深圳市耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析

目的 利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法 对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果 447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH, 81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP, 59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm, 66.0% (198/300)]、embB-306-M/V[EMB, 35.5% (94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA, 8.9% (11/123)]、gyrA-90-A/V [Ofx, 31.5% (39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1% (25/52)]、rrs-1401-A/G [Cm, 100.0% (27/27)]、rrs-1401-A/G [Km, 84.4% (27/32)]、inhA-15-C/T[Eto, 84.2% (48/57)]、thyA-75-H/N[PAS, 31.3% (10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6% (378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型: 37.0%(140/378)、L2.3型: 61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4% (7/67)、10.4% (7/67)](χ ²值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC-43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3型[74.5%(172/231)](χ ²=10.764,P=0.000),而inhA-15-C/T(INH)、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R和inhA-15-C/T(Eto) 在L2.3型菌株中的突变频率[分别为8.2% (19/231)、61.9%(143/231)、 59.3% (137/231)、15.6% (36/231)]明显高于L2.2型[分别为2.9% (4/140)、49.3% (69/140)、37.9% (53/140)、3.6% (5/140);χ ²值分别为4.319、5.668、16.053、12.797,P值分别为0.038、0.017、0.000、0.000)]。结论 深圳市MDR-MTB菌株中11种药品耐药基因主要突变类型分别为katG-315-S/T、rpoB-450-S/L、rpsL-43-K/R、embB-306-M/V、pncA启动子-11-T/C、gyrA-90-A/V、rrs-1401-A/G、inhA-15-C/T、thyA-75-H/N;基因型为L1、L2和L4型,以L2.2型、L2.3型和L4型为主。     

深圳市耐多药结核患者二线药物耐药及相关因素分析

目的分析深圳市耐多药患者(MDR-TB)二线药物耐药状况以及其相关危险因素。方法选择2015—2017年深圳市耐药监测项目中的MDR-TB作为研究对象,采用比例法检测所有菌株的二线药物(氧氟沙星、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、对氨基水杨酸钠和丙硫异烟胺)敏感性,并通过单因素和多因素分析MDR-TB二线药物耐药性的危险因素。结果 209例MDR-TB患者中,有96例(45.93%)至少对1种二线药物产生耐药,其中氧氟沙星的耐药率最高,为30.62%(64/209),有4例为广泛耐药患者(XDR-TB)。多因素分析结果显示,45～59岁为MDR-TB二线药物耐药的危险因素(OR=2.125,95%CI:0.580～7.783,χ~2值=15.325,P值=0.0010.05)。结论深圳市MDR-TB患者中二线药物耐药情况严重,45～59岁为二线药物耐药的相关危险因素。     

2013—2017年深圳市非结核分枝杆菌流行状况分析

目的 分析深圳市非结核分枝杆菌(NTM)的流行状况,为NTM病防控策略提供依据。方法 搜集2013—2017年深圳市慢性病防治中心和各区慢性病防治院收治的37630例疑似肺结核患者,对上述患者进行痰分枝杆菌培养(BACTEC MGIT 960和改良罗氏法)检出阳性菌株8850株,采用MPB64免疫胶体金法和对硝基苯甲酸生长试验进行结核分枝杆菌复合群和NTM的初步菌种鉴定,对初步菌种鉴定为NTM的菌株应用HAIN基因分型鉴定法进行NTM菌种鉴定。分析NTM菌株在不同年度、性别、年龄、感染类型、地区来源、户籍来源,以及NTM不同种类菌株的分布特征。率的比较采用χ ²检验,以P<0.05为差异有统计学意义。 结果 8850株分枝杆菌培养阳性菌株中,初步菌种鉴定获得366株NTM菌株,检出率为4.14%(366/8850);HAIN基因分型鉴定法确定293株NTM菌株的菌种,鉴定率为80.05%(293/366)。2013—2017年深圳市NTM的检出率呈轻微上升趋势[3.81%(71/1864)~4.50%(82/1821)],但各年度间差异无统计学意义( {\chi }_{\mathit{趋势}}^2 =1.159,P=0.885)。366例NTM感染患者中,女性患者的检出率[4.87%(144/2957)]明显高于男性患者[3.77%(222/5893)](χ ²=6.038,P=0.014);感染的高峰年龄均为25~34岁,分别占28.83%(64/222)和23.61%(34/144),差异无统计学意义(χ ²=1.213,P=0.271)。初治患者、郊区患者、流动人口患者、郊区流动人口患者的NTM检出率 [分别为2.31%(187/8104)、1.77%(105/5909)、3.89%(324/8323)、1.61%(91/5663)]明显低于复治患者[23.99%(179/746)]、市中心患者[8.87%(261/2941)]、户籍人口患者 [7.97%(42/527)]、城区流动人口患者[8.77%(235/2681)](χ ²=810.400、249.512、20.778、248.418,P值均=0.000)。293株NTM分离株中,构成比占前3位者依次为脓肿分枝杆菌[41.64%(122/293)]、鸟-胞内分枝杆菌[22.18%(65/293)]、堪萨斯分枝杆菌[16.04%(47/293)];另外,发现7例[2.39%(7/293)]混合感染类型。 结论 深圳市近几年NTM检出率稳定,分布种类多样,以脓肿分枝杆菌、鸟-胞内分枝杆菌和堪萨斯分枝杆菌为主;多见青壮年感染者,需重点关注女性、复治患者,以及来自市中心、户籍人口、城区流动人口患者的流行情况。     

耐吡嗪酰胺结核分枝杆菌快速检测方法的研究进展

结核病是一种可以治疗、控制和预防的疾病,但现阶段仍是全球大部分地区最严重的公共卫生问题.根据世界卫生组织(WHO)报道,2009年全球结核病患者估计达到940万,患病率为137/10万,每年的死亡人数约为130万.经过多年的预防控制,结核病的发病率逐渐下降,但是总患病人数仍呈上升趋势[1].随着耐多药菌株和广泛耐药菌株的增多,流行情况有进一步恶化的趋势.     

深圳市学校结核病监测中基因分型技术的研究

目的 应用DiversiLab基因分型系统对深圳市学校结核分枝杆菌进行基因分型,初步探讨其分型特征以及在学校结核病监测中的应用。 方法 对来自2015年深圳市学校结核病患者的41株结核分枝杆菌菌株,采用DiversiLab基因分型系统对其进行基因分型。 结果 DiversiLab基因分型系统将41株结核分枝杆菌分为8个基因群,分型显示高度多态性,各个基因群分别占比为Ⅰ群12.2%(5/41)、Ⅱ群22.0%(9/41)、Ⅲ群7.3%(3/41)、Ⅳ群24.4%(10/41)、Ⅴ群17.1%(7/41)、Ⅵ群2.3%(1/41)、Ⅶ群9.8%(4/41)、Ⅷ群4.9%(2/41),以Ⅱ群和Ⅳ群为主。各个基因群的患者均有来自深圳户籍、广东省户籍和广东省外户籍的人口,深圳户籍患者主要基因型集中在Ⅳ群(33.3%,4/12)和Ⅴ群(41.7%,5/12)基因群中。各个基因型与户籍人口之间差异无统计学意义(χ²=15.280,P=0.270>0.05)。研究中发现了5株耐药菌株,耐药菌株同样来自各个不同的户籍人口,但是并未发现统计学联系(χ²=4.237,P=0.077>0.05)。 结论 深圳市学校结核病基因分型存在高度多样性,有主要流行基因群,并且存在跨区域流行传播的可能性。