基于网络药理学-分子对接研究乳香-没药配伍改善类风湿性关节炎的作用机制

应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨乳香-没药配伍有效成分对应靶基因及治疗类风湿性关节炎(RA)可能的作用机制。基于文献研究并结合相关中药系统药理数据库和文献检索筛选得到乳香-没药主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库对活性成分进行靶标预测。同时通过DrugBank, GeneCards及Therapeutic Target Database(TTD)数据库收集RA相关靶标,并利用VENNY 2.1取交集靶标在线绘制药物与疾病共同靶标的韦恩图。运用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图,根据相互关系大小筛选核心靶标。利用Cytoscape 3.6.0软件构建"中药-成分-靶点""中药-成分-靶点-疾病"网络模型和核心靶标相互作用网络模型。运用DAVID 6.8在线数据库对交集靶点进行基因GO功能分析和KEGG通路富集分析,Pathon将其可视化;最后运用AutoDock Vina和Pymol将得到的核心有效成分与核心靶标进行分子对接。结果收集乳香-没药药对中16个活性成分,得到相关潜在靶点320个,RA相关靶点468个,通过韦恩图得到交集靶点62个。主要作用于IL6,TNF,IL1B,MAPK1等多个靶标,涉及TNF信号通路和Toll样受体信号通路以发挥治疗RA作用。该实验基于网络药理学和分子对接方法,对乳香-没药配伍治疗RA可能的靶标和信号通路进行探讨,并对核心靶标与核心活性成分进行分子对接,为乳香-没药配伍作用机制的研究提供了科学依据。     

基于网络药理学的乳香-没药药对药效机制研究＊

目的 网络药理学方法，研究乳香-没药药对在抗溃疡、抗炎、抗肿瘤和炎症性肠病和镇痛的治疗过程中的共性作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索乳香-没药药对的化学成分和作用靶点，通过人类基因数据库(Genecards)和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)等多个数据库筛选上述5种疾病相关靶点。利用 Cytoscape3.7.1 软件构建“药物-靶点-疾病”交互网络图。运用蛋白相互作用（PPI）筛选核心靶点；通过生物学信息注释数据库（DAVID）做基因本体（GO）功能分析和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 乳香-没药药对共包含403个化合物，247个活性靶点，与五种疾病基因交集获得79个高频基因，通过构建“药物-靶点-疾病”网络及对网络进行分析，共获得20个关键靶标；在对GO富集分析时，获得8个高频共性相关条目，主要病毒感染和肿瘤信号通路等；在对靶标进行KEGG通路分析时，共获得6条高频相关的通路，其中病毒感染和肿瘤信号通路为主要通路。结论 本研究结果初步验证了乳香-没药药对在抗溃疡、抗炎、抗肿瘤、炎症性肠病和镇痛这五种疾病治疗的作用机制以及高频共性靶点、基因、信号通路等，为进一步阐述乳香-没药药对作用机制奠定了良好的理论基础。     

基于网络药理学探讨三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症的作用机制

目的:采用网络药理学的方法预测三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症（EMT）的主要活性成分、靶点及信号通路,探讨其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索三棱-莪术药对的中药化学成分,以口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18为阈值筛选潜在的活性化合物;通过TCMSP查询活性化合物对应的靶标;运用GeneCards和人类孟德尔遗传数据库（OMIM)预测疾病靶点;利用韦恩图找到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点;使用Cytoscape 3.7.2软件构建疾病-药物-有效成分-靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;采用String在线数据库和Cytoscape软件绘制交集靶点PPI网络;最后借助R软件和Bioconductor生物信息软件包进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并使用Cytoscape软件绘制靶点-信号通路网络图。结果:筛选得到三棱-莪术活性成分8个,对应靶点77个,EMT相关靶点1 600个,交集靶点34个。GO功能富集分析结果显示三棱-莪术药对可影响1 054个生物学过程、22个细胞组分和65个分子功能。KEGG通路富集分析得到91条通路,三棱-莪术药对治疗EMT主要与雌激素信号通路、IL-17信号通路、AGE-RAGE信号通路、甲状腺激素信号通路、P53信号通路等有关。结论:三棱-莪术药对治疗EMs具有多靶点、多途径、多通路的特点。     

基于网络药理学与分子对接探讨"乳香-没药"治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:运用网络药理学及高通量分子对接技术的方法,对"乳香一没药"药对治疗膝骨关节炎的潜在靶点及机制进行探讨.方法:利用计算机检索中药系统药理学数据库(TCMSP),分别检索乳香、没药的有效活性成分并筛选得到有效活性成分的靶基因.从OMIM、GeneCards数据库检索膝骨关节炎的相关靶点基因,与"乳香-没药"药对有效成...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

苦参-地榆治疗溃疡性结肠炎活性成分和潜在靶点的网络药理学

目的：基于网络药理学预测苦参-地榆治疗溃疡性结肠炎（UC）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP)中药数据库检索苦参-地榆药对的化学成分和靶基因,以口服生物利用度（OB）＞30%和类药性（DL）＞0.18为条件筛选药对的潜在有效成分,并通过TCMSP预测药对的潜在靶点。运用Uniprot数据库寻找到潜在靶点相对应的人类基因名称,通过Genecards、OMIM数据库检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,与药对的潜在靶点相映射,绘制韦恩图,将映射找到的有效成分的靶基因导入Cytoscape3.7.2构建药物-成分-疾病-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图选出核心靶标,最后将苦参-地榆药对治疗溃疡性结肠炎的有效靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：共获得苦参-地榆药对27个有效成分和74个有效靶点。GO富集分析结果显示90个生物过程,主要与DNA结合和蛋白质或辅助因子结合等相关;KEGG通路富集结果显示115条通路,主要包括PI3K-AKT信号通路、癌症通路等。结论：苦参-地榆药对多种活性成分作用于多靶点、多途径、多通路协同发挥治疗UC。     

基于网络药理学探究香砂枳术丸治疗功能性消化不良的作用机制与实验验证

目的:借助网络药理学的研究思路,探寻香砂枳术丸（XSZZW）治疗功能性消化不良（FD）的作用机制,并使用动物实验进行验证。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选活性成分和靶点,借助Perl语言与UniProt将靶点进行标准化;通过TTD、DrugBank、OMIM以及GeneCards数据库筛选FD相关靶点;利用Cytoscape构建“中药复方-活性成分-作用靶点”网络;使用STRING数据库分别构建活性成分和疾病相关靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并导入Cytoscape软件,以度值、接近中心性和介度中心性为条件筛选核心靶点;将核心靶点映射到DAVID数据库,进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,使用分子对接和动物实验进行结果验证。结果:获得活性成分75个以及靶点292个,FD相关的疾病靶点666个,经筛选最终获得核心靶点90个;GO富集分析主要在同源蛋白结合、酶结合、蛋白结合等生物学调控方面;KEGG富集分析得到信号通路103条,主要涉及癌症、细胞凋亡、炎症通路等方面。结论:香砂枳术丸可通过调控PI3K-AKT、FoxO、核因子κB、神经营养因子信号通路来预防或治疗FD。     

基于网络药理学的"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎作用机制研究

目的 运用网络药理学方法筛选"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎(RA)的有效成分和作用靶点,探究其主要成分-核心靶点-疾病的复杂网络关系.方法 通过中药系统药理学平台(TCMSP)收集"土茯苓-金银花"药对的活性成分及作用靶点;通过GeneCards及OMIM、Drugbank数据库收集RA的疾病相关基因,构建"核心成分-核心靶点-核心通路"网络并筛选出"土茯苓-金银花"药对治疗RA的核心靶点,然后进一步行蛋白互作网络分析(PPI)、GO生物功能注释、KEGG通路富集分析.结果 ①在TCMSP数据库初步提取土茯苓化学成分75种,金银花化学成分240种,经ADME筛选后共获得土茯苓15种,金银花23种活性成分,包括紫杉酚、槲皮素、山萘酚、香茅醇、豆甾醇等.土茯苓主要成分作用靶点基因252个,金银花主要成分作用靶点基因352个.②在GeneCards数据库、OMIM的两个数据库、Drugbank数据库检索得到671个RA靶点.③土茯苓、金银花与RA的共同靶点基因55个.PPI网络分析发现JUN、AKT1、IL-10、VEGFA、TNF等可能是"土茯苓-金银花"药对治疗RA的关键靶点.④在DAVID数据库提交基因序列,得到富集分析结果KEGG Pathway 96条信号通路,"土茯苓-金银花"药对治疗RA主要参与的信号通路包括TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等.GO富集分析包括生物过程(BP)355条结果,涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、炎症反应、对脂多糖的反应、脂多糖介导的信号通路、平滑肌细胞增殖的正调控、血管生成、细胞对脂多糖的反应、血管新生的正调控、以DNA为模板的转录正调控等;细胞成分(CC)27条结果,分子功能(MF)50条结果,主要涉及酶结合、细胞因子活性、转录因子结合、相同的蛋白质结合、蛋白质结合、序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、蛋白磷酸酶2A结合、转录激活子活性,RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区域序列特异性结合、肿瘤坏死因子受体结合等.结论 "土茯苓-金银花"药对的主要活性成分通过TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等信号通过参与RA发病的炎症反应,从而发挥了缓解RA病情的临床作用.本研究初步探究了"土茯苓-金银花"药对治疗RA的作用靶点和作用通路,为进一步更深入地挖掘其治疗RA的作用机制奠定了基础.     

基于网络药理学和分子对接探讨枸杞子治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的：基于网络药理学方法及分子对接研究枸杞子治疗阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法：采用网络药理学方法,通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,GeneCards、NCBI基因数据库及OMIM数据库,筛选枸杞子治疗AD的相关靶点,通过构建韦恩图,得到枸杞子-AD共同靶点,运用STRING数据库构建二者靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,并且运用Cytoscape 3.8.0软件进行可视化处理,筛选关键基因,同时对药物-疾病共有靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）,并使用AutodockTools1.5.6进行分子对接,验证靶点与小分子的结合度。结果：通过筛选,共得到121个枸杞子-AD共有靶点,41个关键靶点,包括JUN、AKT1、MAPK1、RELA、IL-6等,GO分析发现,生物学过程主要与氧化应激、衰老等相关,KEGG通路分析富集在AGE-RAGE、HIF-1等信号通路。将靶点MAPK1与β-谷甾醇进行分子对接发现,结合活性较好。结论：本研究初步探讨了枸杞子治疗阿尔茨海默病的主要活性成分、相关靶点及其相关通路,发现其多成分、多靶点、多通路的特点,为后续实验验证提供了一定的参考和物质基础。     

基于网络药理学探讨黄芪-丹参药对治疗肝癌的作用机制与实验验证

目的：基于网络药理学探讨黄芪-丹参药对治疗肝癌的作用机制,并以体外实验对相关通路进行验证。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及相关文献搜集黄芪、丹参的有效成分及相关蛋白质靶点名,利用Unitprot数据库对蛋白质靶点进行基因名校正,并通过Cytoscape 3.8.0软件绘制中药-成分-靶点网络图。通过Drugbank数据库、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）、GeneCard数据库搜集肝癌的基因靶点,与黄芪-丹参药对基因靶点取交集后得到核心靶点。随后利用String 11.0数据库、Metascape数据库对核心靶点分别进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析和基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。最后通过CCK-8实验及流式凋亡实验检测药物对肝癌细胞的药效及PCR实验检测PI3K、AKT基因表达水平。结果：共筛选出黄芪丹参药对有效成分76个以及118个核心靶点,经过PPI分析,黄芪丹参药对治疗肝癌可能与AKT1、JUN、MAPK1、MAPK8、IL6、MAPK14、FOS、ESR1、EGFR、CCND1等靶点相关。GO及KEGG富集分析发现,黄芪丹参药对主要作用于转录因子,参与细胞凋亡过程,通过癌症相关通路、PI3K/AKT信号通路及TNF信号通路等起效。CCK-8实验、流式凋亡实验以PCR实验表明黄芪丹参药药对对肝癌有效,并且通过P13K/AKT信号通路发挥凋亡作用。结论：黄芪-丹参药对治疗肝癌具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,而PI3K/AKT信号通路在其中发挥重要作用。     

异莲心碱抗实验性心律失常作用及对豚鼠心肌动作电位的影响

采用４种药物及冠动脉结扎诱发的在体动物心律失常模型,比较了异莲心碱和奎尼丁的抗心律失常效果,证实了异莲心碱对抗多种实验性心律失常,且作用优于奎尼丁。采用标准微电极法,研究了异莲心碱对豚鼠右心室乳头状肌的快、慢反应动作电位的影响,结果表明异莲心碱降低ＡＰＡ、Ｖｍａｘ,缩短ＡＰＤ５０。提示其抗心律失常作用机制可能与阻滞Ｃａ＾２＋、Ｎａ＾＋电流有关。     

芍药甘草汤及其组成的镇痛泻下作用

结果表明：白芍是君药，甘草是臣药和佐药；白芍与甘草的剂量配比以２∶１为最佳；生甘草与白芍配伍会使白芍的镇痛作用消失；芍药甘草汤的镇痛部位在外周；芍药甘草汤有泻下作用。     

从中风的基本病机探讨脑脉泰的治疗作用

中风多为本虚标实之证,本虚为气虚,标实为在气虚基础上形成的痰浊血瘀,治疗方面重标本兼治才能获效.脑脉泰胶囊立足于气虚血瘀痰阻病机,以益气固本、活血化痰、通络熄风法治疗中风,收到较好疗效.     

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Studies on the mode of action of essential oils of scented-leaf Pelargonium (Geraniaceae)

A selection of essential oils obtained by steam distillation from scented-leaf Pelargonium species, hybrids and cultivars were assessed for their method of spasmolytic activity in vitro using an isolated smooth muscle preparation. Their mechanism of action was postsynaptic and not atropine-like. The spasmolytic action was correlated with the chemical composition of the essential oils assessed by gas chromatography and mass spectroscopy. The spasmolytic effect of Pelargonium essential oils with a rose-like odour was most likely mediated through cAMP, and not through cGMP; the action of all other essential oils with diverse odours was neither through cAMP, cGMP, nor via calcium channel blockade or potassium channel activation. The mechanism of action of the main components of the rose-like pelargoniums, citronellol and geraniol, reflected that of the whole oils. © 1998 John Wiley & Sons, Ltd.     

从中风的基本病机探讨脑脉泰的治疗作用

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