原发型肝癌相关抗原基因HCC-A-12的生物信息学分析

目的应用生物信息学的方法分析原发型肝癌相关抗原基因HCC-A-12的组织分布情况,以推测原发型肝癌相关抗原基因HCC-A-12的生物学功能与特性。方法应用美国国家生物信息中心(NCBI)中的核酸数据库、EST数据库、Unigen数据库和相应软件分析。结果原发型肝癌相关抗原基因HCC-A-12定位于7q12.1,由3个外显子和2个内含子组成,广泛表达于许多正常组织如前列腺、脂肪、耳等,但在胃癌、子宫瘤、宫颈癌、皮肤癌、结肠癌等肿瘤组织中表达明显上调,而在相应正常组织中不表达或低表达。结论原发型肝癌相关抗原基因HCC-A-12编码的抗原可能与人类多种肿瘤的发生发展密切相关。     

采用生物信息学策略对鼻咽癌相关抗原基因NPC—A—7组织分布的初步分析

目的 应用生物信息学的方法分析鼻咽癌相关抗原基因NPC—A—7的组织分布情况，以推测鼻咽癌相关抗原基因NPC—A—7的生物学功能与特性。方法 应用美国国家生物信息中心(NCBI)中的核酸数据库、EST数据库、Unigen数据库、Source资源和相应软件分析。结果 鼻咽癌相关抗原基因NPC—A—7定位于19p13．11，广泛表达于许多肿瘤组织，特别是在脂肪肉瘤、转移性卵巢癌、鼻咽癌、乳腺癌等肿瘤组织中明显高表达，而在皮肤、子宫颈、胃等正常组织中不表达。结论 鼻咽癌相关抗原基因NPC—A—7编码的抗原可能与人类多种肿瘤的发生发展密切相关。     

原发型肝癌组织cDNA文库的构建及抗原基因的筛选

目的 构建人原发型肝癌组织cDNA文库,以SEREX方法从cDNA文库中筛选肝癌抗原基因.方法 采用确诊的原发型肝癌患者新鲜手术切除癌组织构建cDNA文库,测定原始文库滴度,进行蓝白筛选以确定文库的重组率.以肝癌患者的血清,采用血清学方法筛选所构建的cDNA文库,阳性克隆经PCR检测鉴定后进行序列分析.结果 成功构建了混合原发型肝癌cDNA文库经测定原始文库滴度为7.42X106pfu/mL,含3.96×106个重组子,重组率为93%,扩增文库滴度为3.92×109pfu/mL,cDNA插入片段大小在0.5～3.0 kb之间.文库经3轮血清学筛选共获得31个阳性克隆,分别代表了24个独立的cDNA插入片段(抗原基因).其中17个与已知基因高度同源,另外7个基因与GenBank中已知基因的部分同源,其中有3个是新基因.利用SMART技术构建了高质量的人原发型肝癌组织cDNA表达文库,有利于以cDNA文库为基础的进一步的实验研究.结论 应用SEREX技术初步筛选原发型肝癌组织cDNA文库,共得到17个原发型肝癌相关抗原基因,其中有3个是新基因,可能为原发型肝癌的免疫学研究提供新的研究分子.     

MAGE-A3在肝癌组织中的表达及意义

目的检测黑色素瘤抗原-A3(MAGE-A3)在肝癌组织中的表达,为应用MAGE-A3抗原对肝癌患者进行特异性抗肿瘤免疫治疗及判断预后提供理论依据。方法逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测31例肝癌组织及相应癌旁组织中MAGE-A3基因的表达,应用组织芯片技术、免疫组织化学方法分析178例肝癌组织及相应癌旁组织中MAGE-A3抗原的表达。结果31例肝癌组织标本中有23例(74.19%)表达MAGE-A3基因,而相应的癌旁组织MAGE-A3基因均不表达。178例肝癌组织中102例表达MAGE-A3抗原(57.30%),相应的癌旁组织MAGE-A3抗原均不表达。MAGE-A3蛋白表达与肿瘤转移有关(P<0.05),而与HBsAg、AFP水平和分化程度均无关(P>0.05)。结论MAGE-A3基因在肝癌组织中有较高表达,这使得以该基因编码蛋白作为肿瘤疫苗用于肝癌的免疫治疗成为可能。表达MAGE-A3的肝癌患者预后较差。     

INMT基因在肝癌中的表达及其机制研究

目的应用生物信息学分析探讨吲哚胺N-甲基转移酶（INMT）在肝癌发生、发展中的作用及可能的机制,为肝癌的防治提供生物信息学依据。方法本研究从TCGA下载肝癌RNA测序数据库及患者临床资料,包含371例肝癌患者的癌组织以及50例肝癌患者的癌旁组织;GSE102079肝癌基因芯片数据从GEO下载,芯片共包含152例肝癌患者的癌组织和91例肝癌患者的癌旁组织。采用R语言分析INMT在TCGA和GSE102079中肝癌组织和癌旁组织的表达差异以及与预后的相关性;分析两个数据库中INMT相关基因的蛋白相互作用网络,对重叠基因进行GO和KEGG通路富集分析,采用STRING数据库构建INMT的相关基因互作蛋白网络。结果和癌旁组织相比较,INMT基因在肝癌组织中显著低表达（P＜0.01）。与INMT低表达肝癌患者相比较,INMT高表达肝癌患者总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）显著延长（P＜0.01）。TCGA和GSE102079肝癌数据库中INMT的相关基因共有178个重叠,主要涉及PI3K-AKT信号通路、细胞黏附分子、肿瘤信号通路、细胞黏附、血管形成等生物过程。构建INMT相关基因的蛋白相互作用网络,发现COL14A1、FBLN1/2、PECAM1、EMCN、FLT4等在INMT相关基因的蛋白相互作用网络中发挥关键作用,为进一步探讨INMT在肝癌中发挥作用的下游机制研究提供生物信息学依据。结论INMT可能在肝癌中发挥抑癌基因的作用,与肝癌的预后较好显著相关。     

MAGE-A3在肝癌组织中的表达和意义

目的　检测黑色素瘤抗原-A3(MAGE-A3)在肝癌组织中的表达,为应用MAGE-A3抗原对肝癌患者进行特异性抗肿瘤免疫治疗及判断预后提供理论依据。方法　逆转录－聚合酶链反应(RT-PCR)检测31例肝癌组织及相应癌旁组织中MAGE-A3基因的表达, 应用组织芯片技术、免疫组织化学方法分析178例肝癌组织及相应癌旁组织中MAGE-A3抗原表达 结果　31例肝癌组织标本中有23例(74.19%)表达MAGE-A3基因,而相应的癌旁组织MAGE-A3基因均不表达。178例肝癌组织中102例表达MAGE-A3抗原(57.30%)，相应的癌旁组织MAGE-A3抗原均不表达。MAGE-A3蛋白表达与肿瘤转移有关（P＜0.05，而与HBsAg、AFP水平和分化程度均无关（P＞0.05）。 结论 MAGE-A3基因在肝癌组织中有较高表达,这使得以该基因编码蛋白作为肿瘤疫苗用于肝癌的免疫治疗成为可能。表达MAGE-A3的肝癌患者预后较差。 【关键词】　MAGE-A3 肝细胞癌 逆转录－聚合酶链反应 组织芯片 免疫组织化     

子宫内膜癌METTL14与核糖体蛋白基因的表达相关性分析

目的探究METTL14与核糖体蛋白在子宫内膜癌中的表达相关性。方法通过TCGA数据库TCGA-UCEC获取子宫内膜癌mRNA表达谱数据,采用DESeq2软件包进行基因差异表达（DEGs）分析。采用Metascape数据库对差异表达基因的基因本体论（gene ontology, GO）和京都基因与基因组织百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）进行富集分析。使用数据库STRING构建蛋白质互作网络模型分析蛋白质-蛋白质相互作用,应用Cytoscape软件MCODE和cytoHubba模块分析关键基因。结果相较于METTL14高表达的肿瘤组织,低表达METTL14的肿瘤组织中共发现757个差异表达基因（P<0.05）,其中665个下调基因,92个上调基因。这些差异表达基因参与的通路主要涉及核糖体功能和氧化磷酸化等,且METTL14与核糖体蛋白相关基因在表达上具有明确的负相关性。结论在子宫内膜癌中,METTL14与核糖体蛋白的mRNA表达具有明确负相关性,提示内膜癌中两者之间可能存在调控作用。     

CDK1、CCNB1和NDC80与乙型肝炎相关肝细胞癌的预后和进展相关:基于生物信息学方法

目的 探讨 HBV 转化为 HCC 相关的关键基因,并探索相关的分子机制。方法 分析基因表达综合（GEO）数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织。“sva”R包用于去除批间差。进行整合分析,获取HBV相关肝癌和HBV组织中的差异表达基因（DEGs）,通过基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析对差异表达基因进行功能注释。使用相互作用基因搜索工具（STRING）构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘最重要的模块和关键基因。cBioportal用于分析hub基因的相关性。利用Kaplan-Meier和Oncomine数据库对TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。通过逆转录定量PCR（RT-qPCR）实验验证17对临床肝细胞癌样本与邻近非肿瘤组织中hub基因的表达。结果 共获得121个DEGs（P< 0.01）,鉴定出3个遗传标记,细胞周期素依赖性激酶1（CDK1）、细胞周期蛋白B1（CCNB1）和核分裂周期蛋白80（NDC80）,与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,这3个基因高度相关（P<0.05）。UALCAN数据库证实这些基因在肝癌组织中高表达并获得相关预后信息。Kaplan-Meier表明,它们与HCC患者的低存活率相关。CDK1、CCNB1和NDC80与肝癌分级相关（P< 0.05）,RT-qPCR实验证实CDK1、CCNB1和NDC80的mRNA在肝细胞癌中的表达明显高于癌旁组织。结论 CDK1、CCNB1 和NDC80基因可作为HBV相关肝细胞癌的预后标志物,在肝癌的基础研究和临床治疗方面有一定的应用价值。     

三种新抗癌疫苗靶基因

目前研究报道，Scanlan等发现3种有助于机体免疫系统识别及攻击肿瘤细胞的新基因。这3种新基因具有编码一组特殊的蛋白成分，即癌/睾抗原(Cancer/Testis antigens，CT antigens)的功能。CT抗原具有免疫原性，主要表达于肿瘤及配子发生组织。由其激发的免疫反应仅攻击肿瘤组织而不吸引杀伤性T细胞攻击健康组织，因此，CT抗原可考虑作为制备肿瘤疫苗的靶向分子。此前已有14种CT抗原被鉴定，此次研究小组利用Unigene数据库，在cDNA文库中识别出1 325个不同的CT抗原。当他们应用数据库GAGE，在缩小到73个候选基因时，研究者分析了正常…     

CDK1基因在肝癌预后和免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法研究细胞周期素依赖性激酶1(Cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达差异,探索其在肝癌预后和免疫细胞浸润间的作用。方法 从GEO数据库下载肝癌数据集,使用R软件分析差异基因,并取交集基因;通过GO和KEGG分析富集通路;使用STRING和cytoscape构建差异基因互作网络,结果可视化获取核心基因CDK1;UALCAN和GEPIA数据库分析肝癌中CDK1的表达水平,及其与临床特征的关系;HPA数据库分析CDK1蛋白在肝癌组织和正常组织的表达差异;通过Kaplan-Meier Plotter分析CDK1表达水平与HCC预后的关系;TIMER数据库分析CDK1与HCC肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞表面标记物的相关性。结果 3个肝癌数据集筛选出共有的347个差异基因;KEGG通路显示差异基因主要参与细胞周期通路;与正常组织相比,CDK1基因在HCC组织中表达水平升高;CDK1高表达与肿瘤分期、年龄均有相关性;生存分析结果表明CDK1基因高表达患者生存时间明显低于低表达患...     

Duck hepatitis B virus infection and duck hepatocellular carcinoma.

To study the relationship between duck hepatitis B virus (DHBV) infection and duck hepatocellular carcinoma (DHCC), histological examination and DHBV DNA hybridization were performed in 875 ducks from three flocks in Qidong County. Among them, 34 suffered from hepatoma, including 23 hepatocellular carcinoma, 8 cholangiocarcinoma and 3 hepatocellular-cholangiocarcinoma. Of the 34 ducks with hepatoma 27 were positive for DHBV DNA in the liver and/or serum. DHBV DNA was demonstrated in neoplastic nodules of 22 ducks. Southern blot analysis showed that 13 cases were of the integrated pattern of DHBV DNA in neoplastic nodules. The paratumor tissues of 14 ducks with massive tumor were analysed at the same time. Five cases showed integrated pattern, 4 cases free pattern and the other 4 cases both integration and free pattern of DHBV DNA. The hybridization pattern of DHBV DNA in tumor nodule was different from that in paratumor regions in 11 cases and identical in 3 cases. DHBV antigen was positive in 13 tumor nodules and 21 paratumor tissues in the 34 ducks with hepatic tumor by both victoria blue and orcein stain methods. Advanced liver diseases were found in 30 out of the 34 ducks with hepatoma, including 12 cirrhosis and 18 chronic active hepatitis. In southern blot analysis of 122 DHBV DNA positive Qidong ducks without hepatoma, only free pattern of DHBV was seen, while 44 control ducks from Changchun were negative for DHBV DNA. Neither hepatic tumor nor liver diseases were seen in the control ducks. The results suggest that hepatocellular carcinoma in ducks is similar to that in human HCC. They have a high frequency of viral DNA integrated into the host genome and a liver disease background.

     

Biological function of a novel gene overexpressed in human hepatocellular carcinoma

Objective To clone the full-length of a differentially expressed cDNA fragment, LC27, and study its biological function tentatively. Methods Northern blot was used to analyze the expression pattern of LC27 in hepatocellular carcinoma, matched nontumor liver tissues, fetal liver and normal adult liver tissues, as well as BEL-7402 hepatocellular carcinoma cell line ESTs splicing and 5’ rapid amplification of cDNA ends (5’ RACE) were used to clone the full-length of LC27 cDNA.An antisense oligodeoxynucleotide approach was used to investigate the biological role of the gene in the proliferation of BEL-7402 cells. Results A 2186 bp novel cDNA with an open reading frame encoding a 283 amino acid protein was cloned.Analysis of the deduced amino acid sequence indicated that it is 38% (88/229) identical to human Golgi 4-transmembrane spanning transporter MTP.The gene and the encoded protein was termed hepatocellular carcinoma overexpressed transmembrane protein (hotp) and HOTP, respectively.Hotp mRNA was almost undetectable in normal adult liver and fetal liver tissues.However, it was significantly up-regulated in hepatocellular carcinoma and some matched nontumor liver tissues, as well as BEL-7402 cells.The proliferation of BEL-7402 cells was suppressed by an antisense oligodeoxynucleotide against hotp mRNA at a concentration of 50 μg/ml. Conclusion HOTP may be an integral membrane transporter protein.The overexpression of the gene in hepatocellular carcinoma may play an important role in hepatocarcinogenesis and disease progression.     

原发性肝癌中Bcl—2及Bax蛋白表达与细胞凋亡指数的关系

对２２例人肝细胞癌及癌旁组织分别进行Ｂｃｌ－２、Ｂａｘ的免疫组织化学研究和ＴＵＮＥＬ技术标记,探讨肝细胞癌中凋亡调控蛋白的表达与凋亡指数的。在肝细胞癌中ＢＣＬ－２蛋白的表达率为２２．７３５,与癌旁组织相比无差异;Ｂａｘ蛋白呈低表达,表达率为４５．４５％,与癌旁组织相比有显著差异;肝癌组织中凋亡指数为９．５５％,低于癌旁组织１５．６８％,二者有显著差异,肝细胞癌的发生民细胞凋亡受到抑制有关,Ｂａｘｆ     

miR-200c在肝细胞癌组织中的表达及其临床意义

目的 研究miR-200c在肝细胞癌组织中的表达并探讨其临床意义.方法 收集肝细胞癌手术组织标本52例,30例癌旁正常组织作为对照,采用qRT-PCR检测肝细胞癌组织及对照组织中miR-200c的表达情况,分析miR-200c表达水平与肝细胞癌临床病理参数之间的关系.结果 肝细胞癌组织中miR-200c平均表达量明显低于癌旁对照组织,差异具有统计学意义,癌旁对照组织中miR-200c平均表达量约为肝细胞癌的2.90倍.miR-200c的表达水平与肝细胞癌恶性程度、肿瘤分化程度以及AFP表达有关,miR-200c的表达水平与肝细胞癌患者年龄、性别、HBsAg、肿瘤大小、是否合并肝硬化等无关.多元Logistic回归模型分析发现,肿瘤大(OR=2.44,95％CI:1.22～10.36)、血清AFP高(OR=2.39,95％CI:1.78～5.34)、肿瘤分化程度低(OR =3.08,95％CI:2.29～6.03)是肝癌发病的独立危险因素.结论 miR-200c与肝细胞癌的发生、临床进展密切相关,它可能是肝细胞癌新的潜在的治疗靶点及诊断预后分子标志物.     

ＧＤＦ１５在大鼠早期肝癌和人小肝癌组织中的表达

目的:针对前期应用基因芯片(Affymatix Rat 230.2.0)筛选出的大鼠早期肝癌中高表达的人同源基因GDF15(GrowthDifferentiation Factor 15),进一步在人小肝癌组织中检测其表达水平以探讨其作为人小肝癌候选诊断标志物的价值.方法:应用RT-PCR检测GDF15在大鼠早期肝癌结节中的表达以对芯片结果进行初步验证;进一步采用RT-PCR、实时荧光定量PCR对GDF15在随机配对的正常肝脏组织(n=10)与小肝癌n=10)中基因转录水平半定量和定量检测,同时用免疫组化鉴定其在正常肝脏组织n=10),癌旁组织n=26),小肝癌n=12)及大肝癌(n=14)中蛋白水平的表达.结果:GDF15在大鼠早期肝癌结节中较正常组织表达显著上调(P＜0.05),与芯片结果一致.在人小肝癌,其转录及蛋白水平的表达均明显高于正常肝脏组织(P＜0.05).免疫组化结果显示12例小肝癌中10例表达强阳性,其在细胞中的表达定位于细胞浆与细胞外基质.结论:分泌性蛋白GDF15在人小肝癌组织中高表达,提示其具有潜在的小肝癌筛选价值.     

Gankyrin在肝癌细胞系中的表达

目的检测肝癌细胞系中癌基因Gankyrin的表达。为在肝癌细胞中对Gankyrin基因进行RNA干涉研究的体外实验筛选靶细胞。方法对肝癌细胞系HepG2、SMMC-7721、HHCC进行逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）及Western blotting检测。结果Gankyrin基因在3种肝癌细胞系中均有表达。结论多种肝癌细胞系中均有Gankyrin基因的表达，HepG2、SMMC-7721、HHCC均可作为阳性靶细胞，进行Gankyrin基因的RNA干涉研究。     

P53基因联合栓塞化疗治疗原发性肝癌的临床应用研究

[摘要] 目的 探讨经肝动脉灌注P53基因联合栓塞化疗术在治疗原发性肝癌中的应用价值。方法 对78例原发性肝癌患者分实验组组及对照组,分别进肝动脉灌注重组人P53腺病毒注射液联合栓塞化疗术及常规TACE治疗,对术后反应及疗效进行对比分析。结果 术后实验组在治疗效果及肝功能都优于对照组,不良反应两组大致相同。结论 P53基因联合栓塞化疗术治疗中晚期肝癌是一种安全可行的治疗方法。     

原位移植人肝癌裸鼠模型AFP基因甲基化状态与其表达的关系

【目的】探讨原位移植人肝癌模型肝癌组织中，AFP基因启动子区的甲基化状态同其异常表达的关系。【方法】采用甲基化特异性PCR（MSP）和亚硫酸氢盐测序法（BSP）分析模型肝癌组织中AFP基因启动子区甲基化状态；RT-PCR及Western Blotting两种方法检测AFP基因在转录水平和翻译水平的表达情况。【结果】10例肝癌模型的肝癌组织均有AFP基因mRNA和蛋白的表达（100％），AFP基因启动子区部分CG位点发生异常甲基化，其中－2431、－2494两个位点低于正常对照（P〈0．01）。【结论】AFP基因启动子区甲基化程度与其表达成负相关（P〈0．01）。