巴瑞特食管差异表达基因及中药预测的生物信息学分析＊

目的 本研究通过生物信息学技术分析Barrett食管（BE）患者与健康对照的基因芯片数据，筛选BE的差异表达基因，探寻BE的发病机制及生物标记物，预测BE治疗的潜在中药。方法 从基因表达数据库（GEO）提取GSE34619，GSE13083，GSE1420，GSE13898，GSE26886基因芯片原始数据，使用GEO2R筛选差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库对DEGs进行功能和信号通路的富集分析，String数据库构建蛋白互作网络，Cytoscape软件及其插件筛选核心基因，并在TCGA数据库中检测核心基因的表达。使用Kaplan Meier-plotter算法分析关键基因对食管腺癌患者整体生存率的影响。将核心基因与中药预测工具相互映射，筛选治疗BE可能的靶向中药。结果 筛选出下调DEGs109个，上调DEGs24个。上调DEGs的KEGG通路主要富集在自噬和mTOR信号通路，下调DEGs主要富集在胰腺分泌，胃酸分泌，胆汁分泌，酪胺酸代谢等通路。RRAGD，APP，KRT20，EPCAM，CFTR和AGR2筛选为关键基因。AGR2和EPCAM的异常表达与食管腺癌患者整体生存率有关。筛选治疗BE的潜在中药有三七、丹参、牛膝、姜黄、人参、白果、黄芪、甘草等。结论 RRAGD，APP，KRT20，EPCAM，CFTR和AGR2可能与BE发生发展相关，APP、EPCAM、CFTR、ACR2可作为BE患者风险分级指标。以丹参、三七为代表的活血祛瘀药和以人参、黄芪为代表的补气药可能为BE治疗的潜在靶向中药。本研究将差异基因表达与中药治疗靶点相结合，以期阐明BE的发病机制，寻找BE高危预警标记物，为中药新药研发提供了理论依据和技术支持，为BE诊断治疗的中西医结合之路做出了初步探索。     

基于嗅觉受体的辛香类中药陈皮、丁香和小茴香药性表达的网络药理学研究

目的 采用网络药理学技术和方法，筛选辛香类中药陈皮、丁香、小茴香和嗅觉受体相互作用的物质基础、靶点和通路，揭示辛香类中药辛味药性表达的分子机制。方法 通过TCMSP等数据库收集陈皮、丁香、小茴香3味辛香类中药的化学成分，筛选出活性成分，预测其相关靶点；通过UNIPROT数据库收集所有与嗅觉受体（olfactory receptor，OR）相关的蛋白；将筛选所得靶点和OR相关蛋白上传至STRING数据库进行蛋白相互作用分析；采用Cytoscape软件绘制靶点OR蛋白互作网络图，并进一步对关键靶点蛋白进行GO分析和KEGG通路富集分析。结果 共获得陈皮有效成分5个、丁香有效成分5个、小茴香有效成分2个；药物靶点蛋白共224个；嗅觉受体相关基因515个。蛋白互作网络发现GNB2、CHRM2、CHRM3、GNGT2、ADRA2A等25个靶点是3味辛香类中药中挥发性成分激活OR后发挥药效的关键靶点。GO和KEGG富集分析确定了31个生物过程，78个信号通路。结论 嗅觉受体主要被辛香类中药的挥发性成分激活，然后启动多个信号通路共同参与辛香类中药药性的表达，产生“气味辛香”之效。     

基于网络药理学探讨温胆汤治疗高血压病的作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨温胆汤治疗高血压的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP数据库）、TCMID数据库、化学专业数据库、SwissTarget Prediction 数据库和Uniprot数据库获取并筛选温胆汤活性成分及靶点;通过Genecard、OMIM、Drugbank数据库收集高血压疾病的相关基因。将所得到的温胆汤的药物靶点与高血压相关靶点进行映射,取得交集基因后通过Cytoscape 3.6.0 软件构建“成分-靶点”网络,String 数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。通过BiocManager软件包对温胆汤治疗高血压的交集靶点进行基因本体论（GO）分类富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 获得药物-疾病交集基因94个。通过拓扑分析和MCC算法筛选出槲皮素、柚皮素、川皮苷等关键活性成分10个,STAT3、JUN、IL6等关键基因10个。通过GO分类富集分析确定了1837个条目,其中涉及生物过程的有1686条,涉及细胞组成的有61条,涉及分子功能的有90条。通过KEGG 通路富集分析,找到了126条信号通路。结论 温胆汤中的关键成分可能为黄酮类化合物,作用于STAT3、JUN、IL6等靶点,可能通过调控AGE-RAGE、流体剪应力与动脉粥样硬化、TNF等信号通路从而发挥降压作用 。     

肝细胞癌外周血单个核细胞关键基因与治疗中药的生信分析及系统评价

目的 基于生物信息学的方法探索肝细胞癌外周血单个核细胞（HCC-PBMC）的关键基因和潜在的治疗中药,并通过系统评价进一步确认该药的临床疗效。方法 利用基因表达数据库（GEO）下载关于HCC-PBMC的芯片GSE58208和GSE36076。通过RStudio软件分析获得差异表达基因（DEGs）。利用STRING在线数据库进行蛋白-蛋白相互作用（PPI）分析,DAVID在线功能注释工具进行基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。通过Cytoscape软件对HCC-PBMC差异基因进行可视化,同时,利用CytoHubba插件计算出HCC-PBMC的关键基因。通过将关键基因与医学信息检索平台相互映射,筛选出治疗肝细胞癌（HCC）的潜在中药并纳入下一步的系统评价。结果 共得出203个DEGs（上调基因194个,下调基因9个）。经DAVID分析,可知这些DEGs主要富集的生物学过程和信号通路包括DNA模板转录调控、核糖核酸磷酸二酯键水解,核内裂解、核分裂的正调控、骨骼肌纤维发育、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）活性的激活、范可尼贫血途径、代谢途径。通过Cytoscape软件计算出HCC-PBMC的关键基因,分别是GTP酶IMAP家族成员1（GIMAP1）,GTP酶IMAP家族成员4（GIMAP4）,GTP酶IMAP家族成员6（GIMAP6）,GTP酶IMAP家族成员7（GIMAP7）,GTP酶IMAP家族成员8（GIMAP8）,白细胞介素-1β（IL-1β）,趋化因子（CX3C基元）受体1（CX3CR1）,趋化因子（C-C基元）受体2（CCR2）,Toll样受体7（TLR7）,表皮生长因子（EGF）。经Coremine Medical分析得出人参、姜黄、积雪草、白花蛇舌草与关键基因关系较为密切,其中人参具有补益肺脾、增强气力功效,与HCC肝郁脾虚、气阴两虚证相符合,故将以人参为君药的四君子汤纳入系统评价。经过评价得出人参在提高临床总体疗效,改善患者中医证候及血清CD4⁺,CD4⁺/CD8⁺水平,降低患者血清CD8⁺,总胆红素（TBIL）水平方面均优于单纯西医治疗（P<0.01）,且安全性高。结论 本研究基于基因层面展开分析,为临床工作者在诊断和治疗HCC方面提供了新思路,人参治疗HCC的系统评价为中医药临床防治HCC提供了依据。     

基于网络药理学的五子衍宗丸药效机制研究＊

目的 借助中药网络药理学方法，探究五子衍宗丸在治疗不育、早泄、阳痿这3种疾病过程中的共性作用机制。方法 五子衍宗丸相关活性成分的化学结构和药物靶点是利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）得到的；上述3种疾病的相关靶点是利用人类孟德尔遗传数据库（OMIM），人类基因数据库（GeneCards）筛选得到的；利用Cytoscape 3.7.1构建“化合物-靶点-疾病”网络；再利用蛋白质相互作用（PPI）网络筛选出核心靶点，而基因本体（GO）功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析是借助生物学信息注释数据库（DAVID）进行。结果 分析所构建的“疾病-基因-药物”网络，发现甾体类化合物是五子衍宗丸治疗不育、早泄、阳痿三种疾病的主要化学成分，再分析蛋白相互作用网络，得出五子衍宗丸治疗上述三种疾病的10个高频共性靶点，30个GO高频共性基因，6条KEGG高频共性通路。结论 利用网络药理学方法探究五子衍宗丸在不育、早泄、阳痿这3种疾病治疗过程中的共性作用机制以及高频共性靶点、GO、KEGG通路等，为其活性成分研究和临床应用提供理论依据。     

基于网络药理学方法探讨八珍汤治疗ITP的作用机制＊

目的 采用网络药理学方法，探索八珍汤治疗原发免疫性血小板减少症（Primary immune thrombocytopenia， ITP）的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、Drugbank数据库和文献检索方式获得八珍汤8味中药的化学成分和作用靶点，以口服吸收利用度和药物相似性等条件进行筛选。通过OMIM数据库、TTD数据库、GAD数据库和GeneCards数据库查找ITP的相关靶点。进而利用Cytoscape 3.7.1软件构建化学成分-靶点网络、疾病-靶点网络、成分靶点和疾病靶点交集网络，通过Cytoscape软件中ClueGO插件和DAVID在线分析工具对八珍汤治疗ITP的相关靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路分析，探讨八珍汤治疗ITP的作用机制。结果 共筛选得到159个八珍汤化学成分和146个靶点；获得306个ITP相关靶点；得到21个八珍汤治疗ITP的作用靶点；显著富集到114个生物过程条目和34条KEGG生物通路。结论 八珍汤主要通过TNF信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、VEGF信号通路和T细胞受体信号通路等发挥治疗ITP的作用，其中TNF信号通路可能是其关键机制。     

基于网络药理学探讨肉苁蓉-巴戟天药对治疗股骨头坏死的作用机制＊

目的 基于网络药理学方法探讨肉苁蓉-巴戟天药治疗股骨头坏死的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）对肉苁蓉-巴戟天药对中活性成分进行筛选，通过GeneCards、OMIM数据库检索股骨头坏死疾病靶点，取得交集基因后使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络，基于生物学信息注释数据库（DAVID）对核心靶点进行基因本体（GO）功能富集分析与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 共得到肉苁蓉-巴戟天药对的21个活性成分和182个潜在靶点，相关的疾病靶点727个，GO富集分析主要包括细胞凋亡、脂质代谢异常、活性氧反应等功能途径；KEGG通路分析主要包括缺氧诱导因子-1信号通路、p53信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。结论 基于网络药理学初步揭示出肉苁蓉-巴戟天药对治疗股骨头坏死多成分、多靶点、多通路的整体调节作用，其作用机制可能与脂质代谢异常、细胞凋亡、缺氧诱导因子-1信号通路、p53信号通路密切相关。     

基于生物信息学探讨非酒精性脂肪性肝炎与铁死亡相关的关键基因及潜在中药预测

目的：利用生物信息学分析来识别非酒精性脂肪性肝炎与铁死亡相关的关键基因，并预测相关作用的中药。方法：从基因芯片数据库（GEO）搜索并下载数据集，通过R语言程序计算差异表达基因，并进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，利用STRING数据库、Cytoscape软件筛选出中心基因；通过FerrDb数据库、基因集富集分析（GSEA）筛选出铁死亡相关的关键基因，最后利用HERB数据库、COREMINE数据库对关键基因进行中药预测，并进行分子对接。结果：分析共得出143个差异基因，GO、KEGG富集主要集中在炎症反应通路；构建PPI网络筛选出Toll样受体4 (TLR4)等10个基因作为中心基因，通过FerrDb数据库筛选关键基因TLR4,GSEA分析提示TLR4高表达在铁死亡基因集中高度富集；以TLR4为靶点预测出柴胡等8种中药和7种成分，7种成分与TLR4均能稳定结合。结论：柴胡等中药的相关成分可能通过调控TLR4的表达，影响肝脏细胞的铁死亡和炎症反应达到治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用。     

四妙勇安汤“异病同治”冠状动脉粥样硬化性心脏病和血栓闭塞性脉管炎的机制研究＊

目的 运用网络药理学方法，研究四妙勇安汤在“异病同治”理论指导下治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病和血栓闭塞性脉管炎的共同机制。方法 通过TCMSP数据库检索四妙勇安汤中4味中药相关的所有单体和作用靶点，运用UniProt数据库进行标准化，并用Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-化合物-靶点”作用网络；通过GeneCards和NCBI数据库获取冠状动脉粥样硬化性心脏病和血栓闭塞性脉管炎的相关基因，并与药物作用靶点取交集，利用Cytoscape 3.7.2软件构建三者的靶点关联网络；输入共有靶点于STRING数据库，构建PPI网络；进行GO（gene ontology）与KEGG通路富集分析（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）。结果 根据口服生物利用度为≥30%和类药性指数为≥0.18，筛选得四妙勇安汤活性化合物，计120个，并预测到205个潜在靶点，对两种疾病共有靶点共48个。GO功能富集生物过程条目计46项（P<0.01），同时在KEGG通路富集分析筛选上有147条信号通路（P<0.01），其中靠前的多条信号通路与免疫炎症密切相关。结论 该研究表明四妙勇安汤主要是通过调控炎症相关信号通路达到“异病同治”冠状动脉粥样硬化性心脏病和血栓闭塞性脉管炎的主要机制，并通过荟萃分析证实其“异病同治”的疗效和炎症调节作用。     

基于网络药理学的银杏叶提取物防治老年性聋的作用机制研究＊

目的 基于网络药理学研究银杏叶提取物防治老年性聋的的潜在作用机制，并通过动物实验进行初步验证。方法 运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）筛选银杏叶的有效成分，GeneCards数据库获得老年性聋相关靶点基因，微生信对基因本体论（GO）、基因组百科全书（KEGG）进行功能富集，Cytoscape3.8.2构建疾病-靶点-通路网络图。采用D-半乳糖诱导SD大鼠制备老年性聋的动物模型，腹腔注射低、中、高剂量（10、20、30 mg·kg^-1）的银杏叶提取物，运用免疫荧光染色耳蜗基底膜铺片观察毛细胞形态变化；透射电子显微镜观察螺旋神经节细胞及线粒体超微结构变化；酶联免疫吸附实验（ELISA）检测血清谷胱甘肽S转移酶（GST）、总超氧化物歧化酶（T-SOD）、丙二醛（MDA）含量；免疫印迹法检测Bcl-2、Bax蛋白表达及Bcl-2/Bax比值变化。结果 GO富集主要涉及细胞衰老、过氧化物酶成分、氧化还原酶的活性等；KEGG富集相关性较高的通路包括细胞凋亡通路和氧化应激相关的谷胱甘肽代谢通路，与凋亡相关的靶点基因包括：Bcl-2、Bax、AKT1、TNF等；与谷胱甘肽代谢相关靶点基因涉及到：GSTP1、GSTM1等。动物实验证实银杏叶提取物可减轻毛细胞丢失，降低螺旋神经节细胞及线粒体损伤，提高GST、T-SOD含量，降低MDA含量，上调Bcl-2表达和Bcl-2/Bax比值，下调Bax表达。结论 银杏叶提取物可能通过Bcl-2/Bax通路减轻耳蜗螺旋神经节细胞和毛细胞的氧化应激和细胞凋亡来延缓老年性聋的进程。     

胰腺癌“炎-癌”转化关键基因筛选及干预中药的预测分析

目的 通过生物信息学技术筛选胰腺癌（pancreatic cancer）与慢性胰腺炎（chronic pancreatitis,CP）组织的差异基因，预测能够干预胰腺癌“炎-癌”转化进程的中药及其潜在治疗靶点及机制。方法 从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）获取GSE151945、GSE30134基因芯片，应用R软件进行数据标准化、差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）筛选，并进行基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析；通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络，应用Cytoscape构建蛋白互作网络图，应用CytoHubba插件筛选关键基因；使用R软件对关键基因进行生存分析，筛选显著影响胰腺癌预后的基因，通过Kaplan-Meier曲线进行可视化展示；将上述基因与Coremine Medical数据库相互映射，预测潜在治疗作用的中药。从TCMSP和TCMID数据库获...     

基于生信分析和动力学模拟鉴定阿尔茨海默病免疫标志物及靶向药食同源中药预测

目的 分析阿尔茨海默病(Alzheimer’s,AD)免疫相关的生物标志物、发病机制、免疫浸润水平和潜在的靶向药食同源中药。方法 从GEO数据库中下载GSE5281、GSE132903数据集的表达谱,获得AD差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。采用加权共表达算法鉴定出AD重要模块基因,再从Imm Port Portal数据库获取免疫相关基因(immune-related genes,IRGs),将这些基因取交集得到免疫重要差异基因;随后应用最小绝对收缩和选择算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)及机器学习-支持向量机递归特征消除(support vector machine-recursive feature elimination,SVM-RFE)方法进行分析,筛选出AD共同的免疫相关标志物,并通过基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)...     

中药治疗射血分数保留心衰的核心用药及其作用机制研究

目的 通过数据挖掘总结中药治疗射血分数保留心衰（heart failure with preserved ejection fraction,HFPEF）的核心用药,并使用网络药理学和分子对接的方法对核心中药的作用机制进行探索。方法 检索中国知网（CNKI）、万方数据（Wanfang）、维普网（VIP）、中国生物医学文献数据库（CBM）、PubMed、Cochrane Libarary和Embase数据库,收集治疗HFPEF疗效明确的方剂,使用R语言对方剂进行频次、关联规则和聚类分析,得到核心中药。通过TCMSP、GeneCards、GEO等数据库筛选核心中药有效成分和HFPEF相关靶点并取交集靶点,对交集靶点进行基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点网络和蛋白互作网络,并筛选关键成分和靶点。使用vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。结果纳入方剂103首,涉及中药131味,功效以补虚药和活血化瘀...     

基于网络药理学与分子对接的蒲公英抗乳腺癌的机制研究

[目的]基于网络药理学和分子对接法研究蒲公英抗乳腺癌的作用机制,以期为其临床抗乳腺癌机制的阐明提供参考。[方法]通过Batman-TCM、TCMID、TCMSP和CancerHSP数据库筛选蒲公英有效成分及其作用靶点,运用Cytoscape软件构建蒲公英有效成分与其靶点的互作网络;通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET、Pharmgkb、Malacards数据库筛选乳腺癌疾病靶点;通过STRING构建蛋白互作网络（PPI）,并通过DAVID数据库对核心靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;通过Pymol软件和AntoDock软件预测结合能力。[结果]通过4个成分靶点数据库和6个疾病数据库共筛选到10个蒲公英潜在有效成分和136个作用靶点,1 856个乳腺癌疾病靶点,41个潜在靶点基因;PPI网络中得到10个蒲公英治疗乳腺癌的关键靶点,经过GO和KEGG分析后得到53条GO分析结果和12条KEGG通路,GO分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能与RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始过程、核染色质、DNA结合等过程相关;KEGG分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能涉及癌症通路、含血清...     

基于生物信息学分析湿性年龄相关性黄斑变性的氧化应激相关基因及靶向防治中药筛选

目的 利用生物信息学方法筛选湿性年龄相关性黄斑变性（wet age-related macular degeneration,w AMD）的氧化应激相关差异表达基因及靶向中药，以期为wAMD的预防和治疗提供新思路。方法 从GEO数据库中筛选数据集，利用R软件limma包筛选差异基因，从Genecard数据库筛选氧化应激差异基因，并利用韦恩图得到共有基因。应用Metascape对氧化应激差异基因进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析，并通过String数据库构建蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络，再通过Cytoscape软件筛选出wAMD中氧化应激的关键（Hub）基因。采用GSE103060数据集验证Hub基因的差异表达。利用Coremine Medical预测靶向中药。结果 经筛选共得到差异表达基因1 874个，其中上调基因747个，下调基因1 127个。KEGG富集分析表明，差异表达基因主要富集于细胞外基...     

基于网络药理学黄芩-黄连药对治疗2型糖尿病作用机制探讨

目的探讨黄芩-黄连药对治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄芩、黄连的化学成分和作用靶点,通过OMIM、TTD、Drugbank、Digsee等多个数据库查询与T2DM相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络、蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究其作用机制。结果化合物-靶点网络包含42个化合物和相应靶点213个,关键靶点涉及PTGS2、PTGS1、HSP90AA1、HSP90AB1、NOS2等。PPI核心网络包含15个蛋白,关键蛋白涉及TNF、IL6、INSR等。GO功能富集分析得到GO条目108个(P0.05),其中生物过程(BP)条目87个,分子功能(CC)条目9个,细胞组成(MF)条目12个。KEGG通路富集筛选得到24条信号通路(P0.05),涉及胰岛素抵抗通路、T2DM通路、胰岛素信号传递通路等。结论黄芩-黄连中的活性成分主要通过DPP4、PPARG、IL6、PPARD、TNF等靶点调节炎症细胞因子、作用于胰岛素受体协同治疗T2DM。     

基于网络药理学及分子对接技术研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点，疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点，运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现，并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分，800个疾病靶点，药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个（P<0.01），KEGG通路富集筛选得到99条信号通路（P<0.01）。分子对接结果显示，甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明，川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果。     

基于生物信息学分析肝癌差异基因及潜在的中药干预

目的 探究肝癌患者的差异基因表达量与预后的相关性,以及差异基因在多种癌症的调控作用,并寻找潜在的治疗靶点以及对应中药,为临床中药的使用、中医药组方及加减用药提供依据.方法 从TCGA数据库下载肿瘤患者的转录组数据以及相应临床数据,使用R语言的edgeR包分析得出差异表达基因,并筛选、分析关键基因在泛癌的表达量及共表达情...     

胃癌发病关键基因调控网络构建及其靶向治疗中药活性成分筛选研究

目的 通过生物信息学方法分析与胃癌发病密切相关的基因调控网络,探讨其在胃癌预后中的价值,并进一步挖掘靶向治疗胃癌的中药活性成分。方法 通过GEO数据库获取GSE103236胃癌芯片数据,对芯片数据进行均一化处理,分析胃癌组织与正常胃组织的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）;应用Metascape数据库对DEGs进行基因本体论（genetic ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路分析;通过String数据库构建DEGs蛋白交互作用网络;采用Cytohubba筛选关键基因,分析关键基因表达程度与患者的预后及免疫细胞浸润的相关性;运用CTD数据库筛选能靶向作用于关键DEGs的中药活性成分。结果 共获得45 015个胃癌组织与正常组织的DEGs,其中显著性DEGs 176个。它们与细胞周期过程调控、丝裂原活化蛋白激酶（mitogen activated protein kinases,MAPK）级联调控等生物过程密切相关,集中于细胞外区域、细胞外泌体等细胞组分,主要参与胰岛素样生长因子结合、Wnt蛋白结合等细胞功能。KEGG分析发现显著性DEGs主要参与环磷酸酰胺（cyclic adenosine monophosphate,cAMP）信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（phosphatidylinositide 3-kinases/protein kinase B,PI3K/Akt）信号通路、癌症转录失调、p53信号级联等信号通路。筛选出TIMP1、SPP1、APOE、APOB、FGA、FGG、CYR61、IGFBP1、CHGB、SCG3 10个关键基因。这些基因表达异常均与免疫细胞的大范围浸润存在极高的相关性,其中TIMP1、IGFBP1、CYR61、FGG、APOE、APOB 6个关键基因的异常表达显著影响患者的生存率。进一步挖掘出桦木酸、长春新碱、丹参酮等30个可能靶向治疗胃癌的中药活性成分。结论 筛选出10个与胃癌发病密切相关的核心基因,并分析了这些核心基因与胃癌患者预后及免疫细胞浸润的相关性;挖掘出30个可能用于胃癌靶向治疗的中药活性成分;研究结果可为胃癌生物标志物的筛选、胃癌的防治及预后分析提供思路和参考。     

基于数据挖掘和网络药理学的三七保健品组方规律及增强免疫力保健功能研究

目的 通过数据挖掘、网络药理学及分子对接技术分析含三七的保健食品的组方规律并对其潜在的机制进行研究。方法 通过检索国家市场监督管理总局及药智网含三七的保健食品,采用频数统计和关联规则等方法分析基本信息及组方规律。通过检索TCMSP等数据库、整理相关文献获得三七相关化学成分及潜在靶点;根据保健功能频次分析结果,从GeneCards等数据库中筛选相关的潜在靶点信息;借助R语言相关软件包、String数据库、Cytoscape软件等筛选出关键成分和关键靶点。随后进行蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络分析,根据度（degree）值筛选出核心靶点,并进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。最后,利用分子对接技术验证核心靶点和关键成分的作用亲和力。结果 共收集含三七保健食品345个,保健功能频次出现最多的是有助于增强免疫力。获得三七相关化学成分684个,其中有效成分339个及靶基因2 078个,获得免疫力相关的...