沙眼衣原体主要外膜蛋白生物信息学分析

目的：分析和预测E血清型沙眼衣原体（Ct）主要外膜蛋白（MOMP）的结构和功能。方法：采用计算机辅助生物软件和网络数据库,从SwissProt蛋白质数据库中检索MOMP氨基酸序列,用Expasy服务器分析预测MOMP蛋白理化性质、二级结构,同时用Pcons服务器分析模拟蛋白质空间结构。结果：分析显示,Ct MOMP蛋白为一跨膜16次的酸性蛋白质,其空间结构为β-桶状膜蛋白,推测其功能为孔蛋白。结论：通过对MOMP生物信息学分析获得该蛋白的特性,为进一步研究Ct的感染与发病机制、研制Ct亚单位疫苗以及研究MOMP新的功能域等提供理论依据。     

食管癌组织中发现DNA聚合酶β基因突变(摘要)

食管癌是一常见、多发性恶性肿瘤,尤以我国北方太行山区发病率最高.流行病学和病理学研究提示食管癌是一个多阶段、进行性发展过程;分子生物学研究发现组织细胞中有P53、Rb及ras等基因的突变及在食管癌不同阶段的表达.吴 教授对食管癌遗传学的研究发现:食管癌患者外周血细胞对DNA损伤后的修复能力降低,DNA脆性增加,癌组织细胞中有许多染色体明显改变,故可以推测在食管癌发生发展过程中,一定伴有DNA的损伤修复.然而,在食管癌中有无DNA复制和修复酶类的变化,尤其是DNA聚合酶β(DNA polymerase beta POLB)基因的突变,尚未见报道,为此,作者对河南省食管癌组织中DNA聚合酶β基因的变异情况进行了初步的探索和分析.     

稳定表达野生型DNA聚合酶β的细胞系的建立

目的建立稳定表达野生型DNA聚合酶β的细胞系。方法将已构建的野生型DNA聚合酶β的真核表达载体用脂质体法转染中国仓鼠卵巢细胞,经G418筛选后得到稳定转染的细胞株,用免疫印记方法鉴定野生型DNA聚合酶β蛋白水平的表达。结果成功转染和筛选出表达外源性DNA聚合酶β基因的中国仓鼠卵巢细胞株,并检测到该基因蛋白水平的高表达。结论建立稳定表达DNA聚合酶β的细胞株,为进一步研究DNA聚合酶β高表达对细胞生物学特性的影响奠定基础。     

胃癌组织中DNA聚合酶β基因突变特点分析

目的:探讨人胃癌DNA聚合酶β(polβ)基因突变的特点. 方法:对32例人胃癌组织及32例正常对照组织中提取总RNA,进行RT-PCR,SSCP,对PCR产物克隆后以Sanger's法测序,并采用Omiga及Dansis软件分析结果. 结果:人胃癌标本的polβ基因突变率21.9%. 测序分析了7例SSCP异常中的3例,其突变分别为196位A→G,268位A→G,790位A→T;经OMIGA软件分析,这3个polβ的点突变均导致了氨基酸的改变,具体形式为:核酸196位A→G导致氨基酸28位Asn→Ser;核酸268位A→G导致氨基酸52位Lys→Arg;核酸790位A→T导致氨基酸226位Asp→Val. DNASIS软件Chou-fasman算法推测,polβ的196位A→G突变可以导致polβ酶蛋白的二级结构图明显改变. 结论:人胃癌组织polβ基因突变率达21.9%;这3个polβ的点突变都导致了氨基酸的改变,196位A→G突变可以导致polβ酶蛋白的二级结构明显改变.     

DNA聚合酶β高表达与细胞癌变关系的研究进展

本综合分析了DNA聚合酶β的结构、功能以及其高表达后的分子效应,资料显示DNA聚合酶β高表达可以导致细胞自身突变率增加和遗传不稳定性,且DNA聚合酶β高表达在肿瘤的起始、演进和治疗中有重要的研究价值。     

基因表达谱芯片技术筛选乙型肝炎病毒DNA多聚酶P结构域反式调节基因

目的：应用基因芯片技术，对乙型肝炎病毒DNA(HBVDNA)聚合酶P结构域蛋白／逆转录酶(PR)的基因表达谱进行分析，探索PR对肝细胞基因表达的调节机制及其生物学功能。方法：设计并合成PR基因序列特异性的引物，应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增PR蛋白编码基因片段，以常规的分子生物学技术将获得的PR编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定，构建真核表达载体pcDNA3．1(-)-PR。以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2，提取mRNA，逆转录为cDNA，与转染空白表达载体pcDNA3．1(-)的HepG2细胞进行DNA芯片分析。结果：基因芯片技术所检测的1152个基因表达谱的筛选中，79条基因表达水平上调，90条基因表达水平下调。结论：应用基因表达谱芯片成功筛选了HBVDNA聚合酶PR转染细胞后差异表达基因，为进一步阐明PR蛋白可能的分子生物学机制提供依据。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS2核酸适配子的筛选

目的获得与丙型肝炎病毒非结构蛋白NS2特异结合的高亲和力的DNA适配子。方法应用配基指数富集的系统进化(SELEX)技术进行HCV-NS2蛋白适配子筛选,将筛选得到的适配子克隆测序,应用DNAMAN软件对适配子一级结构和二级结构进行比对分析。结果重复筛选7轮后,适配子亲和力和特异性都达到最高,克隆测序得到4个适配子序列,命名为A1、A2、A3、A4,其随机序列部分分别为A1:GTGCGTCCCATGCTGCTGACTTAAATGGGTGGAGGGCAG,A2:CGTGAAATTGTTGACCACTCATGGAATCTGATCTCGTTT,A3:GAAAGGGGATAATCACTTAGGCCTCTCGAATAGTTTATC,A4:AGAAAGTTGAGAACTGCTGTTATTTTGTTAACGTACATG。经软件分析,适配子之间没有共同保守序列和同源序列,适配子的二级空间结构以茎环和口袋结构为主。结论获得了能与HCVNS2蛋白高亲和力和特异性结合的DNA适配子。     

互隔交链孢酚致DNA聚合酶β基因突变的实验研究

目的观察互隔交链孢酚对NIH/3T3细胞中DNA聚合酶β(DNApolβ)基因突变的影响,研究互隔交链孢酚致癌可能的机制。方法NIH/3T3细胞分为两组:①各正常细胞组;②AOH组,AOH浓度为8μmol·L-1。用RTPCR方法从细胞全RNA中扩增出DNA聚合酶β基因cDNA序列,应用TA克隆技术,克隆至pGEMTeasy载体后进行测序,分析序列变化。结果测序后发现正常组DNA聚合酶β基因序列无任何变化,AOH组中228位点发生TC突变(导致39号氨基酸由Tyr变为His),319位点也有TC突变(导致69号氨基酸由IIe变为Thr)。结论AOH可导致NIH/3T3细胞中的DNA聚合酶β发生点突变,推测AOH的致癌作用可能与引发细胞中DNA聚合酶β基因突变有关。     

EBV潜伏膜蛋白2的结构与功能分析

目的：预测和分析EBV潜伏膜蛋白2（LMP2）的结构和功能。方法：采用互联网数据库和生物软件,从SwissProt蛋白质数据库中检索LMP2的氨基酸序列,通过生物软件分析预测其理化性质、二级结构及空间结构。结果：分析显示LMP2由497个氨基酸组成,分子量53 011.4 Da,等电点4.85,为疏水性蛋白;具有12个疏水跨膜区,其N端含有免疫受体酪氨酸活化基序（ITAM）和脯氨酸富集基序（PY基序）,前者位于氨基酸序列74～77和85～88处,后者位于56～60和97～101处;含有15个α螺旋结构和7个β片层结构,通过无规则卷曲连接α螺旋和β片层。结论：通过对LMP2生物信息学的分析,获得了此蛋白的理化特性及部分参与调节跨膜信号传导功能区的信息,为进一步研究EBV的感染与致病机制、研制EBV亚单位疫苗等奠定基础。     

聚合酶链式反应的原理及法医学的应用

聚合酶链式反应(polymerase chain re-action,简称PCR)是近年来分子生物学领域一项革命性技术突破。其内容是进行DNA的体外扩增。利用PCR技术,在数小时内便可把需要检测的某个靶DNA片段扩增上万倍,使对该片段的检测,分离和结构分析等过程大大简化。因此,PCR技术自1985年建立以来,立即引起分子生物学领域的极大兴趣和关注。由于其方法不断完善和改进,短短几年时间,就已广泛应用于基础和应用研究等领域。应用PCR进行的基因扩增与应用研究,已成为九十年代生     

转化生长因子-β1对慢性鼻-鼻窦炎伴鼻息肉上皮紧密连接屏障功能的影响

目的 本研究旨在探讨中国汉族人群中慢性鼻窦炎伴鼻息肉（chronic rhinosinusitis with nasal polyps,CRSwNP）患者鼻腔上皮紧密连接（tight junction,TJ）屏障功能的改变以及转化生长因子-β1（transforming growth factor-β1,TGF-β1）对其调控作用。方法 气液界面方法体外培养鼻息肉患者及健康对照鼻腔上皮细胞,待细胞分化完成后加入不同浓度的TGF-β1刺激上皮细胞72 h,检测上皮细胞跨膜阻力（transepithelial resistance,TER）及细胞间荧光素通透性的变化,评价上皮细胞屏障功能的改变;此外,分别应用实时荧光定量聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）和免疫荧光技术检测紧密连接相关基因mRNA及蛋白表达的改变。结果 与健康对照上皮相比,鼻息肉来源的上皮细胞TER明显降低,上皮细胞对荧光素FITC-葡聚糖（FITC-Dextran）的通透性增加,10 ng/mL TGF-β1刺激可明显降低两种上皮细胞的TER,同时增加荧光素通透性。细胞紧密连接蛋白occludin及zonula occludens（ZO）-1免疫荧光结果显示,健康对照上皮细胞间紧密连接蛋白呈现连续的线性结构,而鼻息肉上皮紧密连接蛋白表达模式呈现明显破坏,包括紧密连接线性结构分离、断裂等,而经10 ng/mL TGF-β1刺激后,无论健康对照还是鼻息肉来源的上皮细胞间紧密连接蛋白表达模式均有明显破坏。结论 中国汉族鼻息肉患者的鼻腔上皮紧密连接屏障功能有明显的缺陷,而TGF-β1在诱发鼻息肉上皮屏障功能缺陷中发挥了重要的调控作用,或可作为鼻息肉治疗潜在的靶位点。     

DNA拓扑异构酶的研究进展

DNA拓扑酶广泛存在于生物体细胞核内,能调节核酸空间结构动态变化,是控制核酸生理功能的关键酶。其参与DNA的重组、修复、转录及复制过程。本文就拓扑异构酶的结构,功能,生物学特性进行综述。1DNA拓扑异构现象在生物体的整个生命过程中,细胞遗传物质DNA起着十分重要的作用,DNA分子中核苷酸的排列顺序构成DNA的一级结构;双螺旋结构构成其二级结构;真核生物DNA分子很大,     

野生型DNA聚合酶β 在肺腺癌细胞中的表达研究

目的研究人野生型DNA聚合酶β基因编码的蛋白质在肺腺癌A549细胞株内的表达。方法将人重组的携带野生型的DNA聚合酶β基因真核绿色荧光表达载体βEGFP—C3-βolβ用脂质体介导的方法转染A549细胞株，用荧光倒置显微镜观察转染细胞，RT-PCR检测其在核酸水平的表达。结果野生型的DNA聚合酶β基因转染细胞后主要定位于细胞核内，而不舍DNA聚合酶β基因的空质粒转染细胞后则主要表达在胞浆中，RT—PCR证实转染细胞中的野生型的DNA聚合酶β比未转染细胞表达量高。结论野生型的DNA聚合酶β基因在A549细胞中表达，且定位于胞核内，这对进一步研究肺癌的发生发展奠定了基础。     

野生型DNA聚合酶β在肺腺癌细胞中的表达研究

目的研究人野生型DNA聚合酶β基因编码的蛋白质在肺腺癌A549细胞株内的表达。方法将人重组的携带野生型的DNA聚合酶β基因真核绿色荧光表达载体pEGFP-C3-polβ用脂质体介导的方法转染A549细胞株,用荧光倒置显微镜观察转染细胞,RT-PCR检测其在核酸水平的表达。结果野生型的DNA聚合酶β基因转染细胞后主要定位于细胞核内,而不含DNA聚合酶β基因的空质粒转染细胞后则主要表达在胞浆中,RT-PCR证实转染细胞中的野生型的DNA聚合酶β比未转染细胞表达量高。结论野生型的DNA聚合酶β基因在A549细胞中表达,且定位于胞核内,这对进一步研究肺癌的发生发展奠定了基础。     

胃癌组织中DNA聚合酶β基因突变检测

目的:了解胃癌组织中DNA聚合酶β(polβ)基因的突变情况。方法:利用RT-PCR、单链构象多态性(SSCP)和序列分析对38例胃癌组织及其相应癌旁正常组织标本polβ基因进行检测。利用DNASIS、OMIGA等软件分析测序数据,Chou&Fasman算法推测polβ氨基酸序列二级结构。结果:38例胃癌组织标本中SSCP异常9例(23.7%);而对应的癌旁正常组织均未见异常。polβ在低分化胃癌中的突变率达57.1%(8/14),而在中、高度分化胃癌中的突变率为4.2%(1/24),差异有统计学意义(P<0.05)。突变分别为196位A→G(28位Asn→Ser),268位A→G(52位Lys→Arg),790位A→T(226位Asp→Val)。其中196位A→G突变可导致polβ酶蛋白的二级结构明显改变。结果:胃癌组织中的polβ基因突变可能与胃癌的发生、发展有关。     

小单孢菌3',4'-双脱羟基酶基因功能的研究

根据文献查阅、同源比对及进化树分析,推测绛红色小单孢菌中gntI和伊纽小单孢菌sisI为3',4'-双脱羟基酶基因。通过克隆得到gntI和sisI,随后将其构建到pET30a表达载体,并在E.coli BL21实现异源表达。利用生物信息学对该蛋白亲水性图谱、空间结构及活性域进行分析、预测。基于同源建模得到三级结构,推测其二级结构以α-螺旋为主,肽段40～60,100～120处可能为该酶活性中心。此研究为该酶进一步功能研究和应用奠定了基础。     

结核分枝杆菌higA基因的扩增及生物信息学分析

目的 对结核分枝杆菌的higA基因进行扩增,同时利用生物信息学方法分析其编码蛋白的结构和功能.方法 从结核分枝杆菌标准株H37Rv基因组DNA中扩增higA基因,对扩增产物进行测序.利用生物信息学网站和软件分析higA蛋白的理化性质、信号肽、空间结构、抗原表位等.结果 higA基因扩增产物与预期一致,大小为450 bp.higA蛋白共149个氨基酸,理论等电点7.93,脂溶性系数94.30,不稳定系数36.57,预测该蛋白为稳定蛋白.higA蛋白无信号肽,含10个磷酸化位点和多个潜在的抗原表位.结论 成功扩增出结核分枝杆菌higA基因.     

快速老化小鼠脑组织Aβ、CypD单核苷酸多态性及“三焦针法”对其作用的研究

[目的]研究快速老化小鼠SAMP8和同品系正常小鼠SAMR1海马、皮质神经元中淀粉样多肽蛋白（Aβ）、亲环蛋白D （CypD）差异表达是否与其基因CDS区DNA序列单核苷酸多态性（SNP）有关,以及"三焦针法"对Aβ、CypD基因CDS区DNA序列是否有干预作用。[方法]选取快速老化小鼠SAMP8为模型,采用PCR扩增、SNP一代测序等法比对小鼠皮质、海马组织中Aβ基因CDS区引物设计位点（17个）以及CypD基因CDS区引物设计位点（6个）的DNA序列,并观察"三焦针法"对Aβ、CypD基因CDS区DNA序列是否有干预作用。[结果]SAMR1正常对照组、SAMP8对照组小鼠皮质、海马Aβ和CypD基因CDS区引物设计位点DNA序列均未发生SNP,针刺组小鼠皮质、海马Aβ和CypD基因CDS区引物设计位点DNA序列未发生变化。[结论]Aβ、CypD mRNA及蛋白差异表达与其基因CDS区DNA序列SNP无关,"三焦针法"对Aβ、CypD基因CDS区DNA序列无干预作用,并推测AD的发生与Aβ、CypD基因CDS区DNA序列SNP无关,"三焦针法"并非通过改变Aβ、CypD基因CDS区DNA序列的途径实现对Aβ、CypD mRNA及蛋白含量的调节作用。     

海风藤对β-APP基因表达的影响

目的：研究海风藤对人类神经母细胞瘤细胞淀粉样前体蛋白（β-APP）基因表达的影响。方法：应用细胞培养和逆转录－聚合酶链反应（RT－PCR）观察海风藤对β-APPmRNA的影响。结果：海风藤选择性的抑制β-APP基因表达。结论：β-APP与Alzheimer病（AD）的发病关系密切，海风藤选择性抑制β-APP基因表达，为其防治AD提供了更加可靠的实验论据。     

风疹病毒JR23株包膜糖蛋白E2的基因扩增与序列分析

目的：扩增风疹病毒（RV）JR23株包膜糖蛋白E2的基因片段，分析E2多二级结构特征及E2蛋白跨膜区结果，为研究E2基因结构与蛋白功能的关系。RV结构蛋白之间的相互作用奠定基础。方法：提取感染RV JR23株的BHK21细胞总RNA，利用RT－PCR方法扩增RV JR23株E2基因片段，将PCR产物测序；利用DNAstar软件分析JR23株E2多肽的二级结构特征；利用TmPred软件对E2蛋白的跨膜区进行预测分析。结果：利用BLAST软件分析测序结果，证明扩增产物为RV E2基因片段；DNAstar两个模型对E2多肽的α螺旋、β折叠等区域的分析有较大差异。尤其是β区，G－R模型的预测范围远大于C－F模型，二级结构中带电性与亲水区的分析结果与E2蛋白的已知功能相符；TmPred预测的有意义跨膜区有4个，少于实际值。结论：经RT－PCR扩增，扩增产物的RV JR23株E2基因序列片段，为进一步研究E2基因和蛋白结构与功能奠定基础，软件分析的结果与实际情况有差异，可能是成熟的E2蛋白与E1蛋白形成异二聚体，而部分改变了自身构象。