2014年浙江省湖州市急性腹泻患者诺如病毒感染及基因特征研究

目的 了解2014年浙江省湖州市急性腹泻患者诺如病毒感染状况及基因特征,为加强感染性腹泻监测与综合防控工作提供依据。方法 收集2014年湖州市综合性三级乙等和二级甲等各一家医院的粪便标本797份,采用实时荧光定量PCR方法进行诺如病毒核酸检测,并对诺如病毒核酸阳性标本进行衣壳蛋白区的序列测定和分析。结果 797份粪便标本中149份检出诺如病毒核酸阳性,阳性率18.70%（149/797）,以GⅡ基因型为主,占89.26%（133/149）。衣壳蛋白区序列的系统进化分析显示检出的诺如病毒有5种GⅠ型别和7种GⅡ型别,包括GⅠ.1、GⅠ.2、GⅠ.5、GⅠ.6、GⅠ.7、GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.4、GⅡ.6、GⅡ.8、GⅡ.17、GⅡ.21,以GⅡ.4 Sydney_2012（55.5%）、GⅡ.17（25.5%）型为主。结论 诺如病毒在湖州市急性腹泻患者中存在较高感染,并且基因型别复杂,除了流行优势型别GⅡ.4外,2014年底还出现GⅡ.17型诺如病毒的流行,因此应加强诺如病毒腹泻监测工作,为今后疫情防控提供科学依据。     

诺如病毒疫情暴发的分子流行病学特征

目的了解深圳市光明新区诺如病毒疫情暴发的病原体基因分型情况和分子流行病学特征。方法收集2016年12月至2017年3月感染性腹泻暴发疫情患者的肛拭子标本,通过荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测诺如病毒核酸,阳性标本采用巢式PCR扩增诺如病毒VP1基因区(ORF1-ORF2),PCR扩增产物经琼脂糖电泳鉴定后进行测序分析。结果 9起暴发疫情共检测标本101份,诺如病毒阳性标本共54份,总阳性率为53.47%,其中GⅡ型标本52份,GⅠ型标本1份,GⅠ和GⅡ型混合感染标本1份。测序成功获得48份阳性标本GⅡ型诺如病毒VP1基因序列,47份为GⅡ.P16/GⅡ.2亚型,其中45份与2016年中国香港株(KY771081)和中国广东株(KY485113)同源性最高,2份与2017年中国江苏株(KY806301)和2016年泰国清迈株(MF972308)同源性最高;1份为GⅡ.P7/GⅡ.6亚型,与2014年中国台湾株(KM267741)同源性最高。结论 2017年该区诺如病毒疫情暴发的主要型别为GⅡ型,优势流行株为GⅡ.P16/GⅡ.2亚型。     

2016年浙江省湖州市急性胃肠炎病例诺如病毒感染状况及其基因型别特征

目的 调查浙江省湖州市急性胃肠炎病例诺如病毒的感染状况、基因型别及其动态变化趋势。方法 于2016年采集湖州市食源性疾病主动监测哨点医院的急性胃肠炎病例粪便标本。采用特异性引物探针,应用real-time RT-PCR对标本进行诺如病毒核酸检测。同时对阳性标本衣壳蛋白基因片段进行扩增和测序,结合在线分型工具和序列系统进化分析诺如病毒基因型别。结果 501份急性胃肠炎患者粪便标本检出诺如病毒阳性101份,阳性率20.16%,以GⅡ基因组为主（86.14%）;男性检出率为20.75%（50/241）,女性检出率为19.54%（51/260）,差异无统计学意义。不同年龄段病例均检出诺如病毒,5岁儿童检出率最高。诺如病毒感染全年均有发生,但6-9月呈低流行状态。2016年湖州市流行的诺如病毒基因型别多样,包括GⅡ.17、GⅡ.4 Sydney_2012、GⅡ.3、GⅡ.13、GⅠ.6、GⅡ.2、GⅡ.6、GⅠ.7共8种基因型别。GⅡ.17和GⅡ.4 Sydney_2012呈月份交替流行。结论 湖州市急性胃肠炎病例诺如病毒基因型别多样,且呈交替流行现象,应进一步加强监测各型别诺如病毒在本地的流行范围及型别分布变化情况。     

2009-2015年福建省福州市急性腹泻儿童中诺如病毒基因多样性及动态变化研究

目的 通过定点监测了解2009-2015年福建省福州市急性腹泻儿童中诺如病毒基因多样性及动态变化趋势。方法 采集2009-2015年福州市儿童医院因急性腹泻入院的5岁以下儿童的粪便标本,应用实时荧光定量聚合酶链反应（Real-time PCR）筛查诺如病毒阳性标本。应用反转录聚合酶链反应（RT-PCR）方法扩增完整的VP1区和部分RdRp区并测序,应用在线基因分型工具和种系进化分析方法了解福州市5岁以下儿童中诺如病毒基因型/亚型的分布。结果 在随机抽取的93份标本中,Real-time PCR法检测阳性有91份;共获得其中73份完整VP1区和72份部分RdRp区基因序列。在完整的VP1分型中,GⅡ.4_2006b型43份,GⅡ.4 Syndeny_2012型16份,GⅡ.3型10份,GⅡ.4 New Orleans_2009型2份,GⅡ.12型1份,GⅡ.7型1份。在部分RdRp区分型中,共发现GⅡ.P4_2006b型43份,GⅡ.Pe型16份,GⅡ.P12型10份,GⅠ.P4型1份,GⅠ.Pa型1份,GⅡ.P21型1份。结论 应用双命名系统分型的方法,发现2009-2015年福州市急性腹泻儿童中诺如病毒具有遗传多样性,其中2009-2012年流行的优势毒株为GⅡ.P4_2006b/GⅡ.4_2006b型,2013-2015年流行的优势毒株为GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney_2012型。此外,GⅡ.P12/GⅡ.3为福州市持续流行的型别。     

广西壮族自治区南宁市51起诺如病毒疫情回顾性分析

目的了解广西壮族自治区南宁市诺如病毒疫情的流行特征,为诺如病毒的防控提供科学依据。方法收集2015年1月至2019年1月南宁市诺如病毒疫情的实验室检测结果、个案信息、3起疫情调查报告,进行统计分析。结果实验室共确诊51起诺如病毒疫情,2016年和2017年的疫情占62.75%,GⅡ组引发的疫情占90.20%。 GⅠ组和GⅡ组引发的疫情占9.80%。 9月至次年1月为疫情的高发期,共有2个流行峰,各峰强度有所不同。 青秀区、宾阳县、江南区、兴宁区是疫情的高发区,报告疫情占68.63%。 25起疫情发生在幼儿园,占49.02%。 男性与女性患者的阳性率差异无统计学意义,临床症状以呕吐、腹泻为主。 共采集病例标本481份,无症状人员标本289份,水标本36份,诺如病毒阳性率分别为60.50%、8.30%、16.67%。 48起疫情传播途径未明,占94.12%。结论GⅡ组诺如病毒是南宁市诺如病毒疫情的主要毒株,秋冬季为疫情高流行期,流行峰与国内外同步。 需对高发县区和高发机构进行重点关注,加强宣教。 同时提高疫情处置能力,迅速查明传染源,切断传播途径。 开展诺如病毒测序,掌握流行基因型别,及时发现变异或重组毒株。     

2012－2014年乌鲁木齐市5岁以下急性腹泻儿童患者诺如病毒感染及基因型研究

目的了解2012 — 2014年新疆维吾尔自治区（新疆）乌鲁木齐市＜5岁住院儿童患者诺如病毒的分子流行病学特征。方法收集2012 — 2014年乌鲁木齐市895例＜5岁急性腹泻儿童患者粪便标本和流行病学资料,应用实时荧光反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）进行诺如病毒检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析。结果诺如病毒的检出率为16.8%（150/895）,不同年份阳性率差异有统计学意义（χ2＝21.080,P＜0.05）;不同年龄组阳性率差异有统计学意义（χ2=13.367,P＝0.020）。 137份样本获得聚合酶区序列,其中89份获得衣壳蛋白区序列。聚合酶区和衣壳区分别包括11和9个基因型。根据89株双分型结果,GⅡ.4 Den Haag 2006b和GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012分别占21.3%和32.6%,GⅡ.P12/GⅡ.3占29.2%。 根据衣壳区分型结果,在GⅡ.4基因型中,2012 — 2014年GⅡ.4 DenHaag 2006b所占比例分别为90.0%、0%和0%;GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012所占比例分别为10.0%、100%和100%。结论新疆乌鲁木齐市急性腹泻儿童诺如病毒具有遗传多样性;GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012在新疆地区出现,逐渐替代GⅡ.4 DenHaag 2006b成为新的流行优势株。     

浙江省湖州市诺如病毒GⅡ.17型变异株的全基因组序列分析

目的分析浙江省湖州市检出的诺如病毒GⅡ.17型变异株的基因序列和系统发育与进化关系,为国内诺如病毒的遗传进化研究提供序列参考。方法根据GⅡ.17型诺如病毒保守序列,自行设计3对引物,扩增覆盖整个基因组的3个重叠片段,对来自急性胃肠炎病例的一株诺如病毒GⅡ.17型毒株进行全基因序列测定和系统发育和进化分析。结果在2015年3月湖州市急性胃肠炎病例标本中分离鉴定出一株诺如病毒株GⅡ.17［P17］变异株（毒株编号:NS15217）,获得该病毒基因组全长7556 bp,编码3个开放阅读框（ORF）,ORF1长5109 bp（5～5113 nt）;ORF2长1623 bp（5094～6716 nt）;ORF3长780 bp（6716～7495 nt）。 湖州NS15217毒株在ORF1和ORF2中均属于GⅡ.17型基因型,且与LC037415.1/Hu/GⅡ.17/Kawasaki308和湖州MG692610毒株最接近。 在VP1结构域中有106个插入/缺失/替换的残基,13个（12.3%）在S区,30个（28.3%）位于P1区;大多数替换和插入是位于P2域,有63个氨基酸（59.4%）。结论湖州地区2015年分离的诺如病毒GⅡ.17型变异株进化分支属于3b簇。 其全基因组序列将有助于诺如病毒的遗传进化研究以及快速诊断试剂的研制。     

2013-2015年吉林省病毒性腹泻监测资料分析

目的 分析2013-2015年吉林省诺如病毒胃肠炎的流行病学特征和规律,并针对疫情防控提出措施和建议。方法 对2013-2015年吉林省监测的疑似病毒性腹泻病例进行描述性分析和统计学检验。结果 2013-2015年吉林省共报告疑似病毒性腹泻病例2489例,389例检出诺如病毒核酸阳性,阳性率为15.63%。其中16例检出诺如病毒GⅠ组,371例检出GⅡ组,2例同时检出GⅠ组和GⅡ组,GⅠ组检出率为0.72%（18/2489）,GⅡ组检出率为14.99%（373/2489）。2015年诺如病毒检出率（17.26%）高于2013年（P=0.030）,第一、二季度的检出率（31.00%、18.66%）高于第三、四季度（P=0.000）,12月至次年5月诺如病毒的检出率依次为27.59%、30.22%、36.36%、27.39%、25.33%和19.70%,高于其他月份。不同性别（P=0.374）、城市和农村（P=0.122）的诺如病毒检出率差异无统计学意义。不同年龄组诺如病毒检出率差异有统计学意义（P=0.001）,85岁以上和5岁以下年龄组检出率较高,分别为22.73%和18.90%。商业服务（44.44%）和儿童（18.11%）检出率较高。结论 2013年以来吉林省诺如病毒检出率呈逐年升高趋势,第一、二季度检出率高于第三、四季度,以诺如病毒GⅡ组占优势,85岁以上和5岁以下年龄组,商业服务人员和儿童易受诺如病毒感染。     

2013－2019年浙江省湖州市急性胃肠炎病例GⅡ.P7-GⅡ.6型诺如病毒基因特征分析

  目的  分析2013 — 2019年浙江省湖州市急性胃肠炎病例诺如病毒基因特征,为疾病监测和防控提供参考。  方法  采用荧光定量反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）方法对2013年12月、2014年4、12月、2019年3月发生的4起学校/托幼机构急性胃肠炎患者送检粪便标本进行诺如病毒核酸检测。 采用RT-PCR法对核酸阳性标本的多聚酶和衣壳蛋白部分区域进行扩增,并对扩增产物进行序列测定。 利用在线分型工具和系统进化分析对病原序列进行基因特征分析。  结果  共计28份标本中分别有5、4、2、5份为GⅡ型诺如病毒核酸阳性,阳性率为57.1%（16/28）。 4次疫情各有1份标本测序成功;在线分型和系统进化分支分析显示,4起疫情的病原均为GⅡ.P7-GⅡ.6重组型诺如病毒,但进化分支不同,其中2013年疫情标本检出GⅡ.P7-GⅡ.6c型;2014年2起疫情均为GⅡ.P7-GⅡ.6b型,2019年疫情中检出的GⅡ.P7-GⅡ.6a型。  结论  GⅡ.P7-GⅡ.6型重组型诺如病毒是引起湖州市2013 — 2019年4起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,每年毒株存在一定基因进化分支的差异。 鉴于该病毒在全球范围内具有持续和广泛的流行能力,应进一步加强对该型别重组型诺如病毒的监测。     

北京市丰台区诺如病毒暴发疫情的实验室鉴定及基因特征分析

目的 对北京市丰台区2014年5-6月发生的3起诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情进行病原体鉴定及基因分型。方法 采用实时荧光定量-聚合酶链反应法对62份病例标本进行诺如病毒核酸检测,阳性标本经反转录-聚合酶链反应扩增RNA多聚酶区部分序列,使用BioEdit及Mega 6.0软件对扩增序列进行同源性及进化分析。结果 36份标本中检出GⅡ型诺如病毒,阳性率为58.06%;序列分析表明幼儿园为GⅡ.7型,学校1为GⅡ.8型,学校2为GⅡ.6型。结论 诺如病毒是引起丰台区急性胃肠炎暴发疫情的主要病原体,丰台区流行的诺如病毒基因型存在多样性。     

2016－2019年我国诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征分析

  目的  了解中国诺如病毒监测网络（CaliciNet China）的发展及2016 — 2019年中国诺如病毒分子流行特征。  方法   收集2016年10月至2019年9月诺如病毒暴发流行病学和病例临床信息及标本,应用荧光反转录聚合酶链式反应（real-time, RT-PCR）进行诺如病毒检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序,将数据录入CaliciNet China数据库并进行基因分型。  结果  2016年10月至2019年9月,共报告诺如病毒疫情1 153起,对其中776起疫情（67.3%）的阳性样本进行了基因分型。 94.9%的暴发疫情与人–人传播有关,发生在托幼机构或学校（94.4%）,每年11月至次年3月为诺如病毒暴发的流行高峰（65.0%）。 57.6%的诺如病毒暴发由GⅡ.2［P16］引起。  结论  GⅡ.2［P16］是 2016年10月至2019年9月引起我国诺如病毒暴发的主要基因型,主要发生在托幼机构或或学校,CaliciNet China正在进行的监测提供了有关毒株基因分型和暴发特征的信息。     

深圳地区婴幼儿诺如病毒感染的分子流行病学检测及分析

目的了解深圳地区婴幼儿属于人类杯状病毒（HuCV）的诺如病毒（NoV）的感染状况并对NoV阳性病毒株进行基因型分析。方法采集连续2个秋冬季腹泻流行期间在深圳市儿童医院就诊的临床检验已排除寄生虫、细菌性腹泻和轮状病毒检测结果为阴性的3岁以下腹泻患儿粪便标本226例，应用分型引物RT-PCR法进行检测NoVGⅠ和GⅡ群，扩增产物通过1．5％琼脂糖凝胶电泳鉴定；部分阳性标本测序，结合GenBank参考株相应核苷酸序列进行进化和型别流行特点分析。结果深圳地区婴幼儿NoV阳性率为10．62％（24／226），检测出NoV阳性株GⅡ／4群18株，GⅡ／3群5株；7至24月龄为NoV高发年龄段。结论NoV是深圳地区婴幼儿冬季腹泻的重要病原体之一，流行株为NoV-GⅡ／4。     

2019年天津市急性胃肠炎人群诺如病毒基因分型分析

目的分析2019年天津市急性胃肠炎人群中诺如病毒的基因特征。方法本研究采集2019年全年天津市各区疾病预防控制中心送检的散发、暴发、聚集性腹泻诺如病毒阳性粪便标本，采用反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）方法将标本进行扩增，对阳性产物进行聚合酶区和衣壳区序列测定，构建系统进化树。结果诺如病毒总体阳性率为6.01%（97/1615），除1月无样本检测外，其他各月份均有诺如病毒的检出。 其中GⅠ组检出率1.11%（18/1615），GⅡ组检出率5.02%（81/1615）。 聚合酶区和衣壳区基因分型结果:2019年的基因型别为GⅡ.2［P16］、GⅡ.4［P31］、GⅡ.17［P17］、GⅠ.3［P13］、GⅡ.6［P7］、GⅠ.5［P4］、GⅡ.3［P12］、GⅠ.5［P12］、GⅠ.1［P1］、GⅠ.2［P2］等。 13起急性胃肠炎暴发或聚集性腹泻病例中占比前3位的基因重组株为GⅡ.2［P16］（30.77%，4/13）、GⅡ.4［P31］（23.08%，3/13）、GⅡ.17［P17］（23.08%，3/13）。结论天津市诺如病毒感染的基因型呈多样性，不同基因型持续共同进化和循环，需进一步加强诺如病毒病原监测及分子分型鉴定工作。     

2018－2019年湖北省5岁及以下腹泻儿童诺如病毒感染特征和病原学分析

  目的  了解2018 — 2019年湖北省≤5岁腹泻儿童诺如病毒感染流行病学及分子特征。  方法  收集2018 — 2019年湖北省病毒性腹泻监测哨点医院≤5岁腹泻儿童粪便标本,共计922份。 采用实时荧光反转录聚合酶链式反应（real-time RT-PCR）方法进行诺如病毒GⅠ和GⅡ组核酸检测。 对诺如病毒检测阳性的标本应用real-time RT-PCR分别扩增RNA聚合酶和衣壳蛋白片段,将获得的PCR产物直接测序并进行基因型别分析。  结果  湖北省≤5岁腹泻患儿粪便标本中,诺如病毒核酸阳性样本为122份,阳性率13.23%。其中诺如病毒GⅡ组119例（97.54%）,诺如病毒GⅠ组3例（2.46%）。 男女童感染者差异有统计学意义（χ2=8.805,P=0.003）。 ≤5岁儿童以6～12月龄为主要发病人群。 诺如病毒感染季节为冬春季,呈现2个流行峰,10 — 12月为高流行峰;诺如病毒主要为GⅡ组,聚合酶区和衣壳区基因分型主要为GⅡ.4 Sydney［P31］（27.71%）、GⅡ.2［P16］（26.51%）、GⅡ.3［P12］（26.51%）和GⅡ.4 Sydney［P16］（16.87%）。  结论  2018 — 2019年湖北地区≤5岁腹泻患儿感染诺如病毒存在多种基因型和不同的重组亚型,加强诺如病毒的基因型别监测和重点人群防护有助于诺如病毒腹泻感染的防控。     

2017-2018年浙江省湖州市急性胃肠炎病例GⅠ型诺如病毒感染状况及其基因型别特征

目的了解浙江省湖州市急性胃肠炎病例中GⅠ型诺如病毒的感染状况及基因型别特征。方法收集2017年4月至2018年6月湖州市2家哨点医院诊断为急性胃肠炎病例的粪便标本1 259份。 采用实时荧光定量反转录–聚合酶链式反应（real time RT-PCR）对提取的病毒RNA进行GⅠ和GⅡ型诺如病毒核酸检测。采用RT-PCR对GⅠ型阳性标本进行RdRp区和VP1区部分片段的扩增和测序。 综合在线分型工具和系统进化分析的结果判定病毒基因型别。结果诺如病毒核酸阳性171份，阳性率13.58%。 GⅡ型和GⅠ型诺如病毒的检出阳性率分别为11.83%（149/1 259）和2.70%（34/1 259），GⅡ型诺如病毒为检出的主要型别。 GⅠ型诺如病毒主要检出于2018年上半年。 2018年2 — 6月各月GⅠ型诺如病毒的检出阳性率均大于监测期间GⅠ型的平均检出阳性率。 基因分型结果显示，2018年检出的GⅠ型诺如病毒包括GⅠ.P4-GⅠ.5、GⅠ.P2-GⅠ.2、GⅠ.P1-GⅠ.1、GⅠ.Pd-GⅠ.3、GⅠ.P4-GⅠ.4、GⅠ.P2-GⅠ.5。 其中GⅠ.P4-GⅠ.5、GⅠ.P2-GⅠ.5和GⅠ.Pd-GⅠ.3重组型诺如病毒首次在湖州市检出。结论湖州市流行的GⅠ型诺如病毒基因型别多样，重组现象明显。 应加强GⅠ型诺如病毒在当地的分子流行病学监测，以及时发现新的变异或重组株。     

诺如病毒GⅡ.4亚型新变异株全基因组序列的研究

目的分析诺如病毒GⅡ.4亚型新变异株的全基因组序列,了解其变异特点。方法从264例患者腹泻物中提取RNA并进行cDNA合成,对阳性样本进行PCR鉴定,扩增片段进行测序。对测序结果显示为诺如病毒序列的进行全基因组测序并分析。结果分离到新的悉尼2012GⅡ.4变异株的类似株(荆州2013GⅡ.4株),全基因组序列测定发现新分离株出现了较大的变异,包括VP1基因高变区(P2区)的突变。结论悉尼2012GⅡ.4变异株的类似株已传播到中国,GⅡ.4变异株VP1进化较快。提醒应密切关注诺如病毒在中国的传播和进化情况,以助于疫苗的开发和治疗性单抗的制备。