电磁脉冲诱导小鼠肠组织基因表达谱的变化

目的用基因芯片技术研究电磁脉冲(EMP)对小鼠肠组织的生物效应。方法将12只小鼠随机分为正常组和EMP组(每组6只),用200kV/m,200次的电磁脉冲辐照大鼠,于照后第18h,活杀小鼠,取空肠,提取RNA,经反转录后用Cy3、Cy5荧光标记,获得两组动物来源cDNA探针;cDNA探针与基因表达谱芯片进行杂交,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果EMP组与正常组相比,有56条基因表达发生了明显变化,其中有37条基因表达水平明显升高,而19条基因表达量明显下降。在表达异常的基因中有19条基因是已知功能或部分功能的基因,其中α-catenin胞质蛋白、淋巴细胞同型抗原、谷氨酰果糖6磷酸氨基转移酶、核糖体蛋白S17、小富脯氨酸蛋白2A、腺状激肽释放酶、脂氧合酶、醛酮还原酶、RNA结合蛋白、α-胰淀粉酶2、弹性蛋白酶2、p6-5淋巴细胞抑制因子基因等12条为表达上调基因;Jam新连接粘附分子、精氨酸甲基转移酶,Carm1、NNP-1、2-5寡腺苷酸合成酶、Mlark、ATP合成酶α亚基、解偶联蛋白基因等7条为表达下调基因,其余37条则为未知功能的基因。结论电磁脉冲辐照可诱导小鼠肠组织多个基因特异性表达,且上调基因数居多。     

TNF-α诱导人蜕膜细胞凋亡基因表达谱的分析

目的:研究TNF-α诱导人蜕膜细胞异常凋亡后基因表达谱的变化,为了解病理妊娠蜕膜细胞基因表达及药物治疗研究提供基础.方法:体外常规进行人蜕膜细胞培养,选用适宜浓度的TNF-α诱导建立人蜕膜细胞异常凋亡模型,采用人全基因组17KcDNA基因芯片分析TNF-α作用后的基因表达谱变化情况,分析基因的变化趋势.结果:TNF-α诱导蜕膜细胞后检出基因9 320条,上调基因36条,下调基因48条.表达上调的已知基因主要为细胞周期依赖性蛋白激酶和抑制剂基因、DNA损伤及修复基因,另外还有氧化压力和炎症损伤基因等.表达下调的基因与细胞营养、细胞生长、细胞周期及信号转导相关.结论:TNF-α诱导蜕膜细胞异常凋亡.     

雄黄对多发性骨髓瘤细胞株RPMI8226细胞基因表达谱的作用

目的阐明雄黄治疗多发性骨髓瘤的分子机制。方法应用cDNA芯片在不同3天时间比较雄黄治疗前后72小时多发性骨髓瘤细胞系基因表达谱的改变。结果 cDNA芯片结果显示54条基因上调,60条基因下调,进一步分析发现17条上调基因Z-score大于2,3条下调基因Z-score小于-2。结论这些基因是本研究中雄黄治疗后显著改变的基因,CCL2,CCL3,BTG1,TNFAIP3,TNFAIP8,SLC38A2,IGFBP4是重要的上调基因,涉及一系列的细胞生命活动如：细胞增殖、细胞间信号转导、凋亡调节及细胞内环境稳定。有3个显著下调的基因涉及到肌肉收缩。部分基因（CCL2,TNFAIP3,BTG1）的结果通过反转录聚合酶链反应证实。     

电离辐射诱发小鼠胸腺淋巴瘤基因表达谱改变

目的 探讨电离辐射诱发小鼠胸腺淋巴瘤基因表达谱的改变.方法 1.75 Gy X射线每周1次,分4次照射BALB/c小鼠建立电离辐射诱发小鼠胸腺淋巴瘤模型,小鼠Mouse WG-6 v2.0全基因组表达谱微珠芯片筛选与正常小鼠胸腺差异表达基因,选取较重要的基因实时定量PCR验证.结果 共筛选出3 063个差异表达基因,其中上调基因1 591个,下调基因1 472个,涉及KEGG数据库145个通路,BioCarta数据库76个通路及GenMAPP数据库218个通路;实时定量PCR结果显示,电离辐射诱发的小鼠胸腺淋巴瘤Bcl11b、Ikzf1基因mRNA表达水平均有下调趋势.结论 电离辐射诱发小鼠胸腺淋巴瘤基因表达谱发生改变,涉及大量通路.     

基因芯片检测与苯中毒相关的信号传导通路中基因的差异表达

目的检测苯中毒信号转导相关基因的表达，探讨苯引起的血液系统损害的发病机理。方法应用含4265条信号转导基因的cDNA芯片检测7例苯中毒患者和7例无苯接触的正常人的外周血白细胞基因表达谱，观察其在基因表达谱上的差异。进行了基因表达谱聚类分析。结果在4265条基因中，存在明显差异表达的基因176条。至少在六张芯片结果中有显著性表达上调的基因35个，主要包括有PTPRC、STAT4、IFITM1等。至少在5张芯片结果中有显著性表达下调的基因45个，主要包括有ARHB、PPP3CB、CDC37等。结论微矩阵基因芯片在检测苯中毒信号转导相关基因的改变时．具有快速、高通量、高灵敏度等特点．细胞信号转导的障碍在苯中毒发病中起一定的作用。     

SHR大鼠前额叶皮层基因表达谱特征的初步分析

【目的】探讨注意缺陷多动障碍(attention-deficit hyperactivity disorder,ADHD)动物模型SHR(spontaneously hypertensive rats)大鼠与对照组WKY(Wistar-Kyoto rats)大鼠前额叶组织基因表达谱差异,试图从基因网络角度全面理解ADHD的分子机制及差异表达基因与其生物学特征间的关系。【方法】提取SHR/WKY大鼠前额叶组织mRNA,反转录成cDNA,体外转录并生物素标记cRNA,片断化后,分别与Affymetrix公司制备寡核苷酸RAE230A基因芯片杂交,对二者差异表达基因进行生物信息学分析。【结果】SHR大鼠与对照组WKY大鼠前额叶皮层组织中差异表达2倍以上的探针组数209个。对代表已知功能的67个独立基因进行分类,结果发现差异表达基因以神经发育相关、代谢相关、信号转导、免疫相关、转录调节相关基因为主,同时还涉及突触可塑性、髓鞘形成、学习记忆、高血压、细胞凋亡等不同层次、不同功能的基因群。【结论】SHR大鼠前额叶皮层组织的基因表达谱存在神经发育相关基因的表达异常、免疫相关基因的表达下调、多个转录因子的普遍上调和部分单胺类神经递质相关基因表达上调等特征。     

三氧化二砷对小鼠大脑组织神经递质代谢酶基因及其受体基因表达谱的影响

[目的]研究亚慢性砷暴露对小鼠大脑组织神经递质代谢酶基因及其受体基因表达谱的影响. [方法]小鼠按体重随机分为3组,每组2只:4mg/L三氧化二砷(As2O3)染毒组、1mg/L As2O3染毒组和生理盐水对照组.染毒组小鼠饮用含As2O3自来水,对照组饮用0.9％生理盐水,各组小鼠每天消耗水量约20mL,均连续饮用60d,之后对其大脑组织进行基因芯片研究. [结果]与对照组比较,染砷组小鼠大脑组织的基因Th、Dbh、Tph1、Drd3、Drd4、Adra1a、Adra2a、Adra2b和Adrb3表达下调,而基因Htr1f、Htr4、Htr7表达上调. [结论]As2O3可能导致小鼠大脑组织部分神经递质合成和分解代谢酶基因表达下调,且干扰其部分受体基因的表达.     

应用基因芯片研究MNNG诱发小鼠胚胎畸形肢体基因的表达

[目的]研究N-甲基-N’-硝基-N-甲基亚硝基胍(MNNG)诱致小鼠胚胎畸形肢体基因表达的变化，筛选肢体畸形相关基因。[方法]应用含有8192条小鼠基因的cDNA表达谱芯片，对MNNG诱致的孕16d胎鼠畸形肢体组织及正常肢体组织的基因表达谱进行分析。[结果]畸形肢体组织共筛到差异表达基因88条，其中下调59条，上调29条。[结论]MNNG诱致的小鼠胚胎短肢、少趾畸形可有很多基因的表达改变，涉及与凋亡有关的基因、与生长因子或生长因子样物质有关的基因、结构基因及很多功能未知的相关基因，差异表达基因中以下调基因居多，这些结果可为进一步研究肢体短肢、少趾畸形的形成机制提供依据。     

层粘连蛋白受体基因表达谱分析

目的 探讨层粘连蛋白受体（67LR1）基因相关的一组基因表达变化，为反式二羟环氧苯并芘致癌机制的研究提供依据。方法 构建67LR1转基因表达载体，转染人支气管上皮细胞（16HBE），获得转基因67LR1的瞬时表达的细胞株。用半定量RT-PCR方法分析转基因表达产物，应用含8064个基因点的微芯公司基因表达谱芯片CSC-GE-80与双荧光标记样品与芯片杂交和扫描、图像数据分析等一系列处理进行表达谱分析。结果 成功构建出瞬时表达67LR1的细胞株。基因表达谱分析，2组相比发生了显著性表达变化的基因有295个，其中表现为上调的基因有145个，下调表达的基因有150个。在发生了显著性表达改变的基因中，比较有明显功能分类特征的包括与信号转导相关的基因，与肿瘤相关的基因，与免疫反应相关的基因以及与蛋白质合成系统相关的基因等。结论 67LR1基因功能涉及到信号转导、肿瘤相关基因等方面，相关基因的表达变化具有复杂性。     

应用基因芯片筛选子痫前期信号转导差异表达基因

目的:建立子痫前期外周血基因表达谱,筛选子痫前期信号转导差异表达基因,探索其与子痫前期发病的关系。方法:应用基因芯片技术检测4例重度子痫前期和4例正常妊娠妇女外周血,获得子痫前期差异表达基因,了解子痫前期外周血信号转导相关基因的异常表达。结果:在子痫前期所检测的21 000个基因中,出现2次重复一致差异表达的基因195个,其中信号转导相关的差异表达基因32个,表达上调基因20个,下调基因12个。结论:成功建立子痫前期外周血基因表达谱,信号转导相关基因的差异表达可能是子痫前期发病的原因之一。     

~(60)Coγ射线诱发小鼠DNA甲基化改变

目的探讨基因组启动子甲基化谱及DNA甲基化酶1(DNMT1)表达量在60Co-γ射线照射小鼠各组织的变化及其意义。方法 SPF级C57BL/6J雄性小鼠12只随机分为对照组和照射组,照射组小鼠接受4Gy60Co-γ射线单次全身照射后,均眼球摘除取血后处死,收集各脏器组织,进行外周血白细胞计数和骨髓嗜多染红细胞微核计数,应用甲基化DNA免疫沉淀-芯片(MeDIP-chip)杂交技术对γ射线照射小鼠肝组织基因组启动子(promoter)CpG岛甲基化改变进行分析,并采用免疫组化(SP)法和蛋白质印记(western blot)法检测小鼠各组织DNMT1的表达情况。结果与对照组比较,照射组小鼠基因组启动子甲基化谱发生了明显改变,照射组1 300个基因的启动子CpG岛发生了新的甲基化,660个基因发生去甲基化;提高筛选标准,最后可得到发生明显甲基化的基因有Trim71、Sema3f、Pcdh8、Sox4、1110034A24Rik、Limk1、Nefl、Xpr1,明显去甲基化的基因有Sfrs18、Dr1、Ankrd42、Nae1、Sfi1、Accn1、Srd5a1、Nsun2、Eif1a、Dusp5;照射组小鼠除肺组...     

氧化型低密度脂蛋白诱导内皮细胞基因表达

目的 通过研究氧化型低密度脂蛋白(Oxidized low density lipoprotein。Ox-LDL)诱导血管内皮细胞基因表达谱的改变，为阐明氧化型低密度脂蛋白致内皮细胞功能障碍及动脉粥样硬化形成的分子机制提供科学依据。方法 采用含有4000条全长已知人类基因cDNA，以及96条参照基因cDNA克隆制作的基因表达谱芯片，筛查氧化型低密度脂蛋白(100mg／L)作用6h对人脐静脉血管内皮细胞的基因表达谱改变的影响。结果 Ox-LDL可诱导3条基因表达下调，5条基因表达上调。结论 氧化型低密度脂蛋白的早期作用即可诱导内皮细胞相关基因的表达改变；首次发现氧化型低密度脂蛋白可诱导内皮细胞H731蛋白，ST2蛋白，CyclinB1(细胞周期蛋白B1)和KDRF(KM-102-derived reductase-like factor。KM-102源性还原酶样因子)等基因表达的改变，为揭示氧化型低密度脂蛋白引起血管内皮细胞功能障碍的机制提供线索。     

大鼠外周血淋巴细胞2 Gy γ射线照射后12 h差异基因表达谱的研究

目的 通过研究2 Gy γ射线离体和全身照后12 h大鼠外周血淋巴细胞差异基因表达谱的变化情况,在分子水平上为辐射损伤机制的研究提供依据。方法 利用基因芯片技术对大鼠离体和全身照射的外周血淋巴细胞进行辐射差异基因筛选和Pathway分析,并利用荧光定量PCR技术对基因芯片结果进行验证。结果 离体照射组筛选出差异3倍以上的基因2 001条,全身照射组筛选出差异3倍以上的基因2 590条。两组共同差异3倍以上的基因有312条。离体照射组涉及22个KEGG通路,全身照射组涉及35个KEGG通路,两组有10个共同的KEGG通路。选择其中3条基因进行实时荧光PCR定量分析,得到的相对定量结果与芯片检测结果趋势一致。结论 从照后12 h的研究结果中发现,差异表达基因涉及细胞凋亡、细胞周期及信号转导等多个方面,这将为深入研究这些辐射相关基因在淋巴细胞辐射损伤中的作用提供依据。     

二十碳五烯酸对人树突状细胞成熟过程中基因表达谱影响的研究

目的研究二十碳五烯酸(EPA)对人树突状细胞成熟过程中基因表达谱的影响。方法采用GM-CSF及IL-4诱导人外周单核细胞获得非成熟树突状细胞,然后将细胞分为三组处理,A组,维持树突状细胞的未成熟状态;B组,LPS(100ng/ml)作用48h诱导树突状细胞的成熟;C组,经EPA(50μmol/L)预处理24h后再予以LPS(100ng/ml)诱导树突状细胞的成熟。用低通量的cDNA表达谱芯片检测三组细胞基因表达谱的情况。RT-PCR法验证相关差异表达基因的结果。结果在LPS诱导树突状细胞成熟的过程中共有29条基因表达增加,9条基因表达下降。但是经EPA孵育24h后再予以LPS诱导"成熟"的人树突状细胞其基因表达水平发生明显变化,与未经EPA处理的成熟树突状细胞比较,共有15条基因出现差异表达,其中在29条本该上调的基因中有11条基因表达出现下降,1条基因出现上调。在9条本该表达下调的基因中有1条基因出现上调,2条明显下调。RT-PCR验证了其中6条基因的芯片结果。结论 EPA对树突状细胞的成熟过程中多种基因的表达具有明显的抑制作用,其范围涉及细胞因子及抗原提呈分子等不同基因。     

小鼠皮肤无绿藻感染差异表达基因的筛选

目的 利用基因表达谱芯片筛选小鼠感染无绿藻皮肤组织的差异表达基因,探讨基因在皮肤无绿藻病中的作用,从而对皮肤无绿藻病有更新的认识.方法 12只6～8周龄雄性小鼠,随机分为两组,实验组(皮肤无绿藻感染组)和对照组(生理盐水组)各6只;分别提取免疫抑制小鼠感染无绿藻的皮肤组织和对照组皮肤组织,抽提总RNA,反转录成cDNA同时进行单色标记,和小鼠全基因表达谱芯片杂交,经过芯片扫描和数据处理,分析出差异表达的基因,并对部分差异基因采用实时荧光定量PCR的方法进行验证.结果 感染无绿藻的小鼠皮肤组织中表达差异＞2倍的基因共有9902个,其中表达上调的基因4974个,表达下调的基因4928个;生物信息学分析发现,差异基因功能主要涉及炎症反应、免疫应答、信号转导、细胞黏附等多个生物学过程;另外还发现了一些有意义的信号通路如趋化因子信号通路、Jak-STAT信号传导途径、Toll样受体信号传导途径等;差异基因的实时荧光定量PCR结果与基因芯片的结果趋势一致.结论 皮肤无绿藻病的发生涉及众多基因表达的改变,芯片技术可以有效地筛选出皮肤无绿藻感染小鼠的差异表达基因,对进一步探索皮肤无绿藻病的发病机制,有效干预或治疗皮肤无绿藻病具有重要意义.     

cDNA微阵列检测苯中毒细胞增殖与周期调控基因差异表达

目的 通过基因表达谱研究寻找苯中毒发病机制中细胞增殖与周期调控基因差异表达。方法应用含338条免疫相关基因的cDNA芯片检测7例苯中毒患者和7例正常人的外周血白细胞基因表达谱，观察其在基因表达谱上的差异。进行了基因表达谱聚类分析和比较；筛选有统计学意义的差异表达的基因。结果所有芯片中出现差异表达的基因共有44条，其中表达上调的基因17个，主要包括有IFIM1、CDKN1B、RBL2、GSPT1、FOX01A等：表达下调的基因17个，有CDC37、MDM4、EV15、SKP2等基因；表达不一致的基因6个。聚类分析揭示40条基因的基因表达谱特征存在关联。结论通过有统计学意义的差异表达的苯中毒相关基因，推测细胞增殖与细胞周期调控可能在苯中毒发病中起重要作用。     

4种药物致小鼠肝脏毒性的基因表达谱聚类分析

目的在基因表达谱水平上观察红霉素、四环素、环磷酰胺、异环磷酰胺4种药物对Balb/c小鼠肝脏毒性效应。方法利用本室构建的小鼠毒理基因芯片和4种药物致Balb/c小鼠肝毒性动物模型,观察在药物作用不同时相点和剂量点上小鼠肝脏基因表达谱变化,结合层次聚类等手段对差异表达基因的生物学功能进行初步信息分析。结果共筛选出差异表达基因302个,其中282个参加了聚类分析。结果表明,环磷酰胺和异环磷酰胺组归为一类,红霉素和四环素归为另一类,不同时相和剂量组存在不同的聚类特征,一些差异表达基因在各药物组呈现共同上调或下调趋势。所有差异基因经genecards分析表明涉及脂肪代谢、蛋白质应激合成、抗氧化、炎症发生、细胞周期调控及药物代谢等多种生理功能。结论本研究揭示了与4种药物致Balb/c小鼠肝脏毒性相关的基因表达谱模式和特征基因群,为深入分析药物致小鼠肝毒性效应分子机制提供线索。     

花色苷抗炎抗肿瘤相关信号通路研究

目的 用基因芯片观察花色苷矢车菊素-3-葡萄苷(C3G)作用人白血病单核细胞细胞株(TI-W-1)源性巨噬细胞前后相关信号通路上基因表达的差异.方法 100 μmol/L的C3G作用于THP-1源性巨噬细胞12h,用信号转导通路发现者基因芯片研究C3G对THP-1源性巨噬细胞基因表达谱的影响,并利用半定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法对筛选出的部分基因进行验证.结果 C3G作用后有7条信号通路中的15个基因发生改变,其中表达上调的基因有5个,包括肿瘤基因p53(TP53)、核因子KB抑制因子a(NFKBIA)、视黄醇结合蛋白基因2(RBP2)等;表达下调的基因有10个,包括FBJ鼠科骨肉瘤病毒癌基因同源物(V-fos)、诱导型一氧化氮合酶(NOS2A)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)等,这些基因编码的宿主蛋白均为肿瘤免疫、炎症反应相关的信号转导通路中的关键点.半定量RT-PCR结果显示,经C3G干预后,NOS2A和FTGS2的表达水平下调了58%和54%.结论花色苷类植物化合物可能通过促有丝分裂、果蝇无翼基因同源物(WNT)、p53、磷脂酶C、核因子KB(NFKB)、Janus激酶/信号转导和转录活化因子(JAK/STAT)和维甲酸等信号转导通路发挥其抗炎、抗肿瘤功能.     

免疫抑制小鼠阿萨希丝孢酵母菌皮肤感染差异表达基因筛选

目的观察免疫抑制宿主和健康宿主在遭遇条件致病真菌初期基因表达的差异,筛选新的真菌免疫相关基因,以进一步了解条件致病真菌导致系统性真菌病的发病机制. 方法免疫抑制和健康小鼠各6只,经皮下接种阿萨希丝孢酵母菌(Trichosporon asahii)孢子,24 h后处死,取皮损组织,提取总RNA进行基因表达谱芯片研究. 结果筛选出11条免疫相关差异表达基因,实验组编码补体C2、TNF-诱导蛋白、干扰素诱导蛋白、CD53、CD79、CD22等10个免疫相关基因表达下调,编码触珠蛋白(haptoglobin)基因表达上调. 结论实验显示免疫抑制小鼠皮损局部免疫功能在免疫应答的某些环节受到了抑制,如补体激活、干扰素诱导等,这些改变可能在丝孢酵母菌皮肤感染,甚至进一步播散的过程中发挥着重要作用.     

染矽尘大鼠早期肺组织差异基因表达谱的研究

目的 研究染矽尘大鼠早期肺组织与正常肺组织的差异基因表达谱.方法 应用气管暴露法建立雄性Wistar大鼠染矽尘模型和对照组,每组3只,应用Illumina激光共聚焦光纤微珠基因芯片技术,研究建模后14 d时的大鼠肺组织差异基因表达谱,并采用DAVID生物信息学分析工具,进行Fisher精确概率检验,对差异基因的基因功能和生物学通路进行富集统计学分析.结果 检测出的有效基因共22 107个,筛选出染矽尘组与对照组的差异基因共1567个,其中上调基因为765个,下调基因为802个.在KEGG生物学通路数据库中,共406个差异基因获得注释,上调基因为204个,其中11个生物学通路相关基因显著上调;下调的基因有202个,其中3个生物学通路相关基因显著下调.Real-time PCR实验验证了血红素加氧酶1(HMOXl)、超氧化物歧化酶2(SOD2)基因上调的趋势和基因芯片结果是一致的.结论 本次实验筛选出了染矽尘早期大鼠肺组织差异基因,提示矽尘致肺纤维化过程中可能存在相互作用的基因簇.