玉溪市2010-2012年乙型流感流行病毒株的抗原性和基因特性分析

目的研究玉溪市2010-2012年乙型流感流行病毒株的抗原性和基因特点。方法通过MDCK细胞分离培养乙型流感病毒,血凝抑制试验检测其抗原性,RT-PCR克隆HA1基因,测序后通过软件MEG5.0进行基因进化研究,同时与WHO推荐的乙型流感病毒疫苗株进行比较。结果玉溪市乙型流感病毒的流行2010年以BV谱系为主,2011年BV和BY谱系同时流行,2012年以BY谱系为主。基因分析:BY系毒株与B/Wisconsin/01/2010的碱基同源性在99.5%~99.7%之间;BV系毒株与B/Brisbane/60/2008碱基同源性在98.7%~99.1%之间。与疫苗株比较,流行株发生了氨基酸替换。结论建议2012年玉溪市使用WHO推荐疫苗株B/Wisconsin/01/2010进行乙型流感病毒流行的防控和储备。     

浙江省乙型流感病毒HA1基因分析

目的：了解浙江省近几年乙型流感病毒的基因变异情况和WHO推荐流感疫苗株对浙江省人体的保护情况。方法：采集浙江省类流感样本进行流感病毒的分离和鉴定，并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取，采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定，用DNAMAN和BioEdit生物软件对测序结果进行分析处理，并与WHO推荐疫苗株基因进行比对。结果：分离到Yamagata系和Victoria系两个进化系的乙型流感病毒，两系毒株均未发现核苷酸的丢失和插入，糖基化位点没有太大改变。毒株之间核苷酸的同源性为95.25%，氨基酸的同源性为95.28%。Yamagata系毒株HA1区域核苷酸序列长度为1038 bp，推导的氨基酸序列长度为346个，氨基酸变异替换数在6-8之间；Victoria系毒株HA1区域的核苷酸序列长度为1041 bp，推导的氨基酸序列长度为347个，氨基酸变异替换数在2-8之间，相比Yamagata系毒株在163位上都多1个天冬酰胺（N）。基因进化树上可见明显的Yamagata系和Victoria系两个分支。结论：浙江省人群交替流行着Yamagata系和Victoria系两个抗原性不同的进化系的乙型流感病毒，病毒的基因发生了变异，抗原已发生漂移。2001、2006两年WHO推荐乙型流感疫苗株与我省当年流行株为不同谱系毒株，预防保护效果不够理想，其余年份为同一谱系毒株，预防保护效果较好。     

2018-2019年广西A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区2018-2019年人群A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性.方法 对2018-2019年广西分离的199株A(H1N1) pdm09亚型流感病毒株用血凝抑制试验进行抗原分析,并对其中的15株进行HA基因序列测定分析.结果 抗原分析的199毒株中有196株与疫苗株A/Michigan/45/2015类似,占98.49％.广西15株毒株的HA基因核苷酸序列与疫苗株A/Michigan/45/2015的同源性为97.83％～98.50％,氨基酸同源性为98.19％～99.10％.与疫苗株相比,广西15株毒株HA基因均存在S74R、S164T和I295V 3个氨基酸位点变异.广西毒株与疫苗株HA1的糖基化位点预测结果一致.系统进化显示广西毒株与疫苗株的HA基因均属于6B.1分支.结论 2018-2019年广西流行的A (H1N1) pdm09亚型流感病毒与疫苗株A/Michigan/45/2015组分匹配良好.     

连云港地区2017—2018年乙型流感病毒HA1基因特征分析

目的了解连云港地区2017—2018年乙型流感病毒表面血凝素HA1基因特征及抗原变异情况。方法随机选取2017—2018年连云港地区分离的6株乙型流感病毒株,用一步RT-PCR法对HA1基因进行扩增测序,采用Lasergene软件包中MegAlign进行核苷酸和氨基酸同源性分析,用MEGA6.0软件进行基因种系进化分析。结果 2017—2018年连云港地区人群中同时流行着乙型Yamagata系和Victoria系毒株。分离的Yamagata系毒株与B/Brisbane/9/2014比较,在血凝素基因HA1区发生3个氨基酸替换,在248位少了一个糖基化位点;分离的Victoria系毒株与B/Brisbane/63/2014、B/Florida/33/2014比较,在血凝素基因HA1区发生6个氨基酸替换,在248位增加一个糖基化位点。结论连云港地区人群中流行的乙型流感病毒与疫苗推荐株相比,基因特性已发生一定改变。     

四川省2006年B型流感病毒抗原性及基因特性研究

[目的]阐明2006年四川省流行的B型流感病毒血凝素抗原性及其基因变异情况。[方法]对2006年分离的B型毒株进行单向血凝抑制实验,再将病毒株进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因进化特性分析。[结果]2006年四川省人群中同时流行着B型Victoria系和Yamagata系毒株。Victoria系毒株与B/Hongkong/330/2001比较,病毒单向血凝抑制效价均有4倍以上差异,并且在HA1区发生8个氨基酸替换,在197位增加一个糖基化位点。Yamagata系毒株与B/Shanghai/361/2002比较,病毒单向血凝抑制效价均有4倍以上差异,并且在血凝素基因HA1区有7个氨基酸位点发生改变,在196位增加一个糖基化位点。[结论]四川省2006年B型流感病毒的抗原性与B/Hongkong/330/2001、B/Shanghai/361/2002相比已经发生了变化。     

河北省甲3亚型流感病毒分离株HA1基因变异分析

目的 研究河北省2005-2008年甲3亚型流感病毒HA1基因变异特征.方法 选取河北省2005-2008年分离的甲3亚型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用生物信息软件对测序结果进行分析处理.结果 2005-2006年分离株与当年疫苗株A/California/7/2004比较,在其HA1蛋白分子上有6个氨基酸位点发生替换;2006-2007年分离株与当年疫苗株A/Hiroshima/52/2005比较,有4个氨基酸位点发生替换;2007-2008年分离株与当年疫苗株A/Wisconsin/67/2005比较,有8个氨基酸位点发生替换,且与前两个流行期的分离株比较存在4、6个氨基酸位点差异.基因进化树上,同一流行期分离株基本呈集中分布,每个流行期分离株均远离当年疫苗株.结论 河北省2005-2008年分离的甲3亚型流感病毒HAl基因发生了变异,在HA1氨基酸序列的进化亲缘关系结构上具有同流行期相近的特征.     

湖州市乙型流感病毒HA1基因分析

目的:了解湖州市乙型流感病毒的基因变异情况和WHO推荐流感疫苗株对湖州市人体的保护情况。方法:采集类流感样本进行流感病毒的分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1。基因核苷酸序列测定,用DNAMAN和MegAlign生物软件对测序结果进行分析处理,并与WHO推荐疫苗株基因进行比对。结果:分离到的毒株为Victoria系的乙型流感病毒,未发现核苷酸的丢失和插入,糖基化位点没有太大改变。毒株HA1区域的核苷酸序列长度为1015 bp,推导的氨基酸序列长度为339个,相比Yamagata系毒株在163位上都多1个天冬酰胺(N)。结论:2010年WHO推荐乙型流感疫苗株与湖州市的流行株为同一谱系毒株,预防保护效果较好。     

1999-2012年浙江省乙型流行性感冒病毒血凝素与三个内部基因的变异分析

目的 探讨乙型流行性感冒病毒(简称乙型流感病毒)分离株血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)、基质蛋白(matrix protein,M)和非结构蛋白(nonstructural protein,NS)基因的分子变异特征.方法 选取浙江省1999-2012年乙型流感病毒分离代表株31株,进行HA重链区(HA1)、NP、M和NS基因测序,并构建基因进化树,估算此4个基因的核苷酸进化速率并分析其氨基酸变异位点.结果 31株乙型流感病毒分离株在HA1基因进化树上分别处于Victoria系和Yamagata系两大分支,分别以B/Victoria/2/87和B/Yamagata/16/88为代表.2010年之后Victoria系分离株的NP基因与Yamagata系毒株高度同源,处于同一进化分支.估算HA1 、NP、M和NS基因的核苷酸年进化速率分别为2.29×10-3、1.39×10-3、1.78×10-3、1.30×10-3/位点.Victoria系分离株HA1氨基酸重要变异位点主要包括K48E、L58P 、N75K 、K80R、K129N/S、N165K、S172P、S197N/D和A202V,Yamagata系分离株HA1的变异位点包括R48K、S150I、N166Y、N203S、G230D和D233N.2010年之后的Victoria系分离株NP氨基酸序列与Yamagata系毒株类似,与之前的毒株存在4个特征性氨基酸位点的变异,分别为A60D、L233V、N513S和V534I.结论 1999-2012年浙江省乙型流感病毒分离株发生明显变异,表面抗原基因HA1进化速度快于内部基因,基因重配和基因突变是病毒发生变异的主要机制.     

湖南省2004年流感病毒优势流行毒株甲3亚型基因特性分析

目的：了解2004年湖南省流感病毒优势流行毒株甲3亚型的基因特性变异特征。方法：取病原学监测中分离到的13株甲3亚型流感病毒毒株，经鉴定后用鸡胚传代，收获尿囊液提取病毒RNA，进行逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR），扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序；测序结果使用Flu Sequence DatasetExplorer工具进行比较，通过与NCBI数据库中2000-2005年中国的流感病毒H3N2株同源比对后，绘制种系发生树。结果：所测13株甲3（H3N2）亚型毒株的HA1区的320个氨基酸，与甲3亚型国际疫苗株A／wuhan／359／1995相比，抗原决定簇E区、A区、D区、B区及受体结合位点（RBS）后壁和左壁均有多个位点发生氨基酸替换。与2002年流行的A／Fujian／411／2002甲3亚型代表株相比，抗原决定簇及受体结合位点亦有单个或多个位点氨基酸发生了替换。种系发生树显示，13株甲3亚型人流感病毒中有9株同源性较大，独立形成一簇，与A／Fujiart／52／2004较为接近。另外1株与我省2002年分离的毒株最为接近。最后3株则整合进2003～2004年其他省分离到的毒株所形成的簇中。结论：湖南省2004年流感优势流行毒株甲3亚型流感病毒的HA1基因特性发生了变异，可能是导致其流行的主要原因。在HA1基因进化上，时间比地理分布起着更重要的作用。     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。     

中国2002～2003年度流行性感冒监测分析

目的 阐明2002年4月至2003年6月国内流行性感冒(流感)流行特点和流感病毒优势株的特性。方法 流感病毒分离采用鸡胚和细胞分离；流感病毒亚型鉴定采用血球凝集抑制试验；对流行株的HA基因核酸测序，分析其亲缘关系和抗原变异性。结果 2002年4月至2003年6月，全国23个省(市)和自治区共采集流感样患者咽拭子标本共计16135份，经鉴定流感病毒阳性1113株，分离率6．9％。在1113株流感病毒中，A1型66株、A3型544株、B型流感病毒Yamagada98株和Victoria405株，分别占总分离数的5．9％、48．9％、8．8％和36．4％。优势流行株为H3N2和B型Victoria株。A3型流感病毒除主要分离于2002年12月和2003年1月外，在非流行高峰期也有一定数量的分离。而B型Victoria系流感病毒主要集中分离于冬季流行高峰期，其流行株核酸序列分析属B型Victoria系株。A3型毒株血凝素基因的HA1系统树分析表明，其与A／Panama／2007／99同源，且有某些变异存在。结论 虽然感染人群的流感毒株依然是A1、A3和B型交叉出现，但以A型(H3N2)和B型Victoria为优势株。与历年不同，B型Victoria分离比例增加及分布广泛是2002～2003年度的特点。A型(H3N2)流行株有变异迹象值得密切注意。     

Antigenic and genetic analyses of influenza type B viruses isolated in Russia, 1987-91.

Four influenza type B viruses isolated in Russia during periods of relatively low (1987-8) or high (1990-1) influenza B activity were characterized antigenically using a microneutralization assay. These isolates were antigenically similar to contemporary reference strains from either of two separate lineages represented by B/Victoria/2/87 and B/Yamagata/16/88. The evolutionary relationships of the variable portion of the haemagglutinin (HA1) genes of these viruses were determined by comparison with influenza B HA1 sequences previously obtained. The Isolate B/USSR/2/87, collected during the 1987-8 influenza season, was found to be closely related to viruses on the B/Victoria/2/87 lineage that circulated during the 1988-9 influenza season in the United States. Sequence analysis of the isolates from the 1990-1 influenza season demonstrated cocirculation of viruses from both the B/Victoria/2/87 and B/Yamagata/16/88 lineages in Russia, confirming the antigenic analysis.     

云南省2004年流感流行情况分析

目的了解2004年云南省流感流行情况及病毒的变异情况。方法定期采集流感样病人标本以及从暴发疫情中采集标本,利用MDCK细胞从标本中分离病毒,对分离病毒利用血清学方法进行抗原性分析;对病毒的HA1基因进行序列测定,用DNAstat软件进行基因种系发生树分析病毒的遗传变异情况。结果2004年云南省共分离到甲3亚型流感病毒50株,乙型流感病毒56株,没有分离到甲1亚型流感病毒。62%的甲3亚型流感病毒与A/福建/411/2002(H3N2)的血凝效价有4倍或以上差别;2004年4月份以后分离的甲3亚型流感病毒HA1区氨基酸序列上与A/福建/411/2002(H3N2)相比第145位K>N,159位Y>F,189位S>N,226位V>I发生氨基酸替换。5.8%的Yamagata系毒株与B/上海/361/2002血凝效价有4倍或以上的差别,HA1区氨基酸序列与B/上海/361/2002比较,第36、40、129、131、179、232、255位发生了氨基酸替换。10.8%的Victoria系毒株与B/浙江/2/2002有4倍或以上的差别。与B/浙江/2/2001比较第121,126,197位发生了替换。结论2004年云南省流行甲3亚型流感毒株和乙型流感毒株,并且它们的抗原性和基因特性发生了变异。     

Comparison of the HA genes of type B influenza viruses in herald waves and later epidemic seasons.

From January 1985 to May 1991, herald strains of influenza B virus were isolated in 1987 and 1989 in Japan. In both cases, influenza epidemics caused by the same type followed in the next winter season. The HA gene sequences of the influenza B viruses isolated in Japan from 1987-91, which covers two herald waves of influenza B viruses, were analysed and located on the phylogenetic tree for influenza B viruses after the B/Singapore/64 strain. Co-circulation of at least two evolutionary lineages of the HA genes existed for influenza B viruses in Japan during the period of this study. The herald viruses in one wave (1987) were genetically close to the winter isolates and were considered to be the parental viruses for the following influenza season, while in the other wave (1989) winter isolates belonged to another lineage on which one of the herald viruses was located, but they were genetically and antigenically different from the herald viruses.     

2003年广东省流感病毒的流行概况及特征

目的了解2003年广东省流感病毒的流行特点和抗原变异情况。方法根据广东地区流感监测资料进行分析；用交叉血凝抑制试验检测病毒的抗原性；用逆转录-聚合酶链反应扩增病毒HA1基因，纯化产物进行核苷酸序列测定。将序列和Genebank中相关序列进行比较，用MegAlign软件绘制种系发生树。结果全年分离到510株流感病毒，其中H3N2亚型流感481株，占92．4％；乙型流感29株，占7．6％。实验室证实流感爆发52起，其中50起暴发是由H3N2亚型流感病毒引起，2起暴发是由乙型流感病毒引起。H3N2亚型流感病毒抗原性和疫苗侏A／Panama／2007／99（H3N2）有所不同。类似干A／Fujian／411／02（H3N2）。在HAl区氨基酸序列上，和疫苗株A／Panama／2007／99（H3N2）同源性为92．1％，存在有25个氨基酸差异。28株乙型流感病毒属于Victoria系，抗原性类似疫苗侏B／HongKong／330／01，1株乙型病毒属于Yamagata系，抗原性不同干B／sichuan／379／99。结论2003年广东省流感活动比2002年要强；同时流行着甲型（H3N2）和2个谱系的乙型流感病毒，H3N2亚型毒侏是优势侏，抗原性发生了漂移。     

The 2001/2002 influenza season and the vaccine composition for the 2002/2003 season

The epidemic in the influenza season 2001/2002 was of moderate activity just like in 2000/2001. The influenza epidemic started in week 2 of 2002 when the clinical influenza activity reported by the general practitioner network of the Netherlands Institute of Primary Health Care (NIVEL) increased. This was caused by influenza A viruses of the H3N2 subtype in particular. All influenza A viruses of this subtype were closely related to the vaccine strain for this subtype, A/Moscow/10/99. Influenza B viruses and influenza A/H1 viruses isolated this season had surprising features. The influenza B viruses originated from two lineages. Viruses of the B/Yamagata/16/88 lineage have been circulating for more than twelve years. The vaccine reference strain B/Sichuan/379/99 belongs to this lineage. The B/Victoria/2/87 lineage reappeared again after an absence in Europe of more than ten years and accounted for 50% of the influenza B viruses that were isolated in the Netherlands. Therefore the vaccine will have provided only partial protection against influenza B. The only influenza A/H1 virus that was isolated appeared to be of a new subtype H1N2. The H1 hemagglutinin of this virus was closely related to that of the vaccine strain A/New Caledonia/20/99. The N2 neuraminidase originated from recent human influenza A/H3N2 viruses. Therefore the vaccine probably provided good protection against the new H1N2 subtype. Based in part on these data, the World Health Organization has advised that the vaccines for the season 2002/2003 should contain the following or comparable influenza-virus strains: A/Moscow/10/99 (H3N2), A/New Caledonia/20/99 (H1N1) and B/Hong Kong/330/01, the latter being an influenza B virus of the B/Victoria/2/87 lineage.     

中国2000～2001年流行性感冒流行概况

目的：了解中国2000－2001年流行性感冒（流感）流行及抗原性变异情况。方法：鸡胚传代病毒用于抗原分析；病毒液提取RNA进行逆转录－聚合酶链反应（RT－CR），扩增产物纯化后测序。然后用MegAlign(Version1.03）和Editseq（Version3．69）软件进行基因种系发生树分析。结果：2001年流行的H1N1亚型病毒血凝素蛋白重链（H1N1）相比，在抗原决定簇D区的190位发生了氨基酸替换；基因种系发生树表明2001年的H1N1亚型流感病毒存在基因特性不同的两系病病毒株，国内人群中仍然同时流行着两种抗原性明显不同的B型流感病毒（Yamagata系和Victoria系），Yamagata系病毒占大多数，Version系的HA1区基因与B／山东／7／97毒株相比，其197和199位氨基酸发生了替换。B型的基因种系发生树也证实Version系病毒株的抗原性改变。2000年分离的H3N2亚型流感病毒的HA1区氨基酸序列与A／悉尼／5／97（H3N2）间有7－8个氨基酸的差异；2001年分离的H3N2病毒株与2000年的病毒株相比，又有83、186、202、222位发生了氨基酸替换，表明H3N2亚型病毒株间的抗原性发生了较明显的变异。结论：2000－2001年中国流感的流行情况较为平静；H3N2亚型的抗原性发生了变异，H1N1亚型和B型病毒的抗原性虽没有发生明显的变异，但它们均同时流行着两系抗原性不同的毒株。     

分子生物学方法在儿童流行性感冒监测中的应用

目的：建立一种能够快速，特异，有效地直接从临床标本中检测流行感冒（流感）病毒并进行病毒型和亚型鉴别的方法，同时了解近年来北京地区A3型流感病毒因凝素重链（HA1）区基因的变异特点。方法：根据编码A、B型流感病毒膜蛋白M基因的核苷酸序列设计两对引物，用于同一逆转录（RT）－PCR反应中（多重RT－PCR），根据A、B型毒株扩增产物的大小（分别为506bp和261bp）鉴别A、B型流感病毒，另根据编码A1和A3型流感病毒糖蛋白HA基因的核苷酸序列设计两对引物，与B型M基因基因引物用同一RT－PCR反应中，可区分A1、A3或B型病毒HA基因和B型病毒M基因又设计了3对引物作为外侧引物，进行巢式－PCR反应。根据第二次PCR的扩增产物在1．2％的琼脂糖凝胶电泳中的大小即可确定型别。经PCR扩增1996－2002年间分离的北京地区A3型流感病毒株HA1区基因，测序并进行序列分析，结果：用上述多重RT－PCR鉴定流感病毒分离株156株，与血凝抑制试验阳性符合率为100％，用多重巢式－PCR检测92份已经病毒分离确定为流感的儿科临床呼吸道标本，与病毒分离和血凝抑制试验阳性符合率分别为76．9％（A1型）、57．1％（A3型）、86．5％（B型），对5株1996－2002年间A3间分离株HA1区基因序列分析结果显示，不同年份的分离株HA1区基因具有较高的核苷酸和氨基酸同源性，而且年份越近的毒株之间同生越测。为流感监测提供更加快速的新方法，北京地区A3型流感毒分离株HA1区基因持续不断地发生点突变，糖基化位点不断增多，可能是导致其抗原漂移的原因。     

广东省1991-2004年乙型流感监测结果分析

[目的]分析1991—2004年广东省乙型流感病毒抗原变异和流行情况。[方法]用9~11日龄鸡胚和(或)MDCK细胞分离流感病毒,病毒鉴定用常量红细胞凝集抑制法(HI);人血清流感抗体检测用微量半加敏红细胞凝集抑制法。[结果]广东省一直有乙型流感流行,并从人群中分离到流感病毒2 916株,乙型流感病毒占23.3%。乙型流感病毒两大谱系交替为优势株,除1994、1997及2002年以Victoria系为主外,其余各年以Yamagata系为主。乙型流感病毒抗原性不断发生漂移,历年一般人群血清乙型流感抗体检测阳性率在28.3%~73.9%。[结论]1991—2004年广东省乙型流感病毒存在差异较大的两个谱系,病毒谱系的轮换和抗原漂移导致乙型流感不断流行。