基于TCGA数据库研究肿瘤突变负荷与膀胱癌的相关性

目的 从TCGA数据库中探究肿瘤突变负荷(TMB)与膀胱癌的相关性,有助于膀胱癌免疫机制的深入研究,为膀胱癌的免疫治疗提供更多的预测信息和机会.方法 对从TCGA数据库获取的共443例膀胱癌样本进行突变分析、依据TMB表达高低进行分组,并分析高低TMB组与临床相关性、预后值以及与免疫细胞的关联性.差异表达基因(DEGs...     

KIF18A在肺腺癌中的诊断和预测价值

目的研究KIF18A在肺腺癌中的诊断和预测价值。方法通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库和郑州大学第一附属医院临床标本的分析,探讨KIF18A表达在预测肺腺癌患者预后中的作用。采用Kaplan-Meier分析研究KIF18A的表达水平与肺腺癌患者的生存时间之间的关系。采用多变量Cox回归模型研究KIF18A的表达水平能否独立判断肺腺癌患者的预后。结果通过对TCGA数据库的分析和临床组织标本的检验显示,KIF18A在肺腺癌中的表达量比在正常肺组织中高。Log-rank生存分析显示,KIF18A表达量高的患者总体存活率较低。KIF18A的高表达与患者的性别、临床分期、肿瘤分期和远处转移相关。多变量Cox回归模型分析显示,KIF18A的表达水平是肺腺癌患者总体生存状态的独立预测因子。结论 KIF18A在人肺腺癌中高表达,并且其表达水平是肺腺癌患者总体生存状态的独立预测因子。     

CD276在泛癌中的免疫表达及预后

目的 探讨CD276在泛癌中的表达和对患者预后的影响及其作用机制。方法 采用TCGA和GTEx数据库分析CD276在肿瘤组织与正常组织中的差异表达，采用R语言分析CD276对泛癌患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响，进一步分析肿瘤组织中CD276表达与肿瘤免疫细胞浸润的相关性，采用基因集富集分析（GSEA） CD276的生物学功能，最后采用实时PCR对CD276在肿瘤中的表达进行体外验证。结果 肿瘤组织与正常组织间CD276表达存在统计学差异（P <0.05）。CD276影响肿瘤预后并与肿瘤微环境、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和肿瘤免疫细胞浸润密切相关。结论 全面的泛癌分析确定CD276是免疫浸润和癌症预后不良的生物标志物，可将其作为新的免疫调节靶点，用于开发新的免疫治疗靶向药物，为肿瘤治疗提供新思路。     

基于生物信息学探究ASPM和KIF20A在食管鳞状细胞癌中的表达及临床意义

目的 探讨ASPM、KIF20A在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的表达及临床意义。方法 基于GEO数据库筛选核心基因并预测其在ESCC中的表达水平;KEGG通路富集分析ASPM、KIF20A参与的潜在信号通路;TIMER数据库分析ASPM、KIF20A的表达与免疫细胞浸润的相关性;选取95例ESCC组织与30例癌旁正常组织标本,采用免疫组化检测ESCC和癌旁正常组织中ASPM和KIF20A蛋白质表达情况,分析其表达与临床病理参数及预后的相关性。结果 共筛选出核心基因16个,包括ASPM、KIF20A等。GEPIA结果显示,ASPM、KIF20A在ESCC组织中均呈高表达,差异有统计学意义(P<0.05)。KEGG通路富集分析显示两者均与细胞周期相关。TIMER结果显示,ASPM的表达与树突状细胞呈负相关,KIF20A的表达与CD8+T细胞呈负相关。免疫组化结果显示,ESCC组织中ASPM、KIF20A的表达水平显著高于癌旁正常组织(P<0.001)。ASPM的表达与ESCC患者的临床分期(P=0.004)、N分期(P=0.024)具有相关性;KIF20A的表达与ESCC患者的肿块直径(P=0.015)、N分期(P=0.002)相关。Spearman相关性分析显示,ASPM的表达与KIF20A的表达呈正相关(r=0.367,P<0.001)。Kaplan-Meier生存分析结果显示,ASPM、KIF20A高表达组患者的生存率低于低表达组患者(均P<0.05)。多因素分析显示,ASPM、KIF20A的表达及N分期均是影响ESCC患者预后的独立因素。结论 ASPM、KIF20A高表达与ESCC的进展和预后密切相关,可能是ESCC的重要预后标记物和潜在治疗靶点。     

泛癌中SLC7A7表达的预后意义及其与免疫微环境的关系

SLC7A7是溶质转运蛋白超家族的重要成员之一,能够通过某些信号通路调控细胞周期、抑制肿瘤细胞迁移和侵袭,可能对肿瘤的预后具有重要意义.然而,SLC7A7在肿瘤进展和肿瘤免疫学中的潜在功能和机制仍不清楚.应用TIMER比较了多种癌症类型和正常组织中SLC7A7基因表达量的差异.使用cBioPortal分析SLC7A7拷贝数变化和突变的频率.使用MANTIS评估TCGA队列中的微卫星不稳定性.CIBERSORT算法用于估计浸润免疫细胞类型和免疫评分的相对分数.进行Kaplan–Meier生存曲线分析以评估泛癌的预后价值,SLC7A7在多种癌症中异常表达.在子宫内膜癌中SLC7A7突变频率最高.通过分析肿瘤微环境中SLC7A7表达与免疫细胞浸润之间的关系,发现对于不同的癌症,SLC7A7表达与浸润肿瘤的免疫细胞之间的相关性有所不同.发现24种癌症类型中SLC7A7的高表达与M1型巨噬细胞浸润相关.最后,泛癌生存分析表明,SLC7A7高表达在肾上腺皮质癌(ACC),肾嫌色细胞癌(KICH),胶质瘤(LGG),肝癌(LIHC),胰腺癌(PAAD),胸腺癌(THYM)和葡萄膜黑色素瘤(UVM)预后较差.SLC7A7低表达在肉瘤(SARC),皮肤黑色素瘤(SKCM)中预后较差.这些发现表明,SLC7A7在肿瘤免疫微环境中起着重要作用,并且已确定SLC7A7在某些类型的癌症中具有预后价值.因此,SLC7A7是癌症免疫疗法和有效的预后生物标志物的潜在目标.     

ADAP2基因与肺鳞癌患者预后及肿瘤微环境免疫细胞浸润的关联研究

目的 分析ADAP2基因与肺鳞癌患者预后及其与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关联.方法 下载TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库肺鳞癌患者临床信息和癌组织ADAP2基因转录水平,运用KM生存曲线和Cox比例风险模型分析ADAP2基因和患者预后的关联;采用xCell数据库分析ADAP2基因表达和肿瘤...     

免疫相关基因及其决定的免疫细胞微环境对胃腺癌预后的预测价值

目的:通过生物信息学分析筛选胃腺癌的差异表达免疫相关基因及癌症相关通路,结合免疫细胞微环境预测胃腺癌的预后。方法:从癌症基因图谱数据库（TCGA）和基因表达（GEO）数据库下载RNA测序数据和临床数据通过生物信息学分析,获得343例胃腺癌组织和30例正常组织中差异表达的免疫相关基因;根据单因素和多因素Cox回归分析筛选...     

膀胱尿路上皮癌中ATF3的表达及意义

目的 探讨膀胱尿路上皮癌中转录因子ATF3的表达及其临床意义.方法 采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和免疫组织化学方法 检测32例膀胱癌组织和14例正常膀胱粘膜中ATF3 mRNA和ATF3蛋白的表达,分析其表达与肿瘤病理分级、临床分期的关系.结果 膀胱癌组织中ATF3 mRNA相对表达量稍高于正常膀胱粘膜组织,浸润膀胱癌组织中ATF3 mRNA相对表达量稍高于浅表膀胱癌组织,但差别均无显著性.ATF3蛋白在膀胱癌组织和正常膀胱粘膜中的阳性表达率分别为93.7%(30/32)、21.4%(3/14),差异有显著性.结论 ATF3表达参与了膀胱尿路上皮癌的发病过程,进一步研究其功能有可能揭示膀胱癌的发病机制.     

乳腺癌中KIF4A基因表达的临床意义及基因富集分析

目的 探讨驱动蛋白超家族4A （kinesin family member 4A,KIF4A）在乳腺癌中的表达及与临床病理特征、预后的关系。方法 利用GEO数据库的GSE3494公共数据集和TCGA数据库的乳腺癌样本及其临床资料,采用χ²检验进行KIF4A与临床病理特征的相关性分析,Kaplan-Meier法进行生存分析。通过基因富集分析预测乳腺癌中高表达KIF4A所富集的基因集。结果 KIF4A在不同Elston组织学分级和TNM分期的乳腺癌肿瘤样本中表达差异有统计学意义（P=0.000）。GSE3494和TCGA数据库中KIF4A与ER水平、PR水平均显著相关（P=0.000）;与年龄仅TCGA数据库分析结果差异有统计学意义（P=0.000）。此外,GSE3494数据集中,KIF4A与肿瘤大小、淋巴结浸润均显著相关（P=0.000）;TCGA数据库中,KIF4A仅与T分期显著相关（P=0.000）,与N分期（P=0.081）、M分期（P=0.372）均不相关。KIF4A高表达的乳腺癌患者预后较差,其疾病特异生存期（P=0.001）和总体生存率（P=0.005）均远低于KIF4A低表达患者,且富集了与细胞分裂、细胞周期调控、DNA复制及DNA损伤修复有关的基因集。结论 KIF4A与乳腺癌多个临床病理指标相关,可作为潜在的乳腺癌预后标志物和治疗靶标进一步研究。     

基于WGCNA联合LASSO筛选宫颈癌预后枢纽基因

目的 运用生物信息学方法筛选宫颈癌预后相关的分子标志物,为宫颈癌的预后预测提供依据。方法 从GEO、TCGA和GTEx数据库下载宫颈癌转录组表达数据和相应的临床数据。在GSE9750和GSE52903数据集中,通过WGCNA和LASSO两种方法联合筛选宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选与预后相关的枢纽基因。在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中比较预后相关的枢纽基因在宫颈癌和正常宫颈组织中的表达情况,并在HPA数据库中验证其蛋白水平的表达。利用ssGSEA分析宫颈癌肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)中免疫细胞浸润情况,探究预后相关的枢纽基因与免疫细胞浸润和免疫检查点基因表达的相关性。结果 WGCNA和LASSO两种方法共筛选出7个宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选得到3个预后相关的枢纽基因MCM2、APOD和RAD54L。在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中,与正常宫颈组织比较,MCM2和RAD54L在宫颈癌组织中表达上调,而APOD则表达下调,与HPA数据库中免疫组化结果基本一致。3个预后相关的枢纽基因与免疫细胞和免疫检查点的表达有相关性。结论MCM2、APOD和RAD54L基因可能是与宫颈癌预后相关的分子标志物,与TME中免疫浸润相关。     

基于免疫细胞浸润评分实现膀胱癌分型及预后风险评估

目的:基于免疫细胞浸润评分实现膀胱癌患者分型并构建预后风险评估模型。方法:首先从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载膀胱癌患者的转录组数据和临床数据。然后,采用单样本基因集富集分析方法计算16种免疫细胞的浸润评分。接着,通过无监督聚类实现膀胱癌患者的分型并分析不同分型的患者对免疫治疗和化疗药物敏感性的差异。随后,通过加权相关网络分析（WGCNA）识别与关键免疫细胞浸润显著相关的关键模块,并提取模块内的关键基因。最后,构建并验证膀胱癌预后相关的风险评分模型,并结合患者临床特征构建列线图并进行验证。结果:计算得到正常组织和肿瘤组织的免疫细胞浸润评分,确定B细胞、肥大细胞、中性粒细胞、辅助性T细胞和肿瘤浸润淋巴细胞为膀胱癌的关键免疫细胞。基于免疫细胞浸润评分将膀胱癌患者聚类为两类（聚类1′和聚类2）。与聚类1′患者比较,聚类2患者更能从免疫治疗中获益（P<0.05）,且聚类2患者对恩贝酸、多西他赛、环巴胺和阿卡地新更为敏感（P<0.05）。通过WGCNA筛选出35个与关键免疫细胞相关的基因,经LASSO Cox回归进一步筛选出四个与膀胱癌预后相关的基因（GPR171、HOXB3、...     

结肠癌中SLC11A1基因的表达及其临床意义

目的:探讨多个结肠癌数据集中SLC11A1的表达情况及其与结肠癌临床预后的关系,以及在结肠癌肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)中的潜在作用。方法:利用肿瘤基因表达图谱(the cancer genome atlas,TCGA)及基因表达汇编(gene expression omnibus,GEO)汇总结肠癌相关数据,分析SLC11A1表达及其与结肠癌临床预后关系,同时使用ESTIMATE算法和单样本基因集富集分析(single-sample gene-set enrichment analysis,ssGSEA)算法,探索SLC11A1与TME中免疫细胞浸润之间的关联。结果:在TCGA、GEO数据集中,SLC11A1表达在肿瘤中增高(P<0.001),其高表达是结肠癌患者总体生存(overall survival,OS)的独立危险因素,且SLC11A1与肿瘤相关巨噬细胞(tumor associated macrophages,TAMs)和M2型巨噬细胞的浸润、聚集密切相关。进一步分析发现,其与CD8+T细胞抑制剂TGFB1和CXCL12及其受体的...     

补体C3a受体1与低级别胶质瘤预后及免疫细胞浸润的关系

目的 借助癌症基因组图谱(TCGA)数据库研究低级别胶质瘤(LGG)组织中补体C3a受体1(C3AR1)的表达水平及其与LGG患者预后及肿瘤免疫细胞浸润的关系.方法 从TCGA数据库下载514例LGG患者的基因表达谱数据和临床信息.比较C3AR1基因在LGG组织和正常组织中的表达水平,分析不同WHO分级LGG组织样本中C3AR1基因的表达量及与患者预后的关系,分析LGG患者临床特征和C3AR1基因表达水平对患者预后的影响,分析LGG组织中C3AR1基因表达与肿瘤免疫细胞浸润的相关性及免疫细胞浸润水平对患者预后的影响.对与C3AR1基因表达呈正相关的基因群进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果 LGG组织中C3AR1基因表达水平高于正常组织(P<0.05).C3AR1基因在WHOⅢ级LGG组织中的表达高于WHOⅡ级(P<0.05),C3AR1基因低表达组患者的预后优于高表达组(HR=1.7,95％CI 1.1～2.4,P=0.0036).患者年龄、LGG级别和C3AR1基因表达水平是LGG的独立预后因素(P均<0.01).C3AR1基因的表达水平与LGG的免疫细胞浸润水平呈正相关(P均<0.01),且后者影响LGG患者预后.与C3AR1基因表达呈正相关基因群的干扰素 γ介导的信号通路、Ig/主要组织相容性复合体(MHC)保守位点、Ig样Cl型结构域、MHCⅠ/Ⅱ类抗原识别蛋白、连接肽特定区域、Toll样受体信号通路等多条通路参与调控LGG.结论 C3AR1与LGG的预后和免疫细胞浸润有关,可能成为LGG分级诊断、免疫治疗和预后判断的生物标志物.     

人膀胱癌原癌基因C—erbB—2蛋白产物的表达意义

用免疫组化ABC法对56例膀胱癌和14例正常膛胱组织进行癌基因C-erbB-2蛋白产物研究，结果表明：35％的膀胱癌显示阳性反应，正常膀胱组织呈阴性反应。其阳性表达率与肿瘤病理分级，临床分期及预后及方面差异有显著性（P＜0．01），此外，阳性表达者肿瘤易复杂，提示：C－erbB-2蛋白产物对判定膀胱癌恶性程度，浸润深度及预后有重要参考价值。     

基于生物信息学分析剪接因子SRSF11在胃癌中的表达及临床意义

目的 基于数据库分析剪接因子SRSF11在胃癌中的表达及其与临床病理特征、预后的关系，并探讨相关机制。方法 基于癌症基因组图谱（TCGA）、基因表达综合（GEO）数据库分析SRSF11在胃癌中的表达情况；利用UALCAN、KM Plotter评估SRSF11表达与临床病理特征、预后的关系；利用TIMER工具分析SRSF11表达对肿瘤微环境免疫细胞浸润的影响；结合TCGA spliceSeq中可变剪接数据和RNA-seq数据分析SRSF11调控的可变剪接事件和基因，并对靶基因进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果 胃癌组织中SRSF11表达明显上调（P <0.05），且与患者淋巴结转移和TP53基因突变有关（P <0.05）;SRSF11高表达与胃癌患者预后不良相关（P <0.001）;SRSF11表达可影响胃癌中多种免疫细胞的浸润水平，巨噬细胞高浸润量与患者预后不良相关（P <0.05）；靶基因KEGG富集分析显示主要参与病毒感染、溶酶体、三磷酸腺苷结合盒转运体和肿瘤相关信号通路等。结论 SRSF11在胃癌组织中呈现高表达，且...     

基于生物信息学分析SSX1与卵巢癌预后及免疫细胞浸润的关系

目的 探究SSX1在卵巢癌（OV）中的表达水平、预后价值及与免疫细胞浸润的相关性。方法 基于癌症基因组图谱数据库（TCGA）、基因型组织表达（GTEx）数据库分析SSX1 mRNA在卵巢癌组织及正常卵巢组织中的表达差异。利用Kaplan-Meier(KM)plotter及COX回归评估SSX1在卵巢癌中的预后价值,利用TIMER2.0网站分析SSX1与卵巢癌患者免疫细胞浸润的相关性。结果 SSX1 mRNA在卵巢癌的表达水平明显高于正常卵巢组织（P<0.01）;Kaplan-Meier plotter和COX回归模型分析显示高表达SSX1与OV患者预后不良存在相关性（P=0.0013）,且SSX1高表达是OV患者预后的独立危险因素。免疫浸润结果显示,SSX1表达与多种免疫浸润细胞呈负相关。结论 通过生物信息学的数据挖掘发现SSX1在OV中高表达,且与OV患者的预后及免疫细胞浸润存在相关性。     

膀胱尿路上皮癌组织中TWIST蛋白表达及其临床意义

目的:探讨TWIST在膀胱癌组织中的表达情况,并分析其与临床病理特征及复发的关系。方法:膀胱尿路上皮癌标本65例,正常膀胱组织标本8例,采用免疫组织化学方法检测两组标本组织中TWIST蛋白的表达,并结合临床资料进行分析。结果:65例膀胱癌组织和8例正常膀胱组织中TWIST阳性率分别为69.2%(45/65)和0,TWIST蛋白在膀胱癌组织中的表达水平与患者的年龄、性别及肿瘤的数目无关(U值分别为0.780、1.122、0.810,P>0.05),但与膀胱癌组织的组织分化程度、肿瘤的分期以及复发具有显著相关性(U值分别为8.375、3.277、2.255,P<0.05)。随着膀胱癌细胞分化越差,浸润越深,TWIST蛋白染色阳性率逐渐上升,TWIST阳性率升高,提示复发风险增加。结论:TWIST蛋白表达在膀胱癌组织中明显高于正常组织,TWIST蛋白表达与膀胱癌的分级、分期、复发有关,与患者年龄、性别、肿瘤数目无相关性。检测TWIST蛋白有助于膀胱癌的诊断与预后的评估。     

生物信息学分析MGP基因在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤免疫浸润和患者预后的关系

 目的 应用生物信息学方法探讨羧基谷氨酸蛋白（matrix gamma linolenic acid protein,MGP）基因在卵巢癌组织中的表达情况,并分析MGP与肿瘤免疫浸润及患者预后的关系。方法 通过The Cancer Genome Atlas（TCGA）和Genotype-Tissue Expression（GTEx）数据库比较MGP mRNA在卵巢癌患者与正常卵巢组织中的表达差异。通过Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）方法分析MGP是否参与调控信号通路。使用Tumor IMmune Estimation Resource（TIMER）网站分析卵巢癌患者中MGP基因表达情况与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关系,并进一步验证其与卵巢癌患者预后的关系。结果 与正常卵巢组织相比,MGP mRNA在卵巢癌组织中低表达;MGP高表达的卵巢癌组织样本显著富集在自然杀伤细胞介导细胞毒性、CCR5、NKT、IL-17、TH1/TH2等相关信号通路上。在卵巢癌组织中,MGP表达水平与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。Kaplan-Meier和log-rank检验结果显示,CD4+ T细胞、巨噬细胞浸润水平和MGP表达水平与患者预后密切相关（P < 0.05）。COX回归模型分析显示,患者年龄、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平、MGP表达水平与患者预后呈正相关,而CD8、CD4 T细胞浸润水平与患者预后呈负相关（P < 0.05）。结论 在卵巢癌组织中,MGP高表达与患者预后差密切相关,MGP高表达与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。     

ARID1A表达与肝内胆管癌免疫细胞浸润及预后的相互关系研究

目的:探讨ARID1A基因的表达与肝内胆管癌免疫细胞浸润的关系及预后分析。方法:纳入2011年1月—2017年12月天津医科大学肿瘤医院接受手术治疗的136例肝内胆管癌患者,收集患者的临床资料和病理组织标本,构建组织微阵列芯片,采用免疫组织化学染色方法检测ARID1A表达和不同类型的免疫细胞浸润程度。分析ARID1A基因的预后价值、临床特征和免疫细胞浸润的关系。通过在线数据库评估ARID1A拷贝数与多种肿瘤免疫细胞浸润关系。结果:136例肝内胆管癌患者中ARID1A在108例（79.4%）中表达,而在28例（20.6%）中表达缺失。与癌旁组织相比,CD4+、CD8+T淋巴细胞和CD163+巨噬细胞在肿瘤组织中浸润明显减少（t=6.962、7.364、7.905,均P<0.000 1）,而CD66b+中性粒细胞在肿瘤组织浸润明显增加（t=4.093,P<0.000 1）。在ARID1A表达缺失组和ARID1A表达组中CD163+巨噬细胞的浸润水平与生存呈负相关（log-rank ?字2=5.399、6.376,P=0.02、0.012）。ARID1A的表达与肝硬化呈正相关（ ?字2=7.126,P<0.01）。与ARID1A表达组相比,CD4+T淋巴细胞、CD8+T淋巴细胞和CD163+巨噬细胞在ARID1A表达缺失的肝内胆管癌中的浸润水平明显降低（t=2.174、1.998、2.162,均P<0.05）。通过TIMER在线数据库分析发现在乳腺癌basal-like型和低级胶质瘤中,ARID1A拷贝数缺失与多数免疫细胞浸润水平降低相关（P<0.05）。结论:在肝内胆管癌中,ARID1A表达缺失与肿瘤微环境中CD4+、CD8+T淋巴细胞和CD163+巨噬细胞浸润降低相关,而CD163+巨噬细胞的浸润与生存预后呈负相关。