北京地区2006-2008年肠道病毒71型VP1区基因特征分析

目的 了解2006-2008年北京地区分离的不同来源肠道病毒71型(EV71)VP1区基因特征.方法 从手足口病例、急性弛缓性麻痹病例和健康儿童的粪便、咽拭子和疱疹液标本中分离EV71病毒株,选取其中9株EV71分离株,采用RT-PCR扩增VPl区全长基因片段并进行序列测定、系统发生树构建、核苷酸同源性及组内和组间进化距离分析.结果 9株EV71在系统发生树上与C基因型中的C4亚型代表株属同一分支;在核苷酸同源性分析中,9株分离株与C4亚型代表株的同源性达到92.1%～93.9%,明显高于与C1、C2、C3亚型代表株的同源性(分别为88.8%～89.5%、89.4%～90.0%和88.4%～89.3%);三种不同来源的分离株病毒之间具有较高的同源性(95.9%～100.0%),但与1998年分离的C4亚型代表株的同源性却较低(分别为93.3%～93.9%和92.1%～92.9%).在进化距离的分析上,C4亚型内各组间距离较大,尤其是亚型代表株与分离株之间距离最大(D=0.052～0.071).结论 2006-2008年北京地区流行的EV71仍然是C4亚型,在同一时间不同地区、不同来源、不同疾病状态卞分离的EV71在VP1区全长基因序列上无明显差别;但是随着时间推移,核苷酸变异的不断积累,出现新亚型的概率也在不断增加,因此有必要加强分离株的监测以掌握EV71的变异趋势.

Genetic characteristics of enterovirus 71 isolated in Beijing,2006-2008