2016 - 2019年包头市甲型H1N1流感病毒基因分析

目的 了解包头市流感病毒的变异情况,评估流行株在致病性、毒性、耐药性方面的改变,以研究结果为依据,为流感防控、指导抗流感药物的选用及筛选新的疫苗代表株提供依据。方法 按分离比例随机抽取2016 - 2019年甲型H1N1疫苗株进行基因测序分析。结果 包头市2016 - 2019的甲型H1N1分离株主要属于6B.1A分支,与疫苗株A/Brisbane/02/2018同源性较高。各年度病毒株与疫苗株A/Brisbane/02/2018的组间遗传距离分别为0.014,0.016,0.014和0.012。分离株抗原位点集中在 Sa 区的163 - 164位点发生变异。分离株2018 - 1139 - HA.seq发生了H275Y位点变异。结论 包头市2016 - 2018年度内甲型H1N1流感病毒分离株与A/Brisbane/02/2018亚型流感病毒同源性较高。相对A/Brisbane/02/2018疫苗株而言,本次分析的病毒基因并未发生抗原漂移现象,可以初步判定目前推荐的疫苗株对当前流行的甲型H1N1流感具有较好的保护效果。     

吉林省2018-2020年甲型H3N2亚型流感病毒耐药基因分析

目的掌握2018-2020年吉林省内H3N2亚型流感流行株对金刚烷胺类药物以及神经氨酸酶抑制剂类药物的耐药情况,为流感的临床治疗及预防控制提供参考依据。方法选取甲型H3N2亚型流感毒株34株,对M2和NA基因进行PCR扩增,测序后对耐药位点进行分析。结果 2018-2020年吉林省分离到流感毒株981株,其中甲型流感病毒毒株934株,乙型流感毒株47株。在分离到的甲型流感病毒毒株中,57.49%为H1N1pdm亚型毒株,39.61%为H3N2亚型毒株。对34株H3N2亚型流感病毒测序结果显示M2基因S31N耐药位点上发生了突变;在NA耐药相关基因位点E119V、Q136K、D151A、I222V、H274Y、R292K、N294S均未发生突变。结论吉林省2018-2020年以甲型流感流行为主。34株甲型H3N2亚型流感病毒均对金刚烷胺类药物耐药,但仍对神经氨酸酶抑制剂敏感。     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。     

2008-2012年江西省甲型H3N2流感病毒HA1基因特征及与疫苗株差异分析

目的掌握2008-2012年江西省甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,在分子水平了解WHO甲3型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感病毒预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的甲3型流感病毒毒株进行核酸的提取,扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定并对HA1基因特性进行分析。结果 2008-2012年共分离到甲3型流感病毒553株,对其中23株毒株进行HA1基因序列测定,各年份的毒株HA1序列分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,结果为2008-2012年氨基酸同源性分别为98.4%~99.1%、96.6%~98.4%、97.2%~98.4%、96.2%~97.2%和96.6%~98.1%;抗原决定簇区氨基酸平均变异数分别为1.3个、3.2个、1.4个、3个和2.5个;其中2009年有3株在2个抗原决定簇区发生了4~5个的氨基酸替换。结论2008-2012年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,疫苗对我省2008年度、2010年度和2012年度的甲型H3N2亚型流感保护效果良好,在2011年度保护效果存在滞后现象,对2009年甲型H3N2亚型流感保护效果较差。     

2018-2019北京市门头沟区甲型H3N2流感疫情病毒HA基因分析

目的分析2018-2019北京市门头沟区流感疫情中甲型H3N2流感病毒的HA基因特性,了解其与WHO推荐的疫苗株和同时期北京其他地区的毒株匹配情况。方法选取门头沟区2018-11/2019-01多起流感疫情中的13株甲型H3N2流感病毒,进行HA基因扩增和测序,并从全球共享禽流感数据库(GISAID)上下载北京其他地区同时间段H3N2流感病毒HA基因序列,运用MEGA-X软件分析HA的分子特征,并构建系统进化树。结果2018-11/2019-01北京市门头沟区和北京市其他地区的数据显示,H3N2流行株以3C.2a.1b和3C.3a两个亚分支为主。系统进化树分析显示3C.2a.1b亚分支同WHO2018-2019推荐疫苗株3C.2a.1进化距离比较近,但与3C.3a进化距离较远。分子特征显示,没有发现氨基酸序列的丢失与插入。在抗原决定簇区域,3C.2a.1b亚分支和3C.2a.1比对有3处氨基酸位点发生变异;3C.3a亚分支和3C.2a.1比对有10处氨基酸位点发生变异。结论引起流感疫情的毒株3C.2a.1b与2018-2019 WHO推荐疫苗株匹配,3C.3a与2019-2020WHO推荐疫苗株匹配。应加强开展流感分子生物学监测力度。分析病毒基因特性和构建进化树,对流感的防控有重要意义。     

2018-2019年宁夏甲型H1N1流感病毒血凝素基因组序列分析

目的 了解宁夏2018-2019流感监测年度流感病毒病原学检测情况,分析甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因特征。方法 采用real time RT-PCR方法对流感监测哨点医院采集的流感样病例（ILI）标本进行核酸检测;对阳性标本进行毒株分离;提取甲型H1N1毒株的RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析。结果 宁夏流感网络实验室检测咽拭子标本共5214份,核酸检测阳性数为760份,其中甲型H1N1阳性数为485份,占总阳性数的63.82%,分离出甲型H1N1毒株 161株。宁夏分离毒株与疫苗株A/Califaoria/07/2009不在同一进化分支,同源性为92.6%~96.3%;与疫苗株A/Michigan/45/2015(H1N1)为同一进化分支,同源性为96.6%~98.1%。与疫苗株A/Califaoria/07/2009比较,抗原位点、受体结合位点及其他位点均有变异,除毒株 A/Ningxia_Xixia/SWL1176/2019(H1N1)第222位氨基酸发生D222G变异外,其他甲型H1N1流感毒株均未发生D222G变异。所有毒株增加糖基化位点162NQT,个别毒株糖基化位点增加2~3个。结论 宁夏2018 -2019年度流感优势毒株为甲型H1N1毒株。序列分析表明甲型H1N1病毒发生了不同程度的变异,在抗原特异性、毒力和感染性上有可能已经发生变化,需要及时更换疫苗株成分。     

泉州市2009年甲型H1N1流感基因特性分析

目的 了解福建省泉州市2009年甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 采集泉州市甲型H1N1流感患者咽拭子,采用实时荧光聚合酶链反应方法检测病毒核酸及MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,提取其中2株代表性毒株病毒核糖核酸(RNA),采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件进行序列分析.结果 1 020份咽拭子检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性200份;季节性流感病毒核酸阳性70份,其中H3N2亚型53份,H1N1亚型14份,B型3份,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株;HA基因核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007比较,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体,NA基因耐药性位点分析显示,对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市甲型H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性漂移.     

2017年云南省流感病毒监测及甲型H1N1流感病毒血凝素基因特征分析

目的 了解2017年云南省流感病毒的流行情况和甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）基因分子特征。方法 对2017年云南省流感监测哨点医院采集的21 672份标本使用real - time RT - PCR方法检测流感病毒,核酸阳性标本使用MDCK细胞进行病毒分离,采用血凝素凝集试验及抑制试验进行病毒抗原性分析。选取12株抗原性变异较大的甲型H1N1流感毒株进行基因测序,使用MEGA软件分析其HA基因特征。结果 2017年共检出流感核酸阳性标本2 372份,分离出流感毒株1 180株,全年共有2个流行高峰,H3亚型和甲型H1N1亚型交替成为优势株,BY亚型和BV亚型共同流行。毒株分离高峰与ILI%高峰基本一致。甲型H1N1流感病毒ＨＡ基因无明显变异,疫苗株仍具有保护作用。结论 继续加强监测力度,提高监测敏感性并做到及时预警,控制流感流行风险。     

珠海市2008年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征分析

目的了解2008年珠海地区流行的H1N1亚型流感病毒血凝素重链区HA1基因特征。方法按照时间不同选取7株2008年珠海市分离到的H1N1亚型流感毒株,选取的毒株进行血凝素HA1片段序列测定并推导出其氨基酸序列进行基因进化特性分析。结果H1N1亚型流感毒株为珠海市2008年的优势株,与该年WHO推荐疫苗株比较有多个氨基酸发生了替换,造成抗原性发生一定的变化。结论2008年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年珠海市H1N1亚型流感预防效果并不理想,导致2008年珠海市H1N1亚型的流行强度增加。     

2012 - 2013 年长春地区甲 3( H3N2) 亚型流感病毒 HA1 基因序列分析

目的了解2012—2013年长春地区流感病毒优势流行甲3（H3N2）亚型流感病毒HA1基因序列的特性。方法采用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒RNA,进行逆转录和聚合酶链式反应（RT—PCR）,扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序,用Mega5．10软件中NeighborJoining方法进行基因种系发生树分析。结果（1）2012—2013年吉林省长春地区流行的H3N2亚型流感毒株核苷酸同源性为95．8％-100．0％,2012年流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的2011—2012年疫苗株A／perth／16／2009相比有15个氨基酸发生了变异;2013年流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的2012—2013年疫苗株A／Victoria／361／2011相比有13个氨基酸发生了变异。（2）2012年2—3月分离的毒株与2012年11月-2013年3月分离的毒株在进化树上处于两个不同的侧枝上。结论2012—2013年长春地区流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的疫苗株A／peah／16／2009、A／Victoria／361／2011相比HA1基因已经发生了一定的变化,不同时间流行的病毒株也有差异。     

广州市甲型H1N1流感病毒的持续进化变异监测

  目的  通过对H1N1流感病毒进行基因进化变异监测,为H1N1流感的科学防控提供研究数据。  方法  对广州市2017-2019年132株H1N1流感病毒进行血凝素(Hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase, NA)基因测序,分析不同流行年度病毒的分子变异特点。  结果  2017-2019年广州市H1N1流行株HA和NA基因均聚为一簇,提示具有相同进化起源。2019年分离株依次由2017年分离株经2018年分离株过度进化而来,呈现较为明显的时间进化趋势。HA基因持续变异的抗原位点主要分布在91、181、202位,其中2018年H1N1流行株HA蛋白抗原位点的变异具有较为明显的多样性。2017和2019年流行株中有3株病毒发生NA蛋白H274Y神经氨酸酶抑制剂的耐药突变。  结论  广州市2017-2019年H1N1流行株与同年度疫苗株的匹配性较好,但病毒基因在持续进化和变异,在抗原位点和耐药位点上不同流行年份表现基因多态性。     

Novel Reassortant Influenza A(H1N2) Virus Derived from A(H1N1)pdm09 Virus Isolated from Swine,Japan, 2012

We isolated a novel influenza virus A(H1N2) strain from a pig on January 13, 2012, in Gunma Prefecture, Japan. Phylogenetic analysis showed that the strain was a novel type of double-reassortant virus derived from the swine influenza virus strains H1N1pdm09 and H1N2, which were prevalent in Gunma at that time.     

长沙市甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因序列分析

目的对长沙市甲型H1N1流感病毒A/changsha/78/2009的神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进行测序分析,以期了解该病毒的来源及变异情况。方法利用国家流感中心（CNIC）和世界卫生组织（WHO）推荐的NA基因测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对2009年长沙市甲型H1N1流感患者阳性鼻咽拭子标本（A/changsha/78/2009）进行测序,测序结果提交至GenBank并利用Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对和进化树分析。结果 A/changsha/78/2009 NA基因GenBank登录号为：GQ463958.1,与瑞典斯德哥尔摩甲型H1N1流感病毒分离株A/Stockholm/37/2009（H1N1）核苷酸同源性为100%;进化树分析显示A/changsha/78/2009 NA基因属于欧亚猪流感分支,包含A/changsha/78/2009在内的甲型H1N1流感病毒与A/swine/Spain/WVL6/1991（H1N1）亲缘关系近;A/chang-sha/78/2009与A/swine/Spain/WVL6/1991 NA基因均有7个潜在糖基化位点,A/changsha/78/2009 NA基因未发生H274Y位点突变。结论包含A/changsha/78/2009在内的甲型H1N1流感病毒NA基因可能来源于欧亚猪流感病毒,A/changsha/78/2009病毒对神经氨酸酶抑制剂类药物敏感。     

2017-2018年广州市甲型H1N1流感病毒耐药基因变异监测

目的 对广州市流感监测人群呼吸道标本进行甲型H1N1流感病毒分离和测序,并对耐药基因突变和遗传进化特征进行分析。方法 2017年1月-2018年3月,对4家流感监测医院的5831份监测标本进行甲型H1N1流感病毒核酸检测,将阳性标本接种MDCK细胞进行流感病毒分离和测序,应用DNA Star7.1软件和MEGA 4.0软件对耐药基因进行测序分析。结果 5831份监测标本中检出甲型H1N1核酸阳性标本222份,检出率为3.81%,其中分离甲型H1N1流感病毒61株,分离率为1.05%。有2株病毒分离株出现了H274Y突变,突变率为3.28%。所有病毒分离株均发生了S31N突变,突变率为100%,同时另有2株出现V27A突变,突变率为3.28%。部分2017年毒株和2018年毒株已形成于A/Michigan/45/2015疫苗株分支之外的另一独立小分支。结论 2017年广州市流感监测病例中监测到2株H1N1流感病毒分离株为奥司他韦耐药突变株,且该耐药株均位于当前疫苗株流行分支以外的独立分支,有必要对广州市甲型H1N1流感病毒进行持续监测。     

深圳市2005-2007年H3N2亚型流行性感冒病毒流行病学和分子变异特征

目的 探讨深圳市2005-2007年季节性流行性感冒(简称流感)流行病学特征和甲3亚型流感病毒可能的分子变异.方法 对深圳市2005-2007年流感监测网络(由9所医院、6个区和市疾病预防控制中心共16个主要机构组成)的运行质量进行控制,按周统计分析主要监测医院流感样病例占就诊者的百分比(ILI百分比),并采集流感样病例鼻咽拭子进行流感病毒分离鉴定,对分离到的毒株提取病毒RNA,用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增血凝素基因重链区(HAI区)基因片段,产物纯化后测序并进行核苷酸相似性、基因进化树和氨基酸变异分析.结果 深圳市2005-2007年流感活动水平在各年间有所波动,呈现夏季高峰,2006和2007年5-7月为流行高峰期.2005-2007年流感病毒的分离率分别为4.78%(114/2385)、5.77%(212/3674)和12.12%(343/2831),分离毒株数多少与ILI百分比的季节波动相关,按周分离率与ILI百分比的变化趋势基本一致.2005和2006年甲3亚型所占比例分别为25.46%(28/114)和2.83%(6/212),而2007年成为优势毒株,占62.68%(215/343).甲3亚型病毒HA1区序列进化树分析发现,虽然进化树的主干基本按照毒株分离的时间先后发展,与不同年度WHO推荐的疫苗株先后一致,但2005-2007年的主要流感毒株共分为5个分支,2005-2006年毒株在第Ⅰ～Ⅲ分支,2007年4-6月和5-12月形成2个分支,与同期WHO推荐的疫苗株不在一个进化分支,深圳甲3亚型流感病毒的变化较早,出现疫苗株滞后现象.所有毒株未见HA1区序列缺失和插入,受体结合位点和二硫键位点氨基酸也显保守,一些位点出现了不同属性氨基酸的置换,并导致个别潜在的糖基化位点的丢失或增加,但尚不能判定为新变种.结论 深圳市可能属于我国流感病毒变异较早的地区之一,甲3亚型流感病毒在人群中呈活跃状态;常规季节性流感监测与病毒分子变异分析结合,能为毒株的演变及其流行病学意义提供及时、重要的信息.     

2009甲型H1N1流感病毒的血凝素和神经氨酰酶基因变异分析

目的探讨2009新型甲型流感病毒H1N1的血凝素和神经氨酰酶基因的进化规律。方法通过NCBI数据库下载最新收录的A/H1N1的基因序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version4.0(MEGA4.0)软件来排列和修剪流感病毒各段基因序列并构建进化树。结果不同地区分离到的2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素和神经氨酰酶编码基因均具有高度同源性,同一国别的亲缘关系更近,不同国别的亲缘关系稍远。结论说明此次新型甲型H1N1流行病毒来自同一传染源,且病毒到目前还没有变异。     

2009-2011年杭州地区甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因的遗传进化分析

目的了解2009年7月以来杭州地区甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因(NA)的变异情况,分析其遗传进化特征。方法在流行季节采集发热病人咽拭子样本,经病毒分离培养及亚型鉴定后,用特异性引物扩增NA基因,测序并分析其遗传进化特征。结果 2009年7月至2011年3月,共检测监测样本1 898份,流感病毒阳性率为37.9%。期间经历了两次甲型H1N1流感病毒流行高峰。各时间段分离株间NA基因高度同源,序列相似性97.9%~100%,但2010/2011年流行株在进化树上分为两支,且与2009/2010年流行株遗传距离相对较远。进一步分析后发现,虽然耐药位点、酶活性位点及其附近氨基酸相对保守,但多个氨基酸变异发生于抗原决定簇上,且增加了NA蛋白茎部第42位糖基化位点。结论结果预示着酶抑制剂类药物对预防和治疗甲型H1N1流感病毒仍将有效,但在开发新疫苗时应该尽可能的避开已经发生漂变的抗原决定簇。     

Incursion of Novel Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N8) Virus,the Netherlands,October 2020

Highly pathogenic avian influenza A(H5N8) virus was detected in mute swans in the Netherlands during October 2020. The virus shares a common ancestor with clade 2.3.4.4b viruses detected in Egypt during 2018–2019 and has similar genetic composition. The virus is not directly related to H5N8 viruses from Europe detected in the first half of 2020.