HPI毒力岛缺失的EAggEC17-2突变菌株的构建及其功能研究

目的 构建HPI毒力岛缺失的EAggEC17-2突变株，初步研究EAggEC菌株携带的耶尔森菌HPI毒力岛合成铁载体Ybt的功能。方法以EAggEC17-2为出发菌株，irp8基因部分序列作为同源重组的一侧序列，irp5基因序列作为同源重组的另一侧序列，中间插入有氯霉素（Can）抗性基因（cat基因）标记。通过接合转移和同源重组，构建了缺失约24kb的HPI毒力岛功能核心区区域EAggEC17-2的仝岛缺失株EA85。应用流式细胞技术（FACS）检测指示菌株WA-CS irp1：：KN（pC3G3．3N）荧光强度的变化情况，对EA85缺失株和出发菌株进行了合成Ybt的功能比较研究。结果成功构建了EAggEC17-2HPI全岛缺失株EA85。EAggEC17-2菌株具有表达Ybt的功能，而缺失株EA85丧失了合成Ybt的能力。结论EAggEC17-2HPI毒力岛的缺失，使Ybt的合成彻底阻断。EAggEC17-2具有的合成Ybt的功能是由其染色体携带的HPI毒力岛所决定的。     

霍乱弧菌溶原性噬菌体CTXΦ的氯霉素抗性基因标记及诱导

目的　对携带霍乱毒素基因的溶原性噬菌体CTXΦ进行遗传标记 ,以深入研究CTXΦ对霍乱弧菌的转染机制。方法　将CTXΦ基因组中ctxAB的上下游同源序列连接到cat基因的两侧 ,然后通过自杀质粒介导的DNA同源重组技术将霍乱菌株N16 96 1染色体上CTXΦ基因组中的ctxAB基因缺失掉 ,替换以氯霉素抗性基因 ,对CTXΦ基因组进行遗传标记 ,然后用丝裂霉素C诱导这种经抗性基因标记的噬菌体 ,再利用它对古典型霍乱弧菌的转染检测活性。结果　获得了ctxAB缺失、带有cat遗传标记的重组菌株N Φc;诱导出的CTXΦc噬菌体颗粒成功感染了霍乱菌株 1119。结论　N Φc中的CTXΦ带有了氯霉素抗性标记 ,诱导出具有感染活性的CTXΦc可用于研究毒力基因的水平转移     

霍乱弧菌的一种新的不含毒素基因CTXΦ基因组的复制功能研究

引起霍乱流行的霍乱弧菌菌株在遗传方面的一个重要特点是都带有霍乱毒素（CT）的基因ctxAB.对O139群菌株的分析中，发现一种新的不含ctxAB的CTXΦ基因组，其中的rstR基因和ig-2区与已发现的CTXΦ基因组的相应序列无明显同源性，     

嗜水气单胞菌TaqMan实时PCR检测方法的建立

Objective To develop a TaqMan real-time PCR for the detection of aeromonas hydrophila. Methods The conserved region of major adhesion gene of aeromonas hydrophila (aha) was used to design primers and TaqMan probe. A total of six concentration gradients for forward and reverse primers ranging from 200 -700 nmol/L were chosen, and four concentration gradients for probe ranging from I00 -400 nmol/L were chosen. And then the concentration of primers and probe were optimized by ANOVA of completely randomized design respectively. The specificity of the established method was evaluated by using bacteria as contrast, including 45 strains Vibrio cholerae,20 strains Vibrio parahemolyticus, 10 strains Vibrio fluvialis,4 strains Vibrio mimicus,5 strains Vibrio vulnificus, 1 strain Vibrio aiginoayticns, 1 strain Vibrio furnissii, 5 strains Salmonella, 10 strains Shigella and 2 strains Piesiomonas shigelloides. The sensitivity, bacterial sensitivity and DNA sensitivity included,were evaluated. The stool of healthy people was contaminated by aeromonas hydrephila artificially, and the ability of the established TaqMan real-time PCR system for detection of aeromonas hydrophila was also evaluated. Results The cycle threshold (Ct) value deserved from 6 groups of primers concentration gradient was (x±s) :20.69±0.33,20.72±0.21,20.81±0. 12,20.74±0.12,20.51±0. 16 and 20.69±0. 11, respectively, and the concentration of forward primer and reverse primer was determined to be 200 nmol/L (F=1.33, P=0. 28). The Ct value deserved from 4 groups of probe concentration gradient was (x±s) : 20.56±0. 08,20.82±0.05,20. 82±0. 11 and 20.93±0.09,respectively,and the concentration of probe was determined to be 100 nmol/L(F =5.26,P =O. 01 ). The bacterial sensitivity and DNA sensitivity were 80 CFU/ml and 100 fg/μl respectively,and the sensitivity to detect aeromonas hydrophila from stool was 8 × 103 CFU/ml, which might be 8 CFU/ml after 8 hours' enrichment. No amplification was observed in the templates of other bacterial. Conclusion The TaqMan real-time PCR method targeting the aha gene of aeromonas hydrophila had a high sensitivity and specificity and might be used to detect aeromonas hydrophila from pure bacterial and stool rapidly.     

O:3和O:9小肠结肠炎耶尔森菌主要毒力基因分布调查

目的了解我国常见致病性血清型毒力基因的分布情况。方法参照国外发展成熟的聚合酶链反应(PCR)技术进行毒力基因检测。结果实验证实在我国分离到的主要流行血清型O：3和O：9小肠结肠炎耶尔森菌毒力基因分布特征为：ail^ 、ystA^ 、ystB^-、yadA^ 、virF^ 占562％；ail^ 、ystA^ 、ystB^-、yadA^-、virF^-占25．6％；其他型占18.2％。结论通过实验证实在我国引起感染暴发和流行的血清型O：3和O：9小肠结肠炎耶尔森菌毒力基因的分布主要为：ail^ 、ystA^ 、yadA^ 、ystB^-、virF^ 型，很少部分的ail^ 、ystA^ 、ystB^-、yadA^-、virF^-根据以前的资料被认为是毒力质粒丢失的结果，其他型很有可能是非致病的菌株。     

四川省2005年霍乱分子流行病学特征

目的：分析四川省2005年霍乱弧菌分子特征,以及霍乱暴发疫情分离的菌株与菌株之间,疫情分离的菌株与海、水产品监测分离的霍乱弧菌之间的遗传相关性,查找霍乱传染来源,为预测疫情和制定防治措施提供依据.方法：利用聚合酶链反应（PCR）检测O139群霍乱弧菌特异性编码脂多糖基因（LPS）和霍乱毒力基因（ctxAB）;脉冲场凝胶电泳对菌株进行分子分型,所得结果以BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析.结果：所试16株霍乱弧菌14株LPS阳性,为O139群霍乱弧菌;另2株为O1群稻叶型霍乱弧菌.2株稻叶型霍乱弧菌和1株O139群霍乱弧菌ctxAB阴性,其余13株菌均具有ctxAB,为产毒株.对16株菌以NotⅠ酶切后PFGE可分为5个型别.O139群霍乱弧菌优势流行株与从甲鱼分离的O139群霍乱弧菌PFGE型别一致,且同为产毒株.结论：甲鱼等海、水产品被O139群霍乱弧菌污染情况严重,甲鱼中分离的O139群霍乱弧菌与霍乱疫情分离菌株之间高度同源,被污染的甲鱼可能是本年度食源性霍乱暴发的主要传染来源之一,海、水产品的监测是近期霍乱防控的重点.     

餐饮从业人员耐喹诺酮类药物大肠埃希菌基因突变研究

目的调查和分析餐饮从业人员体检人群分离的大肠埃希菌gyrA、gyrB、parC、parE基因的突变特征。方法用加入4μg/mL环丙沙星营养琼脂平板筛选耐环丙沙星大肠埃希菌耐药菌株,PCR方法扩增其gyrA、gyrB、parC、parE基因,琼脂稀释法测定环丙沙星的最小抑菌浓度(MIC)值。结果共分离到112株环丙沙星耐药大肠埃希菌,所有菌株的MIC值都介于16～512μg/mL之间。gyrA检测到3种突变类型:112株都出现Ser83→Leu替代,103株发生Asp87→Asn替代,7株菌出现Asp87→Tyr替代。gyrB检测到2种突变类型:6株菌出现Ser343→Phe替代,9株菌出现Ser492→Asn替代。parC共检测到7种突变类型:112株菌都发生Ser80→Ile代替,12株大肠埃希菌发生Glu84→Val代替,5株菌发生了Ala56→Thr替代,各有1株菌发生Glu84→Gly和Glu84→Lys代替,另外各有1株发生Ala108→Thr和Val144→Gly替代。parE基因共检测到2种突变类型:有2株菌发生了Leu445→His代替,49株菌发生Ser458→Ala代替。其中gyrA Ser83→Leu、Asp87→Asn、Asp87→Tyr替代和parC Ser80→Ile、Glu84→Val、Glu84→Gly、Glu84→Lys代替,为gyrA和parC喹诺酮耐药决定区(QRDR)突变引起的氨基酸替代类型。所有菌株都有2个及以上氨基酸位点的突变,都是高耐药菌株。环丙沙星的MIC值32μg/mL以上的耐药菌株都发生了3个以上位点的突变。Spearman相关系数显示,gyrB492、parE458的突变与环丙沙星的MIC值成正相关,差异有统计学意义(r=0.226 9,P=0.016 1;r=0.273 7,P=0.003 5)。结论餐饮从业人员耐喹诺酮药物的大肠杆菌gyrA、gyrB、parC、parE基因具有多种氨基酸替代类型,gyrB492、parE458的突变与环丙沙星的MIC值呈正相关。     

2015-2016年全国和高发省份伤寒、副伤寒流行病学分析

目的 分析2015-2016年伤寒、副伤寒法定报告病例数,了解全国及高发省份流行病学特点和变化趋势,为防控措施和策略的制定提供依据。方法 采用描述性流行病学方法对网络直报系统中2015-2016年伤寒、副伤寒报告病例数进行分析。结果 2015-2016年全国共报告伤寒、副伤寒病例22 536例,死亡2例,年平均发病率为0.83/10万,较2014年的伤寒、副伤寒发病率下降18.63%。监测点共对14 465份血样标本进行培养,分离出菌株289株,阳性分离率为2.00%,伤寒与副伤寒之比为1.21:1。病例均以农民和民工为主,其次为散居儿童和在校学生,伤寒、副伤寒发病率均以0~4岁组儿童最高（分别为1.70/10万和0.80/10万）。贵州、云南、广西、广东、浙江、湖南和新疆为疫情高发省份,非监测点病例数上升。结论 2015-2016年全国伤寒、副伤寒发病水平处于相对较低的状态,<10岁儿童是防控重点人群,伤寒菌成为优势菌型,应加强非监测点疫情监测。     

tdh+与tdh?副溶血弧菌耐药表型与基因型差异分析

  目的  描述tdh+与tdh?副溶血弧菌表型与基因型耐药差异,分析耐药基因型与耐药表型之间的关系。  方法  采用K-B纸片法检测208株tdh+与73株tdh?副溶血弧菌对临床及水产养殖中常用的7类16种抗生素的敏感性,使用新一代测序技术获得实验菌株的全基因序列,通过序列比对分析基因组中耐药基因及耐药相关基因突变情况。 分析耐药表型与基因型之间的关系。  结果  tdh+菌株和tdh?菌株对亚胺培南均100%敏感。 tdh+菌株对头孢吡肟、阿奇霉素耐药率（0.48%、8.65%）高于tdh?菌株（0.00%、4.11%）;tdh?菌株对氨苄西林、头孢西汀、头孢曲松、环丙沙星、萘啶酸、链霉素、卡那霉素、庆大霉素、磺胺甲恶唑、复方新诺明、四环素、多西环素、氯霉素耐药率均高于tdh+菌株。 tdh?菌株的多重耐药率（34.25%）高于tdh+菌株（19.23%）。 耐药基因共检出5类7种,其中β-内酰胺类bla_CARB基因在所有的tdh+菌株和tdh?菌株均检出;四环素类tet（34）基因在tdh+与tdh?菌株基因携带率分别为99.52%、98.63%;喹诺酮类耐药基因qnrS5 仅在tdh+菌株中检出;tdh?菌株中叶酸代谢抑制类（sul2）、四环素类［tet（35）、tet（59）］、苯丙醇类（floR）耐药基因检出率高于tdh+菌株。 共在14株（tdh+9株,tdh?5株）细菌中检索出6种耐药基因点突变方式,均为编码16S rRNA的rrs基因突变。  结论  tdh?副溶血弧菌耐药现象较tdh+副溶血弧菌更为严重; 16S rRNA的rrs基因突变是除aph（3'）-Ib、aac（3）-Ⅱ、aac（6’） -I、aph（3'）-Id等耐药基因外副溶血弧菌对氨基糖胺类药物耐药的主要机制之一;副溶血弧菌中,可用bla_CARB耐药基因存在情况预测副溶血弧菌氨苄西林耐药表型;除此之外其余抗生素耐药表型与其对应耐药基因之间未见明确的对应的关系。