pcDNA3.1载体对内参基因表达影响分析

目的:研究转染质粒pcDNA3.1对内参基因表达影响差别,为今后在采用pcDNA3.1载体进行表达分析时内参基因的选择提供参考.方法:选用HepG2、HEK293、Hela、A549、QGY共5种细胞转染pcDNA3.1空载体质粒,转染后48 h提取细胞总RNA荧光定量PCR法比较内参基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶(Glyceraldehyde-3-phosphste dehydrogenase,GAPDH)、肌动蛋白(β-actin)、18sRNA表达水平差异,提取细胞总蛋白,检测GAPDH、β-actin表达水平差异.结果:5种细胞在转染质粒pcDNA3.1后,内参基因转录和蛋白表达均出现不同程度的下降,其中以β-actin下降最为明显,GAPDH及18sRNA在转录水平下降幅度小,且下降程度接近.结论:pcDNA3.1质粒转染造成基因表达非特异性抑制,其中对管家基因β-actin影响较大,因此在应用pcDNA3.1来源载体进行基因功能分析时,不推荐使用β-actin作为内参基因.     

口腔鳞癌组织中脂肪酸合酶基因表达的实时定量研究

目的建立口腔鳞癌组织中脂肪酸合酶(FAS)基因表达的相对定量实时PCR(real-time quantitative,PCR)检测,探讨口腔癌中FAS表达的临床意义.方法利用实时定量PCR法测定18例口腔癌患者新鲜癌组织和口腔正常组织标本中FAS表达情况,结合内参照GAPDH基因进行相对定量分析.结果FAS在癌组织中高表达,鳞癌组织中FAS基因表达值为1.42±0.51(FAS/GAPDH),正常口腔组织中FAS基因表达值为1.23±0.50,两组间差异有统计学显著意义(P＜0.01).癌组织分化程度与FAS表达水平没有明显关系.结论实时定量PCR方法能够对口腔鳞癌组织FAS的表达水平进行定量分析,癌组织和口腔正常组织中的FAS表达有显著差异.     

多种肿瘤组织中Nucleostemin基因表达的检测及意义

目的:检测 Nucleostemin (NS)基因在多种肿瘤组织中的表达情况.方法:收集包括乳腺癌、卵巢癌、食管癌、胃癌等十几种肿瘤标本,试剂盒法提取组织总RNA,以GAPDH作为内参基因,用半定量RT-PCR方法检测NS基因在肿瘤组织中的表达情况.结果:所有肿瘤组织中皆有NS基因表达.结论:NS基因表达在肿瘤组织中普遍表达,NS基因可能参与了肿瘤细胞的增殖调控.     

垂体腺瘤组织和瘤周正常垂体组织基因表达系列分析文库的构建和初步分析

目的探讨垂体腺瘤组织和瘤周正常垂体组织中基因表达特点及差异。方法采用基因表达系列分析方法(serialanalysisofgeneexpression,SAGE)分别构建垂体腺瘤组织和瘤周正常垂体组织的SAGE文库,在两个SAGE库中各挑取40个阳性克隆测序,用SAGE2000软件对序列文件进行分析并与美国国立卫生研究院的SAGEmap进行数据比较,从而了解不同组织基因表达情况。结果在瘤周正常垂体组织的40个序列文件中提取到655个基因标签,可确认代表43个不同的基因;垂体腺瘤组织的40个序列文件中提取到737个基因标签,可确认代表53个不同的基因,这些基因标签中有13个是以往未报道的新的基因标签。瘤周正常垂体组织和垂体腺瘤组织中与垂体激素分泌及能量代谢有关的一些基因表达水平较高。两种组织中均有生长因子和细胞因子的表达,其中包括与免疫系统有关的细胞因子。但是,瘤周正常垂体组织和垂体腺瘤组织基因表达又存在明显差异,分别有31个和5个基因标签仅在特定组织中检测到。结论瘤周正常垂体组织和垂体腺瘤组织中都存在与垂体激素分泌及能量代谢有关的一些基因的高表达以及生长因子和细胞因子的表达,同时两种组织基因表达又存在明显差异。用SAGE方法既能较完整地获得基因表达丰度的量化信息,又可以发现新基因。     

胃癌中TGFβ1和Smad7 mRNA的表达及临床意义

目的:研究转化生长因子β1(TGFβ1)和Smad7 mRNA在胃癌组织中的表达及临床病理意义。方法:收集胃癌组织标本60例,正常胃组织20例作为对照组,实时聚合酶链反应(RT-PCR)技术检测TGFβ1,Smad7在正常胃组织及胃癌组织中的mRNA水平。结果:在胃癌组织中,TGFβ1和Smad7mRNA水平明显高于正常胃组织(P<0.05)。低分化胃癌组织中TGFβ1和Smad7 mRNA水平明显高于高中分化胃癌组织(P<0.05)。结论:正常胃组织和胃癌组织中比较TGFβ1和Smad7 mRNA的表达差异有显著性,且TGFβ1和Smad7 mRNA的表达与胃癌的分化程度有关。     

基于生物信息学分析SUFU基因在胃癌组织中的表达及意义

目的:多种数据库结合Real-time PCR实验分析SUFU基因在胃癌组织中的表达情况，并探讨其表达差异的临床意义。方法:利用Oncomine数据库分析SUFU基因在胃癌中的表达情况，TGCA数据库在线工具UALCAN分析SUFU基因在正常胃组织和胃癌组织中表达差异及与胃癌临床病理特征的关系，Kaplan-Meier Plotter数据库分析SUFU基因表达与胃癌患者预后的相关性，并收集临床样本，通过PCR实验进行验证。结果:对Oncomine数据库中12项关于胃癌的研究进行Meta分析，SUFU差异表达基因中位数排名为1560.0,P=0.002,其中5项研究显示SUFU在胃癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织。UALCAN同样显示SUFU在胃癌组织中高表达，并且SUFU高表达与患者的年龄及肿瘤分化程度相关：低龄组SUFU表达水平高于高龄组；低分化组中SUFU的表达水平高于高分化组及中分化组(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库显示SUFU表达水平与胃癌患者预后显著相关(P<0.05),SUFU高表达患者总生存率低于低表达患者。PCR实验也验证S...     

多种高通量表达谱数据分析方法筛选大肠癌相关基因

【目的】联合多种表达谱数据分析方法,筛选大肠癌组织与正常大肠组织间的差异表达基因,寻找潜在的可能用于临床诊断与治疗的基因标志。【方法】应用CGAP数据库中的EST数据和SAGE数据筛选大肠癌相关基因,用v Northern对所选基因进行进一步筛选,然后与GEO中大肠组织基因表达谱芯片数据比较,得到表达一致的差异基因。进一步采用Real-time PCR在正常大肠组织和大肠癌组织中进行验证。【结果】应用c DNA DGED和SAGE DGED工具分别筛选出210个和216个基因,经v Northern分析,共获得68个差异表达基因,同芯片数据比较分析,获得3个候选基因(KLF6、FXYD3、BRI3),其中KLF6、FXYD3在大肠癌中表达下调(为正常大肠组织的0.34倍,0.18倍),BRI3在大肠癌中表达上调(为正常大肠组织的3.62倍)。Real-time PCR结果与联合多种表达谱数据分析结果一致。【结论】联合高通量表达谱数据库资源,结合多种数据分析方法,能快速高效地筛选可靠的大肠癌相关基因,对筛选基因进行实验验证,可能为大肠癌的临床诊断与治疗提供有价值的新的基因标志。     

一组与胃黏膜病变演化及早期癌变相关基因的鉴定及生物学意义

目的:鉴定能够特异性识别肿瘤生物学行为和预测肿瘤早期发生的分子标志谱,为胃癌早期诊断和有效防治提供实验依据和理论基础.方法:利用优化的70 mer的22K-Oligo基因芯片杂交和生物信息学分析,建立了胃癌(gastric cancer,GC)和癌旁形态学正常组织(normal appearing tissue,NAT)差异基因表达谱.通过设立以混合的正常胃黏膜组织作为共同参照(common reference,CR),将胃癌和配对癌旁形态学正常组织表达无明显差别的一类基因分离出来,这些基因主要是参与细胞增殖、代谢和分化过程的调控.在此基础上鉴定出一组与胃黏膜病变演化和细胞癌变早期相关的差异表达基因.结果:利用半定量RT-PCR,免疫组织化学染色方法对差异表达基因进行了验证,获得了与芯片表达谱数据一致的结果.进一步的生物信息学分析和实验研究明确了3个有代表性的基因(EGR1、CYR61和ADAMTS1)在胃癌及癌旁形态学正常组织、异型增生、肠上皮化生和非癌患者正常胃黏膜组织中的表达变化.癌和配对形态学正常组织表达水平未见明显差异的这一组基因,在肠化和异型增生组织中,mRNA表达水平明显高于正常胃黏膜组织.结论:肿瘤患者癌旁形态学正常组织中的基因表达模式已经发生了改变.EGR1、CYR61和ADAMTS1基因过量表达参与胃黏膜病变的演化过程,这一组基因的异常表达可能是胃癌发生的早期事件之一.     

半定量RT-PCR法检测TLR4在人大肠癌中的表达

目的研究TLR4 mRNA在人大肠癌组织和正常肠道组织之间的差异性表达,探讨TLR4同肠道肿瘤之间的关联性。方法以GAPDH为内参,运用半定量RT-PCR技术检测24例正常大肠组织标本和24例新鲜大肠癌组织标本中TLR4、CD14、MD2、TGF-β和VEGF因子表达水平,应用多媒体图象分析软件进行分析和比较。结果TLR4、MD2、CD14、TGF-β和VEGF在肿瘤组织中的表达量均比在正常组织中的表达量增强,并且TLR4与TGF-β、VEGF之间表达存在较强的关联性（r〉0.838,P〈0.01）。结论人大肠组织中TLR4表达量与肿瘤的发生具有一定的相关性,推测可能诱导肿瘤相关细胞因子和趋化因子的产生。     

翼状胬肉中IL-6、TNF-α基因的表达

目的:探讨翼状胬肉中IL-6、TNF-α基因表达与正常球结膜组织的差异。方法:收集手术中切除的翼状胬肉及正常球结膜组织。Trizol法提取组织总RNA,逆转录出c DNA,PCR扩增IL-6、TNF-α及管家基因β-Actin,PCR扩增产物经电泳及图像分析比较这两个基因的表达差异。同时制备组织匀浆蛋白定量标化后,ELISA法测定组织中两个细胞因子的水平。结果:RT-PCR对22例正常球结膜组织及28例翼状胬肉的结果经琼脂糖电泳及Image-pro Express软件分析,结果显示翼状胬肉组织中的IL-6、TNF-αmRNA表达水平显著高于正常球结膜组织(P<0.01)。ELISA分析结果经蛋白含量校正后的结果表明翼状胬肉组织中的IL-6、TNF-α蛋白质表达水平显著高于正常球结膜组织(P<0.01)。结论:翼状胬肉IL-6、TNF-α基因表达较正常球结膜组织显著增加。IL-6、TNF-α可能是翼状胬肉发病的重要环节之一。     

结直肠癌组织定量RT-PCR分析中内参基因的选择

目的:筛选适用于结直肠癌组织样本的内源性参照基因?方法:以10例结直肠癌患者组织总RNA为研究材料,采用实时定量RT-PCR检测GAPDH?ACTINB?UBC?HRPT1和18S rRNA这5个候选内参基因的表达量,应用geNorm和NormFinder两种软件分析选择最佳内参基因?结果:geNorm软件发现GAPDH与ACTINB的M值相对最小,为最佳内参基因组合,18S rRNA的M值最大,稳定度最低;而NormFinder软件分析认为GAPDH表达稳定性最佳,UBC次之?结论:适用于结直肠癌组织样本RT-PCR实验的内参基因为GAPDH,最佳组合为GAPDH与ACTINB,而18S rRNA及HRPT1不是合适的内参基因?     

血管内皮生长因子m-RNA表达与大肠癌生长转移的关系

目的 :探讨血管内皮生长因子表达与大肠癌组织的生长、侵袭和转移关系。方法 :应用逆转录聚合酶链(RT- PCR)法 ,对 2 3例大肠癌组织、远癌组织及 16例结肠息肉的血管内皮生长因子基因进行扩增。结果 :2 3例大肠癌组血管内皮生长因子 m RNA阳性率 6 5 .2 2 % ,明显高于远癌组 (2 1.74 % )及结肠息肉组 (18.75 % )。差异有显著性 (P<0 .0 1)。且与大肠癌临床病理分期有关。结论 :血管内皮生长因子 m RNA可作为大肠癌生长、侵袭和转移的临床预后判断指标     

胶原类基因mRNA在口腔鳞癌组织中的表达

摘要：目的研究胶原类基因COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL4A2、COL5A2 mRNA在口腔鳞状细胞癌（OSCC）及配对
正常口腔黏膜组织中的表达及意义。方法采用RT-PCR方法检测30例OSCC患者肿瘤组织及其配对的正常口腔黏膜中
胶原基因COL1A1、COL1A2、COL4A1、COL4A2、COL5A2 mRNA的表达;所得数据采用SAS6.12软件包进行t检验。结
果RT-PCR 检测结果表明,COL1A1 mRNA在OSCC 中的表达较其对照粘膜表达上调2.78 倍（P<0.001）。COL1A2、
COL4A1、COL4A2、COL5A2 mRNA在OSCC中的表达较其对照黏膜分别上调1.07、1.15、1.27、1.16 倍（P>0.05）。结论
在OSCC癌变过程中,COL1A1 mRNA过表达,可能是OSCC的一个靶基因;COL1A1在OSCC分类诊断中有应用价值。     

食管癌及癌旁组织中p53、MDR基因改变的研究

目的 :探讨食管癌及癌旁组织中 p53、MDR基因的表达及其临床意义。 方法 :采用免疫组化ABC法及逆转录一聚合酶链反应的方法 ,对 50例食管癌和 37例癌旁组织中p53、MDR基因的表达情况进行检测。结果 :p53基因蛋白在食管癌中有显著表达 70 % (35/ 50 ) ,癌旁组织中有表达 62 % (2 3/37) ;其中在正常组织中占 36 % (5/ 1 4 ) ,在非典型增生中占 78% (1 8/ 2 3)。MDR基因在食管癌高、中、低分化中的表达水平有极显著意义 ,癌与正常组织中有极显著意义。在不同年龄、性别、肿瘤大小上 p53、MDR基因的表达无显著意义。结论 :p53、MDR基因在食管癌中均呈高水平表达 ,癌旁组织中MDR有表达 ,p53基因突变早于组织形态学改变     

人胃癌相关蛋白VRG107基因的扩增及组织表达初步研究

以正常人肝脏cDNA文库为模板,采用PCR方法扩增出编码胃癌相关蛋白VRG107基因片段,应用半定量RT-PCR和Northern印迹分析研究它在人体组织中表达的分布。结果表明VRG107基因编码区为297 bp,与文献报道完全相同。该基因在肝、胃、结肠、肾、乳腺等多种组织(包括肿瘤组织)中均有不同程度的表达。在肝癌组织中表达量明显少于癌旁组织(P<0.01),而在结肠癌组织中表达也少于癌旁组织。提示VRG107基因是一个组织分布广泛的基因,在部分肿瘤组织中表达量明显减少。     

胃癌及癌前病变组织中MUC6核粘蛋白的表达及其意义

目的　探讨正常胃粘膜、癌前病变组织以及胃癌组织中MUC6核粘蛋白的表达规律 ,及其与患者临床病理因素之间的联系。方法　应用兔抗人MUC6核粘蛋白的抗体和免疫组织化学SP法检测人正常胃粘膜 (n =10 )、癌前病变肠上皮化生粘膜 (n =2 9)和胃癌组织 (n =47)中MUC6核粘蛋白的表达。结果　人正常胃粘膜中胃腺的基底部广泛分布MUC6核粘蛋白 (10 0 % ) ,而肠上皮化生、不典型增生和胃癌组织中的表达阳性率分别为 13 .8%、70 %、44.7%。胃癌组织中MUC6核粘蛋白的表达与胃癌患者的性别、肿瘤的部位和大小、淋巴结转移、肿瘤的分化与浸润、临床分期和Lauren氏分型之间差异无显著性 (P >0 .0 5 )。结论　MUC6基因是组成胃粘膜的粘蛋白基因之一 ,在胃癌前病变和胃癌组织中的表达呈下调趋势 ,但与患者的一些临床病理指标之间不存在关联。     

胃癌淋巴结转移相关基因差异表达分析

[目的]探讨胃癌淋巴结转移过程中相关基因群的表达和功能。[方法]从6例胃癌患者分别抽取胃癌和淋巴结转移组织的总RNA,采用逆转录的方法,制成cDNA链,并以两种荧光Cy5和Cy3标记后做探针,与含有14784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交。以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,进行计算机处理和分析,筛选出胃癌淋巴结转移组织中差异表达的基因,并用RT—PCR实验对部分差异表达基因进行验证。[结果]在14784条基因中,胃癌原发灶与淋巴结转移组织间存在差异表达的基因共80条,其中59条基因表达显著上调,21条基因表达显著下调。经RT-PCR验证,差异表达趋势与基因芯片技术检测的结果一致。[结论]胃癌组织和淋巴结转移组织之间存在多个差异表达的基因,胃癌淋巴结转移的发生与发展是多种相关基因表达失常所致。     

PTEN基因mRNA和蛋白表达与胃癌病理生物学行为的关系

目的 :观察PTEN基因在胃癌发展不同阶段中的表达 ,探讨其作用机制。方法 :采用RT PCR方法和SABC免疫组化方法 ,对 4 9例胃癌及其相应的癌旁非癌胃粘膜中PTENmRNA和PTEN蛋白表达进行检测。结果 :PTENmRNA在非癌粘膜、早期胃癌、进展期胃癌的阳性表达率分别为 76 .3% ,4 5 .5 % ,34.2 % ;PTEN蛋白的阳性表达率为 10 0 % ,6 3.6 % ,4 7.4 %。进展期胃癌与非癌粘膜比较差别均十分显著 (P <0 .0 1)。两种检测方法具有相关性 (P <0 .0 5 )。PTEN表达下调与胃癌淋巴结转移和临床分期相关 (P <0 .0 5 )。胃癌组织学恶性行为与PTEN表达相关 (P <0 .0 5 )。结论 :PTEN基因可能参与胃癌的侵袭和转移过程。     

胃肠癌中FHIT基因的异常表达

的：探讨FHIT基因与胃肠肿瘤的关系。方法：采用RT-PCR及PCR产物直接测序法,检测了26例胃癌组织和30例大肠癌组织及其配对正常组织的FHIT基因。结果：7例(26．9％)胃癌组织和8例(26.7％)大肠癌组织存在异常FHIT转录本,而配对正常组织均无异常FHIT转录本;测序证实异常转录本缺失1～3个FHIT外显子。结论：异常FHIT转录本的表达是胃肠肿瘤发生中常见的和特有的改变;FHIT基因异常与胃肠肿瘤的发生和发展有关。