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相似文献
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1.
目的探讨2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的分子特征,为甲型流感病毒H3N2亚型的防控提供科学依据。方法从全球共享禽流感数据库(GISAID)中获得我国2016~2017年分离的525株甲型流感病毒H3N2亚型病毒和13株H3N2亚型参考株的HA和NA基因序列。应用MEGA 6.0软件分析HA和NA的分子进化特征、氨基酸位点和耐药位点的变异情况。结果进化树分析显示13株参考株之间HA和NA氨基酸的同源性均为96.9%~99.1%。2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的病毒株HA和NA氨基酸序列之间同源性均为96.3%~100%,HA和NA的优势亚分支均为3C.2a.1,相当一部分毒株分型不够明确。HA氨基酸变异分析显示9株发生N121E突变,103株发生N121K的突变且主要来源于2017年的香港毒株;182株发生G/R142K突变;A/Hong_Kong/3079/2017-HA和A/Guangdong-Chengguan/1383/2017-HA均发生A128I突变;NA蛋白仅3株(A/Hunan-Suxian/1980/2016-NA、A/Hunan-Yuhua/11799/2016-NA和A/Ningxia-Yuanzhou/1657/2016-NA)发现H275Y耐药位点突变。结论 2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的HA和NA蛋白与参考株间存在一定的差异,优势亚型均为3C.2a.1;与病毒的毒力及药物相关的部分关键氨基酸位点发生变异。应密切关注H3N2病毒的分子特征,为其防控提供参考。  相似文献   

2.
方斌  余晓  李翔  叶国军  刘琳琳 《疾病监测》2017,32(5):387-393
目的 了解2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒流行特征、基因进化和抗原漂移情况。方法 通过2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒核酸检测阳性率划分流行高峰,分析各流行高峰病毒的阳性数、分离数和进化簇分布,结合抗原决定簇氨基酸突变位点和三维建模数据,分析3C.2a簇病毒抗原决定簇氨基酸突变位点变化情况。结果 2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒存在8个流行高峰,流行高峰会受到其他型别流感流行的影响,3C.2a簇病毒主要在第Ⅶ流行高峰后流行,与3C.3a簇病毒在HA蛋白3处抗原决定簇上存在7处不同氨基酸突变位点,3C.2a簇病毒159Y-160T位点和3C.3a簇病毒159S-160K位点在三维模拟结构图中差异明显。结论 2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒进化簇不断进化,加强对近期3C.2a簇病毒的进化学监测和抗原漂移分析,有助于提高湖北省流感病原学和流行病学监测水平和能力。  相似文献   

3.
目的了解北京地区严重急性呼吸道感染(SARI)病例中甲型流感病毒进化特征。方法选择2014-2016年SARI病例分离A(H3N2)亚型流感病毒毒株32株,提取病毒RNA,使用Ion Torrent PGM二代测序仪进行了病毒全基因组测序。使用Mega、Consurf等软件对毒株各个基因进行了分子进化分析和分子特征分析。结果 18株2014-2015年流行季毒株的血凝素(HA)基因属于3C.3a分支,而14株2015-2016年流行季毒株HA基因属于3C.2a分支。在32株测定株HA基因中共发现7个氨基酸位点变异,其中2个位于抗原决定簇。对神经氨酸酶基因和基质蛋白基因进行分析显示,所有的测定株均对M2离子通道抑制剂药物耐药,而对神经氨酸酶抑制剂药物敏感。结论 2014-2016年SARI病例分离A(H3N2)亚型毒株的基因特征与同时期北京地区流行株基本一致。两个流行季间出现了较为明显的抗原漂移,相对于同流行季疫苗株存在一定程度的变异。  相似文献   

4.
目的分析新余市2013年-2015年甲型流感病毒M基因进化及金刚烷胺类耐药情况,为临床治疗和疾病防控提供依据。方法随机选择30株甲型流感病毒,经核酸提取、one-step RT-PCR扩增M基因片段和双向序列测定,通过DNAStar5.0和Mage5.0序列分析软件获得有关数据。结果在M基因上,16株H3N2毒株、14株新型H1N1毒株核苷酸序列的同源性分别99.2%、98.8%,且与相应的疫苗推荐株高度同源,H3N2毒株与新型H1N1毒株与相应的疫苗推荐株相比较,大部分(13/16)H3N2毒株未发生变异,所有新H1N1毒株均发生1~2个氨基酸替换;30株新余市甲型流感毒株M2蛋白第31位氨基酸位点均由丝氨酸(S)突变为天冬酰胺(N)。结论新余市2013年至2015年甲型流感毒株相同亚型间M基因同源性较高,30株甲型流感毒株均具有金刚烷胺类药物抗性,对流感病毒耐药性问题应该给予重视。  相似文献   

5.
摘要:目的:回顾性分析2007—2017年我国人感染季节性甲型H3N2流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)的分子特征,为我国甲型H3N2流感病毒的防控和疫苗的研发提供科学依据。 方法:从全球共享禽流感数据库(the global initiative on sharing avian influenza data, GISAID)中下载中国2007—2017年人感染季节性甲型流感病毒H3N2亚型毒株HA基因序列,利用MEGA7.0生物学信息软件分析其HA的分子特征。 结果:2007—2017年,中国甲型流感病毒H3N2亚型共1 991例,总体上病毒株数呈逐渐递增趋势。HA序列分析表明,甲型H3N2流感病毒的亚型存在多样性且多种亚型共存,3C.2a.1系的病毒株自2010年起逐年增多,2016年起成为最主要的流行优势株。1系、2系、3A系、3B系、3C.1系、3C.2系、3C.2a系、3C.2a.1系、3C.3系、3C.3a系和3C.3b系的同源性分别为94.0%~100.0%、96.7%~100.0%、94.3%~100.0%、94.9%~100.0%、94.6%~100.0%、95.4%~100.0%、95.1%~100.0%、93.3%~100.0%、97.5%~100.0%、95.3%~100.0%和94.6%~100.0%。HA蛋白关键位点N121K、G/R142K出现变异,268株发生N121K突变且主要来源于2017年的毒株,358株发生G/R142K突变且主要来源于2016年和2017年的毒株。 结论:甲型H3N2流感病毒的亚型存在多样性,多种亚型共存且不同年份间的优势流行株存在差异,这些将有助于疫苗的研发和疾病的防控。  相似文献   

6.
目的了解江西省2007年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO2007~2008年甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果所选取的8株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.13%。2007年甲3亚型流感病毒分离株与2007~2008年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%~98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.25个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氨基酸替换。结论2007年根据WHO2007~2008年推荐疫苗株生产的疫苗对我省的甲3亚型流感预防效果不够理想。  相似文献   

7.
目的了解江西省2007年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO2007~2008年甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果所选取的8株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.13%。2007年甲3亚型流感病毒分离株与2007~2008年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%~98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.25个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氨基酸替换。结论2007年根据WHO2007~2008年推荐疫苗株生产的疫苗对我省的甲3亚型流感预防效果不够理想。  相似文献   

8.
目的研究1990~2004年上海市甲型流感病毒流行株血凝素(HA)基因的特性,探讨流感病毒基因的变异与流感流行的关系。方法采用鸡胚和MDCK细胞两种方法分离甲型流感病毒。提取病毒RNA进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增产物纯化,核苷酸序列测定,并用MegAlign软件进行基因种系发生树分析。结果2000年以来上海市流行的甲3亚型与A/Sydney/5/1997(H3N2),A/Wuhan/359/1995(H3N2)相比,HA1区的核苷酸同源性为95.7%~98.6%和96.8%~98.6%。与90年代流行甲3亚型同源性为88.4%~92.8%,氨基酸的替换发生在抗原决定簇A、B、E、D区和受体结合位点(RBS)的左臂。甲1亚型与A/HongKong/1131/1998(H1N1)、A/Shanghai/7/1999(H1N1)相比,核苷酸同源性为97.8%~99.3%,与90年代流行的甲1亚型同源性为96.8%~97.8%。基因种系发生树表明近几年甲型流感病毒与90年代流行株存在基因特性不同的分支。结论2000年以来上海市H1N1亚型的抗原性未发生明显的变异,H3N2亚型流感病毒的基因发生变异使抗原性发生漂移,是近年引起局部地流感暴发的主要因素。  相似文献   

9.
目的 测定浙江省丽水市1株H7N9禽流感病毒8个基因序列,从分子水平分析其基因特征和遗传变异特点。方法 对人感染H7N9禽流感确诊病例标本在P3实验室进行犬肾传代细胞培养;反转录-聚合酶链反应扩增病毒8个RNA片段后测定基因序列;通过生物信息学软件将8个序列与GISAID和GenBank数据库下载的序列进行多重比对和匹配,发现基因特征,分析病毒关键位点的分子变异情况,最大似然法绘制系统进化树用于基因进化分析。结果 从病例标本中分离到病毒:A/Zhejiang/LS01/2014(H7N9),测序获得8个基因核苷酸全序列。HA裂解位点只包含2个碱性氨基酸,HA蛋白受体结合关键氨基酸位点发生A134T、G186V和Q226L变异;在PB2蛋白上发现E627K突变;M2蛋白上发现耐药位点S31N。LS01株HA基因与A/chicken/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)的同源性最高(98.90%),NA基因与A/chicken/Changzhou/C08/2013(H9N9)的同源性最高(98.60%),LS01株其他6个编码内部蛋白的基因均与禽源H9N2株高度同源(99.10%~99.89%)。LS01株HA和NA基因与沪苏浙一带流行的H7N9禽流感病毒株位于同一亚分支,有着直接的进化关系,在相近地域有进化关系较近的禽类流感病毒存在。结论 A/Zhejiang/LS01/2014(H7N9)株8个基因序列均符合禽源H7N9亚型禽流感病毒特征,其病原基因均为禽类来源。HA裂解位点具有低致病性禽流感病毒基因特点,Q226L和E627K位点发生变异可能与其对人具有高致病力相关。  相似文献   

10.
目的 对2013年江西省宜春市甲型H1N1流感病毒HA基因序列及其编码的氨基酸序列进行分子进化分析,为防控甲型H1N1流感大流行和常规监测提供科学根据。方法 随机选择11株2013年宜春市疾病预防控制中心流感监测实验室分离到的甲型H1N1流感病毒毒株,提取病毒RNA,One-step RT-PCR扩增HA基因并双向测序。以世界卫生组织疫苗推荐株A/California/07/2009(H1N1)(GenBank:CY121680)和几株国内外近几年分离的流感甲型H1N1毒株的HA基因为参考序列,采用DNAStar 7.0和Mega 5.0软件对HA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,绘制分子进化树,进行HA变异分析。结果 2013年宜春市11株所测甲型H1N1流感病毒与疫苗推荐株亲缘性较近,进一步参考几株国内外近几年分离到的流感甲型H1N1毒株,HA没有发生较大变异;其HA基因序列二硫键、糖基化位点未发生变异;尽管有7株毒株同时在抗原决定簇区A区和受体结合位点130环或其附近发生单个位点氨基酸替换变异,但未形成流行病学变异新种。结论 目前的甲型H1N1流感疫苗仍对人群有保护作用,而抗原决定簇和受体结合位点的变异提示仍需要密切关注甲型H1N1流感的再次流行。  相似文献   

11.
目的 了解2009年泉州地区流感流行及病毒株的变异情况,探讨流感病毒基因的变异与流感流行的关系.方法 对泉州市198例流感患者的咽拭子采用MDCK细胞培养进行病毒分离,经血清学试验鉴定分型和实时荧光RT-PCR方法检测病毒核酸.对其中4株毒株提取病毒RNA,采用RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件分析基因.结果 198份咽拭子中有98份为H3N2亚型流感病毒核酸阳性,分离到62株H3N2亚型流感病毒,HA1基因经核苷酸序列测定显示,其基因特性更接近于A/Ningbo/333/2008,核苷酸同源性为98.7%,与A/Xiamen/70/2004的同源性为96.8%,由HA1基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/10/2007相比,有7个氨基酸位点发生变异,其中有1个位点位于抗原决定簇A区(144),有2个位点位于抗原决定簇B区(158、189),种系发生树分析也证实HA1基因存在一定差异.结论引起2009年泉州市流感在部分集体单位流行的病毒为H3N2亚型,其基因特性和抗原性与疫苗株相比均发生了一定变异.
Abstract:
Objective To obtain the information of the 2009 influenza outbreak and the variations of influenza virus strains in quanzhou, and explore the relationship between the genetic variation of influenza virus and influenza epidemic. Methods During the influenza outbreak in quanzhou,one hundred and ninetyeight throat swabs specimens from the patients with influenza were collected. Viruses were isolated with MDCK cells and identified with serological test, followed by real-time RT-PCR. RNA of four influenza virus strains were extracted, then HA1 gene was amplified by RT-PCR. The purified PCR products were sequenced. The data were analyzed with the software DNAstar megalign. Results Total 98 pieces of H3N2 subtype influenza virus nucleic acid were detected in 198 throat swabs specimens,among which 62 influenza virus strains were identified as subtype influenza A( H3N2 ). The sequencing results of HA1 gene in these positive strains showed that their genetic characterization were more closed to strains A/Ningbo/333/2008 with a nucleotide homology of 98.7%, which was 96.8% as compared with A/Xiamen/70/2004. The amino acids sequences deduced from the nucleotide sequences in HA1 region of the isolated strain had 7 mutant sites compared with A/Brisbane/10/2007 vaccine strain. One variant amino acids were found located in the antigenic determinant sites A( 144 ), two were in the sites B( 158,189 ). Phylogenetic analysis also confirmed the difference in HAl domain. Conclusion The influenza virus strains causing the flu outbreak among some communities of quanzhou in 2009 are subtype influenza A ( H3N2 ), whose genetic characterization and antigenicity were different from the vaccine strain.  相似文献   

12.
  目的  分析甘肃省发现的人感染H7N9禽流感病毒序列,对比高致病性禽流感(HPAI)和低致病性禽流感(LPAI)H7N9病毒的基因变异及分子进化特征,为疾病预防控制提供参考。  方法  对甘肃省2017年以来发现的人感染H7N9禽流感病毒进行基因组对比,并使用MEGA 7.0等软件分析其全基因组特征。  结果  6例人感染H7N9病例,均有活禽或其环境暴露史,共获得3株毒株:GS/19545、GS/27151和GS/23275。 GS/19545和GS/27151为LPAI,GS/23275为HPAI。 3株毒株的HA、NA基因均来自欧亚系的长三角支系。 GS/23275的NP基因和广东省2017年分离的HPAI处于同一进化分支上,与GS/19545、GS/27151形成两个明显的分支。 GS/23275的PB2基因与安徽省2015年从禽类体内分离的H9N2病毒亲缘关系较近。 3株毒株的HA受体结合位点均发生G186V、S138A突变,NA蛋白茎部均发生68~72位点氨基酸缺失,在PA、PB1、PB2、M1、M2、NS1、NS2等蛋白中均发生相同氨基酸突变。  结论  甘肃省人感染H7N9禽流感病毒基因组发生了部分重要分子突变,可能导致其毒力增强,并具备潜在的人际传播能力。 加强禽流感病毒基因特征研究分析,有助于从分子水平上监测病毒变异突变并对疫情进行科学防控。  相似文献   

13.
目的 对长沙市3株甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因的来源和变异情况进行研究.方法 对长沙市的3例甲型H1N1流感死亡病例的鼻/咽拭子标本进行RT-PCR检测和流感病毒分离,利用WHO推荐的测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对3株甲型H1N1流感死亡病例病毒株[A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1 N1),A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)]HA基因进行测序,测序方法为末端标记循环法(Dye Terminator Cycle sequencing),测序结果提交至GenBank,并用ClustalX和Mega4.1软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树.结果 A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1N1)和A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)3株病毒株HA基因序列分别与甲型H1 N1流感病毒A/NewYork/3502/2009(H1N1),A/Shanghai/71T/2009(H1N1)和A/Chita/01/2009(H1N1)分离株高度同源,同源性为99%,与国内甲型H1N1流感病毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)核苷酸同源性在99.5%以上;进化树分析显示包括3株病毒株在内的甲型H1N1流感病毒与A/Swine/Indiana/P12439/00亲缘关系近,但与人季节性A流感病毒(H1N1)、禽流感亲缘关系较远.与A/Swine/Indiana/P12439/00 HA基因比较发现:3株病毒株HA基因分别有28、30、27个氨基酸发生变异,但3株病毒株在21个重要抗原位点中只有一个R53K氨基酸替换;对全球364条甲型H1N1流感病毒HA基因序列进行多重比对发现有119个非保守氨基酸位点,其中5个位于重要抗原位点.结论 3株病毒株和其他甲型H1N1流感病毒HA基因可能由北美猪流感病毒变异而来;3株病毒株HA基因与国内外甲型H1N1流感病毒高度同源,同全球绝大多数甲型H1N1流感病毒一样处于稳定状态.  相似文献   

14.
  目的  分析上海市松江区2017 — 2019监测年度A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征。  方法  对松江区分离的毒株随机挑选46株A(H1N1)pdm09流感病毒毒株进行HA和NA基因序列进化分析和氨基酸位点变异分析,采用神经氨酸酶抑制实验开展奥司他韦和扎那米韦敏感性监测。  结果   A(H1N1)pdm09流感病毒属于6B.1A分支且进化出了6B.1A2、6B.1A5A和6B.1A6进化簇。 核苷酸序列分析显示,HA和NA基因与WHO推荐的2019 — 2020年度的疫苗株A/Brisbane/02/2018的亲缘关系较为接近,同源性分别为98.6%~99.4%和99.1%~99.7%。 氨基酸序列分析显示,HA1蛋白共有23个位点发生氨基酸序列变异,43.48%病毒发生位于抗原决定簇Cb、Sa和Sb区的S74R、S164T、T185I共同突变,提示病毒发生抗原漂移。 鸡胚适应性分析发现HA蛋白D187V、Q223R和E224K位点的适应性突变。 NA蛋白共有25个位点发生变异,存在酶活性中心E119K(2/46)突变。 神经氨酸酶抑制实验显示,所测流感病毒对奥司他韦和扎那米韦均敏感。  结论  A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因及其编码的氨基酸持续变异,因此应持续监测流感病毒,为科学防控提供依据。  相似文献   

15.
康宁  谭毅  闭福银  居昱  韦增良  潘浩 《疾病监测》2011,26(4):278-283
目的 从HA1基因层面探讨2007 - 2009年广西壮族自治区(广西)甲3流感病毒的变异、进化发展规律,探寻与WHO疫苗推荐株以及上海市、北京市和浙江省等地当年流行株之间的差异。 方法 提取广西22株2007 - 2009年甲3流感毒株RNA,并测定其血凝素重链(HA1)区域的核苷酸序列,采用生物信息软件,分析与当年疫苗推荐株及上海、北京和浙江等地在HAI以及HAI抗原决定簇区域的差异,分析进化关系。 结果 22株广西甲3流感病毒2007年与2008年比较接近,HA1区核苷酸和氨基酸的同源性均值分别为99.39%和99.08%;而与2009年变异较大,同源性均值分别为99.04%和97.78%。而对比世界卫生组织(WHO)推荐的2008 - 2009年甲3流感疫苗株A/Brisbane/10/2007,广西3年分离株HA1区氨基酸酸同源性均值分别为99.81%、99.25%和97.94%。2009年广西甲3流感病毒与当年疫苗株比较,HA1抗原决定簇发生了6个氨基酸的替换,且发生在A、D、E三区。各年度散发株和暴发株同源性较均在99.00%以上。2007年广西甲3毒株与上海及北京比,HA1区氨基酸同源性均值分别为99.83%和99.12%,2008年比较结果分别为98.93%和99.25%。基因进化树分析显示2009年分离株与2007年、2008年及当年疫苗株距离较远,单独分支。 结论 广西2007年与2008年甲3流感病毒HA1基因特性较为接近,2009年毒株发生了较大变异。广西与上海、浙江等地分离株更为接近,而与北京分离株差异较大。WHO推荐的当年疫苗株均滞后广西流行株。  相似文献   

16.
目的 了解2017-2020年湖北省甲型H3N2亚型流行性感冒(流感)流行分布及基因进化情况.方法 根据湖北省流感病原学监测数据,分析2017-2020年甲型H3N2亚型流感病毒流行分布情况,按年度分布和地域分布的原则选取2017-2020年各市级流感监测网络实验室送检的该亚型流感病毒共38株进行测序,获得病毒HA和N...  相似文献   

17.
Avian influenza virus (H5N1) has caused serious infections in human beings. This virus has the potential to emerge as a pandemic threat in humans. Effective vaccines against H5N1 virus are needed. A recombinant Bombyx mori baculovirus, Bmg64HA, was constructed for the expression of HA protein of H5N1 influenza virus displaying on the viral envelope surface. The HA protein accounted for approximately 3% of the total viral proteins in silkworm pupae infected with the recombinant virus. Using a series of separation and purification methods, pure Bmgp64HA virus was isolated from these silkworm pupae bioreactors. Aluminum hydroxide adjuvant was used for an H5N1 influenza vaccine. Immunization with this vaccine at doses of 2 mg/kg and 0.67 mg/kg was carried out to induce the production of neutralizing antibodies, which protected monkeys against influenza virus infection. At these doses, the vaccine induced 1:40 antibody titers in 50% and 67% of the monkeys, respectively. The results of safety evaluation indicated that the vaccine did not cause any toxicity at the dosage as large as 3.2 mg/kg in cynomolgus monkeys and 1.6 mg/kg in mice. The results of dose safety evaluation of vaccine indicated that the safe dose of the vaccine were higher than 0.375 mg/kg in rats and 3.2 mg/kg in cynomolgus monkeys. Our work showed the vaccine may be a candidate for a highly effective, cheap, and safe influenza vaccine for use in humans.  相似文献   

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