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1.
目的 评价线性探针杂交技术(简称MTBDRplus技术)对福州地区耐药结核杆菌的检测效果,并了解该地区耐药结核分枝杆菌的耐药基因特征方法 选取246株临床结核分枝杆菌分离株,以传统罗氏药敏试验为金标准,评价MTBDRplus技术在临床上应用的检测效果,分析耐药基因突变分布频率结果 与传统罗氏药敏试验相比较,MTBDRplus检测利福平(RIF)和异烟肼(INH)耐药性灵敏度分别为91.7%(11/12)和83.3%(15/18),MTBDRplus检测RIF和INH耐药性特异度分别为99.6%(233/234)和95.2%(217/228)。12例rpoB基因存在突变的结核分枝杆菌中,58.3%rpoB基因S531L突变;26例katG和inhA基因存在突变的结核分枝杆菌中,57.7%(15/26)katG基因315突变;存在C15T位点突变的菌株仅9.1%(1/11)为INH耐药菌株结论 MTBDRplus技术是一个敏感、特异的快速诊断耐多药结核病的有效方法,该技术在福州地区具有较好的应用前景。福州市耐药结核分枝杆菌以rpoB S531L和katG S315T突变型为主。建议谨慎判断结核分枝杆菌inhA基因C15T位点突变引起的INH耐药。  相似文献   

2.
目的 比较基因芯片和比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)在检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药性中的应用效果。方法 选取2013年9月至2016年12月海南医学院第二附属医院598例涂阳肺结核住院患者的痰标本,具有传统药敏结果和基因芯片结果的484例患者纳入分析。采用基因芯片法检测rpoBkatGinhA基因耐药突变位点及频率,以比例法药敏试验结果为金标准,比较两种方法的符合率。结果 基因芯片和比例法药敏试验检测结核分枝杆菌对利福平的耐药性符合率为93.8%(454/484),对异烟肼的耐药性符合率为89.0%(431/484),对耐多药的符合率为95.5%(462/484)。118株检测到rpoB基因发生突变,优势突变位点为531,占56.8%(67/118);其次突变位点是526,占19.5%(23/118);516突变位点占12.7%(15/118)。97株检测到katGinhA基因突变,最常见的突变位点是katG315,占82.5%(80/97),inhA均为-15突变类型,占14.4%(14/97)。结论 基因芯片法与比例法具有很好的一致性,可成为筛查结核分枝杆菌对利福平和异烟肼是否耐药的快速有效的方法。  相似文献   

3.
目的 了解耐多药(MDR)和广泛耐药(XDR)结核分枝杆菌(MTB)katGinhA基因突变特征及其与对丙硫异烟胺(PTH)耐药的相关性。方法 选取2016年2月至2017年2月首都医科大学附属北京胸科医院确诊的132例MDR-TB或XDR-TB患者作为研究对象。研究对象临床分离株均培养阳性且鉴定为MTB,具有异烟肼(INH)、利福平(RFP)、左氧氟沙星(Lfx)、阿米卡星(Am)、卷曲霉素(Cm)及PTH的药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果,同时具有katGinhA突变检测结果。分析MTB临床分离株katGinhA突变特征及对PTH耐药的相关性。结果 132株临床分离菌株中MDR-MTB有89株(67.4%)、前广泛耐药结核分枝杆菌(pre-XDR-MTB)有26株(19.7%)、XDR-MTB有17株(12.9%)。菌株对PTH的总耐药率为22.7%(30/132),在MDR-MTB、pre-XDR-MTB、XDR-MTB中分别为11.2%(10/89)、30.8%(8/26)、70.6%(12/17)。XDR-MTB对PTH的耐药率明显高于MDR-MTB(χ 2=30.57,P<0.01)和pre-XDR-MTB(χ 2=6.55,P<0.05)。inhA突变率(合并及不合并katG突变)在MDR-MTB、pre-XDR-MTB、XDR-MTB中分别为19.1%(17/89)、23.1%(6/26)、17.6%(3/17)。在MDR-MTB、pre-XDR-MTB、XDR-MTB的PTH耐药株中,只有5/10、4/8、3/12发生inhA基因突变。 结论 从MDR-MTB到XDR-MTB临床分离株,对PTH的耐药率明显增加,inhA基因突变率下降,inhA突变可能不是XDR-MTB对PTH耐药的主要原因,未检测到inhA突变的菌株并不一定对PTH敏感。  相似文献   

4.
目的 分析异烟肼(INH)耐药肺结核患者对丙硫异烟胺(Pto)和对氨基水杨酸(PAS)的耐药情况,并分析inhA基因突变与Pto耐药的相关性。方法 采用回顾性分析的方法,收集2018年1月1日至2020年12月31日就诊于西安市胸科医院且符合入组标准的849例INH耐药肺结核患者对Pto和PAS的耐药资料及INH耐药基因(PCR熔解曲线法)。采用Kappa一致性检验进行inhA基因突变与Pto耐药的相关性分析。结果 849例INH耐药肺结核患者中,Pto的耐药率为3.89%(33/849),PAS的耐药率为11.90%(101/849)。518例行PCR熔解曲线检测INH耐药基因的患者中,katG基因突变率为73.75%(382/518),inhA基因突变率为15.83%(82/518),Pto耐药率为3.86%(20/518);82例inhA基因突变者中,Pto耐药7例(8.54%),与Pto耐药者中发生inhA基因突变者(35.00%,7/20)的一致性较差(Kappa=0.080)。结论 INH耐药肺结核对Pto的耐药率较低,对PAS的耐药率较高;inhA基因突变与Pto耐药的发生一致性较差。  相似文献   

5.
目的 探究结核分枝杆菌中利福平和异烟肼耐药基因突变谱的分布,为研发更为精准的耐药分子诊断技术和临床决策提供依据。方法 收集国家耐药监测点新疆维吾尔自治区柯坪县、岳普湖县和疏勒县193株和湖南省怀化市、永顺县、祁东县、桃江县和耒阳市592株结核分枝杆菌。采用微孔板法测定菌株的最小抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)。根据药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果选取利福平和异烟肼耐药菌株,经CTAB/NaCl法提取核酸后进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),将所得基因组原始序列过滤后上传至TBprofiler分析工具以确定耐药基因型。结果 785株结核分枝杆菌中,124株(15.80%)为利福平和(或)异烟肼耐药,包括利福平耐药74株,异烟肼耐药111株,耐多药61株(7.77%)。97.22%(70/72)利福平耐药菌株检测出rpoB基因位点突变,其中98.57%(69/70)的突变位于利福平耐药决定区(RRDR),1株检测出RRDR区以外的与利福平耐药相关的罕见突变I491F。利福平耐药突变主要位于rpoB 450、rpoB 445及rpoB 435密码子,占81.43%(57/70),其中rpoB S450L突变出现的频率最高(45.71%,32/70), rpoB 450位点突变对应高浓度利福平耐药(MIC≥16μg/ml),rpoB 452 位点突变主要对应低浓度利福平耐药(MIC=2μg/ml)。93.58%(102/109)的异烟肼耐药菌株存在耐药相关基因突变,85.29%(87/102)的异烟肼突变位于katG 315及fabG1启动子区,katG S315T为最常见的耐药突变(57.84%,59/102),主要对应高浓度异烟肼耐药(MIC≥2μg/ml),其次为fabG1(C15T)(16.67%,17/102),主要对应低浓度异烟肼耐药(MIC=0.25~1.00μg/ml)。结论 不同耐药基因突变导致的结核分枝杆菌耐药水平不同。对于利福平,rpoB 452位点突变对应低浓度耐药,rpoB 445和450位点突变对应高浓度耐药;对于异烟肼,发病fabG1-15突变对应低浓度耐药,katG 315突变对应高浓度耐药。  相似文献   

6.
目的 设计和评价微测序基因芯片检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的价值。方法 于北京结核病临床数据和样本资源库选取MTB实验室标准菌株(H37Rv)和109株MTB临床分离株,采用绝对浓度法进行表型药物敏感性试验(简称“表型药敏试验”)和基因测序法检测MTB耐药相关基因突变(包括inhAkatGrpsLgyrArrseisrpoBembB基因)。以荧光标记探针为基本检测原理设计制备微测序基因芯片,检测109株MTB临床分离株耐药基因突变,分析微测序基因芯片的检测效能。结果 通过表型药敏试验及基因测序检测,明确了109株MTB临床分离株耐药相关基因(inhAkatGrpsLgyrArrseisrpoBembB基因)突变位点及突变形式。微测序耐药检测基因芯片初期设计包含了katGinhArpoBgyrAembBrpsLrrseis基因的目前已报道的所有突变位点的全部已知突变形式,共计220条探针,并确认出67条优秀探针。采用包含67条探针的微测序耐药检测基因芯片对109株MTB临床分离株进行检测。结果发现,与测序结果相比,除检测embB基因突变的2条探针外,其余65条探针检测碱基突变形式的符合率均超过95%,其中42条探针检测的符合率达到100.00%。以测序结果为参照标准,基因芯片检测对embB基因、gyrA基因、inhA基因、katG基因、rpoB基因、rpsL基因、eis基因和rrs基因突变检测的敏感度分别为64.21%(61/95)、80.00%(8/10)、95.83%(23/24)、98.55%(68/69)、92.63%(88/95)、93.85%(61/65)、75.00%(3/4)和94.44%(17/18);特异度分别为92.86%(13/14)、100.00%(99/99)、97.65%(83/85)、87.50%(35/40)、85.71%(12/14)、63.64%(28/44)、100.00%(105/105)和98.90%(90/91);Kappa值分别为0.29、0.88、0.92、0.88、0.68、0.60、0.85、0.93。结论 本研究研发设计了一套包含67条探针微测序耐药基因检测芯片,经过初步验证后证明其检测MTB耐药相关基因突变的效能较好,对embB基因的耐药检测探针还需进一步优化,使之更好的满足临床需求。  相似文献   

7.
目的 探讨结核分枝杆菌katG ACT271CCT(Thr271Pro)基因点突变对异烟肼耐药性的影响方法 应用基因克隆技术合成野生型katG、突变型katG(AGC315ACC)和katG(ACT271CCT)基因片段,分别重组至质粒pET22b(+),转入表达菌BL21(DE3)pLySs,IPTG诱导目的蛋白表达,亲和层析法对目的蛋白分离纯化。最终检测重组katG蛋白过氧化物酶及过氧化氢酶活性。此外,通过软件AutoDock4.0采用半柔性对接方式分别模拟野生型katG蛋白、Thr271Pro突变型katG蛋白与异烟肼相互作用结果 成功获得纯化katG重组蛋白。相比野生型katG蛋白(过氧化氢酶活性361.5 U/mg和过氧化物酶活性77.6 U/mg),Thr271Pro突变型katG蛋白过氧化氢酶和过氧化物酶活性分别下降56%和63%(158.8 U/mg和28.7 U/mg),而Ser315Thr突变型katG蛋白过氧化氢酶和过氧化物酶活性分别下降74%和75%(96.2 U/mg和19.7 U/mg)。分子对接结果提示,异烟肼与Thr271Pro突变型katG蛋白结合自由能较野生型升高,Thr271Pro突变蛋白与异烟肼结合的亲和性降低。271位氨基酸突变后, Thr271Pro突变型katG蛋白氧化反应活性空腔发生一定的变形结论 katG Thr271Pro基因突变引起katG蛋白酶活性部分缺失和氧化反应活性空腔发生变形,导致异烟肼耐药。  相似文献   

8.
目的 回顾性分析福建省龙岩市411例肺结核患者对利福平和异烟肼的耐药状况,为当地结核病防治工作提供科学依据。方法 收集2016年5月12日至2019年8月17日福建省龙岩市第二医院门诊及收住入院并确诊为肺结核的411例患者,其中初治患者312例,复治患者99例。作者对两组患者411株结核分枝杆菌临床分离株采用基因芯片技术进行利福平与异烟肼耐药性及其相关耐药基因突变位点的检测。采用Excel 2003和SPSS 20.0软件进行数据的整理和统计学分析,计数资料的比较采用χ 2检验,以P<0.05为差异有统计学意义。结果 411例肺结核患者中,初治患者利福平和异烟肼任一位点突变率[9.3%(29/312)]明显低于复治任一位点突变率[54.5%(54/99)](χ 2=95.483,P<0.05);初治患者同时耐利福平和异烟肼的耐药率(简称“耐两药率”)[2.9%(9/312)]明显低于复治耐两药率[33.3%(33/99)](χ 2=75.944,P<0.05)。利福平和异烟肼任一位点突变率为20.2%(83/411),其中利福平耐药基因ropB的突变率为5.4%(22/411),20例为单一位点突变,2例为双位点突变,以531(C→T)突变频率最高[40.9%(9/22)];异烟肼耐药基因katGinhA的突变率为4.6%(19/411),其中13例为katG基因突变,6例为inhA基因突变,以315(G→C)突变频率最高[63.2%(12/19)];耐两药率为10.2%(42/411),其中40例为双位点突变,1例为三位点突变,1例是四位点突变,以531(C→T)315(G→C)突变频率最高[47.6%(20/42)]。结论 龙岩市肺结核耐药患者以耐两药为主,复治患者耐两药的情况较初治患者严重,防治形势严峻。  相似文献   

9.
目的 研究结核分枝杆菌(MTB)对异烟肼(INH)和丙硫异烟胺(Pto)的耐药情况,分析INH耐药相关基因(katG、inhA、ahpC、kasA)及与Pto交叉耐药相关基因的突变特点。方法 对233株INH耐药MTB临床分离株(37株对Pto同时耐药)的katG、inhA、ahpC、kasA基因进行扩增及序列分析。结果 耐异烟肼菌株中未发现katG完全缺失,223株 (96.5%)耐药株katG存在点突变、插入,其中 2个突变位点未见报道。195株 (83.6%)耐药株的第 315位点突变;189株 (81.1%)耐药株第463位点突变(R463L),其中166株 (71.2%)与第 315位点联合突变;在其他位点发生突变的菌株4株,包括D448G 1株、D419H 1株和2株同义突变。 11株(4.72%) INH耐药菌株中inhA点突变,包括S94A 1株、I194T 1株,C-15T 9株。37株Pto耐药的菌株中,8株点突变且均为inhA C-15T(4株为inhA单基因点突变C-15T,4株发生katG S315T和inhA C-15T的双基因联合突变)。全部耐药菌中有1株为ahpC基因突变,未发现有kasA基因突变。结论 进一步证实katG315和inhA-15基因位点突变与MTB对INH耐药密切相关;INH与Pto存在着交叉耐药,但耐药率较低,Pto耐药的发生与inhA-15位点突变密切相关。  相似文献   

10.
目的 利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法 对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果 447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH, 81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP, 59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm, 66.0% (198/300)]、embB-306-M/V[EMB, 35.5% (94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA, 8.9% (11/123)]、gyrA-90-A/V [Ofx, 31.5% (39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1% (25/52)]、rrs-1401-A/G [Cm, 100.0% (27/27)]、rrs-1401-A/G [Km, 84.4% (27/32)]、inhA-15-C/T[Eto, 84.2% (48/57)]、thyA-75-H/N[PAS, 31.3% (10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6% (378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型: 37.0%(140/378)、L2.3型: 61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4% (7/67)、10.4% (7/67)](χ 2值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC-43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](χ 2=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T(INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T(Eto) 在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2% (19/231)、61.9%(143/231)、 59.3% (137/231)、15.6% (36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9% (4/140)、49.3% (69/140)、37.9% (53/140)、3.6% (5/140);χ 2值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)]。结论 深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主。  相似文献   

11.
目的: 评价全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)对浙江省结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)耐药相关基因突变特征及其与基因型相关性的耐药分析和检测效能。方法: 对2018—2019年浙江省第五次结核病耐药监测项目收集的808株MTB菌株进行14种抗结核药物的WGS分析。鉴定菌株的基因型及耐药相关基因突变,并对二者相关性,以及WGS检测异烟肼的药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果与表型药敏试验结果的一致性进行分析。结果: 808株MTB菌株中,153株对11种抗结核药物(异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、氟喹诺酮类、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸)发生了耐药相关基因突变,总突变率为18.9%。主要耐药突变类型分别为katG-315-S/T[异烟肼,60.0%(45/75)]、rpoB-450-S/L[利福平,57.1%(16/28)]、embB-306-M/V[乙胺丁醇,43.8%(7/16)]、rpsL-43-K/R[链霉素,65.5%(36/55)]、gyrA-94-D/G[氟喹诺酮类,36.6%(15/41)]、rrs-1402-C/A(阿米卡星,3/3)、rrs-1402-C/A(卡那霉素,3/4)、rrs-1402-C/A(卷曲霉素,3/3)、inhA-15-C/T[乙硫异烟胺,65.0%(13/20)]、thyA-75-H/N(对氨基水杨酸,7/8)。rpsL基因和katG-315位点在北京基因型中的耐药突变率[均为6.8%(40/586)]均明显高于二者在非北京基因型中的突变率[0.0%(0/222)和3.2%(7/222)],差异均有统计学意义(χ2=15.943,P=0.000;χ2=3.964,P=0.046)。WGS耐药性分析对于异烟肼的检测敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、一致率和Kappa值分别为87.5%(49/56)、98.0%(680/694)、77.8%(49/63)、99.0%(680/687)、97.2%(729/750)和0.808。结论: 浙江省MTB菌株对11种抗结核药物耐药相关基因突变以katGrpoBembBpncArpsLgyrArrsthyAinhA基因上的突变为主,其中rpsL基因、katG-315和rpsL-43位点突变与北京基因型相关。WGS耐药性分析对于异烟肼具有全面的耐药检测性能,但对个别基因突变位点的检测性能较弱。  相似文献   

12.
目的应用基因芯片快速检测结核分枝杆菌耐药基因型,建立一种新的分子药敏试验方法。方法以传统药敏试验和PCR-直接测序方法为对照,应用基因芯片快速检测157株结核分枝杆菌临床分离株异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)和乙胺丁醇(EMB)耐药基因(katGr、poB、rp-sLr、rs和embB)的带荧光素标记的PCR产物。结果PCR-直接测序和基因芯片检测36株结核分枝杆菌药物敏感株的5种耐药基因均为野生型。121株结核分枝杆菌耐药分离株中,56株耐INH分离株,katG基因突变率为62.5%,其中katG缺失率为7.5%,315位密码子突变率为55.4%,279位密码子突变率为1.8%;104株耐RFP株,rpoB基因突变率为94.2%,最常见的突变位点为531位和526位密码子(突变率分别为60.6%、15.4%),双位点突变率为5.8%,还发现511、513、515、516、517、518和533位密码子突变;62株耐SM分离株,rpsL和rrs总突变率为88.7%(两者分别为82.3%、6.5%),rpsL突变位于43位和88位密码子(突变率分别为77.4%、4.8%),rrs突变位于513位和516位碱基(突变分别为4.8%、1.6%);57株为耐EMB株,embB基因突变率为61.4%,均为306位密码子突变,最常见的突变为ATG→GTG或ATA(突变率分别为35.1%、15.8%),还发现306位密码子ATG→ATC、ATT和CTG突变。通过基因芯片检出的突变与基因测序结果一致。结论应用基因芯片可分析大多数结核分枝杆菌耐药基因型,弥补传统药敏试验方法的不足,指导临床治疗。  相似文献   

13.
目的了解浙江省耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变特征。方法对65株临床分离菌株rpoB基因509-631位点分别进行PCR-SSCP检测和DNA序列测定,观察不同耐药株rpoB基因突变的规律。结果耐利福平分离株96.4%(27/28)存在rpoB基因突变,其中526位突变率64.3%(18/28),513位突变率21.4%(6/28),531位突变率7.1%(2/28),529位突变率3.6%(1/28);耐其他抗结核药18.5%(5/27)存在rpoB基因突变,突变位点具有随机性。所有敏感菌株均无突变。结论rpoB基因突变与利福平耐药密切相关,浙江省rpoB基因突变主要以526位突变为主,其次为513位,两者占总数的86%(24/28),而耐其他抗结核药菌株也存在rpoB基因的突变,但没有明显规律,且均对利福平敏感。  相似文献   

14.
目的 探索gidB基因突变在结核分枝杆菌链霉素耐药中的作用。方法 结核分枝杆菌临床分离株中,60株为链霉素耐药,30株敏感。同时进行链霉素MIC测定并采用DNA测序法分析gidB,rpsL和rrs基因突变。结果 20%的耐药株含有gidB单基因突变,80%的耐药株除gidB基因突变以外,还有rpsL或rrs基因突变。敏感株中也有gidB基因突变。gidB突变呈散在分布,未发现突变热点。结论 gidB基因突变在结核分枝杆菌链霉素耐药中的作用尚不能肯定。  相似文献   

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