苓甘五味姜辛汤治疗慢性支气管炎网络药理学研究

目的:通过网络药理学方法探究苓甘五味姜辛汤治疗慢性支气管炎的相关作用机制及关键靶点。方法:在TCMSP中获取苓甘五味姜辛汤的化学成分及对应靶点,在GeneCards、DrugBank、OMIM数据库中获取慢性支气管炎的治疗靶点;利用Cytoscape 3.8.0软件构建中药复方调控网络;利用String数据库建立活性成分-疾病靶点的蛋白互作网络(PPI),并利用Cytoscape 3.8.0软件中CytoNCA插件进行核心靶点筛选;利用R 4.0.2Bioconductor数据包对关键靶点进行GO生物学功能分析及KEGG通路分析,通过对KEGG通路分析结果并选取关键通路绘制相关通路图,显示其靶点与通路相关性。结果:苓甘五味姜辛汤共有133个活性成分及1 705个靶点,慢性支气管炎共有1 768个治疗靶点,二者交集靶点共125个,GO富集分析生物学过程共2 441条,KEGG筛选出通路165条。结论:苓甘五味姜辛汤可通过多靶点、多通路对慢性支气管炎进行干预,其可能涉及靶点如ESR1、AKT1、CCND1、MAPK14、JUN、STAT3等,涉及通路包括PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等,显示出苓甘五味姜辛汤干预慢性支气管炎多通路、多靶点的特点。     

桂枝茯苓丸“异病同治”甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤网络药理学机制研究

目的采用网络药理学及分子对接方法探究桂枝茯苓丸治疗足厥阴肝经疾病甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和SwissTargetPrediction数据库检索桂枝茯苓丸组方药物的化学成分并获取靶点,通过GeneCards、OMIM数据库查询疾病相关靶点,获得二者交集靶点基因。采用Cytoscape3.7.2软件构建药物-成分-疾病-靶点网络和蛋白相互作用网络,利用R语言对靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,运用PyMOL软件进行分子对接。结果共筛选出桂枝茯苓丸活性成分116个,对应有效靶点1109个,与3种疾病的交集靶点79个。对交集靶点富集分析发现,桂枝茯苓丸治疗甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的共同关键通路为AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路。根据KEGG通路富集分析结果确定7个核心靶点(TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH)。结论桂枝茯苓丸可能通过调控AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路,作用于TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH等靶点,发挥活血、化瘀、消癥功效,可为桂枝茯苓丸“异病同治”机制研究提供参考。     

三七对糖尿病肾病、糖尿病脑病和糖尿病心肌病“异病同治”的网络药理学作用机制分析

基于网络药理学方法探究三七对糖尿病肾病、糖尿病脑病和糖尿病心肌病"异病同治"的关键靶标与通路等分子作用机制。通过TCMSP数据库及文献挖掘搜集得到三七化学成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测三七潜在靶标,通过OMIM和GeneCards数据库获取糖尿病肾病、糖尿病脑病和糖尿病心肌病靶点,将三七成分靶标分别与疾病靶点取交集,使用Cytoscape构建三七"成分-靶点-疾病"网络,并通过Cytoscape中的ClueGo插件分别对交集靶点进行富集分析,同时通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape进行拓扑参数学分析得到三七治疗3个疾病的共同关键靶点。筛选出三七化学成分166个,成分靶标835个,糖尿病肾病、糖尿病脑病、糖尿病心肌病相关的疾病靶点分别为216,194,230个,得到成分靶标与疾病靶点的交集分别为54,45,57个。通过对交集靶点富集分析发现,三七对糖尿病肾病、糖尿病脑病、糖尿病心肌病"异病同治"的共同关键通路为AGE-RAGE信号通路和FoxO信号通路,共同核心靶标为TNF,STAT3,IL6,VEGFA,MAPK8,CASP3,SIRT1等7个靶点,通过文献查阅的方式对筛选出的核心靶点进行验证,发现分析出的共同核心靶点中TNF,IL6,VEGFA,CASP3,SIRT1已有相关文献报道。此外,共有核心靶点STAT3对应最多的化合物,表明三七中有较多的化合物能对STAT3发挥调节作用。该研究表明三七可能通过调控AGE-RAGE信号通路和FoxO信号通路,作用于TNF,STAT3,IL6,VEGFA,MAPK8,CASP3,SIRT1等靶点,发挥抗糖尿病肾病、糖尿病脑病和糖尿病心肌病的作用,该研究为三七"异病同治"的作用机制提供了参考。     

基于网络药理学探讨金叶拜毒颗粒抗新冠病毒的作用机制

目的:运用网络药理学分析金叶拜毒颗粒抗新型冠状病毒的有效成分、靶点和通路,探讨其抗新型冠状病毒的机制,为中医药治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-2019)提供参考。方法:通过TCMSP、Pub Med、Swiss Target Prediction等数据库及相关文献中筛选金叶拜毒颗粒方中中药的化学成分和作用靶点;通过Genecards、OMIMS数据库筛选出新型冠状病毒的疾病靶点;使用Cytoscape3.7.2软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络和潜在靶点的相互作用关系,使用String数据库和Cytoscape3.7.2软件绘制蛋白相互作用网络;通过Matescape富集分析预测核心模块和作用机制。结果:挖掘出金叶拜毒颗粒中化合物46个,465个药物靶点,COVID-19相关疾病靶点465个,二者交集靶点71个,组方中主要化学成分23个,关键靶点涉及GAPDH、ALB、TNF、TP53、MAPK3、IL6、MAPK1、CASP3、MAPK8、FOS等,预测到4个核心板块。GO富集分析共得到1665个条目,KEGG通路富集筛选出条149信号通路。结论:金叶拜毒颗粒具有多成分、多靶点、多通路作用于新型冠状病毒。     

基于网络药理学探讨三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症的作用机制

目的:采用网络药理学的方法预测三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症（EMT）的主要活性成分、靶点及信号通路,探讨其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索三棱-莪术药对的中药化学成分,以口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18为阈值筛选潜在的活性化合物;通过TCMSP查询活性化合物对应的靶标;运用GeneCards和人类孟德尔遗传数据库（OMIM)预测疾病靶点;利用韦恩图找到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点;使用Cytoscape 3.7.2软件构建疾病-药物-有效成分-靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;采用String在线数据库和Cytoscape软件绘制交集靶点PPI网络;最后借助R软件和Bioconductor生物信息软件包进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并使用Cytoscape软件绘制靶点-信号通路网络图。结果:筛选得到三棱-莪术活性成分8个,对应靶点77个,EMT相关靶点1 600个,交集靶点34个。GO功能富集分析结果显示三棱-莪术药对可影响1 054个生物学过程、22个细胞组分和65个分子功能。KEGG通路富集分析得到91条通路,三棱-莪术药对治疗EMT主要与雌激素信号通路、IL-17信号通路、AGE-RAGE信号通路、甲状腺激素信号通路、P53信号通路等有关。结论:三棱-莪术药对治疗EMs具有多靶点、多途径、多通路的特点。     

基于网络药理学及分子对接探讨杜仲叶防治骨质疏松的作用机制

目的：采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库、治疗靶点数据库（TTD）对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果：筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT3、VEGFA、IL6、TP53、EGF、AKT1、JUN、MAPK8、EGFR、TNF基因可能起着关键的作用。结论：杜仲叶可能通过减轻氧化应激损伤、抑制破骨细胞形成、促进成骨细胞形成等作用发挥抗骨质疏松作用。     

乳香-没药治疗类风湿性关节炎的网络药理学和生物信息学分析

目的:研究乳香-没药药对治疗类风湿性关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)的作用机制。方法:依托GEO、GeneCards、OMIM数据库挖掘RA相关基因并进行合并。通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索乳香-没药的有效化学成分和相关靶点,使用Cytoscape 3.8.0软件绘制“药物-成分-靶标-信号途径”的可视化网络。运用STRING数据库构建化合物靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。运用R软件进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:GEO、GeneCards、OMIM数据库筛选出类风湿性关节炎相关基因4 655个,共筛选出乳香-没药药对主要活性成分46个,对应靶点90个。获得乳香-没药治疗类风湿性关节炎的靶点60个,核心靶点6个。此外,KEGG通路富集结果主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化、AGE-RAGE信号通路、白细胞介素-17信号通路。结论:乳香-没药药对可通过多靶点、多通路来治疗类风湿性关节炎。     

基于网络药理学-分子对接研究乳香-没药配伍改善类风湿性关节炎的作用机制

应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨乳香-没药配伍有效成分对应靶基因及治疗类风湿性关节炎(RA)可能的作用机制。基于文献研究并结合相关中药系统药理数据库和文献检索筛选得到乳香-没药主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库对活性成分进行靶标预测。同时通过DrugBank, GeneCards及Therapeutic Target Database(TTD)数据库收集RA相关靶标,并利用VENNY 2.1取交集靶标在线绘制药物与疾病共同靶标的韦恩图。运用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图,根据相互关系大小筛选核心靶标。利用Cytoscape 3.6.0软件构建"中药-成分-靶点""中药-成分-靶点-疾病"网络模型和核心靶标相互作用网络模型。运用DAVID 6.8在线数据库对交集靶点进行基因GO功能分析和KEGG通路富集分析,Pathon将其可视化;最后运用AutoDock Vina和Pymol将得到的核心有效成分与核心靶标进行分子对接。结果收集乳香-没药药对中16个活性成分,得到相关潜在靶点320个,RA相关靶点468个,通过韦恩图得到交集靶点62个。主要作用于IL6,TNF,IL1B,MAPK1等多个靶标,涉及TNF信号通路和Toll样受体信号通路以发挥治疗RA作用。该实验基于网络药理学和分子对接方法,对乳香-没药配伍治疗RA可能的靶标和信号通路进行探讨,并对核心靶标与核心活性成分进行分子对接,为乳香-没药配伍作用机制的研究提供了科学依据。     

基于网络药理学探讨黄芪-当归配伍活性成分改善血管内膜增生的作用机制

目的采用网络药理学方法探讨黄芪-当归配伍改善血管内膜增生的药效物质和可能的作用靶点。方法利用TCMSP数据库,获取黄芪-当归的有效成分,利用Pharmmaper数据库搜集活性成分所对应的靶标。通过Genecards、DigSeE和OMIM数据库,收集血管内膜增生相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。利用STRING获取预测靶蛋白之间的相互关系,根据相互关系大小筛选出核心靶标。利用Cytoscape 3.6.1软件,绘制"药物-成分-疾病-靶标"网络图、核心靶标相互作用网络图。用R语言进行核心靶标的KEGG通路富集分析和GO生物过程分析。结果收集到黄芪-当归药对的20个活性成分,共得到193个潜在药物作用靶点、487个潜在疾病靶点,主要作用于EGFR、ESR1、ALB、MAPK8、PGR等多个靶标,涉及PI3K-Akt、MAPK、Ras等多条信号通路以发挥抗血管内膜增生的作用。结论基于网络药理学方法,初步探讨了黄芪-当归配伍改善血管内膜增生可能的靶标和信号通路,可为黄芪-当归配伍作用机制的研究提供参考。     

基于网络药理学联合分子对接技术探讨肾疏宁防治肾间质纤维化的作用机制

[目的]基于网络药理学探讨肾疏宁防治肾间质纤维化的潜在机制.[方法]通过检索TCMSP、Uniprot等数据库获得肾疏宁中药的化学成分,并找出其对应的靶点.通过GeneCards、OMIM、TTD等数据库筛选药物靶点和疾病靶点.运用Cytoscape软件构建"成分-靶标-通路-疾病"网络;进而对靶点进行KEGG信号通路...     

基于网络药理学及分子对接探讨交泰丸治疗心律失常的作用机制

目的：运用网络药理学及分子对接分析交泰丸治疗心律失常的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）与BATMAN数据库检索黄连、肉桂的活性成分和靶基因,利用GeneCards数据库检索得到与心律失常相关的靶基因,采用Cytoscape软件绘制交泰丸的“活性成分-作用靶点”网络图,采用STRING数据库构建交泰丸治疗心律失常的蛋白质-蛋白质相互作用（Protein Protein Interaction,PPI）网络图,将PPI网络图导入Cytoscape,采用DAVID数据库对药物-疾病交集靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG） 通路富集分析,使用Autodock Vina和Pymol进行分子对接。结果：共收集到交泰丸31个有效成分及其556个成分靶点;心律失常相关靶点2 205个;药物成分和疾病的共有靶点174个;使用Cytoscape拓扑分析得到小檗浸碱、表小檗碱、黄藤素、黄柏酮、小檗碱等20个核心成分,PPI网络得到ALB、AKT1、MAPK3、VEGFA、SRC等15个关键核心靶点。生物信息学富集分析中共获取821个GO条目,109条KEGG通路,主要涉及PI3K-AKT信号通路、Rap1信号通路、cAMP信号通路、甲状腺激素信号通路、HIF-1信号通路等。分子对接结果表明,度值排名前5的主要活性成分与核心靶点（ALB、AKT1、MAPK3、VEGFA、SRC）有较强的亲和力。结论：该研究揭示了交泰丸可能通过调控细胞代谢、降低氧化刺激、改善血管重塑等方面治疗心律失常,为后续研究交泰丸治疗心律失常提供一定的中药药理依据。     

扶正抗癌方治疗非小细胞肺癌的网络药理学作用机制探讨

目的基于网络药理学方法探讨中药复方扶正抗癌方治疗非小细胞肺癌（NSCLC）的作用机制。方法利 用BAMAN 数据库收集扶正抗癌方各味中药中的化学成分,再从BATMAN 数据库检索各化学成分的靶标,收 集打分（Score）大于20 的化学成分及其预测的靶标,导入CytoScape Version 3.7.1 软件,绘制成分-靶标网络 图,得到该方的效应靶标。以“非小细胞肺癌”为关键词,从GeneCards 数据库查找疾病靶标,绘制韦恩图。 靶标导入DAVID 数据库,进行GO 富集分析和KEGG 通路分析,设定阈值P < 0.05。对KEGG 通路中排名前 20 位的通路进行分析,并将结果导入R（i386 3.5.2）和R Studio 软件,绘制KEGG 信号通路的气泡图。将作用 靶标导入String 数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,获取蛋白相互作用信息后,导入CytoScape 3.7.1 软件构 建蛋白-蛋白相互作用网络。提取成分-靶标网络图,计算其网络拓扑性质,前20 位的化学成分即为该方治疗 NSCLC 的潜在有效成分。结果共检索出135 个小分子成分,4 898 个基因靶标,共同靶基因663 个,收集了 Score≥20 的关键基因164 个, 其中度值排名较靠前的蛋白TP53、TNF、TLR4、STAT2、SRC、PTGS2、 NFKB1、MYC、JUN、IL1B、MTOR、FOS、CTNNB1、AKT1 被认为是蛋白相互作用网络中的核心靶点;分析 GO 生物学过程、分子功能及细胞组分相关条目前10 条及KEGG 通路前20 条,主要涉及癌症通路、PI3K-Akt 信号通路及p53 信号通路等。结论扶正抗癌方可能通过多成分、多靶点、多途径参与调控NSCLC 细胞增殖 与凋亡等多种生理过程,发挥对NSCLC 的干预作用。     

基于网络药理学探讨重楼与非小细胞肺癌相关分子机制

目的:基于网络药理学方法筛选重楼[Paris polyphylla var.yunnanensis(Franch.)Hand.-Mazz.]的主要活性成分,预测其治疗非小细胞肺癌（NSCLC）的作用靶点及信号通路,进一步探讨其治疗NSCLC的可能作用机制。方法:通过中药与化学成分数据库、瑞士生物信息研究所平台（SIB）及文献挖掘,检索并收集重楼的活性成分及其对应的靶标基因。利用GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）获得NSCLC的潜在靶标基因。将二者靶标基因相映射筛选核心靶标基因,依托DAVID数据库对重楼的作用靶标基因进行基因本体（GO）富集分析生物学过程和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集注释分析,并通过分子对接验证预测结果。结果:共筛选得到重楼的7个活性成分,包括β-蜕皮素、γ-氨基丁酸、重楼皂苷A、重楼皂苷G、重楼皂苷F、重楼皂苷D、重楼皂苷B等;筛选出核心靶点7个,包括MAPK1、MAPK3、VEGFA、PIK3CA、BCL2L1、FGF1、STAT3。结论:7个核心靶点主要通过癌症通路、非小细胞肺癌通路、PI3K-AKT信号通路、FoxO信号通路、MAPK信号通路起到抗癌、免疫调节、维持端粒稳定的作用。本研究基于网络药理学的方法预测了重楼治疗NSCLC可能的作用机制,为后续的深入研究提供了参考。     

基于网络药理学研究甘草-石榴皮复配抗紫外线致皮肤光损伤的保护作用机制

目的:应用网络药理学的方法及工具研究甘草-石榴皮复配的潜在协同保护皮肤光损伤作用机制,为中药复方现代化及新药创新发现提供依据。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库结合所查文献,获得甘草-石榴皮复配后的活性成分及所对应的靶标;将所得靶标输入蛋白质数据库(UniProt)中,查询靶标对应的基因名称。通过检索疾病相关网站CTD数据库,GeneCards数据库以及OMIM数据库,获取防晒相关靶标;通过在线String数据库分析作用靶标之间的相互作用关系,筛选出预测的核心作用靶标。利用DAVID数据库,进行预测靶标的基因本体(GO)基因功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.6.1软件做网络图;利用在线网站Draw Venn Diagram将疾病靶标与药物预测靶标之间的关系用Venn图呈现;利用R Studio软件绘制GO富集和KEGG通路富集分析图。通过GOLD软件进行活性成分与核心靶标之间的分子对接。结果:收集到甘草-石榴皮复配活性成分16个,包括甘草素、甘草苷、山柰酚、槲皮素等。主要涉及蛋白激酶B1(AKT1),白细胞介素(IL)-6,血管内皮生长因子A(VEGFA),肿瘤坏死因子(TNF),抑癌基因(TP53)这5个核心靶点,涉及乙型肝炎,癌症信号通路,弓形虫病,美国锥虫病,肿瘤坏死因子信号通路等通路发挥防晒作用。结论:该研究基于网络药理学的方法,初步探究了甘草-石榴皮复配后的皮肤光保护作用靶标与通路,进一步印证了中药多成分、多靶点治疗疾病的特点,为中药复方的现代化研究提供一定的科学思路。     

基于网络药理学探讨参地补肾胶囊抗肾间质纤维化的机制研究

目的:通过网络药理学研究参地补肾胶囊抗肾间质纤维化(RIF)的物质基础及作用机制。方法:借助TCMSP等数据库检索参地补肾胶囊的化学成分和作用靶点。通过Gene Cards,OMIN生物数据库筛选出RIF的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络关系,构建蛋白-蛋白相互作用网络,进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。结果:获得参地补肾胶囊286个有效化学成分和抗RIF潜在作用靶点121个,网络分析结果表明参地补肾胶囊主要通过STAT3、TP53、JUN、AKT1、TNF、SRC、MAPK1、MAPK8、IL-6、MAPK14、RELA、VEGFA、EGFR、FOS、ESR1等关键靶点,以及调控流体剪切应力与动脉粥样硬化,HIF-1信号通路、TNF信号通路、VEGF信号通路、ErbB信号通路、Jak-STAT信号通路、NF-κB信号通路等途径发挥抗RIF的作用;尤其HIF-1信号通路、TNF通路、JAK/STAT通路和ErbB信号通路的蛋白和下游蛋白表达常常是其他通路参与RIF的启动因子或其他通路中的关键因子。结论:参地补肾胶囊通过多条通路、多个靶点的综合调控达到抗RIF,治疗CRF的作用;其中HIF-1信号通路、TNF通路、JAK/STAT通路和ErbB信号通路是关键通络。     

基于网络药理学和分子对接技术的藏药三味龙胆花片用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制探讨

目的:初步探寻藏药三味龙胆花片治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物及作用机制。方法:通过文献及中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索藏药三味龙胆花片中白花龙胆、甘草、蜂蜜干膏的化学成分。通过Swiss Target Prediction数据库查询化学成分对应靶点,采用Cytoscape3.7.2构建化合物-靶点网络;结合DAVID基因本体GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制;对核心成分与抗COVID-19药物靶点进行分子对接验证。结果:化合物-靶点网络包含101个化合物,共对应168个靶点。GO功能富集分析得到GO条目291个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目186个,细胞组成(CC)条目33个,分子功能(MF)条目72个。KEGG通路富集筛选得到56条信号通路(P<0.05),涉及钙离子信号通路、花生四烯酸代谢通路、MAPK信号通路等相关信号通路。分子对接结果显示,甘草香豆酮、槲皮素、山柰酚等核心成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点的亲和力可能较推荐用药更强。结论:藏药三味龙胆花片可通过多成分、多靶点、多通路的协同作用发挥疗效,从而起到抗COVID-19的作用。     

基于网络药理学的附子理中丸治疗抗生素相关性腹泻的机制研究

目的 基于网络药理学的方法探讨附子理中丸治疗抗生素相关性腹泻(antibiotic associated diarrhea,AAD)的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)并检索相关文献获得附子理中丸所含中药的主要化学成分,收集其相对应的靶点;抗生素相关性腹泻的疾病靶点来源于GeneCards、DrugBank、Home-OMIM-NCBI数据库.结合Cytoscape 3.7.1构建药物-核心靶点-有效成分网络、靶标蛋白互作PPI网络.利用Bioconductor中的R包对核心靶标进行GO富集和KEGG通路分析.结果 共获得附子理中丸活性化学成分1 17个,药物靶点661个;获得疾病靶点175个;获得核心靶标25个;PPI蛋白作用网络分析,核心蛋白涉及VEGF、EGFR、AKT1、IL-6等;GO富集分析发现主要参与蛋白磷酸酶结合、磷酸酶结合、细胞因子受体结合等生物学过程;KEGG通路富集发现PI3K-Akt信号通路、AGE-RACE信号通路以及HIF-1信号通路富集明显.结论 通过网络药理学分析发现,附子理中丸多成分、多靶点调控机体,通过多途径起到治疗AAD的作用,为附子理中丸的实验研究、临床应用提供了理论支持.     

基于网络药理学和分子对接研究寿胎丸治疗复发性流产的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接方法探讨寿胎丸治疗复发性流产（RSA）的主要作用机制。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM数据库检索寿胎丸所含主要的活性化学成分,并在TCMSP数据库中查询药物成分对应靶点,检索GeneGards数据库获得RSA相关靶点。运用R软件取药物与疾病靶点的交集制成韦恩图,再利用Cytoscape 3.7.2软件将药物-活性成分-靶点-疾病网络可视化,通过STRING数据库获得靶标蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。最后运用R软件对靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：共得出主要活性成分21个,寿胎丸与RSA相关靶点共108个,通过GO分析得出133个功能条目,通过KEGG分析得出147条信号通路,涉及细胞因子受体结合、受体配体活动、泛素样蛋白连接酶结合等功能及AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路。分子对接验证显示,寿胎丸的主要活性成分与RSA核心靶点具有较强的结合活性,为二者的相互作用提供了基础。结论：该研究利用网络药理学方法初步揭示了寿胎丸通过多成分、多靶点、多通路治疗RSA的作用机制,预测了寿胎丸可能通过TGF-β、PI3K/AKT、MAPK、JAK-STAT等通路保护妊娠,为进一步临床及实验研究提供了良好的理论依据。     

基于网络药理学的黄精-党参联合治疗2型糖尿病作用机制研究

目的探讨黄精-党参联合治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄精-党参的化学成分和作用靶点,通过GenCards数据库查询与T2DM相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的黄精-党参的化学成分作用靶点基因名,R软件提取药物靶点和疾病靶点交集,Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点网络、STRING在线软件构建蛋白相互作用(PPI)网络,最后通过R软件进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究其作用机制。结果化合物-靶点网络包含23个化合物和相应靶点76个,PPI网络包含76个蛋白,关键蛋白涉及AKT1、MAPK1、JUN、IL6、MAPK14等,GO功能富集分析得到GO条目95个(P0.05),KEGG通路富集筛选得到144条信号通路(P0.05),涉及PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗通路等。结论黄精-党参中的活性成分主要通过协调炎症信号通路、胰岛素相关通路、抗氧化相关信号通路等协同治疗T2DM。     

银杏叶提取物抗氧化机制的网络药理学研究

目的基于网络药理学研究银杏叶提取物抗氧化的机制。方法通过UPLC-Q-TOF MS分析银杏叶提取物中的化学成分,在PubChem数据库中查询其化学成分的Canonical SMILES号,利用Swiss Target Prediction数据库查找其化学成分的靶点,使用UniProt数据库对其进行批量标准化后,与CTD数据库、GeneCards数据库比对得到银杏叶提取物抗氧化作用的靶点,利用STRING数据库构建靶蛋白相互作用网络,进行GO生物功能与模块分析、KEGG通路富集分析,Cytoscape构建成分-靶点-通路网络图。结果从银杏叶提取物中筛选出31种化学成分,检索出28个靶蛋白,与抗氧化有关的靶点有26个。银杏叶提取物发挥抗氧化作用可能涉及AKT1、MAPK1、MAPK14靶点,以及MAPK信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路等相关通路。结论本研究反映了银杏叶提取物多成分、多靶点、多通路的作用特点,可为后续相关作用新机制研究提供线索和启示。