| 基于生物信息学分析肝癌差异基因及潜在的中药干预 |
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| 引用本文： | 张道平,刘起立,姚昆鹏,李峥嵘,陈沛儒,彭建平.基于生物信息学分析肝癌差异基因及潜在的中药干预[J].中草药,2022,53(3):788-798. |
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| 作者姓名： | 张道平 刘起立 姚昆鹏 李峥嵘 陈沛儒 彭建平 |
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| 作者单位： | 湖南中医药大学, 湖南 长沙 410208;湖南中医药大学, 湖南 长沙 410208;湖南中医药大学第一附属医院, 湖南 长沙 410007 |
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| 基金项目： | 国家中医临床研究基地业务建设项目第二批科研专项（JDZX2015183） |
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| 摘 要： | 目的探究肝癌患者的差异基因表达量与预后的相关性,以及差异基因在多种癌症的调控作用,并寻找潜在的治疗靶点以及对应中药,为临床中药的使用、中医药组方及加减用药提供依据。方法从TCGA数据库下载肿瘤患者的转录组数据以及相应临床数据,使用R语言的edgeR包分析得出差异表达基因,并筛选、分析关键基因在泛癌的表达量及共表达情况;进一步筛选得到核心基因,研究其在泛癌中具体肿瘤的表达情况,以及肝癌临床相关性分析,并将核心基因提交至TIMER、THPA数据库,研究免疫细胞相关性和病理学情况;最后通过Coremine数据库查找核心基因对应中药,使用TCMSP、BATMAN-TCM数据库查找中药有效成分,利用Cytoscape软件制作药物-核心基因网络图,并进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果共筛选出10个关键基因,选取其中5个核心基因CCNB1、TOP2A、CCNA2、CDK1、CDC20,进行后续分析得出其与肝癌的预后生存呈负相关,与肝癌的免疫细胞呈正相关,并得到基因过表达病理学图片。其对应中药为丹参...
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| 关 键 词： | 泛癌 肝癌 生物信息学 差异基因 丹参 枳实 枳壳 人参叶 人参芦 甘草 人参 蜂蜜 |
| 收稿时间： | 2021/11/3 0:00:00 |
Analysis of differentially expressed genes of liver cancer and potential intervention of traditional Chinese medicine based on bioinformatics |
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| ZHANG Dao-ping,LIU Qi-li,YAO Kun-peng,LI Zheng-rong,CHEN Pei-ru,PENG Jian-ping.Analysis of differentially expressed genes of liver cancer and potential intervention of traditional Chinese medicine based on bioinformatics[J].Chinese Traditional and Herbal Drugs,2022,53(3):788-798. |
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| Authors: | ZHANG Dao-ping LIU Qi-li YAO Kun-peng LI Zheng-rong CHEN Pei-ru PENG Jian-ping |
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| Institution: | Hunan University of Chinese Medicine, Changsha 410208, China; Hunan University of Chinese Medicine, Changsha 410208, China;First Affiliated Hospital of Hunan University of Chinese Medicine, Changsha 410007, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | pan-cancer liver cancer bioinformatics differentially expressed genes Salviae Miltiorrhizae Radix et Rhizoma Aurantii Fructus Immaturus Aurantii Fructus Ginseng Folium rhizome of Panax ginseng Glycyrrhizae Radix et Rhizoma Ginseng Radix et Rhizoma Mel |
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