2008年浙江省海盐县市售食品中食源性致病菌污染调查分析

目的了解浙江省海盐县市售食品中食源性致病菌污染状况。方法对海盐县6个主要的集贸市场和2个超市采集7大类13个食品品种601份,进行7类食源性致病菌检测。结果海盐县7大类13个品种601份食品中检出致病菌38株, 检出率为6.32%,其中沙门菌16株,副溶血性弧菌12株,金黄色葡萄球菌10株;生肉和水产品中致病菌检出率分别为12.94%和7.95%;16株沙门菌,除2株未分型外,另14株均为B群,分7个血清型,优势血清型为德尔卑沙门菌、印地安纳沙门菌、阿贡纳沙门菌。结论生肉和水产品是海盐县主要污染食品;沙门菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌是该县食品中常见的污染菌;海盐县食品中沙门菌污染的血清型分布以德尔卑沙门菌为主,其次为印地安纳沙门菌、阿贡纳沙门菌。     

沙门菌血清型多态性与PFGE分型及其相关性研究

目的分析上海青浦区沙门菌血清型的分布情况和分子分型多态性,以及血清型与分子分型的相关性。方法从2015—2018年的人源性样品中分离并收集384株沙门菌,采用玻片凝集法进行血清学分型,脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行基因分型,BioNumerics软件进行聚类分析。结果 384株沙门菌可分为10个血清群、34个血清型别;以鼠伤寒和肠炎沙门菌为优势血清型,分别占24.7%和21.9%;常见血清型有伦敦、德尔卑、罗森、婴儿沙门菌等。341株菌株完成PFGE分型,以肠炎沙门菌的优势簇为主。结论 2015—2018年上海市青浦区沙门菌的血清型别和基因型表现出多态性的特征,各年份优势血清型稳定。同一血清型的沙门菌分子分型基本位于同一聚类簇中,但有部分血清型沙门菌表现出高度的遗传变异性。     

基于基因组序列的3种沙门菌分子血清分型方法比较研究

  目的  比较3种沙门菌分子血清分型方法,获得一种准确度较高的方法用来替代传统的血清凝集技术用于沙门菌血清型判定。  方法  对覆盖50个血清型的509株沙门菌提取核酸进行全基因组测序,根据全基因组序列分别利用多位点序列分型（MLST）、SalmonSeroPredicition以及SISTR（Salmonella in silico typing resource）3种方法在线预测获得每株菌的血清型,然后与传统血清凝集获得的血清型进行一致性比较分析,评估每种方法血清型预测的准确度。  结果  SISTR、MLST以及SalmonSeroPredicition预测血清型的准确率分别为96.67%、93.52%、69.16%。 常见沙门菌血清型印第安纳沙门菌和鼠伤寒沙门菌血清型预测正确率最高,为100%,德尔卑沙门菌、肠炎沙门菌血清型预测正确率分别为99.17%、95.74%。 3种方法均预测错误的血清型有肠炎沙门菌、德尔卑沙门菌和沙门菌的萨拉姆亚种、亚利桑那亚种和双相亚利桑那亚种等;预测错误原因主要是基因序列丢失和鞭毛抗原基因未表达。  结论  基于基因组序列的SISTR血清型预测方法具有较高的血清型预测准确度,在传统血清凝集难以开展或沙门菌鞭毛基因不表达的情况下,可以替代血清凝集试验进行沙门菌血清型判定。     

黑龙江省人源沙门菌流行特征及指纹图谱多态性分析

  目的  了解黑龙江省人源沙门菌的血清型及分子分型特征。  方法  对2016 — 2019年从黑龙江省监测腹泻病例分离的沙门菌进行血清学分型及脉冲场凝胶电泳（PFGE）图谱多态性分析。  结果  2016 — 2019年,9 977例腹泻病例中共检出303株人源沙门菌,其中大庆、哈尔滨、齐齐哈尔市检出率较高,第二季度沙门菌检出率显著高于其他季度,16～及56～岁年龄组人群沙门菌检出率高于其他年龄组。 黑龙江省人源沙门菌包含46种血清型,肠炎沙门菌占40.59%,为主要血清型。 肠炎沙门菌共有67种PFGE谱型,型别多样,分为3个带型簇,54.10%的优势谱图菌株来源于≤5岁婴幼儿。  结论  16～及56～岁年龄组人群是人源沙门菌感染的高危人群,而肠炎沙门菌为主要血清型别。 黑龙江省人源沙门菌指纹图谱呈多态性分布。     

2014－2017年北京市顺义区腹泻病例中沙门菌流行特征与分子分型特征分析

目的分析2014 — 2017年北京市顺义区腹泻病例中沙门菌流行特征和分子分型特征,为沙门菌的防控、预警、溯源等提供依据。方法收集北京市顺义区腹泻病例标本和流行病学数据,分离沙门菌并进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型检测,利用国家致病菌识别网平台进行指纹图谱比对,结合实验室检测结果、流行病学资料、临床资料对本地区沙门菌流行和分子分型特征进行描述分析。结果顺义区腹泻病例中沙门菌检出率为5.23%,21种血清型,以鼠伤寒沙门菌（32.89%）和肠炎沙门菌（30.26%）为主;沙门菌检出率呈春秋季双高峰分布;女性和男性肠炎沙门菌的检出率差异有统计学意义（χ2＝5.978,P＝0.014）;发热体温越高的病例组,沙门菌属检出率越高,差异有统计学意义（χ2＝22.579,P＜0.001）;菌株PFGE分析结果显示存在多次聚集的现象。结论沙门菌在北京市顺义区腹泻病原中占有重要位置;不同血清型沙门菌的人群分布、临床症状分布和分子分型分布均具有一定特征;利用国家致病菌识别网识别、预警、评估、溯源沙门菌引起的食源性疾病和肠道传染病是本地区沙门菌防控工作的方向。     

江西省零售畜禽肉中分离的136株沙门菌血清学鉴定与分析

目的对2009至2010年江西省主要地区零售畜禽肉中分离的136株沙门菌进行血清学鉴定及分析,掌握江西省零售畜禽肉中沙门菌血清型分布现况,为沙门菌引起的食源性疾病防控提供依据。方法应用GB4789.4-2010的方法对零售畜禽肉中的沙门菌进行血清型鉴定试验。结果 136株沙门菌分离株血清群以B群为主,主要血清型为德尔卑沙门菌、火鸡沙门菌、鼠伤寒沙门菌和阿贡纳沙门菌。结论江西省零售畜禽肉沙门菌血清型分布呈多样性,优势血清型与其他省份有一定差异,说明即使食品种类相同,但其来源和地域不同其中携带或污染的沙门菌血清型之间也存在差异。应该有针对性的加强对沙门菌的监测,以便指导沙门菌病的防治。     

2013-2015年安徽省合肥市食源性疾病患者分离沙门菌的病原学特征分析

目的分析安徽省合肥市食源性疾病患者所分离沙门菌的血清型别以及脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子型别特点。方法对2013 — 2015年在合肥市2家哨点医院就诊的2 618例食源性疾病患者，进行沙门菌的分离鉴定以及血清学分析，并用Xba Ⅰ酶切进行PFGE分析其分子型别特征。结果在2 618份患者标本中，共检测出76株沙门菌，总检出率为2.9%，共分为17种血清型，鼠伤寒沙门菌检出率最高，其次为肠炎沙门菌。 69株沙门菌经Xba Ⅰ酶切，共产生53种PFGE带型，每种带型包含1 ~ 5株沙门菌，其中鼠伤寒沙门菌共产生20种带型，肠炎沙门菌共产生10种带型。结论初步了解合肥市食源性疾病沙门菌感染是一种以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主、多血清型长期共存的散发性感染，获得了本地区食源性疾病沙门菌感染的基线水平的血清型别和PFGE分子分型数据库，为后续暴发监测奠定了基础。     

2018-2020年福建省南平市沙门菌分子分型及耐药性分析

目的 了解2018—2020年福建省南平市沙门菌血清学分型、分子分型及耐药情况,为沙门菌引起的食源性疾病的溯源和临床合理用药提供指导。方法 依据GB 4789.4-2016《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门菌检验》微生物检验方法和《食源性疾病监测工作手册》对收集到的样本进行检测,采用分离培养及生化实验进行沙门菌鉴定,利用玻片凝集法进行血清学试验,利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对分离到的菌株进行遗传相关性分析,用微量肉汤稀释法进行耐药性分析。结果 55株沙门菌菌株分属21种血清型,以肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为主,分别占30.90%和29.09%;食品中分离的沙门菌有19种血清型,食源性疾病病例中分离的沙门菌有4种血清型;菌株的PFGE形成13种带型,具有多态性,相似度为37.29%～100.00%,总体相似度达到63.77%。同一血清型可出现不同的PFGE带型,部分肠炎、鼠伤寒、唐卜逊沙门菌出现成簇现象。沙门菌对氨苄西林、萘啶酸、磺胺异恶唑有较高的耐药性,分别达到67.27%、65.45%、54.55%。对三代头孢菌素类药物（头孢他啶、头孢西丁）和庆大霉素以及阿奇霉素等药物敏感。...     

2009—2013年浙江省平湖市沙门菌临床感染血清型及耐药性分析

目的了解浙江省平湖市沙门菌临床感染血清型别、药物敏感性及临床表现。方法对分离到的91株沙门菌属进行生化鉴定和血清分型,采用法国梅里埃公司VITEK-2 Compact进行鉴定和药敏试验。结果血清分型共鉴定出11种沙门菌血清型,血液感染血清型以甲型副伤寒、伤寒沙门菌以主;肠道感染血清型以鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌为主,感染临床症状以发热、阵痛、黄色水样便为主。沙门菌对氨苄西林、哌拉西林、四环素敏感率分别为34.07%、36.26%、45.05%,对三代、四代头孢、喹诺酮类、碳青酶烯类敏感率保持在70%~100%之间。5种常见沙门菌血清型对氨苄西林/舒巴坦耐药程度明显不同,其中鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌为75.00%和47.62%,甲型副伤寒、伤寒、丙型副伤寒20%。结论沙门菌是引起7岁患儿腹泻的病原菌之一,不同来源的标本分离菌株血清型不同,不同血清型沙门菌存在不同程度的耐药,应加大对重点人群的监测和管理。沙门菌对大多数抗菌药物敏感,头孢类、喹诺酮类可作为临床首选药物。     

利用PCR快速检测粪便标本中的鸭沙门菌

目的 建立应用PCR技术鉴定鸭沙门菌血清型的方法,并评价其特异度、灵敏度和检测下限。方法 从GenBank下载截至2015年8月的所有沙门菌基因组序列进行比对,得到鸭沙门菌血清型特异的基因序列,设计引物,建立普通PCR检测体系并验证引物的特异度和灵敏度。同时利用模拟粪便样本确定其检测下限。结果 利用鸭沙门菌特异基因AW58_15605建立的PCR检测方法,对全部鸭沙门菌纯菌及其临床样本的扩增结果均为阳性,而对鸭沙门菌血清型以外的沙门菌和肠道菌的扩增结果均为阴性,检测的特异度和灵敏度均为100%。以粪便模拟样本提取DNA为模板进行检测,增菌后该方法检测下限的灵敏度明显提高,样本经过夜选择性增菌后,检测下限可达59.1 cfu/g,较增菌前提高105倍。结论 建立了一种特异度、灵敏度高的筛查鸭沙门菌血清型方法,为快速、准确鉴定鸭沙门菌和及时处置其造成的公共卫生问题有重要作用。     

2016－2019年北京市海淀区沙门菌血清分布、分子分型及耐药性分析

  目的  分析北京市海淀区沙门菌血清分布、脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型和耐药情况,并找出其相关性,从而掌握海淀区沙门菌的流行特征和耐药现状。  方法  对2016 — 2019年北京市海淀区检出的76株沙门菌进行血清分型、PFGE分型和药敏试验。  结果  肠炎沙门菌菌株占比最高,为59.2%（45/76）;76株沙门菌经PFGE聚类分析得到35种带型,各带型之间相似度为48.7%～100.0%,其中,51株沙门菌聚集形成4个簇（带型相似度≥85%）;76株沙门菌药物敏感率最高的为亚胺培南100.0%（76/76）,中介率最高的为左氧氟沙星80.3%（61/76）,耐药率最高的为萘啶酸68.4%（52/76）;总体多重耐药率为52.6%（40/76）,呈现出27种多重耐药谱。  结论  2016 — 2019年北京市海淀区沙门菌血清型和PFGE带型一致性很高,同一血清型菌株PFGE带型相同或相似度很高。 相同血清型沙门菌,PFGE带型相同或成簇的菌株间耐药谱有很强的关联性。     

江苏省无锡市门诊腹泻患者鼠伤寒沙门菌分子分型和耐药特征研究

目的 了解无锡市腹泻病例分离的鼠伤寒沙门菌分子分型和耐药特征。方法 对无锡市2016—2017年哨点医院分离的26株鼠伤寒沙门菌采用微量肉汤稀释法测定菌株对9类14种抗菌药物的敏感性;选择两株多重耐药的菌株（SM699：耐7类;SM912：耐4类）进行全基因组二代测序,用生物信息学方法研究其耐药的遗传学基础和多位点序列分型;采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析菌株同源性。结果 26株鼠伤寒沙门菌对亚胺培南均敏感,对其他13种抗菌药物呈现不同程度的耐药（3.8%～65.4%）。耐药率排在前3位的为四环素（65.4%,17/26）、氨苄西林（61.5%,16/26）、萘啶酸（42.3%,11/26）。20株菌至少对1类及以上抗菌药物耐药（76.9%,20/26）,共产生15种耐药表型,有14株菌为多重耐药菌株（53.8%,14/26）。全基因组二代测序结果表明,SM699和SM912分别携带23种和9种耐药基因,可介导对相应抗菌药物的耐药,耐药基因与耐药表型基本一致。菌株SM699的gyrA基因突变可介导喹诺酮类耐药。两株菌均为ST34型,属于近缘克隆株。26株菌产生23种PFGE带型,相似...     

2008－2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较

  目的  比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法,为暴发溯源提供快速可靠的依据。  方法  采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点可变数目重复序列分析（MLVA）、规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）、多位点序列分型（MLST）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（WGS-SNP）对2008 — 2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型。 以辛普森多样性指数（DI）为指征,比较单一方法及方法联用的分型能力差异。  结果  PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时,其DI值均＜0.9,PFGE_XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上,WGS-SNP的DI 值最高,可达0.971。  结论  对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP,在缺乏基因组分析能力的情况下,推荐使用PFGE_XbaⅠ与MLVA联合的方法。     

2021年武汉市一起肠炎沙门菌引起的跨区食源性疾病暴发的病原学分析

  目的  对2021年武汉市一起跨区食源性疾病暴发事件进行病原菌的鉴定和溯源分析，查明事件暴发原因。  方法  采集此次食源性疾病暴发事件中相关人员的肛拭子样本、粪便样本和食品样本进行分离培养，用VITEK 2 Compact 全自动微生物鉴定系统鉴定分离到的菌株，并进行血清学分型，耐药性敏感试验；采用脉冲场凝胶电泳法（PFGE）对本次事件的检出菌及近两年本地区临床散发病例的同型别菌株进行分子分型和聚类分析；提取本次事件病原菌和本地区同型别菌株的核酸进行全基因组测序，通过基因注释和序列比对分析病原菌的毒力因子与耐药基因，结合多位点序列分型，变异位点检测和不同地区同型别菌株的全基因组序列构建基于单核苷酸多态性的系统发育树对病原菌进行溯源。   结果  共分离出5株肠炎沙门菌，其中2株来自食物样本，3株来自患者粪便和肛拭子样本。 5株检出菌的PFGE带型完全相同，均对抗生素阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、头孢唑啉、头孢西丁、头孢呋辛、甲氧苄啶–磺胺甲恶唑耐药，携带相同的耐药基因和毒力因子，均为ST11型。 本次事件检出菌株的序列间仅存在1个突变位点。 检出菌的全基因组序列与本地肠炎沙门菌序列高度相似。   结论  肠炎沙门菌为本次事件的致病菌。经同源性分析，此株病原菌为本地区肠炎沙门菌流行株。 全基因组测序技术可作为PFGE分子分型的补充应用于病原菌的监测和暴发事件调查。     

广东省多重耐药沙门菌1,4,[5],12∶i∶-的耐药性及分子流行特征分析

  目的  多重耐药沙门菌1,4,[5],12∶i∶-的耐药形势日趋严峻,耐药克隆株的广泛传播已成为全球重点关注的公共卫生问题。 了解广东省多重耐药沙门菌1,4,[5],12∶i∶-的耐药特征及遗传背景,为该血清型的耐药监测及食源性疾病暴发与防控预警提供证据支持。  方法  以广东省腹泻病原体监测哨点医院收集的92株沙门菌1,4,[5],12∶i∶-为研究对象,采用微量肉汤稀释法测定菌株对27种抗菌药物的最小抑菌浓度,采用全基因组测序技术进行耐药相关分子特征研究。 利用多位点序列分型和全基因组单核苷酸多态性两种方法进行菌株种群结构以及与国际流行克隆株之间的系统发育进化关系分析。  结果  本研究沙门菌1,4,[5],12∶i∶-菌株多重耐药情况严重,对四环素、氨苄西林和磺胺异噁唑呈高水平耐药,对氨基糖苷类、头孢菌素及喹诺酮类呈中度耐药,对喹诺酮类中介敏感率较高。 耐药基因与耐药表型整体相符,携带率高且种类多样,以IncHI2/IncHI2A、IncQ型质粒及插入序列等可移动遗传元件介导的耐药基因传播为本地区沙门菌1,4,[5],12∶i∶-的主要耐药机制。 ST34为本地区沙门菌1,4,[5],12∶i∶-的优势克隆,与全球的流行株属于同一进化分支,具有较近的遗传进化关系。  结论  广东地区沙门菌1,4,[5],12∶i∶-菌株多重耐药谱广泛,耐药机制较复杂,以获得性耐药为主。 流行菌群具有明确的系统发育分支,以ST34多重耐药克隆为主,与全球流行趋势一致。     

2015－2019年北京市西城区人源性单核细胞增生李斯特菌的分子特征分析

  目的  研究北京市西城区人源性单核细胞增生李斯特菌（Lm）的血清学分型和分子特征。  方法  对2015 — 2019年北京市西城区40株Lm临床分离株进行多重PCR血清学分型、脉冲场凝胶电泳分型（PFGE）和多位点序列分型（MLST）。  结果  40例病例中,14例患者为妊娠感染相关病例,其中7例为新生儿感染,均治愈,无死亡病例。 非妊娠感染相关病例中3例死亡。 40株Lm共分为3种血清群,其中1/2a,3a为优势血清型。 40株菌株分为26个型别,GX6A16.BJ0003型别为优势带型（9株）。 GX6A16.BJ0003型别自2015 — 2019年连续5年均有检出,并存在2例死亡病例。 GX6A16.BJ0014型别的2例病例均为妊娠感染相关病例。 40株菌株被分为13个序列类型（STs）,最常见的为ST8、ST87、ST5。  结论  2015 — 2019年北京市西城区人源性Lm以1/2a,3a为主要血清群,GX6A16.BJ0003型别和ST8为北京市西城区人源性Lm主要PFGE型别和MLST型别,存在同一克隆的菌株持续流行情况,应提高对高危型别的监测。     

2014—2018年仙桃市伤寒沙门菌分子分型及耐药性分析

目的了解仙桃市伤寒沙门菌的耐药性及分子分型特征。方法收集2014—2018年分离的29株伤寒沙门菌开展药敏试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型及多位点序列分型(MLST)分析。结果药敏结果显示,29株伤寒沙门菌中27株菌对26种临床常见抗菌药物均为敏感/中度敏感,余2株菌有不同程度的耐药性,其中1株菌株耐药谱分布较广,对β-内酰胺/β-内酰胺抑制剂复合物类药物耐药。PFGE结果显示,29株伤寒沙门菌可分为6种PFGE型别,其中流行优势型为HuBXTSal003型别。MLST分型显示,29株菌株共有2种序列型,其中ST2为优势ST型。结论仙桃市伤寒沙门菌株存在优势PFGE带型及优势ST型,有多重耐药菌株出现。     

2008－2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药与分子分型研究

  目的  分析2008—2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药特征及分子分型特征。  方法  基于肠道病原监测平台收集的分离于2008—2018年的109株人源鼠伤寒沙门菌,采用生化检测试剂条和血清凝集试验进行菌株复核,采用微量肉汤法进行药敏试验,通过聚合酶链式反应方法检测β-内酰胺类、喹诺酮类和大环内酯类药物相关耐药基因,并通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型分析。  结果  北京市鼠伤寒沙门菌对传统抗生素普遍耐药,多重耐药率达52.29%,对临床一线推荐药物环丙沙星、头孢类药物和阿奇霉素的耐药率分别为21.10%,17.43%和1.83%。 还发现了对头孢类药物和环丙沙星共同耐药以及对头孢类药物和阿奇霉素共同耐药的菌株。 耐药基因检测结果显示,耐头孢类药物菌株中,最常见的超广谱β-内酰胺酶基因是bla_TEM-1,其次是bla_CTX-M-14,同时也首次于鼠伤寒沙门菌中发现了bla_OXA-29基因的携带。 环丙沙星耐药主要与gyrA、parC和parE基因的点突变有关。 耐阿奇霉素菌株中未检测出相关耐药基因。PFGE分子分型结果显示,109株菌可分为67个带型,存在包含13株菌的优势带型。  结论  北京市人源鼠伤寒沙门菌耐药形势严峻,PFGE图谱呈多态性分布,相同PFGE带型菌株间具有更相似的耐药谱,需进一步加强肠道病原菌的耐药监测以有效控制耐药性的传播扩散。