山东省烟台市人与动物新型布尼亚病毒感染调查及同源性分析

目的 了解山东省烟台市人和动物发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒 （SFTSV）感染及流行情况。方法 2011年4－11月分别在烟台市的蓬莱和莱州2个SFTS病例高发地区连续采集与人密切接触的5种家养动物 （羊、 牛、 猪、 犬、 鸡） 血清标本3 576份,应用双抗原夹心ELISA方法和Real time RT-PCR方法检测血清中SFTSV总抗体和病毒核酸; 观察不同月份感染情况; 采集两地人群血清2 590份,应用间接ELISA方法检测SFTSV IgG抗体; 用Vero细胞从核酸阳性的人和动物血清中分离病毒,通过RT-PCR方法对 SFTSV S片段进行序列扩增、 同源性分析。结果 3 576份动物血清标本中SFTSV血清总抗体阳性1 439份,阳性率为40.24%,病毒核酸阳性163份,阳性率为4.56%。其中羊、 牛、 鸡、 犬、 猪抗体阳性率分别为62.78%、 52.97%、 45.56%、28.73%和1.45%,核酸阳性率分别为5.72%、 4.63%、 3.02%、 5.25%和3.73%。动物体内的抗原抗体随季节消长而变化。2 590份人群血清SFTSV IgG抗体阳性率为5.41%。对10株来自人的毒株和3株来自动物的毒株进行S片段基因序列扩增分析,显示其同源性在95.23%～100.00%,与国内其他省市分离毒株比较,其同源性在94.72%～99.13%,高度同源。结论 烟台地区存在SFTSV流行,人与家养动物普遍易感,其基因序列高度同源,提示家养动物可能作为SFTSV的增殖宿主和扩散宿主,应引起高度重视。     

浙江省天台县2011－2018年汉坦病毒基因型别和进化变异研究

目的 研究2011－2018年肾综合征出血热（HFRS）国家监测点浙江省天台县汉坦病毒（HV）的基因型别和进化变异情况，了解天台县HV分子流行病学特点。方法 将天台县2011－2018年HV抗原阳性的鼠肺标本超声后提取核酸，利用HV型特异性引物，应用巢式PCR对部分M片段进行扩增分型和序列测定，将天台县2011－2018年的HV序列与国内外其他已知的HV序列进行比较，以明确该地区的基因型别，分析病毒的进化变异情况。结果 HV抗原阳性的67份鼠肺标本经型特异性引物巢式PCR扩增后31份标本为阳性，其中30份为汉滩病毒（HTNV）、1份为汉城病毒（SEOV），31份PCR阳性鼠肺均来自黑线姬鼠。31份巢式PCR阳性产物的部分M片段核苷酸序列有30株分布在HTNV单元群，1株分布在SEOV单元群。HTNV单元群中的天台T2018-130株与天台其余29株及国内外其他株同源性为84.8%～87.9%，差异较大，天台其余29株亲缘关系较近； SEOV发生群中的T2016-31株来自黑线姬鼠的鼠肺标本，与SEOV天台以往分离株ZT71株、ZT10株和浙江温州分离株Z37株在系统发生树上分布于同一或临近分支。结论 浙江省天台县HV流行的主要型别HTNV基因表现出明显的地理聚集现象，但也存在着基因差异较大的变异株T2018-130株；同时从病毒基因序列分析证实SEOV T2016-31株存在于黑线姬鼠中，可能意味着在SEOV进化过程中病毒在宿主间发生了“溢出”现象。     

福建省宁德港地区2020年夏季鼠形动物汉坦病毒基因特征分析

目的 分析2020年夏季福建省宁德港地区（宁德港）鼠形动物携带汉坦病毒基因特征及遗传进化关系。方法 夹夜法采集宁德地区鼠类,提取鼠形动物肺组织RNA,用汉坦病毒检测试剂盒对样本进行检测,阳性样本进行全基因组测序,对序列进行相似性、遗传与变异等生物信息学分析。结果 共捕获鼠形动物112只,汉坦病毒阳性率为6.25%（7/112）,其中包括褐家鼠5只,黄胸鼠2只;对阳性样本测序,获得2条汉坦病毒的基因全序列（分别命名为：FJ35和FJ36,GenBank登录号：MW449188~MW449193）,全基因组序列均来自雄性褐家鼠;序列比对发现该样本所携带病毒属于汉坦病毒基因型汉城病毒（SEOV）,与山东省汉坦病毒分离株JX20140581和LZSF21之间核苷酸相似性较高为99%;采用最大似然法构建系统发育树发现该阳性样本所携带病毒属于S3亚型,与浙江省、山东省以及东北地区汉坦病毒分离株Z37、LZSF21和zy27、Gongzhuling415等属于同一亚型;氨基酸序列分析发现,与国际标准株SEOV80-39 M片段编码的氨基酸相比,FJ35和FJ36第81位谷氨酰胺（Q）变为精氨酸（R）;与FJ372核蛋白氨基酸相比发现N259S变异。结论 2020年夏季宁德港鼠形动物汉坦病毒阳性率较高,存在人群自然感染和流行的风险;形成该疫源地的病毒来自山东省某疫区的可能性比较大,需要做好港口鼠形动物的输入性防控;2株阳性样本所携带病毒属于S3亚型,与周围地区病毒株核苷酸及氨基酸同源性较高,但糖蛋白及核蛋白氨基酸存在一些微小的变异,可能引起相关抗原性的改变。     

中国南方四省区流行的HIV-1 CRFO 1 AE病毒株基因特征研究

目的 分析中周南方四省区HIV-1感染者中流行CRF01 AE病毒株的遗传特征。方法 从广东、广西、江西和湖南省(自治区)2006年新报告HIV-I感染者的血浆样本中提取病毒RNA, 用反转录/巢式PCR方法 扩增gag和erw基因片段, 对获得的CRFOI AE病毒株核酸序列进行系统进化分析, 并通过计算基闪距离和Entropy核苷酸多态性差异方法 分析毒株的遗传特征。结果 从210例CRF01 AE病毒株感染者中, 发现四省区流行的CRF01 AE病毒株存在2个主要的流行簇。流行簇I 共有123例样本, 未发现与之直接相关的凶际参考毒株。流行簇Ⅱ共有57例样本, 与越南CRF01fiE病毒株关系密切, 且存在不同时间样本的混杂。gag和elgv基闪遗传距离分析结果 表明, 流行簇I内基因遗传多样性均明显小于流行簇Ⅱ;核苷酸多态性分析结果 显示, 在gag基因片段42个位点核苷酸组成具有显著差异, erw基渊片段40个位点核苷酸组成存在显著差异;流行簇I相对于流行簇Ⅱ多态性减少的位点上有61个, 多态性增加的位点有21个。结论 在中国南方四省区流行的CRF01—AE病毒株中首次观察到2个独立的流行簇。流行簇I病毒株为该地区最主要的CRF01 AE病毒株, 其流行时间相对较短, 在人群中所占比例较多, 可能是病毒在流行过程中形成的具有传播优势的病毒株。流行簇Ⅱ病毒与来自于越南的CRF01 AE病毒株有较高同源性, 且存在与越南病毒株间的多次传播。     

内蒙古牙克石地区莫氏田鼠携带汉坦病毒的遗传特征分析

目的 分析内蒙古牙克石地区莫氏田鼠携带汉坦病毒（HV）的遗传特征及其与汉滩病毒（HTNV）和汉城病毒（SEOV）型HV之间的关系,确定哈巴罗夫斯克病毒（KHAV）的自然宿主。方法 采用RT-PCR检测HV核酸、特异性引物扩增S、M基因并测序及进行序列分析。结果 共捕获52只莫氏田鼠,其中5只为HV核酸阳性,带毒率为9.62%。经PCR扩增,5份HV阳性样本获得全S基因片段,2份阳性样本全M基因片段;S基因片段由1848~1861bp组成,M基因片段由3662bp组成。核苷酸序列同源性分析显示,病毒与KHAV具有高度同源性（S基因片段为92.5%~96.4%,M基因片段为88.9%~95.4%）,与其他型HV的差异较大。将核蛋白（NP）和糖蛋白（GP）氨基酸序列与HTNV和SEOV进行比较,NP具有一致的二级结构,GP存在明显的差异。用全S与全M的核苷酸序列构建系统进化树,这些病毒均与KHAV聚集在一起,构成一个独立的分支。KHAV分为2个小分支,核昔酸差异＞5.3%。结论 内蒙古牙克石地区存在KHAV的流行,莫氏田鼠是KHAV的自然宿主。     

上海市2015-2017年严重急性呼吸道感染住院病例病原学特征分析

目的 初步了解上海地区≥ 15岁住院严重急性呼吸道感染病例（SARI）的流行病学特征和病原学特征。方法 在2015-2017年期间选取2家监测点医院（二级、三级医院各1家）,对每名≥ 15岁的SARI呼吸道病例采集2份标本,其中1份进行22种呼吸道病原体PCR检测,另1份进行6种常见呼吸道细菌培养鉴定。结果 共对287例SARI病例开展了标本采集与实验室检测,其中≥ 60岁老年人占70.73%。287例病例中119例病例检出≥ 1种呼吸道病原体,阳性率41.46%。流感病毒检出率最高,为17.77%（51/287）,其次为人鼻病毒/肠道病毒和冠状病毒,均为7.32%（21/287）,肺炎支原体检出率为5.57%（16/287）,副流感病毒、博卡病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒检出率均<5%。细菌培养阳性7株,分别为肺炎克雷伯菌3株,金黄色葡萄球菌2株,肺炎链球菌和铜绿假单胞菌各1株。119例阳性病例中,40例检出≥ 2种病原体,占33.61%,以流感病毒合并肺炎支原体感染为主（10例）。流感病毒存在冬、春季流行高峰和夏季流行高峰,肺炎支原体存在冬、春季流行高峰,与流感病毒有重叠。15~与≥ 60岁组的SARI病例病原体检出情况差异无统计学意义。结论 ≥ 15岁SARI病例呼吸道样本病原检出种类较多,流感病毒是主要病原体,流感病毒与肺炎支原体混合感染比例较高。     

浙江省2013年病毒性脑膜脑炎病原学及分子流行病学特征

目的 分析2013年浙江省监测点病毒性脑膜脑炎病原学及分子流行病学特征。方法 从浙南和浙北监测点医院采集疑似病毒性脑膜脑炎患者脑脊液和/或粪便样本,用荧光定量PCR方法检测样本中人类肠道病毒(HEV)、流行性乙型脑炎病毒(JEV)、腮腺炎病毒(MuV)、单纯疱疹病毒(HSV)和巨细胞病毒(CMV)核酸,采用人横纹肌瘤细胞(RD)和人喉表皮样癌细胞(Hep-2)分离HEV,对HEV阳性分离物或核酸阳性样本扩增VP1基因并测序,然后进行同源性与进化分析。结果 在229例患者共计239份样本中检测到病毒核酸阳性92份(38.5%),其中HEV阳性87份,MuV、HSV和CMV阳性分别为1、2和2份;87份HEV中柯萨奇病毒(CV)38份和埃可病毒(E)49份;239份样本中分离到56株(23.4%)HEV;在31份HEV核酸阳性但病毒分离阴性的脑脊液样本中,检出最多的为E9(9份),其次为CVA9(8份);HEV血清型分别为CVA9、CVB4、CVB5、E6、E7、E9、E11、E14、E16、E25和E30;浙南监测点优势流行株为CVB5,浙北为E6。VP1区进化分析显示,浙江省HEV均为B组EV。结论 2013年浙江省监测点病毒性脑膜脑炎的主要病原为HEV-B,涉及11个血清型,首次在浙江省分离到E7;浙南优势流行株为CVB5,浙北为E6;核酸检出率明显高于病毒分离率,采用常规EV分离法存在漏检E9和CVA9的风险。     

上海市2014-2017年5岁以下住院儿童病毒性腹泻病原学特征分析

目的 了解目标人群中病毒病原谱及其分子流行病学特征,为病毒性腹泻的防控、用药和疫苗的研发及使用提供科学依据。方法 采集2014-2017年上海市某儿科医院<5岁腹泻住院患儿的粪便标本,并收集患儿的人口学、临床和流行病学信息。采用ELISA、荧光PCR以及巢式PCR方法对轮状病毒、杯状病毒、星状病毒和肠道腺病毒进行核酸检测和分子分型。结果 共采集粪便标本1 018份（男性患儿671份,女性患儿347份）,病毒阳性检出率高达40.57%,每年秋、冬季节达到检出高峰,检出率较高为杯状病毒（24.75%）和A组轮状病毒（13.95%）。在0~6月龄的婴幼儿中病毒检出率最低（32.20%）。约有65%的病毒感染患儿曾使用抗生素治疗,且抗生素的入院前使用率在病毒感染和病毒阴性人群中差异无统计学意义（P>0.05）。G9P[8]基因型为轮状病毒的主导流行株,且轮状病毒在<5岁各年龄组中普遍易感。结论 上海市<5岁腹泻住院患儿中杯状病毒的阳性检出率高于轮状病毒,提示需要密切关注婴幼儿腹泻的病原谱及病毒型别的变迁,在治疗中应合理使用抗生素,并加强疫苗研发用于疾病防控。     

湖北省武汉地区啮齿动物汉坦病毒S基因的特征分析

目的 了解湖北省武汉地区啮齿动物自然感染汉坦病毒（HV）情况以及流行的基因型和亚型。方法 2000-2003年、2009-2011年秋冬季在武汉地区新洲、江夏区野外及居民区采用夹夜法捕鼠。对捕获的动物进行分类鉴定并取肺脏用间接免疫荧光法检测病毒抗原。抗原阳性的样本,采用RT-PCR方法扩增部分S片段核苷酸序列,构建系统发生树并进行基因分型。结果 2000-2003年捕获啮齿类动物437只,HV抗原阳性鼠肺标本24份,病毒携带率为5.49%。2009-2011年捕获啮齿类动物173只,HV抗原阳性鼠肺标本7份,病毒携带率为4.05%。褐家鼠为当地的优势鼠种。22份标本成功地用汉滩病毒（HTNV）、汉城病毒（SEOV）特异引物扩增部分S基因片段并测序。17只（13只褐家鼠,4只黑线姬鼠）鼠肺标本中扩增出SEOV部分S基因片段（nt 588~1147）,分别属于第3亚型和2个新的基因亚型。5只黑线姬鼠的鼠肺标本中扩增出HTNV部分S基因片段（nt615-1141）,分别属于第7亚型和1个新的亚型。结论 武汉地区流行的HV为SEOV和HTNV,并发现新的基因亚型,SEOV可能“溢出”感染黑线姬鼠。     

浙江省2008-2012年肠道病毒相关病毒性脑炎病原谱及分子流行病学特征分析

目的 了解2008--2012年浙汀省肠道病毒相关病毒性脑炎病原谱及分子流行病学特征。方法从监测点采集疑似病毒性脑炎患者脑脊液和粪便样本利用RD和HeP-2细胞分离病毒,采用肠道病毒标准血清定型,并对分离株VPI基因测序,进行同源性与进化分析。结果从610例患者616份样本中分离到人类肠道病毒(HEY)127株(20.6%),其中柯萨奇病毒(CV)60株,埃可病毒(ECHO：E)67株,病毒血清型分别为CVA9、CVBl、CVB3～5、E3、E4、E6、E9、E14、E25、E30。2008～2012年优势株分别为CVB3、CVB5、E6、E30和E30。各分离株VPl基因序列全长834～918个核苷酸,与相应原型株核苷酸(nt)和氨基酸(aa)的同源性分别为76.7%～85.0%和91.1%。97.9%；浙江分离株型内差异最大为E6,nt和aa差异分别为20.4%和4.8%。基于VPl基因的进化分析结果表明。浙江分离株均位于HEV-B分支上,并显示出一定地域和时问效应；E6血清型内部又分成2小分支。结论2008-2012年浙江省病毒性脑炎的主要病原为HEV-B,涉及12个血清型；不同年份优势流行株不断变化,E30为绝对优势株；浙江E6分离株存在2个亚类流行株。     

Global survey of antibody to Hantaan-related viruses among peridomestic rodents

A global serological survey of rodents was conducted to determine the distribution and prevalence of antibody to Hantaan-related viruses, which are the causative agents of haemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) in man. Over 1700 rodent sera from more than 20 sites worldwide were examined by immunofluorescent antibody assay. High-titred positive sera were further tested by plaque reduction neutralization tests with prototype Hantaan virus and urban rat-associated Hantaan-like virus. Antibody-positive rodents were found in most, but not all, sites sampled. The highest antibody prevalence rates were found in Baltimore, MD, USA and Bélem, Brazil, and Rattus norvegicus was the species most often found positive. Bandicota indica and B. bengalensis, species previously not recognized as hosts of hantaviruses, were also positive. Neutralization tests detected antibody in Rattus sera specific for urban rat-associated Hantaan-like virus, but failed to establish the specificity of antibody in Bandicota sera. These results indicate that Hantaan-related viruses exist beyond the currently recognized boundaries of HFRS in man and suggest that human HFRS-like disease might be occurring in other areas of the world where rodent—human contact is common.     

深圳市啮齿动物感染汉坦病毒的基因特征研究

目的 研究深圳市啮齿动物所携带的汉坦病毒分子流行病学特征,分析汉坦病毒基因型别。方法 采用笼日法布点捕鼠,收集鼠肺标本后研磨提取RNA。运用实时荧光PCR方法进行分型检测,进一步采用反转录-巢式PCR扩增部分M片段G2区和S片段核苷酸序列,并进行同源性和系统进化树分析。结果 共捕获200只鼠类动物,包含褐家鼠189只、黄胸鼠9只和小家鼠2只。汉坦病毒检出率为21.0%（42/200）,均为汉城病毒,其中宝安区鼠肺检出率最高,达45.7%（χ²=25.60,P<0.05）。从阳性鼠肺标本中分别扩增出25条汉坦病毒M片段G2区和S片段序列,核苷酸同源性分别为95.3%~100.0%和97.6%~100.0%,与来自广州市的参考序列核苷酸相似性较高。系统进化树显示此次研究深圳市鼠类动物所携带的汉坦病毒均为汉城病毒的S2亚型。氨基酸突变位点分析发现,在S基因编码的核衣壳蛋白中存在1个位点突变,为BA-111第973位由丙氨酸（Ala）变为苏氨酸（Thr）。结论 深圳市鼠类动物所携带的汉坦病毒为汉城病毒的S2亚型,与深圳市历年以及周边省市汉坦病毒代表病毒毒株相比变异不大。     

Generation of a reassortant avian influenza virus H5N2 vaccine strain capable of protecting chickens against infection with Egyptian H5N1 and H9N2 viruses

BackgroundAvian influenza H5N1 viruses have been enzootic in Egyptian poultry since 2006. Avian influenza H9N2 viruses which have been circulating in Egyptian poultry since 2011 showed high replication rates in embryonated chicken eggs and mammalian cells.MethodsTo investigate which gene segment was responsible for increasing replication, we constructed reassortant influenza viruses using the low pathogenic H1N1 PR8 virus as backbone and included individual genes from A/chicken/Egypt/S4456B/2011(H9N2) virus. Then, we invested this finding to improve a PR8-derived H5N1 influenza vaccine strain by incorporation of the NA segment of H9N2 virus instead of the NA of H5N1. The growth properties of this virus and several other forms of reassortant H5 viruses were compared. Finally, we tested the efficacy of this reassortant vaccine strain in chickens.ResultsWe observed an increase in replication for a reassortant virus expressing the neuraminidase gene (N2) of H9N2 virus relative to that of either parental viruses or reassortant PR8 viruses expressing other genes. Then, we generated an H5N2 vaccine strain based on the H5 from an Egyptian H5N1 virus and the N2 from an Egyptian H9N2 virus on a PR8 backbone. This strain had better replication rates than an H5N2 reassortant strain on an H9N2 backbone and an H5N1 reassortant on a PR8 backbone. This virus was then used to develop a killed, oil-emulsion vaccine and tested for efficacy against H5N1 and H9N2 viruses in chickens. Results showed that this vaccine was immunogenic and reduced mortality and shedding.DiscussionOur findings suggest that an inactivated PR8-derived H5N2 influenza vaccine is efficacious in poultry against H5N1 and H9N2 viruses and the vaccine seed replicates at a high rate thus improving vaccine production.     

A sero-epidemiological survey for certain arboviruses (Togaviridae) in Pakistan

Complement-fixation test reactions to eight viruses of the family Togaviridae were studied in 372 serum samples (157 rodents, 172 domestic animals, 43 humans) from Pakistan. Antibodies to each tested virus were detected. The highest over-all prevalence rates were for West Nile (WN) (7.8%), Japanese encephalitis (JE) (3.2%) and Zika (ZIKA) (2.4%) viruses, followed by Sindbis (SIN), Chikungunya (CHIK), Uganda S (UGS) and Royal Farm (RF) viruses (1.6 to 1.3%). One human serum (male, age 58 years) reacted with Dengue-1 (DEN) virus antigen (titre 1:32). Antibodies to each virus except RF were detected in human sera; antibodies to RF virus were detected only in rodent and domestic animal sera. The roles of rodents in the epidemiology of WN, JE and ZIKA viruses should be investigated. At least six of these eight viruses cause fevers in humans (fevers of unknown origin comprise about one third of the febrile episodes recorded in Pakistan).     

鼠类感染淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒的RT—PCR检测与N基因序列分析

目的了解宁波市梅山口岸鼠类中淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）流行情况和基因序列特征。方法以LCMVN基因设计2对引物,采用RT—PCR方法对2012年宁波市梅山口岸捕获的鼠类样品进行LCMV检测,并对阳性样品的PCR产物进行测序及同源性和系统进化树分析。结果共检测53份鼠类样品,其中2份小家鼠样品为LCMV核酸阳性,分离的2株LCMV与国外LCMV分离株的同源性在75％~87％之间,与WHI株同源性最高（87％）并在系统发生树上属于同一组。结论证实当地鼠类中存在LCMV流行,新检测到的2株病毒与国外LCMV分离株存在一定差异。     

福建省发现输入性B3基因型麻疹病毒

目的 分析福建省2018年输入性B3基因型麻疹病毒的病原学特征。方法 采用实时荧光定量RT-PCR筛查和扩增麻疹病毒核酸阳性咽拭子及Vero/Slam细胞培养阳性产物。对麻疹病毒N基因羧基末端634个核苷酸片段进行扩增测序,比对分析构建基因亲缘性关系树。结果 分离获得2株麻疹病毒株,18条病毒核酸序列。所有福建株在亲缘关系上与WHO B3基因型参考株同属一个分支,其中标本MV18-41和MV18-42与2018年分离于中国香港地区的毒株（HongKong.CHN/35.18）核酸同源性为100.0%;其他毒株序列与2018年分离于日本的毒株（Mvs/Osaka.JPN/38.18/B3）同源性最高（99.9%）。福建株与除B3基因型外,23种WHO不同麻疹基因型参考株之间比较,福建株与B1基因型参考株核苷酸和氨基酸同源差异性最小,分别为95.1%～95.4%和95.3%;与H1基因型参考株同源差异性最大,其中与中国目前优势流行的参考株MVi/Hunan.CHN/0.93/7核苷酸和氨基酸同源差异分别为88.7%～89.0%和87.3%;在病毒N蛋白羧基末端150个氨基酸位点上,福建株与疫苗株（Shanghai-191）之间存在13个变异位点,但这些位点并未引起该蛋白区域的功能变化。结论 福建省成功分离获得2株B3基因型麻疹毒株,B3基因型麻疹病毒是福建省发现的新基因型麻疹病毒,在补充和丰富福建省麻疹病毒分子流行病学本底资料的同时也进一步警示必需加强输入性病例的监测,才能更好地完成福建省麻疹病毒的控制和消除工作。     

浙江省人感染H7N9禽流感病毒的基因组序列分析

目的分析浙江省2013年4月初一例人感染甲型H7N9禽流感患者的病原学和基因组序列特征.方法提取患者标本的病毒RNA并用荧光定量RT-PCR方法检测,一步法RT-PCR扩增H7N9禽流感病毒基因组的8个片段,测序并拼接出基因组序列.下载目前已经公布的H7N9禽流感病毒和其他H7、N9亚型的病毒的HA和NA序列,采用Mega 5.1软件对其进行序列比对并构建进化树.根据测序的结果分析该例H7N9禽流感病毒的序列变异情况.结果该患者标本甲型流感、H7亚型和N9亚型均为阳性,通过扩增基因组各片段并进行测序.对血凝素和神经氨酸酶基因进行比对和进化树构建,结果显示该H7N9病毒HA基因与A/duck/Zhejiang/12/2011(H7N3)的亲缘关系最近,NA基因与A/wild bird/Korea/A14/2011 (H7N9)的亲缘关系最近.编码内部蛋白的6个基因均与中国大陆近两年的H9N2毒株最为相似.该标本的病毒HA蛋白发生了Q226L突变,而与已经公布的人感染H7N9禽流感毒株均不一致的是PB2未发生E627K突变.结论从该份临床标本完成了检测和基因组各片段的扩增与测序.该病毒与已报道的人感染H7N9禽流感病毒同源性高,存在Q226L等重要位点的突变,但PB2未发生E627K突变.     

Identification and characterization of a novel subtype of Tula virus in Microtus arvalis obscurus voles sampled from Xinjiang,China

Although most of Arvicolinae associated hantaviruses can not cause disease in humans, hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) cases caused by Tula virus (TULV) have been described in Europe since 2002. In addition to Europe, TULV was also identified in the Microtus arvalis obscurus voles sampled from Kazakhstan, which shares borders with China. To gain more insight into the molecular epidemiology of TULV, a total of 365 rodents representing 7 species of 4 subfamily (Arvicolinae, Murinae, Gerbillinae, and Cricetinae) were captured in Qapqal county, Xinjiang, northwest China. Hantavirus RNA was recovered from 40 lung tissue samples of M. arvalis obscurus, with the prevalence of 10.96%. Genetic analysis revealed that all recovered viral sequences were most closely related to those of TULV, but exhibited >11% nucleotide differences from all currently known TULV, suggesting that they may represent a new subtype of TULV. In the S tree, the newly identified viruses formed a distinct lineage and showed a close evolutionary relationship with those sampled from Southwestern Siberia and Kazakhstan. However, they exhibited a different clustering pattern in both the M and the L trees, suggesting the possibility of genetic reassortment. Finally, the recombination event was also observed in Xinjiang TULV viruses. In sum, all these data reveal a complex evolutionary history of TULV in Central Asia.     

Predominance of influenza virus A(H3N2) 3C.2a1b and A(H1N1)pdm09 6B.1A5A genetic subclades in the WHO European Region, 2018–2019

BackgroundThe 2018/2019 influenza season in the WHO European Region was dominated by influenza A (H1N1)pdm09 and (H3N2) viruses, with very few influenza B viruses detected.MethodsCountries in the European Region reported virus characterization data to The European Surveillance System for weeks 40/2018 to 20/2019. These virus antigenic and genetic characterization and haemagglutinin (HA) sequence data were analysed to describe and assess circulating viruses relative to the 2018/2019 vaccine virus components for the northern hemisphere.ResultsThirty countries reported 4776 viruses characterized genetically and 3311 viruses antigenically. All genetically characterized A(H1N1)pdm09 viruses fell in subclade 6B.1A, of which 90% carried the amino acid substitution S183P in the HA gene. Antigenic data indicated that circulating A(H1N1)pdm09 viruses were similar to the 2018/2019 vaccine virus. Genetic data showed that A(H3N2) viruses mostly fell in clade 3C.2a (75%) and 90% of which were subclade 3C.2a1b. A lower proportion fell in clade 3C.3a (23%) and were antigenically distinct from the vaccine virus. All B/Victoria viruses belonged to clade 1A; 30% carried a double amino acid deletion in HA and were genetically and antigenically similar to the vaccine virus component, while 55% carried a triple amino acid deletion or no deletion in HA; these were antigenically distinct from each other and from the vaccine component. All B/Yamagata viruses belonged to clade 3 and were antigenically similar to the virus component in the quadrivalent vaccine for 2018/2019.ConclusionsA simultaneous circulation of genetically and antigenically diverse A(H3N2) and B/Victoria viruses was observed and represented a challenge to vaccine strain selection.