川产羌活种质遗传多样性的RAPD分析

目的考察羌活Notopterygium incisum的遗传特征,探讨不同产地且有形态变异的羌活种质资源的遗传多样性、遗传分化及与环境因子的相关性。方法用RAPD方法选择15个随机引物对四川西部4个居群33株个体叶片DNA进行扩增,从个体间遗传关系及居群间遗传分化方面对羌活的遗传结构进行分析。结果RAPD共检测到185条谱带,其中128个位点为多态位点,多态性百分率为69.19%,Nei's基因多样性为0.2237,Shannon's信息指数为0.3375;壤塘和九龙居群聚为一类,理县和泸定居群聚为一类;茎秆颜色花纹性状与遗传差异间未表现明显相关性,不同性状的羌活个体仍主要按居群,即产地来源聚类;羌活居群内和居群间的变异分别占总变异的74.67%和25.33%;羌活居群间的遗传距离与地理距离间没有明显相关性(r=-0.1105,P=0.5855);羌活4个居群遗传多样性大小与年均温负相关,未达到显著水平(r=-0.771,P=0.229);与年均降雨量正相关,但相关不显著(r=0.291,P=0.709)。结论本研究表明羌活遗传多样性水平较高;羌活的遗传变异主要分布在居群内,但居群间已形成一定的遗传分化;壤塘和九龙羌活个体间的遗传距离较小,各自遗传背景较为相似。产地差异对遗传变异的影响大于因其茎秆颜色花纹不同所造成的影响。     

绞股蓝的遗传多样性和群体结构研究

目的研究绞股蓝Gynostemma pentaphyllun的遗传多样性和群体遗传结构,为绞股蓝植物资源的保护和合理利用提供理论依据。方法利用6对SSR引物对绞股蓝28个自然居群426份个体进行研究,计算遗传参数,分析遗传多样性,进行聚类分析。结果绞股蓝遗传多样性水平较低:平均多态性位点比率(PPL)为58.33%,Nei’s遗传多样性指数(He)平均为0.18,Shannon指数(I)在0.02~0.50。AMOVA揭示遗传变异主要存在于居群间(居群间变异78.86%,居群内变异21.14%),居群遗传分化(FST=0.673)明显,基因流水平(Nm=0.142)较低。聚类分析表明不同倍性的居群间遗传关系较为明显。结论绞股蓝自然居群遗传多样性较低,群体遗传结构清晰;建议对绞股蓝遗传多样性水平较高的居群进行原地保护,同时对一些包含特有基因型的居群进行原地和迁地重点保护。     

基于ISSR的连翘遗传多样性研究

目的研究不同居群连翘的遗传多样性。方法采用ISSR分子标记技术对连翘25个自然居群的样本进行分析,利用POPGENE32软件分析多态位点百分率(P)、Nei’s基因多样性指数(H)及Shannon多样性指数(I);居群间遗传一致度采用NTSYSpc-2.10软件进行聚类分析。结果选出13条ISSR引物,扩增出353条清晰条带,物种水平P为100%,H为0.252 3,I为0.394 0,遗传分化系数(Gst)为0.331 8,居群间基因流(Nm)为1.007 0,遗传距离0.031 0～0.155 5;NTSYSpc软件进行系统聚类,将25个聚群划分为2大类,7分组;连翘个体间进行聚类分析,195份连翘样品划分为2大类,5分组。结论连翘种群遗传多样性水平较高,但连翘种群间遗传距离与地理距离没有相关性,与生态因子和生长环境有关。     

基于ISSR的甘肃中麻黄遗传多样性研究

目的研究甘肃不同居群中麻黄Ephedra intermedia的遗传多样性。方法应用ISSR分子标记技术对甘肃省11个居群的中麻黄样本进行分析,利用POPGENE 32软件分析Nei’s基因多样性指数(H)等遗传信息参数,应用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 12条引物共检测到175个位点,其中多态性位点150个,多态位点百分率(PPL)为85.71%。中麻黄居群间的H为0.211 4,Shannon’s多样性信息指数(I)为0.332 1,种群间基因分化系数(Gst)为0.259 3,基因流(Nm)为1.428 6,遗传距离0.014 4~0.159 8。结论甘肃中麻黄种群遗传多样性水平较高,但居群内遗传多样性水平低于居群间;中麻黄种群的遗传变异主要存在于居群内;亲缘关系与地理分布具有一定的相关性。     

基于SRAP分子标记的何首乌种质遗传多样性和群体结构研究

目的 探究何首乌Polygonum multiflorum种质的遗传多样性和居群结构,为何首乌种质资源的保护及合理利用提供参考。方法 采用SRAP分子标记方法,利用Structure 2.3.4、NTSYSpc、Popgen 32和MEGA 7软件对数据进行统计,获得何首乌居群的多样性水平、遗传距离、遗传分化程度、聚类结果和群体分析结果。结果 何首乌野生居群遗传多样性大于栽培居群,多样性主要来自居群间。野生居群中,四川和重庆居群的遗传多样性较高,何首乌样品间遗传距离与地理距离无明显相关性;何首乌样品的邻接法（neighbor joining,NJ）聚类结果与地理分布相符,相同采集点样品可聚在一起。结果还显示农户栽培品亲缘关系近,说明品种间存在相互引种情况。居群结构分析表明,大部分何首乌样品的血缘组成较为单一,且K=16时,样品分类效果最佳,而分类结果则与NJ聚类基本一致。结论 SRAP分子标记是何首乌遗传多样性估计和种群关系的有效分析工具,而地形复杂性可能是影响何首乌遗传多样性程度的重要因素,另外,广西所产棱枝何首乌在何首乌种群中表现出特异性,与其他种源遗传距离大,支持将其列为何首乌的...     

野生与栽培当归遗传多样性比较

目的比较野生当归Angelica sinensis与栽培当归的遗传多样性。方法应用ISSR分子标记对48个栽培当归居群和7个野生当归居群1 038个样本进行扩增,利用Popgen 1.32软件对其Shannon’s多样性信息指数(I)等遗传信息参数进行分析,并利用SPSS 19.0中的独立样本t检验进行差异显著性检验;运用Gen Al Ex 6.5软件对野生和栽培当归2个组群遗传变异进行AMOVA分析;应用NTSYS软件构建当归野生和栽培各居群的Nei’s遗传距离UPGMA聚类树状图,并使用Gen Al Ex6.5软件中的Mental test分析遗传距离与地理距离的相关性。结果野生当归居群和栽培当归居群的多态位点百分率(PPB)为83.77%和96.10%,I平均值为0.221 7和0.282 8,Nei’s基因多样性指数(H)平均值为0.344 4和0.434 3,且存在极显著差异(P0.001);野生和栽培当归居群的种群间遗传分化指数(Gst)、基因流(Nm)值分别为0.299 1、1.171 8和0.733 4、0.181 7,组间变异百分比为15.85%,居群间变异百分比为54.3%,居群内变异百分比为29.85%;遗传距离变化范围0.014 4~0.730 7。结论当归野生居群的遗传多样性低于栽培居群,野生居群间的遗传分化程度明显低于栽培居群,当归总的遗传变异来自于居群间,野生居群与栽培居群亲缘关系较远,且遗传距离与地理距离存在相关性。     

基于ISSR的甘肃不同产区栽培当归遗传多样性研究

目的研究甘肃不同产区栽培当归的遗传多样性。方法应用ISSR分子标记技术对甘肃省41个居群的栽培当归样本进行分析,利用Popgene 32软件分析Nei’s基因多样性指数(H)等遗传信息参数,应用Ntsys软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 8条引物共检测到154个位点,其中多态性位点119个,多态位点百分率(PPB)为77.27%。栽培当归居群间的H为0.222 9,Shannon’s多样性信息指数(I)为0.337 4,种群间基因分化系数(Gst)为0.683 9,基因流(Nm)为0.2311,遗传距离变化范围0.042 9~0.327 8。结论甘肃栽培当归遗传多样性在物种水平上较高;居群间遗传多样性水平明显高于居群内;居群间遗传分化程度大,且基本无基因交流。     

基于ISSR标记的麻花艽遗传多样性分析

目的探讨秦艽基原植物之一麻花艽Gentiana straminea的遗传多样性,并构建DNA指纹谱。方法在其自然分布区广泛取样,共涉及西藏、青海、甘肃及四川等地28个居群83份样本,应用ISSR分子标记技术,POPGEN软件分析遗传信息参数,NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果从100条引物中筛出7条多态性好、条带清晰的引物用于ISSR分析。共检测到95个条带,其中多态性条带88个,多态性条带百分率(PPL)为92.63%;麻花艽居群间的期望杂合度(H_e)为0.288 2,多样性信息指数(I_m)为0.437 1,种群间基因分化系数(G_(st))为0.678 3,基因流(N_m)为0.237 1,遗传距离为0.074 3~0.490 0。UPGMA树将麻花艽居群主要分为2大支。结论麻花艽种群遗传多样性水平较高,居群间遗传多样性水平高于居群内;其遗传变异主要存在于居群间;遗传特性与地理分布具有一定相关性。该工作可为麻花艽品种鉴定、物种就地保护、探讨环境等因素对于遗传分化的影响及药材道地性研究提供基础资料。     

基于ISSR的野生红芪种质遗传多样性与遗传结构研究

目的研究甘肃野生红芪种质资源的遗传结构及遗传多样性。方法收集15份武都、宕昌红芪自然分布区野生种质样本,采用ISSR标记技术扩增,POPGENE 1.32软件计算遗传多样性参数,NTSYS软件进行UPGMA与PCo A分析,采用Arlequin 31开展分子变异分析,运用structure 2.3.4软件开展居群结构分析。结果 9条引物总共扩增出173条条带,多态性条带数为126,多态性比率为72.83%,取样野生红芪种群的多态性位点比率(PPL)为49.71%~61.85%,平均多态性比率为55.78%。红芪种群的总体物种水平的等位基因观察数(Na)为1.728 3,有效等位基因数(Ne)为1.364 6,Nei’s基因多样性指数(H)为0.224 2,Shannon’s指数(I)为0.334 5。野生红芪种质的Nei总基因多样性为0.223 0,Nei’s种群内基因多样性为0.192 1,Nei’s基因分化系数为0.138 9,基因流为3.099 4。野生红芪种质种群间的变异为16.36%,种群内的变异占83.64%,遗传变异主要发生在种群内。UPGMA、PCo A与居群结构分析均表明取样野生红芪种质种群可分为2类,Mantel相关性检测发现,遗传分化与地理距离呈中等程度相关性。结论取样野生红芪种质具有丰富的遗传多样性,遗传结构呈现出遗传分化主要发生在种群内与多年生的特征,为保护与开发利用红芪种质资源提供了理论基础。     

新疆伊贝母种质资源的ISSR遗传多样性分析

目的分析新疆16个地区伊贝母种质资源的简单重复区间序列(ISSR)遗传多样性。方法采用ISSR分子标记技术,对16个居群128份样品进行遗传多样性分析。结果在74条引物中共筛选出15条条带清晰、多态性好的引物,然后共扩增出239条条带,其中227条具多态性,占94.98%。伊贝母居群的遗传多样性水平为Na=1.949 8,Ne=1.342 6,H=0.219 0,I=0.350 3,Ht=0.222 7±0.026 6,Hs=0.104 6±0.005 5,Gst=0.530 4,基因流(Nm*)=0.442 7,遗传一致度(I)=0.734 4~0.966 6,遗传距离(D)=0.034 0~0.308 8。由此可知,伊贝母种质资源在整体上有较高的遗传多样性,遗传变异存在于居群间,但基因交流程度比较有限。结论新疆贝母和伊犁贝母可被区分开,遗传相似系数介于0.69~0.95之间。     

罂粟属植物核心DNA条形码的筛选

DNA条形码(DNA barcoding)技术是一种准确、高效且对操作人员要求不高的物种鉴定技术。为了筛选出适合罂粟属的DNA条形码,从GenBank上获得罂粟属植物共69条序列,包括21条ITS序列,10条matK序列,8条psbA-trnH序列,14条rbcL序列和16条trnL-trnF序列。应用Mega 6.0软件分析了罂粟属的ITS,matK,psbA-trnH,rbcL,trnL-trnF序列的特征,通过计算序列的种内、种间距离,评估序列的Barcoding Gap和构建NJ,UPGMA系统发育树进行分析。分析结果表明:trnL-trnF不仅种内变异和种间变异差别最大,而且有明显的barcoding gap,种内变异和种间变异重合较少,能较好地区分不同种类的罂粟;所构建的NJ和UPGMA系统发育树,也能将全部物种区分开。综合考虑,建议把trnL-trnF作为鉴定罂粟属植物的核心条形码,结合其他片段作为组合条形码。     

野三七转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究

目的 分析野三七Panax vietnamensis var. fuscidiscus（PVF）转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列（SSR）引物,以期为野三七分子标记辅助育种提供有力工具。方法 利用MISA工具筛选了野三七转录组测序获得的126 758条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer3设计SSR引物,并随机选择30对SSR引物对13株不同来源的野三七进行多态性扩增分析。结果 在野三七的转录组中,共搜索到21 320个SSRs,分布于17 780条unigenes,SSR位点出现频率为16.82%。SSRs位点中二核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的52.52%;其次是三核苷酸重复基序（28.08%）。SSRs所包含的重复基元中,二核苷酸重复基元AG/CT和AT/AT是优势重复基元类型,占总SSRs的46.25%。利用Primer3共设计出39 336对SSR引物。随机选择30对引物进行PCR扩增,其中29对（96.67%）扩增出清晰、可重复的条带,15对（50.00%）扩增条带表现出多态性。利用UPGMA作图,将13个材料分为2类。结论 野三七转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。     

椪柑柠檬苦素-UDP-葡萄糖基转移酶基因的克隆、分析及表达

目的克隆中药橘核主要来源品种椪柑Citrus reticulata的柠檬苦素-UDP-葡萄糖基转移酶(limonoid-UDP-glucosyl transferase gene,LGT)基因,并进行生物信息学及表达分析为橘核有效成分合成及调控机制研究提供基础。方法克隆获得LGT序列,通过生物信息学对该基因蛋白的特征进行分析,构建LGT与相关物种LGT的系统进化树,利用RT-PCR分析橘皮、橘肉以及橘核中LGT基因表达量,并进行分析和比较。结果测序所得椪柑LGT序列全长为1 530 bp,具有1 509 bp的完整开放阅读框,编码502个氨基酸。并对其蛋白二级、三级结构进行了分析和预测。基因表达分析结果发现椪柑LGT基因在橘核中表达量最低,其次为橘皮,表达量最高为橘肉。结论成功克隆、分析并表达了椪柑LGT基因,为橘核中柠檬苦素类物质合成及调控机制研究提供基础。     

基于RAPD的福建产南方红豆杉遗传多样性研究

目的对福建省23个不同地理种源的南方红豆杉Taxus chinensis var.mairei进行分析,以揭示其种源和种群的遗传多样性,为南方红豆杉资源的收集与保护提供一定的理论依据。方法利用RAPD分子标记技术,对福建省23个不同地理种源的南方红豆杉的遗传多样性进行分析。结果物种水平上的观测等位基因数(Na)为1.974 4,有效等位基因数(N_e)为1.603 8,Nei’s基因多样性指数(H)为0.351 3,Shannon多样性指数(I)为0.522 8。不同种源的南方红豆杉的遗传多样性相对较高。通过对种源和种群的遗传多样性分析,发现23个不同种源的南方红豆杉的遗传距离变化幅度为0.240 4~0.912 0,遗传相似度的变化幅度为0.401 7~0.786 3。7个不同种群的南方红豆杉群体的遗传距离变化幅度为0.021 0~0.379 4,遗传相似度的变化幅度为0.684 3~0.979 2。根据Nei法计算南方红豆杉7个种群遗传多样性遗传相似度(D_(st))为0.108 8,分化指数(G_(st))为0.369 0,基因流系数(N_m)为0.855 0,总的遗传变异中有36.9%的变异存在于群体间,群体内的变异63.1%,种群内存在明显分化。结论不同种源间的南方红豆杉存在一定的遗传变异,但不同种群间的南方红豆杉群体的相似度又比较高,亲缘关系较近。     

肉豆蔻、麸煨肉豆蔻中总木脂素的含量测定

目的:建立肉豆蔻、麸煨肉豆蔻中总木脂素的含量方法.方法:采用紫外分光光度法,以去氢二异丁香酚为对照品,测定波长275 nm.结果:去氢二异丁香酚质量浓度在1.5～9.0 mg·L-1与吸光度呈良好线性关系,r=0.999 8,平均回收率97.6％(n=6),RSD 1.2％.结论:建立的方法简便、快速、重复性好.     

温郁金SRAP-PCR反应体系建立及条件优化

目的研究温郁金Curcuma wenyujin的SRAP-PCR扩增体系最适宜的条件。方法以提取纯化温郁金基因组DNA为模板,利用PCR扩增技术,对SRAP反应中主要影响因素Mg2+浓度、d NTP浓度、模板DNA质量浓度、引物浓度、Taq聚合酶浓度进行优化。结果根据实验确定的最佳体系为25μL SRAP反应体系,其中Mg2+2.0 mmol/L,Taq聚合酶2.0 U,引物浓度1.6μmol/L,模板DNA 0.4 ng/μL,d NTP 2.0 mmol/L,10×PCR缓冲液2.5μL。结论通过扩增条件优化实验,扩增的产物条带清晰明亮、重复性好,确定的反应体系及反应程序适用于温郁金的SRAP分子标记,为今后温郁金的遗传多样性研究奠定了基础。     

HPLC测定秃叶黄皮树和黄皮树中5种有效成分的含量

目的: 测定秃叶黄皮树和黄皮树中黄柏碱、木兰花碱、巴马汀、小檗碱、黄柏酮的含量,并比较不同品种黄柏药材有效成分含量的差异。 方法: 采用HPLC,Xtimate C₁₈色谱柱（4.6 mm×250 mm,5 μm）,流动相乙腈（A）-0.1%磷酸水溶液（B）,梯度洗脱,检测波长220 nm,流速1.0 mL·min^-1,柱温30℃。 结果: 5 种成分在上述条件下分离良好。黄柏碱、木兰花碱、巴马汀、小檗碱、黄柏酮分别在0.001 7~0.07,0.002~0.08,0.000 5~0.02,0.01~0.4,0.000 5~0.02 g·L^-1呈良好线性关系,r分别为0.999 9,0.999 9,0.999 9,0.999 9,0.999 5,平均回收率均>97%,（RSD<3%,n=9）。 结论: 该方法简便、准确、重复性好,可作为秃叶黄皮树与黄皮树质量控制的方法。秃叶黄皮树中黄柏碱、木兰花碱、巴马汀、小檗碱、黄柏酮含量与黄皮树无明显差异;且已成为黄柏药材的主流商品,建议将秃叶黄皮树与黄皮树一同作为黄柏收入药典。     

藏柴胡中三萜皂苷类成分的研究

该研究主要探究藏柴胡中的三萜皂苷类成分。采用大孔吸附树脂,MCI,硅胶,ODS,MDS柱色谱以及半制备高效液相色谱等分离纯化方法,从藏柴胡70%乙醇(含0.5%氨水)提取物中得到12个化合物。利用高分辨质谱、核磁共振等波谱手段鉴定其结构分别为柴胡皂苷b2(1),柴胡皂苷a(2),柴胡皂苷b1(3),柴胡皂苷d(4),hydroxysaikosaponin a(5),柴胡皂苷b3(6),柴胡皂苷c(7),柴胡皂苷i(8),柴胡皂苷f(9),chikusaikosidesⅡ(10),柴胡皂苷s(11),柴胡皂苷I(12)。12个化合物均属齐墩果烷型三萜皂苷类化合物,其中化合物1,3,5,8~9,11~12均为首次从该植物中分离得到。体外抗流感病毒实验表明在20μmol·L-1下,化合物2,4,6,8,11~12对流感病毒WSN33具有较明显抑制作用,其抑制率分别为91.3%,88.6%,53.4%,61.3%,77.3%,57.4%。     

珍稀濒危植物卵叶羌活自然群体遗传变异的地理分布研究

目的检测珍稀濒危药用植物卵叶羌活自然群体遗传变异的地理分布式样和结构。方法利用二代简化基因组测序技术开发卵叶羌活的微卫星分子标记(SSR)引物,并对覆盖卵叶羌活整个自然地理分布范围的群体样品进行遗传多态性分析。结果通过基因组de novo组装共获得了780条含SSR位点的基因片段序列;筛选出10对具有较高多态性的SSR标记引物,对卵叶羌活整个自然地理分布区的6个群体共105个样品进行遗传变异分析,发现每条引物的等位基因数(No)在1～6(平均值为3.530);每个群体的平均观测杂合度范围在0.305～0.457,说明卵叶羌活具有中到高度水平的遗传变异。基于Bayesian的群体结构分析表明,卵叶羌活的6个地理群体可以分为2个大的遗传分组,两组之间存在着一定程度的基因交流或遗传渐渗。结论二代高通量简化基因组测序技术极大丰富了珍稀濒危植物卵叶羌活的SSR数据库,其自然群体遗传变异式样可能与该物种较长的进化历史以及不同地理群体之间长距离的花粉扩散有关。     

基于SSR分子标记的滇重楼遗传多样性研究

目的研究滇重楼Paris polyphylla var.yunnanensis自然居群的遗传多样性,为滇重楼资源的保护和合理利用提供数据。方法采用SSR分子标记对滇重楼5个不同居群共115份样品进行遗传多样性分析。结果筛选出8对可用SSR引物,多态位点百分率(PPB)为100%,多态信息量(PIC)为0.745 6。在居群水平和物种水平上,观测等位基因数(N_a)分别为8.425 0和17.750 0,有效等位基因数(N_e)分别为4.960 9和7.500 7,观测杂合度(H_o)分别为0.295 5和0.294 8,期望杂合度(H_e)分别为0.654 8和0.774 4,Shannon’s信息指数(I)分别为1.520 1和2.038 6。遗传分化系数(F_(st))为0.172 8,基因流(N_m)为1.196 6。利用UPGMA聚类分析,将5个居群分为2类。结论滇重楼遗传多样性水平较高,居群内和居群间具有一定的遗传分化。对保护和发展滇重楼资源提出若干措施,为滇重楼的保护和科学可持续利用提供参考。