构建芯片技术探讨人参皂苷Rg1促进人神经干细胞分化的机制

目的:采用基因芯片技术筛选出人参皂苷Rg1促进NSCs分化的主要分子靶点。方法:通过基因芯片技术,观察Rg1诱导人神经干细胞(neural stem cells,NSCs)向神经元分化7 d时靶基因表达,通过数据演算筛选出Rg1促进NSCs分化的最主要的靶基因和信号转导途径,然后采用Western blot和免疫组化的方法对其中的ERK信号分子进行验证。结果:在Rg1诱导NSCs分化第7天时,获得差异基因675个,其中显著上调的基因255个,显著下调的基因420个;MAPK(丝裂原活化蛋白激酶)通路中的ERK1/2(细胞外信号调节蛋白激酶)信号分子与NSCs分化直接相关。经Western blot和免疫组化证实,在Rg1诱导NSCs分化中,ERK1/2蛋白明显上调,磷酸化水平也明显增强,此作用能够被PD98059(ERK1/2阻断剂)所阻断,同时PD98059也可以明显阻断NSCs的分化。结论:ERK1/2是人参皂苷Rg1促进NSCs分化的重要分子靶点。基因芯片筛选出的差异表达基因可能为研究Rg1促进NSCs分化的分子机制提供线索。     

基因芯片研究糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达

目的：研究正常与糖尿病肾病大鼠肾脏的基因表达谱,大规模分析糖尿病时基因表达水平的变化。方法：（1）实验大鼠分为两组,一组为正常对照组,另一组为糖尿病组;（2）从肾皮质中抽提mRNA,经反转录分别用Cy3,Cy5荧光标记,获得两组动物来源的cDNA探针;（3）cDNA探针与Biodoor基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果（1）18．4％的基因表达谱发生明显的变化,其中12条基因在糖尿病时表达量明显下降,而323条基因在糖尿 时表达量明显上升;（2）已报道基因占了差异表达基因总数的18．8％左右,大多数已报道基因在糖尿病时的表达模式与其他作者的报道类似。结论：利用基因芯片技术结合实验动物模型能大规模,高通是地研究糖尿病的基因表达谱,初步筛选出选出疾病相关基因,对进一步阐明疾病在基因水平上的发病机制有十分重要的作用。     

甲状旁腺素非PLC依赖PKC通路激活增强成骨细胞CITED1表达

目的通过相关信号通路屏蔽和基因表达分析,探讨甲状旁腺素（PTH）非PLC依赖PKC信号转导途径（PTH/nonPLC/
PKC）的功能,分析其对骨代谢的影响。方法取2~3 d C57BL乳鼠颅盖骨分离培养成骨细胞,取贴壁生长的第1代细胞,随机分
为4 组：100 nmol/L［Gly1, Arg19］hPTH（1-28）（简称GR（1-28））+10 nmol/L RP-cAMP;10 nmol/L［Gly1, Arg19］hPTH（1-34）
（简称GR（1-34））+10 nmol/L RP-cAMP;10 nmol/L PTH（1-34）及空白对照组加入等体积的0.1%三氟乙酸（trifluoroacetic acid,
TFA）,作用4 h后,提取各组总RNA,行小鼠全基因组表达谱芯片分析,筛选出可能与nonPLC/PKC信号转导通路相关的差异表
达基因,并进行相关通路分析。RT-PCR 筛选及验证上述差异表达基因。培养MC3T3-E1 细胞,分为4 组：GR（1-28）+
RP-cAMP;GR（1-34）+RP-cAMP;GR（1-34）+RP-cAMP+100 nmol/L Go6983 及空白对照组,RT-PCR 法验证比较GR（1-28）和
GR（1-34）引起的基因表达变化情况。结果倒置相差显微镜观察示,培养7 d见细胞排列紧密,为三角形或多边形,呈铺路石样;
细胞培养14 d ALP染色可见胞质中出现蓝染颗粒,成骨诱导培养28 d茜素红染色可见红色矿化结节形成。基因芯片分析结果
中筛选出与PTH的nonPLC/PKC 信号转导通路相关性最大的56 个基因,进行RT-PCR 验证后发现CITED1 的表达量在GR
（1-34）+RP-cAMP组显著高于GR（1-28）+RP-cAMP组及空白对照组,但小于PTH（1-34）组（P<0.05）。MC3T3-E1细胞RT-PCR
验证的结果与其一致,在阻断cAMP/PKA信号通路后,仅CITED1基因表达量在GR（1-28）和GR（1-34）刺激时存在显著不同,
且加入PKC抑制剂（Go6983）后,表达差异消失。结论PTH的nonPLC/PKC信号转导通路的激活能够使得成骨细胞CITED1
的表达量明显升高,介导PTH对成骨代谢的作用。该途径不依赖PLC和PKA信号的激活。
     

Human papillomavirus genotype in cervical cancer: a population-based study

Our aim was to investigate the human papillomavirus (HPV) genotype distribution and correlation between HPV parameters and clinicopathological variables in cervical carcinoma treated in a large tertiary referral medical center in Taiwan. Consecutive patients treated for cervical carcinoma (Stages I-IV according to the International Federation of Gynecology and Obstetrics) between 1993 and 2000 were included. HPV genotyping using SPF1/GP6+ PCR was performed, followed by hybridization with a genechip (Easychip HPV Blot, King Car, Taiwan). E6 type-specific PCR was performed to validate multiple-type. HPV-negative samples were further verified by type-specific PCR and a repeat HPV Blot. A total of 2,118 patients were eligible for analysis. HPV DNA sequences were detected in 96.6% (95% CI, 95.8-97.4%) of the specimens, among which 82% harbored single-type and 18% contained multiple-type HPV sequences. Thirty-five types of HPV were identified and the leading 8 were HPV16 (50.0%), HPV18 (17.8%), HPV58 (16.3%), HPV33 (8.7%), HPV52 (6.8%), HPV39 (3.0%), HPV45 (2.5%) and HPV31 (2.3%). HPV58 or 33 or 52 was detected in 30.3% (641/2,118). By multivariate analysis, HPV58- or 33- or 52-infection was significantly associated with older age (p < 0.001) and primary radiotherapy or concurrent chemoradiation (RT/CCRT) (p < 0.001). Among HPV-positive cases, multiple-type was more frequently seen in those receiving primary RT/CCRT (p < 0.001). The knowledge of HPV genotype distribution will form a basis for guidelines in HPV-based cervical cancer screening and cost-effective multivalent HPV vaccine policy in Taiwan and in the world. The association between HPV parameters and clinicopathological variables warrants further investigations.     

滋阴清热方对系统性红斑狼疮阴虚内热证患者PBMC基因表达谱的影响

目的观察滋阴清热方对系统性红斑狼疮(SLE)阴虚内热证患者PBMC基因表达谱的影响。方法用滋阴清热含药血清孵化阴虚内热型SLE患者的PBMC,提取总RNA,用基因芯片检测孵化后PBMC基因表达谱。结果研究发现滋阴清热方含药血清上调51个基因表达,下调92个基因表达,它们分属于21个基因功能簇,基因编码蛋白分布于细胞的8个部位。含药血清和地塞米松共同上调2个基因表达和下调12个基因表达;但是含药血清还下调12个基因表达和上调9个基因表达,而地塞米松对这21个基因无类似调控作用;同样,地塞米松下调11个基因表达和上调15个基因表达,而含药血清对这26个基因无类似调控作用。结论滋阴清热方对SLE阴虚内热型基因表达谱影响是广泛和复杂的,涉及基因数目较多,基因编码蛋白在细胞中分布广泛,具有上调和下调功能簇内基因表达的作用。     

大鼠肝癌肿瘤转移相关基因的表达及不同中医治法作用

目的：观察肿瘤转移相关基因及转移抑制基因在DEN诱发大鼠肝癌组织中的表达及不同治法对其影响。方法：DEN诱发大鼠肝癌，经西药喃氟啶和不同中药治疗，取大鼠肝（含肝癌）组织抽提RNA，Affymetrix Rat 230A GeneChip检测基因表达的差异。结果：肝癌表达增加者55个，减少者8个，不同中西医治法有一定的调节作用。分析：肿瘤转移相关基因及转移抑制基因在肝癌中表达的改变和不同治法作用的差异，其具体调节途径和意义有待进一步研究。     

Paxillin在大鼠胰腺不同发育阶段的表达

目的:探讨与胰岛形成和功能完善相关的基因在大鼠胰腺发育不同阶段的表达趋势.方法:采用高密度寡核苷酸芯片对孕12.5 d(E12.5),E15.5,E18.5, 新生和成年大鼠胰腺进行基因转录水平分析,并用RT-PCR验证桩蛋白(pxn)和actopaxin在不同发育时期的表达情况.结果:与细胞迁移、聚集黏附相关的基因77.8%在胚胎18.5 d高表达,22.2%在新生期高表达;整合素和激酶(ILK)在胚胎18.5 d表达量最高,pxn和actopaxin在胚胎15.5 d表达量达到高峰;成熟胰腺特异性基因多从胚胎18.5 d开始出现明显高表达,调节胰腺细胞分化的相关转录因子表达量多从胚胎18.5 d开始下降.结论:Pxn在胚胎发育中后期的高表达可能与胰岛形成及功能完善有关.     

微生物检测基因芯片探针的遗传优化设计

基于粗糙集理论评估SNP位点组合的分类能力,采用遗传算法进行优化搜索,提出了一种SNP位点的自动选择方法。实验结果表明,该方法具有很好的稳健性和较快的收敛速度,能够准确地寻找微生物的SNP位点组合,为大规模的检测芯片探针自动设计提供了快速可靠的途径。