限制性和A＊2402限制性CD8＋T细胞表位.方法：采用T细胞表位预测软件SYFPEITHI预测HCV特异性CD8＋T细胞表位,合成HLA-A＊1101限制性、A＊2402限制性候选表位;建立永生化的HLA-A＊1101阳性、A＊2402阳性B细胞株,采用竞争性肽结合实验检测候选表位与HLA-A＊1101或A＊2402分子的结合力;候选表位体外分别刺激HLA-A＊1101阳性或A＊2402阳性HCV感染者外周血单个核细胞（PBMCs）后,采用酶联免疫斑点（ELISPOT）和细胞内细胞因子染色（ICS）实验分别检测肽特异性分泌γ-干扰素（IFN-γ）的细胞的水平和（肝） 异性IFN-γ＋CD8＋T细胞的水平.结果：5条HLA-A＊1101限制性候选表位中,NS3_609（ITLTHPITK）和NS2_165（VVFSDMETK）与HLA-A＊1101分子具有高结合力.3条HLA-A＊2402限制性候选表位中,NS3_373 （KCDELASKL）和NS5b_382 （YYLTRDPTI）与HLA-A＊2402具有高结合力;在HLA-A＊1101阳性HCV感染者PBMCs中存在NS3 609和NS2_165特异性分泌IFN-γ的CD8＋T细胞,而在HLA-A＊2402阳性HCV感染者PBMCs中存在NS3_373和NS5b 382特异性分泌IFN-γ的CD8＋T细胞.结论：本研究证实NS3_609（ITLTHPITK）和NS2_165（WFSDMETK）为全新的HCV特异性HLA-A＊1101限制性CD8＋T细胞表位,NS3_373 （KCDELASKL）和NS5b_382 （YYLTRDPTI）为全新的HCV特异性HLA-A＊2402限制性CD8＋T细胞表位.