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相似文献
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1.
目的:采用网络药理学和分子对接的方法探究西黄丸防治非小细胞肺癌(NSCLC)潜在分子机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及BATMAN-TCM数据库中筛选分析西黄丸的有效活性成分及作用靶点。在GeneCards数据库与人类孟德尔遗传数据库(OMIM)中检索获取NSCLC的相关靶点,选取与西黄丸的交集靶点作为研究靶点。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。采用Cytoscape 3.7.0软件构建药物-靶点-疾病可视化互作网络图。使用DAVID数据对筛选分析出的关键靶点,进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后运用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果:通过筛选得到西黄丸51个主要活性成分,包括槲皮素、β-谷甾醇等,其中作用于NSCLC的靶点有178个,关键靶点有MAPK1、JUN、AKT1、TP53、RELA等。GO和KEGG分析结果显示,西黄丸治疗NSCLC的机制涉及多个生物学过程及PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等多种信号通路。药物有效活性成分与关键靶点对接活性良好。结论:网络药理学分析显示西黄丸治疗NSCLC是多成分、多靶点、多通路协同起效,为后续相关实验提供了充分的理论依据。  相似文献   

2.
目的:通过网络药理学-分子对接方法研究益气逐瘀汤针对胃癌的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医百科全书数据库(ETCM)获得益气逐瘀汤所有药物的化学成分和作用的有关靶点,通过GeneCards、OMIM、GEO数据库筛选出胃癌的靶点,通过运用R语言取交集进行维恩分析,对得到的靶点导入Cytoscape 3.7.2软件中,构建活性成分靶点网络,并将其导入String数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytoscape 3.7.2中的Bisogenet插件进行网络拓扑分析。同时运用R语言Bioconductor平台对益气逐瘀汤治疗胃癌的潜在靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并将结果导入Cytoscape 3.7.2软件中绘图,得到KEGG网络关系图。运用分子对接软件Autodock vina,将核心靶点与活性成分对接,最后用Plmoy绘制图片。结果:共得到216个化学成分和1 105疾病靶点,其中交集靶点38个。关键靶点包括IL-6、MMP9、PTGS2.GO功能分析主要与脂多糖的表达,氧化酶还原活性等有关。KEGG分析显示益气逐瘀汤治疗胃癌主要是通过IL-17、TNF、核因子κB、TLR和癌症相关信号通路发挥作用。分子对接结果显示与MMP9结合性能最好。结论:益气逐瘀汤治疗胃癌是通过多成分、多靶点来发挥作用,为进一步研究其作用机制奠定了基础。  相似文献   

3.
目的:本文借助计算机网络药理学和分子对接技术预测牡丹皮、丹参治疗银屑病的潜在分子作用机制。方法:首先将中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)平台筛选到的疾病和药对成分靶点取交集,获得交集靶点后进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,利用Cytoscape 3.8.2构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络和“成分-靶点-通路”图,最后使用Schrdinger Maestro 11.8进行分子对接试验。结果:共得到牡丹皮、丹参治疗银屑病的活性成分58个和靶点95个,主要参与脂多糖应答、炎症反应、营养水平、氧化应激等方面的生物过程,调控白细胞介素-17(IL-17)、肿瘤坏死因子(TNF)、辅助性T17(Th17)细胞分化、缺氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路。分子对接结果证实主要活性成分和核心靶点亲和力高。结论:牡丹皮-丹参配伍可从多成分、多靶点、多通路治疗银屑病。  相似文献   

4.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨白头翁汤抗结直肠癌的作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选白头翁汤的活性成分和对应靶点,利用疾病靶点数据库查找结直肠癌靶点,并通过venny2.1.0软件得到交集靶点,通过STRING数据库构建靶点互作网络图;采用Cytoscape软件构建方剂-药物-成分-靶点网络,对交集靶点进行GO和KEGG富集分析,最后采用分子对接技术对主要活性成分和关键靶点的结合能力进行验证。结果:白头翁汤包括白头翁、黄连、黄柏、秦皮4个主要活性成分以及182个潜在作用靶点,GO富集分析显示基因富集于2226条生物过程(BP)、70个细胞组成(CC)及197种分子功能(MF);KEGG富集分析提示共同靶点富集于171条通路,分子对接提示主要活性成分与关键靶点具有较好对接活性。结论:白头翁汤对结直肠癌的治疗作用发挥可能与槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇等成分调控TP53、MAPK1、MAPK14、RELA等基因以及影响TNF、IL-17等信号通路相关。  相似文献   

5.
李增  张明雪 《辽宁中医杂志》2023,(1):120-124+222-224
运用网络药理学和分子对接方法探究丹蒌片在冠心病治疗过程中的活性成份以及可能的作用机制,为后续临床试验的广泛靶向代谢组学分析提供参考,为其治疗冠心病提供现代医学理论依据。首先通过TCMSP数据库获取丹蒌片复方中药材有效成份和药物潜在靶点,通过Drugbank和Genecards数据库筛选出冠心病疾病靶点,将筛选出的药物靶点与疾病靶点取交集,获取丹蒌片治疗冠心病的靶点集。通过String数据库对靶点集进行PPI分析,并筛选核心靶基因。基于Metascape数据库对交集基因进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,最后采用Auto Dock、Pymol软件对丹蒌片关键作用成分与作用靶点进行分子对接验证和可视化处理。结果共筛选得到165个丹蒌片活性成份,344个药物靶点,获得冠心病疾病靶点947个,145个药物与疾病交集基因。通过GO功能富集分析和KEGG通路分析,结果主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示药物8种关键活性成分与作用靶点受体蛋白对接良好。该研究初步揭示了丹蒌片药物活性成份...  相似文献   

6.
目的:采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络数据库(STRING)构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论:土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等相关靶点起到治疗寻常型银屑病的功效,本研究初步揭示了土茯苓治疗寻常银屑病的潜在活性化合物与可能作用机制。  相似文献   

7.
目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌骨质疏松症的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)和中医综合数据库(TCMID)获取益肾健骨方的活性成分和靶点,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为阈值进行潜在活性成分筛选。通过药物靶标数据库(TTD)、药物数据库(DrugBank)、疾病相关的基因与突变位点数据库(DisGenet)数据库收集疾病靶点,筛选出与益肾健骨方的交集靶点。运用Cytoscape3.7.2构建疾病-化合物-靶点网络,蛋白相互作用网络(PPI)。采用Metascape进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因百科全书(KEGG)通路富集分析,通过分子对接将关键靶点和潜在靶点与活性成分的相互作用进行验证。结果 益肾健骨方中共筛选到药代动力学较好的活性成分β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、槲皮苷、山柰酚等113种,得到GO富集条目(P<0.05)1048条,KEGG通路富集得到84条信号通路(P<0.05)。分子对接结果显示槲皮苷与核心靶点和潜在靶点结合稳定,涉及肿瘤通路、人乳头瘤病毒感染通路、PI3K-Akt信号通路等。大鼠体内实验验证益肾健骨方可以增加骨小梁密度及骨组织胶原溶剂比,改善大鼠骨质疏松状态。结论 益肾健骨方可能通过多靶点、多通路治疗乳腺癌绝经后骨质疏松症。  相似文献   

8.
目的:采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果:筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT3、VEGFA、IL6、TP53、EGF、AKT1、JUN、MAPK8、EGFR、TNF基因可能起着关键的作用。结论:杜仲叶可能通过减轻氧化应激损伤、抑制破骨细胞形成、促进成骨细胞形成等作用发挥抗骨质疏松作用。  相似文献   

9.
目的:基于网络药理学和分子对接技术,探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具(BATMAN-TCM)平台检索强力定眩片活性成分,使用Swiss Target Prediction数据库,对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、治疗靶点数据库(TTD)得到高血压相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,获取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心蛋白。使用MCODE对PPI网络进行蛋白聚类分析。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,Hiplot分析平台进行基因本体(GO)富集分析,再使用Autodock Vina和Pymol实现核心成分-核心蛋白的分子对接。结果:检索得到强力定眩片活性成分44个,作用靶点679个,疾病相关靶点2 367个,药物与疾病的交集靶点305个。KEGG分析显示,交集基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、HIF-1等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要富集于循环系统调控过程、血管管径调节、MAPK级联正向调节、血压调节等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白均有较好的结合活性。结论:强力定眩片可能通过调控肾素-血管紧张素-醛固酮系统、血管平滑肌收缩、氧化应激、钙离子通道等方式,起到降低血压的功效。  相似文献   

10.
目的 基于网络药理学及分子对接方法探讨大豆异黄酮(SI)治疗骨质疏松(OP)的可能作用机制。方法 通过文献检索收集SI所含成分,并利用SwissADME数据库根据Lipinski类药五原则评估各成分的药代动力学参数,筛选SI有效活性成分。通过STITCH及SwissTargetPrediction数据库预测SI有效活性成分的作用靶点;通过TTD、DrugBank及DisGeNET疾病数据库获取OP疾病相关靶点。将SI活性成分靶点与OP疾病相关靶点导入Draw Venn Diagram在线平台,得到两者交集靶点(共同靶点),即SI治疗OP的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件构建SI治疗OP的“活性成分-潜在作用靶点”网络。通过STRING数据库和Cytoscape软件对交集靶点进行蛋白相互作用(PPI)分析,并用cytoHubba插件筛选出核心靶点。利用Metascape平台对交集靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析。利用AutoDock Vina软件对SI有效活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 共收集大豆异黄酮成分12种,通过SwissADME数据库筛选出3种有效...  相似文献   

11.
刘志萍  王进军 《中草药》2009,40(3):500-附1
毒隐翅虫素(pederin)是毒隐翅虫属昆虫在体内生物合成的一种动物毒素,用以抵御天敌.Pederin接触到人或动物的皮肤时可引起线性皮炎,pederin可抑制细胞的有丝分裂,阻碍蛋白质与DNA的生物合成,在癌症治疗与细胞生物学研究方面具有重要意义.目前认为pederin可能是通过两条途径合成,现就此两条合成途径进行详细的介绍,但其中的部分基因簇及基因迄今仍不为所知.  相似文献   

12.
恶性肿瘤是世界范围内严重威胁人类健康的重大慢性病,也是21世纪中国乃至全球最严重的公共卫生问题之一,如何有效的控制以至于治愈肿瘤也是当今医学领域中亟待解决的首要问题之一。手术以及放化疗目前仍是其主要治疗方式,其中放化疗带来的副作用不容忽视。因此寻找毒性低,作用强并且对肿瘤细胞具有靶向性的新型抗肿瘤药物具有重要的现实意义。辣椒碱又名辣椒素,是一种从茄科辣椒属植物中分离出来的脂溶性香草酰胺的植物碱,化学结构式为(反式)8-甲基-N-香草基-6-壬烯酰胺(C18H27NO3),呈单斜长方形片状无色结晶,它是辣椒中的主要生物活性成分。辣椒碱的药理作用十分广泛,不仅具有抗氧化、预防心血管疾病、保护胃肠黏膜、镇痛、抗炎和止痒等多种功效,而且具有很强的抗肿瘤作用。大量研究证实,辣椒碱在体内和体外均具有显著的抗肿瘤作用,辣椒碱既可通过调控致癌物质的代谢以及致癌物与DNA的相互作用,从而发挥癌症化学预防作用,也可通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导肿瘤细胞周期阻滞、促进肿瘤细胞凋亡、抑制肿瘤细胞迁移、侵袭和转移及抑制肿瘤血管生成、调控肿瘤细胞自噬和介导肿瘤免疫等方式进而发挥抗肿瘤作用。本文通过检索近年来与辣椒碱相关的国内外文献,并对其进行分析、归纳、总结,从辣椒碱抑制肿瘤细胞增殖、诱导肿瘤细胞周期阻滞、促进肿瘤细胞凋亡、抑制肿瘤细胞迁移、侵袭和转移及抑制肿瘤血管生成、调控肿瘤细胞自噬和介导肿瘤免疫等过程的主要作用分子机制及靶点进行综述,为今后进一步研究及合理开发利用辣椒碱提供科学依据和理论基础。  相似文献   

13.
目的:探索沈氏降压四物汤治疗高血压的分子机制。方法:参考《中药大辞典(第二版)》查找降压四物汤(组成钩藤、泽泻、川芎、莱菔子)每味药的活性成分,应用Pub Chem数据库检索这些成分对应的靶蛋白;在Pub Med gene数据库中检索高血压的相关基因;将上述数据集导入分子网络分析平台,分别构建靶蛋白和基因的分子网络及生物学通路;通过网络比较,可视化呈现降压四物汤治疗高血压的作用靶点和分子网络机制。结果:降压四物汤主要针对核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB),血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)和细胞外信号调节激酶1/2(extracellular signal-regulated kinase1/2,ERK1/2)分子靶点及通过调控G蛋白偶联受体信号通路(G-protein coupled receptor signaling,GPR signaling)和血管内皮生长因子信号通路(VEGF signaling)对高血压发挥疗效。结论:降压四物汤是治疗高血压的有效方剂,采用分子网络分析方法能够预测中药复方治疗病证的分子机制。  相似文献   

14.
随着现代生物技术的发展,海洋药物的研究已达到分子水平。本文从海洋药用生物的鉴定及其分类进化、分子遗传标记育种、外源药物基因表达、病虫害防治、药用有效成分的代谢调控、海洋生物药物功能基因的研究和开发等六个方面对分子海洋药物学进行了概述和展望。  相似文献   

15.
16.
目的:通过网络药理学及分子对接探讨熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。方法:基于毒性与基因比较数据库(comparative toxicogenomics database,CTD),Drug Bank数据库,中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)等检索熊果酸的潜在治病靶点。通过DAVID生物信息学资源(DAVID bioinformatics resources)数据库对潜在靶点进行通路富集分析,STRING进行蛋白相互作用,采用分子对接技术(i GEMDOCK,Systems Dock)对熊果酸和类风湿性关节炎靶标蛋白进行能量匹配。筛选发挥抗类风湿性关节炎作用的潜在靶点。结果:收集相关靶标蛋白66个,DAVID通路富集得到27条信号通路(P0.01),其中类风湿性关节炎通路关键靶标蛋白11个(基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,白细胞介素-6,转录因子AP-1,肿瘤坏死因子,血管内皮生长因子A,集落刺激因子-2,白细胞介素-1β,转化生长因子-β1,细胞黏附分子-1,原癌基因蛋白c-Fos)。通过蛋白相互作用发现有4个靶标蛋白具有实验数据支持。通过分子对接表明熊果酸主要通过基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,肿瘤坏死因子,转录因子AP-1,白细胞介素-1β发挥抗类风湿性关节炎的作用。结论:本研究结果初步揭示熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。  相似文献   

17.
 目的测定低分子肝素的分子量及其分布。方法高效体积排阻色谱,以0.2mol·L-1硫酸钠水溶液(pH 5.0)为流动相,TSK-GEL G2000SWxl凝胶色谱柱,示差折光检测器与多角激光光散射仪联用。结果获得了供试品的分子量与分子量分布,并与《欧洲药典》中规定的高效体积排阻色谱法的测定结果比较,结果一致。结论本法不需要分子量对照品,可以直接测定低分子肝素分子量及其分布,快速简便,结果该确。  相似文献   

18.
目的 通过网络药理学和分子对接,预测柴胡疏肝散(Chai Hu Shu Gan San,CHSGS)治疗肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的分子靶点,构建预后模型和列线图。方法 从TCGA和GEO数据库筛选出差异表达基因、加权共表达基因和聚类模块与正常组的差异基因;将四者取交集,得到HCC发生发展密切相关的基因;从TCMSP和SymMap数据库下载CHSGS的化合物和靶点,进一步将CHSGS的靶点与HCC相关基因进行取交集得到治疗HCC相关靶点,将其治疗HCC相关靶点进行GO和KEGG功能富集分析;使用SymMap数据库,构建CHSGS治疗HCC“病-证-方/药”网络。将PPI和构建的药物靶点网络取交集,得到核心的靶点,进一步使用cox LASSO回归分析构建相关的预后模型;结合临床性状使用单因素和多因素cox分析构建列线图;使用分子对接评估分子靶点的结合情况。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库进行核心靶点的免疫组织化学染色验证。结果 得到了HCC发生发展密切相关基因890个。CHSGS治疗HCC靶点38个。GO和KEGG分析显示,CHSGS治疗HCC可能与对无机物的反应、类固醇代谢过程和对细胞外刺激的反应有关;CHSGS治疗HCC可能与FOXM1信号通路有关。cox LASSO回归构建了预后模型,其模型公式为:(0.1165)*CCNB1 + (-0.0396)*PON1 + (0.0888)*CHEK1 + (0.0521)*SPP1 + (0.0093)*NQO1 + (0.0102)*SERPINE1 + (0.0012)*IGFBP3。单因素cox联合多因素cox分析显示,ESR1、T分期是独立的预后危险因素。列线图结果显示,其c-index为0.68,P<0.001。分子对接结果显示,异鼠李素与ESR1的结合良好。免疫组织化学染色结果在蛋白质水平验证了结果的准确性。结论 异鼠李素可能是CHSGS治疗HCC的主要成分之一,CHSGS治疗HCC的靶点用以构建的预后模型可以用于患者预后的评估,根据ESR1的表达水平、T分期构建的列线图可用于患者总体生存率的估算。  相似文献   

19.
卵巢癌的早期转移易通过腹腔内播散,生长因子和细胞因子参与的肿瘤微环境诱导了肿瘤细胞的上皮-间质化转换,从而使肿瘤细胞获得了迁移和入侵的能力。从转移抑制基因、上皮间质转化、肿瘤微环境等方面,详细阐述卵巢癌转移的分子调控机制。  相似文献   

20.
转移是癌症患者死亡的主要原因 ,转移造成广泛的癌细胞播散以及异质性的癌细胞成分 ,使目前的治疗手段 (手术、化学治疗和放射治疗等 )均难以奏效。对肿瘤工作者的重大挑战就是要能预测肿瘤的转移力 ,阻止浸润转移的发生 ,准确并早期测定体内形成的转移灶 ,并将之摧毁。为此 ,需深入了解转移过程中某些激活或扩增的相关因子 (如基因或基因产物 ) ,这些因子与肿瘤恶性倾向关系密切 ,可特异地反映肿瘤侵袭、转移能力 ,不仅可作为判断肿瘤恶性转移的预见指标 ,而且有助于诊断和采取合适的治疗措施。肿瘤转移是一种主动过程 ,需要肿瘤细胞运动 ,…  相似文献   

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