福建省74株霍乱弧菌PFGE分子分型研究

目的采用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对福建省霍乱监测点采集的霍乱弧菌进行分型,探讨其分布特征。方法福建省2008年采集到不同地区、不同来源的霍乱弧菌74株,用PFGE技术分析电泳酶切指纹图谱,用BioNumerics软件进行聚类分析。结果按照100%的相似度,可将21株小川型菌株分为20个PFGE型、44株稻叶型菌株分为39个PFGE型;按照90%的相似度,稻叶型菌株出现2个优势PFGE型别簇。结论福建省霍乱弧菌PFGE型别存在多态性。加强对外环境霍乱菌株的监测,可为霍乱防控提供有用的本底资料和早期预警;PFGE分型结合流行病学调查,是发现霍乱菌株污染传播链的有效手段。     

深圳市伤寒PulseNet数据库的初步建立与应用

[目的]建立深圳市伤寒PulseNet数据库,用于伤寒的实时监测和分子流行病学调查。[方法]采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术,对深圳市2002～2005年106株伤寒的染色体DNA进行酶切,用BioNumerics软件对PFGE分型图谱电子化数据分析,建立分子分型数据库。[结果]深圳市各年的伤寒菌株变异较多,呈现30多种PFGE图谱。同一起伤寒暴发的临床分离株具有相同的PFGE图谱。[结论]深圳市伤寒PulseNet数据库的初步建立,对直观地分析各起疫情之间的相互关系,对疫情的控制和传染来源的追踪具有重要意义。     

深圳西乡近五年副溶血弧菌的分子特征及血清型别变迁研究

目的了解深圳西乡街道五年来引起感染性腹泻的副溶血弧菌血清型分布、毒力因子及分子流行病学特征,为暴发疫情早期预警预测提供基础数据。方法用传统血清凝集法做血清型鉴定、用荧光PCR法检测毒力基因,再采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对副溶血弧菌进行分子分型。并用BioNumerics软件对PFGE分型图谱进行聚类分析。结果从4 825份标本中,分离出目标致病菌1 077株,其中病原菌副溶血弧菌851株,占79.01%。851株中,563株副溶血弧菌为O3:K6型,占66.15%,其次是O4:K8型,占10.34%。93.4%(795/851)的菌株是tdh+tlh+trh-菌株。对60株O3:K6型副溶血弧菌进行PFGE图谱分析共得到20种不同的PFGE图谱类型,各菌株图谱条带差异小于3条。结论深圳西乡街道五年来副溶血弧菌感染以O3:K6型为主,93.4%的菌株是tdh+tlh+trh-菌株。各菌株图谱具有同源性。     

阪崎肠杆菌自动化核糖体分型的研究

目的 对阪崎肠杆菌食品分离株进行核糖体分型,并分析其分型效果.方法采用杜邦RiboprinterTM指纹图谱分析仪对2株阪崎肠杆菌标准菌株和28株分离株进行核糖体分型,运用BioNumerics数据库软件建立相应的核糖体指纹图谱数据库,进行指纹图谱分析.结果 核糖体分型将2株阪崎肠杆菌标准菌株和28株分离株分成26种核糖体带型,其中22种带型分别对应1株阪崎肠杆菌试验菌株,其他4种带型分别对应2株试验菌株,不同带型之间的最低相似度为31.58%.所有菌株的酶切条带数为10个左右,酶切条带分子量范围位于1～50 kb之间.同时,使用BioNumerics软件对结果进行分群和多维尺度分析,可见核糖体分型主要分为4个群.结论 自动化核糖体分型可以方便快捷的实现阪崎肠杆菌的分型.     

阪崎肠杆菌自动化核糖体分型的研究

目的 对阪崎肠杆菌食品分离株进行核糖体分型,并分析其分型效果.方法采用杜邦Riboprinter~(TM)指纹图谱分析仪对2株阪崎肠杆菌标准菌株和28株分离株进行核糖体分型,运用BioNumerics数据库软件建立相应的核糖体指纹图谱数据库,进行指纹图谱分析.结果 核糖体分型将2株阪崎肠杆菌标准菌株和28株分离株分成26种核糖体带型,其中22种带型分别对应1株阪崎肠杆菌试验菌株,其他4种带型分别对应2株试验菌株,不同带型之间的最低相似度为31.58%.所有菌株的酶切条带数为10个左右,酶切条带分子量范围位于1～50 kb之间.同时,使用BioNumerics软件对结果进行分群和多维尺度分析,可见核糖体分型主要分为4个群.结论 自动化核糖体分型可以方便快捷的实现阪崎肠杆菌的分型.     

阪崎肠杆菌脉冲场凝胶电泳分型的研究

目的对29株阪崎肠杆菌分离株和2株阪崎肠杆菌模式株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型研究。方法分别利用限制性内切酶XbaⅠ和SpeⅠ酶切阪崎肠杆菌染色体DNA进行PFGE分析,利用BioNumerics软件进行聚类分析。结果31株阪崎肠杆菌使用XbaⅠ和SpeⅠ酶切分别有30种PFGE带型。除ES004和ES005外,其他29株阪崎肠杆菌经XbaⅠ或SpeⅠ酶切后的PFGE条带之间均存在不同程度的差异。来源于同品牌同批次中不同包装的产品中的ES004和ES005分离株XbaⅠ和SpeⅠ酶切图谱完全一致(相似度为100%)。根据BioNumerics软件分析结果可知,除分离株ES004和ES005外,其他分离株的带型和样品来源之间无显著相关性。结论虽然XbaⅠ酶切的PFGE带型平均条带少于SpeⅠ,但对阪崎肠杆菌具有足够的分辨率。两种PFGE分型方法都可应用于阪崎肠杆菌的分子分型和溯源。     

深圳市志贺菌脉冲场电泳分子分型分析

目的 分析深圳市2001-2006年分离志贺菌菌株之间的相关性,初步建立志贺菌的脉冲场电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分子分型监测网络.方法 55株志贺菌基因组DNA经Xba Ⅰ酶切,通过PFGE获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析.结果 55株志贺菌被分为41种PFGE图谱,聚类分析显示32株细菌谱型属于同一个群,其余菌株谱型差异较大.结论 深圳地区存在遗传紧密相关的志贺菌流行克隆,也存在遗传不相关克隆.PFGE分子分型监测网络的建立,有助于细菌性痢疾的主动监测、暴发调查和传染源追踪.     

丰台区2013年水产品及腹泻患者中副溶血性弧菌脉冲场凝胶电泳分型

目的 分析丰台区2013年水产品和腹泻患者分离的副溶血性弧菌分子生物学特征及其两者之间的遗传相关性,建立丰台区副溶血性弧菌分子分型数据库。 方法 对水产品及腹泻患者中分离到的72株副溶血弧菌进行PFGE分子分型,利用BioNumerics 5.10分析软件对图谱进行聚类分析。 结果 50株水产品来源的菌株分成48个PFGE型、22株腹泻患者来源的菌株分成13个PFGE型、对菌株间的相似性进行比较发现8个100%同源的PFGE型,其他菌株的分子特征的同源性均大于50%,水产品和腹泻患者来源的菌株分子特征同源性小于80%。 结论 丰台区2013年腹泻患者分离株与水产品分离株间PFGE带型具有相似性,但是两者间的关联需要进一步流行病学证据支持。水产品来源菌株基因型呈多态分布,腹泻患者菌株整体没有发现明显优势菌群。     

一起因厨师携带副溶血性弧菌引起的食物中毒事件检测与溯源

目的 查明一起食物中毒事件发生原因。 方法 采用传统细菌分离鉴定和实时荧光PCR检测相结合的方法对样本进行鉴定,对分离出的副溶血性弧菌进行常规鉴定、血清分型和脉冲场凝胶电泳分型(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)分析,图谱用BioNumerics软件分析并绘制聚类分析图,对分离菌株进行分子分型和同源性分析。 结果 共分离出3株副溶血性弧菌,两株来自病例,一株来自制作凉菜的厨师,血清型均为O3:K6型,经PFGE聚类分析得到2种带型,两名病例菌株带型完全一致,与厨师的菌株带型存在一个条带的差异,为高度相关株。 结论 推断此次食物中毒是由厨师携带副溶血性弧菌污染凉菜所引起的。     

2007年上海市部分嗜肺军团菌血清1型菌株PFGE分型研究

[目的]研究2007年上海市公共场所部分空调冷却塔水中分离出来的嗜肺军团菌1型（L01）的基因特征。[方法]从空调冷却塔水中检测到26株Lp1嗜肺军团菌后,使用脉冲场凝胶电泳（pulsed－field gel electrophorefiifl,PFGE）技术对酶切后的L01军团菌全染色体DNA进行电泳获得指纹图谱,并用BioNumerics软件对其进行聚类分析。[结果]26株LO1军团菌可分为15个PFGE型。菌株间相似性系数在30．00％～100．00％之间不等,大部分菌株的PFGE型别差异明显,无优势型别。大部分PFGE型别的菌株来源场所单一;而大部分同一场所来源的军团菌菌株为相同的PFGE型。[结论]2007年上海市公共场所部分空调冷却塔水中分离出来的Lp1军团菌呈现基因多样性。     

深圳市龙岗区近年伤寒沙门菌耐药性及脉冲场电泳分子分型研究

目的了解深圳市龙岗区近年伤寒沙门菌的耐药性和同源性。方法收集深圳市龙岗区2004—2007年肠道传染病和食物中毒样品中的伤寒沙门菌并用生化和血清学方法进行鉴定,采用改良K-B法进行药敏试验,伤寒沙门菌基因组经限制性内切酶XbaI酶切后,采用脉冲场电泳（PFGE）获得电泳图谱,再利用BioNumerics软件对电泳图谱进行同源性分析。结果共分离到17株伤寒沙门菌,所有菌株均对青霉素和苯唑西林耐药,对第3代头孢菌素、氨基糖苷类、氟喹诺酮类、氯霉素和复方新诺明敏感。64.7%的菌株对3种或以上抗生素中度耐药或耐药。BioNumerics分析结果显示,共有14个不同的PFGE带型出现,除2株以外其余15株分布于3个相似性在85%以上的簇内。结论深圳市龙岗区伤寒沙门菌的耐药已经成为一种非常普遍的现象,需加强监测。氟喹诺酮类和第3代头孢菌素类抗生素在临床上治疗伤寒沙门菌感染仍然可以取得满意效果。深圳市龙岗区可能存在3个伤寒沙门菌的流行克隆,其传播可能是该区伤寒沙门菌发生的主要原因。     

福建省50株沙门菌PFGE指纹图谱研究

目的 分析福建省鼠伤寒及肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)指纹图谱,研究其分型特征.方法 收集2009年50株沙门菌临床分离株,其中30株鼠伤寒沙门菌分离自婴幼儿腹泻患者,20株肠炎沙门菌分离自感染性腹泻患者.选择XbaⅠ酶对沙门菌染色体DNA进行酶切,H9812作为脉冲场凝胶分子量标准.采用PFGE技术分析电泳酶切...     

广州地区小川型霍乱弧菌的脉冲场凝胶电泳分析

目的分析小川型霍乱弧菌的致病相关基因型,探讨广州地区小川型霍乱流行趋势和规律。方法采用多重PCR方法检测小川型菌株的4种致病相关基因,应用脉冲场凝胶电泳技术（PFGE）对菌株进行分子分型,对PFGE图谱采用分子分型软件BioNumerics Version 4.0进行聚类分析。结果广州地区小川型菌株中存在3种致病相关基因型,即A型、B型和C型,20%感染者分离株为致病相关基因A型,80%环境分离株为致病相关基因C型。25株霍乱弧菌分为14个不同的PFGE型,归为3个聚类群（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ群）。每一次小川型暴发中分离的菌株PFGE克隆型相同或相近,而散发病例分离株与暴发株的PFGE型有些相同,有的差异较大。环境小川型菌株中存在PFGE克隆型的多样性,部分环境株与感染者分离株具有相近的PFGE型。结论应建立广州地区霍乱菌株的PFGE分子分型数据库,加强霍乱的预防、控制和预警。     

深圳市1993-2002年霍乱弧菌的脉冲场凝胶电泳分析

目的 分析深圳市1993—2002年霍乱弧菌菌株的相关性。方法 60株霍乱弧菌基因组DNA经Not Ⅰ酶切，通过脉冲场凝胶电泳获得电泳图谱，利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。结果 60株霍乱弧菌被分为39种脉冲场凝胶电泳图谱，聚类分析将大部分菌株分为A、B两群。结论 深圳地区霍乱弧菌存在紧密相关的流行克隆群。霍乱弧菌的脉冲场凝胶电泳分析，有助于霍乱的主动监测和传染来源追踪。     

肺炎克雷伯菌脉冲场凝胶电泳及多位点序列分型技术的联合应用

目的 联合使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)及多位点序列分型(MLST)对肺炎克雷伯菌进行分型研究.方法 参照美国疾病预防控制中心及亚太地区PulseNet提供的PFGE相关标准化操作程序,优化相关电泳条件,对某儿童医院于2005-2006年分离到的59株菌分型分析,对其中高度相似性菌株进行MLST分型分析.结果 59株菌经PFGE分型分析,可分成47个PFGE型,19个PFGE群,具有高度相似性的菌株经MLST分型,其型别分别为ST-340、ST-342、ST-343、ST-344、ST-345,其中ST-342、ST-343、ST-344、ST-345为MLST数据库中中国新发现的ST型.结论 具有PFGE高度相似性的肺炎克雷伯菌可以通过MLST进一步确认或区分.     

表型和分子分型技术在霍乱弧菌研究中的应用

目的分析1999～2005年广州地区O1群和O139群霍乱弧菌代表菌株的致病基因型和PFGE型别,确定霍乱菌株的分子流行病学特征和同源性,研究本地霍乱弧菌的分子特性。方法采用多重PCR方法检测霍乱弧菌的4种致病相关基因,采用限制性内切酶Not I,以脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对菌株进行分子分型,采用分型处理软件BioNumerics Version对PFGE图谱做聚类分析。结果本地霍乱弧菌代表株中存在3种致病基因型(A、B、C型),病例分离的霍乱弧菌多为A型基因,而环境分离的霍乱弧菌则多为C型和B型。总共96株霍乱弧菌分为60个不同的PFGE型,带型范围:8 kb-650 kb。相同或相近的PFGE型(相差1～3条带)存在于多次霍乱暴发疫情分离株中、环境分离霍乱与临床株之间、输入病例与本地病例分离霍乱弧菌间,不同的PFGE克隆型(4～6带及以上)的流行病学联系也较远。结论将致病基因分型、PFGE型与流行病学资料结合,揭示了本地霍乱菌株从受污染的珠江水及水产品传递给人并引起霍乱暴发、散发的特征,提示开展霍乱菌株PFGE分子分型监测及加强地区间合作的必要性和急迫性。