新型冠状病毒肺炎确诊病例粪便标本的病毒核酸检测

目的了解新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例粪便中2019-nCoV感染情况。方法收集36例确诊病例的粪便标本/肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR检测2019-nCoV载量,利用统计分析软件SPSS 19.0比较病例的带毒率。结果36份标本共检出2019-nCoV核酸阳性20份(55.56%),危重症病例(2/3)和重症病例标本阳性率均为66.67%(6/9)、普通肺炎病例阳性率为62.50%(10/16)、轻症肺炎病例阳性率为25.00%(2/8)。36例确诊病例包括男性22例、女性14例,检出率分别为54.55%和57.14%;病例年龄分布于17~86岁之间,平均为48.75岁。36份标本其中5份肛拭子标本检出阳性标本2份,31份粪便标本检出阳性标本18。临床分型、性别、年龄和标本类型各组间阳性检出率均无统计学差异。结论本研究发现COVID-19患者,无论重症、轻症患者粪便标本均存在2019-nCoV基因检测阳性,提示消化道可能是该病毒排泄渠道,因此可能存在粪-口传播途径,研究结果具有重要的临床和流行病学意义。     

2020年福州哨点医院5岁以下住院腹泻儿童A组轮状病毒全基因组分析

目的:了解2020年福州市哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便样本中A组轮状病毒(group A rotavirus, RVA)的基因组特征。方法:通过ELISA对腹泻住院儿童粪便样本进行RVA筛查,采用RT-PCR方法扩增RVA阳性样本的11个基因节段并进行Illumina二代测序,使用MEGA等生物学软件对重要基因片段...     

人感染H7N9禽流感病毒全基因组扩增与测序方法的建立北大核心CSCD

目的为了解人感染H7N9禽流感病毒基因特征从而更有效地防控疫情,需建立获得人感染H7N9禽流感病毒全基因序列的扩增和测序方法。方法采用鸡胚分离H7N9禽流感病毒,提取标本和毒株病毒RNA,自行设计引物,通过一步法RT-PCR扩增其全基因组片段,纯化PCR产物后测定核苷酸序列,利用生物信息学软件拼接各节段序列并初步分析其特征。结果本研究中的引物能特异地扩增各基因的目的片段,通过序列拼接可以获得H7N9禽流感全基因组序列。经分析8个节段序列与近期国内流行的人感染H7N9禽流感病毒序列高度同源。结论该方法能有效地获得人感染H7N9禽流感病毒全基因组序列,可为进一步分析其基因特征奠定基础。     

4例新型冠状病毒感染病例咽拭子与痰标本病毒核酸检测的比较

目的比较分析新型冠状病毒病例咽拭子与痰标本的病毒核酸检测效果。方法对4例新型冠状病毒确诊病例的咽拭子与痰标本分别进行人体细胞GAPDH管家基因、病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因Real time RT-PCR核酸检测与比较。结果4例病例的咽拭子和痰标本中,人体细胞管家基因GAPDH均呈现明显典型的扩增信号曲线;病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因核酸检测中,痰标本的扩增曲线信号均比咽拭子强,扩增曲线的CT值均低于咽拭子,在病例1和4表现更加明显,而病例4的咽拭子标本检测中,商品化试剂呈现阴性结果,而痰标本则呈现明显的阳性结果。结论在开展新型冠状病毒实验室核酸检测中,痰标本的病毒含量高于咽拭子标本,其检测效果优于咽拭子标本。     

福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

福建省一起经货轮输入的新冠肺炎病毒全基因组测序分析

目的:应用高通量测序和生物信息学分析技术,从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)全基因组序列,并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征,追溯病毒的潜在来源。方法:采用2019-nCoV全基因组靶...     

福建省新型冠状病毒的分离和全基因组特征分析

目的从福建省早期新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例中分离新型冠状病毒(2019-nCoV)并了解病毒基因组特征。方法将福建省早期COVID-19患者的咽拭子样本接种至Vero-E6细胞,培养上清提取核酸,经real-time RT-PCR法验证后,利用Ion Torrent S5深度测序仪做全基因组测序,分析病毒株全基因组序列与参考序列的一致性和进化情况。结果12份咽拭子样本经培养后有2份样本病毒滴度明显上升,表明分离到2株2019-nCoV,其全基因组结构蛋白与Wuhan-Hu-1株的一致性超过99.9%。结论成功自福建省早期COVID-19病例中分离到2019-nCoV,病毒分离株的基因序列与湖北武汉流行的2019-nCoV高度同源,提示病毒尚未发生明显变异。     

环介导等温扩增技术及其在病原生物检测中的应用北大核心CSCD

环介导等温扩增(LAMP)技术是近年来发展起来的一种新型核酸扩增技术,具有操作简便、快速、特异性高、灵敏性高等特点,自2000年开发以来,在短短的十几年内被广泛应用于细菌、病毒和寄生虫等病原生物的检测,在即时检验和基层实验室推广中有重要意义。