长链非编码RNA GIHCG在胆管癌组织中表达及其临床意义

目的:通过分析癌症基因组图谱（TCGA）数据库,筛选胆管癌预后相关长链非编码RNA（lncRNA）GIHCG,检测其在胆管癌组织中的表达水平,探讨其临床意义。方法:使用R语言的limma包分析TCGA中31例胆管癌组织和9例癌旁组织的数据,后用survival包及survival ROC包筛选与患者生存相关的差异基因表...     

长链非编码RNA MIR4713HG调节结直肠癌进展及预后的生物信息学分析

目的：通过生物信息学方法,分析长链非编码RNA（long no?codding RNA,lncRNA）MIR4713HG对结直肠癌（colorectal cancer,CRC）进展及预后的作用,并进一步预测可能的分子机制。方法：从肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库下载CRC基因表达数据及临床数据,应用Perl及R软件对数据进行整理后筛选出差异表达的基因;进一步对差异基因行生存、独立预后及临床病理相关性分析,选取相关性最强的差异基因作为目的基因;分析目的基因的表达与CRC不同临床病理特征的相关性及对患者预后的影响;利用R软件对不同的临床病理特征行独立预后分析;最后,对目的基因行基因集富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）,并利用R软件分析目的基因与潜在靶基因的相关性,预测目的基因调控CRC进展及预后可能的机制。结果：通过对基因表达数据进行分析获得7 866个差异表达基因;对差异基因行生存、独立预后及临床病理特征相关性分析发现,MIR4713HG与CRC的生存预后及临床病理特征均显著相关。选取MIR4713HG作为目的基因,通过TCGA数据库发现MIR4713HG在CRC组织中显著高表达（P < 0.001）;MIR4713HG与CRC的分级、TNM分期具有相关性（P < 0.05）,而与患者的年龄无相关性（P=0.999）;独立预后分析提示患者预后与MIR4713HG、年龄、肿瘤分级、TNM分期相关（P < 0.05）,MIR4713HG及年龄可作为评价患者预后的独立风险因子。GSEA显示,MIR4713HG在P53信号通路中被富集;MIR4713HG与潜在靶基因的相关性分析显示,MIR4713HG与BAK1、FAS具有相关性（|r|>0.25,P < 0.001）。结论：lncRNA MIR4713HG可作为评价CRC进展及预后的靶标,其可能通过P53/BAK1/FAS信号通路发挥作用。     

基于ceRNA调控网络的乳腺癌预后相关生物标志物筛选

目的 利用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库筛选差异表达mRNA、miRNA和lncRNA分子标签,构建预后相关的核心ceRNA调控子网络,探索其在乳腺癌预后相关生物标志物筛选中的作用.方法 从TCGA下载乳腺癌患者的测序数据和临床数据,利用R包"Deseq2"和单因素COX比例风险回归模型,分别筛选差异表达且与预后相关...     

基于生物信息学分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达及临床意义

目的 通过生物信息学分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达及其对临床治疗和预后评估的意义。方法 下载癌症基因组图谱（the Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库中多种肿瘤表达资料,采用R语言分析FAM83H-AS1在多种癌症中的表达情况。单独分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达情况,并通过基于基因表达水平值的交互式分析平台（Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA）在线数据库验证表达情况。利用TCGA数据库下载并分析生存资料,明确FAM83H-AS1表达水平与乳腺癌患者预后的关系,并利用GEPIA及Kaplan-Meier Plotter进行双重验证。同时利用TCGA临床信息分析FAM83H-AS1与临床病理分期的关系,运用R语言分析FAM83H-AS1与肿瘤微环境、免疫检测点相关基因及肿瘤突变负荷（tumor mutation burden,TMB）的相关性,并进行基因集富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）。结果 FAM83H-AS1在多种癌症中表达异常,其中在乳腺癌中的表达显著升高,且高表达FAM83H-AS1的乳腺癌患者总生存率显著降低。此外,不同临床分期的乳腺癌患者FAM83H-AS1的表达水平不同。FAM83H-AS1与乳腺癌样本中的基质细胞评分及免疫细胞评分均呈负相关,与一些免疫检测点相关基因表达具有相关性,TMB雷达图结果提示FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达与TMB存在正相关性,GSEA结果提示FAM83H-AS1的表达与错配修复功能呈正相关性。结论 FAM83H-AS1基因在乳腺癌中高表达,与患者的不良预后、临床病理分期、肿瘤微环境及TMB均有相关性。同时FAM83H-AS1与免疫检测点相关的一些基因及错配修复基因存在相关性,以上可能为临床乳腺癌的治疗、预测预后及基因靶向药物的研制提供理论依据。     

基于数据库LKB1突变肺腺癌DNA异常甲基化位点构建的预后风险模型

目的 构建DNA甲基化相关的肝激酶B1(LKB1)突变肺腺癌预后风险模型.方法 下载并分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中RNA和甲基化测序数据.筛选甲基化调控显著影响预后的差异表达基因,构建预后风险模型,将LKB1突变肺腺癌患者分为高风险组和低风险组,并进行相关功能学分析.结果 筛选出3个低甲基化高表达的预后相关基...     

免疫相关基因及其决定的免疫细胞微环境对胃腺癌预后的预测价值

目的:通过生物信息学分析筛选胃腺癌的差异表达免疫相关基因及癌症相关通路,结合免疫细胞微环境预测胃腺癌的预后。方法:从癌症基因图谱数据库（TCGA）和基因表达（GEO）数据库下载RNA测序数据和临床数据通过生物信息学分析,获得343例胃腺癌组织和30例正常组织中差异表达的免疫相关基因;根据单因素和多因素Cox回归分析筛选...     

生物信息学在三阴性乳腺癌mi RNA生物标志物筛选中的应用

目的：通过医学癌症数据库（TCGA）和基因表达数据库（GEO）分析三阴性乳腺癌（TNBC）中差异表达微小RNA（miRNAs）并预测其靶基因,探讨其生物学功能和分子机制,寻找TNBC预后相关靶点。方法：下载TCGA数据库中343项关于乳腺癌组织与癌旁组织相关的miRNAs表达数据,筛选乳腺癌与癌旁组织中差异表达的miRNAs;GEO数据库验证miRNAs在TNBC细胞系的26种细胞株中的表达以及TNBC患者经过化疗前后血清中miRNAs的变化;通过基因本体（GO）功能注释及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集、蛋白质互作网络分析候选miRNAs的靶基因功能。结果： TCGA数据库,在乳腺癌组织中的miR-21-5p表达水平明显高于相邻癌旁组织（logFC=5.557,P<0.01）;GEO数据库筛选,miR-21-5p在TNBC细胞系中表达水平明显升高,在26种TNBC细胞株中超过20种细胞株相对表达水平>70 000,TNBC患者经联合化疗后miR-21-5p的表达水平明显降低（logFC=-5.07,P<0.01）;GO分析,miR-21-5p主要在DNA复制、转录以及血管重构等方面发挥调控作用;KEGG富集分析,miR-21-5p主要通过促分裂原活化蛋白激酶（MAPK）和转化生长因子β（TGF-β）等通路影响TNBC的发生发展。结论： miR-21-5p在TNBC组织中表达上调,在TNBC进展中发挥正调控作用,可能成为鉴定TNBC相关预后程度的关键生物学标志物。DUSP8等可能作为miR-21-5p的靶基因参与调控TNBC的发生发展。     

基于铁死亡基因的乳腺癌预后模型构建

目的 通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库挖掘与乳腺癌预后相关的铁死亡基因,构建乳腺癌预后模型.方法 下载TCGA数据库中转录组与临床数据,获取与预后相关的在乳腺癌组织与癌旁正常组织中存在差异表达的铁死亡基因,利用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归法构建风险评分模型.将TCGA数据库中获取的患者信息作为模型测试集...     

基于TCGA数据构建乳腺癌上皮间质转化相关lncRNA的预后模型

目的：通过生物信息学分析,探讨上皮间质转化（EMT）相关的长链非编码RNA(lncRNA)在乳腺癌中的预后作用。方法：从TCGA数据库下载乳腺癌的转录组数据及临床信息,在MSigDB数据库下载EMT相关基因的数据集,然后利用差异分析、共表达分析、Cox回归分析、Lasso回归分析、生存分析等生物信息学方法,构建乳腺癌中EMT相关lncRNA的风险特征,并进一步检验其预测效能。结果：乳腺癌肿瘤组和正常组有311个差异表达的EMT相关基因（P<0.05）,与这些基因存在共表达关系的lncRNA有315个（皮尔逊相关系数r=0.7,P<0.001）,其中,与预后可能相关的lncRNA有16个（P<0.05）。进一步行Lasso回归分析及多因素Cox回归分析,最终得到基于9个lncRNA表达水平的风险评分公式,根据风险评分的中位数将患者分为高、低风险组,生存分析结果显示,相比于低风险组,高风险组患者的总生存期更低(P<0.001)。ROC曲线结果表明,风险评分预后模型对乳腺癌的3、5、10年生存期具有较好的预测效能,Cox回归分析结果进一步表明该模型可以作为一个独立的预...     

基于坏死性凋亡相关LncRNA的结肠腺癌临床预测模型的构建和验证

目的 基于癌症基因组图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)构建结肠腺癌坏死性凋亡相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)临床预测模型与验证。方法 从TCGA下载结肠腺癌转录组和临床数据,从基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库及检索文献得到坏死性凋亡相关基因。运用R软件通过共表达筛选出差异坏死性凋亡相关LncRNA,采用单因素分析筛选出预后相关坏死性凋亡LncRNA,运用Lasso回归分析和多因素分析构建预后风险模型。通过差异分析、Kaplan-Meier生存分析、风险分析、受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)、临床分组模型验证以评价该模型的可行性和准确性。采用多因素进行模型的独立预后分析,同时绘制Nomogram图预测患者1年、3年和5年...     

铜死亡相关lncRNA预测三阴性乳腺癌患者预后及与肿瘤免疫微环境的关系

目的明确铜死亡相关长链非编码RNA（lncRNA）在三阴性乳腺癌（TNBC）中的预后价值及与肿瘤免疫微环境的关系。方法收集肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库中收录的TNBC患者临床信息和转录组测序数据,利用共表达分析筛选铜死亡相关lncRNA,通过Cox回归分析构建预后模型。基于所构建的预后模型,将TNBC患者分为不同风险分组,利用功能富集、免疫浸润分析,评估不同分组患者的肿瘤免疫微环境状态。结果TCGA中筛选到TNBC铜死亡相关lncRNA111个,Cox回归分析建立由MELTF-AS1、APTR、DHRS4-AS1、LINC02188和URB1-AS1等5个铜死亡相关lncRNA组成的TNBC预后模型。低风险组患者生存时间明显长于高风险组（P＜0.05）。高风险组患者肿瘤组织中免疫抑制性细胞浸润增加。结论基于铜死亡相关lncRNA所建立的预后模型可有效预测TNBC患者预后及评估肿瘤免疫微环境。     

基于转录组测序构建食管腺癌预后相关的内源竞争RNA网络

目的挖掘食管腺癌中内源竞争RNA（ceRNAs）网络,探索预后影响机制。方法提取癌症和肿瘤基因图谱计划（TCGA）数据库中正常食管组织和食管腺癌组织转录组数据,挖掘差异表达且与预后相关的长链非编码RNA（lncRNA）、短链非编码RNA（miRNA）及mRNA。采用权重基因共表达网络分析预后相关基因的关联性,构建ceRNA网络。采用基因集富集分析（GSEA）探索影响预后的可能机制。结果ACO87388.1、AC131009.3、miR-29c-3p、CDK1、TPX2是在正常组织和食管腺癌组织中预后相关的差异表达基因,并可构成ACO87388.1/miR-29c-3p/CDK1、ACO87388.1/miR-29c-3p/TPX2、AC131009.3/miR-29c-3p/CDK1、AC131009.3/miR-29c-3p/TPX2四种ceRNA调控网络。结论ACO87388.1、AC131009.3、miR-29c-3p、CDK1和TPX2是影响食管癌患者预后的重要分子。     

基于转录组学膀胱癌临床预后模型的构建

目的：筛选膀胱癌预后相关基因,建立膀胱癌预后评分模型。方法：通过UCSC Xena平台下载癌症基因组图谱（TCGA）数据库、基因型和基因表达量关联数据库（GTEx）中406例膀胱癌患者的临床信息和膀胱癌组织RNA测序数据,以及28名健康对照者正常膀胱组织RNA测序数据。采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单因素Cox回归分析、LASSO回归分析和多因素Cox回归分析筛选膀胱癌预后相关基因并建立预后模型,结合Kaplan-Meier生存曲线、受试者操作特征曲线（ROC曲线）验证模型的准确性。结果：分析得到膀胱癌相关差异表达基因共2308个。WGCNA拟合得到6个基因模块,筛选出对膀胱癌预后有显著作用的基因829个。运用单因素Cox回归与LASSO回归分析筛选出24个与膀胱癌患者预后相关的基因,多因素Cox回归分析训练集数据得到9个作为独立预测因子的基因,分别是ADCY9、MAFG_DT、EMP1、CAST、PCOLCE2、LTBP1、CSPG4、NXPH4、SLC1A6,以此建立膀胱癌患者预后预测模型。训练集中高风险组和低风险组3年存活率分别为31.814%和59.821%,测试集中高风险组和低风险组3年存活率分别为32.745%和68.932%,模型预测训练集和测试集患者预后的ROC曲线下面积均在0.7以上。结论：本研究建立的模型对膀胱癌高风险和低风险人群的生存情况具有较好的预测能力。     

基于数据库挖掘分析PDZK1与乳腺癌氟维司群耐药的相关性

目的 探讨在乳腺癌氟维司群耐药中发挥关键作用的基因。方法 通过GEO公共数据库筛选两组氟维司群耐药细胞数据集,获取与氟维司群耐药相关的基因,分析蛋白互作网络(PPI)蛋白互作网络,筛选关键耐药基因,结合TCGA数据库分析关键基因临床预后相关性,通过细胞模型验证其生物学功能。结果 GEO数据库分析发现PDZ结构域蛋白1(PDZK1)在氟维司群耐药株呈显著低表达(P<0.05)。TCGA数据库显示PKZK1高表达与肿瘤临床分期呈显著负相关,分析发现PDZK1表达与乳腺癌患者预后良好显著相关,在乳腺癌细胞模型中过表达PDZK1基因可以提升氟维司群治疗的敏感度。结论 PDZK1的表达与氟维司群治疗耐药呈负相关,雌激素受体阳性乳腺癌患者中PDZK1高表达人群选择氟维司群治疗的临床获益更大。     

基于生物信息学构建肝细胞癌预后相关circRNA-miRNA-mRNA调控网络

目的 应用生物信息学方法筛选肝细胞癌中差异表达的环状RNA (circRNA),构建肝癌预后相关circRNA-微RNA (miRNA)-mRNA调控网络。方法 从基因表达综合（GEO）数据库中下载肝癌相关circRNA数据集,应用GEO2R工具筛选差异表达circRNA,在Circular RNA Interactome及circBank数据库中预测与circRNA相结合的miRNA,在miRDB、RNAInter及TargetScan数据中预测miRNA的靶基因,构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。应用DAVID软件、STRING数据库、Cytoscape软件及GEPIA数据库对靶基因进行功能注释、通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）构建及预后分析,最后确定肝癌预后相关circRNA-miRNA-核心靶基因调控网络。结果 筛选出1个circRNA,为hsa＿circRNA＿0000301,与之结合的miRNA有4个,分别为hsamiR-377-3p、hsa-miR-767-3p、hsa-miR-1178-3p及hsa-miR-1228-3p。功能注释和通路富...     

基于生物信息学分析LncRNA AC005479.2在甲状腺乳头状癌中的表达及相关分析

目的 通过生物信息学分析探讨甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma, PTC)的关键基因及其潜在调控分子靶标,探索其在PTC中的分子调控机制。方法 通过TCGA数据库检索并下载甲状腺乳头状癌的基因表达谱,使用Rstudio中的“Limma”软件包寻找甲状腺乳头状癌与癌旁组织之间的是否存在差异长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)。使用WGCNA构建及临床相关性分析。通过GSEA进行富集分析和注释。结果 经TCGA数据库筛选,共510例甲状腺乳头状癌的肿瘤组织与58例癌旁组织被纳入分析,共得到了58个差异表达lncRNA,其中包括36个高表达基因与22个低表达的基因。使用动态树切割法识别基因模块,设定模块内最低基因个数为100,最终得到11个相应的模块,结果显示,蓝色模块与甲状腺乳头状癌显著相关。蓝色模块内差异lncRNA共有34个,对Blue模块内34个差异lncRNA进行单因素和多因素Cox回归分析,得到AC005479.2。随后对AC005479.2绘制受试者工作特征曲线,曲线下面积为0.838。通过GO和KEGG...     

基于TCGA数据库构建雌激素受体阳性乳腺癌患者的预后风险模型

目的:构建微小RNA(miRNA)表达的预测雌激素受体(ER)阳性乳腺癌患者预后的风险模型.方法:分析了TCGA数据库下载的ER阳性乳腺癌患者的miRNA表达数据和临床资料,筛选出与ER阳性乳腺癌特异性相关的miRNA并构建了miRNA-临床的预测ER阳性乳腺癌患者3年和5年生存率的预测模型.受试者工作曲线(ROC)和...     

甲状腺癌铁死亡预后风险模型的构建及其潜在机制的生物信息学分析

目的：筛选甲状腺癌（TC）差异预后铁死亡基因（PFRGs）,构建TC铁死亡相关基因（FRGs）预后风险模型,并阐述其潜在作用机制。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库获取基因表达及临床数据,从铁死亡疾病数据库（FerrDb）和人类基因数据库（GeneCards）中获取FRGs,采用R软件筛选TCPFRGs;从TCGA和GTEx数据库获取TC组织和甲状腺组织中PFRGs mRNA表达数据,从人类蛋白图谱（HPA）数据库获取免疫组织化学结果,验证PFRGs mRNA和蛋白表达的差异;采用时间依赖性受试者工作特征（time-ROC）曲线和Kaplan-Meier曲线评估PFRGs与TC患者生存和预后的关系;采用单因素和多因素Cox回归分析计算PFRGs表达的风险评分,纳入TC患者临床数据,进行独立预后分析,并构建Nomogram图;TCGA数据库中PFRGs与各基因表达的相关性采用Spearman相关分析,计算相关系数并筛选共表达基因;采用生物信息学方法对PFRGs共表达基因进行蛋白-蛋白互作（PPI）网络图、基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：在TC...     

骨肉瘤铜死亡相关LncRNA预后模型构建与验证

目的：Cuproptosis是一种新发现的程序性细胞死亡形式，被认为在肿瘤治疗中起重要作用。长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)参与调节细胞多种生理与病理活动。本研究旨在探讨铜死亡相关LncRNA在骨肉瘤中的预后意义。方法：从公共数据库UCSC Xena和GTEx数据库下载骨肉瘤样本与正常样本的基因表达谱以及相应的临床数据，从已发表的文献中获取铜死亡基因，采用共表达网络、最小绝对收缩和选择算法（LASSO）和Cox回归模型构建骨肉瘤铜死亡相关lncRNA预后模型并进行内部验证。采用受试者工作特征（ROC）曲线和列线图来评估模型的预测能力。单样本基因集富集分析（ssGSEA）探讨不同风险组与骨肉瘤免疫细胞与功能的相关性。结果：对收集到的19个铜死亡基因进行共表达分析，得到181个铜死亡相关lncRNA，差异分析及单因素Cox分析筛选出10个铜死亡预后相关的LncRNA。随后通过Lasso及多因素Cox回归筛选得到了3个铜死亡相关lncRNA(AC124798.1、AC090152.1、AC090559.1)构建预后模型。根据风险评分中位值将患者分为高...     

microRNAs调控基质金属蛋白酶与乳腺癌发生发展和转移的生物信息学分析

目的:利用生物信息学方法研究microRNAs调控基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinases,MMPs)乳腺癌的潜在靶向基因、信号传导通路及分子机制.方法:从GEO和TCGA数据库下载正常乳腺组织和乳腺癌样本的基因芯片;使用R软件包limma分析正常乳腺组织和乳腺癌样本之间的差异表达基因;对筛选出的差异表达基因进行KEGG信号通路富集分析.结果:通过对差异基因的趋势分析,筛选出544个显著上调的基因及1030个显著下调的基因,其中MMP1/3/9/11/13/28可能为介导乳腺癌浸润性进展的相关基因.生存分析表明,乳腺癌MMP1/3/9/11/13高表达与不良预后相关,且MMP1高表达是影响乳腺癌的独立危险因素(P＜0.01).结论:本研究的整合生物信息学分析表明,MMPs在乳腺癌等多种癌组织中表达升高,并且MMPs表达明显影响乳腺癌患者预后,与其他MMPs相比,MMP1可能是乳腺癌患者靶向治疗的合适靶点.