2016年浙江省湖州市急性胃肠炎病例诺如病毒感染状况及其基因型别特征

目的 调查浙江省湖州市急性胃肠炎病例诺如病毒的感染状况、基因型别及其动态变化趋势。方法 于2016年采集湖州市食源性疾病主动监测哨点医院的急性胃肠炎病例粪便标本。采用特异性引物探针,应用real-time RT-PCR对标本进行诺如病毒核酸检测。同时对阳性标本衣壳蛋白基因片段进行扩增和测序,结合在线分型工具和序列系统进化分析诺如病毒基因型别。结果 501份急性胃肠炎患者粪便标本检出诺如病毒阳性101份,阳性率20.16%,以GⅡ基因组为主（86.14%）;男性检出率为20.75%（50/241）,女性检出率为19.54%（51/260）,差异无统计学意义。不同年龄段病例均检出诺如病毒,5岁儿童检出率最高。诺如病毒感染全年均有发生,但6-9月呈低流行状态。2016年湖州市流行的诺如病毒基因型别多样,包括GⅡ.17、GⅡ.4 Sydney_2012、GⅡ.3、GⅡ.13、GⅠ.6、GⅡ.2、GⅡ.6、GⅠ.7共8种基因型别。GⅡ.17和GⅡ.4 Sydney_2012呈月份交替流行。结论 湖州市急性胃肠炎病例诺如病毒基因型别多样,且呈交替流行现象,应进一步加强监测各型别诺如病毒在本地的流行范围及型别分布变化情况。     

2018-2019年湖北省5岁及以下腹泻儿童诺如病毒感染特征和病原学分析

  目的  了解2018 — 2019年湖北省≤5岁腹泻儿童诺如病毒感染流行病学及分子特征。  方法  收集2018 — 2019年湖北省病毒性腹泻监测哨点医院≤5岁腹泻儿童粪便标本,共计922份。 采用实时荧光反转录聚合酶链式反应（real-time RT-PCR）方法进行诺如病毒GⅠ和GⅡ组核酸检测。 对诺如病毒检测阳性的标本应用real-time RT-PCR分别扩增RNA聚合酶和衣壳蛋白片段,将获得的PCR产物直接测序并进行基因型别分析。  结果  湖北省≤5岁腹泻患儿粪便标本中,诺如病毒核酸阳性样本为122份,阳性率13.23%。其中诺如病毒GⅡ组119例（97.54%）,诺如病毒GⅠ组3例（2.46%）。 男女童感染者差异有统计学意义（χ2=8.805,P=0.003）。 ≤5岁儿童以6～12月龄为主要发病人群。 诺如病毒感染季节为冬春季,呈现2个流行峰,10 — 12月为高流行峰;诺如病毒主要为GⅡ组,聚合酶区和衣壳区基因分型主要为GⅡ.4 Sydney［P31］（27.71%）、GⅡ.2［P16］（26.51%）、GⅡ.3［P12］（26.51%）和GⅡ.4 Sydney［P16］（16.87%）。  结论  2018 — 2019年湖北地区≤5岁腹泻患儿感染诺如病毒存在多种基因型和不同的重组亚型,加强诺如病毒的基因型别监测和重点人群防护有助于诺如病毒腹泻感染的防控。     

一起诺如病毒Ⅰ、Ⅱ型混合感染引起的感染性腹泻疫情调查

目的应用荧光定量逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）检测技术,对疑似诺如病毒感染引起的腹泻疫情标本进行核酸检测,为疫情控制提供准确可靠的技术支持。方法从18例粪便标本中提取RNA,进行诺如病毒核酸荧光定量RT-PCR检测。结果18份标本中有13份诺如病毒核酸RT-PCR检测阳性,阳性率为72.2%。其中6份标本中检出诺如病毒Ⅰ型;6份标本中检出诺如病毒Ⅱ型;有1份标本同时检出诺如病毒Ⅰ型、Ⅱ型。结论应用荧光定量RT-PCR技术,对诺如病毒进行核酸检测结果准确可靠。     

2017-2018年浙江省湖州市急性胃肠炎病例GⅠ型诺如病毒感染状况及其基因型别特征

目的了解浙江省湖州市急性胃肠炎病例中GⅠ型诺如病毒的感染状况及基因型别特征。方法收集2017年4月至2018年6月湖州市2家哨点医院诊断为急性胃肠炎病例的粪便标本1 259份。 采用实时荧光定量反转录–聚合酶链式反应（real time RT-PCR）对提取的病毒RNA进行GⅠ和GⅡ型诺如病毒核酸检测。采用RT-PCR对GⅠ型阳性标本进行RdRp区和VP1区部分片段的扩增和测序。 综合在线分型工具和系统进化分析的结果判定病毒基因型别。结果诺如病毒核酸阳性171份，阳性率13.58%。 GⅡ型和GⅠ型诺如病毒的检出阳性率分别为11.83%（149/1 259）和2.70%（34/1 259），GⅡ型诺如病毒为检出的主要型别。 GⅠ型诺如病毒主要检出于2018年上半年。 2018年2 — 6月各月GⅠ型诺如病毒的检出阳性率均大于监测期间GⅠ型的平均检出阳性率。 基因分型结果显示，2018年检出的GⅠ型诺如病毒包括GⅠ.P4-GⅠ.5、GⅠ.P2-GⅠ.2、GⅠ.P1-GⅠ.1、GⅠ.Pd-GⅠ.3、GⅠ.P4-GⅠ.4、GⅠ.P2-GⅠ.5。 其中GⅠ.P4-GⅠ.5、GⅠ.P2-GⅠ.5和GⅠ.Pd-GⅠ.3重组型诺如病毒首次在湖州市检出。结论湖州市流行的GⅠ型诺如病毒基因型别多样，重组现象明显。 应加强GⅠ型诺如病毒在当地的分子流行病学监测，以及时发现新的变异或重组株。     

2013－2019年浙江省湖州市急性胃肠炎病例GⅡ.P7-GⅡ.6型诺如病毒基因特征分析

  目的  分析2013 — 2019年浙江省湖州市急性胃肠炎病例诺如病毒基因特征,为疾病监测和防控提供参考。  方法  采用荧光定量反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）方法对2013年12月、2014年4、12月、2019年3月发生的4起学校/托幼机构急性胃肠炎患者送检粪便标本进行诺如病毒核酸检测。 采用RT-PCR法对核酸阳性标本的多聚酶和衣壳蛋白部分区域进行扩增,并对扩增产物进行序列测定。 利用在线分型工具和系统进化分析对病原序列进行基因特征分析。  结果  共计28份标本中分别有5、4、2、5份为GⅡ型诺如病毒核酸阳性,阳性率为57.1%（16/28）。 4次疫情各有1份标本测序成功;在线分型和系统进化分支分析显示,4起疫情的病原均为GⅡ.P7-GⅡ.6重组型诺如病毒,但进化分支不同,其中2013年疫情标本检出GⅡ.P7-GⅡ.6c型;2014年2起疫情均为GⅡ.P7-GⅡ.6b型,2019年疫情中检出的GⅡ.P7-GⅡ.6a型。  结论  GⅡ.P7-GⅡ.6型重组型诺如病毒是引起湖州市2013 — 2019年4起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,每年毒株存在一定基因进化分支的差异。 鉴于该病毒在全球范围内具有持续和广泛的流行能力,应进一步加强对该型别重组型诺如病毒的监测。     

广州市腹泻监测病例诺如病毒分子流行病学特征

目的 了解广州市腹泻监测病例中诺如病毒分子流行病学特征。方法 2014-2015年选取广州市两家医院的门诊科室作为监测哨点,每间哨点医院每周采集5岁以下和5岁及以上腹泻病例粪便样本各3份,将采集的标本送至广州市疾病预防控制中心检测诺如病毒。阳性标本进行基因序列测定并进行同源性分析。通过中国传染病疫情和突发公共卫生事件网络直报系统收集2014-2015年广州市报告的诺如病毒感染引起的暴发疫情数据,开展流行病学分析。结果 共收集腹泻标本732份,诺如病毒阳性136份,阳性率为18.58%。各年龄组诺如病毒阳性率不同（2=20.39,P=0.001）,其中5岁以下年龄组最高（24.21%）。基因分型结果显示GⅡ组133份（97.80%）,GⅠ组3份（2.20%）。分别对2014年（4份）及2015年（5份）阳性标本进行测序,结果提示,2014年诺如病毒流行株以GⅡ.4 Sydney_2012变异株（75.00%）为主,2015年以GⅡ.17变异株（55.60%）为主。2014-2015年共报告诺如病毒感染性腹泻暴发疫情23起,其中14（60.80%）起由GⅡ组引起。结论 广州市诺如病毒感染性腹泻流行毒株仍以GⅡ组为主,其中2014年优势毒株为GⅡ.4 Sydney_2012变异株,2015优势毒株为GⅡ.17变异株。     

2019年天津市急性胃肠炎人群诺如病毒基因分型分析

目的分析2019年天津市急性胃肠炎人群中诺如病毒的基因特征。方法本研究采集2019年全年天津市各区疾病预防控制中心送检的散发、暴发、聚集性腹泻诺如病毒阳性粪便标本，采用反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）方法将标本进行扩增，对阳性产物进行聚合酶区和衣壳区序列测定，构建系统进化树。结果诺如病毒总体阳性率为6.01%（97/1615），除1月无样本检测外，其他各月份均有诺如病毒的检出。 其中GⅠ组检出率1.11%（18/1615），GⅡ组检出率5.02%（81/1615）。 聚合酶区和衣壳区基因分型结果:2019年的基因型别为GⅡ.2［P16］、GⅡ.4［P31］、GⅡ.17［P17］、GⅠ.3［P13］、GⅡ.6［P7］、GⅠ.5［P4］、GⅡ.3［P12］、GⅠ.5［P12］、GⅠ.1［P1］、GⅠ.2［P2］等。 13起急性胃肠炎暴发或聚集性腹泻病例中占比前3位的基因重组株为GⅡ.2［P16］（30.77%，4/13）、GⅡ.4［P31］（23.08%，3/13）、GⅡ.17［P17］（23.08%，3/13）。结论天津市诺如病毒感染的基因型呈多样性，不同基因型持续共同进化和循环，需进一步加强诺如病毒病原监测及分子分型鉴定工作。     

2016年浙江省急性胃肠炎患者诺如病毒的分子流行病学特征分析

摘要：目的：探讨2016年浙江省急性胃肠炎患者中诺如病毒的流行病学和基因特征。 方法：收集2016年1月至12月共1 308份急性胃肠炎患者的临床流行病学资料和粪便标本,用一步法双重荧光RT-PCR技术检测诺如病毒GⅠ和GⅡ型,用分层抽样抽取阳性标本核酸进行普通RT-PCR扩增,并对扩增产物进行测序分析。 结果：诺如病毒阳性率为10.55%（138/1 308）,其中GⅠ型12例,GⅡ型118例,GⅠ/GⅡ型混合感染8例。诺如病毒在不同年龄组的阳性率随患者年龄上升而下降,以≥60岁组最低;不同性别组间的阳性率差异无统计学意义;诺如病毒感染全年分布,其中12月阳性率达到顶峰,为37.50%。测序结果显示GⅠ的基因亚型主要是GⅠ.6;GⅡ的基因亚型以GⅡ.4与GⅡ.17为主,分别占40.91%（18/44）和34.09%（15/44）。 结论：诺如病毒是引起2016年浙江省急性胃肠炎的重要病原体,且GⅡ.4和GⅡ.17是主要的基因亚型。     

2018－2019年北京市西城区6起学校急性胃肠炎聚集性疫情的GⅠ诺如病毒病原鉴定与溯源研究

  目的  分析2018—2019年北京市西城区6所学校发生的急性胃肠炎疫情GⅠ诺如病毒的基因型别特征。   方法   收集2018—2019年西城区6所学校急性胃肠炎病例的粪便标本37份。 采用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应（real-time RT-PCR）对提取的GⅠ和GⅡ诺如病毒核酸进行检测。 采用RT-PCR进行GⅠ诺如病毒聚合酶区和衣壳蛋白VP1区部分片段的扩增和测序。 用诺如病毒在线分型工具对测序成功的毒株进行初步鉴定和基因分型,用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对,用MEGA 6.06 软件构建进化树。  结果   6所学校（18,S1～S4和19,S5～S6）发生的诺如病毒急性胃肠炎疫情均为聚集性疫情,GⅠ诺如病毒核酸阳性率为83.78%（31/37）,GⅡ诺如病毒未检出;聚合酶区和衣壳蛋白VP1区进化分析分别显示,1起疫情的4株诺如病毒毒株分别与GⅠ.Pd参考株和GⅠ.3b参考株在同一分支,5起疫情的19株诺如病毒毒株与GⅠ.Pb参考株和GⅠ.6a参考株在同一分支;每所学校毒株相似性为100.0%。双区分型合并结果,1起疫情由GⅠ.Pd-GⅠ.3b引起,该重组株与GⅠ.3[P13]/Hu/MT008455/2018/Shanghai/CHI相似性高达99.6%;5起疫情由GⅠ.Pb-GⅠ.6a引起, 这重组株与GⅠ.6[P11]/Hu/MZ227264/2016/US相似性高达98.1%。  结论   2018—2019年北京市西城区6所学校诺如病毒急性胃肠炎聚集性疫情分别由GⅠ.Pd-GⅠ.3b和GⅠ.Pb-GⅠ.6a重组株引起。 应加强对诺如病毒重组株分子流行病学监测,为诺如病毒疫情提供预警预测的依据。     

杭州市下城区一起学校发生的诺如病毒感染性腹泻疫情调查

2011年3月8日, 杭州市下城区一实验小学二(2)班多名学生发生不明原因呕吐、腹泻、腹痛、头晕等症状, 采用现场流行病学调查方法,搜索病例进行个案调查,采集患者粪便和饮用水进行病原菌、腹泻病毒核酸检测。结果 7份患者粪便中6份为G Ⅱ型诺如病毒阳性;6份饮用水样中4份为G Ⅱ型诺如病毒阳性,6份饮用水样菌落总数均超标,5份大肠菌群超标,13份标本均未检出致病菌。确定此次学校感染性腹泻暴发疫情是由诺如病毒污染桶装饮用水引起。     

一起高校多基因型诺如病毒感染暴发疫情的病原特征分析

目的 分析2020年一起急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒基因特征,为加强学校诺如病毒感染暴发疫情防控提供依据.方法 收集2020年9月2-10日甘肃省某高校一起诺如病毒感染暴发疫情中有呕吐腹泻症状在校人员的232份粪便标本,初步采用实时荧光PCR法进行初筛和基因组鉴定,随后采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)对诺如病毒...     

浙江省湖州市诺如病毒GⅡ.17型变异株的全基因组序列分析

目的分析浙江省湖州市检出的诺如病毒GⅡ.17型变异株的基因序列和系统发育与进化关系,为国内诺如病毒的遗传进化研究提供序列参考。方法根据GⅡ.17型诺如病毒保守序列,自行设计3对引物,扩增覆盖整个基因组的3个重叠片段,对来自急性胃肠炎病例的一株诺如病毒GⅡ.17型毒株进行全基因序列测定和系统发育和进化分析。结果在2015年3月湖州市急性胃肠炎病例标本中分离鉴定出一株诺如病毒株GⅡ.17［P17］变异株（毒株编号:NS15217）,获得该病毒基因组全长7556 bp,编码3个开放阅读框（ORF）,ORF1长5109 bp（5～5113 nt）;ORF2长1623 bp（5094～6716 nt）;ORF3长780 bp（6716～7495 nt）。 湖州NS15217毒株在ORF1和ORF2中均属于GⅡ.17型基因型,且与LC037415.1/Hu/GⅡ.17/Kawasaki308和湖州MG692610毒株最接近。 在VP1结构域中有106个插入/缺失/替换的残基,13个（12.3%）在S区,30个（28.3%）位于P1区;大多数替换和插入是位于P2域,有63个氨基酸（59.4%）。结论湖州地区2015年分离的诺如病毒GⅡ.17型变异株进化分支属于3b簇。 其全基因组序列将有助于诺如病毒的遗传进化研究以及快速诊断试剂的研制。     

2012－2014年乌鲁木齐市5岁以下急性腹泻儿童患者诺如病毒感染及基因型研究

目的了解2012 — 2014年新疆维吾尔自治区（新疆）乌鲁木齐市＜5岁住院儿童患者诺如病毒的分子流行病学特征。方法收集2012 — 2014年乌鲁木齐市895例＜5岁急性腹泻儿童患者粪便标本和流行病学资料,应用实时荧光反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）进行诺如病毒检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析。结果诺如病毒的检出率为16.8%（150/895）,不同年份阳性率差异有统计学意义（χ2＝21.080,P＜0.05）;不同年龄组阳性率差异有统计学意义（χ2=13.367,P＝0.020）。 137份样本获得聚合酶区序列,其中89份获得衣壳蛋白区序列。聚合酶区和衣壳区分别包括11和9个基因型。根据89株双分型结果,GⅡ.4 Den Haag 2006b和GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012分别占21.3%和32.6%,GⅡ.P12/GⅡ.3占29.2%。 根据衣壳区分型结果,在GⅡ.4基因型中,2012 — 2014年GⅡ.4 DenHaag 2006b所占比例分别为90.0%、0%和0%;GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012所占比例分别为10.0%、100%和100%。结论新疆乌鲁木齐市急性腹泻儿童诺如病毒具有遗传多样性;GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012在新疆地区出现,逐渐替代GⅡ.4 DenHaag 2006b成为新的流行优势株。