遗传病二代测序临床检测全流程规范化共识探讨(2)——样品采集处理及检测

二代测序技术(next generation sequencing,NGS)具有极高的检测通量,相对低的检测成本,高度的准确性(accuracy)和精准性(precision),是遗传病临床检测的有力工具之一。NGS实验室的检测流程是否规范,将直接影响NGS数据的稳定性、可靠性和有效性,将决定其是否能被用于遗传病的临床辅助诊断或筛查。因此.作为遗传病基因检测的重要环节之一,NGS实验室中流程的规范化与标准化非常重要。2019年5月,在第二届基因检测联盟会议上,针对如何规范NGS检测流程,从事遗传病临床诊治、实验室检测以及第三方基因检测机构的专家进行了全面充分的讨论,旨在规范基于NGS的基因检测流程,对检测流程中的前、中、后三个阶段(包括样本采集/接收/保存、NGS建库、上机测序及数据质控)的操作与实施提出了专业性的指导意见,以规范NGS技术在遗传病基因检测领域中的应用。本文根据此次研讨会上各行业专家的讨论,总结并发布NGS实验室检测流程的规范共识,以促进NGS实验室流程的规范化和标准化,推进我国NGS实验室在遗传病基因检测领域的快速和专业化发展。     

临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨CSCD

二代测序技术（next generation sequencing,NGS）在临床的应用为广泛开展遗传病的基因检测、病因诊断、治疗及预防奠定了基础,但同时也伴随着一系列的问题,其中很重要的一个环节就是基因检测报告缺乏统一或基本的标准。首届“临床基因检测标准与规范专题研讨会”于2017年10月28日在深圳召开,来自全国138家机构的250多位遗传学专家、临床专家及第三方检测机构的代表共同探讨了遗传病基因检测报告的标准和规范问题。本文根据此次研讨会专家的意见和建议,就遗传病基因检测报告的原则、规范以及基因检测行业的发展进行了讨论,并发布了临床基因检测报告规范共识,以促进检测报告的规范化和标准化,推进我国基因检测行业的健康有序地发展。     

RASopathies在矮小症中的研究进展

RASopathies是一组由于Ras/丝裂原激活蛋白激酶(Ras/mitogen activated protein kinase,MAPK)通路中的组分或调节因子的编码基因发生突变引起的一系列疾病。Ras/MAPK通路在调控细胞发育过程中发挥重要作用，因此RASopathies涉及疾病众多，且临床表现相互重叠，诊断难度大。其中，矮小症是RASopathies最常见的临床表现之一，但导致矮小症的机制有待进一步探索，且生长激素治疗RASopathies的效果差异较大。本文就RASopathies及其在矮小症中的研究进展作一综述。     

1q24.3~q25.3 染色体片段缺失 1 例报告并文献复习

目的分析临床罕见的1号染色体片段缺失的临床特征以及基因特点。方法回顾1例1号染色体片段缺失伴重度矮小以及生长发育落后患儿的临床资料,并复习相关文献。结果患儿,男,3岁。宫内发育迟滞,出生后匀称性矮小并有特殊面容,伴多发畸形(短指、宽指、小头畸形等)、隐睾、小阴茎、语言发育迟缓。染色体核型分析为46,XY,染色体结构未见异常。基因芯片检测显示1号染色体q24.3～q25.3区域存在一段大小为14 615kb的杂合缺失。结论患儿致病原因为1号染色体q24.3～q25.3区域存在的大小为14 615kb的杂合缺失。     

Cardio-facio-cutaneous 综合征2 例报告并文献复习

目的探讨Cardio-facio-cutaneous综合征(CFC)的临床表型及基因变异特征。方法提取2例CFC患儿及其父母外周血DNA,采用靶向基因高通量测序技术检测变异基因,并运用Sanger测序进行验证。结果 2例患儿均为汉族女性,分别为13个月和7岁半,有内眦赘皮、鼻梁塌平、头发稀疏等相似的颅面部特征,均伴有生长发育迟缓及癫痫发作史。1例心电图有T波变化,P-R间期正常高限;另1例心电图正常。基因检测显示,2例患儿在MAP2K1基因3号外显子上各有一处杂合的错义变异,分别为c.383GT,p.Gly128Val和c.389AG,p.Tyr130Cys,且均为新生突变(de novo),均系文献报道过的CFC变异位点。结论 2例为国内首次报道CFC病例,且均为MAP2K1基因突变型。因既往报道CFC患儿大多合并心脏病变,2例患儿均继续随访心脏功能。     

一起学校诺如病毒感染性腹泻暴发的流行病学调查

目的调查金坛市某小学一起以呕吐、腹泻等症状为主的暴发疫情,以找出病原和传播危险因素,从而及时有效控制疫情。方法确定病例定义,进行流行病学调查。采集病例、饮用水样、食堂剩余食品及环境涂抹样等标本,进行实验室检测。结果全校共有65名学生发病(罹患率3.63%),教职工及学生家庭成员未发病。一(3)班罹患率明显高于其他有病例的班级(χ2=210.85,P<0.01)。27例病例呕吐物、咽拭子或肛拭子中,有19例病例诺如病毒Ⅱ型阳性,阳性率为70.37%。结论本起疫情为诺如病毒引起的感染性腹泻暴发疫情。     

罕见ICF综合征1例临床表型和分子遗传学分析

目的探讨免疫缺陷、着丝粒不稳定和面部异常(ICF)综合征的临床特征和遗传特点。方法回顾分析1例ICF综合征患儿的临床资料和基因检测结果。结果男性患儿,4岁,有反复感染;面部特征为圆脸、眼距稍宽、下颌尖、鼻梁稍扁、内眦赘皮明显、耳位低。免疫学检测示IgA缺如。基因测序发现患儿DNMT3B基因存在一个纯合错义突变c. 2506 GA,父母为杂合携带者,确诊为ICF综合征I型。结论 DNMT3B基因突变可引发ICF综合征,基因检测有助于提高此类罕见病的诊断。     

生物素酶缺乏症致脑部液性改变一例

患儿男,81日龄,主要表现为抽搐、肌张力低下、难治性代谢性酸中毒,头颅磁共振成像提示液性改变,经血、尿遗传代谢病筛查和基因检测,确诊为生物素酶缺乏症.入院后病情加重,死于呼吸衰竭.对于发病早且发育明显落后、高阴离子间隙性酸中毒及脑液性改变者,需警惕生物素酶缺乏症的可能,血、尿质谱筛查或基因检测是确诊的依据,早期发现和治疗是改善预后的关键.     

电刺激改善脑卒中患者日常生活能力的多因素分析

目的 探讨影响脑卒中患者日常生活活动能力康复效果的多种因素.方法 60例脑卒中患者分层后随机分为国产仪器组、进口仪器组及对照组3组,每组各20例,3组都接受常规康复治疗,国产组加用国产低频电刺激治疗仪,进口组加用进口低频电刺激治疗仪.在疗程开始与结束时,采用改良的Barthel指数(MBI)评定日常生活活动能力(ADL).应用多元线性回归方法进行统计学分析.结果 康复治疗后,3组患者的ADL评分均有增加,且均有极显著统计学意义(P<0.01).多元线性回归分析表明在各因素中,只有分组情况、治疗前ADL评分和年龄对ADL预后具有统计学意义(P<0.05).结论 康复治疗能提高患者的ADL.在同样组别和同样年龄的情况下,治疗前ADL的分值越高疗效越好; 在同样组别和治疗前ADL情况下,年龄越低则ADL预后越好.     

利用靶向基因测序技术诊断遗传性骨髓衰竭综合征

目的 遗传性骨髓衰竭综合征(IBMFS)是一组以骨髓造血功能衰竭、先天多发畸形及易发肿瘤为主要特征的遗传异质性疾病,其临床表型复杂多样,给临床诊断带来困难.本研究旨在基于高通量靶向基因测序(TPS)技术,建立IBMFS的单管高通量基因诊断方法,并应用于临床诊断.方法 选择2009年8月至2013年12月,于上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心就诊的21例临床疑似IBMFS患者为研究对象.采集其DNA样本,利用Agilent Haloplex方法对IBMFS已知致病基因及相关基因进行文库捕获,基于Illumina MiSeq技术平台进行DNA高通量TPS,测序数据经NextGENe软件匹配分析后,采用Ingenuity在线软件系统进行基因变异筛选及解释,最后采用Sanger法测序验证基因突变情况(本研究遵循的程序符合上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心人体试验委员会制定的伦理学标准,得到该委员会批准,并征得受试对象监护人的知情同意).结果 本组21例患者的测序数据中,总reads数为1 570 558～3 577 386个,95％以上的reads与人类基因组序列相匹配,85％以上的reads位于目标基因靶序列以内,平均测序深度为444×～1 092×,测序深度大于20×的区域达95％以上,覆盖度均一性达85％以上.本组21例患者中,12例患者有明确的基因诊断结果,包括6例范可尼贫血(FA)、2例先天性角化不良症(DC)、2例先天性中性粒细胞减少症(SCN)、1例先天性纯红细胞再生障碍性贫血(DBA)和1例Shwachman-Diamond综合征(SDS).5例患者经造血干细胞移植(HSCT)后成功治愈,2个家庭以此诊断结果为产前诊断依据被批准生育二胎.结论 本研究建立了IBMFS的单管高通量TPS分子诊断方法,临床应用结果显示,该方法捕获效率高、测序质量可靠、生物信息学软件全面,可有效检测IBMFS致病基因突变,为产前诊断IBMFS及其及时根治性治疗提供了强有力的依据.