应用下一代测序技术进行HLA-A、HLA-B基因分型的模棱两可结果情况分析

目的统计分析NGS法进行HLA-A、HLA-B基因分型检测的模棱两可结果的种类、比例。方法对369例浙江省脐带血库标本采用NGS法检测HLA-A、HLA-B位点,并同步对其中94例标本采用PCR-SBT测序法测定HLA-A、HLA-B位点,余下275例标本采用PCR-SSO流式磁珠法检测。使用专业软件指定NGS法的HLA-A、HLA-B分型结果,直接计算法分析模棱两可组合比例。结果所有标本NGS法检测结果与PCR-SBT法或PCR-SSO法相符合,未发现NGS法遗漏等位基因情况。NGS法以HLA-A、HLA-B命名*后第四区域的数字作为高分辨水平统计,369例有34例标本出现模棱两可结果,占9.21%(34/369),其中只有2例标本HLA-A、HLA-B位点同时存在模棱两可结果。HLA-A位点有9例标本存在模棱两可结果,表现出8种类型;HLA-B位点有27例,25种类型,分别占标本总数的2.44%(9/369)、7.32%(27/369)。结论应用NGS技术仍有少量HLA-A、HLA-B基因分型的模棱两可组合结果。     

TypeStream Visual软件在浙江汉族人群HLA分型结果指定的情况分析

目的 基于Ion Torrent S5平台评价TypeStream Visual (TSV)软件应用于HLA基因分型结果指定的情况.方法 采用AllType NGS测序试剂盒在Ion Torrent S5平台上对364例标本检测HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DQB1基因型.对HLA-DR...     

The relationship and application between Allele HLA-A*02∶09 and 4 haplotypes

目的 观察等位基因HLA-A*02∶09与4种单倍体的关系,以通过筛检相关单倍体缩小模棱两可确认实验的检测范围.方法 采用PCR-SSO-Luminex方法检测的HLA-A*02∶01和A*02∶09的模棱两可样本通过EXON4-7补充实验确认HLA-A*02∶09阳性样本,并观察是否携带特定单倍体.结果对205例A*02∶01/02∶09的模棱两可样本进行了确认实验,包含携带4种单倍体的样本58例,3例检出A*02∶09;未携带4种单倍体的147例未检出A*02∶09.结论 HLA-A*02∶01/02∶09模棱两可的比例较高,筛检高危单倍体可有效缩小骨髓库入库样本发生A*02∶01/02∶09这一组模棱两可时的确认实验的检测范围.     

HLA-DRB1基因多态性与陕西汉族妇女患中重度EM风险的相关性

目的 探讨HLA-DRB1基因多态性在陕西汉族中重度子宫内膜异位症(EM)人群中的分布及其与EM发病风险的关联性.方法 采用聚合酶链反应-直接测序技术(PCR-SBT),检测50例中重度EM患者和52例正常对照人群中HLA-DRB1的基因多态性分型,分析其基因型分布及其与中重度EM发病风险的相关性.结果 HLA-DRB1基因在EM组和对照组人群中均呈高度多态性分布;EM组人群中检测到22种HLA-DRB1基因型,其中基因型频率大于5%分别为HLA-DRB1*07:01(18%),DRB1*15:01(12%),DRB1*09:01(11%),DRB1*12:01(7%),DRB1*12:02(7%),DRB1*14:54(6%),DRB1*15:02(6%)和DRB1*14:05(5%).在对照组中人群中检测到24种HLA-DRB1基因型,其中基因型频率大于5%分别为HLA-DRB1*15:01(16.3%),DRB1*07:01(14.4%),DRB1*12:02(8.7%),DRB1*12:01(8.7%),DRB1*09:01(6.7%)和DRB1*04:05(5.8%).HLA-DRB1各基因型在EM组与对照组中的分布未见明显统计学差异.结论 HLA-DRB1基因多态性与陕西汉族中重度EM发病风险无明显关联.     

新生儿溶血病与HLA-DRB1相关性研究

目的探讨人类白细胞抗原(HLA)-DRB1等位基因多态性与新生儿溶血病(HDN)发生之间的关系。方法对117例HDN患者和112例非新生儿溶血病(NHDN)标本,采用PCR-SSO方法进行HLA-DRB1基因分型,对基因频率以及疾病发生的相对危险度(RR)进行研究。结果 HDN患者中HLA-DRB1*1202的基因频数较NHDN显著升高(χ2=7.653,P0.01,RR=2.598);含有HLA-DRB1*1202基因位点的HDN患者,其总胆红素值升高较不含该基因的患者差异有统计学意义(χ2=22.582,P0.01)。结论 HLA-DRB1*1202与HDN的易感性呈正相关,可能是其易感基因。     

多囊卵巢综合征与HLA-DRB基因相关性研究

目的探讨HLA-DRB1基因与多囊卵巢综合征(PCOS)的相关性。方法采用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)方法,检测32例汉族PCOS患者和58例对照组(正常人)的HLA等位基因频率。结果PCOS患者HLA-DRB1*09、DRB1*11、DRB1*13、DRB1*14、DRB4的等位基因频率较对照组明显升高(P<0.05或P<0.01)。结论HLA-DRB1*09、DRB1*11、DRB1*13、DRB1*14、DRB4等位基因可能是PCOS的易感基因或与易感基因相连锁。     

上海市汉族人群乙型肝炎疫苗免疫应答与HLA-DRB1等位基因的关系

目的 探讨上海市汉族人群对乙肝疫苗（hepatitis B vaccine,HepB）免疫应答与人类白细胞抗原（human leukocyte antigen,HLA）-DRB1等位基因的关系。方法 600名上海市汉族人群检测五项HBV血清学标志物,对其中全为阴性的237人以常规程序接种HepB后,采用聚合酶链反应序列特异性引物（polymerase chain reaction sequence specific primers,PCR-SSP）分型技术,对32例接种HepB后呈低、无应答者及54例正常应答者的等位基因进行HLA-DRB1检测。结果 两组观察对象性别、年龄差异均无统计学意义（均有P>0.05）。低、无应答组HLA-DRB1*07的频率（16.67%）高于正常组（0.00%）、HLA-DRB1*09的基因频率（37.50%）高于正常应答组（5.56%）,差异均有统计学意义（均有P<0.05）;HLA-DRB1*04的频率（3.13%）低于正常应答组（20.37%）,差异有统计学意义（P=0.022）。而其他HLA-DRB1基因的频率差别均无统计学意义。结论 上海汉族人群HepB低、无应答与HLA-DRB1有关,HLA-DRB1*04、DRB1*07、DRB1*09可能为低、无应答的易感基因。     

HLA-DRB1、DQB1基因多态性与肾综合征出血热相关性研究

目的探讨HLA-DRB1、DQB1基因多态性与肾综合征出血热(HFRS)相关性。方法选取2007—2016年辽宁省铁岭市辖区内医院收治的HFRS患者300例为研究组研究对象,另选取300名健康体检者为对照组研究对象;利用序列特异性引物–聚合酶链反应(PCR-SSP)技术检测2组的HLA-DRB1、HLA-DQB1基因分型,分别比较2组HLA-DRB1、HLA-DQB1基因频率(GF),并计算相对危险率(RR),采用Pearson线性相关分析HLADRB1、DQB1基因多态性与HFRS相关性。结果研究组患者HLA-DRB1等位基因共可检测出12个基因位点,对照组HLA-DRB1等位基因共可检测出13个基因位点,且研究组HLA-DRB1*16 GF为8.0%,明显高于对照组GF的1.0%(RR=6.60,χ2=4.39,P<0.05);2组其余HLA-DRB1等位基因GF差异无统计学意义(P>0.05);研究组DQB1各等位基因与对照组相比差异无统计学意义(P>0.05);Pearson线性相关分析结果显示,HLA-DRB1*16基因与流行性出血热呈正相关关系(OR=2.014,95%CI=0.373~10.132,P<0.05),DRB1*10基因与HFRS呈正相关关系(OR=2.273,95%CI=0.254~9.252,P<0.05)。结论 HLA-DRB1*16、HLA-DRB1*16基因与HFRS呈正相关关系,HLA-DRB1*16、HLA-DRB1*10基因可能是HFRS易感基因之一,可能是HFRS发生中的危险因素。     

等位基因HLA-A*02∶09与4种HLA单倍体的关系及应用

目的 观察等位基因HLA-A＊02∶09与4种单倍体的关系,以通过筛检相关单倍体缩小模棱两可确认实验的检测范围.方法 采用PCR-SSO-Luminex方法检测的HLA-A＊02∶01和A＊02∶09的模棱两可样本通过EXON4-7补充实验确认HLA-A＊02∶09阳性样本,并观察是否携带特定单倍体.结果对205例A＊02∶01/02∶09的模棱两可样本进行了确认实验,包含携带4种单倍体的样本58例,3例检出A＊02∶09;未携带4种单倍体的147例未检出A＊02∶09.结论 HLA-A＊02∶01/02∶09模棱两可的比例较高,筛检高危单倍体可有效缩小骨髓库入库样本发生A＊02∶01/02∶09这一组模棱两可时的确认实验的检测范围.     

三氯乙烯职业中毒皮肤损害与HLA-DR、DQ基因相关性研究

[目的]从HLA-DR、DQ基因角度探讨三氯乙烯职业中毒皮肤损害易感的遗传背景.[方法]采用PCR-SSP(sequence specific primer)法对三氯乙烯职业中毒皮肤损害组(病例组)及对照组进行HLA-DR、DQ基因位点等位基因分型.[结果]HLA-DRB1位点在病例组检出11个等位基因,11个血清型;对照组检出13个等位基因,13个血清型.HLA-DQB1位点在病例组及对照组均检出5个等位基因,7个血清型.获得了各等位基因分布及基因频率资料,其中DRB1*09(DR9)和DQB1*03(DQ9)等位基因频率在病例组与对照组间差异均有显著性(P＜0.05);OR值(95%可信区间)分别为DRB1*09(DR9)等位基因为0.174(0.037～0.830),DQB1*03(DQ9)等位基因为0.226(0.046～1.108).[结论]DRB1*09(DR9)和DQB1*03(DQ9)等位基因可能是三氯乙烯职业中毒皮肤损害的保护基因.     

二代测序技术与临床应用

近年来随着二代测序技术的蓬勃发展,使得高通量的基因测序技术日臻成熟,逐渐从常规基础科研实验室的应用转入临床医学的应用,测序技术原理的不断创新和工程材料应用瓶颈的不断突破使得高通量的基因序列读取趋于个体化需求的应用。阐述二代测序技术发展历程,针对目前国际市场上较为先进并占主流优势的测序产品进行简要描述,详细介绍Life Tech公司推出的Ion Torrent测序平台,阐明其基本技术原理和操作过程及相应的性能特点,列举了二代测序技术在临床应用方面的具体信息,并对二代测序技术在临床应用方面的前景进行了展望。广泛的应用前景和各类挑战并存是当下二代测序技术应用于临床的现实特征。     

矽肺与人类白细胞抗原-DRB1·和-DQB1·基因相关性的研究

目的 探讨我国北方汉族人矽肺的易感性与人类白细胞抗原（HLA）－DRB1＊、DQB1＊位点等位基因多态的相关性。方法 用序列特异性引物的聚合酶链式反应（PCR－SSP）方法，分析48名汉族矽肺患者及100名汉族无血缘关系对照者（均为有过14年以上接尘史的井下凿岩工）HLA－DRB1＊、DQB1＊位点的基因频率分布，以相对危险度（RR）代表相关程度。结果 在矽肺患者组中，DRB1＊1401、DQB1＊05的等位基因频率明显高于对照组，经统计学处理，两组间差异具有显著性（χ^2=5.61,P=0.0066,RR=17.40;χ^2=10.70,P=0.0011,RR=3.81)；而DRB1＊09的等位基因频率则明显低于对照组，差异有显著性（χ^2=5.70,P=0.0187,RR=0.21)；其他等位基因频率的分布差异无显著性（P＞0．05）。结论 HLA－DRB1＊1401、DQB1＊05可能与矽肺的易感性有关，而DRB1＊09则可能与机体抗矽肺的保护性有关。HLA－DR位点与机体易感及保护的双重作用有关，等位基因之间的共同作用可能是影响矽肺发生的原因之一。     

人类白细胞抗原DRB1*和DQB1*基因多态性与尘肺发病的相关性

目的探讨人类白细胞抗原（HIA）DRB1＊和DQB1＊位点基因多态性与尘肺发病的关系。方法采用1：1配比的病例一对照研究方法。尘肺病例组为113名Ⅰ期尘肺患者，对照组为与尘肺病例组年龄相近、同性别、同民族、同一工作地点、开始接尘时间和累积接尘工龄相差不超过2年的接尘工人。用聚合酶链反应序列特异性引物分析方法检测HIA-DRB1＊和DQB1＊共9个位点的等位基因。用SAS6．12软件进行单因素和多因素分析。结果尘肺病例组的HIA—DRB1＊08等位基因频率高于对照组，差异有统计学意义（P〈0.01），OR值为6．000，95％CI：1．906～18．941：HIA—DRB1＊09、HLA—DQB1＊06等位基因频率低于对照组，差异有统计学意义（P〈0．01），OR值为0．259、0．300，95％CI为：0．115～0．584、0．144～0．627；1：1条件logistic回归分析表明，HIA-DRB1＊08、HIA—DRB1＊09和HIA—DQB1＊06等位基因频率与尘肺有关联，调整OR值分别为：7．804、0．225和0．269，95％CI分别为：2．077—29．307、0．083—0．609和0．117～0．613。生存分析表明，HIA—DRB1＊08等位基因为尘肺潜伏期的危险因素；HIA—DQB1＊06为保护因素。结论HIA—DRB1＊08等位基因可能为尘肺易感的危险因素，HLA—DQB1＊06可能是抗尘肺的保护性的等位基因。     

湖南地区人群HLA-A、B、DRB1等位基因多态性的研究

目的研究湖南地区人群HLA-A、B、DRB1位点等位基因的多态性。方法采用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)技术对3 664名湖南籍健康人进行HLA-A、B、DRB1等位基因的低分辨分型。结果本次研究共检出HLA-A、B、DRB1位点等位基因74种,其中A位点17种,B位点44种,DRB1位点13种。A位点中A*11(34.42%)、A*02(31.88%)、A*24(18.01%)、A*33(6.18%)为湖南人群的优势基因。B位点中B*40(23.70%)>B*46(17.76%)>B*15(13.99%)>B*13(8.60%)。DRB1位点中,频率最高的为DRB1*09(19.69%),其次为DRB1*15(14.01%)、DRB1*12(12.97%)、DRB1*04(11.96%)、DRB1*08(9.02%),频率最低的为DRB1*01(0.88%)。与其他地区不同人群相比,HLA-A、B、DRB1各位点等位基因的分布均有显著的差异。结论湖南人群的HLA-A、B、DRB1位点等位基因具有复杂的多态性,中国各地常见的基因均有分布,白血病患者在湖南不难找到合适的造血干细胞供者。本研究结果可作为湖南地区人群正常参考值,为人类学及HLA与疾病相关的研究提供了有力的背景资料。     

岳阳市汉族造血干细胞捐献志愿者HLA-DRB1高分辨基因多态性研究

目的检测中华骨髓库湖南分库岳阳市汉族造血干细胞捐献志愿者HLA-DRB1高分辨基因型,了解其基因频率和基因多态性分布特点。方法采用DNA序列测定的分型技术,对1 381名汉族志愿者进行HLA-DRB1高分辨基因分型。结果检出236种HLA-DRB1基因型,主要基因型为0901/0901（4.63%）、0901/0803（4.42%）、0901/1202（4.42%）、0901/1501（4.27%）,基因型的分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。检出43种HLA-DRB1等位基因,前5位依次为DRB1＊0901（19.41%）、DRB1＊1501（10.79%）、DRB1＊1202（8.98%）、DRB1＊0803（7.49%）、DRB1＊0405（5.47%）,前5位等位基因频率分布与中华骨髓库湖北分库汉族人群比较,差异无统计学意义;与中华骨髓库北方汉族人群比较,差异有统计学意义。结论本资料从高分辨基因分型水平反映了岳阳汉族人群HLA-DRB1的分布情况,对指导HLA-DRB1与疾病的预测和预防、临床寻找HLA匹配的无关造血干细胞捐献者和我国人群群体遗传性研究等有重要意义。     

慢性乙型肝炎患者人类白细胞相关抗原DRB1基因频率与白细胞介素-18表达水平的相关性研究

目的 研究慢性乙型肝炎患者人类白细胞抗原-DR基因(HLA-DRB1*03)与白细胞介素-18(IL-18)表达水平的相关性.方法 采用PCR-SSP方法对153例慢性乙型肝炎患者与正常对照138例进行HLA-DRB1*03检测,并同时用双抗体夹心法检测IL-18表达水平.结果 153例慢性乙型肝炎患者中HLA-DRB1*03携带者34例,携带率为22.22%,明显高于正常对照人群的携带率5.79%,HLA-DRB1*03阴性乙型肝炎患者IL-18平均表达水平明显高于阳性患者(P<0.05).结论 HLA-DRB1*03等位基因携带者对HBV感染具有易感性,HLA-DRB1*03(-)慢性乙型肝炎患者Th1因子表达水平高于HLA-DRB1*03(+)慢性乙型肝炎患者.     

HLA-Ⅰ基因型对HIV-1感染患儿特异性细胞毒性T细胞应答的影响

目的 对HIV-1感染患儿的人类白细胞抗原(HLA)-Ⅰ基因型进行分析,探讨其对HIV-1特异性CTL应答的影响.方法 采用酶联免疫斑点技术(ELISPOT),以HIV-1 P24区域的氨基酸序列人工合成的12个重叠肽段组成的肽段库作为特异性抗原表位,对5例接受HAART后的HIV-1感染患儿外周血单核细胞(PBMC)的IFN-γ分泌细胞频数进行测定研究.同时,还采用了PCR-序列特异引物技术(PCR-SSP)及PCR-直接碱基序列分析基因分型技术(PCR-SBT)对这5例患儿进行了HLA-Ⅰ等位基因分型及HLA-B*高分辨等位基因分型.结果 5例HIV-1感染息儿中,4例HLA-B*基因型为B*40,其中3例为HLA-B*4001,1例为HLA-B*4002.其HIV-1抗原特异性CTL应答水平差异明显.5例患儿均未出现免疫重建炎症综合征.结论 基因型为HLA-B*40的儿童可能更易感染HIV-1,HLA-B*40可能影响HIV-1感染患儿的抗原特异性CTL应答.