利用实时荧光定量聚合酶链式反应快速检测鸭沙门菌

目的为快速检测、鉴定鸭沙门菌，避免血清型误判，提高鸭沙门菌暴发应对能力，建立一种实时荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）检测方法。方法随机挑选60株鸭沙门菌及238株肠道常见病原菌代表菌株，针对鸭沙门菌血清型特异基因AW58_15605设计引物并建立qPCR检测体系，通过纯菌菌株、模拟粪便样本及临床样本评价该体系的特异度、灵敏度及检测下限。结果60株鸭沙门菌株及临床感染的50份样本扩增结果均为阳性，而对鸭沙门菌血清型以外的其他沙门菌及肠道菌的扩增均为阴性。 对鸭沙门菌纯菌DNA的最低检测下限为8拷贝/反应。 粪便模拟样本检测中，增菌后qPCR检测下限达59.10 cfu/g，明显低于分离培养及增菌前。结论本研究建立的基于特异基因的鸭沙门菌分子检测方法具有可操作性强、特异度高、灵敏度高的特点，建议在应急情况下优先选择qPCR用于沙门菌暴发筛查、鉴别及诊断由其引起的腹泻性疾病。     

1995-2016年新疆维吾尔自治区伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型分析

目的 通过对新疆维吾尔自治区（新疆）1995-2016年伤寒沙门菌进行分子流行学特征分析,为今后监测和疫情预警提供依据。方法 利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对527株伤寒沙门菌进行分子分型和流行特征研究。结果 527株伤寒沙门菌分为145个PFGE带型,条带相似度为57.42%~100.00%。有部分带型多年持续存在,且出现在不同地区。共发现32组分子分型成簇性病例。结论 新疆伤寒沙门菌在基因型上存在高度多态性,同时也有优势带型长期连续存在,且存在分子分型成簇性病例,需要加强实验室监测。     

上海市罕见沙门菌型腹泻的溯源研究

[目的]初步了解本市罕见沙门菌血清型菌株的分子流行病学特征。[方法]对分离自不同来源标本的22株7种不同血清型沙门菌进行脉冲凝胶电泳(PFGE)分析,脉冲凝胶电泳选用XbaⅠ限制性内切酶。[结果]2株列克星敦、2株非丁伏斯沙门菌的电泳图谱显示有较大差异,2株蒙得维的亚、2株朗根萨尔查、2株乌普萨拉、5株胥戈成格隆、4株波摩那的图谱显示存在同源性。[结论]本市沙门菌罕见血清型的流行菌株和食品菌株之间既存在分子水平的同源性也存在非同源性,加强沙门菌综合监测和即时分子分型可预警罕见沙门菌血清型流行。     

上海市肠炎沙门菌流行特征和分子分型研究

[目的]分析上海市2006—2007年肠炎沙门菌菌株,了解上海市肠炎沙门菌分子流行病学特征。[方法]回顾2002—2007年肠炎沙门菌食品株来源并与肠炎沙门菌腹泻株作耐药性比较;对2006—2007年全球沙门菌监测(GSS)病例和食品分离的肠炎沙门菌进行表型验证、药敏试验和脉冲凝胶电泳(PFGE)分析。[结果]2006—2007年肠炎沙门菌在本市非伤寒沙门菌病例中列首位,而80%的食品株源自禽及禽肉制品,食品株的抗生素耐药性高于腹泻株。2007年肠炎沙门菌腹泻株的耐药谱和2006年有较大差异。包括13株食品株在内共76株肠炎菌株可分为21种PFGE带型,遗传同源性接近80%,优势带型依次为3型(34株)、1型(12株)、2型(5株)和5型(5株),除2型外均发现有与腹泻株同型的食源株。2006和2007年的PFGE 1/2型病例分别为4例和12例。[结论]上海市肠炎沙门菌病例与食用污染的鸡肉等禽类制品有密切关系,PFGE 3型肠炎沙门菌是目前上海市肠炎沙门菌流行株的优势菌型,2007年发现由鹅肝传播的1/2型肠炎沙门菌可能是3型的变异株并有取代之成为流行菌株的趋势。开展对腹泻病例和食物链的综合监测和以实验室为主的实时分子分型检测能快速预警肠炎沙门菌散在爆发和追溯污染源。     

上海市鼠伤寒沙门菌流行特征及分子分型研究

[目的]研究上海市2006—2007年鼠伤寒沙门菌腹泻病例株的分子流行病学特征。[方法]追溯2002—2007年食品中分离的鼠伤寒沙门菌来源,比较鼠伤寒沙门菌食源株与腹泻株的抗生素耐药性;对全球沙门菌监测(GSS)病例和食品中分离的鼠伤寒沙门菌进行血清、耐药表型和脉冲凝胶电泳(PFGE)分子分型。[结果]经培养确认的鼠伤寒沙门菌腹泻病例数,在2006—2007年本市非伤寒沙门菌型病例构成中仅次于肠炎沙门菌,食品菌株多源于禽(64.4%)和畜肉制品(17.8%),其多重耐药菌株显著高于腹泻株(P0.05)。PFGE将7株食品株和44株腹泻株分为23种带型,优势型为1型(8株)、2型(6株)、29型(4株)、49型(8株)和6型(4株),与食源菌株完全匹配的仅有49型、6型共7个病例(15.9%,7/44)。PFGE-1型腹泻株在2006和2007年分别为2例和6例,2型分别为4例和2例。[结论]上海市鼠伤寒沙门菌腹泻病例存在高度散发和分散爆发的流行特征,没有与本地食品菌株相匹配的优势克隆型分别是PFGE 2型和1型,与市售生鲜类肉食品污染株之间的遗传同源性低。推测传染源可能由输入性传染源对食品等媒介形成二次污染所致。建议加强流行病学调查,以揭示潜在的传染源和传播途径。     

马鞍山市2008年食品中变形杆菌监测及分子特征分析

目的了解2008年马鞍山市监测食品中变形杆菌的检出情况,更好地对变形杆菌引起的腹泻进行预防与控制。方法采集2008年在马鞍山市的超市、批发市场、水产基地以及疑似食物中毒的熟食采集样品,按GB/T4789-2003、WS/T9-1996方法进行变形杆菌分离检测,分离菌株采用VITEK-32微生物鉴定系统进行药敏鉴定,同时进行PFGE分型,分析不同来源菌型之间的同源性。结果共采集各类食品230份,变形杆菌检出率为20.87%(48/230),其中普通变形杆菌为13.91%(32/230),奇异变形杆菌为6.96%(16/230)。在不同类食品中,检出率最高的是禽肉类样本29.09%(16/55),其后依次为鱼虾样本28.75%(23/80)、禽蛋样本13.33%(2/15)、熟食类样本12.5%(1/8)和畜肉类样本10.17%(6/59)。48株变形杆菌的PFGE分为28个型,其中普通变形杆菌为17个型、奇异变形杆菌为11个型,各型之间不紧密相关。经耐药分析,菌株对四环素、氨苄青霉素、头孢噻吩、复方新诺明及呋喃妥因耐药性70%,而对头孢吡肟、头孢他啶、氟哌酸、环丙沙星、庆大霉素、亚胺培南、丁胺卡那霉素和妥布霉素敏感性68%。结论马鞍山市食品中变形杆菌的污染来源于不同的克隆株,未发现单个基因型菌株流行的迹象。     

脉冲场凝胶电泳用于副溶血性弧菌的分子流行病学研究

目的运用脉冲场凝胶电泳技术和荧光PCR技术对成都市2008-2009年分离的副溶血性弧菌进行分子分型和毒素基因检测,分析感染来源。方法利用PCR检测副溶血性弧菌分离株耐热直接溶血素(tdh)基因和耐热相关溶血素(trh)基因。用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对菌株进行分型,所得结果用BioNumerics V 4.0软件UPGMA方法进行聚类分析。结果所试38株分离菌tdh基因阳性有31株,2株为trh阳性。以SfiⅠ酶切后PFGE分型,38株菌被分成了24个带型,大多数暴发有各自优势型别,其中有两起暴发优势型别一致;环境分离株菌型分散。结论多起暴发事件分离株之间PFGE型别差异大,成都市副溶血性弧菌暴发的感染来源复杂。     

不典型山夫登堡沙门菌流行菌株的鉴定

目的对新出现的硫化氢（H2S）阴性山夫登堡沙门菌流行菌株进行鉴定。方法比较腹泻患者分离的山夫登堡沙门菌落、生化、耐药表型和沙门菌毒力岛1（SPI-1）的编码基因表型（hilA、invA）,使用Riboprinter（进行核糖体指纹图谱分型,脉冲凝胶电泳（PFGE）选用XbaⅠ限制性内切酶,聚类软件选用BioNumerics软件。结果 2006年30株山夫登堡沙门菌腹泻菌株中,确认12株属于H2S和hilA、invA基因均阴性的表型不典型菌株;所有菌株除对四环素有较高耐药性（75.6%）外,对其他测试抗菌药物均较敏感;Riboprinter（核糖体分型图谱证实不典型与典型山夫登堡沙门菌在遗传学上属独立的克隆;PFGE分型将34株腹泻株分成16个带型,11株不典型菌株间存在90%的遗传学同源,优势带型为6型（6株）和4型（3株）;13株典型菌株间有80%的遗传学同源,优势带型为17型（5株）、23型（5株）和11型（3株）,不典型与典型菌株分别聚类成2个克隆族。结论生化、基因表型和遗传学特征不典型的山夫登堡沙门菌构成了2006年上海市山夫登堡的多点暴发病例,建议使用经过优化的常规和分子生物学方法以避免临床实验室对表型不典型沙门菌株的漏检。     

一起沙门菌爆发的菌株鉴定和分子溯源研究

[目的]1起沙门菌爆发的菌株鉴定和分子溯源研究。[方法]收集2007年上海市黄浦区1起食源性沙门菌爆发病例的菌株,使用3种不同产地沙门菌分型血清进行菌株比对鉴定,测试菌株耐药性并对部分菌株进行多位点基因序列分型(MLST)。通过Pluse Net China非伤寒沙门菌数据库聚类分析上海市与重庆市爆发菌株的脉冲凝胶电泳(PFGE)图谱。[结果]发生在上海市黄浦区某工地爆发的1起食源性菌株,经血清学和MLST鉴定为汤卜逊沙门菌ST26型;菌株对6种抗生素(四环素、阿莫西林/克拉维酸、氨苄西林、氯霉素、萘啶酸、磺胺异恶唑)的耐药率均为100%。2007年重庆市报告多起食源性爆发案例中的C群沙门菌,经鉴定亦为汤卜逊沙门菌ST26型,与上海市的菌株间存在高度遗传同源性。[结论]兰州生物制品研究所和泰国S&A的沙门菌分型血清的H因子"c"和"k"间存在交叉凝集。2007年上海市黄浦区发生的食源性爆发病例可能为输入性汤卜逊沙门菌ST26型的多重耐药克隆株引起。     

多位点串联重复序列分析应用于中国肠炎沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）分型方法用于我国肠炎沙门菌分子分型的能力,建立我国肠炎沙门菌MLVA分型标准操作方法及数据库。方法 根据国际PulseNet公布的肠炎沙门菌PFGE和MLVA分型方案,对来自我国6个省（直辖市）的289株肠炎沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这两种分型方法对我国肠炎沙门菌分离株的分型能力。结果 289株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后获得55种带型,其分辨能力（D值）为0.8433。PFGE优势带型为JEGX01.CN0003及JEGX01.CN0001,带型频率分别为35.6%、25.6%,但二者仅表现两个条带的差异,其余型别均低于5%。采用MLVA分析,获得63种型别,分为2个群,D值为0.8608,说明MLVA分辨能力高于单酶切PFGE,但分型能力仍然有限。MLVA主要型别ST1包含了97株菌株,占37.5%,分布于各省及各年份。若联合PFGE及MLVA分型,则产生104种型别,D值为0.9058。对流行病学调查显示为肠炎沙门菌暴发病例菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,结果均显示这些菌株具有明显的聚集性,但不能与同期散发菌株完全区分开。结论 MLVA与PFGE分型方法的分辨能力在肠炎沙门菌中较低,在确认肠炎沙门菌引起的暴发事件时,需紧密结合流行病学调查资料,采用双酶切PFGE或MLVA进行分型分析。