基于Illumina HiSeq 2000测序技术对当归根的转录组特性研究

目的 识别当归Angelica sinensis根药用活性物质的基因序列,阐释当归次生代谢产物生物合成的遗传基础.方法 从当归头、当归尾提取总RNA,质量鉴定合格后构建测序文库.测序文库检测合格后在Illumina HiSeq 2000测序仪上完成双端测序.采用相关生物信息学方法分析当归根的转录组特性.结果 采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得当归根转录组的66 431 540个原始短读序.用生物信息学方法从头组装并注释了30 432个功能基因序列(unigene).应用Uniprot蛋白数据库进行序列相似性比对,当归功能基因序列主要分布于目前研究较深入的7种重要经济作物,如葡萄、蓖麻、毛果杨、大豆、苜蓿、拟南芥和烟草.研究发现,当归根表达的127、69、70、94个unigene分别映射到类苯基丙烷生物合成、N-聚糖生物合成、黄酮类化合物生物合成和叶酸生物合成等路径,可能参与药用活性物质阿魏酸、当归多糖、当归总黄酮和叶酸的生物合成.结论 参与当归根重要药效物质(阿魏酸、当归多糖、当归总黄酮等)生物合成的功能基因序列可能是当归补血、活血功效的分子生物学基础.     

基于UHPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS快速鉴定补阳还五汤及其在人血浆和尿液中药物化学成分

摘要：目的 应用超高效液相色谱串联四级杆轨道阱质谱 (UHPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS) 技术鉴定补阳还五汤及其在人血浆和尿液中药物化学成分。方法 采集补阳还五汤剂及其临床病人口服给药后的血浆和尿液样本,样本经80%甲醇水处理后,采用Hyperil Gold C18 色谱柱(1.0x50 mm, 1.9 μm),流动相为水( A)-乙腈( B)(各含0.1%甲酸和5 mM醋酸铵) 进行梯度洗脱,流速0.3 mL·min-1,柱温40 ℃。通过对比分析补阳还五汤汤剂、给药后人血浆和给药后人尿液样本,同时结合化合物的质谱碎裂规律,表征其制剂、含药血浆和尿液中药物化学成分。结果 在汤剂中共鉴定了55个化合物;在给药后的病人的血浆中共鉴定了34 个化合物;在尿液中鉴定了23 个化合物。这些成分主要是黄酮类、苯酸类、苯酞类和皂苷类化合物。结论 应用UHPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS技术全面地阐明了补阳还五汤及其在人血浆和尿液药物化学成分,为揭示补阳还五汤真正治疗脑卒中的药效物质基础提供了实验基础。     

证候病理与基因芯片的信息融合方法前瞻

探讨了当代信息融合方法引入中医科研前沿的必然性和重要性 ,从证候到基因组的各类信息产生的背景和基本特点 ,前瞻性地提出中医科研中信息融合的运用方法及需要解决的一系列问题     

祖孙三辈肾阳虚在家系中的特征分析

目的:研究肾阳虚证的家族祖孙三辈的分布特点,探索肾阳虚证的先天(遗传)背景以及与寒证的关系.方法:用40项肾阳虚证量表调查,将积分通过四类分析,综合评定3代15个成员一个家系的肾阳虚证分布特征.结果:评定该家系中典型肾阳虚证5人、肾阳虚证4人和正常人6人,得到肾阳虚证家系图谱.肾阳虚家系祖孙三辈症状积分总表,及其肾阳虚年龄增长变化表,并与寒证评分进行比较研究.讨论:肾阳虚证积分趋势可明显见到,随年龄增高而增加的分布特征;肾阳虚有一定的先天(遗传)背景.似有成群分布状态;此肾阳虚家系同时在寒证调查中,两者呈现本质性依赖的数量关系.此文为证的研究提供了一个新的方法.     

基于转录组测序技术研究道地药材当归同源基因

目的:通过转录组测序技术全方位、深层次挖掘甘肃岷县当归的基因组资源,并进行当归同源基因分析,为当归栽培、品种鉴定、加工、配伍及保健品开发提供理论支撑。方法:岷县现场采集当归样品,并经专家鉴定为当归品种(angelica sinensis(oliv.)diels)。采用RNA plant Plus方法提取岷归头、岷归尾的总RNA,质量鉴定合格后构建测序文库。测序文库检测合格后在Illummina HiSeq 2000测序仪上完成双端测序。采用相关生物信息学分析软件,实现研究目标。结果:①通过转录组测序技术,获取了63585个当归表达序列标签(EST),构建了当归的基因组。②在UniProt(date:2012.09)数据库中注释的30432个当归基因,分布于939种物种;其中序列分布频率较高的前5种物种为葡萄、蓖麻、毛果杨、大豆、苜蓿属。结论:当归基因组研究处于起步阶段,亟待深入研究。已注释基因主要分布于目前研究较深入的5种重要经济植物,成为当归制剂与保健品开发的分子生物学基础。     

基于“胞络系肾” “胎茎系脾”研究寿胎丸、举元煎逆转蜕膜自然流产病理环节的安胎差异网络机制

目的 通过整合药理学方法研究补肾安胎法代表方寿胎丸、健脾安胎法代表方举元煎调控自然流产（SA）蜕膜病理环节靶点逆转妊娠结局的安胎机制差异，初步阐释“胞络系肾” “胎茎系脾”生殖理论科学内涵。方法 运用GeneCards数据库筛选SA的调控靶点进行基因本体-生物学过程（GO-BP）富集分析，结合Cytoscape网络分析、文献引证筛选主要病理环节及核心靶点；利用高效液相色谱-质谱联用（HPLC-MS）筛选并获取寿胎丸、举元煎的潜在活性成分，构建其调控差异网络预测；复制SA大鼠模型进行同单位寿胎丸、举元煎干预，采用苏木素-伊红（HE）染色、透射电镜（TEM）、酶联免疫吸附测定法（ELISA）、免疫组化（IHC）、免疫荧光（IF）等方法进行安胎病理调控机制验证。结果 细胞黏附、炎症反应、细胞死亡、血管生成的调控失常是SA核心病理环节；分别获取寿胎丸潜在特异活性成分13个及举元煎活性成分14个，预测调控网络提示寿胎丸与举元煎的潜在活性成分均能调控血管内皮生长因子（VEGF）、白细胞介素（IL）-2、雌激素受体（ESR）-1、基质金属蛋白酶（MMP）-9等靶点从而调控SA病理环节；实验研究提示寿胎丸和举元煎可显著提高SA大鼠妊娠率、蜕膜细胞完整率及血供、有效控制细胞凋亡形态及雌激素（E₂）、孕激素（P）及其受体表达，下调SA大鼠蜕膜组织MMP-2、MMP-9、IL-2、IL-6表达，同时上调抗凋亡蛋白B细胞淋巴瘤-2（Bcl-2）及IL-4表达。寿胎丸可显著上调VEGF表达，举元煎可显著下调E-钙黏蛋白（E-Cad）表达。结论 寿胎丸、举元煎均可通过调控SA核心病理过程以安胎，同条件干预下寿胎丸总体疗效优于举元煎，寿胎丸在调控血管生成途径优于举元煎，举元煎在细胞黏附途径优于寿胎丸，该结论可部分阐释 “同病异治”生物学基础，为安胎中药质量标志物（Q-marker）识别、进一步方-证代谢组研究提供客观数据参考。     

银屑病不同时期与证型的红细胞免疫功能研究

目的研究银屑病的发病机理以及病情波动与红细胞免疫的关系.方法进行大样本的临床分期与证型分析,结合红细胞C3b受体花环形成率(C3b RR)和红细胞免疫复合物花环形成率(ICR)等红细胞免疫功能,研究其相关性.结果银屑病进行期的C3b RR和ICR均极为显著地高于正常值(P＜0.001),该时期红细胞免疫功能极为亢进.静止期的C3b RR也显著高于正常值(P＜0.05),ICR有一定上升趋势.而消退期的红细胞免疫状况接近正常组.血热型银屑病患者的红细胞免疫值均极其显著地高于正常组(P＜0.001),但又存在较大个体差异.血瘀型ICR显著性高于正常值(P＜0.05),而C3b RR略有升高.血虚型的红细胞免疫状况接近正常组.此外,不同性别银屑病患者的红细胞免疫状况存在不同的亢进和紊乱特点;男性患者的C3b RR显著地高于女性患者(P＜0.05),而ICR则是女性患者略为偏高.结论银屑病的进行期和血瘀型患者有着明显的红细胞免疫亢进,而其他时期或其他中医证型,其结果较为复杂,应当结合其他众多临床表征进行综合研究,同时深入到分子生物学层次对其机理进行系统研究.     

论“五劳”行为相关基因表达的分析

从OMIM检索与五劳、基因实(表达量过多)、基因虚(表达不足)的相关基因,进而探讨五劳疾病与基因虚实、遗传性缺陷的相关情况,试图分析基因行为定势表达与疾病的关系,以供中医在疾病的预防、治疗、康复及养生保健等方面研究的参考.     

简论中医血三个方面的分子生物学研究进展

中医血的基本概念和范畴 ,大体接近于现代医学 ,但实际上中医并未深入研究血液的构造 ,而是更着重于论述血的功能 ,且言血的功能系统范围较现代医学又要大些。因为中医血是按藏象功能系统论述 ,如心主血、肝藏血、脾统血、肺朝百脉等功能体系。尽管对中医的血用分子生物学方法来研究 ,目前仍有一定困难 ,但若从功能研究血与相关分子的功能关系 ,则血比气更具体 ,目前起码有如下 3方面成效。1　瘀血及丹参单体的分子机制中医血系统中还有一个特别的概念是“瘀血” ,它指在某些因素的作用下血液不能在脉内正常循行 ,而停滞为患或溢出脉外 ,由…     

克癌临对大鼠肝癌发生期间p53和bcl-2表达的影响

为探讨克癌临 (主药 :半枝莲、仙鹤草等 )抑制癌症发生的作用机制 ,以DEN诱生大鼠肝癌 ,观察诱癌 8周和 16周时大鼠肝脏组织形态及p5 3、bcl- 2基因表达等的改变。结果 :克癌临组大鼠的肝脏增长性病变在 8周和 16周时均明显轻于模型组 ;p5 3和bcl- 2表达少于模型组 ,比较其积分光密度值均有显著差异 (P <0 0 5或P <0 0 1)。提示下调p5 3和bcl - 2基因表达 ,可能是该药抑制DEN诱发大鼠肝癌的机制之一