基于网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用机制＊

目的 利用网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用靶点及信号通路，阐述其可能的作用机制。方法 利用TCMSP和TCMID数据库，以OB ≥ 30%，DL ≥ 0.18为条件筛选石榴健胃丸中的活性成分和作用靶点。基于GeneCards和DisGeNet数据库获取胃肠炎相关靶点，蛋白质相互作用网络通过String数据库构建。成分-靶点-疾病网络的构建用cytoscape 软件，并将获得的靶点用DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析。结果 从石榴健胃丸中筛选出有效成分96个和366个潜在靶点，其中有44个治疗胃肠炎的关键靶点。KEGG通路分析筛选得到63条信号通路（P < 0.05），GO功能富集分析得到GO条目数133个（P < 0.05）。在药物-成分-靶点-疾病网络中，显示槲皮素、红花醌甙、杨梅素、β-石竹烯、豆蔻明等成分发挥着重要作用。结论 石榴健胃丸治疗胃肠炎疾病的机理可能是通过细胞因子-受体相互作用通路、TNF信号通路和JAK-STAT信号通路等作用于TNF、IL-6、IL-1β-和IL-10等靶点，从而发挥抗炎和免疫调节等作用。     

基于网络药理学和分子对接法筛选藏药五味沙棘散治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性成分的研究＊

目的 筛选藏药五味沙棘散（WSP）治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分。方法 采用中药系统药理学技术平台（TCMSP）筛选藏药五味沙棘散（沙棘、余甘子、木香、甘草、葡萄）潜在活性成分，采用Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在靶点，通过String数据库绘制蛋白质相互作用网络，通过DAVID数据库对WSP作用靶点进行Gene Ontology （GO）功能注释和KEGG通路富集分析，借助Cytoscape 3.7.2构建“药物-成分-靶点”网络。通过Maestro version 11.5软件，将活性成分作为配体与受体血管紧张素转换酶II（ACE2）、细胞丝氨酸蛋白酶（TMPRSS2）和COVID-19 3CL水解酶（Mpro）进行分子对接验证。结果 “药物-成分-靶点”网络包含5味药物、29个化合物和32个核心靶点，得到GO功能富集条目225条（p < 0.05），KEGG通路富集筛选得到15条信号通路（p < 0.05）。分子对接结果显示甘草苷、甘草异黄烷酮、槲皮素、山柰酚等核心化合物与COVID-19靶点结合力最强。结论 本研究体现出藏药五味沙棘散“多成分-多靶点-多途径”的作用特点，其活性成分通过与ACE2，TMPRSS2和COVID-19 3CL水解酶结合作用于AKT1、VEGFA、EGFR等靶点，调节MAPK signaling pathway、Toll-like receptor signaling pathway、T cell receptor signaling pathway等多条信号通路，实现对治疗COVID-19肺炎潜在的治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接技术研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点，疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点，运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现，并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分，800个疾病靶点，药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个（P<0.01），KEGG通路富集筛选得到99条信号通路（P<0.01）。分子对接结果显示，甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明，川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果。     

基于网络药理学探讨血府逐瘀汤治疗失眠的作用机制＊

目的 运用网络药理学方法分析预测血府逐瘀汤治疗失眠的作用机制。方法 借助TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选血府逐瘀汤的有效活性成分及作用靶点；Genecards、OMIM获得失眠的疾病靶点，Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点网络并分析；STRING及Cytoscape构建PPI网络；利用Bioconductor对作用靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析，预测其作用机制。结果 血府逐瘀汤包含227个中药活性成分和303个靶点，作用于失眠的有110个活性成分和52个靶点。其中关键成分有槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、豆甾醇、山奈酚、β-谷甾醇，核心靶点为ALB、APP、IL-6、FOS。GO功能和KEGG通路富集分析结果显示血府逐瘀汤主要涉及神经递质水平的调节、细胞因子受体结合等生物过程，通过作用于糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、神经活性配体-受体相互作用等多条通路发挥治疗失眠的作用。结论 本研究初步揭示了血府逐瘀汤治疗失眠的活性成分、作用靶点及通路，提示血府逐瘀汤具有多成分、多靶点、多途径的协同作用特点，为进一步深入研究其作用机制提供了重要依据。     

基于网络药理学探讨肉苁蓉-巴戟天药对治疗股骨头坏死的作用机制＊

目的 基于网络药理学方法探讨肉苁蓉-巴戟天药治疗股骨头坏死的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）对肉苁蓉-巴戟天药对中活性成分进行筛选，通过GeneCards、OMIM数据库检索股骨头坏死疾病靶点，取得交集基因后使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络，基于生物学信息注释数据库（DAVID）对核心靶点进行基因本体（GO）功能富集分析与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 共得到肉苁蓉-巴戟天药对的21个活性成分和182个潜在靶点，相关的疾病靶点727个，GO富集分析主要包括细胞凋亡、脂质代谢异常、活性氧反应等功能途径；KEGG通路分析主要包括缺氧诱导因子-1信号通路、p53信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。结论 基于网络药理学初步揭示出肉苁蓉-巴戟天药对治疗股骨头坏死多成分、多靶点、多通路的整体调节作用，其作用机制可能与脂质代谢异常、细胞凋亡、缺氧诱导因子-1信号通路、p53信号通路密切相关。     

基于网络药理学和分子对接探讨益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌患者骨质疏松的机制及实验验证＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌骨质疏松症的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）和中医综合数据库（TCMID）获取益肾健骨方的活性成分和靶点，以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行潜在活性成分筛选。通过药物靶标数据库（TTD）、药物数据库（DrugBank）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGenet）数据库收集疾病靶点，筛选出与益肾健骨方的交集靶点。运用Cytoscape3.7.2构建疾病-化合物-靶点网络，蛋白相互作用网络（PPI）。采用Metascape进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析，通过分子对接将关键靶点和潜在靶点与活性成分的相互作用进行验证。结果 益肾健骨方中共筛选到药代动力学较好的活性成分β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、槲皮苷、山柰酚等113种，得到GO富集条目（P<0.05）1048条，KEGG通路富集得到84条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示槲皮苷与核心靶点和潜在靶点结合稳定，涉及肿瘤通路、人乳头瘤病毒感染通路、PI3K-Akt信号通路等。大鼠体内实验验证益肾健骨方可以增加骨小梁密度及骨组织胶原溶剂比，改善大鼠骨质疏松状态。结论 益肾健骨方可能通过多靶点、多通路治疗乳腺癌绝经后骨质疏松症。     

小承气汤“成分-靶点-通路”的网络药理学研究＊

目的 基于网络药理学分析小承气汤活性成分-靶点-通路，研究其药理机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）和中药综合数据库（TCMID）获取小承气汤化合物成分；利用Swiss Target Prediction数据库和STITCH数据库预测中药活性成分作用靶点；利用STRING平台构建蛋白互作网络（PPI），依据度值和介数筛选关键靶点；利用DAVID数据库对关键靶点进行GO/KEGG功能富集；将小承气汤部分核心成分与肿瘤坏死因子α进行分子对接分析。结果 获得小承气汤有效活性成分62个，主要是蒽醌衍生物、酚类和黄酮类成分；筛选出50个关键靶点，包括炎症相关酶EGFR、EGF、TNF-α、MMP9、PTGS2等，神经递质转运、代谢等相关的SLC6A4、MAOA、MAOB、CASP3等；对关键靶点的ontology（GO）分析结果共27条，涉及细胞对白介素1的反应、细胞对脂多糖的反应以及一氧化氮生物合成过程的正反馈等炎症介质代谢相关的生物过程等；KEGG通路富集分析结果共63条，作用于TNF信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、炎症性肠病、色氨酸代谢和VEGF信号通路等；分子对接显示芦荟大黄素、β-谷甾醇、儿茶素、木犀草素、厚朴酚与肿瘤坏死因子α的对接结果良好。结论 采用网络药理学方法初步阐明了小承气汤的药效物质基础、作用的关键靶点和主要作用途径，为该方进一步的药理学研究和机制研究提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探究黄连、厚朴配伍调控溃疡性结肠炎作用机制＊

目的 采用网络药理学方法，并结合分子对接技术探讨黄连、厚朴配伍治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法 采用TCMSP、OMIM及DisGeNET数据库，筛选黄连、厚朴的主要活性成分、作用靶点及溃疡性结肠炎的作用靶点，并采用Cytoscape 3.7.1软件，构建“药物-活性化学物质-疾病-作用靶点”网络图，借助String数据库平台构建靶点蛋白互作网络。通过DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集以及KEGG信号通路富集分析，并通过Discovery Studio软件对药物活性成分与关键作用靶点进行分子对接验证，进一步采用TNBS诱导UC大鼠模型观察血清以及结肠组织中细胞因子的表达，对网络药理学预测结果进行实验验证。结果 黄连共筛选潜在活性成分的作用靶点179个，厚朴共筛选潜在活性成分的作用靶点53个，疾病作用靶点有851个，获得共同基因71个，黄连配伍厚朴及疾病共同的作用靶点8个，分别为NOS2、SLC6A4、CHEK1、PPARG、PTGS1、PTGS2、ESR1、HSP90AA1。GO和KEGG富集分析综合结果显示黄连、厚朴配伍调控溃疡性结肠炎可能与肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、缺氧诱导因子1（HIF-1）等信号通路有关。分子对接结果表明，小檗碱、厚朴酚和和厚朴酚与溃疡性结肠炎的NOS2、PTGS2、HSP90AA1等靶点对接吻合度较好。实验验证结果显示，与模型组相比，黄连厚朴配伍组血清TNF-α含量显著下降（P < 0.01）、TGF-β含量显著升高（P < 0.01），同时，其结肠组织中COX2蛋白表达阳性细胞数量明显下降。结论 本研究初步揭示了黄连配伍厚朴多成分、多靶点、多途径治疗溃疡性结肠炎的潜在机制，为进一步机制研究指明了方面，为溃疡性结肠炎临床干预提供了新的可能。     

基于网络药理学与分子对接技术的“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症的作用机制研究※

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症（HLP）的作用机制。方法 通过使用TCMSP、ETCM和BATMAN-TCM数据库筛选陈皮、山楂的活性成分和作用靶点;通过Genecards、Disgenet和OMIM数据库获取HLP潜在作用靶点;通过Venny网站获取“陈皮-山楂”药对与疾病的交集靶点;使用Cytoscape软件构建活性“成分-疾病-交集靶点”网络图;使用String数据库和Cytoscape软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体（GO）生物功能分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后利用AutoDock Vina软件对主要活性成分和关键靶点进行分子对接。结果 得到“陈皮-山楂”药对潜在活性成分71个、潜在作用靶点414个,HPL疾病靶点1056个,其中成分与疾病交集靶点共88个;GO生物过程作用于激素反应、细胞对激素刺激的反应等602个条目,GO细胞组分富集作用于转录调节复合物、囊泡腔等23个条目,GO分子功能富集作用于核受体活性、配体激活转录因子活性等47个条目;KEGG通路分析共得到127条通路,与脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路和AMPK信号通路等有关;分子对接结果证实主要活性成分槲皮素、柚皮素与关键靶点PPARA、TP53结合能力良好。结论 “陈皮-山楂”药对可通过多成分、多靶点、多途径发挥对高脂血症的治疗作用。     

基于网络药理学方法探讨八珍汤治疗ITP的作用机制＊

目的 采用网络药理学方法，探索八珍汤治疗原发免疫性血小板减少症（Primary immune thrombocytopenia， ITP）的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、Drugbank数据库和文献检索方式获得八珍汤8味中药的化学成分和作用靶点，以口服吸收利用度和药物相似性等条件进行筛选。通过OMIM数据库、TTD数据库、GAD数据库和GeneCards数据库查找ITP的相关靶点。进而利用Cytoscape 3.7.1软件构建化学成分-靶点网络、疾病-靶点网络、成分靶点和疾病靶点交集网络，通过Cytoscape软件中ClueGO插件和DAVID在线分析工具对八珍汤治疗ITP的相关靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路分析，探讨八珍汤治疗ITP的作用机制。结果 共筛选得到159个八珍汤化学成分和146个靶点；获得306个ITP相关靶点；得到21个八珍汤治疗ITP的作用靶点；显著富集到114个生物过程条目和34条KEGG生物通路。结论 八珍汤主要通过TNF信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、VEGF信号通路和T细胞受体信号通路等发挥治疗ITP的作用，其中TNF信号通路可能是其关键机制。     

基于网络药理学的雷公藤治疗干燥综合征作用机制研究

目的:基于网络药理学探讨雷公藤与干燥综合征的关联关系及潜在作用机制。方法:通过检索TCMSP数据库,结合口服生物利用度和类药性分析,筛选出雷公藤中的主要活性成分及作用靶点;检索GEO数据库筛选干燥综合征的预测靶点,并将有效化合物和疾病靶点进行映射;采用Cytoscape软件构建雷公藤化合物-干燥综合征靶点相互作用网络;通过Bisogenet包进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建;再使用Bioconductor平台和R软件进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:筛选得到雷公藤有效成分共22个,作用靶点413个,从GEO数据库确定干燥综合征差异基因466个;有效化合物-干燥综合征网络总共包括28个节点和41条相互作用关系,关键活性化合物有山柰酚、川陈皮素、β-谷甾醇、雷公藤内酯醇、浙贝素等;通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络得到11个核心蛋白;GO富集分析主要涉及共获得生物过程(BP)295个,细胞组成(CC)3个,分子功能(MF)46个;相关条目主要涉及花生四烯酸代谢、类二十烷酸、脂肪酸、前列腺素等生物的合成与代谢过程、氧化应激以及多种酶的活性等;KEGG通路富集筛选得到19条信号通路,主要包括为花生四烯酸代谢、血清素能突触、TNF信号通路、多种细胞凋亡、VEGF信号通路、IL-17信号通路、核因子-κB信号通路等。结论:本研究应用网络药理学方法,对雷公藤治疗干燥综合征的活性成分、作用靶点和信号通路进行了探索性研究,发现雷公藤中的山柰酚、川陈皮素、β-谷甾醇等活性成分可参与调节花生四烯酸、类二十烷酸、脂肪酸、前列腺素等生物的合成与代谢过程、氧化应激以及多种酶的活性,并通过血清素能突触、TNF信号通路、多种细胞凋亡通路、VEGF信号通路、IL-17信号通路、核因子-κB信号通路等信号通路进行综合靶向调控,从而发挥治疗作用。     

基于网络药理学探讨昆明山海棠-益母草药对治疗类风湿关节炎的机制

目的:运用计算机网络药理学技术筛选昆明山海棠-益母草药对治疗RA的的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点,建立药物成分-活性成分-作用靶点网络,进一步探讨昆明山海棠-益母草药对治疗类风湿关节炎(RA)的潜在作用机制。方法:通过Dis Ge NET,TTD,Drugbank数据库收集RA疾病作用靶点;从中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得昆明山海棠、益母草的潜在活性成分及其对应的靶点;使用Image GP平台筛选药物与疾病共有靶点;使用String数据库构建共有靶点互作(PPI)网络模型;采用Cytoscape软件建立"药物-活性成分-关键作用靶点"网络;采用String数据库构建蛋白质相互作用网络;利用Clue GO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:通过筛选得到9个药物活性成分,共涉及235个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分为7个,得到昆明山海棠-益母草药对-疾病共同靶点24个,共同靶点主要富集于278个生物过程和141条信号通路上发挥治疗RA的作用。结论:昆明山海棠-益母草药对对RA的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其治疗RA的作用机制与临床应用提供了科学依据。     

基于网络药理学探讨加味桃核承气汤治疗2型糖尿病的作用机制

目的:基于网络药理学方法研究加味桃核承气汤干预2型糖尿病的潜在作用靶点。方法:基于TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出加味桃核承气汤有效成分及靶点基因。通过Gene Cards数据库及OMIM数据库筛选出2型糖尿病的疾病靶点基因,并用Cytoscape软件构建"活性成分-靶点"相互作用网络图。将有效成分靶标与疾病靶标上传到STRING数据库,构建蛋白互作网络图(PPI),并计算其特征值,使用R语言对得到的PPI进行核心基因的筛选。最后,运用R语言对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:预测得到加味桃核承气汤治疗2型糖尿病的有效成分155个及共作有效靶点106个。有效成分中度值较高的为槲皮素(quercetin),山柰酚(kaempferol)及异鼠李素(isorhamnetin),作用靶点中度值较高的为雌激素受体(ESR1),过氧化物酶体增殖剂激活受体γ(PPARG)与雄激素受体(AR)。PPI网络中核心基因为表皮生长因子受体(EGFR)及ESR1等; GO富集分析显示会影响基因的转录、核受体活性及激素的受体结合、神经递质等; KEGG通路富集分析显示流体剪切应力和动脉粥样硬化通路为显著性最高的通路,其次为晚期糖基化终末产物及其受体通路。结论:通过网络药理学的方法预测加味桃核承气汤防治2型糖尿病的关键作用靶点及相关通路,结果提示此方剂具有多靶点、多通路等复杂机制,不仅表明加味桃核承气汤具有降糖的作用,而且其还具有抗炎、改善胰岛素抵抗、调节脂代谢等生物学功能。     

基于GEO芯片及网络药理学探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的机制研究

[目的] 基于基因表达汇编（GEO）芯片、网络药理学及分子对接技术探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的作用机制。[方法] 利用TCMSP数据库获取和筛选夏桑菊颗粒的活性成分及成分靶点构建“中药-化合物-靶点”网络；利用GEO芯片技术、GeneCards、OMIM、TTD数据库获取并筛选高血压病的疾病靶点；将成分靶点与疾病靶点取交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，两次处理筛选关键靶点；对交集靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析；将关键靶点前4位与其对应活性成分进行分子对接分析。[结果] 获得成分靶点194个、疾病靶点2 168个、交集靶点126个、关键靶点6个；GO和KEGG富集分析显示夏桑菊颗粒主要与对激素、无机物、氮化合物、脂多糖、细胞外刺激等的反应等生物过程有关，主要富集通路涉及脂质与动脉粥样硬化、晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、磷酸酰肌醇3-激酶-丝苏氨酸蛋白激酶（PI3K-AKT）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）等信号通路；分子对接结果显示关键靶点与活性成分结合良好。[结论] 夏桑菊颗粒可通过多成分-多靶点-多途径发挥作用，为其防治高血压病临床使用提供了一定的参考依据。     

基于网络药理学与化学成分研究的连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）作用机制探讨＊

目的 通过网络药理学与分子对接的方法，根据最新研究进展，探讨连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 纳入相关化学成分研究，从中明确连花清瘟胶囊内所含有的化学成分与入血成分信息；于TCMSP、STITCH数据库搜索药物作用靶点蛋白后使用UniProt数据库进行相关转化；通过GeneCards、DisGeNET、UniProt数据库筛选COVID-19相关靶点，同时利用PubMed数据库搜索SARS-CoV-2病毒全基因组信息；将药物有效成分作用靶点与疾病靶点比对筛选后构建连花清瘟内有效化合物治疗COVID-19的核心成分-靶点相互作用网络图；利用STRING平台对核心靶点进行PPI网络分析，找出关键靶点信息；使用CytoScape插件ClueGo对核心靶点进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析；将核心成分与相关受体通过Autodock Vina软件进行分子对接分析。结果 筛选出连花清瘟胶囊中25个活性成分和146个潜在靶点，新冠肺炎相关靶点为122个，经比对后选出与连花清瘟胶囊治疗新冠肺炎核心作用靶点为26个；通过PPI网络数据选出IL6、IL10、TNF、CCL2、DPP4等核心靶点，KEGG通路与GO富集分析筛选出17条信号通路，7个相关的生物进程；分子对接结果显示大黄素、芦荟大黄素、山奈酚、芦丁等成分同与ACE2结合的SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域结合能较强。结论 通过网络药理学证实了连花清瘟胶囊多成分、多靶点、整体调节的作用特点，预测了LQC治疗COVID-19的主要可能的作用机制，为其活性成分研究和实验研究提供理论依据，并有助于阐明连花清瘟胶囊对新冠肺炎的治疗原理。     

黄芪桂枝五物汤治疗糖尿病周围神经病变靶点预测与机制探讨

目的:通过网络药理学的方法对黄芪桂枝五物汤治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的相关靶点进行预测与机制探讨。方法:利用中药网络药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选出黄芪桂枝五物汤中有效成分和相关靶标蛋白;运用网络可视化软件Cytoscape 3.5.1构建黄芪桂枝五物汤有效成分-靶标相互作用网络进行拓扑学分析;借助STRING在线数据库进行蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与分析;从Uniprot数据库中获取靶标蛋白的基因名称后,借助David数据库进行KEGG通路功能富集分析,研究黄芪桂枝五物汤在治疗DPN上的作用机制及原理。结果:黄芪桂枝五物汤的核心化合物有槲皮素(quercetin),山柰酚(kaempferol),β-谷甾醇(beta-sitosterol),7-O-甲基异丙醇胺(7-O-methylisomucronulatol),异鼠李素(isorhamnetin)等,核心靶标有前列腺素G/H合酶2(prostaglandin G/H synthase2),热休克蛋白HSP90(heat shock protein HSP90),核受体共激活因子2(uclear receptor coactivator2)等;PPI网络图显示黄芪桂枝五物汤有效成分中关键蛋白主要有CJun氨基端激酶(JUN),肿瘤蛋白p53(TP53),FOS,丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),转录因子P65(RELA),白细胞介素-8(IL-8)等;KEGG结果表明黄芪桂枝五物汤主要作用与肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway),Toll样受体信号通路(Toll-like receptor signaling pathway)等信号通路有关。结论:黄芪桂枝五物汤主要通过多种途径,多种信号通路作用于多种靶点发挥其药物功效,利用网络药理学通过多种数据库与统计分析软件可以有效预测与分析药物的潜在作用与起效机制。     

基于网络药理学和实验验证研究柴胡疏肝散治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制＊

目的 通过网络药理学的方法进行预测，再深一步进行动物实验验证来研究柴胡疏肝散治疗CAG的作用机制。方法 首先在TCMSP数据库中检索柴胡疏肝散的所有活性成分与药物靶点；通过收集PharmGkb、OMIM、GeneCards和DrugBank数据库中收录的慢性萎缩性胃炎的相关靶点。将药物靶点与疾病靶点进行映射筛选出交集靶点，将得到的交集靶点构建PPI网络与活性成分-共同靶点网络，并对其进行GO和KEGG富集分析。最后利用Vina软件进行分子对接实验验证，并通过免疫印迹法验证柴胡疏肝散对两种受体蛋白EGFR和STAT1的影响。结果 最终筛选得到柴胡疏肝散活性成分104个，潜在靶点238个，与慢性萎缩性胃炎的交集靶点52个；GO与KEGG富集分析分别得到2166条目和148条目，主要涉及到JAK-STAT信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等；分子对接结果显示EGFR、STAT1两个靶点能够与核心活性成分能够自发结合成较为稳定的构像；免疫印迹法实验证明柴胡疏肝散能够降低大鼠胃黏膜组织EGFR和STAT1蛋白表达。结论 通过网络药理学和实验验证，发现柴胡疏肝散可能通过调节EGFR和STAT1蛋白表达来共同调控胃黏膜细胞增殖与凋亡，进而发挥着治疗慢性萎缩性胃炎的效果，为深入进行柴胡疏肝散治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制研究提供新思路和新方法。     

基于网络药理学探讨二至丸治疗肝细胞癌的作用机制

目的:基于网络药理学方法,探究二至丸治疗肝细胞癌(HCC)的可能作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及文献查阅,检索并收集二至丸成分--女贞子和墨旱莲的候选活性成分及其对应的靶标。利用Uni Prot数据库和人类基因组注释数据库(Genecards)结果相比对,获得二至丸与肝细胞癌重合的潜在靶标基因。使用Cytoscape3.6.0软件构建二至丸的"候选成分-作用靶标"网络。使用omicshare平台将药物靶蛋白和疾病靶点相映射,并绘制Venn图。结合String数据库及Cytoscape软件中的Generate style from statistics工具,构建蛋白质相互作用网络。通过Systems Dock Web Site网络服务器与二至丸的活性成分进行分子对接。利用Database for Annotation,Visualization and Integration Discovery(DAVID)生物信息资源数据库,对二至丸的作用靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和GO分类富集分析。结果:共从二至丸中筛选得到21个候选活性成分,包括β-谷甾醇(beta-sitosterol),槲皮素(quercetin),木犀草素(luteolin),去甲蟛蜞菊内酯(demethylwedelolactone),山柰酚(kaempferol)等,和151个作用靶标,包括肿瘤坏死因子(TNF),血管内皮生长因子(VEGF),氨基端激酶(c-JUN),原癌基因(c-MYC),基质金属蛋白酶-9(MMP-9)等,主要涉及乙型肝炎(Hepatitis B),TNF,磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),肿瘤抑制基因p53,Toll样受体家族(Toll-like receptor)等信号通路。结论:该研究基于网络药理学的方法预测了二至丸治疗肝细胞癌的可能的作用机制,为后续的深入研究提供了方向。     

基于UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS技术与网络药理学研究赶黄草保肝潜在药效物质基础和作用机制

目的 采用超高效液相-四级杆-静电场轨道阱高分辨质谱（UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS）鉴定赶黄草全草及其茎、叶主要成分,结合网络药理学和分子对接探究赶黄草保肝作用机制。方法 利用质谱采集数据结合对照品、相关文献、数据库检索,鉴定和表征赶黄草及其茎、叶化学成分;运用TCMSP数据库结合文献报道筛选活性成分,通过TCMSP、SwissTargetPrediction数据库查找活性成分靶点;通过基因数据库筛选疾病靶点。药物靶点与疾病靶点取交,输入String11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络筛选出核心靶点。利用DAVID 6.8进行富集分析,Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-靶基因-通路”网络,利用AutoDockTools 1.5.6软件对活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 在赶黄草及其茎、叶提取物中共鉴定出64种化学成分;筛选活性成分28个,成分靶点与疾病靶点交集126个,关键活性成分15个,核心靶点24个;基因本体（gene ontology,GO）功能富集163个条目,京都基因与基因组百科全书（Kyoto e...     

基于网络药理学探讨丹参通络方治疗冠心病血瘀证的机制＊

目的 基于网络药理学探讨丹参通络方治疗冠心病（Coronary heart disease，CHD）血瘀证的可能作用机制。方法 通过TCMSP数据库ChEMBL数据库筛选出丹参通络方3味药丹参、三七、银杏叶潜在活性成分及靶点，通过GeneCard数据库获得冠心病的作用靶点，结合课题组前期通过高通量测序方法获得的冠心病血瘀证的差异表达基因，最终得到药物与疾病的交集靶点，并运用Cytoscape 3.7.2软件绘制活性成分-靶点-疾病网络图，采用STRING数据库构建PPI网络，使用R软件和Bioconductor包对交集靶点进行基因GO功能和KEGG富集分析。结果 筛选得到丹参通络方治疗冠心病血瘀证的潜在活性成分8个，核心靶点7个，其作用的生物路径与IL-17信号通路等关系密切。结论 丹参通络方治疗冠心病血瘀证的作用具有多成分、多靶点、多通路的作用机制特点，网络药理学结果可为实验验证其机制提供方向。