基于网络药理学的健脾解毒方抗结直肠癌的作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...     

基于网络药理学和分子对接探讨解毒通利方治疗肝纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方法探讨解毒通利方治疗肝纤维化(HF)的可能作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)获得解毒通利方所有有效活性成分,通过TCMSP数据库将这些有效活性成分进行成分靶点预测,并与GeneCards数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库中HF疾病基因相关靶点使用R语言软件取交集,从而获得解毒通利方治疗HF的靶点;通过STRING绘制交集靶点的蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白;利用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药—关键化合物—核心靶点”网络;运用R语言软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测核心靶点的作用机制。最后,应用分子对接技术,将关键有效活性成分和PPI中核心蛋白进行分子对接。结果 共筛选解毒通利方药物活性化合物172种,作用靶点4 068个,构建PPI网络,运用“CytoNCA”插件筛选出IL6、AKT1、STAT1、RELA、MYC、FOS、STAT3、MAPK1、CCND1等19个核心蛋白...     

基于网络药理学和分子对接技术研究柴胡-黄芩药对治疗鼻窦炎的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接技术研究柴胡-黄芩药对治疗鼻窦炎的作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选出柴胡-黄芩药对中的化学成分及其对应靶点,将Uni Prot数据库筛选的相关药物靶点和Genecards数据库筛选的鼻窦炎疾病靶点相交集;运用STRING平台构建靶蛋白相互作用(PPI)网络;采用Metascape平台对靶点进行GO富集分析,并借助DAVID数据库对靶点进行KEGG富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件构建成分-靶点-通路网络图,最后使用Autodock软件对关键靶点及化合物进行分子对接,选择最佳的结合靶点。结果筛选出相关化合物39个,成分靶点与疾病靶点相交得出92个靶标。其主要活性成分为槲皮素、山奈酚、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、β-谷甾醇这六种。其核心基因为TP53,AKT1,MAPK1,PIK3CG,PTGS2,HSP90AA1等六个。在分子对接中,其主要活性成分与关键靶点对接结果能量均低于-5 kJ/mol。结论通过网络药理学和分子对接系统研究了柴胡-黄芩药对治疗鼻窦炎的潜在有效成分和作用机制,为今后进行深入机制研究提供了依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气活血方治疗糖尿病肾病的作用机制

探讨运用网络药理学与分子对接技术,分析自拟益气活血方治疗糖尿病肾病（DN）的有效成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过多个公共数据库获得益气活血方中活性成分的潜在靶点及DN的疾病靶点,并获得交集靶点,对交集靶点进行GO和KEGG分析,蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析与网络构建;利用Autodock vina软件对重要成分及关键靶点进行分子对接。结果 网络药理学分析获得有效活性成分78个、成分靶点223个、疾病靶点1002个、交集靶点81个、关键靶点15个。富集的 KEGG 通路有胰岛素抵抗、 PI3K-Akt 信号通路等。分子对接结果显示山柰酚、木樨草酸等成分对大部分靶点具有亲和力。结论 益气活血方可能通过调节炎症与细胞自噬、促进ECM蛋白的降解、调节外周组织对胰岛素的敏感性及胰腺β细胞的增殖和凋亡等作用机制达到治疗DN的作用     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗肝癌的作用机制

目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点；在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点；通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点，并绘制韦恩图；在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图；应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图；通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；应用PubChem、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个，靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程，并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%，即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点，预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制，为后续进一步开发和应用提供理论依据。     

基于网络药理学与分子对接探讨紫草治疗银屑病的作用机制

目的运用网络药理学与分子对接探索紫草治疗银屑病的作用机制。方法通过TCMSP、PubChem及Swiss Targe Prediction数据库和Gene Cards、OMIM数据库筛选紫草活性成分、疾病靶点,运用Cytoscape软件构建药物与疾病间相互作用网络,筛选紫草治疗银屑病的活性成分及靶点;基于R软件进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;将活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果预测得到17个紫草治疗银屑病的活性成分和55个差异基因,并推断其作用机制可能与乙型肝炎、糖尿病并发症、胰腺癌、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Rap1信号通路、IL-17信号通路等有关。其中TNF、EGFR、MMP3、PTGS2等基因可能为关键靶点;分子对接结果显示:去氧紫草素与PTGS2蛋白的亲和力较好。结论紫草治疗银屑病具有多成分-多靶点-多通路的作用特点,为阐述紫草治疗银屑病的作用机制和开展进一步的研究提供依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨“寒凉”中药黄连、黄芩、黄柏治疗痴呆的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨“寒凉”中药黄连、黄芩、黄柏(三黄)治疗痴呆的作用机制。方法 通过数据挖掘《宣明论方》,筛选出符合“寒凉”属性并且是治疗“痴呆症”的常见中药黄芩、黄连、黄柏。通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, TCMSP)数据库检索“三黄”的有效成分和作用靶点，在GeneCards、DrugBank等数据库检索痴呆症(dementia)靶点。利用Cytoscape3.7.2构建“药物-成分-靶点”网络，用VENNY2.1获得“三黄”和痴呆症的交集靶点后，构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks, PPI),利用Metascape库对核心靶点进行GO、KEGG富集分析，并构建“三黄”药物-成分-靶点-通路-疾病网络，最后利用分子对接，以反向验证“三黄”活性成分与核心靶点之间的关系。结果 筛选出“三黄”治疗痴呆症的重要活性成分有槲皮素、β-谷甾醇、小檗碱、黄连...     

基于网络药理学和分子对接探讨裘氏二藤汤治疗慢性盆腔炎的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨射麻口服液治疗新型冠状病毒肺炎作用机制

目的针对射麻口服液抗病毒机制不明的问题,采用网络药理学和分子对接技术,分析其主要有效成分和作用靶点并构建相应通路,探讨射麻口服液治疗新型冠状病毒的作用机制。方法利用TCMSP数据库及文献检索收集射麻口服液中每味药的活性成分及其作用靶点,运用GeneCards数据库收集新型冠状病毒肺炎的相关靶标,通过韦恩图获取射麻口服液抗新型冠状病毒的潜在靶点,应用STRING数据库与Cytoscape3.7.1软件构建潜在靶点的蛋白互作网络图,采用Cytoscape3.7.1软件构建中药饮片-化学成分-潜在靶点网络图,利用DAVID数据库对潜在靶点进行GO富集分析,同时,在中药饮片-化学成分-潜在靶点网络图中筛选自由度较大的化学成分及单味药材质控成分作为主要活性成分,将主要活性成分与新型冠状病毒侵袭人体有关的靶点——血管紧张素转化酶II、新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行分子对接。结果中药饮片-化学成分-潜在靶点网络图共包括潜在活性成分86个,潜在靶点53个。GO富集分析得到具有统计学意义(P0.05)的生物过程条目有细胞凋亡信号通路、炎症反应、对活性氧的反应、对细胞因子的反应等,分子功能条目有转录激活子活性、RNA聚合酶II转录调控区序列特异性结合、氧化还原酶活性、细胞因子活性等,细胞组成条目有细胞外空间、内质网、高尔基体等。分子对接显示主要活性成分如汉黄芩素、黄芩素、麻黄碱、伪麻黄碱、野鸢尾黄素、芥子碱、苦杏仁苷、黄芩苷均与血管紧张素转化酶II、新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶有较好的亲和力。结论射麻口服液可通过多成分、多靶点、多通路作用于新型冠状病毒肺炎并发挥疗效。     

基于网络药理学和分子对接探究甘草附子汤治疗类风湿关节炎的机制

目的：通过网络药理学结合分子对接的研究方法,预测甘草附子汤治疗类风湿关节炎的作用靶点,探究其治疗类风湿关节炎的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索甘草附子汤中包含的4种中药的有效成分及其靶基因。GEO数据库下载类风湿关节炎数据,筛选差异基因(DEGs)并与甘草附子汤有效成分靶基因取交集,获得甘草附子汤治疗类风湿关节炎的潜在靶点。通过Cytoscape软件构建中药-活性成分-疾病靶点网络,PPI网络分析得到甘草附子汤治疗类风湿关节炎的关键靶点并通过Metascape数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制,最后应用AutoDuck及PyMOL进行分子对接,验证其结合能力。结果：中药-活性成分-疾病靶点网络包含药材节点4个,活性成分节点95个,作用靶基因节点44个。Network Analysis显示槲皮素、山萘酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮,柚皮素及芒柄花素为可能的关键活性成分。甘草附子汤活性成分作用于类风湿关节炎可能主要通过IL-17 信号通路,TNF 信号通路,破骨细胞分化等信号通路。分子对接结果显示甘草附子汤中的活性化合物与关键靶点分子 MMP9、CXCL8、PPARG、EGFR具有较高的亲和力。结论：甘草附子汤中的活性成分可能通过与MMP9、CXCL8 、PPARG、EGFR等靶点调节多条信号通路,从而发挥对类风湿关节炎的治疗作用,为研究甘草附子汤治疗类风湿关节炎分子机制提供新思路。     

基于网络药理学和分子对接研究“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的作用机制

目的运用网络药理学和分子对接的方法分析“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的潜在作用机制。方法 借助 TCMSP、Drugbank、Uniprot等数据库及参考文献获取中药柴胡-丹参的有效成分及靶标。通过Genecards、Drugbank、OMIM平台检索有关与慢性乙型肝炎疾病相关的靶标,并借助Venny数据库、String数据库和Cytoscape平台构建有效成分-靶点相互作用网络图,运用R语言对其核心靶点进行功能和通路富集分析,预测“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的潜在关键成分与作用靶标,进一步使用Autodock和Pymol软件对其有效成分与慢性乙型肝炎HBcAg、HBeAg、HBsAg进行分子对接,分析其治疗的作用机制及可行性。结果 获得“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎发挥作用的有效活性成分73个,疾病潜在靶点985个。对其“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的共有化合物-靶点网络图可知,有槲皮素、木樨草素、山柰酚、丹参酮等67个有效活性成分,PTGS2、ADRB2、HSP90AA1、ESR1等88个共有靶点。通过GO和KEGG分析可知,参与了细胞因子受体结合等生物过程及乙型肝炎等信号通路发挥其治疗作用。运用核心成分与靶蛋白对接可知,槲皮素、木樨草素与HBcAg、HBeAg、HBsAg具有较好的亲和力。结论 通过网络药理学和分子对接,充分体现了“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎“多成分-多靶点-多通路”复杂的作用特点,为进一步的实验和临床提供了理论依据和新的治疗方向。     

基于网络药理学探讨新伤湿敷液治疗软组织损伤的作用机制

目的采用网络药理学及分子对接技术探讨新伤湿敷液治疗软组织损伤的成分、靶点、通路三者之间的相互作用机制。方法通过文献查找及TCMSP数据库获取新伤湿敷液活性成分,利用TCMSP及SWISS数据库获取对应靶标并与Gene Cards、OMIM数据库所获疾病靶标交集以得到核心靶点,基于STRING平台构建靶点相互作用网络并通过Cytoscape软件可视化复方-药物-成分-靶点-通路网络,Metascape数据库对核心靶点进行GO及KEGG可视化分析,最后将所得结果导入Sybyl软件进行分子对接。结果分析得到新伤湿敷液中活性成分作用于56个核心靶点;且分子对接结果显示新伤湿敷液中emodin、baicalin、baicalein等成分与PIK3CA等靶点亲和力强。结论新伤湿敷液中的活性成分可能通过作用于PIK3CA等靶点以调节Th17细胞分化、TNF、IL-17等通路以治疗软组织损伤。     

基于网络药理学探讨松花粉抗疟原虫的机制

[目的]应用网络药理学结合生物信息学方法探讨松花粉抗疟原虫的可能机制.[方法]通过检索TCMSP数据库筛选出松花粉活性成分及其相关靶点,并查阅文献进行补充,得到候选有效成分.通过Uniprot数据库将靶点名称转换成基因名称,在GeneCards数据库中寻找疟原虫相关靶点,选择松花粉作用靶点与疟原虫相关靶点的交集筛选出松花粉抗疟原虫的活性成分及作用靶点.利用Cytoscape 3.8.0软件构建松花粉活性成分-作用靶点网络,筛选出关键化合物,通过STRING平台构建靶蛋白相互作用网络,筛选出关键靶点.采用DAVID在线分析平台对靶点基因进行GO富集分析和KEGG代谢通路分析,明确生物学机制.最后利用AutoDockTools 1.5.6和AutoDockVina软件对与抗疟原虫的相关核心靶点进行分子对接.[结果]从松花粉中筛选出10个有效成分及120个作用靶点,其中与疟原虫相关的作用靶点42个,关键靶点6个.功能分析结果显示,交集基因主要集中在氧化还原过程中.与松花粉抗疟原虫有关系的作用通路可能涉及药物代谢-细胞色素P450、细胞色素P450对异生物的代谢、NF-κB信号通路、细胞黏附分子、代谢途径等.分子对接结果显示,核心靶点与山奈酚、谷甾醇、柚皮素、花旗松素和氯化花青素有较强的亲和力.[结论]网络药理学及生物信息学方法对研究松花粉及其类似物的基因靶点、揭示潜在抗疟原虫生物学活性机制、研究疟原虫有关疾病的治疗机制具有重要意义.     

融合“成分-靶点-共有通路”网络和分子对接技术的清肺口服液抗新型冠状病毒肺炎的活性成分初探

目的?基于网络药理学和分子对接技术研究清肺口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分。方法?采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索清肺口服液中药材的化学成分及其作用靶点,通过Cytoscape软件构建清肺口服液治疗病毒性肺炎的“成分-靶点-共有通路”网络模型进行分析,借助分子对接软件将网络中的核心成分与潜在的抗COVID-19作用靶点对接筛选。结果?清肺口服液药材成分靶蛋白进行生物分析共得到KEGG通路129条（P<0.05）,病毒性肺炎相关靶蛋白进行生物分析得到KEGG通路104条（P<0.05）,其中KEGG共有通路83条。“成分-靶点-共有通路”网络包含成分201个和对应的靶点2?424个。网络中所含的78个核心成分与治疗COVID-19药物潜在作用靶点RdRp、3Clpro和PLpro分子对接结果显示,Phaseol、丹参新醌D、1,2,5,6-四氢丹参酮等核心成分与目前可能治疗COVID-19的多种药物亲和力相近。结论?清肺口服液的多个核心成分可以与多个潜在靶点结合而达到治疗COVID-19的目的,体现了中药多成分、多靶点和多途径的作用特点,可以为现代中药创制提供参考。      

基于网络药理学及分子对接探讨湿润烧伤膏促进糖尿病溃疡愈合的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术对湿润烧伤膏治疗糖尿病溃疡的主要活性成分和潜在作用机制进行探讨。方法：基于TCMSP数据库筛选湿润烧伤膏主要活性成分和作用靶点，从GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库中查找糖尿病溃疡相关靶点，使用STRING 11.5数据库构建蛋白互作（PPI）网络筛选核心靶点，在Cytoscape 3.8.2软件中制作“药物-靶点-疾病”网络图筛选核心活性成分，使用R语言软件进行基因GO功能和KEGG通路富集分析，最后应用分子对接对筛选结果进行初步验证。结果：筛选出湿润烧伤膏37个活性成分映射100个作用靶点，糖尿病溃疡疾病靶点5 527个，交集靶点77个，PPI网络拓扑分析提示TP53、TNF、HSP90AA1等为关键靶点；“药物-靶点-疾病”网络图显示刺槐素、汉黄芩素、槲皮素、吴茱萸次碱等为核心活性成分；GO功能分析主要涉及血管生成、离子转运、管径调节、细胞因子受体结合等过程，KEGG富集分析主要包括PI3K-Akt、AGE-RAGE等信号通路；分子对接显示核心活性成分和关键靶点均具有较好的对接活性。结论：湿润烧伤膏治疗...     

基于“成分-靶点-通路”网络和分子对接技术的泻火消瘿方治疗格雷夫斯病药效物质基础和作用机制初探

目的  基于网络药理学和分子对接技术研究泻火消瘿方治疗格雷夫斯病(Graves diseases,GD)的药效物质基础和作用机制。方法  通过数据库收集泻火消瘿方中药材的化学成分及作用靶点集,再检索GD相关靶点集。构建泻火消瘿方治疗GD的“药材-成分-靶点”网络及靶点蛋白相互作用(PPI)网络。进行KEGG和GO富集,预测其作用机制,并进行关联性分析。最后将筛选出的活性成分与关键靶点进行分子对接。结果  获得泻火消瘿方化合物92个,相应靶点227个。PPI网络筛选出了核心靶点18个。得到KEGG通路192条(P < 0.05),GO条目2 385个(P < 0.05),其中BP条目1 988个,CC条目255个,MF条目142个。分子对接结果显示,泻火消瘿方核心成分与潜在关键靶点具有较好的结合活性,与目前可能治疗GD药物的亲和力相近。结论  泻火消瘿方相关作用靶点及代谢通路为进一步研究泻火消瘿方治疗GD的药效物质基础及作用机制提供依据。      

基于网络药理学和分子对接技术探讨冠心Ⅲ号方治疗冠心病潜在分子机制

目的基于网络药理学和分子对接技术探讨冠心Ⅲ号方治疗冠心病潜在分子机制。方法通过查询TCMSP数据库获取冠心Ⅲ号方的活性成分及作用靶点,通过TTD数据库、OMIM数据库、Gene Cards数据库、Drug Bank数据库、Pharm Gkb数据库获取治疗冠心病的作用靶点,使用Venn Diagram取药物和疾病共有交集靶点,利用String数据库对靶点构建蛋白互作网络,并利用R语言进行KEGG及GO分析,使用CB-DOCK数据库进行分子对接。结果筛选后得到冠心Ⅲ号方作用于冠心病的有效成分88个,靶点294个,和治疗冠心病靶点有239个共有靶点。MAPK1、MAPK3、ATK1、STAT3、JUN是整个网络的节点蛋白,涉及PI3K-AKT、血流剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路,参与氧化应激、脂多糖应激等反应。分子对接结果表明冠心Ⅲ号方的主要有效成分与靶蛋白的结合力较强。结论冠心Ⅲ号方可能通过PI3K-Akt信号通路治疗冠心病。     

基于网络药理学和分子对接探讨理气中药枳壳改善非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接研究枳壳改善非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制。方法以化合物的口服生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)、GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET等数据库,并结合课题组前期对枳壳成分分析研究,筛选枳壳主要活性成分及改善NAFLD的作用靶点。采用Cytoscape3.7.2软件构建中药-活性成分-靶点网络,采用STRING系统进行PPI网络分析提取核心网络,通过Metascape平台进行基因功能(GO)和通路注释(KEGG)富集分析。最后通过分子对接验证枳壳关键活性成分与核心靶点的作用特点。结果经筛选得到枳壳干预NAFLD的主要有效成分为β-谷甾醇、柚皮苷、川陈皮素、新橙皮苷;关键靶点为AKT1、TNF、TP53、CAT、JUN、MAPK8等;GO分析包括患者体内营养水平、氧化应激等;KEGG主要涉及NAFLD、AGE-RAGE、TNF等信号通路。分子对接结果显示,枳壳活性成分与核心靶点有较好的结合力。结论枳壳活性成分可通过多靶点、多通路发挥改善NAFLD的作用,其中主要涉及胰岛素抵抗、氧化应激和炎症反应等机制。     

基于网络药理学和分子对接探究枸杞子治疗膝骨关节炎的潜在作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法获取枸杞子有效成分靶点,探究其治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 利用TCMSP、Uniprot、Gene Cards、OMIM等数据库获取枸杞子有效成分的潜在靶点及KOA疾病相关靶点基因,在DAVID数据库进行GO富集分析与信号通路富集分析,利用微生信在线绘图软件进行可视化分析,借助String数据库及Cytoscape3.9.2软件构建枸杞子活性成分-疾病靶点网络、枸杞子治疗KOA蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,最后运用StoneMIND Collector和Discovery Studio Client 2019对有效成分及主要作用靶点进行分子对接。结果 网络药理学预测显示枸杞子治疗KOA主要活性成分可能为槲皮素、β-谷甾醇、黄豆黄素等,关键靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6 (IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (AKT-1),通过参与调控晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGEs-RAGE)信号通路、癌症信号通路、白细胞介素17 (IL-17)信号通路发挥治疗作用。分子对接结果提示关键活性成分与关键靶点具有较好的...     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...