食管不典型增生和早期食管鳞癌全基因组的变化特征分析

目的 应用SNP芯片检测食管不典型增生和早期食管鳞癌全基因组的DNA拷贝数异常和杂合性缺失(LOH),探讨它们的变化特征.方法 应用Affymetrix GeneChip Human Mapping250K NspArray芯片检测1例原发性食管重度不典型增生和4例原发性早期食管鳞癌病变组织和配对正常食管组织的DNA拷贝数的变化和LOH.结果 食管重度不典型增生只有极少数的DNA片段发生扩增,未发生缺失或LOH.早期食管鳞癌发生DNA扩增的染色体有1p、1q、2p、2q、3q、4q、5p、6p、6q、7q、8q、11p、11q、12p、12q、14q、17q、18p、19q、20q、22q和X;发生DNA缺失的染色体有1p、2q、3p、3q、4p、4q、8p、9p、9q、10q、11p、13q、16p、18q、19p、19q和22q;发生LOH的染色体有3q和9q.其中1p、19q、4q、11p等染色体发生扩增和3q、11p、2q、16p等染色体发生缺失罕见报道.结论 食管重度不典型增生DNA的变异不明显;早期食管鳞癌DNA发生明显的扩增和缺失,但很少发生LOH.250K SNP芯片能够有效地检测食管不典型增生和早期食管鳞癌全基因组范围DNA拷贝数的变化及LOH,分辨率高,定位精确,这些结果为进一步定位筛选和克隆与早期食管鳞癌相关的基因提供了重要的理论信息.     

p27基因在豫北地区食管鳞癌发生发展过程中的表达及意义

目的 :系统对比探讨p2 7基因在豫北地区食管鳞癌发生发展过程中的表达及临床病理意义。方法 :应用免疫组织化学 (S -P法 )检测 72例食管鳞癌标本 (每例均包括正常食管黏膜、非典型增生和浸润癌 )中p2 7基因的表达 ,并分析其临床病理意义。结果 :p2 7基因在非典型增生和浸润癌的表达明显低于正常黏膜上皮 (P <0 .0 1) ;p2 7基因表达与淋巴结转移密切相关 (P <0 .0 5 ) ;与浸润深度亦显示一定的相关趋势 (X2 =3.80 ) ,但与组织学分级、年龄和性别无明显相关关系 (P >0 .0 5 )。结论 :p2 7基因表达异常在豫北地区食管鳞癌发生发展过程具有重要意义 ,并与食管鳞癌的转移等恶性行为相关 ,可作为豫北地区食管鳞癌早期诊断和判断预后的重要分子指标。     

采用比较基因组杂交检测低分级子宫内膜基质肉瘤和未分化子宫内膜肉瘤的染色体变异

目的:子宫内膜基质肉瘤(ESS)是一种非常罕见的肿瘤,在所有子宫恶性肿瘤中不足0.5%。本研究旨在了解这些恶性间叶肿瘤核型异常特征,以发现最终与组织学分级相关的染色体变异。方法:采用比较基因组杂交(CGH)研究12例内膜基质肉瘤病例,其中9例为低分化ESS、3例为未分化子宫内膜肉瘤(U ES)。结果:12例患者中有10例(83.3%)表现为染色体增益或缺失。缺失较增益更常见(63.4%vs36.6%)。低分级ESS中检测到,染色体1、6q、9q、16p、19、20q、22q的增益和染色体2、4q、6、7、11q、13q、15q、16q、20p、X缺失。CG H检测UES显示染色体2q、4q、6q…     

肝外胆管癌瘤细胞染色体的结构畸变

目的 研究肝外胆管癌瘤细胞染色体结构畸变方式和畸变率，筛选肝外胆管癌标记染色体，定位肝外胆管癌相关基因。方法 用比较基因组杂交（CGH）和光谱核型分析（SKY）技术检测12例肝外胆管癌组织瘤细胞染色体结构畸变方式和畸变率。结果 肝外胆管癌瘤细胞多条染色体存在结构畸变，畸变方式以片段重复和丢失为主，重复集中在1q，3q，8q，15q和17q，丢失主要发生在3p，4q，6q，9p，17p和18q，其中丢失率最高的2个区段分别为3p13-p21和9p21-pter（各41．7％）。结论 肝外胆管癌瘤细胞染色体存在明显结构畸变，为进一步定位肝外胆管癌发生发展相关基因靶位点提供科学依据。     

贲门癌家族史阳性患者比较基因组杂交变化特征

目的 探讨河南食管贲门癌高发区贲门癌肿瘤家族史阳性/阴性患者基因组变化特征.方法 应用比较基冈组杂交技术分析14例贲门癌家族史阳性和28例贲门癌肿瘤家族史阴性患者染色体基因组变化.结果 贲门癌家族史阳性患者DNA拷贝数扩增高于阴性(>20%)者的染色体部位为20p(FH+50%与FH-21%),5p(FH+50%与FH-18%),6q(FH+43%与FH-18%),16q(FH+36%与FH-14%);贲门癌家族史阳性患者DNA拷贝数丢失高于阴性(>20%)者为4q(FH+43%与FH-14%)(P>0.05).1q、3q、6q/p、7p、8q、13q/p、20q/p染色体部位DNA拷贝数扩增和1p、17q/p、19p染色体部位DNA拷贝数丢失在贲门癌家族史阳性和阴性患者中均超过20%(P>0.05).结论 20p、5p、6q、16q、4q、17q、18q、9p、22q可能存在与贲门癌遗传高易感性相关的关键基因;而1q/p、3q、6q/p、7p、8q、13q/p、20q/p、17q/p、19p可能存在与环境因素相关的贲门癌关键基因.     

p27和p53在食管鳞癌中的表达及其意义

目的 :探讨食管鳞癌 p2 7和 p5 3的表达及其意义。方法 :应用免疫组化S -P法检测 112例食管鳞癌组织p2 7和 p5 3基因蛋白的表达 ,并分析其与临床分期、组织学分级及预后的关系。结果 :p2 7阳性表达多见于高分化组 (Ⅰ～Ⅱ级 )及临床早期 (Ⅰ～Ⅱ期 )病例 ;而p5 3阳性表达多见于低分化组 (Ⅲ～Ⅳ级 )及临床晚期 (Ⅲ～Ⅳ期 )病例 (P <0 .0 5 )。p2 7与p5 3阳性表达相平行。结论 :食管癌的发生发展是多因素作用的结果 ,p2 7和 p5 3的表达与食管癌临床病理指标有关 ,二者联合检测对评价食管鳞癌的恶性程度 ,判断预后及指导治疗具有重要意义。     

原发性肺癌患者淋巴细胞及肿瘤组织遗传物质分析

目的分析原发性肺癌患者外周血淋巴细胞及肿瘤细胞染色体异常变化,了解肺癌患者染色体畸变规律。方法应用染色体G显带技术分析50例原发性肺癌住院患者外周血淋巴细胞染色体及55例肺癌肿瘤组织染色体,55例组织标本中鳞状细胞癌24例、腺癌13例、腺鳞癌5例、细支气管肺泡癌8例、小细胞癌4例、非典型类癌1例。结果32％的肺癌患者有外周血淋巴细胞染色体畸变（16／50）,显著高于良性病变组和正常对照。中晚期肺癌患者淋巴细胞染色体畸变率为59．1％（13／22）,显著高于Ⅰ、Ⅱ期肺癌惠者（10．7％,3／28）。55例新鲜肺癌手术标本常规G显带染色中23例核型分析成功,成功率为41.8％。23例肺癌标本均有明显的染色体异常,除整条染色体丢失外,鳞状细胞癌表现为2q（3／6）缺失,3q（3／6）、3q13（1／6）和12p（3／6）扩增;肺腺癌为1q（5／6）、5p（2／6）、8q（2／6）扩增,9q（4／6）、10p（2／6）缺失;腺鳞癌为1P（2／3）、6q（1／3）缺失,1q（2／3）．3q（2／3）扩增;细支气管肺泡癌为3p（1／4）、8p（3／4）、11q23缺失,1q（3／4）扩增;小细胞癌为3p（2／3）缺失。3q（2／3）、5p（1／3）、5p11（2／3）扩增。结论原发性肺癌不同病理分型存在广泛的遗传物质不平衡现象。染色体基因扩增和缺失可能是不同类型肺癌发生发展的基础。     

miR-16-5p对食管鳞癌的诊断价值和作用机制研究

目的探讨miR-16-5p在食管鳞癌患者血清和健康人群血清中的表达差异,分析其对食管鳞癌的诊断价值和作用机制。方法通过基因表达汇编（GEO）数据库探寻食管鳞癌患者和健康人群血清中差异表达的miRNA;通过qRT-PCR实验对浙江省台州医院2015年9月至2019年6月的35例食管鳞癌患者的血清与健康人群血清中的miR-16-5p进行检测和分析,并通过ROC曲线评估miR-16-5p对食管鳞癌的诊断效能;下载癌症基因组图谱（TCGA）数据分析miR-16-5p在食管鳞癌组织中的表达,分析其作用机制。结果GEO数据集数据分析结果和qRT-PCR检测结果均显示食管鳞癌患者血清miR-16-5p表达水平明显高于健康人群血清（均P＜0.05）。miR-16-5p诊断食管鳞癌的灵敏度为0.7143,特异度为0.8857,此时最佳截断值为1.3351,AUC为0.802（95％CI：0.689~0.887）。TCGA数据分析结果显示食管鳞癌患者癌组织miR-16-5p表达水平明显高于癌旁正常组织（P＜0.05）。京都基因与基因百科全书（KEGG）富集结果显示,miR-16-5p的靶基因显著富集于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K-Akt）、p53、Hippo等多条肿瘤相关信号通路（P＜0.05）。基因本体论（GO）富集结果显示,miR-16-5p的靶基因显著富集于翻译、结合蛋白、细胞黏附等（P＜0.05）。结论miR-16-5p在食管鳞癌患者血清和癌组织中均表达上调,或可作为食管鳞癌辅助诊断的生物标志物。miR-16-5p可能通过调控翻译、结合蛋白、细胞黏附从而影响食管鳞癌的发生、发展,多条肿瘤相关信号通路或参与该过程。     

应用比较基因组杂交技术对卵巢癌耐药机制的研究

目的探讨卵巢癌化疗耐药患者组织中染色体的变化特征,寻找或定位与卵巢癌化疗耐药密切相关的基因,以便对其耐药机制进一步研究。方法采用比较基因组杂交技术分析卵巢癌化疗耐药组（浆液性卵巢癌6例、黏液性卵巢癌3例、子宫内膜样卵巢癌2例、透明细胞癌1例,共12例）和化疗敏感组（浆液性卵巢癌5例、黏液性卵巢癌3例、子宫内膜样卵巢癌2例、透明细胞癌2例,共12例）两组癌细胞基因组的不平衡,即DNA丢失或扩增。结果化疗耐药患者组织中最常见的染色体DNA拷贝数增加的部位是3q,8q,20q,11q,17q,2p,1q;常见的染色体DNA拷贝数缺失的部位是9p,5q,10q,3p。其中17q的增加,耐药组为66．7％,敏感组为16．7％;1q的增加,耐药组为66、7％,敏感组为16．7％;3p的丢失,耐药组为50．0％,敏感组为8．3％,在化疗耐药患者组织中表现更加明显。结论卵巢癌耐药患者组织中细胞染色体基因组最明显的改变为17q,1q的增加以及3p的丢失,这些部位可能存在与卵巢癌化疗耐药密切相关的癌基因及抑癌基因。     

喉鳞癌染色体核型的检测和分析

目的 检测和分析喉鳞癌染色体核形,探讨染色体变异与喉鳞癌基因组变异的关系,及其在肿瘤发生、发展过程中的重要作用.方法 18个来源于喉鳞状细胞癌患者的肿瘤组织进行细胞培养,收集分裂中期细胞,进行染色体"G"带染色,分析核型.并以3例来源于喉鳞癌旁正常上皮组织细胞作为阴性对照.结果 喉鳞癌染色体核型主要表现为大量复杂的、但并非任意性的染色体结构重排和数目改变:染色体丢失的机率显著高于染色体成分、数目的增加;染色体/臂成分的失衡主要表现为3p、4p、8p、18q、5q、13、21和22染色体成分的缺失,及3q、7q、8q、5p、11q13和20染色体成分的增加;大部分的染色体断裂点位于着丝粒区域.结论 染色体数目、结构的不断变异造成癌基因活化、扩增,抑癌基因的抑制和缺失,这种多基因改变的不断积累促进了喉鳞癌的发生及发展.     

原发性肝癌实体瘤的细胞遗传学研究

本文用G显带技术对15例原发性肝癌实体瘤作细胞遗传学研究。结果表明肝癌细胞染色体数以非整倍体为主,尤以亚二倍体和亚三倍体为多。各例均出现结构异常的染色体,对其中出现频率较高的20个标记染色体作了简要描述,并提及国内己发表的人肝癌细胞株染色体情况。结果提示某些染色体的断裂可能与肝癌的发生有一定关联。     

食管鳞状细胞癌染色体13q11-12杂合性丢失

目的分析食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)在13号染色体长臂11-12区(13q11-12)上的等位基因杂合性丢失(LOH),以期寻找13q11-12区上可能存在的与食管鳞状细胞癌有关肿瘤抑制基因的缺失区域。方法用9个位于13q11-12区的微卫星标志物,对56例ESCC患者组织切片激光显微切割后,进行PCR-LOH分析;56例ESCC患者包括34例有上消化道癌家族史,22例无上消化道癌家族史。结果56例ESCC患者中,49例(87.5%)显示一个或更多位点LOH;并发现一个LOH高频率区,位于位点D13S787和D13S221之间,物理距离仅有1.83 Mb;在位点D13S1236有上消化道癌家族史组LOH为89%,明显高于无上消化道癌家族史组53%(P=0.031<0.05),差异有显著性意义。结论研究提示染色体13q11-12的LOH可能在食管癌发生、发展中起重要作用;在染色体13q11-12区上,可能存在一个或多个与ESCC发生发展有关的肿瘤抑制基因(TSG)。     

食管癌基因表达谱及其与细胞分化的相关性研究

目的:研究原发性食管癌基因表达谱,筛选与肿瘤细胞分化相关的基因,旨在寻找或定位食管癌分化相关基因,加深对其癌变分子机制的了解. 方法: 应用基因芯片技术对15例ESCC癌组织和正常组织的mRNA进行检测,并用生物信息学对检测结果进行分析. 结果: 在886条目的基因中有110(12.42%)条至少2次出现差异表达,与肿瘤分化直接相关的基因有16条(1.81%),其中表达上调的9条(1.02%),表达下调的7条(0.79%). 结论: 高通量的基因芯片技术筛选出大量的ESCC相关基因,从中可分析出与肿瘤分化相关的基因. 对这些相关基因功能的验证将有助于找到ESCC发生、发展的关键基因或通路,并可作为ESCC诊断的指标和治疗的靶点.     

Chromosomal imbalances revealed in primary rhabdomyo- sarcomas by comparative genomic hybridization

Background Previous cytogenetic studies revealed rhabdomyosarcoma. We profiled chromosomal imbalances aberrations varied among the three subtypes of n the different subtypes and investigated the relationships between clinical parameters and genomic aberrations. Methods Comparative genomic hybridization was used to investigate genomic imbalances in 25 cases of primary rhabdomyosarcomas and two rhabdomyosarcoma cell lines. Specimens were reviewed to determine histological type, pathological grading and clinical staging. Results Changes involving one or more regions of the genome were seen in all rhabdomyosarcomal patients. For rhabdomyosarcoma, DNA sequence gains were most frequently （〉30%） seen in chromosomes 2p, 12q, 6p, 9q, 10q, lp, 2q, 6q, 8q, 15q and 18q; losses from 3p, 11p and 6p. In aggressive alveolar rhabdomyosarcoma, frequent gains were seen on chromosomes 12q, 2p, 6p, 2q, 4q, 10q and 15q; losses from 3p, 6p, lq and 5q. For embryonic rhabdomyosarcoma, frequent gains were on 7p, 9q, 2p, 18q, lp and 8q; losses only from 11p. Frequently gained chromosome arms of translocation associated with rhabdomyosarcoma were 12q, 2, 6, 10q, 4q and 15q; losses from 3p, 6p and 5q. The frequently gained chromosome arms of nontranslocation associated with rhabdomyosarcoma were 2p, 9q and 18q, while 11p and 14q were the frequently lost chromosome arms. Gains on chromosome 12q were significantly correlated with translocation type. Gains on chromosome 9q were significantly correlated with clinical staging. Conclusions Gains on chromosomes 2p, 12q, 6p, 9q, 10q, lp, 2q, 6q, 8q, 15q and 18q and losses on chromosomes 3p, 11p and 6p may be related to rhabdomyosarcomal carcinogenesis. Furthermore, gains on chromosome 12q may be correlated with translocation and gains on chromosome 9q with the early stages of rhabdomyosarcoma.     

Chromosomal and Genetic Analysis of a Human Lung Adenocarcinoma Cell Line OM

Background:

Lung cancer has become the leading cause of death in many regions. Carcinogenesis is caused by the stepwise accumulation of genetic and chromosomal changes. The aim of this study was to investigate the chromosome and gene alterations in the human lung adenocarcinoma cell line OM.

Methods:

We used Giemsa banding and multiplex fluorescence in situ hybridization focusing on the human lung adenocarcinoma cell line OM to analyze its chromosome alterations. In addition, the gains and losses in the specific chromosome regions were identified by comparative genomic hybridization (CGH) and the amplifications of cancer-related genes were also detected by polymerase chain reaction (PCR).

Results:

We identified a large number of chromosomal numerical alterations on all chromosomes except chromosome X and 19. Chromosome 10 is the most frequently involved in translocations with six different interchromosomal translocations. CGH revealed the gains on chromosome regions of 3q25.3-28, 5p13, 12q22-23.24, and the losses on 3p25-26, 6p25, 6q26-27, 7q34-36, 8p22-23, 9p21-24, 10q25-26.3, 12p13.31-13.33 and 17p13.1-13.3. And PCR showed the amplification of genes: Membrane metalloendopeptidase (MME), sucrase-isomaltase (SI), butyrylcholinesterase (BCHE), and kininogen (KNG).

Conclusions:

The lung adenocarcinoma cell line OM exhibited multiple complex karyotypes, and chromosome 10 was frequently involved in chromosomal translocation, which may play key roles in tumorigenesis. We speculated that the oncogenes may be located at 3q25.3-28, 5p13, 12q22-23.24, while tumor suppressor genes may exist in 3p25-26, 6p25, 6q26-27, 7q34-36, 8p22-23, 9p21-24, 10q25-26.3, 12p13.31-13.33, and 17p13.1-13.3. Moreover, at least four genes (MME, SI, BCHE, and KNG) may be involved in the human lung adenocarcinoma cell line OM.     

食管鳞癌组织中MET原癌基因mRNA的表达

目的:探讨食管鳞癌组织中原癌基因METmRNA的表达。方法:应用实时荧光定量RT-PCR及基因芯片技术对15例食管鳞癌组织(高分化4例,中分化5例,低分化6例)和相应正常食管黏膜组织进行METmRNA检测。结果:cDNA微阵列和实时荧光定量RT-PCR技术检测结果一致率达100%。15例食管鳞癌组织中有12例METmRNA为上调表达。METmRNA的表达与患者的年龄、性别、肿瘤的部位、大小、肿瘤进展程度等临床病理特征无关(P>0.05),但高、中分化食管癌组织METmRNA表达水平与低分化组比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:MET原癌基因表达水平与食管鳞癌细胞分化相关。     

Analysis of comparative genomic hybridization and loss of heterozygosity in 43 primary gastric carcinomas

Objective To investigate common chromosomal changes and the LOH frequency of microsatellite loci in primary gastric cancer samples in order to locate the deleted regions in which human gastric cancer related genes might exist.Methods Comparative genomic hybridization (CGH) was used to define global chromosomal aberrations in 43 primary gastric tumors. Based on the results of CGH, analysis of loss of heterozygosity (LOH) was performed in chromosome 19 in which the loss was first discovered in the gastric cancers. The PCR-based approach was used to investigate 22 loci, which are spaced at 1.1 -10. 9 cM intervals throughout chromosome 19. The amplified PCR fragments were subjected to electrophoresis in PAGE gel and analyzed with GenescanTM and GenotyperTM.Results CGH analysis revealed gains in chromosome 3p(8/43), 8q(8/43), 20 [20 (9/43), 20p(7/43), 20q(4/43)], 12q(16/43), 13q(12/43) and losses in 19 [19 (15/43)], 7 [17 (8/43),17p (10/43)], 16 (10/43) and lp (11/43). Among the 43 evaluated samples, the most frequent LOH was detected at locus D19S571 (27. 81% ).Conclusions The tumorigenesis of gastric cancer includes several chromosomal changes. The aberration of chromosome 19 was the first common change founded in gastric cancer. The region near the D19S571 miclht harbor potential clenes related to the tumoriQenesis of Qastric cancer.     

Novel chromosomal alterations detected in primary nasopharyngeal carcinoma by comparative genomic hybridization

Objective　To gain a better understanding of genetic changes in Cantonese nasopharyngeal carcinoma (NPC). Methods　Comparative genomic hybridization (CGH) was performed on 17 primary nasopharyngeal carcinomas. Results　A novel copy number gain an chromosome 4q and loss of chromosome 1p were found at a high frequency (&gt;50%). Conclusions　Current analysis revealed a comprehensive profile of the chromosomal regions showing gain of chromosomes 4q, 12q, and 1q as well as loss of chromosomes 1p, 3p, 11q, 14q, 15q, 13q, Xq, 9q, 10p, 10q, and 16q. Frequently altered loci may encode oncogenes or tumor suppressor genes involved in the development of primary NPC.     

32例食道鳞癌MDR1及MRP基因表达结果分析

目的探讨多药耐药(MDR1)基因、多药耐药相关蛋白(MRP)基因在食道鳞癌中的表达情况及其与肿瘤分化程度的关系.方法用逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)方法检测新鲜食道癌组织标本.结果32例食道鳞癌标本MDR1、MRP基因阳性表达率分别为78.1%、75.0%,明显高于癌旁组织(均P＜0.01).MDR1、MRP基因表达与肿瘤分化程度无关(均P＞0.05).结论MDR1、MRP基因在食道鳞癌组织中有较高的阳性表达率,但与食道鳞癌的组织分化程度无关.