广西流行性乙型脑炎E基因分子流行病学分析

目的 了解广西流行性乙型脑炎(乙脑)病毒E基因特征和遗传变异状况.方法 采集不同地区蚊虫标本12 102只,进行乙脑病毒分离,阳性分离物进行乙脑E基因编码区核苷酸序列测定、序列同源性比较和遗传进化分析.结果 共分离到乙脑病毒4株,均属于基因Ⅰ型乙脑病毒;核苷酸同源性在98.3％ ～ 99.3％,氨基酸序列同源性99.4％ ～ 99.8％,核苷酸序列变异主要为沉默突变;与越南毒株核苷酸和氨基酸的同源性最大,分别为99.7％和100％;与乙脑减毒活疫苗株SA14-14-2的核苷酸同源性为87.4％ ～ 88.0％,氨基酸同源性为96.8％～97.2％,决定病毒毒力的8个重要位点均存在差异;影响病毒毒力的关键氨基酸位点均未发生变异.结论 广西分离的4株乙脑病毒的影响病毒毒力的关键氨基酸位点均未发生变异,与疫苗株比较,决定病毒毒力的8个重要位点存在差异.     

云南省1977-2010年流行性乙型脑炎病毒分子流行病学研究

目的 阐明1977-2010年分离自云南的63株流行性乙型脑炎（乙脑）病毒的基因型和分子流行病学特点。方法 病毒株常规接种乳小白鼠,取发病濒死的乳鼠脑组织经研磨制成上清液,提取病毒核酸,通过RT-PCR扩增乙脑病毒E基因序列,采用Clustal X、DNAstar和Mega 5.0等生物学软件进行核苷酸和氨基酸序列分析及系统进化树分析。结果 云南乙脑病毒分离株均可引起乳鼠发病和死亡。经RT-PCR和序列测定获得63株乙脑病毒的E基因序列,进化树和同源性分析表明,47株属基因1型,16株为基因3型。基因1型可分为2个进化群,其中云南最早的基因1型分离株（M28,1977;BN82215,1982）与泰国早期基因1型分离株（U70416,1982;DQ084229,年代不详）同处一个进化群;2007-2010年基因1型分离株分布于两个次级进化分支;16株基因3型分布于3个进化群中,其中20世纪70-90年代分离株分布于两个进化群,2004年分离株处于另一进化群。此外,无论基因1或3型乙脑病毒的抗原性、致病性和毒力等主要氨基酸位点均未发生明显改变。结论 云南省存在基因1和3型乙脑病毒流行,1型为近期主要流行型。云南省不同年代和地域的乙脑病毒分离株存在明显差异并具有遗传多样性特点。本研究还提示基因1型乙脑病毒可能起源于中国云南省及相邻东南亚地区。     

两种基因型流行性乙型脑炎病毒在上海市共同流行

目的掌握上海市流行性乙型脑炎(乙脑)病毒基因型别特征。方法 2002-2005年在上海市奉贤县养猪场采集蚊虫标本,研磨处理后分离病毒,完成病毒细胞学、动物学、血清学及分子生物学鉴定。测定病毒全基因组序列,应用ATGC、ClustalX(1.83)、MegAlign、GeneDoc3.2和Mega5.0等生物学软件完成序列拼接、比对、核苷酸与氨基酸同源性分析、系统进化分析。结果共采集38347只蚊虫标本,主要是三带喙库蚊。分离到13株乙脑病毒。测定13株乙脑病毒全基因组序列,结合上海市其他年份分离的乙脑病毒及涵盖5个基因型别的其他乙脑病毒全基因组序列,通过系统进化分析发现,上海市2001、2003、2005和2007年分离的乙脑病毒属于基因Ⅰ型,2004年和2006年分离的乙脑病毒属于基因Ⅲ型。结论 2种基因型别乙脑病毒(Ⅰ、Ⅲ型)在上海市共同流行。     

山东省首次分离出基因1型流行性乙型脑炎病毒

目的从山东省济南市采集的蚊虫标本中分离流行性乙型脑炎（乙脑）病毒（Japanese Encephalitis Virus,JEV）,并确定其基因型别及前膜蛋白（Precursor Membrane,PrM）基因片段和包膜蛋白（Envelope,E）基因区段分子特征。方法对2008年采集的蚊虫标本进行病毒分离,对新分离的病毒进行血清学及分子生物学鉴定。逆转录-聚合酶链反应扩增新分离JEV的PrM、E区段核苷酸序列,测序后应用Clustal X（1.83）软件做碱基配对分析,MEGA3.1完成病毒进化分析,GENEDOS（3.2）软件完成氨基酸位点分析。结果共采集15700只蚊虫标本,包括库蚊、骚扰阿蚊、伊蚊、按蚊。随机抽取20批标本,从其中的1批三带喙库蚊标本中分离到1株病毒,经过血清学及分子生物学鉴定属于基因1型JEV。新分离JEV与减毒活疫苗株SA14-14-2株E区段核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为88.0%和97.2%,存在14处氨基酸位点差异。结论从山东省首次分离到基因1型JEV。     

四川省德阳市埃柯病毒6型的基因特征分析

目的了解四川省德阳市埃柯病毒6型(echovirus 6,E6)的基因特征。方法对2013年德阳市手足口病咽拭子标本的病毒分离阳性株进行核苷酸测序,获取的E6毒株序列与世界各地的E6参考株序列构建进化树并分析基因特征。结果4株E6分离株中,3株VP1区核苷酸序列一致,与另1株仅有1个核苷酸差异。同E6原型株(D'Amori)比较,核苷酸一致性≥77.0%。进化树分析显示,德阳市E6分离株为C2基因亚型,与部分山东分离株聚集在同一进化分支上。结论德阳市E6为C2基因亚型。其中3份标本来自同一地区的不同月份,提示E6在此地持续传播。     

手足口病相关柯萨奇病毒A组8型全基因组序列特征分析

目的 研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型（CV-A8）全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法 对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列,采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果 序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间,与原型株比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%;与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析,可将CV-A8分为5个基因型：A、B、C、D和E,本研究11株CV-A8分属于C（1株）、D（2株）、E（8株）3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%,P2区进化树图显示,本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近,P3区进化树图显示,本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论 本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性,非衣壳区呈现重组多样性,提示CV-A8正在经历变异动态变化;CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体,因此需要进一步加强监测CV-A8。     

江西省Ⅰ型脊髓灰质炎病毒的基因特征分析

目的了解江西省2009年-2014年AFP病例中脊髓灰质炎病毒的分离情况,并分析Ⅰ型脊髓灰质炎病毒疫苗相关株的基因特点。方法利用分子生物学技术,通过real-time PCR对病毒分离株进行型内鉴定,并且对毒株进行VP1编码区全基因的序列测定和分析。结果 2009年-2014年,从江西省各地送检的粪便标本中,共检出9例Ⅰ型脊髓灰质炎病毒。其有相似的核苷酸序列,其核苷酸序列长度均为906 bp,编码302个氨基酸,同源性为98.6%~99.9%,与SabinⅠ序列相比,共有15个核苷酸突变位点,每株毒株的突变率为0.11%~0.99%。结论 9株均为疫苗相关株,VP1全基因编码区发现有1株Ⅰ型毒株在突变率最高的位点2 795位发生突变,可能引起其毒力回复,应加强对其进一步监测。     

狂犬病病毒浙江街毒株糖蛋白基因序列分析

目的 测定狂犬病病毒浙江株(鼬獾源和犬源)糖蛋白(GP)基因组全序列,从分子水平比较狂犬病病毒浙江株与其他地区代表性街毒株和疫苗株GP之间的差异.方法 乳鼠接种分离狂犬病病毒,RT-PCR反应测定狂犬病病毒浙江株GP基因核苷酸序列,并进行序列和编码蛋白的比较分析.结果测序获得浙江5株鼬獾源狂犬病病毒和9株犬源狂犬病病毒GP基因序列,全长1575个核苷酸,编码524个氨基酸.浙江病毒株与其他地区街毒株、疫苗株核苷酸和氨基酸序列相似性在82.3%～99.9%和85.1%～99.8%之间,种系分析显示浙汀株均为基因1型,GP编码蛋白无重组,主要抗原位点未出现较大的变异.结论 对GP基因一级结构综合分析表明,在某些区域存在优势抗原表位的可能性较大,可能出现潜在的蛋白质抗原决定簇,浙江株GP基因变异较小,与国内其他地区流行的代表性街毒株相似,但高于其他疫苗株,在基因结构及种系进化关系上存在一定的距离.     

云南省澜沧江流域蚊虫流行性乙型脑炎病毒分子特征分析

目的确定2007-2009年从云南省澜沧江流域采集蚊虫中分离的13株流行性乙型脑炎病毒(JEV)基因型及其E基因序列特征。方法用反转录-聚合酶链反应(RTPCR)扩增E蛋白核苷酸序列,测序后用DNAStar软件包中的MegAlign程序完成核苷酸相似性和氨基酸同源性分析;用ClustalX1.83软件进行碱基配对后采用Mega5.0软件做进化树分析。结果 13株JEVE基因的核苷酸相似性为98.0%～100%,氨基酸的同源性为99.8%～100%,与我国乙脑减毒活疫苗株SA14-14-2的核苷酸相似性为86.1%～86.9%,氨基酸同源性为96.8%～97.2%;进化树分析发现,13株JEV均属于基因Ⅰ型。结论 2007-2009年从云南省澜沧江流域采集蚊虫中分离的13株病毒属于JEV基因Ⅰ型。     

浙江省部分地区2009--2010年蚊媒中乙型脑炎病毒分子流行病学特征研究

目的 了解浙江省部分地区蚊媒携带流行性乙型脑炎(乙脑)病毒(JEV)情况及其分子流行病学特征.方法 2009-2010年7-8月从浙江省慈溪市和仙居县乙脑监测点采集蚊13620只,利用荧光定量PCR方法检测蚊中JEV核酸,用BHK-21细胞分离病毒,扩增JEV分离株E基因,然后选择6株进行测序并进行同源性分析.结果 慈溪和仙居监测点蚊中JEV带病毒率分别为17.0％(27/159)和3.4％( 1/29);从2010年143批蚊中分离到22株JEV,分离率为15.4％.6株测序株E基因全长均为1500个核苷酸(nt),推导编码500个氨基酸(aa),未发现nt插入和丢失,nt和aa同源性分别为99.2％～ 99.8％和100.0％,与浙江省2007-2008年JEV分离株的nt和aa同源性分别为99.1％～99.3％和99.2％～ 99.8％,与乙脑疫苗株SA14-14-2同源性分别为87.6％～88.0％和97.8％.E基因进化树显示,6株测序株位于基因Ⅰ型分支上.结论 浙江省慈溪市和仙居县监测点蚊媒携带JEV,其中慈溪监测点蚊媒中乙脑带病毒率明显高于仙居监测点,JEV分离株均为基因Ⅰ型.     

2010年安徽省蚊虫标本分离到基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒

目的在安徽省不同地区开展流行性乙型脑炎病毒(JEV)病原学调查,了解当地JEV的基因型别及分子特征。方法 2010年8月在安徽省阜阳、淮南、安庆市的3个标本采集点使用诱蚊灯采集蚊虫标本,通过组织培养法分离病毒,并对病毒分离物进行血清学和分子生物学鉴定;利用生物信息学技术对新分离病毒的序列进行分析,完成同源性和系统发生分析。结果采集到3属3种共计7651只蚊虫标本,通过组织培养技术分离得到11株病毒分离物,鉴定结果显示均为基因Ⅰ型JEV。安徽省JEV新分离株与基因Ⅰ型JEV的同源性最高,核苷酸同源性为96.8%～99.5%,氨基酸同源性为97.8%～100%。结论在安徽省首次分离到基因Ⅰ型JEV,与我国上海市及浙江省JEV分离株进化关系较近。     

浙江省蚊虫中乙型脑炎病毒的分离及鉴定

目的 对2007年浙江省采集的蚊虫标本进行病毒分离与鉴定.方法 2007年在浙江省采集蚊虫标本,用金黄地鼠肾细胞(BHK-21)分离病毒,对新分离的病毒进行血清学和分子生物学鉴定.结果 采集到4735只蚊虫,分离到2株致BHK-21细胞病变的病毒,经免疫荧光和RT-PCR试验鉴定为乙型脑炎病毒(JEV),利用病毒PrM区段进行基因分型分析,新分离的2株病毒属于基因Ⅰ型JEV.对这2株病毒的E基因区段进行分析,核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.0%和98.8%.与疫苗株SA14-14-2相比,核苷酸同源性在87.7%,氨基酸同源性在96.4%以上,共有14个共同的氨基酸位点差异.结论 在浙江省采集的蚊虫标本中分离到2株病毒,经鉴定为基因Ⅰ型JEV,是浙江省近年来首次分离.     

江西省流行性乙型脑炎病毒的分离与鉴定

目的调查江西省的虫媒病毒分布状况,在当地采集蚊虫标本进行病毒分离与鉴定。方法 2008-2009年夏季在江西省共选择8个标本采集点,使用诱蚊灯采集蚊虫标本,通过组织培养法分离病毒,并对病毒分离物进行血清学和分子生物学鉴定;利用生物信息学技术对新分离病毒的序列进行分析,完成同源性和系统发生分析。结果 2008年采集到3属3种共计11916只蚊虫标本;2009年采集到4属5种共计5905只蚊虫标本;共分离到4株病毒,经鉴定均为流行性乙型脑炎(乙脑)病毒;新分离乙脑病毒与基因Ⅰ型乙脑病毒的同源性最高,系统进化结果显示,4株乙脑病毒均属于基因Ⅰ型。结论在江西省分离到基因Ⅰ型乙脑病毒,与上海市和浙江省分离株进化关系较近。     

贵州省不同地区2008年虫媒病毒调查

目的调查贵州省不同地区虫媒病毒分布状况,对采集的蚊虫标本进行病毒分离与鉴定。方法 2008年7月在贵州省黔西、德江、榕江和从江县的4个标本采集点使用诱蚊灯采集蚊虫标本,通过组织培养法分离病毒,并对病毒分离物进行血清学和分子生物学鉴定;利用生物信息学技术对新分离病毒的序列进行分析,完成同源性和系统发生分析。结果采集到3属4种共计9160只蚊虫标本,从中分离到9株病毒,鉴定结果显示8株为盖塔病毒,1株为流行性乙型脑炎病毒(JEV);贵州省新分离盖塔病毒与原型株相比,核苷酸同源性为94.5%～94.9%,氨基酸同源性为97.4%～97.6%;新分离JEV与基因Ⅰ型JEV的同源性最高,系统进化分析结果显示属于基因Ⅰ型JEV。结论在贵州省分离到盖塔病毒和基因Ⅰ型JEV。盖塔病毒新分离株与我国其他省份分离株进化关系较近;JEV新分离株与四川省分离株进化关系较近。     

71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型研究

目的初步探讨浙江省结核分枝杆菌的数目可变串联重复序列（VNTR）的分型及分布特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株，常规培养，收集菌体，提取基因组DNA，采用聚合酶链反应（PCR）分别对VNTR位点进行检测分析，基因分型聚类分析采用BioNumerics软件。结果对71株结核分枝杆菌临床分离株的15个VNTR位点进行检测。结果显示明显的基因多态性。经基因聚类分析，可分4个基因群（I群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群），58个基因型。分别为I群占8．5％，含5个基因型，Ⅱ群占18．3％，含13个基因型，Ⅲ群占70．4％，含38个基因型，Ⅳ群占2．8％，含2个基因型。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌VNTRs基因存在明显的多态性，至少存在4个VNTR型，主要流行型为Ⅲ型。     

云南省弥勒县2009年蚊媒病毒分离和鉴定

目的了解云南省红河州弥勒县蚊虫中虫媒病毒的分布特点,为虫媒病毒病防治提供科学依据。方法 2009年7月在弥勒县采集蚊虫标本,用细胞培养法分离病毒,对病毒分离物进行分子生物学鉴定。结果从采集到的三带喙库蚊4400只和中华按蚊2200只中分离到9株阳性分离物,经分子生物学鉴定,7株分离物为流行性乙型脑炎(乙脑)病毒(JEV),均分离自三带喙库蚊;2株分离物为淡色库蚊浓核病毒(CppDNV),分离自三带喙库蚊和中华按蚊。结论首次在红河州弥勒县分离到乙脑病毒,从病原学证实弥勒县是乙脑流行区。流行株同源性和分子遗传进化分析证实为基因Ⅰ型乙脑病毒,为滇东南地区首次分离。