东莞市2014—2017年Ⅰ型登革病毒流行情况及E基因序列分析

目的 研究2014—2017年东莞市Ⅰ型登革病毒（DENV-1）流行情况,分析其可能的地域来源及基因特征。方法 采用实时荧光PCR方法对2014—2017年东莞市疾病预防控制中心收到的登革热疫情样本进行核酸检测分型,阳性标本进行病毒分离及鉴定,扩增并测定部分分离株E基因序列,共得到8株DENV-1及其E基因序列,与Genebank中选取的世界各地DENV-1流行株及原型株进行参考对比,用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,用Mega4.0.2软件进行分子分型和系统进化树构建。结果 665份标本中DENV阳性251份,其中DENV-1阳性占90.0%。以9月、10月为发病高峰期,占86.7%;男女比例为0.92∶1,20~<70岁年龄组发病例数最多,占75.1%;DENV-1阳性本地病例以虎门、麻涌、南城、厚街和莞城五个镇街最多,占76.4%。序列比对显示,8株DENV-1的E基因序列核苷酸同源性为90.2%~99.6%,氨基酸同源性为96.4%~100.0%,与选取的近年世界各地流行株的核苷酸与氨基酸同源性分别为89.2%~100.0%和90.2%~100.0%。系统进化树分析显示,2014—2017年东莞8株DENV-1分离株与我国广州、深圳及新加坡、马来西亚等东南亚国家当年或往年DENV-1流行株同源性较高,分属基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ型 ,但以基因Ⅰ、Ⅴ型为主。所有8株分离株与原型株进化距离较远。结论 2014—2017年东莞市登革病毒流行以DENV-1为主,流行基因亚型主要为基因Ⅰ型和基因Ⅴ型,流行方式为广深等周边地市及新加坡、马来西亚等东南亚各国输入病例引起的本地暴发流行。     

海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒血凝素基因特性

目的 了解海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒血凝素基因遗传进化规律与氨基酸变异情况。方法 选取2019—2020监测年度海南省5家流感监测网络实验室分离的16株H3N2亚型流感毒株进行一代全基因组测序,利用MEGA 10.1.8构建血凝素基因系统进化树,并分析氨基酸位点替换情况,应用DNA Star 7.0.1软件进行血凝素基因同源性分析。结果 系统进化树显示,相比于疫苗株A/Kansas/14/2017 (2019—2020）,16株H3N2亚型流感病毒分离株血凝素基因在进化树上与疫苗株A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016（2018—2019）亲缘关系更近,属于3C.2a1分支,核苷酸与氨基酸同源性范围分别为98.5%~98.9%、97.9%~98.4%。16株分离株在抗原性位点发生8处氨基酸位点替换,涉及5个抗原决定簇;15株分离株在糖基化位点发生2处缺失。结论 2019—2020年监测年度海南省H3N2亚型流感病毒与2018—2019年疫苗株亲缘关系较近,血凝素蛋白抗原性位点在5个决定簇均有变异,易造成较大流行,WHO 推荐的2019—2020年疫苗株保护效果可能不理想。应密切关注H3N2亚型流感病毒的流行与基因变异情况,为流感病毒疫苗株推荐及防控提供科学依据。     

东莞市2015—2016年柯萨奇病毒A6型流行情况及特征分析

目的 研究东莞市2015—2016年手足口病(HFMD)病例中柯萨奇病毒A6型(CVA6)的流行情况及基因特征。方法 采用RT-PCR方法对HFMD疑似病例标本进行检测,CVA6阳性标本上送广东省疾病预防控制中心,进行病毒分离及鉴定,扩增并测定VP1基因序列。从GenBank中选取其他CVA6代表株进行参考比对,利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4.0.2软件构建亲缘性进化树。结果 在1 145份标本中检出CVA6阳性标本580份,阳性率为50.66%(580/1 145)。序列比对显示,20株CVA6分离株VP1基因之间核苷酸同源性为93.6%~100.0%,氨基酸同源性为97.7%~100.0%。东莞市CVA6分离株VP1与近年来全球各地流行株核苷酸和氨基酸的同源性分别为93.4%~98.5%和97.0%~99.7%,与CVA6原型株Gdula以及我国山东省1996年分离株核苷酸和氨基酸相似性仅为82.5%~85.8%和94.1%~96.4%。系统进化树分析显示,2015—2016年东莞地区CVA6与近年来流行于世界各地的CVA6分离株同源性较高,而与原型株进化距离较远。结论 2015—2016年东莞市HFMD病原以CVA6为主,流行株为近年来流行于全国各地的CVA6新变种。     

海南省2019—2020监测年度A (H1N1) pdm09流感病毒基质蛋白基因特性分析

目的 分析2019—2020监测年度（2019年4月1日—2020年3月29日）海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒基质蛋白基因（Matrix, M）进化规律和M2蛋白氨基酸位点变异情况。方法 选取14株2019—2020年海南省分离的A (H1N1) pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,采用Neighbor-Joining方法进行种系进化分析,通过系统进化树比较海南流行株与疫苗株的差异。测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析及基因同源性分析。结果 2019—2020监测年度,海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒分离株占分离株的4.9%。序列分析显示,海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的M基因在核苷酸系统进化树6B.1分支上,核苷酸与氨基酸同源性范围为98.7%~100.0%、98.8%~100.0%。12株分离株胞外区编码区S23N氨基酸发生变异;跨膜区14株分离株均发生S31N位点突变,突变率为100.0%;1株I39V位点氨基酸变异;9株分离株在胞浆区E70D位氨基酸位点发生变异。结论 2019—2020监测年度海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒活动水平较低,与疫苗株相匹配,对金刚烷胺类药物耐药,应特别关注M2蛋白氨基酸变异情况,为临床抗流感病毒药物的使用提供科学依据。     

海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因特性

目的 分析海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因遗传进化特征与关键氨基酸位点变异情况。 方法 从海南省流感监测网络实验室分离的流感毒株中按照不同时间选取16株H3N2亚型分离株进行一代全基因序列测定,应用DNA Star 7.0.1软件进行神经氨酸酶基因同源性分析,应用MEGA 10.8.1软件构建神经氨酸酶基因系统进化树,并分析耐药性位点与抗原决定位点氨基酸替换情况。 结果 神经氨酸酶基因同源性分析与系统进化分析显示,16株分离株与疫苗株A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016（2018—2019）核苷酸与氨基酸相似性分别为98.5%~99.1%、98.3%~98.7%,进化上属于3c.2a1分支。14株分离株发生神经氨酸酶抗原性位点N329S变异,11株分离株发生E344K变异,未发生耐药性位点氨基酸替换。 结论 2019—2020年海南省流行的H3N2亚型流感病毒属于3c.2a1分支,与2018—2019年疫苗株亲缘关系较近;大部分分离株在神经氨酸酶抗原决定位点发生了一定的改变,但变异程度不大,未发生耐药位点变异。今后应持续加强流感病毒病原学监测,密切关注H3N2亚型流感病毒耐药性基因变异,及时跟踪关键氨基酸位点替换情况,为科学防控提供理论依据。     

长沙市2014—2019年31株风疹病毒基因型流行特征

目的 对2014—2019年长沙市风疹病毒进行分子流行病学、基因特征及溯源研究。方法 风疹疑似患者鼻咽拭子先通过荧光逆转录聚合酶链反应（real time-PCR, RT-PCR）进行风疹病毒核酸检测,风疹病毒阳性标本再进行RT-PCR扩增E1基因片段,序列拼接后构建进化树及氨基酸同源性分析。结果 截至2019年10月31日,收集到市区上送风疹疑似病例标本1 726份,其中阳性87份（5.04%）,2014年至2019年风疹阳性率分别为1.27%（6/471）、1.70%（4/235）、1.83%（4/218）、0%（0/133）、11.18%（18/161）和10.83%（55/508）。2018年开始风疹病例显著增多。感染人群中62.07%（54/87）分布于10~20岁。本研究共获得31株风疹病毒序列,2014年3株2B型,1株1E型;2016年1株2B型;2018年10株1E型;2019年16株1E型。GenBank序列号为MN251800-MN251830。进化树分析显示2018—2019年毒株与香港地区本土循环流行的1E基因型毒株位于同一分支,区别于2018年以前长沙市地区流行的毒株。毒株之间的核苷酸同源性为99.5%~100.0%,与WHO参考株核苷酸同源性为96.0%~96.4%。E1基因第324位A突变为T,第329位F突变为L,关键位点未发生变化。结论 2018—2019年长沙地区风疹流行毒株为不同地区同一1E基因型毒株感染造成,应加强本地学生及成年人中风疹疫苗接种计划及风疹病毒学的监测。     

2014年深圳市流行的1型登革病毒分子溯源分析

目的  对2014年深圳市登革热（DF）流行时分离的登革热1型病毒株（DENV-1）进行E基因序列测定,了解其分子病毒学特征,探讨其可能来源。方法  收集35份2014年深圳市DF患者急性期血清标本,用乳仓鼠肾细胞（BHK-21）分离DF病毒,并用逆转录-半套式聚合酶链反应（RT-PCR）反应对其进行型别鉴定。RT-PCR扩增全长E基因,测序并进行同源性与进化树分析。结果  35份血清样本中分离到DENV-1 21株。选取6株深圳DENV-1分离株测序,E基因全长1 485 bp,编码495个氨基酸。6株深圳市DENV-1分离株同源性为100.0％,其同源性与深圳市2010流行株接近,核苷酸和氨基酸同源性分别为99.5%和99.8%,与新加坡2009和日本2004流行株的核苷酸和氨基酸同源性最高达99.7%和100.0％。进化分析发现,深圳6株DENV-1属于基因型1型,与Shenzhen2010、Singpore2009、Japan2004的亲缘关系较近,在同一进化支上。结论  2014年深圳市DENV-1属GⅠ亚型,最可能来源于东南亚一带,于2010年本地化而引起2014年DF流行。

     

广东省东莞市2012—2018年黄金海岸沙门菌临床分离株的病原学特征

目的 通过分析2012—2018年东莞市黄金海岸沙门菌临床分离株的病原学特征,为早期发现该罕见血清型沙门菌引起的聚集病例的及时干预和控制提供病原学依据。方法 对东莞市2012—2018年食源性疾病监测中分离的30株黄金海岸沙门菌临床分离株进行复核鉴定、血清分型、抗生素敏感性试验和脉冲场凝胶电泳（PFGE）的分子分型。结果 30株黄金海岸沙门菌抗原式均为6,8∶r∶l,w,每年菌株数量的构成比有随年度增加而增高的趋势,且差异有统计学意义（χ²=19.67,P<0.05）。东莞市黄金海岸沙门菌对磺胺异噁唑、四环素、复方新诺明、氯霉素、链霉素的耐药率较高,分别为90.0%、90.0%、80.0%、80.0%和76.7%;对头孢他啶、头孢噻肟、头孢吡肟、亚胺培南的敏感率达到100%;对3类及3类以上抗生素耐药的菌株数达到25株,占比为83.33%。30株黄金海岸沙门菌共分为12个PFGE 型,其中2种PFGE型包含条带的相似率为100%的谱型分别为DG-GC06型15株和DG-GC12型3株。结论 东莞市黄金海岸沙门菌的构成比在2012—2018年间呈逐年上升趋势,多重耐药现象严重,且存在潜在暴发现象,应加强暴发发现、流行病学调查及耐药监测。     

广东流行的三株登革1型病毒包膜蛋白基因的序列测定与分析

目的 通过对广东省不同地区、不同流行期间分离的三株登革1型病毒(DV1)的结构蛋白E基因进行序列测定及分析,了解各流行株之间的遗传差异,追踪其可能的传染来源。方法 应用RT-PCR技术扩增病毒的结构蛋白E基因,克隆到PMD18-T载体,转化JM109宿主菌,挑取阳性克隆进行鉴定及序列测定,应用计算机软件与国内外参考及流行株进行同源性分析,并绘制基因系统发生树。结果 3株DV1病毒E基因序列长度均为1485bp,编码495个氨基酸,核苷酸序列同源性在91%~98%之间,推测的氨基酸序列同源性在94%~99%之间。GD23/95与A88核苷酸(氨基酸)同源性为95%(98%),与其他株的同源性相对较低,2株属同一基因型;GD14/97和GD05/99与Cambodia共享序列非常接近,3株同属另一基因型。结论 广东省1997、1999和1995年流行的登革热可能来自境外不同的疫源地。     

河南省9株狂犬病毒的N基因序列分析

 目的 分析河南省9株狂犬病毒的核蛋白基因序列,探讨狂犬病毒流行株毒力与致病性的可能变异。方法 以RT-nested-PCR扩增9株2006年12月分离于河南省信阳市的狂犬病毒街株,经纯化、克隆、测序后获得9条N基因全长序列,采用生物信息学软件对N基因序列进行分析。结果 9株狂犬病毒核蛋白在核苷酸及氨基酸水平上彼此的同源性分别为97.5%~99.3%和98.4%~99.8%;病毒与CTN疫苗的核苷酸序列同源性最高,为88.9%~90.1%,氨基酸序列同源性为97.6%~98.0%;与其他疫苗株相比,9株病毒与其核苷酸及氨基酸同源性范围分别为84.4%~87.9%和94.2%~97.3%;与已知的基因1型狂犬病毒比较,9株病毒核蛋白氨基酸序列发生了若干位点的取代。结论 9株河南省狂犬病毒流行株均属基因1型,其核蛋白在基因的核苷酸及推导的氨基酸水平上均有变异,这些变异可能影响疫苗对流行株所致狂犬病的保护效果。     

海南省2019年9例登革病毒的鉴定及E基因序列分析

目的 对2019年海南省暴发的16例疑似登革热（dengue fever, DF）患者血清标本进行调查研究,从分子水平对登革病毒（Dengue virus, DENV）的E基因进行分析,对此次登革病毒进行鉴定,并对登革热的防控给出可行性意见。方法 对患者血清进行核酸检测、分型,将登革病毒阳性标本进行分离及核酸检测,利用实时荧光定量PCR技术对病毒进行分型,通过RT-PCR扩增E基因片段RT-PCR产物经过琼脂凝胶电泳成像系统观察条带结果,根据条带的有无判断阴性或阳性,根据条带的大小判断登革病毒的型别,得到9条DENV-1型E基因序列,基因测序之后与2019年中国其他省、国外选取的共11条DENV-1型E基因序列进行比较中,通过MEGA7.0.26软件从分子水平进行同源性比较以及系统进化树构建。结果 通过血清学鉴定结果以及实时荧光定量PCR技术检测得出的Ct值,可知研究的16份患者血清中,有9份经过鉴定为DENV-1型,7例为阴性结果。系统进化树表明,2019年海南9例DENV-1病例与参考序列MK517727 Guangzhou 2019、MK517719 Guangzhou 2019、MK517720 Guangzhou 2019同源性最高为99.73%~99.80%,与3株作为参考序列的外源株,序列相似度都相对较低,结果可靠。结论 得到的E基因长度为1 485 bp,2019年海南省9株DENV-1型为输入型流行株,根据进化树亲缘性分析,此次海南DENV-1病例与广州省的登革病例同源性最高。     

深圳市2015年首例输入性登革热病毒溯源分析

目的 对2015年深圳市报告的首例输入性登革热病例进行溯源分析。方法 收集该病例流行病学资料及血清样本,并通过免疫层析法和实时荧光RT-PCR对该病例血清中的特异性IgM抗体、IgG抗体、NS1抗原及病毒核酸进行检测。用C6/36细胞对血清进行病毒分离。对分离株的E基因进行序列测定,与不同型别的标准株及不同地区的分离株进行同源性分析并构建系统发生树。同时对糖基化位点、毒力位点上的序列进行比较。结果 从该病例血清中检测出IgM抗体、NS1抗原和2型登革病毒RNA,并成功从血清样本中分离出登革病毒DEN2-SZ1503。 SZ1503与标准2型登革病毒NGC株E基因的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.8％和97.8％。系统发生树表明SZ1503与SG（EHI）D2 / 06572Y13株（Malaysia 2013）,具有最高相似性,且位于系统发育树的同一分支中。该分离株同1051株（Indonesia 76）、10株（Somalia 84）和271-206株（Sri Lanka 90）一起属于基因型Ⅳ。SZ1503株E基因的糖基化位点与其他登革热2型毒株相同,毒力位点也与之前报道的毒株一致。结论 病毒学、血清学和流行病学结果表明,该输入登革热病例是由2型登革热病毒引起的,SZ1503病毒株的遗传特征与马来西亚流行的登革热病毒一致。     

西双版纳州2016年登革1型和2型病毒疫情的流行病学调查

目的 了解云南省西双版纳州2016年登革热流行特征和登革病毒血清型、基因型及其传播来源.方法 收集登革热病例资料,采集患者急性期血清标本,用RT-PCR法检测登革病毒核酸,并进行登革病毒C/PrM区核苷酸序列测定和进化分析.结果 2016年西双版纳州共确诊登革热病例53例,其中本地感染病例24例(勐腊县21例和景洪市3例),输入性病例29例(来自缅甸24例和老挝5例).流行月份为7-11月.病例年龄以20～49岁组为主,男女性别比为1.9∶1.蚊媒监测景洪5-10月布雷图指数(Breteau index,BI)为8.4～21,勐腊6-10月BI为7.6～18.2,勐海县9-10月BI为8.4～8.8,其它月份BI均小于5.从患者血清中获得13株登革病毒的C/PrM区基因核苷酸序列,进化分析表明,10株为登革病毒血清型1型(DENV-1)中的基因Ⅰ型(Genotype-Ⅰ,G-Ⅰ),3株为登革病毒血清型2型(DENV-2)的亚洲基因Ⅰ型(Asian genotypeⅠ,AG-Ⅰ),均为东南亚地区的优势基因型.无论DENV-1或DENV-2均与近几年云南省瑞丽市、临沧市和东南亚地区的同型流行株具有较近的亲缘关系.结论 西双版纳州2016年发生了包括本地和输入性病例并存的DENV-1 G-Ⅰ和DENV-2 AG-Ⅰ流行,并证实相邻的缅甸和老挝边境地区存在这两种血清型登革病毒流行,来自缅甸和老挝的输入性病例是引起西双版纳本地流行的主要原因.此为西双版纳首次发生DENV-1和DENV-2 AG-Ⅰ的本地流行.     

漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征分析

目的了解漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征。方法对2010年漳州市的5株肠道病毒71型分离株进行VP1区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4．0软件构建系统发生树。结果5株肠道病毒71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891bp,且与2008年安徽阜阳流行株Fuyang．Anhui．P．R．C-17．08-2的VP1区核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性最高,分别为98．2％-98．8％和99．7％-100．0％。5株肠道病毒71型分离株间的核苷酸序列同源性为97．2％-99．8％．氨基酸序列同源性为99．3％～100．0％。氨基酸在98位和218位这两个位点发生了特异性变异。VP1区基因遗传进化分析表明,漳州市所有分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论5株肠道病毒71型分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支．与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型完全-致。     

深圳市龙华区2018年手足口病病原学特征

目的 分析2018年深圳市龙华区手足口病病原学特点,为辖区手足口病预防和控制策略的制定和调整提供科学依据。方法 采用荧光定量RT-PCR方法对哨点医院送检的223份手足口病临床诊断病例的肛拭子样本进行肠道病毒（Enteroviurs, EV）、肠道病毒A组71型（Enteroviurs A71, EV-A71）、柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16, CV-A16）、柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6, CV-A6）、柯萨奇病毒A组10型（Coxsackievirus A10, CV-A10）核酸检测,并对EV核酸阳性样本进行VP1区序列测定、同源性分析、亚型鉴定和系统进化分析。结果 实验室确诊病例有166例,阳性率为74.44%,构成比前3位的病毒亚型依次为CV-A6（43.37%）,CV-A16（31.33%）,CV-A10（13.86%）;2018年深圳市龙华区流行的主要肠道病毒中,EV-A71属于C4a进化分支;CV-A16（n=18）核苷酸同源性为89.0%~99.9%,氨基酸同源性为98.3%~99.7%,属于B1a（38.89%,7/18）和B1b（61.11%,11/18）进化分支;CV-A6（n=45）核苷酸同源性为95.1%~99.9%,氨基酸同源性为98.1%~99.0%,均属于D3进化分支;CV-A10（n=12）核苷酸同源性为93.5%~99.8%,氨基酸同源性为97.6%~99.7%,均属于C进化分支。结论 深圳市龙华区应进一步加强辖区手足口病监测,持续关注病原谱构成和重要病原体进化情况。     

湖南狂犬病毒P基因和M基因分子遗传特征

目的了解湖南省狂犬病毒的分子流行病学特征以及其与疫苗株的差异。方法对4株湖南狂犬病病毒P和M基因同时进行了RT-PCR扩增、克隆和测序。结果同源性分析表明，4株湖南街毒P和M基因核苷酸同源性分别为97．3％-99．4％和98．4％-99．8％；与其它I型狂犬病病毒和疫苗株核苷酸同源性比较，P基因分别为78．4％-90．2％和81．8％-86．8％；M基因的分别为81．8％-92．1％和84．7％-90．6％。4株野毒P和M基因氨基酸同源性分别为98．0％-99．3％和98．5％-99．0％。结论4株病毒P基因和M基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与我国现用的人用及兽用疫苗株存在一定差异。进化关系表明，4株病毒均为基因I型狂犬病毒；与我国宁夏分离株最近；与其它I型毒株分离自菲律宾和泰国等东南亚的毒株亲缘关系较近；而与翼手目的毒株关系最远。     

Molecular epidemiology of dengue in Jamaica dengue virus genotypes in Jamaica, 2007

The genotypes of dengue viruses (DENV) isolated from patients with dengue in Jamaica during 2007 were determined using DNA sequencing and phylogenetic analysis of the C-prM gene junction. The 17 DENV analysed included strains of DENVserotypes 1 (DENV-1, n = 3), DENV-2 (n = 7) and DENV-4 (n = 7). All strains ofDENV-1 were classified as genotype III, while 1 of 7 strains of DENV-2 belonged to the Asian American/Asian genotype, genotype I/III (Jamaica genotype), 2 were genotype V, the American genotype and 4 strains clustered with reference strains belonging to genotype IV. The 6 DENV-4 strains from Jamaica and the control strain clustered together in a separate clade from Caribbean/American reference strains, which belong to genotype II and Asian strains, classified as genotypes I and III. There has been little evolution in the DENV-1 strains circulating in Jamaica over the years and this might reduce the risk of outbreaks due to this serotype. In contrast, the high genetic diversity in strains of DENV-2 viruses in circulation, the presence of more recently introduced genotypes and a new clade of DENV-4 might contribute to the epidemic potential of these DENV serotypes. These preliminary data clearly indicate the need to maintain laboratory surveillance, and other control measures against hyperendemicity of dengue in Jamaica.