2010-2012年贵州省H3N2亚型流感病毒HA1基因变异分析

目的了解2010-2012年贵州省H3N2亚型流感病毒HA1基因变异特征。方法用MDCK细胞分离流感病毒,采用血凝抑制试验分型鉴定,选取23株H3N2亚型流感毒株进行RNA提取,逆转录扩增获得HA1基因产物,将其进行基因产物测序,测定的序列用相关的生物信息软件进行分析。结果贵州省2010年及2012年H3N2亚型流感病毒流行株与WHO疫苗推荐株A/Perth/16/2009(H3N2)亲缘关系较远,以至于H3亚型在我省成为优势株,引起广泛流行。结论 2010年及2012年H3N2亚型流感病毒流行株与WHO推荐的疫苗株之间的匹配性不完全一致。同时在2010-2012年间贵州省H3N2亚型流感病毒有持续的变异。     

铜川市2013-2015年A型流感病毒HA基因特性研究

目的 应用生物信息学数据库和工具,了解2013-2014年铜川市A型H1N1和2013-2015年A型H3N2流感病毒血凝素(HA)基因特性及其抗原变异情况。 方法 收集铜川市哨点医院流感样病例标本,采用MDCK细胞分离流感病毒。用RT-PCR对部分A型H1N1、H3N2流感病毒进行HA基因序列扩增和纯化,序列测定,并用MEGA软件构建种系发生树分析。 结果 2013-2015年铜川市流感核酸检测标本共2 333份,流感阳性476份,阳性率20.40%。4株A型H1N1亚型流感病毒与WHO推荐A/California/07/2009(H1N1)疫苗株氨基酸序列比对,共发生11次氨基酸突变,其中3个氨基酸位点突变发生在抗原决定簇。3株A型H3N2亚型与WHO推荐的北半球2013-2014年A/Victoria/361/2011(H3N2)疫苗株比对共有9个氨基酸位点发生了突变,其中3个氨基酸位点发生在抗原决定簇;与WHO推荐的北半球2014-2015年A/Texas/50/2012(H3N2)疫苗株比对共有10个氨基酸位点发生了突变,有5个氨基酸位点发生在抗原决定簇。 结论 2013-2015年铜川市流行的A型H1N1、H3N2亚型流感病毒氨基酸发生突变导致抗原漂移。     

2014年-2015年北京某区H3N2亚型流感病毒HA基因特性分析

目的了解北京市门头沟区H3N2亚型流感病病毒HA基因变异规律和进化趋势。方法随机选择2014年-2015年流感病原学监测中分离到的H3N2型毒株10株,采用RT-PCR法扩增病毒HA基因后序列测定,并与WHO推荐疫苗株进行比对、构建系统进化树。结果 2014年-2015年流感监测期间,北京市门头沟区人群中流感病毒以H3N2型占优势,通过分离到的10株病毒HA基因绘制种系发生树,表明这些毒株与WHO推荐的疫苗株A/Texas/50/2012相比,处于同一大分支上,不同的小分支上。结论北京市门头沟区2014年-2015年H3N2流感病毒HA基因特性与疫苗株虽然接近,但当年疫苗株大部分滞后流行株。     

2008-2012年江西省甲型H3N2流感病毒HA1基因特征及与疫苗株差异分析

目的掌握2008-2012年江西省甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,在分子水平了解WHO甲3型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感病毒预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的甲3型流感病毒毒株进行核酸的提取,扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定并对HA1基因特性进行分析。结果 2008-2012年共分离到甲3型流感病毒553株,对其中23株毒株进行HA1基因序列测定,各年份的毒株HA1序列分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,结果为2008-2012年氨基酸同源性分别为98.4%~99.1%、96.6%~98.4%、97.2%~98.4%、96.2%~97.2%和96.6%~98.1%;抗原决定簇区氨基酸平均变异数分别为1.3个、3.2个、1.4个、3个和2.5个;其中2009年有3株在2个抗原决定簇区发生了4~5个的氨基酸替换。结论2008-2012年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,疫苗对我省2008年度、2010年度和2012年度的甲型H3N2亚型流感保护效果良好,在2011年度保护效果存在滞后现象,对2009年甲型H3N2亚型流感保护效果较差。     

石家庄市2009年H3N2亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的:了解石家庄市2009年H3N2亚型流感病毒流行情况,研究2009年分离H3N2亚型流感病毒株血凝素重链(HA1)的基因特性及变异情况。方法:用MDCK细胞分离流感病毒,采用血抑实验分型鉴定。随机选取24株H3N2亚型流感毒株进行RNA提取、逆转录扩增获得HA1基因产物,将其进行基因序列测定,之后用DNAStar软件的MegAlign功能进行序列比对和分析。结果:经MegAlign将24株毒株与WHO疫苗推荐株A/Wisconsin/67/200(07～08)、A/Bris-bane/10/2007(08～10)进行比对,发现与同年疫苗株同源性较高,为98.2%～98.6%,仅有个别位点出现氨基酸替换。结论:2009年石家庄市H3N2亚型流感毒株HA1区与同年疫苗株基因序列符合率较高,尚未形成一个新的变异株。     

青海省流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测青海省2007～2008年度季节性流感病毒型与亚型分布,了解2007～2008年度部分A/H3N2分离株血凝素(HA)基因变异情况.方法 采集监测哨点医院流感样病例的鼻咽双拭子标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2007～2008年度部分H3亚型流感病毒进行HA基因测序,分析HA基因变异情况.结果 2007～2008年度在哨点医院送检标本中共分离到144株流感病毒,其中124株为A/H3N2,B型20株,型与亚型有明显分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,青海省6株分离株与2008、2009年部分省份分离株及江西同期分离株接近,与WHO 2008～2009年度疫苗推荐株相近.结论 WHO推荐的2006～2007年度疫苗株A/Hiroshima/52/2005滞后于在我省流行的流感病毒毒株.     

2007-2008年吉林省H3N2亚型流感病毒HA1基因序列分析

目的了解2007-2008年间吉林省H3N2亚型流感病毒HA1基因的演变特征。方法采用MD-CK细胞分离培养流感病毒,提取病毒RNA,经逆转录和聚合酶链式反应扩增后测序。结果①2007-2008年吉林省流行的H3N2亚型流感毒株核苷酸同源性为98.9%～100%,与同期WHO推荐的疫苗株A/Wisconsin/67/05相比有10～14个氨基酸位点发生变化,并且在122位增加了一个糖基化位点;②长春市11月与12月分离的病毒株在进化树上处于不同的两个侧枝;③在同一流行高峰吉林省8个市州分离的流感病毒株在进化树上形成不同的两簇。结论2007-2008年吉林省流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的疫苗株A/Wisconsin/67/05相比已经发生一定变化;不同时间及市州流行的病毒株也有差异。     

2018 - 2019年云南省昭通市A型流感病毒基因特征分析

目的 分析2018 - 2019年云南省昭通市新甲型H1N1、H3N2亚型流感病毒流行情况及基因进化特征,为流感防控提供科学依据。方法 收集2018年1月 - 2019年10月昭通地区哨点医院流感样病例咽拭子标本2 863份进行real - time RT–PCR检测,用狗肾传代细胞( Madin - Darby canine kidney cell,MDCK)对核酸阳性样本进行病毒分离,分离得到的流感毒株采用血凝抑制实验进行鉴定分型。最终选取43株新甲型H1N1亚型流感毒株,及15株H3N2亚型毒株进行全基因组测序,使用MEGA 5.2软件进行序列分析。结果 系统发生分析表明95.35%(41 / 43)昭通新甲型H1N1分离株属于6B.1A支系, 93.33%(14/15)H3N2分离株属于3C.2a1b支系。与参考株A／California／07／2009相比,新甲H1N1分离株HA蛋白有7处抗原位点和1处受体结合位点发生变异,H3N2分离株有5处抗原位点和4处受体结合位点发生变异。结论 2018 - 2019年昭通地区流行的新甲型H1N1和H3N2亚型流感病毒毒株与WHO推荐的当年北半球的疫苗组分匹配,但H3N2亚型与WHO推荐的2019 - 2020年H3亚型疫苗株发生偏离,需加强监测。     

2010年-2013年宜春市甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因进化分析

目的掌握宜春市2010年-2013年甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,了解WHO甲3型疫苗推荐株对宜春市甲3亚型流感病毒预防效果。方法采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar 5.0、Bio Edit 7.0、Mega 3.1软件对测序结果进行分析处理。结果对14株毒株进行HA1基因序列测定,分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,2010年、2012年、2013年氨基酸同源性分别为98.6%~98.7%、99.2%~99.3%、98.4%~98.8%;氨基酸平均替换数分别为7.5个、5个、8.25个,2012年和2013年分别有2处和4处变异位于抗原决定簇,2010年未在抗原决定簇区发生氨基酸变异替换;14株所测甲型H3N2亚型流感病毒与当年疫苗推荐株均在同一分支上,亲缘性较近。结论 2010年-2013年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,根据WHO不同年度推荐疫苗株生产的疫苗,对本市的甲型H3N2亚型流感保护效果良好。     

嘉兴市2011—2012年乙型流感监测与HA1序列分析

[目的]了解2011—2012年嘉兴市乙型流感的流行状况及病毒序列特性、变异特点和WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况。[方法]将采集的流感样病例的咽拭子标本用MDCK细胞培养分离流感病毒,用标准血清及荧光定量RT-PCR方法鉴定。随机选取6株乙型流感病毒株进行HA1基因核苷酸序列测定,并进行特性分析。[结果]2011—2012年嘉兴市乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系同时存在。随机抽取4株Victoria系和2株Yamagata系毒株,在糖基化位点上没有变化。4株Victoria系毒株核苷酸同源性为98.6%～99.7%,氨基酸同源性为98.8%～100.0%,其中2株与2009—2012年疫苗株相比,在L58P、N129S、I146V、N171D发生了氨基酸的替换。2株Yamagata系毒株核苷酸和氨基酸同源性为99.4%,与2012—2013年疫苗株极为接近。[结论]嘉兴市流行的Victoria系乙型流感病毒与2009—2012年疫苗代表株同源性较高,当年度的流感疫苗株对本市Victoria系乙型流感病毒流行的防治有一定保护作用。但本地同时也还活跃着Yamagata系的乙型流感病毒,当年度的流感疫苗株对Yamagata系乙型流感病毒不能提供最佳保护。     

2009甲型H1N1流感病毒的血凝素和神经氨酰酶基因变异分析

目的探讨2009新型甲型流感病毒H1N1的血凝素和神经氨酰酶基因的进化规律。方法通过NCBI数据库下载最新收录的A/H1N1的基因序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version4.0(MEGA4.0)软件来排列和修剪流感病毒各段基因序列并构建进化树。结果不同地区分离到的2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素和神经氨酰酶编码基因均具有高度同源性,同一国别的亲缘关系更近,不同国别的亲缘关系稍远。结论说明此次新型甲型H1N1流行病毒来自同一传染源,且病毒到目前还没有变异。     

浙江省1999--2010年乙型流感病毒血凝素 和神经氨酸酶基因变化特征分析

目的 分析1999-2010年浙江省乙型流感病毒主要抗原基因血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子变异特征.方法 采集浙江省流感暴发疫情和哨点监测医院的流感样患者呼吸道标本,荧光定量RT-PCR快速检测和病毒分离,选取乙型流感病毒分离代表株进行HA和NA基因测序,采用生物信息学软件分析变异和进化.结果 共分析浙江省乙型流感病毒分离株34株,其中Victoria系20株,Yamagata系14株;1999-2010年间Victoria系毒株的HA1基因变异率4.5%,Yamagata系毒株为3.4%;2004年后分离的Victoria系毒株均为基因重配株,HA属于Victoria 系,而NA属于Yamagata系;2010年新型甲型HINI流感流行高峰过后,浙江省仍以乙型流感病毒流行为主,分离株与2009-2010年流感疫苗株B/Brisbane/60/2008接近,与往年乙型流感毒株相比HA和NA发生多个氨基酸位点变异.结论 1999-2010年浙江省乙型流感病毒流行株发生明显变异,基因重配和抗原漂移是病毒发生变异的主要机制.

Abstract：

Objective To Characterize the genetic diversity of hemagglutinin(HA)and neuraminidase(NA)of influenza B viruses isolated in Zhejiang province during 1999-2010.Methods Respiratory specimens were collected from patients with flu-like syndrome during the influenza outbreaks or from the hospitals which carrying out influenza surveillance project in Zhejiang province.Samples were detected by real-time RT-PCR and isolated for influenza virus.HA1 and NA genes of influenza B virus isolates were amplified and sequenced.Phylogenetic comparison and genetic diversity analysis were performed using the bioinformation software.Results A total of 34 influenza B viruses were evolved in this study including Victoria-like and Yamagata-like strains according to the results of the HI test.The mutation rate of Victoria-like HA1 gene was 4.5% and Yamagata-like HA1 gene was 3.4%,respectively.The Victoria-like influenza B isolates had appeared to be all re-assortants having a Victoria lincage HA and Yamagata lineage NA since 2004.The predominant type of influenza virus isolates in 2010 was also influenza B virus after the H1N1 flu pandemic in Zhejiang province.The isolated strains were antigenicaily and genetically similar to B/Brisbane/60/2008--the vaccine strain proposed for 2009-2010.Many difierences of HA1 and NA amino acids existed in the current isolates when compared to previous influenza B strains.Conclusion Significant diversity was generated among influcnza B virus isolated from 1999 to 2010 in Zhejiang province.Genetic re-assortment and antigenic drift seemed the main evolutionary mechanism on influenza B virus.     

2010-2013年中山市流感病毒(H3N2)血凝素基因特征分析

目的研究中山市2010-2013年流行的H3N2亚型流感病毒的血凝素基因特征,分析其基因变异情况。方法选取2010-2013年中山市流行的H3N2亚型流感病毒6株,用MDCK细胞分离病毒,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA基因并测定序列,利用BLASTn对序列进行相似性检索,分析其与疫苗株,不同年份、区域流行株的进化变异情况。结果共分离鉴定到6株H3N2亚型流感病毒,其中2株为2010年流行株,2株为2012年流行株,2株为2013年流行株。各年流行株与其他国家或地区当年大部分流行株在一个分支上,其进化距离随着进化时间变长而变远。2012年流行株相对2010年流行株在HA1区发生12个氨基酸位点变异,有3个位于B、C区。2013年流行株相对2012年流行株发生4个氨基酸位点变异,有2个位于A区。2012年、2013年流行株相对于疫苗株分别发生6、8个氨基酸位点变异,分别有2、4个位于A、B、C区。受体结合位点未发生变异。结论中山市H3N2亚型流感病毒流行株在年度之间存在一定变异程度,进化距离随着进化时间变长而变远,相对于疫苗株也存在一定程度上的变异。     

2010年北京市不同地区儿童甲3亚型流行性感冒暴发疫情的病原学分析

目的:对2010年北京市某两区发生的儿童甲3亚型流行性感冒暴发疫情进行病原学研究。方法:荧光RT-PCR方法检测疫情患者标本,对核酸阳性者进行病毒培养;对毒株血凝素HA1基因进行序列比对和进化分析。结果:两起疫情标本甲3亚型流感病毒核酸阳性检出共14件;毒株共分离到6株。各疫情毒株同源性序列为100%;两起疫情的HA1序列同源性为97.3%。与疫苗株A/Perth/16/2009(H3N2)比较,其中疫情2分离株共有8个氨基酸(aa)变异。结论:两起疫情均为甲3亚型(H3N2)流感所致;同一起疫情均由同一病毒株传播所致;两起疫情甲3亚型(H3N2)毒株的血凝素HA1区存在不同程度的aa变异。     

长春市2011—2013年流感监测情况分析

目的分析长春市2011—2013年流感监测情况,探索流感流行特点及病原学变化规律,为预防和控制流感大流行提供科学依据。方法采集门诊流感病人的咽拭子标本用荧光定量PCR,和狗’肾细胞（MDCK）法进行流感病毒检测,病毒分离后采用血凝抑制方法（HI）进行流感病毒型别鉴定。结果2012年10月一2013年3月从长春市523例流感样病例标本中检出119份核酸阳性并分离到78株流感病毒,分离阳性率为65．55％;其中H3N2型48株（占40．34％）,新甲Hl型30株（占25．21％）。而上一年度在121份核酸阳性中分离到52株流感病毒,分离阳性率为42．98％;其中H3N2型13株（占10．74％）,B—victoria系22株（占18．18％）,B—yamagata系17株（占14．05％）以B型为主。结论2012—2013年度长春市流感的优势株为H3N2型、新甲H1型,与上一监测年度（H3N2型,B—victoria系,B—yamagata系）有所不同。     

2010-2012年长沙市流感流行情况及B型流感病毒基因特性分析

目的分析2010-2012年长沙市流感流行情况,并探讨B型流感病毒分离株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子流行病学特征。方法采集长沙市流感网络监测哨点医院及暴发点流感样病例(ILI)咽拭子样本,狗肾传代细胞(MDCK)进行病毒分离,血凝和血凝抑制实验进行型别和亚型鉴定;提取B型流感病毒核酸,一步法RT-PCR扩增HA和NA基因片段,双向测定扩增产物核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列进行分析。结果 2010-2012年间,长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,流行高峰为冬春季。3年间共分离到B型流感病毒78株,其中79.5%为Victoria系,20.5%为Yamagata系,以Victoria系为主。与WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,HA基因的同源性在87.2%~98.4%之间,NA基因的同源性在94.5%~97.5%之间。氨基酸序列分析发现,与疫苗株相比,HA蛋白主要存在单个氨基酸的突变;种系进化分析发现,所有毒株HA和NA蛋白位于相应的谱系内,无抗原重排发生。结论 2010-2012年间长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,B型流感病毒HA基因出现抗原漂移,但无重组毒株的出现。     

Genetic drift influenza A(H3N2) virus hemagglutinin (HA) variants originated during the last pandemic turn out to be predominant in the 2011–2012 season in Northern Italy

Influenza A(H3N2) virus is once again the predominant strain after the 2009 pandemic. Its molecular epidemiology and phylogeny were investigated during the 2011–2012 season in Northern Italy.The epidemiological and virological influenza surveillance was carried out within the framework of the Italian Influenza Surveillance Network. The hemagglutinin (HA) gene of the A(H3N2) viruses detected was analyzed by means of a time-scaled phylogenetic approach.In Northern Italy, the 2011–2012 epidemic wave was sustained almost exclusively by influenza A(H3N2) viruses (87.2% of total influenza virus detections). The consultation rates for influenza-like illness (ILI) in the age group ⩾65 years were 1.5 to 6-fold higher than those registered during the previous eight epidemics: A(H3N2) was the only virus identified in this group. The phylogenetic analysis of A(H3N2) viruses showed viruses belonging to the A/Victoria/208/2009 genetic clade, characterized by substitutions in HA antigenic sites with respect to the A/Perth/16/2009-like 2011–2012 vaccine strain. About one-third of analyzed sequences fell into group 6 and two thirds into group 3 (subdivided into 3A, 3B, and 3C). The time scale reconstruction of the phylogeny showed several independent introductions of A(H3N2) groups between summer and winter of 2011. However, the common origin of all the circulating A(H3N2) strains dated back to the 2009 pandemic period (November 2009).The time scale phylogenetic approach is of particular importance for the evaluation of the introduction and circulation of new variants in the area. Therefore, it should be implemented within the framework of influenza virological surveillance.     

金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离及HA基因序列分析

目的分离甲型H1N1流感病毒,分析金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因序列特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其HA基因片段,测定核苷酸序列;利用GeneBank中相关序列对病毒分离株A/Jinhua/01/2009（H1N1）进行基因进化树分析。结果从3份咽拭子样本中分离出1株甲型H1N1流感病毒。HA基因序列分析证明：该毒株与2009年大流行株高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧亚地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。结论金华市首例甲型H1N1流感死亡病例分离病毒株与北美流行株高度同源,可能是由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能不敏感。