横纹肌肉瘤相关差异miRNAs和靶基因的生物信息学分析

目的:运用生物信息学分析人正常横纹肌和横纹肌肉瘤(rhabdomyosarcoma,RMS)差异miRNAs和靶基因,为研究RMS提供新思路.方法:GEO2R分析RMS组织的差异miRNAs,利用Sangerbox绘制火山图.TargetScan、miRDB、miRwalk预测靶基因并利用Veen分析交集靶基因.Enrichr分析靶基因的GO富集分析和KEGG信号通路.Cytoscape结合生存分析筛选hub基因及miRNAs与hub基因的分子调控网络.结果:GEO2R分析发现2549个差异miRNAs,上调和下调miRNAs分别有1318个和1231个,根据|log2FCl＞1.5,P＜0.05筛选出6个差异miRNAs(上调:miR-410-3p 、miR-381-3p、miR-483-3p和miR-376a-3p,下调:miR-29c-3p和miR-145-5p);TargetScan、miRDB、miRwalk分别预测6个差异miRNAs的靶基因后Veen图取交集的靶基因共计1262个;GO富集和KEGG信号通路分析靶基因富集于RNA聚合酶Ⅱ的调控、调节干细胞多能性的信号通路、Hippo信号通路等过程;Cytoscape筛选出top10 hub基因后结合生存曲线分析显示FBXL3高表达,SPSB4、VHL、SMAD4、NRAS、KRAS低表达时患者预后较好.结论:利用生物信息学分析正常横纹肌和横纹肌肉瘤组织的差异miRNAs-靶基因,筛选出miR-145-5p (SPSB4、FBXL3、SMAD4、NRAS)、miR-29c-3p(VHL)、miR-381-3p(KRAS),可为横纹肌肉瘤的研究提供潜在的分子靶点.     

miRNA-497与miRNA-195基因簇在宫颈癌组织中的表达及预测靶基因的生物信息学分析

目的探讨miRNA-497-195基因簇在宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miRNA-497-195基因簇在宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法收集2010年3月～2012年3月在广西壮族自治区人民医院就诊患者的宫颈标本,利用miRNA芯片技术检测宫颈病变组织中miRNA表达谱,用real-time RT-PCR进行验证;采用real-time RT-PCR检测miRNA-497和miRNA-195在宫颈病变组织中的表达情况,并用Spearman法进行miRNA-497与miRNA-195相关性分析。通过生物信息学预测miRNA-497和miRNA-195的靶基因,并对其靶基因进行GO（gene ontology）功能富集分析及信号转导通路富集分析。结果芯片结果显示,宫颈癌及高度鳞状上皮内瘤变中miRNA-195和miRNA-497表现为下调（均P〈0.05）。real-time RT-PCR结果显示,miRNA-497和miRNA-195在宫颈癌组织中表现为下调,且表达存在显著性相关（r=0.983,P〈0.05）。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因大量重合,且集合功能也大量重合,并富集于细胞周期调控、生物学过程调控、转录调控、基因表达及核苷酸代谢过程等生物学过程,以及蛋白结合、核酸结合、蛋白激酶活性、连接酶活性等分子功能（P〈0.01）;KEGG通路分析涉及癌症通路、p53信号通路、GnRH信号通路、细胞外因子信号通路等信号传导通路及直肠癌、前列腺癌、甲状腺癌、黑色素瘤、慢性粒细胞性白血病、非小细胞肺癌等疾病通路（P〈0.05）。结论 miRNA-195和miRNA-497在宫颈癌组织中呈现低表达,二者表达呈显著正相关,miRNA-497-195基因簇可能是宫颈癌的抑制因子。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因功能大量重合,并显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。     

BiNGO及DAVID在miR-155靶基因富集分析中的应用

目的通过对预测得到的miR-155靶基因进行生物信息学分析,探索和比较DAVID(Database forAnnotation,Visualization and Integrated Discovery)及BiNGO(Biological Networks Gene Ontology tool)软件在基因本体(GO)及生物学通路富集分析中的应用,以期为miR-155靶基因的实验验证及生物学功能的研究提供理论指导。方法利用TargetScan 6.0预测得到的miR-155靶基因作为分析的基因集合,通过BiNGO及DAVID对这个靶基因集合进行GO富集分析和生物通路富集分析,并对两个软件的富集分析结果进行比较和分析。结果 miR-155的预测靶基因集合分别富集在转录调控活性、蛋白激酶活性等分子功能上和代谢调控、转录调控、高分子生物合成、基因表达调控及信号转导等生物学过程中(P<0.01);进一步分析显示该基因集合在KEGG代谢通路数据库中,显著富集于T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路、MAPK信号通路、ErbB信号通路等7个信号通路和结直肠癌、急慢性髓性白血病等7个疾病通路中(P<0.05)。结论 BiNGO和DAVID软件在miRNAs靶基因富集分析中各有优势,可以结合两个软件的分析结果对miRNAs靶基因集合进行生物学描述,为进一步的功能研究提供生物信息学指导。     

miR-130a在髓母细胞瘤中的表达下调及其功能预测

目的初步筛选髓母细胞瘤中差异表达显著的微RNA（miRNA）并探求其生物学功能。方法应用基因芯片获得差异表达的miRNAs,对其中差异显著的目的miRNA行实时定量PCR验证,再利用生物信息学方法预测其潜在靶基因以及靶基因所富集的生物学通路。结果 miR-130a在髓母细胞瘤中显著下调,生物信息学分析表明,血小板衍生的生长因子受体α（PDGFRA）为其靶基因,且该基因与Ras/MAPK通路有关。结论 Ras/MAPK通路在髓母细胞瘤中上调,可能是miR-130a下调引起PDGFRA上调所致。     

鼻咽癌差异表达miRNAs筛选研究

 【目的】应用miRNAs芯片筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，并寻找差异表达miRNAs调控的靶基因，为进一步研究其在鼻咽癌发病机制中的作用打下基础。【方法】运用miRNAs芯片技术筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，同时运用miRNAs特异的引物组对差异表达的miRNAs进行荧光定量RTPCR验证。运用靶基因预测软件并结合全基因组表达谱芯片结果预测差异表达miRNAs可能调控的靶基因，并利用westernblot技术检测预测的靶基因在原代培养的鼻咽癌细胞中的表达。【结果】miRNAs芯片结果显示，鼻咽癌中miR-203、miR-503、miR-424、miR-141和miR-148a表达下调，而miR-25、miR-195和miR-15a表达上调，其差异表达均在2倍以上；荧光定量RTPCR结果与miRNAs芯片的结果较符合；其中miR-203的预测靶基因为CCNG1和SPARC，Western blot结果显示，其在原代培养的鼻咽癌细胞亦高表达。【结论】miR-203、miR-503、miR-424、miR-141、miR-148a、miR-25、miR-195、miR-15a在原代培养的鼻咽癌细胞与正常鼻咽上皮细胞中存在差异表达；CCNG1和SPARC可能是miR-203调控的靶基因，可能参与了鼻咽癌的发生发展。     

鼻咽癌差异表达miRNAs筛选研究

【目的】应用miRNAs芯片筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，并寻找差异表达miRNAs调控的靶基因，为进一步研究其在鼻咽癌发病机制中的作用打下基础。【方法】运用miRNAs芯片技术筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，同时运用miRNAs特异的引物组对差异表达的miRNAs进行荧光定量RTPCR验证。运用靶基因预测软件并结合全基因组表达谱芯片结果预测差异表达miRNAs可能调控的靶基因，并利用westernblot技术检测预测的靶基因在原代培养的鼻咽癌细胞中的表达。【结果】miRNAs芯片结果显示，鼻咽癌中miR-203、miR-503、miR-424、miR-141和miR-148a表达下调，而miR-25、miR-195和miR-15a表达上调，其差异表达均在2倍以上；荧光定量RTPCR结果与miRNAs芯片的结果较符合；其中miR-203的预测靶基因为CCNG1和SPARC，Western blot结果显示，其在原代培养的鼻咽癌细胞亦高表达。【结论】miR-203、miR-503、miR-424、miR-141、miR-148a、miR-25、miR-195、miR-15a在原代培养的鼻咽癌细胞与正常鼻咽上皮细胞中存在差异表达；CCNG1和SPARC可能是miR-203调控的靶基因，可能参与了鼻咽癌的发生发展。     

宣威地区肺腺癌病人肺组织特异miRNAs表达谱和靶基因及其信号通路预测

目的 筛选出宣威地区肺腺癌病人肺组织miRNAs差异表达谱,预测其相关靶基因和信号通路.方法 选取来自宣威地区肺腺癌24例和非宣威地区肺腺癌10例患者手术切除的肺癌组织和正常肺组织标本,miRNAs芯片检测34对肺癌切除标本,筛选宣威肺腺癌miRNAs差异表达谱,AGO分析和KEGG Pathway分析预测其miRNAs的生物与肺癌相关的靶基因和信号通路.结果 miRNAs芯片检测:与非宣威肺腺癌比较,宣威肺腺癌差异表达显著的特异miRNAs34个:表达上调的miRNAs有23个,表达下调的miRNAs有11个.AGO富集分析及KEGG数据库映射分析发现:预测主要集中在PI3K/Alt信号通路附近,其预测靶基因有:GF、RTK、SOS、IRS1、BCAP、CYTOKINSR、ECM、ITGB、FAK和GBY,可能对肺癌生物学功能产生影响的靶基因主要集中在PI3K/Alt,WNT和MAPK通路.结论 筛选出这些特异性miRNAs可能在宣威肺腺癌癌变和进展中起重要作用,预测的靶基因可能与调节PI3K/Alt,WNT和MAPK信号通路的作用有关.     

风心病合并房颤患者心肌microRNA表达谱分析与靶基因预测

目的 研究风心病合并房颤患者心肌microRNAs的表达差异,预测其靶基因并分析其可能的生物学功能.方法 经知情同意,整群采集2013年1—12月收治的14例住院风心病房颤患者和8例风心病无房颤患者右心耳组织;提取总RNA进行miRNAs芯片杂交检测,应用RMA和FC法筛选差异表达的miRNAs,并用RT-PCR进行验证;运用生物信息学软件预测靶基因并分析其生物学功能.结果 与风心病无房颤组相比,风心病合并房颤组有22个miRNAs表达有差异,其中6个miRNAs表达上调,16个miRNAs表达下调;验证结果表明与风心病无房颤组比较,miR-661、miR-520d-5p和miR-145-5p表达显著下调(P<0.01);经GO和KEGG数据分析,差异miRNA靶基因的一部分亦与心肌纤维化相关.结论 该研究获得与房颤相关的差异miRNAs,可能是房颤新的生物标志物和潜在治疗靶点.     

MicroRNA-29c表达与胃癌临床病理特征的关系研究

目的：探讨miR-29c的表达与胃癌临床病理特征之间的关系，预测miR-29c靶基因生物学功能。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载胃癌微小RNA表达及临床数据，分析miR-29c在胃癌及正常胃黏膜组织中的表达情况。收集胃癌及正常组织石蜡标本，制作成组织芯片，使用miRNAscope技术检测miR-29c在胃癌及正常组织中的表达情况，通过卡方检验分析miR-29c表达与胃癌临床病理特征的关系。TargetScan、Pictar、miRTarbase和Starbase数据库预测miR-29c的靶基因，并对潜在靶基因进行富集分析。结果：TCGA数据分析显示，与正常组织相比（n=41）,miR-29c在胃癌组织（n=434）中表达显著下调（P<0.001）。miRNAscope检测结果显示，与正常组织相比，miR-29c在胃癌组织中表达下调（P<0.001），其表达水平与胃癌患者TNM分期、淋巴结转移、组织学分型显著相关（P<0.05）。数据库预测得到18个潜在靶基因，主要富集在DNA甲基化转移酶活性等生物学功能，以及癌症相关miRNAs等信号通路。结论：miR-2...     

骨髓增生异常综合征患者骨髓微小RNA-340-3p的表达情况及生物信息学分析

目的 探讨微小RNA(miR)-340-3p在骨髓增生异常综合征(MDS)患者骨髓中的表达情况,并应用生物信息学技术分析其靶基因及功能.方法 利用基因表达谱芯片结合分层聚类在9例MDS患者和6例健康正常人骨髓中筛选出差异表达的miR-340-3p,并利用miRBase和Miranda软件预测其靶基因,并对预测的靶基因进行功能富集和信号通路分析.结果 与健康正常人比较,miR-340-3p在MDS患者骨髓中表达下调(P<0.05).获得共同76个潜在靶基因,包括BANP、KIF2C、DIDO1、GRM1等.基因本体(GO)分析显示靶基因主要富集于细胞生物学、分子功能、细胞组分,信号通路分析显示其主要富集于FoxO信号通路、NOD样受体信号通路、造血细胞系、Gap连接等信号转导通路等.结论 miR-340-3p在MDS患者骨髓中表达下调,其可能通过靶向负向调控下游的靶基因而参与MDS的发生发展.     

Profiling of microRNA-mRNA reveals roles of microRNAs in cervical cancer

Background  Cervical cancer is one of the most common malignant tumors in women. This study was designed to explore the expression profiles of microRNAs (miRNAs) and mRNAs and the gene regulation network in cervical tumorigenesis and to find candidate molecular markers and key tumorigenic genes in cervical cancer.

Methods  miRNAs and mRNAs expression microarrays were used to detect the expression of miRNAs and mRNAs in normal and cancer cervical tissues. TargetScan 5.0 database (UK) was used to predict the target genes of the miRNAs, analyze their intersection with differentially expressed mRNAs and negatively correlate the intersection with miRNAs. Bioinformatic approaches were used to analyze functions and pathways of the target genes and establish miRNA-gene network.

Results  Twenty-nine miRNAs and 2036 mRNAs were differentially expressed in normal and cervical tumor tissues. Among them, 13 miRNAs and 754 mRNAs were up-regulated in cervical tumor tissues and 16 miRNAs and 1282 RNA were down-regulated. The 327 target genes negatively related to miRNAs in the intersection were involved in functions and signal pathways. Down-regulated miRNAs targeted genes and up-regulated miRNAs targeted genes were involved in 415 and 163 functions, respectively, and in 37 and 17 significant pathways, respectively (P <0.05, false discovery rate (FDR) <0.05). We constructed the miRNAs-gene network and found that hsa-miR-15a, hsa-miR-106b and hsa-miR-20b were key nodes in the network.

Conclusions  The differentially expressed miRNAs and mRNAs in cervical cancer and related miRNA-gene network have been identified. They play important roles in cervical tumorigenesis and are involved in many important biological functions and signal transduction pathways. These findings lay a foundation for research on the molecular mechanism of miRNAs in the pathogenesis of cervical cancer.

     

miR-340在膀胱尿路上皮癌中的表达及其靶基因预测的生物信息学分析

目的探讨miR-340在膀胱尿路上皮癌中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miR-340在膀胱尿路上皮癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法采用miRNA芯片技术检测膀胱尿路上皮癌及正常膀胱黏膜组织中miRNA表达谱,用实时定量PCR法进行验证,挑选具有显著表达差异的miR-340为进一步研究对象,利用生物信息学方法,对miR-340的靶基因进行预测,并对其靶基因进行基因本体（GO）功能富集分析及KEGG信号转导通路富集分析。结果miRNA表达谱芯片、实时定量PCR法均提示miR-340在膀胱尿路上皮癌中较癌旁正常膀胱组织中表达明显降低。miR-340预测靶基因集合功能富集于细胞黏附（celladhesion）、生物黏附（biologicaladhesion）和细胞间黏附（cell-celladhesion）等,KEGG通路分析涉及癌通路（pathwaysincancer）和细胞周期通路（pathwaysincellcycle）等。结论miR-340在膀胱尿路上皮癌中呈低表达,miR-340预测靶基因集合显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。     

颅骨缺损山羊模型中miR-196b调节破骨细胞分化的作用机制

目的 研究miR-196b在调节破骨细胞分化过程中的作用机制。方法 通过构建山羊颅骨缺损模型,分别选取颅骨缺损山羊的颅骨组织和发育正常山羊的颅骨组织作为样本。将收集样本进行基因测序分析,得到两样本中明显差异表达的miRNAs。以这些差异表达的miRNA为对象进行KEGG pathway功能分析,并通过靶基因预测软件预测miR-196b的靶基因,研究miR-196b在破骨细胞分化过程中的作用及其与靶基因的关系。结果 miR-196b在颅骨缺损组中呈高表达（P<0.05）,两样本中差异表达的miRNA在破骨细胞分化通路中富集,miR-196b调控的靶基因参与破骨细胞分化的调控通路。结论 高表达的miR-196b参与破骨细胞分化通路中对AKT、JNK、STAT2等靶基因的调控过程。其作用可能对骨组织的代谢产生影响。     

MiR-886-5p对宫颈鳞状上皮细胞克隆形成和宫颈癌细胞化学药物治疗的影响

目的 探讨microRNA-886-5p(MiR-886-5p)对宫颈鳞状上皮细胞克隆形成及宫颈癌细胞化学药物治疗(以下简称化疗)的影响。方法 应用基因芯片技术检测宫颈癌及其癌周组织microRNA的表达,筛选出MiR-886-5p在宫颈癌组织中高表达。生物信息系技术分析发现miRNA-886-5p靶向P53通路中多个基因的表达。用MiR-886-5p mimics和带有GFP标签的MiR-886-5p过表达载体稳定转染高危型人乳头瘤病毒(human papilomavirus,HPV16)阳性的永生化人宫颈鳞状上皮细胞H8细胞,应用Western blotting方法检测P53和P14的蛋白表达情况;应用平板克隆形成技术,观察对细胞克隆形成的影响。在宫颈癌SiHa细胞中,加入化疗药物紫杉醇和VP16后,应用real time RT-PCR技术,检测MiR-886-5p的表达情况。结果 过表达 MiR-886-5p后,H8细胞的克隆形成率明显高于阴性对照组,并且降调P53通路中P14和P53蛋白的表达。加入化疗药紫杉醇和VP16后,SiHa细胞中MiR-886-5p表达明显升高。结论 MiR-886-5p与宫颈鳞状细胞增生相关,它降调P14和P53两种蛋白的表达,且与宫颈癌细胞化疗抵抗相关。     

非编码小RNA在肝癌发生中的作用及机制研究进展

MicroRNA(miRNA)是一类约22个核苷酸组成的小分子非编码RNA,主要在转录后水平通过促进靶基因mRNA的降解或抑制其翻译过程而发挥负调控作用.miRNA不但参与生命活动的一些基本过程,如细胞分化、细胞增殖、细胞凋亡和细胞代谢等,而且与人类疾病,尤其与恶性肿瘤的发生发展密切相关,可作为一类新的癌基因及抑癌基因,在癌症的发生发展中起重要作用.近年,我们首次在肝癌染色体变异区内发现新的肝癌转移促进因子miR-151并阐明了其分子作用机制,即RhoGDIA是miR-151下游靶基因,介导了miR-151的促肝癌转移功能;miR-151与其宿主基因FAK协同作用,活化Rac,cdc42及Rho GTPase,进而促进肝癌细胞的迁移、侵袭与转移,为阻断肝癌转移提供了新的治疗靶点.研究发现多个用于肝癌诊断及转移、复发、预后预测的miRNA分子标志物,建立了肝癌诊断、转移、复发及预后的miRNA预测模型;鉴定miR-125b为肝癌侯选抑癌基因,主要通过抑制癌基因LIN28B发挥抑癌作用;发现miR-30d为肝癌转移促进基因,转移抑制基因GNAI2为其功能靶基因;另外,发现miRNA不仅与mRNA的3’非翻译区结合,而且能与基因家族的蛋白编码区结合从而调控基因表达,为研究miRNA在肿瘤中的调控机制提供了新的思路;采用实验方法论证了单个基因能同时被多个miRNA所调控,为建立miRNA与mRNA复杂的相互作用调控网络提供了良好的实验基础.     

MicroRNA-93在宫颈癌中的表达及其对细胞生物学行为的影响

目的  探讨microRNA-93（miR-93）在宫颈癌组织中的表达及其对宫颈癌细胞生物学行为的影响。方法  收集2014年1月-2014年7月中南大学湘雅医院有完整病历资料的41例宫颈癌患者组织标本及对应癌旁组织,实时荧光定量-聚合酶链反应（qRT-PCR）检测宫颈癌组织中miR-93表达水平;采用脂质体转染法将miR-93模拟片段（mimic）转染入宫颈癌Hela细胞,恢复细胞内miR-93表达;活细胞计数试剂盒（CCK-8）和流式细胞术检测miR-93对宫颈癌Hela细胞增殖及凋亡的影响;Transwell小室法检测其对Hela细胞迁移及侵袭能力的影响;Western blot检测Hela细胞中上皮生长因子受体（EGFR）及其下游蛋白的表达量变化。结果  41例宫颈癌患者肿瘤组织中miR-93表达量（0.048±0.013）低于癌旁组织（0.113±0.025）,差异有统计学意义（P =0.026）;转染miR-93模拟片段后,宫颈癌Hela细胞中miR-93表达恢复;与对照组和空白组比较,实验组宫颈癌细胞增殖能力下降（P =0.004）,早期凋亡比例增加（P =0.032）,侵袭（P =0.003）和迁移能力下降（P =0.003）;过表达miR-93的Hela细胞EGFR及下游的p-AKT表达下降（P =0.005）,而总AKT蛋白无明显变化（P =0.372）。结论  miR-93在宫颈癌组织中的表达量下降,恢复其在宫颈癌细胞中的表达能够明显抑制其细胞增殖、迁移和侵袭,促进细胞凋亡,其机制部分与miR-93抑制宫颈癌细胞EGFR/AKT信号通路活性有关。

     

MiR-199a-3p在胰腺癌中的表达水平及生物信息学分析

目的:探讨miR-199a-3p在胰腺癌中的表达水平及作为胰腺癌的诊断指标的意义,并进行生物信息学分析。方法:从GEO数据库收集胰腺癌和正常胰腺组织中miR-199a-3p的数据。汇总数据绘制受试者工作特征曲线,进行Meta分析,采用生物信息学方法预测miR-199a-3p的靶基因,并对靶基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:收集到6个GEO数据,4个数据的ROC曲线表现出显著的诊断意义,Meta分析结果显示miR-199a-3p在胰腺癌中表达水平高于正常胰腺组织,差异有统计学意义（P<0.001）。预测到221个miR-199a-3p潜在的靶基因,其功能主要富集在基因表达的调控,细胞代谢的调控,蛋白质域特异性结合等生物学过程（P<0.001）,KEGG分析结果显示主要集中在PI3K-Akt通路、黏着斑、肌动蛋白细胞骨架调控、癌症通路、Hippo通路、鞘脂通路、ErbB通路、MAPK通路等通路（P<0.05）。结论:相比正常胰腺组织,miR-199a-3p在胰腺癌为高表达,可作为胰腺癌的一个潜在诊断指标,并可能在胰腺癌的发生发展中起到重要作用,为胰腺癌的研究和治疗提供了新的方向。     

has-miR-155-5p靶基因预测及其生物信息学分析

深入了解miR-155-5p参与的生命过程和疾病类型,为后续的功能研究提供理论依据。对miR-155-5p进行生物信息学分析发现,已知的其成熟序列在不同物种间高度保守;基因本体论(GO)分析发现其分子功能显著富集于杂环化合物结合、核酸结合等,生物学过程主要富集于细胞大分子代谢、生物调节和有机物代谢等;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析发现其显著富集于癌症通路、MAPK和FoxO信号通路等。分析结果表明miR-155-5p 通过调控靶基因在人类生命活动和疾病发生发展过程中起重要作用,尤其是作为癌症早期诊断和预后的生物标志值得进一步研究。     

MiR-9在人神经胶质瘤中调节CBX7的表达

目的检测CBX7在人神经胶质瘤中的表达,研究人神经胶质瘤中异常表达的microRNA对CBX7的可能调控作用。方法采用半定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和Western blot检测2例正常脑组织、9例胶质瘤组织和3株胶质瘤细胞系中CBX7mRNA和蛋白水平的表达变化。结合Miranda和改良的机器学习法预测调控CBX7的miRNA。采用real-time PCR检测上述组织和细胞系中miR-9的表达,然后在细胞中过表达或敲低miR-9,结合荧光素酶实验和Western blot检测miR-9对CBX7表达的影响。采用MTT实验和流式细胞术分析miR-9敲低后对T98G细胞生长的影响。结果在胶质瘤组织和细胞系中,CBX7的mRNA水平改变不明显,而蛋白水平却明显下调。生物信息学预测CBX7可能受包括miR-9在内的多个miRNAs调控。与正常组织相比,miR-9在胶质瘤中表达明显增高。在293ET细胞中,过表达miR-9能抑制CBX7-3UTR报告基因活性。在T98G细胞中,敲低miR-9可增加CBX7-3UTR报告基因活性,对内源性CBX7的mRNA水平无明显影响,但使CBX7蛋白表达增加。敲低miR-9后,T98G存活细胞数增加,而且G1期细胞数比对照组明显减少。结论由于受到miR-9转录后水平的抑制,CBX7在人神经胶质瘤中表达下调甚至缺失。