基于GEO数据库的环状RNA差异表达及其在膀胱癌中的功能和通路研究

目的 探讨膀胱癌中差异表达的circRNA及其相互作用网络,分析其富集的通路和参与的功能.方法 在基因表达数据库(GEO)查询并下载膀胱癌circRNA表达谱数据集GSE92675的数据,并对circRNA的命名进行整合和统一,在R.4.0.3环境下应用Limma包筛选差异表达circRNA.利用聚类分析热图和火山图筛...     

新型肿瘤靶标环状RNA的研究进展

环状RNA(circRNA)是内源非编码性RNA,多数circRNA被发现可通过发挥微小RNA(miRNA)海绵功能来调控基因表达,此外某些circRNA也会被翻译或与RNA结合蛋白互作发挥作用。circRNA广泛表达于组织和体液中,其表达量的改变与肿瘤的发生发展相关。circRNA的环化特性使其对核糖核酸酶R(RNase R)稳定而不易降解。由于circRNA稳定、种类丰富、可特异性调控肿瘤发生、在体液中高表达,因此有望成为肿瘤相关的诊断、预后和治疗靶标。目前对circRNA的认识相对较少,其发生机制和功能尚未完全解析,circRNA的注释也有待充实。本文总结了circRNA的发生机制、生物学功能和在肿瘤研究中的重要应用。     

环状RNA在糖尿病及其慢性并发症中的机制研究

环状RNA(circRNA)是一类特殊的非编码RNA,与线性RNA不同,circRNA是前信使RNA(pre-mRNA)通过反向剪接形成的封闭环状结构,表达高度稳定并广泛分布在真核生物中。circRNA主要通过充当微RNA(miRNA)海绵或与RNA结合蛋白结合发挥多种功能。circRNA可作为多种疾病的生物标志物。最新研究表明,circRNA在糖尿病和相关慢性并发症的发生发展中也起着重要作用。本综述旨在总结目前circRNA在糖尿病及其相关并发症发生发展中的作用及其机制的研究进展。     

环状RNA在皮肤肿瘤中的研究进展

环状RNA(circRNA)是mRNA在剪接过程中5'端与3'端剪接到一起而形成的非编码RNA。circRNA的高度稳定性、高丰度和组织特异性赋予circRNA的许多潜在功能,近年来研究发现circRNA对基因转录及转录后水平有重要意义,此外已发现circRNA与多种癌症的发生有关。皮肤基底细胞癌中,显著异常表达的circRNA潜在靶向与癌症相关的miRNA,如hsa-miR-19b-1。皮肤鳞癌中circRNA的miRNA响应元件已有23个与之对应的且与皮肤鳞癌相关的miRNAs。目前发现肿瘤中存在许多异常表达的circRNA,对于circRNA-miRNA的研究,可以为癌症的基因靶向治疗提供新思路。     

不同分级与分期膀胱癌人微小核糖核酸3658和人源性长寿保障基因Ⅱ型表达的变化

目的：检测人微小核糖核酸3658（miR－3658）和人源性长寿保障基因Ⅱ型（LASS2）在不同病理分级、临床分期膀胱癌组织中的表达情况。方法通过实时荧光定量PCR检测96对新鲜膀胱癌组织（膀胱癌组）和癌旁正常组织（癌旁组）中miR－3658和LASS2基因的表达情况;采用免疫组化法检测LASS2的蛋白表达。结果采用2－ΔΔCt的相对表达量分析,膀胱癌组的miR－3658表达水平显著高于癌旁组,而膀胱癌组LASS2的表达水平低于癌旁组（P＜0.01）。不同病理分级、临床分期膀胱癌组织之间,miR－3658和LASS2基因均呈差异性表达。与高分化膀胱癌相比,低分化膀胱癌miR－3658呈高表达,LASS2呈低表达（ P＜0.01）。随着肿瘤浸润深度及临床分期的增加,miR－3658表达水平呈递增趋势,而LASS2则逐渐下降（P＜0.01）。免疫组化结果显示,膀胱癌组LASS2蛋白阳性表达率低于癌旁组,且随着肿瘤病理分级、浸润深度、分期程度的增加,其阳性表达率逐渐降低（ P＜0.05）。结论 miR－3658的高表达及LASS2的低表达可能参与膀胱癌的发生发展过程,并与其恶性程度相关。     

帕金森病患者血清circRNA DLGAP4和circRNA SAMD4A表达与病情严重程度及认知障碍相关性研究

目的 探究环状RNA DLGAP4(circRNA DLGAP4)、circRNA SAMD4A表达水平与帕金森病(PD)病情严重程度、认知障碍的关系。方法 选取2019年10月—2022年3月河北北方学院附属第一医院神经内三科诊治的PD患者95例为PD组,根据蒙特利尔认知评估量表(MoCA)评分将PD患者分为认知正常亚组54例和认知障碍亚组41例;采用Hoehn-Yahr(H-Y)分期将PD患者分为1期亚组33例、2~3期亚组44例、4~5期亚组18例;另选取医院同期体检健康者95例为健康对照组。比较各组血清circRNA DLGAP4、circRNA SAMD4A表达水平及MoCA评分。Pearson法分析PD患者血清circRNA DLGAP4、circRNA SAMD4A表达水平与MoCA评分的相关性,Logistic回归分析PD患者发生认知障碍的影响因素,受试者工作特征曲线(ROC)分析血清circRNA DLGAP4、circRNA SAMD4A对PD患者发生认知障碍的诊断价值。结果 与健康对照组比较,PD组患者血清circRNA DLGAP4表达水平、MoCA评分降低(t/P=47.612/<0.001、26.821/<0.001),血清circRNA SAMD4A表达水平升高(t/P=23.461/<0.001)。认知障碍亚组PD患者年龄、血清circRNA SAMD4A表达水平高于认知正常亚组(t/P=2.515/0.014、6.693/<0.001),受教育年限、血清circRNA DLGAP4表达水平、MoCA评分低于认知正常亚组(t/P=5.162/<0.001、8.289/<0.001、23.017/<0.001);1期亚组、2~3期亚组、4~5期亚组PD患者血清circRNA DLGAP4表达水平、MoCA评分依次降低(F/P=103.287/<0.001、230.136/<0.001),血清circRNA SAMD4A表达水平依次升高(F/P=51.949/<0.001);Pearson法分析显示,PD患者血清circRNA DLGAP4表达水平与MoCA评分呈正相关(r/P=0.557/<0.001),血清circRNA SAMD4A表达水平与MoCA评分呈负相关(r/P=-0.598/<0.001);Logistic回归分析显示,受教育年限长、血清circRNA DLGAP4高是PD患者发生认知障碍的保护因素[OR(95%CI)=0.698(0.568~0.857)、0.580(0.476~0.707)],年龄大、血清circRNA SAMD4A高是其危险因素[OR(95%CI)=2.462(1.612~3.760)、3.836(2.225~6.615)];血清circRNA DLGAP4、circRNA SAMD4A及二者联合诊断PD患者发生认知障碍的曲线下面积(AUC)分别为0.791、0.852、0.948,二者联合诊断的AUC优于各自单独诊断(Z/P=2.950/0.003、2.081/0.037)。结论 PD患者血清circRNA DLGAP4表达下调,circRNA SAMD4A表达上调,检测血清circRNA DLGAP4、circRNA SAMD4A水平有助于临床评估PD患者病情严重程度,且二者联合有利于判定患者是否发生认知障碍。     

circRNA CPT1A在2型糖尿病患者外周血的差异表达

目的：通过观察circRNA CPT1A在2型糖尿病患者外周血中的相对表达水平，探讨circRNA CPT1A在2型糖尿病中的临床价值。方法：收集石河子大学医学院第一附属医院就诊的20例2型糖尿病患者及20例健康体检者的外周血以及一般资料，完善糖耐量试验，检测糖尿病及健康对照组外周血的相关生化指标，通过qRT-PCR技术检测circRNA CPT1A的相对表达水平；采用ROC曲线评价circRNA CPT1A在T2DM中的诊断价值；采用相关性分析探讨目标circRNA与糖脂代谢指标之间的相关性；采用Logistic回归模型分析circRNA CPT1A对T2DM患病风险的影响。结果：2型糖尿病组circRNA CPT1A相对表达水平均高于健康对照组（P<0.001）。ROC曲线显示circRNA CPT1A在2型糖尿病中具有一定的诊断价值。相关性分析中显示circRNA CPT1A的表达水平与空腹血糖、糖负荷后2 h血糖、HOMA-IR、HOMA-β、甘油三酯存在着相关关系（P<0.05）。Logistic回归分析显示circRNA CPT1A相对表达水平可升高2型糖尿病的...     

结直肠癌特征性环状RNA筛选

目的:检测环状RNA(circularRNA,circRNA)在结直肠癌组织及对应癌旁组织中的表达谱变化?方法:应用高通量circRNA芯片技术筛选6例人结直肠癌组织及对应癌旁组织中circRNA表达谱差异,经过对原始数据进行预处理?归一化后,筛选出差异表达的circRNA,并对其进行聚类分析?结果:结直肠癌组织与癌旁组织之间存在892种circRNA的差异表达,其中在肿瘤组织中高表达的有412条,低表达的有480条(变化>2倍且P < 0.05)?结论:结直肠癌组织与对应癌旁组织比较,circRNA表达谱发生了显著变化,提示这些差异表达的circRNA可能与结直肠癌的发生发展密切相关?     

肝癌细胞来源的外泌体作用正常肝细胞后差异表达环状RNA的筛选

目的 筛选肝癌HepG2细胞外泌体处理LO2细胞后差异表达的环状RNA(circRNA),并通过生物信息学预测分析其可能在肝癌发生、发展中的作用.方法 收集经HepG2细胞外泌体共同培养后的LO2细胞和正常培养的LO2细胞样本,采用Arraystar Human circRNA Arrays V2芯片检测、筛选差异表达的cir-cRNA;进行聚类分析筛选明显差异表达的circRNA,并用实时荧光定量聚合酶链反应方法进行初步验证.筛选获得的circRNA利用基因本体论和京都基因与基因组百科全书分别进行基因功能注释分析及信号通路富集分析.结果 经HepG2细胞外泌体处理的LO2细胞与正常培养的LO2细胞比较,以差异表达倍数(FC)>2且P<0.05为筛选标准,筛选出235个差异表达的circRNA,其中50个circRNA上调表达,185个circRNA下调表达.经生物信息学分析,筛选出5个明显上调的circRNA(hsa_circRNA_0010044、hsa_circRNA_009012、hsa_circRNA_101016、hsa_circRNA_100917、hsa_circRNA_007918)和5个明显下调的circRNA(hsa_circRNA_002082、hsa_circRNA_103128、hsa_circRNA_092388、hsa_circRNA_007343、hsa_circRNA_071935).这些cir-cRNA经HepG2细胞外泌体处理后的LO2细胞中的表达水平与筛选结果一致.被富集的宿主基因主要参与蛋白质结合、细胞周期、转录调节、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等.结论 筛选出5个明显上调和5个明显下调与肝癌发生、发展相关的circRNA.     

环状RNA及其与肿瘤关系的研究进展

环状RNA(circRNA)是一种特殊的内源性的具有闭合环状结构的RNA,曾一度被认为是基因转录过程的副产物或剪切错误产生的无功能片段,但随着RNA高通量测序技术及生物信息学分析方法的发展,人们对circRNA有了更深入的了解。circRNA的产生机制复杂,其具有分布广泛、稳定性高和保守性好等特点,并有一定的组织特异性。circRNA可通过多种途径调控基因表达,从而影响疾病的发生、发展。近年来circRNA受到众多学者的关注,但相关机制研究仍较少。circRNA作为一种独特的调控RNA,可以miRNA的"海绵"分子、基因转录和表达调控因子等形式发挥作用,调控肿瘤的发生、发展,有望成为新的肿瘤标志物和潜在治疗靶点。     

环状RNA与环境相关疾病

人类疾病的发生发展是环境因素与遗传学因素相互作用的结果。环境有害暴露导致的机体功能紊乱和疾病发生，与细胞内环状RNA(circRNA)的表达异常有密切关系，circRNA的功能和作用是医学研究的热点领域。circRNA是表观遗传学的一类具有环状结构的RNA分子，由于其特殊的结构和复杂的功能，在调控疾病发生和病理过程中承担着重要角色。本文系统地介绍了circRNA的来源、功能，结合作者课题组的研究成就，综述了circRNA在环境有害暴露相关疾病中的作用和机制，探讨了circRNA作为潜在生物标志物在研究中所面临的挑战。     

长链非编码RNA HOTAIR在膀胱癌中的表达及临床意义

目的: 探讨长链非编码RNA HOTAIR在膀胱癌组织与癌旁正常组织的表达差异,了解HOTAIR与膀胱癌恶性程度、进展及预后的相关性。方法: 采用qRT-PCR方法检测88例膀胱癌组织与癌旁正常组织中HOTAIR RNA的差异表达,分析HOTAIR表达水平与患者临床病理特征的关系,采用Kapaln-Meier生存分析及COX 比例风险回归模型分析HOTAIR表达水平与膀胱患者预后的相关性。结果: 膀胱癌组织中HOTAIR RNA 表达明显高于癌旁正常组织,HOTAIR RNA高表达与肿瘤高分级及临床高分期有关（P<0.05）,HOTAIR高表达组膀胱癌患者5年生存率明显低于HOTAIR低表达组（P<0.05）,COX 回归分析提示HOTAIR RNA高表达可能为膀胱癌不良预后的独立危险因子之一。结论: 长链非编码RNA HOTAIR与膀胱癌发生发展及其恶性程度相关,HOTAIR可以作为预测膀胱癌患者生存率的分子标志物。     

膀胱癌淋巴结转移中蛋白异常表达研究进展

膀胱癌是我国泌尿系常见恶性肿瘤之一,其发生率逐年升高.膀胱癌转移以淋巴结转移为主,淋巴结转移与治疗方式的选择及预后密切相关.当膀胱癌发生淋巴结转移后,会出现蛋白水平的异常,包括肌动蛋白相关蛋白2/3复合亚基、多形性腺瘤基因蛋白2和亮蛋白等异常表达,且蛋白表达水平的高低与淋巴结转移呈现一定的相关性.此文介绍膀胱癌中相关蛋...     

基于公共数据库分析CDC20在膀胱癌中的表达及预后意义

目的:基于Oncomine、Gene expression omnibus (GEO)、String和The Human Protein Atlas等多个公共数据库,探讨细胞分裂周期蛋白20(CDC20)的表达与膀胱癌患者临床病理特征和预后的关系;进一步预测CDC20影响膀胱癌发生、发展的可能通路.方法:利用Oncomine数据库对CDC20差异表达分析,分析GEO数据库中膀胱癌基因表达谱资料及其对应的临床信息,探究其与CDC20表达水平的相关性.采用基因集富集分析(GSEA)探究CDC20调控膀胱癌细胞的生物学通路.通过String数据库建立CDC20共表达网络,并利用HPA数据库观察CDC20在膀胱癌中的表达水平.结果:CDC20在膀胱癌组织中的表达高于癌旁组织;CDC20表达水平与膀胱癌患者的性别、年龄、疾病分级和进展等相关(P＜0.05);CDC20诊断膀胱癌的ROC曲线下面积为0.796,生存分析显示CDC20高表达组患者的总生存期(Log-rank=10.362,P＜0.05)和肿瘤特异性生存期(Log-rank=11.826,P＜ 0.05)明显差于低表达组;GSEA分析表明CDC20高表达样本富集在与精子发生、E2F信号通路、G2M检查点等相关生物学通路;HPA数据库显示,膀胱癌组织中CDC20显著高表达.结论:CDC20与膀胱癌临床病理特征和预后有密切相关性,可能为膀胱癌诊断和治疗提供新思路.     

癌胚抗原相关细胞黏附分子1在膀胱癌中的研究进展

癌胚抗原相关细胞黏附分子1是癌胚抗原家族成员之一,与肿瘤的发生、发展及其血管生成关系密切。新近研究发现,它亦表达于正常的膀胱尿路上皮表面和膀胱癌组织中,并在膀胱癌的发生、演进中发挥重要作用,尤其是尿中癌胚抗原相关细胞黏附分子1的水平与之分级、分期呈正相关。这将为膀胱癌的早期诊断、治疗及预后判定提供新的思路。     

血管内皮生长因子及其受体3在膀胱癌组织中的表达与淋巴转移的关系

目的评价血管内皮生长因子-C（VEGF-C）及其受体3（VEGFR-3）的膀胱癌组织中的相关表达性在诊断肿瘤淋巴转移中的意义。方法采用Elivision T Plus对膀胱癌组织中VEGF-C、VEGFR-3进行检测。结果在本组18例膀胱癌患者中,膀胱癌组织中VEGF-C表达阳性率为72%,VEGFR-3表达阳性率为67%。同未发生淋巴转移的患者相比,已发生淋巴转移的膀胱癌患者中VEGF-C表达水平要高。结论 VEGF-C、VEGFR-3是最重要的淋巴管生成和发育的调节因子。在膀胱癌患者中,VEGF-C、VEGFR-3可以作为膀胱癌发生淋巴结转移的诊断指标之一。     

Graves病患者外周血单个核细胞中环状RNA表达谱分析

目的： 探讨Graves病患者外周血单个核细胞（PBMCs）中环状RNA（circRNA）的表达谱及其潜在的诊断价值。方法： 选取5例Graves病患者和5例健康对照者,采用二代高通量测序技术分析PBMCs中circRNA表达谱。另选取40例Graves病患者和40例健康对照者验证差异表达的circRNA;根据CircInteractome数据库预测可能与差异表达的circRNA相结合的微小RNA（miRNA）;运用生物信息学分析差异表达的circRNA潜在的生物学功能;ROC 曲线分析差异表达的circRNA对Graves病的诊断价值。结果： 二代高通量测序数据显示,与健康对照相比,Graves病患者PBMCs中circRNA有23 215个表达上调,13 695个表达下调,其中显著差异表达（差异倍数≥2, P≤0.05）的有669个,包括360个上调和309个下调的circRNA。实时荧光定量PCR验证显示hsa_circ_0114427、hsa_circ_0007470、hsa_circ_0048232、hsa_circ_0002672表达水平与高通量测序结果一致,且两组间差异具有统计学意义（P<0.01和P<0.05）,hsa_circ_0039161和hsa_circ_0002600表达两组间无明显差异。GO富集分析显示,上调的circRNA与高分子代谢、细胞内膜结合细胞器、转移酶激活等过程关系密切。KEGG分析显示,差异表达的circRNA可能参与甲状腺激素信号、磷脂酰肌醇信号系统、非小细胞肺癌等相关信号通路。ROC曲线显示hsa_circ_0114427具有较大的曲线下面积。结论： Graves病患者PBMCs中存在明确差异表达的circRNA,hsa_circ_0114427可能与Graves病的发生发展有关。     

膀胱移行上皮细胞癌中凋亡、增殖、相关基因的研究

检测47例膀胱癌组织和8例正常膀胱组织的细胞凋亡和增殖状态,并就它们与p53,bcl-2和bax基因之间的关系进行了探讨。结果发现膀胱癌组织增殖水平和凋亡水平与正常对照组之间有非常显著的差异（P<0.001和P<0.01）。随着肿瘤分级的增加,细胞增殖水平的增幅远远大于细胞凋亡水平的增幅（P<0.001）。p53和bcl-2基因的表达分别与细胞增殖和凋亡水平明显相关。提示细胞增殖和凋亡均参与膀胱癌的发生发展,p53和bcl-2基因分别与细胞增殖、凋亡水平的调控有关。     

环状RNA与人类疾病研究进展

环状RNA（circRNA）是有调节功能的非编码RNA,具有结构稳定、丰度高和组织特异性等特征。circRNA作为miRNA的“海绵体”,可以调节其表达,在肿瘤、神经系统疾病、骨骼肌肉系统疾病以及心血管病的发生、发展中有着重要作用。本文对circRNA的形成、功能及其与人类疾病的关系进行了综述。     

膀胱癌组织中MMP-2、MMP 9、VEGF和RECK基因的表达及临床意义

目的:观察MMP-2、MMP-9、VEGF和RECK基因在膀胱癌组织中的表达,探讨膀胱癌转移可能的基因机制.方法:采用RT-PCR法检测50例膀胱癌手术切除标本中MMP-2、MMP-9、VEGF和RECK基因的表达,并分析其临床意义.结果:MMP-2、MMP-9、VEGF和RECK在膀胱癌组织中的阳性表达率分别为80%、56%、78%和64%.膀胱癌组织MMP-2、MMP-9和VEGF三种基因的表达水平高于癌周组织(P＜0.05),而RECK基因的表达水平低于癌周组织(P＜0.05).膀胱癌组织中MMP-2、 MMP-9和VEGF基因的表达水平与膀胱癌组织的病理分级分期密切相关,而RECK基因的表达水平与膀胱癌的分级分期无明显相关.结论:膀胱癌组织存在多基因的表达异常,其发生、发展及转移与多基因联合作用有关.