2011年苏州地区诺如病毒GⅡ组变异株的分子特征研究

目的 了解苏州地区诺如病毒的感染状况及其变异株的分子特征.方法 收集苏州市儿童医院疑似病毒性腹泻粪便标本419例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序分析.结果 419份粪便标本中,GⅡ组诺如病毒为122例,阳性率为29％,未检测出GⅠ组诺如病毒,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,A区(RdRp区)测序的25份GⅡ标本中25株均为GⅡ.4型;C区(N-S区)测序的26份GⅡ标本中17株为GⅡ.4型,8株为GⅡ.3型,1株为GⅡ.2型;D区(P区)测序的25份GⅡ标本中16株为GⅡ.4型,9株为GⅡ.3型.结论 诺如病毒是本地区婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ.4-2006b亚型为主,此外发现有GⅡ.4-2010亚型(GⅡ.4 New Orleans株)的流行,这是国内首次对该亚型毒株进行报道,同时还检测到部分重组毒株,提示诺如病毒在本地区的遗传变异日趋复杂.     

诺如病毒深圳株SZ2010422全基因组序列测定及分析

目的 分析GⅡ-4型诺如病毒深圳分离株SZ2010422全基因组序列,了解其分子结构特点及进化特性.方法 根据New Orleans参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析及衣壳区氨基酸位点分析.结果 GⅡ-4型诺如病毒深圳SZ2010422株病毒基因组全长7559 bp,病毒基因组分三个开放阅读框(ORFs),ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100 bp、1623 bp和807 bp,ORF1与ORF2之间有19个核苷酸重叠.深圳株SZ2010422基因组核苷酸序列与参考株GⅡ-4型New Orleans变异株同源性最高,全长同源性为99.3％,ORFI、ORF2、ORF3同源性分别为99.5％、99.2％和98.6％.根据系统进化分析,深圳SZ2010422株属于GⅡ-4 New Orleans变异株.通过对衣壳区氨基酸比对,New Orleans变异株位点变化情况为:aa310N或K→S,aa341D→N,aa359T→S,aa396H→P,aa460H→Y.结论 诺如病毒深圳株SZ2010422属于GⅡ-4型New Orleans变异株.     

深圳市儿童秋冬季腹泻诺如病毒检测及基因型分析

目的 了解深圳市儿童秋冬季腹泻中诺如病毒（Nov）的感染状况,并对阳性株进行基因型分析.方法 收集深圳地区多家医院2009年9月至2010年1月腹泻患儿粪便标本307份,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行诺如病毒核酸扩增,部分阳性标本的PCR产物经纯化、测序,结合GenBank参考株相应核酸序列构建系统进化树并进行基因型分析,采用SimPlot3.5.1对重组株进行分析和鉴定.结果 307份粪便标本中诺如病毒核酸阳性38例,阳性率为12.4％,以6～24个月龄婴幼儿感染为主,占全部病例数的81.6％（31 /38）,感染的发病高峰为10、11月份,占全部病例数的73.7％ （28/38）;26份测序标本中25株属于GⅡ.4型2006b变异体,1株为GⅡ.12/GⅡ.3型重组株.结论 诺如病毒是深圳市儿童秋冬季腹泻的重要病原体,优势流行株为GⅡ.4型2006b变异体,深圳首次检出的诺如病毒重组株为GⅡ.12/GⅡ.3型.     

诺如病毒广州株GZ20133135全基因组序列测定及分析

目的 分析GⅡ-4型诺如病毒广州株GZ20133135全基因组序列,了解其分子结构特点及基因组类型.方法 根据Sydney2012参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析.结果 GⅡ-4型NoVs广州株GZ20133135病毒基因组全长7566 bp,病毒基因组分三个开放阅读框（ORFs）,ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100 bp、1623 bp和807 bp,ORF1与ORF2之间有19个核苷酸重叠.广州株GZ20133135基因组核苷酸序列与参考株GⅡ-4型Sydney2012变异株同源性最高,全长同源性为99.07％.根据系统进化分析,广州株GZ20133135株属于GⅡ-4 Sydney2012变异株.通过对衣壳区氨基酸比对,Sydney2012变异株位点变化情况为：aa294V或A或P→T,aa296S或T→S,aa297H或Q→R,aa298D或N或T→N,aa368T或N或S或A→E,aa372 N或S→D,aa393 N或D或S,aa394 T或G或S→T,aa395T或A→T,aa407 N或D→S,aa412T或D→N,aa413G或I→T.结论 诺如病毒广州株GZ20133135与参考株Sydney2012NSW0514同源性最高,属于GⅡ-4Sydney2012变异株.全长序列可应用于流行病学诊断、疫苗开发、预测新变异株的出现及诺如病毒流行株进化研究.     

感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的 研究感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特点.方法 对2008-2010年湖州地区的感染性腹泻疫情标本共119份进行诺如病毒核酸检测,并选取部分阳性扩增产物经序列测定分析诺如病毒的基因型.结果 119份感染性腹泻标本荧光定量PCR检测阳性50份,其中GⅠ型9份,GⅡ型35份,GⅠ和GⅡ混合感染6份.对12份PCR扩增阳性产物进行序列分析显示：5株GⅠ型诺如病毒毒株分属于GⅠ/2和GⅠ/3两种基因型;7株GⅡ型诺如病毒毒株中除1株属于新基因型GⅡb外,其余6株均属于GⅡ/4基因型.结论 诺如病毒是引起湖州地区感染性腹泻疫情最重要的病原菌之一,且湖州地区的诺如病毒存在很高的遗传多样性,同时也存在基因型别的差异.     

贵阳地区GⅡ.4型诺如病毒变异株的初步研究

目的 了解贵阳地区GⅡ.4型诺如病毒变异株的组成及其点突变.方法 监测2010年6-11月于贵阳地区哨点医院就诊的急性胃肠炎病例,收集粪便标本,采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(real-time RT-PCR)初步鉴定,随机选取部分GⅡ型诺如病毒阳性标本,采用一步法RT-PCR对其VP1基因区克隆及测序,基因序列与国内外流行的GⅡ.4型诺如病毒进行系统进化及氨基酸位点的突变分析.结果 检测标本426份,有267份(62.68％)GⅡ型诺如病毒阳性,测序获得了9份GⅡ.4型诺如病毒VP1基因组序列,贵州省2010年流行的GⅡ.4型诺如病毒包括2个变异株(GⅡ.42008a和GⅡ.4 2008b新型变异株),亚型组闻的VP1基因的同源性为95.90％ ～ 96.72％,亚型组内同源性为99.45％ ～ 100％,有2个氨基酸位点易发生突变.结论 贵阳地区2010年夏秋季急性胃肠炎以诺如病毒GⅡ型为主,并且变异株具有多样性.     

湖北襄阳2016-2017年埃可病毒11型流行株基因特征分析

目的对2016—2017年中国湖北襄阳地区分离的埃可病毒11型(Echovirus 11,Echo11)基于VP1基因进行分子进化特征分析。方法采集2016—2017年中国湖北襄阳地区手足口病患儿肛拭子或咽拭子标本,应用real-time RT-PCR技术对肠道病毒阳性样本进行筛选,对肛拭子或咽拭子样本进行病毒分离。采用常规RT-PCR方法对在人横纹肌瘤细胞上分离的Echo11病毒襄阳流行株VP1区和3株代表株全长基因扩增并进行序列分析,使用DNAStar7.0软件包中的MegAlign、MEGA6.0中的Data和Phylogeny软件对核苷酸和氨基酸序列同源性、突变位点进行分析和构建系统进化树等。使用SimPlot软件进行重组分析,对3株代表株全长序列和GenBank中下载的核苷酸序列进行BootScan扫描,生成相似性图。结果本研究从3494份手足口病患儿样本中共分离出Echo11病毒11株,占比0.31%。11株Echo11流行株的VP1基因同源性比较高。核酸序列和氨基酸序列同源性分别为98.4%~100.0%和98.3%~100.0%。11株Echo11襄阳流行株与Echo11原型株(Echo11/Gregory,X80059)核酸序列和氨基酸序列同源性分别为73.9%~74.8%和87.7%~88.7%。襄阳地区流行的Echo11毒株均属于D进化分支,与中国大陆部分地区2013年以来的流行株亲缘关系相近。襄阳流行株和2010年Echo1河南流行株和2015年的Echo6湖北流行株在多个区域有较高的相似度,说明襄阳流行株基因组的多个区域可能发生了重组。结论襄阳地区流行的Echo11毒株均属于D进化分支,2016—2017年襄阳地区流行的Echo11是重组株。     

GII.P7/GII.14型诺如病毒暴发的分子特征分析

目的 了解江苏地区3起诺如病毒(Norovirus,NoV)暴发疫情中病毒感染情况,并对其分子流行病学特征进行初步研究.方法 收集暴发疫情中患者的肛拭子标本53份,采用实时荧光RT-PCR定性检测NoV,阳性标本利用普通RT-PCR对其聚合酶区(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)及衣壳蛋白区(VP1)片段进行扩增和测序分析.结果 3起NoV暴发疫情中,阳性检出率为56.6%(30/53).对30株阳性标本序列进行分析,其RdRp区与GII.P7的同源性最高(93.86%),VP1区与GII.14的同源性较高(97.13%).初步判断为GII.P7/GII.14重组毒株,SimPlot分析可能的重组位点在核苷酸5009位.对其氨基酸序列进行分析发现在RdRp区和VP1区均出现部分氨基酸突变.结论 3起NoV暴发疫情均由同一重组毒株引起,提示GII.P7/GII.14重组株传染性较强,有可能再次引起暴发,应加强监测防控.     

GⅡ.4型诺如病毒不同变异株与HBGAs结合模式分析

目的 了解GⅡ.4型诺如病毒不同变异株与受体人组织血型抗原(human histo-blood group antigens,HBGAs)的结合模式及HBGAs在GⅡ.4型诺如病毒进化过程中的角色.方法 利用RT-PCR方法扩增5株不同GⅡ.4型诺如病毒变异株的衣壳蛋白P区序列,在原核系统中表达并纯化P蛋白.通过一组HBGAs表型明确的唾液样本与P蛋白结合,进行唾液HBGAs结合模式分析.同时,将P蛋白与人工合成的HBGAs寡糖进行寡糖结合分析.结果 唾液HBGAs结合模式分析表明,Sakai变异株几乎不结合,其他GⅡ.4变异株的HBGAs结合模式相似,与分泌型唾液(A、B、AB和O型分泌型)结合,与O型非分泌型唾液不结合.95/96US变异株和2006b变异株结合能力较高,其次是Camberwell变异株,Hunter变异株较弱.寡糖结合分析与唾液结合分析结果一致,Sakai变异株不结合,其他毒株与均与分泌型寡糖(Ley和H1)结合,与非分泌型寡糖(Lea和Lex)不结合.95/96US变异株和2006b变异株与寡糖的结合能力较强,其次是Camberwell变异株.结论 绝大多数GⅡ.4型诺如病毒变异株与HBGAs结合模式相同,但结合能力不同,结合能力强的变异株流行范围较广.     

分型引物RT-PCR法在杯状病毒分子流行病学研究中的应用

目的：应用分型引物RT-PCR法确定五个地区病毒性腹泻粪便标本中杯状病毒流行型别及感染情况。方法：对五个地区收集的〈5岁病毒性腹泻粪便标本应用针对病毒壳体区域设计的四对引物（GⅠ—SKF／GⅠ-SKR、COG2F／G2-SKR、SLV5317／SLV5749、PreCAP1／82b）进行反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增诺如病毒GⅠ和GⅡ组、扎如、星状病毒（Astrovirus），扩增产物通过1．5％琼脂糖凝胶电泳鉴定。选取部分阳性标本测序研究型别流行特点。结果：本实验从663例标本中共检出单独感染诺如病毒、扎如病毒和星状病毒阳性标本数分别为84、4、11株，同时还发现3株混合感染标本。选取24株诺如病毒阳性标本测序分析发现19株为GⅡ／4型，2株为GⅡ／3型，1株为GⅡ／1型，1株为GⅡ／13型，1株为GⅡ／15型，4株扎如病毒中2株为SGⅠ／1型，1株为SGⅡ／3型，1株为SGⅡ／1型。结论：研究表明杯状病毒是我国婴幼儿腹泻重要病原体，诺如病毒流行株为GⅡ／4型毒株，同时存在其它型别的散在流行；福建、兰州检测到不同型别扎如病毒证明我国存在多种型别的扎如病毒感染。     

南京地区婴幼儿杯状病毒感染的分子流行病学研究

目的 了解南京地区婴幼儿杯状病毒腹泻的感染状况、临床表现以及分子流行病学特征.方法 采集2010年7月至2011年6月南京医科大学附属南京儿童医院5岁以下腹泻患儿粪便标本及儿童保健中心健康婴幼儿粪便标本各428份.采用反转录-聚合酶链反应( RT-PCR)检测杯状病毒,测序确定其基因型别.结果 428份腹泻样本中有63份为杯状病毒阳性,检出率为14.72％.其中诺如病毒GⅡ型58例,未检出诺如病毒GⅠ型,札如病毒5例,以诺如病毒GⅡ-4 2006b型为主要流行株.428份健康对照组标本杯状病毒检出19例,诺如病毒6例,札如病毒11例,2例为诺如病毒GⅡ型和札如病毒混合感染.结论 南京地区婴幼儿中存在不同基因型杯状病毒感染,流行毒株以GⅡ.2006b为主.     

2008-2014年GⅡ.4诺如病毒抗原表位进化研究

目的 了解新的GⅡ.4变异株相对于旧变异株在遗传和结构上的选择优势,研究近几年湖州市GⅡ.4型诺如病毒的进化替换规律.方法 收集从2008年到2014年湖州市GⅡ.4型诺如病毒13株,进行全长VP1区的序列测定,通过序列比对分析找到关键的变异位点.结果 湖州地区的GⅡ.4型诺如病毒在七年中经历了3次变异,2008年和2009年的诺如病毒与2006b variant聚成一个分支;2010和2011年检测到的病毒与2010 variant聚成一个分支;最近从2012年底一起暴发疫情中检测到的诺如病毒和2013年、2014年检测到的与国际上最新的2012 variant聚成一个分支.在氨基酸水平,我们找到77个信息位点（540个氨基酸中的14.3％）.其中39个位于P2区,N端4个,S区18个,P1区16个.结论 GⅡ.4型诺如病毒是全球范围内严重的病毒性肠胃炎首要原因.在过去的十几年时间里,诺如病毒GⅡ.4型已经引起了四次世界范围的急性胃肠炎流行暴发.新出现的变异株迅速并完全的替换已经正在流行的变异株.     

江苏省苏州及南京地区2010年婴幼儿腹泻中诺如病毒分子流行病学研究

目的 了解江苏地区婴幼儿腹泻患者中诺如病毒的感染情况,明确该地区诺如病毒的主要基因型别和流行病学特征.方法 收集2010年江苏省苏州市婴幼儿医院及南京市婴幼儿医院疑似病毒性腹泻粪便标本498例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序以明确基因型.结果 498份粪便标本中,GⅠ组诺如病毒阳性标本为2例,阳性率为0.4％,GⅡ组诺如病毒为190例,阳性率为38％,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,2份GⅠ标本中,一株为GⅠ1型,另一株为GⅠ3型;测序的23份GⅡ标本中21株为GⅡ4型,2株为GⅡ3型.结论 诺如病毒是本省婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ4型为主,同时也存在其他型别的感染流行.     

诺如病毒广州株全基因组序列测定及分析

目的 探讨广州地区儿童感染的诺如病毒基因组分子结构特点和基因组类型。方法 参考GenBank上的诺如病毒MD145-12基因组设计分段扩增引物，进行RT-PCR分段扩增诺如病毒基因组，克隆于T载体上，测定序列，用Clustal W／X、DNAStar、RAT（recombination analysis tool）等软件分析基因组序列。结果 诺如病毒NVgz01全基因组为7558bp，提交到C,enBank上的序列号为DQ369797，3’端非编码区末端长45bp，病毒基因组有3个开放阅读框（ORF），ORF1长5100bp（5～5104nt），ORF2基因长1623bp，位于基因组中5085～6707nt之间，ORF3基因长807bp（6707～7513nt），其中ORF1、ORF2两基因有19个核苷酸的重叠区；NVgz01全基因组核苷酸序列与GenBank上诺如GI组Norwalk68、Southampto、BS5、Chiba、WUG1的同源相似性在43％～44％之间，与GⅡ组MD145、Farmington　Hills、B4S5、Hawaii、Lordsdale、SaitamaU1、Mc37同源相似性在76％～90％之间。NVgz01的ORF1与Mc37核苷酸序列同源性为94％，但ORF2与Mc37的同源性只有65％；NVgz01的ORF2与Fannillgton Hills（AY502023）同源性为最高（94％），ORF1的同源性为88％。结论广州地区儿童腹泻感染的诺如病毒NVgz01株全基因组序列为7558bp，GenBank序列号为DQ369797，NVgz01与诺如病毒的GⅡ组同源性较高，确认NVgz01株属于诺如病毒GⅡ组；根据ORF1、ORF2的同源性差异和RAT程序分析初步认为NVgz01可能是重组病毒。     

河北省卢龙地区2008-2009年5岁以下腹泻住院儿童中诺如病毒的检测和分型

目的 了解河北省卢龙地区2008 -2009年5岁以下住院儿童中诺如病毒的分子流行病学特征.方法 收集2008年10月至2009年8月325例5岁以下腹泻住院患儿粪便标本和流行病学资料,采用酶联免疫吸附试验( ELISA)检测轮状病毒抗原,利用多重RT-PCR方法检测诺如病毒,并对部分诺如病毒阳性株进行序列测定和系统进化分析.结果 诺如病毒的检出率为11.3％ (37/325),仅次于轮状病毒的检出率(48.6％),高于腺病毒(6.5％)和星状病毒(4.3％),主要感染2岁以下儿童,季节高峰在11月,系统进化分析表明诺如病毒流行优势株为GⅡ-4/2006b变异株,并发现一株未见报道的新型GⅡ-4变异株.结论 诺如病毒是引起2008 -2009年卢龙地区的急性胃肠炎的重要病原之一,GⅡ-4/2006b变异株仍是流行优势株,要进一步监测新型GⅡ-4变异株的流行.     

北京市肠道门诊腹泻患者人杯状病毒感染调查

目的 调查北京地区肠道门诊就诊腹泻患者人杯状病毒的感染情况.方法 收集北京市2011年4月至2012年3月丰台、昌平、怀柔3个区县的肠道门诊就诊腹泻患者450例,采集患者粪便标本,使用逆转录聚合酶链反应法(RT-PCR)对粪便标本进行人杯状病毒RNA检测,对RT-PCR阳性标本的PCR产物进行克隆测序.结果 450例患者标本中68例人杯状病毒阳性(68/450,15.11％).选择其中18例PCR产物进行克隆测序,将获得的序列进行比对分析、构建系统发生树,结果表明,15株为诺如病毒,3株为扎如病毒.其中诺如病毒GⅡ/4型11株(11/18,61.11％),GⅡ/7型1株(1/18,5.56％),GⅡ组未定型3株(3/18,16.67％).结论 人杯状病毒是北京地区肠道门诊就诊腹泻患者的重要病原,主要流行株为诺如病毒GⅡ/4型.     

通用引物高通量测序扩增GⅡ.4 Sydney[P31]型诺如病毒基因组及进化分析

目的:分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法:利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法,扩增GⅡ.4 Sydney[P31]株基因组,并应用高通量测序技术对其基因组测序,对GⅡ.4 Sydney[P31]株进行系统进化分析和关键位点分析。结果:...     

北京市春季诺如病毒性腹泻流行病学及病原学调查

目的 探讨北京市春季诺如病毒性腹泻的流行病学规律及病原学特点.方法 对2007年1月至4月北京市各级各类医院报告的451例病毒性腹泻病例采集便标本,应用ELISA方法进行诺如病毒抗原检测.应用逆转录聚合酶链反应进行RNA检测,对9例阳性标本的PCR产物进行克降测序.结果 ELISA检测诺如病毒阳性166例,阳性率35.48%.166例病人主要集中在1月、2月,以20～29岁年龄组最多,男性多于女性,城区多于郊区.但在病毒性腹泻病例中,诺如病毒阳性率分布无时间、人群和空间差异.该9株病毒均为GⅡ/4型诺如病毒变异株,组内核苷酸同源性为97.0%～99.6%.系统发生树表明北京地Ⅸ的流行株与同时期世界上流行的诺如病毒株属于同一型别的GⅡ/4变异株.结论 北京市春季诺如病毒性腹泻主要山GⅡ/4变异株引起,与同期世界上流行株有共同的来源,各人群均存在感染的风险,应该加强相应的预防控制措施,并有必要在围外发生流行时建立预警机制.     

南京地区婴幼儿杯状病毒感染的分子流行病学研究

目的了解南京地区婴幼儿杯状病毒腹泻的感染状况、临床表现以及分子流行病学特征。方法采集2010年7月至2011年6月南京医科大学附属南京儿童医院5岁以下腹泻患儿粪便标本及儿童保健中心健康婴幼儿粪便标本各428份。采用反转录-聚合酶链反应（RT—PCR）检测杯状病毒,测序确定其基因型别。结果428份腹泻样本中有63份为杯状病毒阳性,检出率为14．72％。其中诺如病毒GⅡ型58例,未检出诺如病毒GI型,札如病毒5例,以诺如病毒GⅡ-42006b型为主要流行株。428份健康对照组标本杯状病毒检出19例,诺如病毒6例,札如病毒11例,2例为诺如病毒GⅡ型和札如病毒混合感染。结论南京地区婴幼儿中存在不同基因型杯状病毒感染,流行毒株以GⅡ-2006b为主。     

一起不明原因感染性腹泻疫情的病原学诊断

目的 明确一起不明原因感染性腹泻疫情的病原体及其基因型别.方法 通过流行病学调查的方法,查明罹患率.对28例疑似病例的28份样本(粪便22份,呕吐物3份,肛拭子3份)采用RT-PCR方法进行诺如病毒核酸检测,并对5份阳性标本的核酸进行序列测定及遗传进化分析.结果 在调查的5694人中,发病160例,罹患率为2.81%.2007年3月7-9日为发病高峰.RT-PCR检测28份样本中,确定14份为阳性.对其中的5株毒株的核酸序列测定及序列遗传进化分析确定为GⅡ/4型诺如病毒,并与2006年诺如病毒流行株2006b同源性最高,为97.9%.结论 本次感染性腹泻疫情由诺如病毒引起.