NotI和SfiI酶切PFGE指纹分析比较

目的比较NotI和SfiI酶切霍乱弧菌基因组DNA进行PFGE指纹图谱分析菌株间遗传关系效果的优劣。方法分别运用NotI和SfiI对2008年在海南省暴发的2起霍乱疫情中分离到的76株菌株进行PFGE指纹分析,并利用BioNumerics Version4.0软件聚类分析。结果 NotI酶切图谱将76株菌株划分为3种不同的带型,SfiI酶切图谱将76株菌株划分为6种不同的带型。两种酶分析的结果均显示,6月份和10～11月份暴发的两起疫情的菌株分别具有不同的带型。SfiI酶切图谱分析显示,6月份疫情中,1株分离自永兴镇的菌株与4株长流镇的菌株间相似系数为98%;10～11月份疫情中3株分离自海南大学的菌株具有不同的带型分别独立成为一支,而NotI酶切图谱中,这些菌株均与同一起疫情中的其他菌株具有相同的带型,未能检测到遗传变异。结论 NotI更适合于对不同暴发事件整体性分析,而SfiI适合于分析暴发事件中菌株间的差异,这两种酶的共同使用起到较好的互补作用,为进一步的防控提供有力的依据。     

一起霍乱疫情分子流行病学溯源分析

目的分析大连市2004年外环境中和1起霍乱疫情中不同来源的霍乱弧菌之间的遗传相关性。方法选择2004年暴发,散发的22株稻叶型霍乱代表菌株,先做噬菌体-生物分型和PCR技术检测CT毒素基因后,再进行PFGE分型研究。结果分离患者的霍乱菌株都为稻叶1b型,CT阳性。分离自暴发地区外环境的霍乱菌株也为稻叶1b型,CT阳性。但市内外环境的霍乱菌株都为非流行株,CT检测阴性。所试22株霍乱菌株PFGE分型共2大亚类3种带型。其中从开发区疫点所获得的人源菌株在PFGE图谱上带型相同,为2型;分离自散发病例的菌株在PFGE图谱上同优势2型之间相互略有差异,相似度为97.1%;分离自暴发地区自备水的霍乱菌株PFGE带型同样为2型,而来自市内外环境的霍乱菌株PFGE带型都为3型,同优势2带型有很大差异。结论霍乱流行期间分离于患者和疫点自备水的霍乱弧菌PFGE图谱基本一致,与外环境分离的非流行株关系较远。     

核糖体分型和脉冲场凝胶电泳在霍乱疫情中的应用

[目的]分析同起霍乱疫情、不同来源的霍乱分离菌遗传相关性,追溯菌株来源,为有效控制疫情提供依据. [方法]霍乱疫情分离的39株霍乱菌在常规病原学的基础上,PCR测CT与ZOT毒素后,用核糖体分型(RT)技术进行分子分型,用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析DNA片段并对其结果聚类. [结果]两起霍乱暴发疫情中,同起疫情菌株的血清学和噬菌体-生物分型结果不完全一致,CT与ZOT均阴性;同起疫情菌株的PFGE和RT的图谱结果基本相同,而与散发疫情菌株的PFGE和RT的图谱结果不同. [结论]PFGE和RT有助于判断不同来源霍乱菌株的亲缘关系,及时溯源,从而有效地控制疫情的蔓延.     

脉冲场电泳技术用于霍乱暴发的流行病学研究

[目的]探讨大连市2004年霍乱暴发中不同来源的霍乱弧菌之间的遗传相关性,进行同源性分析,并与表型分形、PCR检测CT毒素技术进行比较。[方法]2007年,选择2004年大连市霍乱暴发、散发疫情分离的34株稻叶型霍乱代表菌株,经噬菌体-生物分型和PCR技术检测CT毒素基因后,进行脉冲场电泳(PFGE)分型。[结果]分离自霍乱患者的22株霍乱菌株均为稻叶1b型,CT阳性。分离自暴发地区自备水的6株霍乱菌株为稻叶1b型,CT阳性。分离自市内外环境的5株霍乱菌株为非流行株,CT阴性。检测的34株霍乱弧菌PFGE分型为2大亚类4种带型,其中从金州区散发、开发区暴发疫点获得的人源菌株在PFGE图谱上带型相同,为2型;其他分离自散发病例的菌株在PFGE图谱上同优势2型的相似性分别高达97.50%、97.10%;分离自暴发地区自备水的霍乱菌株PFGE带型同样为2型,来自市内外环境的霍乱菌株PFGE带型都为4型,同优势2带型有很大差异。[结论]霍乱流行期间分离于患者和疫点自备水的霍乱弧菌PFGE图谱基本一致,与外环境分离的非流行株关系较远。     

一起霍乱疫情的病原学诊断与分析

目的对一起腹泻疫情病例标本进行病原学鉴定,分析其基因型。方法对采集的标本进行病原菌分离培养,对培养出的霍乱弧菌进行血清分型,应用PCR检测毒力基因Ctx,运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对其进行基因分型,与2013年湖南省分离到的菌株进行序列比对及溯源分析。结果在病例的水样便标本中检出1株Ctx肠毒素阳性的O139群霍乱弧菌,通过Pulse Net China湖南区域中心PFGE实验分析获得了PFGE-Not I指纹图谱,与2013年衡阳市霍乱常规监测中甲鱼涂抹样分离的菌株指纹图谱高度相似。结论该起疫情为O139群霍乱弧菌所致,O139群霍乱弧菌污染的甲鱼很可能是此次疫情的传染来源。     

一起水源性细菌性痢疾暴发疫情的病原学特征及溯源分析

目的 分析一起学校水源性细菌性痢疾暴发疫情中病例分离株之间及其环境分离株之间的病原学和分子分型特征及遗传相关性,追溯传染源。 方法 对疫情病例与外环境井水分离到的29株志贺菌进行分离鉴定、血清分型和药敏试验,通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析,探讨菌株间的相关性。 结果 疫情病例和外环境井水中分离的29株志贺菌均为宋内Ⅰ相,29株志贺菌耐药结果显示产超广谱β-内酰胺酶菌株占96.55%。PFGE方法显示有3种脉冲场凝胶电泳图谱,相似率在72.8%~100%之间,井水中分离的2株志贺菌与疫情病例分离的25株菌株之间100%同源。 结论 结合实验室结果和流行病学调查,可以证实该事件是一起因饮用和使用宋内志贺菌污染的井水而导致的细菌性痢疾暴发疫情。     

2010年湖南省霍乱弧菌病原学特征及溯源分析

目的分析2010年湖南省霍乱弧菌分离株的病原学特征,比较霍乱疫情分离株与常规监测分离株之间的克隆相关性,追溯传染源。方法对疫情与监测分离到的42株霍乱弧菌进行常规生物分型和PCR检测毒力基因,对23株代表株进行药敏试验,对18株代表株通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析,探讨菌株间的相关性。结果 2010年从湖南省霍乱疫情中分离10株霍乱弧菌均为O139群,ctxA阳性率100%。常规监测分离霍乱弧菌32株,其中O1群15株,全部为ctxA阴性株;O139群17株,ctxA阳性率94.11%。23株霍乱弧菌耐药结果显示强力霉素、复方新诺明的耐药率分别为47.83%、56.52%,发现1株对诺氟沙星、环丙沙星耐药。PFGE方法显示有5种脉冲场凝胶电泳图谱,相似率在82%~100%之间,甲鱼中分离的O139群霍乱弧菌与霍乱疫情分离菌株之间高度同源。结论湖南省霍乱弧菌存在紧密相关的流行克隆群;被O139群霍乱弧菌污染的甲鱼很可能是湖南省霍乱疫情发生的主要传染来源,海、水产品的监测是霍乱防控的重点;要密切关注对诺氟沙星、环丙沙星的耐药变化。     

一起由非O1群霍乱弧菌引起的食源性疾病的实验室溯源分析

目的查明一起食源性疾病暴发的病原菌。方法按照国家标准检验方法 GB 4789—2008和WS 289—2008,对患者肛拭子以及外环境样本进行细菌分离培养、鉴定、毒力基因检测、血清学分型及脉冲场凝胶电泳分子分型。结果7份患者肛拭子中检出6株非O1群霍乱弧菌,4份外环境样本中检出1株非O1群霍乱弧菌,7株菌霍乱肠毒素Ctx AB基因检测结果均为阴性,脉冲场凝胶电泳分子分型显示患者分离株与外环境分离株分子带型同源。结论此次食源性疾病为非O1群霍乱弧菌污染外环境所致。PFGE分子分型方法对传染病暴发溯源起了重要作用。     

脉冲场凝胶电泳方法在霍乱暴发溯源中的应用

目的应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对不同类型的霍乱暴发事件进行分析,了解霍乱菌株的PFGE特征,追溯菌株的来源及其演变过程,探讨霍乱暴发流行的特点和规律。方法采用限制性内叨酶NotⅠ,对2003—2005年广州地区霍乱暴发疫情中41株霍乱弧菌进行PFGE分子分型,用BioNumerlcs Version 4.0软件(复选Dice相关系数和UPGMA方法)进行聚类分析,并与噬菌体-生物分型及致病相关基因分型方法作比较。结果在霍乱暴发事件中,PFGE能有效地区分流行病学上密切相关菌株与无关菌株,与噬菌体-生物分型和致病相关基因分型方法相比具有更高的分辨能力。结论PFGE分型可揭示人和环境分离的霍乱菌株之间的流行病学联系,为霍乱疫情溯源提供分子流行病学证据和支持。     

一起由阿贡纳沙门菌引起的食物中毒的病原学研究及溯源分析

目的 对引起2022年夏季绍兴市某区一起食物中毒事件的沙门菌进行血清型、耐药表型及分子分型分析，研究分析其相关性。方法 使用玻片凝集法对6株沙门菌进行血清分型；采用微量肉汤稀释法测定分离株对14种抗生素的耐药性；采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)法对分离株进行分子分型和同源性分析，并与数据库中其他沙门菌比较。结果 6份患者肛拭子样本中检出1株阿贡纳沙门菌，7份从业人员肛拭子样本中检出2株阿贡纳沙门菌、1株婴儿沙门菌及1株阿姆德尼斯沙门菌，7份餐馆环境涂抹样本中检出1株阿贡纳沙门菌。对6株沙门菌进行脉冲场凝胶电泳分型，患者肛拭子样本、从业人员肛拭子样本、环境涂抹样本检出的3株阿贡纳沙门菌PFGE条带完全一致。6株分离菌株耐药谱相同。在绍兴市沙门菌PFGE数据库中未发现相同带型的菌株。结论 该事件是绍兴市首起由阿贡纳沙门菌感染引起的食物中毒事件，PFGE分型揭示分离株之间的相关性，为事件的分析和溯源提供了依据。     

2005年福建省霍乱弧菌流行菌型特征分析

目的:了解福建省霍乱弧菌流行菌型特征,为控制传染来源提供科学依据。方法:采用血清学分型法、噬菌体-生物分型法及PFGE(脉冲场凝胶电泳)分型法对2005年霍乱疫情中不同来源的142株霍乱弧菌进行分型分析。结果:142株霍乱弧菌血清学、噬菌体-生物分型结果:流行株124株中O1群埃尔托稻叶1d型占95.16%(118/124株);其余菌株为6型以上非流行株。70株霍乱弧菌PFGE分型结果呈现3大类8种带型。结论:2005年霍乱疫情期间患者菌株与福州市闽江水系分离株菌型一致,表明具有高度同源性,而与市场水产品不相关。流行菌型更换而出现的埃尔托稻叶1d型,提示福建省今后仍有发生霍乱流行的可能。     

霍乱疫情分离株流行菌型及耐药性分析

目的了解霍乱疫情分离株的流行菌型及其耐药性,为霍乱疫情的快速有效控制和临床治疗提供科学依据。方法对2008年6月海南省某地霍乱疫情采集的6株霍乱弧菌分离株进行血清学分型、噬菌体-生物分型、霍乱毒素基因检测、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型和药物敏感性试验。结果 6株菌均属埃尔托生物型霍乱弧菌,除1株为O1群小川型霍乱弧菌流行株(1c),其余5株均为O1群稻叶型霍乱弧菌流行株(1c);6株菌均具有霍乱毒素基因;PFGE分型为2个型,但聚类图谱分析相似性为100%;6株菌均对链霉素、复方新诺明、磺胺异噁唑、多粘菌素B耐药;对诺氟沙星、头孢噻肟、头孢噻吩等9种抗生素均敏感;结论该起霍乱疫情的流行菌型为O1群埃尔托霍乱弧菌稻叶型流行株(1c);诺氟沙星、头孢噻肟、头孢噻吩等可作为病例和带菌者治疗的指导用药,链霉素、复方新诺明、磺胺异噁唑、多粘菌素B则不宜使用。     

广州地区小川型霍乱弧菌的脉冲场凝胶电泳分析

目的分析小川型霍乱弧菌的致病相关基因型,探讨广州地区小川型霍乱流行趋势和规律。方法采用多重PCR方法检测小川型菌株的4种致病相关基因,应用脉冲场凝胶电泳技术（PFGE）对菌株进行分子分型,对PFGE图谱采用分子分型软件BioNumerics Version 4.0进行聚类分析。结果广州地区小川型菌株中存在3种致病相关基因型,即A型、B型和C型,20%感染者分离株为致病相关基因A型,80%环境分离株为致病相关基因C型。25株霍乱弧菌分为14个不同的PFGE型,归为3个聚类群（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ群）。每一次小川型暴发中分离的菌株PFGE克隆型相同或相近,而散发病例分离株与暴发株的PFGE型有些相同,有的差异较大。环境小川型菌株中存在PFGE克隆型的多样性,部分环境株与感染者分离株具有相近的PFGE型。结论应建立广州地区霍乱菌株的PFGE分子分型数据库,加强霍乱的预防、控制和预警。     

Molecular typing of Vibrio cholerae O1 isolates from Thailand by pulsed-field gel electrophoresis

The aim of the present study was to genotypically characterize Vibrio cholerae strains isolated from cholera patients in various provinces of Thailand. Two hundred and forty V. cholerae O1 strains, isolated from patients with cholera during two outbreaks, i.e. March 1999-April 2000 and December 2001-February 2002, in Thailand, were genotypically characterized by NotI digestion and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). In total, 17 PFGE banding patterns were found and grouped into four Dice-coefficient clusters (PF-I to PF-IV). The patterns of V. cholerae O1, El Tor reference strains from Australia, Peru, Romania, and the United States were different from the patterns of reference isolates from Asian countries, such as Bangladesh, India, and Thailand, indicating a close genetic relationship or clonal origin of the isolates in the same geographical region. The Asian reference strains, regardless of their biotypes and serogroups (classical O1, El Tor O1, O139, or O151), showed a genetic resemblance, but had different patterns from the strains collected during the two outbreaks in Thailand. Of 200 Ogawa strains collected during the first outbreak in Thailand, two patterns (clones)--PF-I and PF-II--predominated, while other isolates caused sporadic cases and were grouped together as pattern PF-III. PF-II also predominated during the second outbreak, but none of the 40 isolates (39 Inaba and 1 Ogawa) of the second outbreak had the pattern PF-I; a minority showed a new pattern--PF-IV, and others caused single cases, but were not groupable. In summary, this study documented the sustained appearance of the pathogenic V. cholerae O1 clone PF-II, the disappearance of clones PF-I and PF-III, and the emergence of new pathogenic clones during the two outbreaks of cholera. Data of the study on molecular characteristics of indigenous V. cholerae clinical isolates have public-health implications, not only for epidemic tracing of existing strains but also for the recognition of strains with new genotypes that may emerge in the future.     

江苏省霍乱病例病原学特征及与外环境污染间的关系

[目的]了解江苏省外环境中霍乱弧菌的污染现状,探讨其与病例发生、疾病流行间的关系。[方法]检测水体、水产品和熟食中霍乱弧菌的携带情况,比较外环境来源株与病例株在血清型、耐药性及毒素基因等方面的差异,应用PFGE分型技术分析不同来源菌株的遗传相关性。[结果]3株外环境来源株均为不带毒力、对抗生素敏感的O1群非流行株,病人来源株为具有ctxA、zot、ace、tcpA毒力基因的O139群。11株O139群被分成7种PFGE带型,与O1群相似性系数为76.14%。[结论]外环境来源株在表型及基因水平上与病例株差异较大,不是病例发生的原因。目前霍乱在江苏省处于低频的高度散发状态,近期大规模暴发和流行的可能性较小。     

表型和分子分型技术在霍乱弧菌研究中的应用

目的分析1999～2005年广州地区O1群和O139群霍乱弧菌代表菌株的致病基因型和PFGE型别,确定霍乱菌株的分子流行病学特征和同源性,研究本地霍乱弧菌的分子特性。方法采用多重PCR方法检测霍乱弧菌的4种致病相关基因,采用限制性内切酶Not I,以脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对菌株进行分子分型,采用分型处理软件BioNumerics Version对PFGE图谱做聚类分析。结果本地霍乱弧菌代表株中存在3种致病基因型(A、B、C型),病例分离的霍乱弧菌多为A型基因,而环境分离的霍乱弧菌则多为C型和B型。总共96株霍乱弧菌分为60个不同的PFGE型,带型范围:8 kb-650 kb。相同或相近的PFGE型(相差1～3条带)存在于多次霍乱暴发疫情分离株中、环境分离霍乱与临床株之间、输入病例与本地病例分离霍乱弧菌间,不同的PFGE克隆型(4～6带及以上)的流行病学联系也较远。结论将致病基因分型、PFGE型与流行病学资料结合,揭示了本地霍乱菌株从受污染的珠江水及水产品传递给人并引起霍乱暴发、散发的特征,提示开展霍乱菌株PFGE分子分型监测及加强地区间合作的必要性和急迫性。     

脉冲场凝胶电泳用于霍乱弧菌分子流行病学研究

目的：从分子生物学基础上了解同一次流行、不同来源的霍乱弧菌之间的遗传相关性，为有效控制传染源提供依据。方法：采用PCR技术对2005年分离的70株霍乱弧菌检测CT基因后，进行PFGE分型研究。结果：分离自患者01、0139群霍乱弧菌均有CT基因，而分离自外环境1株01群稻叶菌株及1株0139菌株CT基因为阴性。所试菌株PFGE分型共呈3大亚类8种带型。结论：霍乱流行期间分离于患者的霍乱弧菌PFGE图谱基本一致，与外环境分离的非流行株在分化关系上较远。     

珠江河口水体O1群和O139群霍乱弧菌监测

目的 分析珠江河口水体O1群和O139群霍乱弧菌菌型特征,探讨环境水体监测的方法和疫情监测中的作用.方法 2006年3月至2007年2月,在珠江河口选择24个水样采集点,每月采集一次,进行O1群和O139群霍乱弧菌的分离培养,并利用实时PCR监测样品增菌液中的O1群和O139群霍乱弧菌.采样同时测定气温、水温等气象资料.用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对分离菌株进行分型分析.结果 监测期间共采样862份,霍乱弧菌分离阳性率7.77%,实时PCR阳性率为26.33%.按月的水样检测阳性率与水温变化趋势相似;城区监测点阳性率高于其他区域,在一家海产品批发市场排水口下游检测到产毒O139群菌株;菌株的菌型构成中,分离菌株主要为非产毒株;O1群E1 Tor小川和稻叶型以及O139群菌株的分离无季节变化趋势;PFGE分析75株分离株被分为49种带型,相似性为57.4%～100%,表现出明显的多样性.结论 霍乱弧菌在珠江河口水体中广泛存在,并呈现多样性.水体监测提供产毒菌株的指示,可作为环境危险评价的指标,且能在霍乱弧菌的监测和霍乱疫情预警中发挥作用.