2014年鞍山地区麻疹暴发疫情基因特征分析

目的了解2014年鞍山地区麻疹暴发疫情的优势基因型别,并分析其与H1a亚型参考株Chin9322平均核苷酸和氨基酸的同源性。方法采集2014年鞍山市暴发的疑似麻疹患者的咽拭子标本,使用WHO推荐的vero-SLAM细胞进行麻疹病毒分离,用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增麻疹病毒分离株的N基因羧基末端450 bp片段。对扩增产物的核苷酸序列与WHO各基因型参考株基于N基因构建的基因亲缘性关系树,分析麻疹病毒基因型。结果150份咽拭子标本中分离到26株麻疹病毒毒株,经对分离株的核蛋白(N)碳末端450个核苷酸进行序列测定和亲缘性关系比较,26株麻疹病毒均属于H1基因型的H1a亚型,其中核苷酸和氨基酸之间的同源性分别为98.2%~100.0%和98.0%~100.0%。结论 2014年鞍山地区麻疹暴发疫情是由麻疹病毒H1基因型的H1a亚型引起的流行,本次流行期内的麻疹病毒几乎是同源的,在病毒的传播过程中几乎不发生基因变异。     

四川省2003～2005年麻疹野病毒分离株基因特征分析

目的了解四川省2003~2005年流行的麻疹野病毒分离株基因特征,为控制、消除麻疹提供科学依据。方法用B95a、Vero/Slam细胞从疑似麻疹爆发和散发患者的标本中分离麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)从分离到的22株麻疹病毒中扩增出核蛋白(nucleoprotein,N)基因羧基末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以C末端456个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析。结果四川省2003~2005年从6个市(自治州,下同)分离的22株麻疹野病毒全部为H1基因型,除2株为H1b基因亚型外,其余均为H1a基因亚型。22株麻疹野病毒的核苷酸同源性为96.2%~100.0%,氨基酸同源性为95.3%~100.0%。四川省11株麻疹病毒代表株与中国S191疫苗株的核苷酸同源性为90.0%~92.5%,氨基酸同源性为86.7%~91.6%。结论四川省2003~2005年流行的麻疹野病毒以H1a为绝对优势基因亚型,H1b为弱势基因亚型,未发现H1c基因亚型。其中以H1a基因亚型为主的病毒株引起的多个传播链造成四川省各市的麻疹流行。     

2006年河北省麻疹病毒分子流行病学监测

目的了解2006年河北省流行的麻疹病毒基因型特征。方法对2006年分离的30株麻疹野病毒进行分子流行病学研究。结果 30株麻疹野病毒均为H1a基因亚型,其核蛋白(N)基因碳末端456个核苷酸同源性为99.7%～98.0%之间,氨基酸同源性为96.0%～100%之间;与S191株核苷酸同源性为91.4%～92.3%之间,氨基酸同源性在86.7%～89.4%之间。2006年分离到的30株麻疹病毒存在3个分支(传播链)。结论 H1a基因亚型为2006年河北省优势流行基因型,H1b基因亚型可能已经终止,麻疹野病毒与现行疫苗株S191之间变异仍在加大。     

2014年北京市西城区40例麻疹患者分离的麻疹病毒基因型及同源性

目的了解北京市某城区2014年分离的麻疹病毒基因型,及时发现输入性麻疹病例。方法采用荧光聚合酶链反应（PCR）方法,对北京市西城区2014年采集的标本进行病毒核酸鉴定、RT PCR扩增,扩增产物进行测序及序列比对分析。结果2014年北京市西城区共采集81例麻疹疑似患者的82份标本,其中咽拭子63份,尿19份。麻疹病毒核酸检测阳性70例,RT PCR扩增、测序获得基因序列40份,麻疹病毒培养阳性毒株37例。种系进化树分析显示,获得的40份麻疹病毒基因序列与H基因簇代表株Chin9322/H1a,以及世界卫生组织推荐的代表株MVi/Hunan.CHN/0.93/7/H1在同一分支上,核苷酸水平上同源性分别为98％～98.9％、96.9％～97.8％;氨基酸水平上同源性分别为97.3％～99.3％、95.3％～98％。结论2014年北京市西城区麻疹病例以本土基因型(H1)病例为主,进一步加强麻疹病例病原学监测对麻疹输入性病例的控制和预防具有重要意义。     

四川省1株输入性麻疹病毒基因特征分析

目的分析四川省1麻疹病毒分离株的基因特征。方法病毒分离和核苷酸测序后,与麻疹病毒基因型参考株编码核蛋白羧基末端的456个核苷酸序列做进化树分析。结果该病毒分离株（MVi/Sichuan.CHN/7.09/1）与D9基因型参考株聚集在同一进化分枝上,bootstrap值为91%。与D9基因型参考株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.9%和96.6%;与其他22个基因型参考株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.9%～96.2%和90.7%～98.0%。结论现有的麻疹实验室网络数据表明,该病毒分离株为我国大陆首次分离到的D9基因型麻疹病毒,证实为输入性病毒。     

儿童麻疹流行的临床特点及基因特征

目的探讨儿童麻疹流行的临床特点及基因特征,为临床治疗提供参考依据。方法回顾性分析2012年3-8月38例麻疹患儿的临床特点,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测麻疹患者的咽拭子病毒标本,对部分PCR扩增阳性的片段进行研究基因测序、并绘制系统进化树进行同源性分析。结果 38例麻疹患者咽拭子标本中经RT-PCR检测阳性32例,阳性率84.2%;随机选择8例阳性标本进行基因测序,均为H1a基因亚型;与该型参考株AF045205﹑AF045206核苷酸同源性为98.0%⁹9.0%。结论麻疹病毒流行优势株均是H1a基因亚型,无输入性的其他亚型出现。     

宁波地区2004～2008年麻疹野病毒分离株基因特征分析

目的了解宁波地区流行的麻疹野病毒基因型别和特性。方法对2004～2008年宁波地区分离到的麻疹野病毒,采用逆转录-聚合酶链反应扩增麻疹病毒核蛋白基因碳末端456个核苷酸并进行序列测定,与基因库中麻疹病毒各基因型参考株比较并分析毒株变异情况。结果2004～2008年共分离到麻疹病毒22株,均属H1基因型,与H1型参考株China93-7的核苷酸同源性为97.1%～98.5%,与中国疫苗株沪191的核苷酸/氨基酸差异为8.0%～9.5%/9.8%～14.5%;其中16株与H1a参考株China93-2的核苷酸同源性为98.2%～99.6%,属于H1a亚型;6株与H1b参考株China94-7的核苷酸同源性为98.5%～98.9%,属于H1b亚型。结论宁波地区2004～2008年流行的麻疹病毒均为H1基因型,且以H1a亚型为主,亦存在H1b亚型。     

北京市门头沟区麻疹病毒流行株基因特征研究

目的研究北京市门头沟区流行麻疹病毒(Me V)的基因型别及特征。方法采集麻疹疑似患者咽拭子和尿液标本分离病毒,提取病毒RNA,逆转录PCR扩增病毒的N基因碳末端的634 bp的核苷酸片段,对扩增产物进行序列测定和比较分析。结果在发病的39例患者中,14例扩增到N基因片段,序列阳性率为35.9%,经过序列比对,均为H1基因型。本研究所获得的14株麻疹病毒H1基因亚型在亲缘关系进化树上与WHO推荐的H基因型代表株Hunan.China93-7/H1-H1c同属一个分支,核苷酸同源性为96.7%~97.9%,氨基酸同源性为95.5%~97.3%。结论 H1基因型麻疹病毒是门头沟区麻疹病毒的优势流行株,与北京市及全国麻疹病毒流行株无差异。     

2013年-2014年北京市流行麻疹病毒基因型特征分析

目的了解北京市2013年-2014年流行的麻疹病毒基因型特征和变异趋势,为开展麻疹分子生物学监测提供科学依据。方法采用实时多重荧光RT-PCR方法进行麻疹病毒核酸鉴定,鉴定阳性标本采用RT-PCR方法扩增麻疹病毒N基因C末端450个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定。分析基因型流行特征,并同WHO麻疹病毒基因型代表株、我国H1基因型代表株、疫苗株构建基因进化树进行核苷酸、氨基酸的同源性分析。结果 1 347株麻疹病毒基因型分别为1 303株H1a基因型,37株为D8基因型,5株为A基因型,1株D9基因型,1株B3基因型。H1a基因型麻疹病毒在全市16个县区均有流行。1 303株H1a基因型核苷酸同源性为99.7%~100.0%,氨基酸同源性为97.3%~100.0%。结论 2013年-2014年北京流行的麻疹病毒主要为H1基因型,以H1a为优势亚型,发现3种新的基因型输入。     

江苏省2007年麻疹野毒株基因特征分析

目的 阐明江苏省2007年流行的麻疹野病毒分离株的基因特征,为控制、消除麻疹提供依据.方法 用Ve-ro-Slam细胞从麻疹患者的咽拭子标本中分离麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)从分离到的麻疹病毒株中扩增出核蛋白(Nucleoprotein,N)基因羧基末端600个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析.结果 江苏省2007年分离的14株麻疹野病毒全部为H1基囚型中的H1a基因亚型,在基因树上有多个分支.14株麻疹野病毒的核苷酸同源性为96.7%～100.0%,氨基酸同源性为94.0%～100.0%.与中国沪191麻疹疫苗株的核苷酸同源性为90.1%～91.6%,氨基酸同源性为84.7%～88.0%;与H2基因型代表株China94-1的核廿酸问源性为91.6%～93.4 0A,氨基酸同源性为88.0%～91.3%.结论 江苏省2007年流行的麻疹野病毒优势基闪亚型为H1a,与我国大陆其它省份流行的优势基因亚型相同.     

我国首例输入性D_9基因型麻疹病毒的分离和鉴定

目的分离并鉴定我国首例输入性D9基因型麻疹病毒。方法使用Vero/SLAM细胞（非洲绿猴肾细胞/淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞）分离病毒,使用逆转录-聚合酶链反应扩增出编码核蛋白羧基末端450个核苷酸片段,通过对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,构建基因亲缘性关系树,进行遗传距离分析。结果四川省D9基因型麻疹病毒分离株MVi/Sichuan.CHN/07.09/1和世界卫生组织D9基因型代表株Victoria.AUS（维多利亚？澳大利亚）/12.99在基因亲缘性关系树上同属一个分支,核苷酸同源性为96.9%;和2008年流行于泰国和荷兰的D9基因型麻疹野病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.8%～100%和99.3%～100%;和中国大陆目前所使用的麻疹疫苗株沪191相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为92.3%和90.7%;和中国目前流行的麻疹病毒绝对优势本土基因型H1基因型代表株相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为90.8%和92.1%。结论输入中国四川省的麻疹病毒株为D9基因型。     

中山市6例疑似麻疹疫苗相关病例病原学特征分析

目的 分析中山市6例疑似麻疹疫苗相关病例的病原学特征。 方法 采集中山市2014－2015年6例疑似麻疹疫苗相关病例咽拭子样本并提取核酸,采用巢式PCR法扩增麻疹病毒核蛋白(N)基因羧基末端450个核苷酸片段并测序,分析其与世界卫生组织(WHO)参考株、麻疹病毒中国疫苗株沪₁₉₁(Shanghai₁₉₁,S₁₉₁)基因的亲缘关系、核苷酸与氨基酸序列相似度。 结果 6份样本中,2份未检出核酸,4份检出核酸,序列比对结果示3株病毒核苷酸、氨基酸序列相似度均为100%,与S₁₉₁株相比,核苷酸序列和氨基酸序列相似度也为100%,属于A基因型;1株病毒与Chin9322-H_1a株相比,核苷酸序列相似度为97.7%,氨基酸序列相似度为96.6%,为H_1a基因型。 结论 3例病例为疫苗株感染,1例为野毒株感染。     

福建省发现输入性B3基因型麻疹病毒

目的 分析福建省2018年输入性B3基因型麻疹病毒的病原学特征。方法 采用实时荧光定量RT-PCR筛查和扩增麻疹病毒核酸阳性咽拭子及Vero/Slam细胞培养阳性产物。对麻疹病毒N基因羧基末端634个核苷酸片段进行扩增测序,比对分析构建基因亲缘性关系树。结果 分离获得2株麻疹病毒株,18条病毒核酸序列。所有福建株在亲缘关系上与WHO B3基因型参考株同属一个分支,其中标本MV18-41和MV18-42与2018年分离于中国香港地区的毒株（HongKong.CHN/35.18）核酸同源性为100.0%;其他毒株序列与2018年分离于日本的毒株（Mvs/Osaka.JPN/38.18/B3）同源性最高（99.9%）。福建株与除B3基因型外,23种WHO不同麻疹基因型参考株之间比较,福建株与B1基因型参考株核苷酸和氨基酸同源差异性最小,分别为95.1%～95.4%和95.3%;与H1基因型参考株同源差异性最大,其中与中国目前优势流行的参考株MVi/Hunan.CHN/0.93/7核苷酸和氨基酸同源差异分别为88.7%～89.0%和87.3%;在病毒N蛋白羧基末端150个氨基酸位点上,福建株与疫苗株（Shanghai-191）之间存在13个变异位点,但这些位点并未引起该蛋白区域的功能变化。结论 福建省成功分离获得2株B3基因型麻疹毒株,B3基因型麻疹病毒是福建省发现的新基因型麻疹病毒,在补充和丰富福建省麻疹病毒分子流行病学本底资料的同时也进一步警示必需加强输入性病例的监测,才能更好地完成福建省麻疹病毒的控制和消除工作。     

云南省澜沧江流域蚊虫流行性乙型脑炎病毒分子特征分析

目的确定2007-2009年从云南省澜沧江流域采集蚊虫中分离的13株流行性乙型脑炎病毒(JEV)基因型及其E基因序列特征。方法用反转录-聚合酶链反应(RTPCR)扩增E蛋白核苷酸序列,测序后用DNAStar软件包中的MegAlign程序完成核苷酸相似性和氨基酸同源性分析;用ClustalX1.83软件进行碱基配对后采用Mega5.0软件做进化树分析。结果 13株JEVE基因的核苷酸相似性为98.0%～100%,氨基酸的同源性为99.8%～100%,与我国乙脑减毒活疫苗株SA14-14-2的核苷酸相似性为86.1%～86.9%,氨基酸同源性为96.8%～97.2%;进化树分析发现,13株JEV均属于基因Ⅰ型。结论 2007-2009年从云南省澜沧江流域采集蚊虫中分离的13株病毒属于JEV基因Ⅰ型。     

2002-2007年福建省麻疹野病毒的分离与基因特性分析

[目的]收集福建省流行的麻疹野毒株,分析麻疹野病毒的基因特征。[方法]应用B95a或Vero/slam细胞,从疑似病例的咽拭子或尿液标本分离麻疹病毒,用RT-PCR方法扩增分离株病毒的N基因3'端450个核苷酸片段,分析其基因型别及遗传特征。[结果]2002年、2006-2007年共从5个设区市分离了14株麻疹野病毒,均为H1a基因亚型。14株病毒核苷酸同源性为97.8%~100%,在遗传树图中分属于4个独立分支,具有不同的来源。福建省分离株与H1基因型中国代表株、H2基因型及疫苗株S191相比,与S191差异性最大(核苷酸同源性91.0%~92.0%,氨基酸同源性88.1%~90.1%)。MV06-32、MV07-30、MV07-39和MV07-46这4株间N基因3'端450个核苷酸间同源性为100%,显示不同地区和年份来源的病毒株具有高度同源性。[结论]福建省目前监测到的麻疹野病毒均为H1基因型、H1a基因亚型,未发现其它型别;不同地区或同一地区内存在多传播链同时循环,也存在同一野病毒株可在不同地区、不同年份间持续循环传播。     

河北省D8基因型麻疹病毒输入性疫情监测及基因型特征分析

目的 分析河北省D8基因型麻疹病毒输入性疫情流行及基因型特征。方法 对麻疹监测病例的流行特征进行分析,对采集的急性期咽拭子标本进行荧光定量RT-PCR鉴定、病毒分离培养及核苷酸序列测定和分析。结果 监测到输入性D8基因型麻疹病例36例,主要集中在邯郸市的8个县（区）,其中成安县确诊病例数最多,占报告病例数的58.33%（21/36）,所有病例均出现了发热和出疹症状,2岁以下病例及无免疫史病例分别占全部发病数的55.55%（20/36）和86.11%（31/36）,发生肺炎的儿童数占患病儿童总数的44.12%（15/34）。经基因亲缘性关系分析,输入性D8基因型与D8基因型WHO参考株（D8-Manchester.UNK/30.94）的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%~98.6%和97.3%,与我国本土基因型H1基因型参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为92.8%~93.1%和93.3%。结论 D8基因型麻疹病毒输入性疫情已造成河北省内的本土传播,需要进一步加强麻疹病毒的分子流行病学监测,及早发现和处置疫情,提高适龄儿童麻疹类疫苗的覆盖率和及时接种率,避免院内交叉感染。