食管鳞状细胞癌转移相关miRNAs差异表达谱分析

目的应用microRNA表达谱芯片技术,选取有详细临床病理数据及随访资料的食管鳞状细胞癌组织及相应正常食管粘膜组织,分析食管鳞癌患者有淋巴结转移组和无转移组差异性表达的miRNA。方法选取10例新鲜冻存的食管鳞癌组织及其相应的正常食管粘膜组织,使用microRNA芯片(miRCURY LNAmicroRNA芯片,Exiqon公司),筛选出食管鳞状细胞癌组织中差异表达的miRNA并进行聚类分析;运用实时定量逆转录聚合酶链反应(real time RT-PCR)验证结果的可靠性;最后通过生物信息学分析预测其靶基因。结果有淋巴结转移组与无淋巴结转移组相比较,差异表达的miRNA共有40个,其中表达上调者miRNA 22个,表达下调者miRNA 18个,经过聚类和PAM分析及real-time RT-PCR技术验证,筛选出二个具有组织特异性表达的miRNAs(miRNA-612和miRNA-583)。miRNA-612的表达上调及miRNA-583的表达下调在有淋巴结转移和无淋巴结转移食管癌中差异具有显著意义。结论通过miRNA芯片发现的相关差异性表达的miR-NA,有可能成为食管鳞状细胞癌淋巴结转移特征性的分子标志物,并为进一步认识和研究miRNA在食管鳞癌发生发展中的作用,寻找并鉴定与临床诊治相关的靶分子奠定基础。     

肾透明细胞癌相关特异性miRNAs差异表达谱

目的研究证实肿瘤组织miRNAs表达水平较正常组织可特异性下调或上调,这一现象揭示miRNA在肿瘤发生、发展等过程中扮演重要角色。文中就肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)肿瘤相关特异性微小RNA(mi-croRNAs,miRNAs)表达谱及意义进行探讨。方法取手术切除新鲜肾透明细胞癌及其癌旁正常肾组织,提取总RNA,进行RNA质量检测后采用微阵列基因芯片对其相关特异性miRNAs进行分析,应用荧光定量RT-PCR方法验证。结果Ⅰ级ccRCC与癌旁正常肾组织共有24个差异表达miRNAs,其中12个上调,12个下调;Ⅱ级共有35个差异表达miRNAs,其中18个上调,17个下调;Ⅲ级共有34个差异表达miRNAs,其中18个上调,16个下调;Ⅰ级+Ⅱ级+Ⅲ级ccRCC与癌旁正常肾组织共有81个差异表达miRNAs,其中33个上调,48个下调;以表达差异在2倍及以上为标准进行比较,ccRCC与癌旁正常肾组织共有11个差异表达的miRNAs,其中,hsa-miR-487a、hsa-miR-491-3p、hsa-miR-452表达上调,hsa-miR-142-3p、hsa-miR-22、hsa-miR-299-3p、hsa-miR-29a、hsa-miR-429、hsa-miR-532-5p、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-125b表达下调。结论与癌旁正常肾组织中存在肿瘤相关特异性miRNAs表达谱,这种miRNAs差异可能导致ccRCC的发生及发展。     

结肠癌microRNA表达谱检测及生物信息学分析

目的 探讨miRNA(microRNA,微小RNA)在结肠癌组织中的表达特征及生物学功能.方法 选取临床特征相似的3对结肠癌组织及其配对正常黏膜组织,应用Exiqon miRNA芯片检测miRNA在结肠癌及其配对组织中差异表达情况;3个差异表达的miRNA被选取进行qPCR验证;生物信息学分析差异表达的miRNA及其靶向基因在结肠癌进展中的作用机制.结果 芯片结果显示,在3对结肠癌组织中有201个miRNA出现上调表达,94个下调表达(差异倍数>2),差异有统计学意义(P<0.05).qPCR结果显示,与对照组织比较,选取的3个miRNA中hsa-miR-18b-3p、hsa-miR-31-5p在结肠癌组织中表达上调,hsa-miR-142-3p表达下调,与芯片结果一致,差异有统计学意义(P<0.05).GO及pathway分析显示差异表达的miRNA涉及结肠癌细胞的分化、迁移、定位、增生及RNA、蛋白合成等功能调控,与细胞粘附、结肠癌发生发展等信号途径的激活相关.结论 结肠癌组织中miRNA存在异常表达,可能涉及结肠癌的发生、发展.     

胃癌组织miRNA差异表达的初步分析

目的 分析胃癌组织特异性微小RNA（miRNA）表达谱,为深入研究miRNA与胃癌发生和发展的关系以及寻找新的胃癌分子标志物奠定基础。方法 利用miRNA芯片就21对胃癌和癌旁配对正常组织的miRNA表达谱进行检测和初步生物信息学分析,Real-Time PCR验证miRNA芯片检测结果。结果 miRNA芯片检测发现,在胃癌及其癌旁配对正常组织中共有88个差异表达miRNA,其中上调最明显的是miR-21、miR-196b、miR-301a、miR-431*、miR-550*、miR-18a和miR-135b;下调最明显的是miR-139-3p、miR-628-3p、miR-596、miR-99b*和miR-638。Real-Time PCR对其中2个上调（miR-181、miR-19b）和2个下调（miR-134、miR-31）miRNA的验证结果与芯片检测所示具有较好的一致性。结论 胃癌组织具有特异性的miRNA表达谱,这些差异表达的miRNA有可能成为新的胃癌分子标志物。     

宫颈鳞状细胞癌组织中miRNA差异性表达及其靶基因作为诊断标志物的意义

目的: 采用生物信息学方法研究宫颈鳞状细胞癌(CESC)组织中差异性表达的miRNA并预测其靶基因,以期找到影响CESC发生发展及可用于肿瘤标志物的miRNA。 方法: 癌症基因组图谱 (TCGA)数据库中下载3例CESC组织及3例配对正常组织,用统计学方法对差异性表达的基因及miRNA进行筛选,通过靶基因预测网站对差异性表达的miRNA进行靶基因预测,运用KEGG数据库分析靶基因参与的肿瘤相关信号通路。 结果: 与同源正常组织比较,CESC组织有18个miRNA和1180个基因有差异性表达(P<0.05),其中有15个miRNA和411个基因上调,3个miRNA和770个基因下调,采用靶基因预测网站有7个miRNA与预测到的靶基因呈负向调控关系,6个上调miRNA的靶基因下调,1个下调miRNA的靶基因上调,靶基因集中在Wnt、MAPK、P53和cAMP等肿瘤相关信号通路。 结论: 差异性表达的miRNA包括hsa-miR-27a、hsa-miR-148b、hsa-miR-185、hsa-miR-200a、hsa-miR-200b、hsa-miR-221和hsa-mir-133b,差异性表达的miRNA及其靶基因在CESC的发生发展过程中起重要作用,有可能成为诊断CESC的肿瘤标志物。     

胃癌组织miRNA差异表达的初步分析

目的分析胃癌组织特异性微小RNA（miRNA）表达谱,为深入研究miRNA与胃癌发生和发展的关系以及寻找新的胃癌分子标志物奠定基础。方法利用miRNA芯片就21对胃癌和癌旁配对正常组织的miRNA表达谱进行检测和初步生物信息学分析,Real-TimePCR验证miRNA芯片检测结果。结果 miRNA芯片检测发现,在胃癌及其癌旁配对正常组织中共有88个差异表达miRNA,其中上调最明显的是miR-21、miR-196b、miR-301a、miR-431＊、miR-550＊、miR-18a和miR-135b;下调最明显的是miR-139-3p、miR-628-3p、miR-596、miR-99b＊和miR-638。Real-TimePCR对其中2个上调（miR-181、miR-19b）和2个下调（miR-134、miR-31）miRNA的验证结果与芯片检测所示具有较好的一致性。结论胃癌组织具有特异性的miRNA表达谱,这些差异表达的miRNA有可能成为新的胃癌分子标志物。     

hsa-miR-26a在乳腺癌组织中的表达及其临床意义

目的 探讨hsa-miR-26a在乳腺癌组织中的表达及其意义。方法 应用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（Real-time RT-PCR）方法检测40例乳腺癌及其配对正常乳腺组织中hsa-miR-26a的表达。结果（1）乳腺癌组织和正常乳腺组织中hsa-miR-26a基因扩增的△Ct值分别为4.33±2.72和3.01±2.44,正常乳腺组织中hsa-miR-26a表达明显高于乳腺癌组织（P<0.001）;（2）淋巴结转移阳性的乳腺癌病例中hsa-miR-26a的表达水平低于淋巴结转移阴性组,两者差异具有统计学意义（P=0.008）。结论 hsa-miR-26a低表达可能促进了乳腺癌的发生,并与乳腺癌淋巴结转移相关。     

血清hsa-miR-486-5p在乳腺癌早期诊断中的价值

目的 探讨与乳腺癌早期诊断密切相关的血清microRNA(miRNA)的临床价值。方法 对乳腺癌发生发展4个阶段（正常-非典型增生-原位癌-浸润性癌）的组织进行miRNA高通量测序,以得到与疾病进展密切相关的目标miRNA,进而利用RT-qPCR技术分析目标miRNA在4个阶段血清中的表达情况。结果 hsa-miR-486-5P在乳腺癌发生发展4个阶段的组织和血清中均随疾病进展呈下调状态,在早期乳腺癌患者血清中呈明显低表达,与乳腺癌分子分型无关（P>0.05）。早期乳腺癌组低表达的血清hsa-miR-486-5p与正常对照组相比呈显著差异性（P<0.01）;ROC曲线分析结果显示ROC曲线下面积（AUC值）为81.2%（95%CI： 0.707～0.917）,灵敏度和特异度分别为62.5%和90.3%。结论 血清hsa-miR-486-5p可以作为诊断早期乳腺癌的生物标志物,具有较高的临床应用价值。     

甘草素通过调控miRNA抑制人黑色素瘤A375细胞的侵袭转移

目的 :探讨甘草素对人黑色素瘤A375细胞侵袭转移的抑制作用及与miRNA相关调控机制。方法 :不同浓度甘草素处理24 h后,采用噻唑蓝(MTT)法测定细胞存活情况,确定甘草素对细胞无毒作用剂量;通过划痕试验和Transwell小室迁移、侵袭试验分别观察细胞的非定向迁移力和定向迁移侵袭力;miRNA芯片筛选差异表达的miRNA,q PCR方法验证hsa-miR-4534和hsa-miR-4487的下调表达;Western blot检测PTEN、p-AKT、AKT、MMP2和TIMP2蛋白表达。结果:10~100μmol/L剂量甘草素处理A375细胞24 h对细胞无明显损伤作用,划痕试验、Transwell小室迁移试验、侵袭试验显示甘草素能抑制A375细胞侵袭转移;甘草素可下调hsa-miR-4534和hsa-miR-4487的表达,上调PTEN、TIMP2表达水平,降低p-AKT、MMP2的表达水平。结论:甘草素通过下调hsa-miR-4534和hsa-miR-4487表达,进而上调PTEN和TIMP2靶基因的表达水平,阻碍p-AKT信号通路并降低MMP2蛋白表达,从而发挥抑制人黑色素瘤A375细胞侵袭和转移的作用。     

甲状腺乳头状癌组织中差异表达miRNA及其靶基因的筛选和预测

目的：分析甲状腺乳头状癌组织中差异表达小分子RNA（miRNAs）并预测其靶基因,寻找影响甲状腺乳头状癌（PTC）发生发展及可用于生物标志物的miRNAs。方法：选取经病理证实的甲状腺乳头状癌组织及配对正常组织切除标本,运用高通量基因芯片的方法对差异表达的基因和miRNAs进行筛选,采用KEGG通路分析差异表达基因的功能,通过预测网站对差异表达miRNA进行靶基因预测,并对分析结果进行qRT-PCR验证。结果：与同源正常组织比较,基因芯片检测出PTC组织有248个miRNAs（ P<0.01）和3 631个基因差异表达（P<0.05）。hsa-miR-101［靶基因：整合素3(ITGA3）］已验证,癌组织中hsa-miR-101表达(59.8%)低于正常甲状腺组织, ITGA3表达（100%）高于正常甲状腺组织,并且与正常组织比较,59.8%PTC组织hsa-miR -101表达下调,同时ITGA3表达上调。结论：hsa-miR-101的靶基因可能为ITGA3,两者在PTC的发生发展中可能发挥重要作用。     

MiRNA异常表达对肥胖儿童代谢综合征发生发展的影响

目的探讨微小RNA（microRNA,miRNA）异常表达对肥胖儿童代谢综合征发生发展的影响。方法应用miRNA表达谱芯片检测肥胖合并代谢综合征患儿、单纯性肥胖患儿及正常体重儿童血清中miRNA的表达谱;利用实时定量PCR技术检测其差异表达的miRNA,验证miRNA芯片结果的可靠性;应用软件对筛选出的显著差异表达miRNA的靶基因进行预测。结果单纯性肥胖患儿血清中,上调表达超过1.5倍的miRNA有15个,下调表达超过1.5倍的有11个。肥胖合并代谢综合征患儿血清中9个上调miRNA,7个下凋miRNA。其中肥胖合并代谢综合征患儿hsa-miR-143、hsa-miR-24、hsa-miR-34a和has-miR-29a表达高于单纯性肥胖患儿,下调表达中有hsa-miR-192和hsa-miR-23a表达低于单纯性肥胖儿童。通过生物信息学分析发现了表达显著改变miRNA的共同作用的靶基因。结论筛选出肥胖合并代谢综合征患儿的差异表达miRNA,可能参与其对应共同靶基因,具有调控肥胖儿童合并代谢综合征发生发展的作用。     

Hsa-miR-106a在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的分析hsa-miR-106a在胃癌组织中相对于正常组织的表达及其与病理分级及临床分期的关系。方法从石蜡组织包埋的19例胃癌及19例正常组织中提取总RNA,应用Real—timePCR方法检测miR-106a的表达情况,并分析其与胃癌病理分级及临床分期的关系。结果miR-106a在胃癌组织中有14例高表达,5例低表达,在胃癌组织中的表达明显高于正常组织（P〈0．01）,其表达与胃癌的病理分级、临床分期密切相关。结论miR-106a可能参与了胃癌的发生、发展过程。     

hsa-miR-126的靶基因预测及功能分析

目的 检测hsa-miR-126在各个组织器官中的表达情况,通过生物信息学预测hsa-miR-126的靶基因,进一步分析其可能功能,为研究hsa-miR-126的功能和机制奠定基础.方法 通过miRGator v3.0数据库查看hsa-miR-126在各个组织器官中的表达丰度情况;应用TargetScan、DIANA-microT-CDS及miRanda预测hsa-miR-126的靶基因;将预测所得靶基因和已证实的靶基因交集组成的基因集合分别进行功能富集分析（GO analysis）和信号转导通路富集分析,分析hsa-miR-126的可能功能.结果 hsa-miR-126在胃肠道,心脏,肾脏,肝胆系统,肺,干细胞,睾丸,胸腺,甲状腺,子宫中表达丰度较高;结合已被证实靶基因得到40个候选靶基因;靶基因主要参与细胞迁移调控以及腺体发育相关生物过程,涉及数个癌症通路和与癌症发生相关的信号通路,以及神经营养因子信号通路,ErbB信号通路,趋化因子信号通路和VEGF信号通路等.结论 hsa-miR-126预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,与肿瘤和血管性疾病密切相关,生物信息预测结果为今后的研究奠定了基础。     

miR-363靶基因预测及生物信息学分析

目的:初步明确hsa-miR-363潜在的生物学功能?方法:首先通过miRbase?UCSC等在线数据库对hsa-miR-363的碱基序列?基因位点及序列保守性进行分析;其次选择miranda?miRDB?PicTar及TargetScan四个在线数据库预测hsa-miR-363的靶基因并取交集,筛选后的靶基因用于后续分析;最后通过基因GO功能注释?富集分析和KEGG信号转导通路富集分析,初步阐明hsa-miR-363靶基因参与调控的细胞功能与信号通路?结果:根据生物信息学分析的结果显示,hsa-miR-363的功能较广泛,其多个潜在靶基因均参与子宫内膜异位症发生?发展过程中的多个生物学进程?结论:hsa-miR-363很可能与子宫内膜异位症的发病机制密切相关,并有可能为临床的靶向治疗提供潜在的新靶点?     

人miR-34a靶基因的生物信息学分析及载体构建

目的对人miR-34a（hsa-miR-34a）下游靶基因进行预测,并构建含自噬相关基因靶结合序列的GFP报告基因载体。方法使用TargetScan Release 5.1和RNA22软件分析hsa-miR-34a可能的靶基因,并利用Gominer软件对靶基因功能进行分析。根据预测结果,合成含自噬相关基因hsa-miR-34a靶序列的寡核苷酸,以pEGFPC2为载体构建系列质粒,并检测各载体的真核表达情况。结果预测结果显示hsa-miR-34a共有2904个下游靶基因,功能涵盖生物过程、细胞组分、分子功能三大类,其中与自噬作用直接相关的靶基因有beclin 1和sestrin 2。构建含beclin 1和sestrin 2作用位点的GFP载体共5个,质粒转染Hela细胞后在荧光显微镜下可见绿色荧光。结论成功构建hsa-miR-34a下游自噬相关基因靶位点序列GFP报告基因载体,为进一步研究hsa-miR-34a对自噬的调控作用奠定基础。     

hsa-miR-302a-3p靶向VEGFA抑制胃癌细胞增殖的机制研究

目的 探讨过表达hsa-miR-302a-3p下调血管内皮生长因子A（VEGFA）对胃癌细胞SGC-7901存活、运动和上皮间质转化的调节作用。方法 采用细胞转染,将hsa-miR-302a-3p mimic转染于miR组细胞,pc-VEGFA转染于VEGFA组细胞,同时将两个基因共转染于miR+VEGFA组。采用RT-PCR和Western blot检测转染效率,生物信息学靶向预测和荧光素实验验证两个基因靶向关系,采用CCK-8法检测各组细胞增殖,Transwell检测各组细胞侵袭能力,划痕实验检测各组细胞迁移能力,显微镜下观察细胞的形态是否发生上皮间质转化（EMT）,采用Western blot检测各组细胞存活相关蛋白Ki67和Caspase-3、EMT相关蛋白E-cadherin、Vimentin、N-cadherin和Snail以及VEGFA下游靶基因p-P38、p-MAPKAPK和p-Hsp27蛋白表达水平。结果 VEGFA是miR-302a-3p的预测靶位点;与对照组相比,miR组细胞数量、侵袭和迁移率均下降（ P<0.05）,VEGFA组细胞数量、侵袭和迁移率均升高（ P<0.05）;与VEGFA组相比,miR+VEGFA组细胞数量、侵袭和迁移率均下降（ P<0.05）,E-cadherin蛋白表达水平上调（ P<0.05）,Vimentin、N-cadherin和Snail蛋白表达水平下调（ P<0.05）,p-P38、p-MAPKAPK和p-Hsp27蛋白表达水平下调（ P<0.05）。结论 hsa-miR-302a-3p通过抑制VEGFA的表达,抑制胃癌细胞SGC-7901的增殖、侵袭和迁移。     

膀胱尿路上皮癌差异表达微小RNA的筛选、验证及意义

目的 分析膀胱尿路上皮癌中差异表达的微小RNA(miRNA),为进一步研究相关miRNA的功能及致癌机制提供平台.方法 收集2008年9月至2009年9月南京军区南京总医院泌尿外科手术获得标本,5份正常膀胱黏膜上皮组织和30例膀胱尿路上皮癌患者膀胱组织(其中浸润癌18例、非浸润癌12例;Ⅰ级10例、Ⅱ级10例、Ⅲ级10例),miRNA芯片分析筛选出差异表达miRNA.重新收集正常膀胱黏膜上皮组织(n=10)和膀胱尿路上皮癌标本(n=50);选4型膀胱尿路上皮癌细胞株,用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)验证miRNA基因芯片结果.结果 Ⅰ级、Ⅱ级、Ⅲ级、Ⅰ+Ⅱ+Ⅲ级、浸润性、非浸润性膀胱尿路上皮癌分别与正常膀胱黏膜上皮比较所得的6组差异表达基因中,has-miR-29b-1*均上调,has-miR-300、has-miR-923均下调.浸润性与非浸润性膀胱尿路上皮癌相比有7个差异表达基因,上调6个,下调1个.RT-PCR验证结果 与基因芯片结果 一致;4型膀胱癌细胞株中,T24细胞株RT-PCR验证结果 与基因芯片结果 完全一致.结论 膀胱尿路上皮癌与正常膀胱黏膜上皮组织比较存在差异表达的miRNA,其可能与膀胱尿路上皮癌的发生、浸润、进展密切相关;膀胱尿路上皮癌T24细胞株与膀胱尿路上皮癌有一致的miRNA差异表达.