基于网络药理学和分子对接的痰热清干预耐药铜绿假单胞菌致呼吸系统感染作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接探究痰热清干预耐药铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa,PA）所致呼吸系统感染性疾病的作用机制,为其进一步深入研究及合理应用提供参考。方法 依前期临床回顾性分析结果选取痰热清为研究药物,通过中药系统药理学数据库与分析平台、SwissADME数据库及文献检索筛选获取痰热清各味中药的活性成分;通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分作用靶点;通过OMIM数据库挖掘PA相关呼吸系统疾病靶点,参考用药指南选取PA临床用药并预测其作用靶点;通过STRING平台构建药物-疾病共有靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,通过Metascape平台分析共有靶点涉及的生物过程和信号通路,采用Cytoscape 3.8.0软件构建痰热清干预耐药PA感染的成分-疾病-靶点网络及成分-靶点-通路网络;筛选主要作用靶点和活性成分,采用分子对接初步验证结合作用。结果 筛选得到痰热清中所含5味中药潜在活性成分共107个,预测作用靶点共746个,PA相关呼吸系统疾病及临床用药靶点共959个,韦恩图分析获取成分和疾病共有靶点213个;最终预测核心靶点主要为表皮生长因子受体（EGFR）、原癌基因酪氨酸受体激酶（SRC）、磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶亚基（PIK3CA）、促分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等,主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、MAPK、趋化因子等信号通路;分子对接表明预测结果的可靠性。结论 痰热清组方配伍合理,具多成分、多靶点、多通路的特点,主要通过抑制PI3K-Akt和EGFR-MAPK信号通路,抑制耐药PA在呼吸道过度黏附、产生黏液并分泌炎性因子和内毒素,从而缓解呼吸系统疾病。     

基于网络药理学的丹参治疗哮喘作用机制初探

目的 运用网络药理学方法探讨丹参治疗哮喘的作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取丹参活性成分及潜在靶点;应用OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集哮喘靶点,利用R语言获得丹参治疗哮喘的作用靶点,依据STRING 11.0数据库获取蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;在Metascape平台进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体（GO）分析,运用Cytoscape 3.5.1软件构建丹参治疗哮喘的成分-靶点-通路网络,并筛选核心靶点,采用MOE 2019软件对重要化合物进行分子对接验证。结果 筛选得到丹参治疗哮喘的59个化学成分、108个靶点及20条关键通路。其中,隐丹参酮主要通过肿瘤坏死因子（TNF）、Toll样受体4（TLR4）等蛋白抑制核转录因子-κB（NF-κB）通路,减轻哮喘气道炎症;丹参酮Ⅱ_A主要通过核转录因子-κB抑制剂α（NFKBIA）等减弱TNF-α和NF-κB表达,抑制NF-κB通路,减轻炎症损伤;木犀草素主要通过蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-6（IL-6）和信号传导与转录激活因子3（STAT3）等介导磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）-Akt和Janus激酶-信号转导子与转录激活因子（JAK-STAT）通路,通过缓解气道炎症、改善气道重塑和免疫调节治疗哮喘。分子对接显示,三者与疾病靶点生物亲和力高。结论 丹参可以通过多成分、多靶点、多途径发挥治疗哮喘的作用。     

基于网络药理学探讨哮喘宁颗粒治疗支气管哮喘的作用机制及PI3K/Akt信号通路验证

目的 基于网络药理学预测哮喘宁颗粒治疗支气管哮喘的潜在分子机制，并采用卵蛋白（OVA）致敏诱发的支气管哮喘大鼠模型对关键信号通路之一磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）进行实验验证。方法 利用传统中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）和中药分子机制生物信息学分析网络（BATMAN-TCM）筛选哮喘宁颗粒的主要有效成分和作用靶点。通过人类基因数据库（GeneCards）、人类孟德尔遗传靶点数据库（OMIM）等5个疾病数据库获取支气管哮喘相关的疾病靶点。筛选并通过韦恩图获得两者的共同靶标，使用蛋白相互作用数据库（STRING）构建化合物-疾病的蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI），并用Cytoscape 3.8.0建立“哮喘宁关键活性成分-核心靶基因”网络。通过基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。制备OVA刺激诱导的支气管哮喘大鼠模型，通过苏木素-伊红（HE）染色观察支气管与肺组织炎症情况，蛋白免疫印迹法（Western blot）实验验证网络药理学富集分析结果。结果 该实验分别获取哮喘宁活性成分232个，相关靶点4 687个，收集哮喘宁与支气管哮喘的共同靶点233个，包括嗜酸性粒细胞衍生神经毒素1（EDN1）、环磷腺苷效应元件结合蛋白1（CREB1）、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1A（CDKN1A）、表皮生长因子受体（EGFR）、丝裂原活化蛋白激酶14（MAPK14）、Akt1等。KEGG通路分析筛选了186条相关信号通路，显示PI3K/Akt信号通路可能在哮喘宁治疗支气管哮喘的过程中起关键作用。动物实验表明，与哮喘模型组比较，哮喘宁组可明显减轻大鼠气道炎症反应和平滑肌增生，并明显下调PI3K、Akt蛋白表达（P<0.05）。结论 哮喘宁治疗哮喘具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点，其中哮喘宁可能通过调控PI3K/Akt信号通路相关基因的表达，进一步发挥抗炎症的药理效应，为后续深入研究哮喘宁治疗支气管哮喘的复杂机制提供了理论依据。     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS结合网络药理学及分子对接研究益母草水提物治疗动脉粥样硬化的作用机制

[目的] 本研究利用超高压液相色谱串联四级杆飞行时间质谱（UPLC-Q-TOF-MS/MS）技术结合网络药理学及分子对接的方法,探究益母草水提物抗动脉粥样硬化的物质基础与分子机制。[方法] 首先依据UPLC-Q-TOFMS/MS表征与鉴定益母草水提物主要化学成分,通过中药系统药理学数据库与分析平台、SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,并与在GeneCards数据库、OMIM数据库和DisGeNET数据库中获取的动脉粥样硬化相关靶点交集获得核心靶点。其次通过String数据库构建蛋白互作网络,导入Cytoscape3.7.1软件构建蛋白互作网络和“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并进行拓扑结构分析。通过DAVID数据库对靶点基因进行GO功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后通过AutoDockTools将关键活性成分与核心靶点进行分子对接。[结果] 本研究获得益母草水提物治疗动脉粥样硬化的可能相关活性成分7个,潜在作用靶点259个。益母草水提物活性成分可能通过调控白细胞介素（IL）-6、肿瘤坏死因子（TNF）、IL-1β、血管内皮生长因子A（VEGFA）和c-myc等核心靶点及磷脂酰肌醇3激酶蛋白激酶B（PI3K/Akt）、TNF、低氧诱导因子-1（HIF-1）等信号通路达到抗动脉粥样硬化的作用。[结论] 本研究基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术,通过网络药理学方法发现益母草抗动脉粥样硬化可能是通过多靶点、多成分起作用,为进一步开展相关实验提供依据。     

麻杏石甘汤“异病同治”肺炎支原体肺炎与支气管哮喘的网络药理学机制研究

[目的] 研究利用网络药理学及分子对接技术探究麻杏石甘汤“异病同治”肺炎支气体肺炎（MPP）与支气管哮喘（BA）的共同潜在靶点及作用机制。[方法] 通过检索中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）与中国知识资源总库（CNKI）筛选麻杏石甘汤的活性成分及其作用靶点,运用UniProt数据库将其进行标准化。运用GeneCards、OMIM数据库收集MPP与BA疾病相关靶点。利用Venny2.1获取药物-疾病共有靶点。利用Cytoscape3.9.1软件构建疾病-药物-成分-靶点网络;将交集靶点输入STRING数据库进行蛋白相互作用蛋白相互作用（PPI）网络构建。利用DAVID数据库对共同靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后利用AutoDockTools软件将核心成分与关键靶点进行分子对接。[结果] 筛选得到麻杏石甘汤有效成分123种,相关靶点208个。MPP疾病靶点374个,BA疾病靶点2 623个,药物-疾病交集靶点46个。GO富集分析获得生物过程276个（P<0.05）,细胞组成15个（P<0.05）,分子功能33个（P<0.05）。KEGG通路富集分析获得麻杏石甘汤治疗MPP与BA的共同通路主要有糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路等;分子对接表明核心成分与关键靶点多能形成稳定结构。[结论] 麻杏石甘汤通过多成分、多靶点、多途径的特点治疗MPP与BA,为中医“异病同治|理论提供新的思路,同时也为麻杏石甘汤的临床应用及机制研究提供了生物信息学依据。     

芪苓温肾消囊方化学成分及其治疗多囊卵巢综合征的作用机制分析

目的 系统分析芪苓温肾消囊方（QLWS）方的化学成分,探讨该方治疗多囊卵巢综合征（PCOS）的关键活性成分及作用机制。方法 结合对照品比对和文献及数据库,采用超高效液相色谱-四级杆-飞行时间串联质谱法（UPLC-Q-TOF/MS^E）对QLWS方化学成分进行系统分析与鉴定。采用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）及SwissADME平台筛选活性成分并进行网络药理学分析。通过SwissTargetPrediction、GeneCards、疾病相关基因与突变位点数据库（DisGeNET）、DrugBank等数据库获取该方治疗PCOS的潜在成分及靶点。借助STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络筛选核心靶点。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。运用MOE 2019进行分子对接。结果 从QLWS方中鉴定成分90个,经筛选得到32个活性成分和45个核心靶点。GO功能富集分析共得到429个条目,KEGG通路富集分析共得到110个条目,主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、雌激素信号通路、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路等。分子对接结果显示QLWS方中的关键活性成分淫羊藿苷、丹酚酸A/B/C、汉黄芩素、木兰花碱等可能通过调节促分裂原活化的蛋白激酶1（MAPK1）、表皮生长因子受体（EGFR）、促分裂原活化的蛋白激酶3（MAPK3）等靶点发挥治疗PCOS的作用。结论 该研究基于液质联用技术及网络药理学技术初步预测了QLWS方中多个活性成分通过作用于多靶点、多通路治疗PCOS,为阐明全方的药效物质基础及作用机制研究提供思路与参考。     

UPLC-MS结合网络药理学及实验验证罗欧咳祖帕对哮喘气道重塑的作用

目的 基于超高效液相色谱-质谱联用（UPLC-MS）、网络药理学及实验验证探讨罗欧咳祖帕干预哮喘气道重塑的作用研究。方法 基于UPLC-MS指认罗欧咳祖帕中化学成分信息；借助中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）的口服利用度（OB）和类药性（DL）、SwissADEM的Lipinski五规则及查阅文献筛选罗欧咳祖帕潜在有效成分；通过SwissTargetPrediction数据库筛选罗欧咳祖帕的成分靶点；利用在线人类孟德尔遗传目录（OMIM）、GeneCards、DrugBank及DisGeNET数据库获取哮喘气道重塑的相关靶点；利用STRING数据库对主要靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析，通过DAVID数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析；最后构建卵蛋白（OVA）诱导小鼠建立哮喘气道重塑模型，采用苏木素-伊红（HE）染色、过碘酸雪夫染色（PAS）染色、马松（Masson）染色观察肺组织病理情况，检测小鼠肺泡灌洗液（BALF）中炎症细胞，并用蛋白免疫印迹法（Western blot）检测小鼠肺组织中蛋白的表达水平，进一步验证关键的信号通路。结果 UPLC-MS检测负离子模式下82个成分，正离子模式下74个成分；通过网络药理学研究共得到罗欧咳祖帕36个候选成分和578个预测靶点，并得到与哮喘气道重塑共同靶点173个，包括癸二酸、柳穿鱼黄素、柚皮素、芹菜素等关键化合物和蛋白激酶B1（Akt1）、低氧诱导因子1α重组蛋白（HIF1A）等潜在的作用靶点；KEGG富集分析预测罗欧咳祖帕主要通过磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）、HIF-1α、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等信号通路发挥抗哮喘气道重塑作用；动物实验表明，复方可减少哮喘小鼠气道杯状细胞增生，改善气道上皮下胶原沉积情况，降低小鼠因OVA致敏激发而上调的磷酸化（p）-Akt/Akt、HIF-1α的相对表达水平（P<0.05，P<0.01），与网络药理学结果相符。结论 采用UPLC-MS结合网络药理学的方法，初步明确了罗欧咳祖帕的化学组成及其干预哮喘气道重塑的潜在作用机制，罗欧咳祖帕可能通过以Akt1、HIF-1α为代表的核心靶点及以PI3K/Akt、HIF-1α通路为代表的多通路，起到协同干预哮喘气道重塑的作用，为罗欧咳祖帕后续进一步研究提供思路。     

基于网络药理学结合GEO数据库的天麻治疗阿尔茨海默病潜在作用机制研究

目的 采用网络药理学、生物信息学方法研究天麻治疗阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法 利用中医药整合药理学研究平台（TCMIP）、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、SymMap、PharmMapper、GEO、GeneCards等多个数据库获取天麻活性成分及AD疾病相关靶点。运用STRING、DAVID数据库及Cytoscape软件构建天麻活性成分-靶点-通路网络,筛选关键成分,并将其与GEO数据库筛选的关键靶点导入CB-DOCK2数据库进行分子对接。通过BioGPS数据库查询了解交集靶点在人体各组织、部位的分布及表达情况。结果 筛选得到的27个天麻活性成分与AD疾病共有176个交集靶点,靶点遍及人体肝、心、肺、胰、肾、全血、全脑等组织,靶点基因功能偏向蛋白酪氨酸激酶活性、三磷酸腺苷（ATP）结合等。天麻可能通过作用于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）、叉形头转录因子O（FoxO）、缺氧诱导因子-1（HIF-1）等通路相关的靶标起到治疗AD的作用。分子对接结果显示,天麻治疗AD的关键成分4-(4?-羟基苄氧基)苄基甲基醚、N₆-(4?-羟基苄基)腺嘌呤核苷、巴利森苷J等与表皮生长因子受体（EGFR）、酪氨酸蛋白激酶2（JAK2）、整合素β3（ITGB3）、纤连蛋白1（FN1）、E3泛素蛋白连接酶（CBL）、酪氨酸蛋白磷酸酶非受体1型（PTPN1）有较好的结合力,N₆-(4?-羟基苄基)腺嘌呤核苷表现最好。结论 天麻活性成分可能通过参与调控PI3K-Akt通路的相关靶点,同时调节肝、心、肺等器官正常运转,从而实现治疗AD的作用。     

基于网络药理学探究黄芪-桂枝药对防治化疗引起的神经毒性的作用机制

目的 基于网络药理学方法探究黄芪-桂枝药对防治化疗引起的神经毒性的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库分析平台（TCMSP）在线平台获取黄芪与桂枝的潜在活性成分及及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索与化疗引起的神经毒性相关靶点,将上述二者共有的靶点输入STRING数据库,获取蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction network,PPI）网络;通过Cytoscape 3.2.1软件中CytoNCA插件筛选潜在核心靶点,并构建“活性成分-核心靶点-疾病”网络;通过DAVID在线软件进行基因本体（gene ontology,GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。结果 黄芪-桂枝药对经筛选得到38个潜在活性成分和442个潜在作用靶点,其中与化疗引起的神经毒性共同作用的靶点有242个,通过拓扑学层面挖掘得到核心靶点46个。GO功能富集分析发现黄芪-桂枝药对防治化疗引起的神经毒性主要与基因的转录表达、细胞凋亡及对药物的反应等相关。KEGG通路富集分析发现黄芪-桂枝药对防治化疗引起的神经毒性主要与癌症相关信号通路、乙型肝炎通路及磷脂酰肌醇3-激酶（phosphatidylinositol 3-kinases,PI3K）-蛋白激酶B（protein kinase B,Akt）信号通路等相关。结论 黄芪-桂枝药对能够通过多成分、多靶点、多途径的作用方式,从基因的转录表达、细胞凋亡等方面发挥防治化疗引起的神经毒性的作用。     

基于网络药理学的经典名方枸杞汤治疗糖尿病作用机制分析

目的 采用网络药理学方法探讨枸杞汤改善糖尿病（DM）的活性成分及作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和查阅文献获得枸杞汤潜在活性成分,通过SwissTargetPrediction、TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD和DrugBank数据库预测活性成分的潜在靶点;应用Metascape 3.5平台对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;运用STRING 11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和药物-成分-靶点网络,并通过分子对接对预测得到的核心化合物及靶点进行虚拟验证。结果 枸杞汤中94个活性成分通过调控热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src（SRC）、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、MAPK3、表皮生长因子受体（EGFR）等关键靶点,参与蛋白质磷酸化、分泌调节、对细胞因子的反应、老化等1996个生物过程,影响磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、环磷酸腺苷（cAMP）等203条信号通路发挥改善DM的作用。分子对接结果表明,关键化合物鳞叶甘草素A和甘草查耳酮B与对应靶点之间有较好的结合活性,验证了网络药理学的预测结果。结论 枸杞汤中多种成分具有影响DM相关靶点的潜在作用,能够通过影响胰岛素抵抗、糖异生、葡萄糖转运、炎症及免疫反应治疗DM,为枸杞汤中不同活性成分调节DM作用机制的深入研究提供参考。     

基于GEO芯片及网络药理学探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的机制研究

[目的] 基于基因表达汇编（GEO）芯片、网络药理学及分子对接技术探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的作用机制。[方法] 利用TCMSP数据库获取和筛选夏桑菊颗粒的活性成分及成分靶点构建“中药-化合物-靶点”网络；利用GEO芯片技术、GeneCards、OMIM、TTD数据库获取并筛选高血压病的疾病靶点；将成分靶点与疾病靶点取交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，两次处理筛选关键靶点；对交集靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析；将关键靶点前4位与其对应活性成分进行分子对接分析。[结果] 获得成分靶点194个、疾病靶点2 168个、交集靶点126个、关键靶点6个；GO和KEGG富集分析显示夏桑菊颗粒主要与对激素、无机物、氮化合物、脂多糖、细胞外刺激等的反应等生物过程有关，主要富集通路涉及脂质与动脉粥样硬化、晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、磷酸酰肌醇3-激酶-丝苏氨酸蛋白激酶（PI3K-AKT）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）等信号通路；分子对接结果显示关键靶点与活性成分结合良好。[结论] 夏桑菊颗粒可通过多成分-多靶点-多途径发挥作用，为其防治高血压病临床使用提供了一定的参考依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪甲苷治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接探讨黄芪甲苷治疗糖尿病视网膜病变的作用机制,为创新药物开发和作用机制研究提供依据。方法 利用成分靶点数据库（SwissTargetPrediction）和靶点数据库平台（Targetnet）筛选出黄芪甲苷的潜在靶点,在人类基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）和药物靶标数据库（TTD）中检索糖尿病视网膜病变的相关靶点。将黄芪甲苷潜在靶点和糖尿病视网膜病变相关靶点进行重合,交集靶点即为黄芪甲苷治疗糖尿病视网膜病变可能的作用靶点。随后进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络建立、基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后使用Autodock Vina软件进行分子对接分析。在此基础上,运用实验研究对发现的结合力最强的关键靶点信号传导通路进行了验证。结果 黄芪甲苷的作用靶点和糖尿病视网膜病变的交集靶点共56个,经过PPI网络分析获得排名前5位的关键靶点为蛋白激酶B1（Akt1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、表皮生长因子受体（EGFR）、非受体酪氨酸蛋白激酶（Src）、信号转导和转录激活因子3（STAT3）。分子对接分析验证显示,黄芪甲苷与上述5个关键靶标受体的亲和力较强。实验研究表明,黄芪甲苷通过Akt/Nrf2/HO-1和Akt/糖原合成酶激酶-3β（GSK-3β）信号通路的调控,抑制了高糖引起的视网膜色素上皮细胞的损伤。结论 黄芪甲苷的潜在靶点与糖尿病视网膜病变的相关靶点高度相关,表明黄芪甲苷具有多靶点、多途径治疗糖尿病视网膜病变的潜在作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨升陷汤治疗重症肌无力的作用机制

目的 通过计算机网络药理学及分子对接技术，预测升陷汤治疗重症肌无力的药效基础和核心靶点并通过动物实验进一步验证已明确其作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选升陷汤的活性成分和潜在靶点，利用GeneCards等数据库筛选疾病相关的靶点；将药物与疾病靶点互相映射取交集；结合STRING数据库和Cytoscape 3.8.2对交集靶点分别进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；运用Cytoscape 3.8.2软件构建疾病-中药活性成分-靶点网络图；运用AutoDock和PyMOL软件对中药的关键活性成分与Hub gene进行分子对接验证，最后采用Rα97-116肽段主动免疫造模法，成功构建实验性自身免疫性重症肌无力（EAMG）大鼠模型后将分子对接验证得到的核心靶点进行动物实验验证。结果 共获得655个疾病靶点，118个药物活性成分，21个药物与疾病交集靶点，3个Hub gene；GO富集发现主要涉及活性氧代谢过程的调节、蛋白质转运的正调控、建立蛋白定位的正调控等生物功能；经过KEGG通路富集分析，其主要涉及Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、T细胞受体等信号通路等。分子对接结果显示槲皮素与Akt1结合能最低且稳定，并通过氨基酸残基LYS-30发生相互作用。蛋白免疫印迹法（Western blot）分析结果显示，升陷汤能显著抑制EAMG大鼠脾脏内磷酸化（p）-Akt蛋白的表达。结论 该研究初步揭示了升陷汤治疗MG的药理机制可能是主要化学成分通过调节关键核心蛋白Akt的表达，进而可能参与并影响PI3K/Akt等信号通路来实现的，为进一步深入研究奠定了理论基础及实验依据。     

基于网络药理学及分子对接技术研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点，疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点，运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现，并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分，800个疾病靶点，药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个（P<0.01），KEGG通路富集筛选得到99条信号通路（P<0.01）。分子对接结果显示，甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明，川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果。     

基于网络药理学和分子对接探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤的作用机制

目的 基于网络药理学和实验验证探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤（AKI）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库和文献挖掘收集防己茯苓汤活性成分，利用SwissTargetPrediction预测活性成分作用靶点；借助GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）、治疗靶标数据库（TTD）收集AKI靶点；利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络；采用Metascape平台对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图和活性成分-作用靶点-信号通路网络图；使用AutoDock进行分子对接；最后采用动物实验验证分析结果。结果 筛选出防己茯苓汤活性成分137种及药物靶点858个，AKI疾病靶点1 294个，防己茯苓汤治疗AKI作用靶点267个，其中磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚单位α（PIK3CA）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（SRC）、蛋白激酶B1（Akt1）、促分裂原活化的蛋白激酶3（MAPK3）为防己茯苓汤治疗AKI的关键靶点，GO富集分析得到1 609个结果，主要涉及细胞对脂质的反应、膜筏、蛋白激酶活性等，KEGG通路分析则与PI3K/Akt信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路等140条通路有关，分子对接则发现核心活性成分和关键靶点均有良好的结合能力，苏木精-伊红（HE）染色结果表明防己茯苓汤能明显改善AKI的病理学状态，血清学结果则显示血清肌酐（SCr）、尿素氮（BUN）水平明显下降。结论 该研究初步探讨了防己茯苓汤治疗AKI的作用机制，发现防己茯苓汤治疗AKI具有多成分、多靶点、多通路的作用特点，为后续进一步深入研究具体作用机制奠定基础。     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS及网络药理学探讨麻杏止哮颗粒治疗哮喘的有效成分和作用机制

目的 基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术和网络药理学探讨麻杏止哮颗粒治疗哮喘的有效成分和作用机制。方法 通过UPLC-Q-TOF-MS/MS技术及中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库筛选麻杏止哮颗粒的活性成分和相关靶点;利用Disgenet、Genecards数据库检索哮喘疾病靶点,利用韦恩图绘制平台获取共有靶点,并将信息导入Cytoscope3.9.1软件和STRING在线分析平台,进行网络拓扑学分析,构建药物关键活性成分-关键靶点网络和药物-有效成分-核心靶点网络;基于核心靶点通过DAVID数据库进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析。结果 结合质谱分析与数据库筛选得到药物活性成分24个,药物靶点147个,疾病靶点1483个,共同靶点106个,关键活性成分23个;经蛋白质相互作用分析及网络拓扑分析后,获取核心靶点10个,分别是肿瘤坏死因子、白细胞介素-6、细胞肿瘤抗原p53、白细胞介素-1β、血管内皮生长因子A、表皮生长因子受体、分裂原活化蛋白激酶3、半胱氨酸蛋白酶3、基质金属蛋白酶9、纤连蛋白1,药物有效成分5个,包括槲皮素、异鼠李素、汉黄芩素、柚皮素、儿茶素;GO富集到基因功能69个,KEGG富集到基因通路70条,分析结果表明,麻杏止哮颗粒治疗哮喘的作用机制是通过调节晚期糖基化终末化产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路在糖尿病并发症中的作用、分裂原活化蛋白激酶信号通路、白细胞介素-17信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、人类巨细胞病毒感染通路等来发挥治疗哮喘的作用。结论 初步揭示了麻杏止哮颗粒治疗哮喘的有效成分和作用机制,为麻杏止哮颗粒药效物质基础研究奠定基础,为质量控制提供参考依据。     

基于网络药理学探讨石菖蒲-绿茶药对治疗帕金森病的分子机制※

目的 通过网络药理学方法探讨石菖蒲-绿茶药对治疗帕金森病的作用机制。方法 运用中药系统药理学成分分析平台（BATMAN-TCM）数据库获取石菖蒲、绿茶二药的潜在作用靶点，并通过Cytoscape软件对该药对成分-靶点进行可视化网络调节及分析。运用GeneCards数据库搜集帕金森病相对应的疾病靶点，将所获得的药物靶点与疾病靶点取交集，获取疾病-药物的共有靶点，基于网络可视化软件STRING构建共有靶点的PPI网络，并进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析，揭示石菖蒲-绿茶药对治疗帕金森病的潜在信号通路。结果 石菖蒲-绿茶药对具有18种活性成分和336个药物靶点，与帕金森病3921个疾病靶点取交集后获得166个共有靶点；该药对包含维生素U、壬酸、肉豆蔻酸、胡萝卜素、维生素K等重要活性成分；该药对潜在核心治疗靶基因主要有CAT、GRIN2A/GRIN2B、SCN2A、GABRG2等；共有靶点的生物功能主要包括门控通道活动、离子通道活性、被动跨膜转运蛋白活性、维生素结合、电压门控离子通道活性等；主要涉及尼古丁成瘾、神经活性配体-受体相互作用、柠檬酸循环（TCA 循环）、吗啡成瘾、GABA能突触等信号通路。结论 石菖蒲-绿茶药对通过不同成分间多靶点、多通路的协同机制发挥治疗帕金森病的作用。     

基于网络药理学探析黄精抗骨质疏松的机制及验证

目的 基于网络药理学及分子对接方法分析黄精抗骨质疏松（OP）的潜在机制，并通过实验进行验证。方法 利用中药系统药理学数据库（TCMSP）2.3进行条件检索，获取黄精的活性成分及其对应作用靶点，并在疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）7.0获取骨质疏松的治疗靶标，两者交集即为黄精抗骨质疏松的潜在靶基因。并用Cytoscape 3.7.1构建“黄精-活性成分-潜在靶点”网络，借助STRING数据库11.0进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析，构建PPI网络。此外，采用Metascape数据库3.5分析其参与的基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。选取黄精重要活性成分与靶点通过AutoDock Vina 1.1.2 进行分子对接验证，最后借助小鼠胚胎成骨细胞前体细胞（MC3T3-E1）观察β-谷甾醇对成骨分化的影响。结果 黄精活性成分有12个，其作用靶点与骨质疏松治疗靶点相映射得到潜在靶点32个。Cytoscape 3.7.1拓扑分析得到黄芩素、β-谷甾醇等6个主要成分，蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤蛋白p53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、JUN原癌基因（JUN）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、原癌基因c-FOS（FOS）等关键靶点。GO和KEGG富集分析中，共获得995个GO条目，涉及活性氧调节，生长调节等181条信号通路。分子对接显示黄精中核心成分与各自的靶点表现出良好的对接活性。细胞实验结果显示β-谷甾醇在2.5，5 μmol·L^-1浓度时具有显著促进成骨分化的作用。结论 黄精可通过调节炎症、氧化应激、凋亡、代谢等作用，发挥治疗骨质疏松的效果，其中β-谷甾醇可促进MC3T3-E1细胞成骨分化。     

基于HPLC-Q-TOF-MS/MS和网络药理学方法探讨栀子治疗缺血性脑中风的潜在药效物质及作用机制

目的 结合高效液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱法（HPLC-Q-TOF-MS/MS）和网络药理学方法预测栀子治疗脑缺血的作用靶点及潜在的作用机制,为深入揭示栀子治疗脑缺血的药效物质及作用机制奠定基础。方法 根据色谱峰保留时间、精确相对分子质量、二级质谱裂解碎片等质谱信息,并结合文献数据,对栀子化学成分进行鉴定。通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库和SwissTargetPrediction数据库预测栀子活性成分的潜在靶点;通过在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）,GeneCards数据库,京都基因与基因组百科全书（KEGG）等数据库筛选栀子预防或治疗脑缺血相关的靶标。利用DAVID 6.8对潜在靶点进行基因本体（GO）注释和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape 3.6.0软件构建“活性成分-靶点-通路”网络,并通过Discovery Studio 2016软件对栀子的关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 从栀子中鉴定了40个成分,包括环烯醚萜类、二萜色素类、有机酸类、单萜类等;根据活性成分预测出208个潜在的作用靶点,检索到560个与脑缺血相关的疾病靶点,将成分靶点与疾病靶点相映射得到交集靶点59个,包括肿瘤坏死因子（TNF）,半胱氨酸蛋白酶3（CASP3）和CASP8等;涉及通路包括TNF信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路等。分子对接结果表明栀子苷可与靶点前列腺素G/H合成酶2（PTGS2）,TNF和细胞核转录因子-κB p65（RELA）发生相互作用,西红花苷Ⅰ可与白细胞介素-2（IL-2）发生相互作用。结论 栀子的活性成分栀子苷、西红花苷Ⅰ等可能通过上调RELA,IL-2蛋白的表达,下调TNF,CASP8,CASP3,基质金属蛋白酶2（MMP2）蛋白的表达,调控TNF,PI3K/Akt,HIF-1等信号通路,发挥抗炎、抑制细胞凋亡等作用预防或治疗脑缺血性疾病。     

基于网络药理学和动物实验探讨养心生脉颗粒治疗急性心肌梗死合并抑郁症的作用机制

目的 基于网络药理学和动物实验探讨养心生脉颗粒治疗急性心肌梗死合并抑郁症的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药综合数据库（TCMID）、中国知网及SwissTargetPrediction收集养心生脉颗粒的化学成分和对应靶点,基于GeneCards和OMIM数据库检索急性心肌梗死和抑郁症靶点,韦恩图获取药物和疾病的交集靶点,采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,导入Cytoscape 3.8.2软件绘制中药-成分-靶点网络和成分-靶点-通路网络,并利用DAVID 6.8数据库进行基因本体（GO）生物学过程和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结合网络药理学预测的核心靶点和关键通路,以冠状动脉左前降支结扎结合慢性不可预见性轻度应激（CUMS）方法制备大鼠急性心肌梗死合并抑郁模型,经养心生脉颗粒干预后,观察大鼠抑郁样行为、血流动力学变化及心肌组织病理情况,采用蛋白质印迹法（Western blot）检测关键通路靶点,验证养心生脉颗粒治疗急性心肌梗死合并抑郁的疗效及作用机制。结果 通过网络药理学共筛选出养心生脉颗粒活性成分靶点1451个,急性心肌梗死靶点615个,抑郁症靶点590个,交集靶点54个。PPI网络及KEGG富集分析显示,多个关键靶蛋白如白细胞介素-6（IL-6）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、血管内皮生长因子（VEGF）、IL-10、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）等,以及5-羟色胺能突触（serotonergic synapse）、TNF信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、神经营养素（neurotrophin）信号通路等与炎症关系密切。选取关键蛋白Akt1、mTOR及PI3K/Akt信号通路进行动物实验验证。结果显示,与假手术组相比,模型组大鼠的糖水偏嗜度下降,游泳不动时间增加,心肌损伤程度加重,PI3K、Akt、mTOR磷酸化水平明显下调（P<0.05,P<0.01）;与模型组相比,养心生脉颗粒低、中剂量组糖水偏嗜度增加,心肌损伤程度明显减轻,PI3K、Akt、mTOR磷酸化水平上调（P<0.05,P<0.01）。结论 基于网络药理学和动物实验验证,养心生脉颗粒可能通过PI3K/Akt/mTOR信号通路逆转急性心肌梗死合并抑郁大鼠的抑郁样行为,缓解心肌组织损伤。