郴州市住院腹泻患者艰难梭菌感染状况及其基因特征

目的 通过对住院腹泻患者粪便中艰难梭菌的分离培养和毒力基因检测及分型,了解郴州市住院腹泻患者艰难梭菌感染状况。方法 收集2020年10-12月湘南学院附属医院、郴州市第一人民医院和郴州市第三人民医院住院腹泻患者粪便标本306例,厌氧培养法分离艰难梭菌菌株,采用荧光聚合酶链反应(RT-PCR)检测A、B毒素基因tcdA、tcdB及二元毒素基因cdtA、cdtB,并对分离的艰难梭菌菌株进行多位点序列分型(MLST)。结果 郴州市住院腹泻患者产毒艰难梭菌核酸阳性率为8.17%(25/306),>60岁患者感染风险更高(χ²=5.499,P=0.019); 306份标本中分离出17株艰难梭菌,粪便标本荧光PCR检测有25份阳性,二者比较有统计学差异(P=0.008),毒力基因检测均为tcdA2=5.499,P=0.019); 306份标本中分离出17株艰难梭菌,粪便标本荧光PCR检测有25份阳性,二者比较有统计学差异(P=0.008),毒力基因检测均为tcdA⁺tcdB+tcdB⁺,未检出二元毒素;选取7株艰难梭菌进行MLST分型,分出5个ST型,ST54型(3株)、ST129型(1株)、ST98型(1株)、ST53(1株)和ST631(1株)。结论 郴州市住院腹泻患者艰难梭菌感染率较低,感染毒素类型为tcdA+,未检出二元毒素;选取7株艰难梭菌进行MLST分型,分出5个ST型,ST54型(3株)、ST129型(1株)、ST98型(1株)、ST53(1株)和ST631(1株)。结论 郴州市住院腹泻患者艰难梭菌感染率较低,感染毒素类型为tcdA⁺tcdB+tcdB⁺,呈多种ST流行。     

神经外科住院患者定植及感染产毒艰难梭菌的分子流行病学特征

目的 研究神经外科住院患者定植及感染产毒艰难梭菌的分子流行病学特征。方法 采用前瞻性研究方法，选取2018年11月-2019年4月所有徐州医科大学附属医院神经外科新入院的成年患者161例为研究对象。在入院后48 h内、入院后每周及发生腹泻时分别采集粪便标本，本研究的主要临床结局是发生艰难梭菌感染(CDI),未发生CDI的患者随访至出院或死亡。对采集的粪便标本进行艰难梭菌培养及毒素基因检测，对所有的产毒艰难梭菌进行多位点序列分型。结果 从41名患者的粪便中培养分离出产毒艰难梭菌共计50株，其中，30株菌株tcdA及tcdB阳性，占60.00%;17株菌株仅tcdB阳性，占34.00%;3株菌株tcdA、tcdB及cdtA-cdtB均阳性，占6.00%。7名患者发生CDI,CDI发病率为4.35%,其中6名患者在入院时定植产毒艰难梭菌。将分离的50株产毒艰难梭菌进行多位点序列分型，共分析出14个ST分型，其中3株二元毒素阳性菌株均为ST5型。研究期间，患者4与患者31、患者13与患者19检测到相同的ST型，且居住过同一病房或床位。结论 本研究未分离到高毒力菌株ST1/RT027型或ST11/RT078型。研究期间存在产毒艰难梭菌定植患者传播艰难梭菌的可能，但有待进一步采用全基因组测序分型进行验证。     

医务人员携带艰难梭菌的检测分析

目的了解医务人员中艰难梭菌携带及分子流行特征,为防控提供依据。方法收集嘉兴市第二医院2016年部分医务人员和来院健康体检成人粪便,经厌氧培养获得艰难梭菌,并结合毒素基因检测和多位点序列分型进行综合分析。结果医务人员组183份粪便标本中共分离到13株艰难梭菌,阳性率为7.10%,而健康体检成人组310份标本分离到8株,阳性率为2.58%,两者差异有统计学意义(χ~2=5.773,P=0.016);艰难梭菌阳性的医务人员,均未有腹泻症状,考虑定植,并相对散发;医务人员组tcdA~+tcdB~+菌株9株,tcdA~-tcdB~+菌株1株,tcdA~-tcdB~-菌株3株,产毒率为76.92%;多位点序列分型中,医务人员组CD发现多种ST型,但没有发现明显的优势型别。结论医务人员粪便艰难梭菌的定植相对散发,但较高的粪便阳性率和菌株产毒率亟需引起重视并加强院感防控,预防暴发流行。     

重症监护室腹泻患者中艰难梭菌感染的基因分型及耐药性分析

目的探讨艰难梭菌在ICU腹泻患者中的检出率、耐药率、基因型,为临床防治艰难梭菌感染提供科学依据。方法对2015年4月-2017年6月本院ICU中发生腹泻的患者,进行粪便的艰难梭菌分离鉴定,并通过PCR方法检测其毒素基因;对产毒艰难梭菌进行多位点序列分型和用E-test进行药敏试验。结果在314份无重复标本中分离得到65株产毒素艰难梭菌,其中毒素A阴性、毒素B阳性的菌株(A-B+)有14株(21. 5%,14/65),毒素A和毒素B菌均为阳性的菌株(A+B+)有51株(78. 5%,51/65);共有15种ST型,其中ST-54、ST-37、ST-3、ST-35和ST-8为主要的ST型,分别占23. 1%、16. 9%、12. 3%、9. 2%和9. 2%。产毒素艰难梭菌对甲硝唑、万古霉素敏感。结论艰难梭菌感染在本院ICU患者中较为常见,其主要流行菌株与国内其他报道相类似;临床应加强对艰难梭菌的监测,万古霉素和甲硝唑可作为艰难梭菌感染的首选经验用药。     

艰难梭菌克隆分布及药物敏感性现状分析

目的探讨杭州地区医院获得性腹泻患者艰难梭菌的克隆分布及药敏表型特征。方法对2013年1月-2016年12月间浙江大学医学院附属第一医院及邵逸夫医院医院获得性腹泻患者的粪便标本进行艰难梭菌(Clostridium difficile,CD)培养初筛,初筛阳性菌株通过PCR扩增及测序分析16-23SrRNA基因及毒素基因(tcdA及tcdB基因),以明确CD菌种以及是否为产毒菌株;以MLST技术对产毒CD菌株进行同源性分析;并对CD菌株进行药敏敏感性试验。结果共培养CD菌株61株,其中54株为产毒菌株,tcdA及tcdB基因阳性菌株数分别为1株(A+B-)和53株(A-B+),未发现毒素基因双阳性菌株;产毒菌株来源于11个不同ST型别,其中7个ST型别为已知的;各ST型别间亲缘关系较远,ST54型别是最主要流行克隆型别占38.9%(21/54),其次是ST2、ST35和ST37,各占比13.0%(7/54);万古霉素及甲硝唑为敏感性最高的药物,未发现耐药菌株,其次是左氧氟沙星、四环素和环丙沙星,耐药率分别为16.6%、31.4%和38.8%,克林霉素及夫西地酸耐药率最高均为96.3%。结论毒素表型A-B+的ST54型艰难梭菌为本地区主要流行克隆,万古霉素和甲硝唑是有效的治疗CDI的抗菌药物。     

广州腹泻患者艰难梭菌的分离鉴定、毒素类型和MLST分型

目的了解广州地区腹泻患者中艰难梭菌(CD)的分布、毒素类型和基因型。方法 PCR直接检测粪便中CD tpi基因、毒素基因tcd A、tcd B和cdt A/cdt B。对tpi阳性的标本富集芽孢后,进行厌氧分离培养CD及分子鉴定,同时对菌株进行MLST分型。结果 467份标本的tpi基因阳性率为6.2%(29/467);29份tpi阳性标本的CD培养阳性率为75.9%(22/29);22株CD可分成9种不同的ST型,其中ST54、ST3为相对优势型别,未检测到高产毒株ST1和ST11。结论目前广州地区腹泻患者中CD感染发病率不高,感染多为散发,未发现CD高产毒菌株和暴发流行。对于腹泻患者粪便标本,先采用PCR检测CD种特异性tpi,再富集芽孢厌氧培养和鉴定CD的方法,是一种经济、实用的实验室检测方法。     

老年人群分离艰难梭菌分子型别特征研究

目的对不同老年人群粪便中艰难梭菌进行分离培养、鉴定以及分子型别特征研究,分析其规律特征,为积极有效地预防与控制老年人群艰难梭菌感染提供数据支持。方法收集2010年1月~2016年12月不同老年人群的粪便样本,厌氧培养艰难梭菌,并使用多位点序列分型(MLST)、毒素基因A、B和二元毒素检测、核糖体分型的方法,对老年人群分离的艰难梭菌进行研究分析。结果 116名老年人的粪便样品中分离出艰难梭菌;MLST分型得到32个型别,其中ST3、ST2、ST35、ST11为主要型别,新发现型别ST332及ST473;老年人群中艰难梭菌以产A毒素、B毒素并二元毒素阴性的菌株为主;经核糖体分型鉴定其中1株为RT027型(ST1型),发现6株RT078型(ST11型),RT001型最为常见。结论老年住院患者是艰难梭菌感染的高危人群,老年人群分离的艰难梭菌多为产毒株,ST37型非主要型别,与以往报道略有不同,并发现引起暴发流行的高毒株,应注重加强老年人群的艰难梭菌检测和预防措施。     

108例艰难梭菌相关性腹泻患者的临床诊治分析

目的回顾性研究三甲综合性医院艰难梭菌感染的流行及治疗。方法收集2015年1月-2016年6月医院收治的852例腹泻患者的粪便标本,进行厌氧培养和药敏试验,对艰难梭菌培养阳性的108株菌株进行毒素基因(tcdA、tcd B)的PCR检测和多位点序列分型。收集所有患者的临床资料,归纳ICU腹泻患者感染艰难梭菌的影响因素。结果艰难梭菌阳性率为12.68%(108/852),毒素基因tcd A和tcd B均阳性占89.81%(97/108)。多位点序列分型分离出33种ST型,主要为ST54型(17.59%)、ST3型(15.74%)、ST8型(8.33%)、ST2型(7.41%)和ST35型(6.48%),eBURST分析33个ST型无明显的同源性。性别(男性)、年龄和APACHE II评分是ICU腹泻患者艰难梭菌感染的影响因素(P<0.05)。消化内科、ICU、康复科和血液科为检出艰难梭菌感染最多的科室。甲硝唑和万古霉素保持高度敏感,无耐药菌株检出。108例CDI中41例采用非药物治疗,其中好转33例,无效6例,死亡2例。病情较重行药物治疗67例,选择甲硝唑加/不加万古霉素抗CDI治疗,其中好转56例,无效7例,死亡4例。结论腹泻患者中艰难梭菌感染发生率较高,但无高产毒株检出,无证据表明存在艰难梭菌感染的传播和暴发流行,多个科室应列为艰难梭菌感染的感控哨点科室,应规范标本送检,提高送检率。     

学龄前患儿艰难梭菌毒素基因分型及患儿临床特点分析

目的探讨学龄前患儿艰难梭菌毒素基因分型及患儿临床特点。方法选取2017年10月—2020年10月在嘉兴市第二医院儿科住院的148例腹泻患儿为研究对象,所有患儿均留取48 h内粪便,将粪便标本置于-80℃冰箱中,进行艰难梭菌培养,实时荧光定量PCR完成DNA提取及毒素基因检测,酶联免疫吸附法测毒素A/B。结果148例腹泻患者的粪便标本培养出24株艰难梭菌,分离率16.21%。发现粪便标本培养阳性及培养阴性患儿近2个月抗生素使用情况、血红蛋白含量、白蛋白含量及粪便性状差异有统计学意义(P<0.05)。用PCR法对24株艰难梭菌毒素基因检测,tcdA和tcdB均为阳性菌株9株(37.50%),均为阴性3株(12.50%)。tcdA或tcdB阳性有12株(50.00%),其中tcdA^(-)tcdB^(+)菌株9株,tcdA^(+)tcdB^(-)菌株3株。酶联免疫吸附法检测,测得毒素阳性21例,阳性率为87.50%,其中毒素A^(+)B^(-)9例,毒素A^(+)B^(+)6例,毒素A^(-)B^(+)6例。建立logistic回归模型分析,抗生素过去2个月、白蛋白与粪便性状是艰难梭菌感染的危险因素(P<0.05)。结论艰难梭菌培养以产毒株tcdA^(-)tcdB^(+)、A^(+)B^(-)为主,艰难梭菌感染与抗生素过去2个月、白蛋白与粪便性状体有关,为艰难梭菌监测、预防具有指导价值。     

不同产毒类型艰难梭菌耐药性特征分析

目的通过研究临床艰难梭菌菌株的临床特征和耐药性,为临床防治艰难梭菌提供理论依据。方法收集2015年全年分离自临床的艰难梭菌,采用PCR技术检测其毒素基因,采用琼脂稀释法检测其耐药性,对患者的临床资料进行分析。结果共收集临床送检粪便标本144份,分离培养出艰难梭菌33株,艰难梭菌阳性检出率为22.92%;科室分布以神经外科、神经内科和消化科为主;分离所得到的艰难梭菌体外实验均对万古霉素、甲硝唑和替加环素敏感,对红霉素和亚胺培南耐药检出株数最多,其次为克林霉素;33株艰难梭菌毒素基因检测结果 A+B+菌株24株,A-B+菌株1株;未检测到二元毒素基因cdtA和cdtB;产毒菌(25株)和非产毒菌(8株),两组菌株均对万古霉素、甲硝唑和替加环素敏感;非产毒艰难梭菌和产毒菌株对抗菌药物红霉素、亚胺培南、克林霉素、利福平和左氧氟沙星的耐药率比较,虽差异无统计学意义,但均高于产毒菌株;患者感染艰难梭菌后,均出现不同程度的腹泻,使患者病情加重,住院时间延长,并出现2例死亡病例。结论非产毒菌株对多种抗菌药物耐药率均高于产毒菌株,并出现对万古霉素敏感性降低的菌株,提示本地区艰难梭菌耐药性可能增加,甚至可能出现耐万古霉素的艰难梭菌。     

Molecular analysis and genotyping of pathogenicity locus in Clostridioides difficile strains isolated from patients in Tehran hospitals during the years 2007–2010

Background & AimsClostridioides difficile (C. difficile) has been identified as the leading cause of antibiotic associated diarrhea (AAD). Co-carriage of an intact pathogenicity locus (PaLoc) with binary toxin genes in C. difficile strains seems to be linked with severe disease outcomes in the infected patients. Epidemiology of C. difficile infection (CDI) in hospital setting and knowledge about their genetic context help us to decrease the morbidity, mortality, and costs associated with Clostridioides difficile infection. In the present study was aimed to characterize genetic diversity of PaLoc among different C. difficile strains isolated from hospitalized patients and carriage of cytolethal distending toxin gene (cdt) in different hospitals.MethodC. difficile strains were isolated from stool samples of inpatients referred to a reference laboratory from different hospitals and also outpatients with diarrhea, during 2008–2011. DNA was extracted from pure culture of the bacterium and PCR was performed for tcdA, tcdB, tcdE, tcdC, tcdD, and cdu2 genes. Carriage of two binary toxin genes cdtA, cdtB was also determined in these strains. To find clonal strains, similarity of genotypes and integrity of PaLoc among the isolates was compared in each hospital.ResultsThe intact PaLoc was found most frequently among the isolates in the outpatients (19/51, 37.2%, Group I), while incomplete PaLoc found mostly in patients who were hospitalized in the infectious diseases and internal diagnosis wards. tcdA and tcdB genes were detected in different combinations among the studied strains. These strains showed tcdA⁺B⁺, tcdA⁺B⁻, and tcdA⁻B⁺ genotypes in a frequency of 76.4% (39/51), 7.8% (4/51), and 17.6% (9/51), respectively. Analysis of gene composition of the PaLoc showed 19 distinct genotypes among the 51 strains. Accordingly, 38 strains were classified mainly into 6 regular groups, while the remaining strains showed heterogeneous patterns. tcdC⁻/tcdD⁻ constituted the most common genotypic group among the strains with partial PaLoc (7/51, 13.7%). A hypertoxigenic genotype, tcdC⁻/tcdA⁺/tcdB⁺, was detected in 2 strains (2/51, 3.9%). The intact genotype was also detected in a C. difficile isolate from outpatients. Cdt encoding genes toxins was observed in low numbers of the strains (7/52, 13.5%). All of cdtA⁺B⁺ strains were belonged to PaLoc group 1 (intact genotype). Statistical analyses showed no correlation between particular genotypes and special wards of the hospitals (p value>0.05).ConclusionCollectively, our results showed diversity of C. difficile strains in most wards of the studied hospitals. Diversity of PaLoc genotypes in the strains that isolated from the same wards proposed endogenous routes of the infection, as common cause of CDI in these patients.     

纹带棒状杆菌多位点序列分型及应用

目的 建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型（MLST）方法,探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法 筛选出7个管家基因（gyrA、gyrB、hsp65、sodA、secA1、rpoB、16S rRNA）,设计引物并进行PCR扩增和测序,测序所得序列通过SeqMan软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价;采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别（ST）采用M-L法构建系统发育树,采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树,并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。结果 所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物;Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致,提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力;MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs,85.7%的菌株形成克隆复合体（CC）结构,CC19形成了优势克隆复合体,但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论 我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性,CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型,但尚需优化改进。     

粪肠球菌临床株对泰利唑胺体外抗菌活性的研究

目的评价泰利唑胺体外抗粪肠球菌的活性,探讨泰利唑胺不敏感粪肠球菌的耐药机制及其多位点序列分型分布情况。方法收集2011年1月1日—2016年6月30日深圳市南山区人民医院临床分离的粪肠球菌菌株,使用自动化仪器法及微量肉汤稀释法对分离菌株的耐药性进行检测。应用聚合酶链式反应(PCR)方法检测恶唑烷酮类抗生素耐药基因的携带情况,并采用多位点序列分型(MLST)对分离菌株进行分型。结果共获得289株粪肠球菌,来源科室主要为外科(57.4%),标本来源主要为中段尿(126株,43.6%)。289株粪肠球菌对泰利唑胺敏感率为94.1%,对氨苄西林、呋喃西林和万古霉素有较高的敏感性(敏感率为97.9%～99.7%)。MLST结果显示,共分为47个ST型,优势ST分型为ST16和ST179,分别占29.1%(84株)和24.9%(72株),在泰利唑胺不敏感粪肠球菌中,ST16的比例高于ST179(P0.05)。共检出泰利唑胺不敏感粪肠球菌17株,其携带optrA基因比例高于敏感株。结论泰利唑胺对粪肠球菌的抗菌活性整体优于利奈唑胺,但对携带optrA基因的粪肠球菌则未显示出良好的抗菌活性。     

马鞍山地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的分子特征研究

目的 了解马鞍山地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(金葡菌)(MRSA)肠毒素、溶血素分布情况、菌株克隆群关系及其耐药性。方法 采用全自动酶联荧光免疫系统和PCR技术分别检测肠毒素和溶血素基因分布;选择金葡菌的7个管家基因作为目的基因,对34株MRSA和3株甲氧西林敏感金葡菌(MSSA)进行多位点序列分型(MLST),然后与网上数据库比对,获得序列型(ST),根据eBURST的ST进行亲缘性分析;采用琼脂稀释法检测MRSA对12种抗生素的耐药情况。结果 210株金葡菌肠毒素阳性率为50.9%,溶血素基因携带率为97.1%,其中51株MRSA全部含有溶血素基因。34株MRSA有10个ST,以ST239为主(47.1%,16/34),其次为ST5(17.6%,6/34);3株MSSA的ST为ST188、ST1281和ST7。17株患者来源菌株分为6个ST,以ST239为主(35.3%,6/17),其次为ST5(29.4%,5/17);20株食品来源菌株有9个ST别,以ST239为主(45.0%,9/20),其次为ST7(15.0%,3/20)。ST585、ST630以及ST239的亲缘关系较近,其他ST之间亲缘关系较远。除万古霉素外,所有菌株对10种抗生素有不同程度的耐药。结论 金葡菌溶血素普遍存在;ST239为马鞍山地区MRSA的主要优势菌株,各ST间亲缘关系较远。     

我国艰难梭菌核糖体分型库的标准化及应用

目的 建立中国艰难梭菌核糖体分型的标准操作流程并补充和验证核糖体分型数据库,为提高各级网络实验室数据间可比性和建立我国艰难梭菌监测网络提供解决方案。方法 参照国外和本实验室已有的核糖体分型操作流程制定实验室标准核糖体分型操作程序,建立基于BioNumerics 7.6软件分析的数据库使用方法,应用此分型程序和数据库使用方法分析54株欧洲地区及美国标准菌株来评价该数据库,对我国2010-2018年13个城市收集的374株艰难梭菌分离菌株进行分型以补充数据库信息,采用Kappa一致性检验方法分析验证实验一致性强弱。结果 欧洲地区及美国标准菌株的毛细管电泳结果条带清晰、位置稳定,聚类结果快速准确;补充分型结果显示,此次分离株中共出现84种型别,其中25种RT型别与国外标准菌株型别一致,而其余的58种型别不同,并且在40种国外标准菌株型别中,有15种型别本次分型未出现;两次验证结果一致性检验Kappa值为0.891（P<0.01）,两次测定结果具有一致性,其一致性强度为极强。结论 应用基于QIAxcel毛细管电泳仪建立的标准实验室分型操作流程,所获得的电泳结果具有条带清晰、位置稳定的特点,标准化后的核糖体分型库具有良好的实验室间数据可比性和数据共享便捷性。     

山东省2013年致猩红热及无症状携带者A群链球菌分子分型研究

目的 描述2013年山东省致猩红热及无症状携带者A群链球菌(GAS)分子分型特征,探讨各分型方法与emm型别的关联.方法 自猩红热、无症状携带者咽拭分离获得GAS 72株,利用emm、多位点序列分型(MLST)、超抗原(SAg)基因(speA、speC、speG、speH、speI、speJ、smeZ、ssa、speK、speM、speL)检测和脉冲场凝胶电泳(PFGE)对其进行分型检测.结果 72株GAS中,以emm1型(41.67%)和emm12型(56.94%)为主;共检出两种ST型别,其中ST28型31株(43.06%),ST36型41株(56.94%);ST28型与emm1相关(P<0.05),而ST36型与emm12相关(P<0.05);speA、speC、speG、speH、speI、speJ、smeZ、ssa的检出率分别为38.89%、95.83%、97.22%、38.89%、54.17%、41.67%、100.00%、100.00%,speK、speM、speL未检出;emm1型菌株倾向于含有speA、speJ,不含有speH、speI(P<0.05);emm12恰好相反,倾向于含有speH、speI,不含有speA、speJ(P<0.05);PFGE共检出20种型别.结论 2013年山东省致猩红热和无症状携带者中GAS型别分布较为单一,emm型别以emm1和emm12为主;ST型别主要为ST28和ST36,超抗原基因携带以speC、speG、smeZ、ssa为主.各分型方法间存在一定关联.     

Toxicity assessment of Clostridium difficile toxins in rodent models and protection of vaccination

Clostridium difficile is the leading cause of hospital-acquired diarrhea, also known as C. difficile associated diarrhea. The two major toxins, toxin A and toxin B are produced by most C. difficile bacteria, but some strains, such as BI/NAP1/027 isolates, produce a third toxin called binary toxin. The precise biological role of binary toxin is not clear but it has been shown to be a cytotoxin for Vero cells. We evaluated the toxicity of these toxins in mice and hamsters and found that binary toxin causes death in both animals similar to toxins A and B. Furthermore, immunization of mice with mutant toxoids of all three toxins provided protection upon challenge with native toxins. These results support the concept that binary toxin contributes to the pathogenicity of C. difficile and provide a method for monitoring the toxicity of binary toxin components in vaccines.     

贵州省不明原因发热病例钩端螺旋体病原体分离鉴定研究

目的 对贵州省钩端螺旋体（钩体）病疫区不明原因发热病例进行钩体分离鉴定和分子分型，了解其病原学特征，为当地钩体病的防治提供病原学依据。方法 采集贵州省钩体病疫区黔东南州黎平县不明原因发热病例血液和尿液标本进行钩体分离培养，对分离的钩体疑似菌株通过致病性钩体G1/G2-PCR方法进行初步鉴定，进一步采用钩体血清群特异PCR进行分群鉴定，然后采用多位点序列分型（MLST）技术对其进行分子分型，并与国内常见血清群参考菌株进行聚类分析。结果 从35例发热病例血液中分离得到3株钩体疑似菌株，分离率为8.6%，分别命名为17BX002、17BX003和17AJX008；3株菌株经钩体特异性G1/G2-PCR鉴定为致病性钩体；钩体血清群PCR鉴定显示，17BX002株为流感伤寒群钩体，其余2株菌为阴性（排除其为黄疸出血群、赛罗群、犬型、秋季群、流感伤寒群和七日热群）；进一步的MLST显示，17BX002株为ST106型，与流感伤寒群聚类最近，而其余2株为ST96型，与巴达维亚群菌株一致。结论 高发季节贵州省疫区不明原因发热病例中存在钩体感染病例，流感伤寒群和巴达维亚群为贵州省新发现钩体菌群。     

MLST和PFGE在耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌医院感染监测中的应用

 目的 探讨某院重症监护病房(ICU)患者、医院环境中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)菌株的同源性,为医院感染防控提供理论依据。方法 收集2017年9—12月某三甲医院ICU患者、环境中连续分离的CRKP菌株,进行耐药表型、碳青霉烯酶基因检测,采用多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子同源性分析。结果 共收集10株CRKP菌株,其中9株分离自5例患者的临床感染标本,1株分离自气压治疗仪面板。10株菌均携带产KPC酶基因;MLST分型均为ST11型;共有5种PFGE带型,其中5株带型完全一致,为流行菌株,1株菌株与流行菌株带型仅相差1条条带,其余4株菌带型相近,但与流行株带型差异较大。气压治疗仪面板分离的1株CRKP菌株与患者来源的4株CRKP菌株耐药表型、PFGE型别及ST型别完全一致,考虑为仪器共用造成的医院感染。分离自同一重症胰腺炎患者腹腔引流液、血标本的CRKP菌株PFGE带型完全一致,推测CRKP可能通过腹腔感染入血。结论 PFGE和MLST对明确医院感染细菌传播路径,个体细菌感染路径以及遗传变异有重要意义,有助于从切断感染途径方面入手指导控制多重耐药菌的传播。     

Comparative analysis of an expanded Clostridium difficile reference strain collection reveals genetic diversity and evolution through six lineages

Clostridium difficile is an anaerobic bacillus that resides in the gut and has rapidly emerged as a leading cause of antibiotic associated diarrheal disease in humans. The genetic basis of the pathogenicity of C. difficile remains poorly understood. In this study we aimed at characterizing the genetic diversity of C. difficile strains by three different methods (PCR ribotyping, multilocus sequence typing and genetic markers) to improve the typing of C. difficile. Our study was performed on a reference collection (Leeds–Leiden/ECDC) of C. difficile PCR ribotype (RT) strains (n = 70) expanded with six PCR RT strains highly related to the emerging PCR RTs 027 and 078. Besides PCR ribotyping we used multilocus sequence typing (MLST) using seven housekeeping genes (MLST 7HG) that has recently been developed for characterizing C. difficile isolates as well as analysis of unique genetic markers. Evolutionary relatedness of the sequences determined by MLST 7HG was analyzed in phylogenetic analysis. In total 56 MLST 7HG sequence types (STs) were identified, nine of which were new. Phylogeny reconstruction of the reference set of strains supplemented with the online available C. difficile MLST reference database, revealed six monophyletic lineages of closely related STs. ST-122 (PCR RT131) formed a well-separated branch in the tree and was thus designated as a novel lineage. Furthermore, we confirmed that several PCR RTs are highly related to the emerging PCR RTs 027 and 078 since these types display the same STs (ST-1 and ST-11, respectively). Based on the observed results, we conclude that MLST 7HG is a valuable method to study C. difficile phylogeny.