实时荧光PCR用于CYP2C19基因多态性检测的性能验证

目的评价实时荧光聚合酶链反应(PCR)检测细胞色素P450家族成员2C19(CYP2C19)基因多态性的精密度、准确度和检测限。方法采用实时荧光PCR对基因型为*1/*1、*1/*2、*1/*3和*1/*17的DNA样本分别作批内重复扩增10次,以评价方法的精密度;比较实时荧光PCR与Sanger测序法的检测结果,以评价方法的准确性;对2倍梯度稀释的DNA样本(基因型为*1/*1、*1/*2、*1/*3和*1/*17)进行实时荧光PCR扩增,以评价方法的最低检测限。结果批内重复10次的分型检测结果完全一致,所有PCR的Ct值变异系数(CV)均2.5%;实时荧光PCR的分型结果与Sanger测序法结果的符合率为100%(20/20),其中*1/*17型1例、*1/*1型3例、*1/*2型5例、*1/*3型5例、*2/*2型4例、*2/*3型2例;实时荧光PCR的最低检测限为1.875 ng/μL DNA。结论实时荧光PCR的基因分型结果稳定、可靠,适用于医学实验室CYP2C19基因多态性的检测。     

ISO15189认可关于CYP2C19基因多态性检测性能验证评价

目的评价荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测人类CYP2C19基因多态性的分析性能。方法依据ISO15189认可要求对试剂盒的准确度(与金标准比较)、特异度、精密度、检测下限和抗干扰能力进行性能评价。结果 20份临床标本荧光定量PCR与Sanger测序法结果比对,准确度符合率为100%(测序符合率为100%);10份临床标本3个基因型位点荧光定量PCR与Sanger测序法结果均为野生型,特异度符合率为100%;荧光定量PCR对临床标本重复检测15次的结果完全一致,且Ct值CV≤5%;试剂盒最低检出限为0.550ng/μL;血红蛋白、胆红素和三酰甘油3种干扰物质加入已知基因型结果的血液标本后进行检测,与对照结果符合率为100%。结论荧光定量PCR检测人类CYP2C19基因多态性的性能验证满足ISO15189认可要求,适合于临床应用。     

基于荧光定量PCR技术的人类CYP2C9和VKORC1基因多态性检测方法学评价

目的:对基于荧光定量PCR技术的人类CYP2C9和VKORC1基因多态性检测试剂盒进行性能评价。方法:选取20例已通过Sanger测序确定基因分型的临床样本编盲,按照试剂盒流程进行实时荧光PCR检测,评价其准确度;对4种基因型样本(CYP2C9*3纯合野生型、CYP2C9*3杂合突变型、VKORC1-1639GA纯合突变型和VKORC1-1639GA杂合突变型)重复检测10次,评价其批内精密度;DNA样本梯度稀释,评价最低检测限。结果:实时荧光PCR法与测序结果对比分析,结果全部一致,准确度100%。不同基因型批内精密度均≤5%,批内精密度可接受。DNA浓度在0.964μg/μL仍可检测标本的基因型。结论:实时荧光PCR技术对人类CYP2C9和VKORC1基因分型检测在方法学上稳定可靠,此评价模式可适用于基于荧光PCR技术的其他基因多态性试剂盒的评价。     

SLCO1B1和ApoE基因多态性检测与他汀类药物临床应用专家共识

他汀类药物作为心血管疾病防治的主要药物, 其有效性和毒性反应常存在个体差异, 可能发生不同严重程度的他汀类药物相关肌病, 常导致他汀类药物依从性较差甚至停药, 进而导致心血管事件及死亡率的升高。他汀类药物相关的基因多态性是导致个体反应差异的重要原因, 其中溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1B1(SLCO1B1)和载脂蛋白E(ApoE)基因多态性影响他汀类药物的安全性及有效性。SLCO1B1和ApoE基因多态性可通过实时荧光PCR、芯片杂交、测序、Sanger测序等不同方法进行检测。用药前检测SLCO1B1及ApoE基因多态性, 将有助于实现他汀类药物的精准用药, 提高调脂疗效, 减少或避免药物不良反应的发生。中国中西医结合学会检验医学专业委员会、浙江省免疫学会临床免疫诊断专业委员会及浙江省药理学会治疗药物监测研究专业委员会组织专家对他汀类药物相关基因多态性检测与临床应用进行了讨论, 并对一些关键问题给出了共识性观点, 形成10条建议, 以期为临床安全、合理使用他汀类药物提供指导。     

一种KRAS基因突变检测方法的建立及初步应用

目的建立一种KRAS基因实时荧光定量PCR-Sanger测序突变检测方法,并初步探讨其临床应用价值。方法以KRAS基因热点突变区域12、13密码子为研究位点设计特异性扩增、测序引物,利用已知野生型、突变型样品以TA克隆技术构建相应质粒作为标准品,建立KRAS基因实时荧光定量PCR—Sanger测序突变检测方法,并进行方法学和应用评估。结果成功构建了KRAS基因12、13密码子野生型、突变型质粒。建立了KRAS基因实时荧光定量PCR—Sanger测序突变检测方法,该方法灵敏度高（9．39×10^1copies／uL）,重复性好（实时荧光定量PCR部分批内、批间变异系数分别为1．60％、2．54％）。该法与传统Sanger测序法同时检测40例临床样品,结果符合率为100％。结论本研究成功建立了可用于临床样品检测的KRAS基因实时荧光定量PCR—Sanger测序突变检测方法。     

CYP2C19基因多态性荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立检测人细胞色素氧化酶2C19(CYP2C19)基因多态性的荧光定量PCR检测方法。方法用Primer Premier5.0和Primer Express 3.0软件针对人CYP2C19基因681和636多态性位点分别设计1对引物和2条Taq Man-MGB探针,优化建立荧光PCR反应体系。评价该方法的准确性、灵敏度和重复性。用该方法检测300例临床样本,并用测序法进行验证。结果建立CYP2C19基因681和636位点荧光PCR检测方法,灵敏度为每个反应2 ng/g DNA。300例临床样本检测结果与测序法一致性为100%。结论建立的CYP2C19基因多态性荧光PCR检测法准确性较高、灵敏度和重复性较好,适于临床实验研究。     

重庆地区高脂血症人群ApoE/SLCO1B1基因 多态性与他汀类药物的相关性研究

目的研究重庆地区高脂血症人群载脂蛋白E(ApoE)和SLCO1B1基因多态性的分布情况,以探究其多态性对他汀类药物的影响。方法选取中国人民解放军陆军军医大学第三附属医院497例血脂异常患者[空腹血清总胆固醇(TC)5.2 mmol/L或三酰甘油(TG)1.7 mmol/L或低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)3.4mmol/L或高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)1.0 mmol/L],男252例,女245例,平均年龄(66±11)岁。提取基因组DNA,采用PCR-荧光探针法测定ApoE基因ApoE2(526CT)、ApoE4(388TC)和SLCO1B1基因SLCO1B1*1b(388AG)、SLCO1B1*5(521TC)多态性;统计ApoE和SLCO1B1基因型频率和等位基因频率。根据不同ApoE基因型的他汀类药物疗效将其分为疗效良好组、疗效正常组和疗效不良组,明确3组间SLCO1B1基因型分布频率。结果 ApoE基因型分布频率为E2/E2 1.00%,E2/E312.47%,E3/E3 66.80%,E3/E4 16.50%,E2/E4 2.01%和E4/E4 1.21%,即疗效良好组13.48%,疗效正常组68.81%,疗效不良组17.71%。SLCO1B1基因型频率:*1a/*1a型6.24%,*1a/*1b型30.18%,*1b/*1b型42.66%,*1a/*15型3.02%,*1b/*15型16.10%,*15/*15型1.81%。疗效良好组、正常组和不良组中SLCO1B1基因型分布整体均匀,没有显著差别。疗效良好组中正常风险基因型占82.09%,中等风险基因型占17.91%,高度风险基因型0%;疗效正常组中正常风险基因型占78.95%,中等风险基因型占18.72%,高等风险基因型占2.33%;疗效不良组中正常风险基因型占75.00%,中等风险基因型占23.87%,高等风险基因型仅有1例占1.13%。结论重庆地区高血脂人群适合使用他汀类药物进行治疗,并可通过基因型别调整药物剂量,以降低其不良反应。     

应用焦磷酸测序技术检测VKORC1和CYP2C9基因型

目的建立基于焦磷酸测序技术的维生素K环氧化物还原酶复合物亚单位1(VKORC1)和细胞色素P450 2C9(CYP2C9)基因分型的方法,用于检测华法林药物代谢酶相关基因多态性。方法收集50份健康人外周血样本,提取全血基因组DNA。针对VKORC1-1639GA、CYP2C9 430CT和CYP2C91075AC 3个单核苷酸多态性(SNP)位点,分别设计一套带生物素标记的扩增引物和测序引物。样本经PCR扩增后进行焦磷酸测序,结合信号峰型分析每个样本基因型,以Sanger测序法为对照,比较两种方法检测基因型结果的一致性。结果根据待测位点出峰的碱基和峰高,可以清晰判断3个SNP位点的基因型,50份样本中,VKORC1-1639GA基因型AA和AG分别有41例和9例,各占82%和12%;CYP2C9基因型*1/*1和*1/*3分别有45例和5例,各占90%和10%,未检出等位基因CYP2C9*2。焦磷酸测序技术与Sanger测序法所检测的基因型结果一致。结论焦磷酸测序技术在SNP基因分型中具有操作简便、耗时短、成本低和结果准确可靠等优点,该检测方法可快速对CYP2C9和VKORC1的SNP位点进行分型。     

焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677基因多态性的性能验证

目的对实验室自建焦磷酸测序法检测乙醛脱氢酶2(ALDH2)*2和亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)677基因多态性的方法进行性能评价。方法对不同浓度(10.0、2.0、0.4、0.0ng/μL)的杂合型DNA标本进行检测,评价方法的检出限;采用经焦磷酸测序法验证的DNA标本的PCR产物各20例,与Sanger测序法进行比较,评价方法的准确度;对3种(野生、杂合和突变型)基因型标本重复检测4次,评价方法的重复性。结果焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677多态性的检出限为2ng/μL基因组DNA;焦磷酸测序法的分型结果与Sanger测序法一致,准确度为100%;批内重复4次检测结果完全一致。结论焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677基因多态性稳定可靠,满足江苏省临床检验中心的要求,可用于临床检测。     

SLCO1B1&APOE基因多态性检测性能验证

目的对人类SLCO1B1APOE基因检测试剂盒(PCR-荧光探针法)进行性能验证。方法参照产品行业标准要求及相关文献,设计验证方案,对武汉友芝友医疗公司生产的人类SLCO1B1APOE基因检测试剂盒的准确性(与金标准测序法结果比较)、特异性、最低检出限和抗干扰能力4个方面进行性能验证。结果 20个临床样本的荧光定量PCR检测结果与测序法结果比对,符合率为100%,满足试剂准确性验证要求;40个临床样本荧光PCR野生型位点的检测结果用测序方法均未检出突变,满足试剂特异性验证要求;基因检测试剂盒的最低检出限为10 ng/μL;血红蛋白、总胆红素和三酰甘油3种干扰物质加入已知基因型结果的血液样本后进行检测,与对照组结果均符合,满足试剂抗干扰能力验证要求。结论人类SLCO1B1APOE基因检测试剂盒各项性能验证参数与厂家声明基本一致,符合相关质量管理要求,可应用于临床标本检测。     

Duplex pyrosequencing assay of the 388A>G and 521T>C SLCO1B1 polymorphisms in three Asian populations

BACKGROUND: We developed a method for detecting important SLCO1B1 polymorphisms and compared the haplotype frequencies in 3 Asian populations. METHODS: We designed a duplex pyrosequencing assay to detect simultaneously the 388A>G and 521T>C variants of SLCO1B1; this method can identify SLCO1B1*1b, SLCO1B1*5, and SLCO1B1*15. The method was validated by direct sequencing of 96 Korean subjects. In addition, duplex genotyping and the monoplex method were compared and validated with 469 Korean subjects. To characterize the haplotype frequencies based on the 2 polymorphisms, we genotyped 106 Chinese and 104 Vietnamese subjects, as well as Korean subjects, using the new method. RESULTS: The results showed 100% concordance among the monoplex and duplex pyrosequencing assays and direct sequencing method. The allele frequencies were similar in the 3 Asian populations: the most common allele was SLCO1B1*1b, while SLCO1B1*5 was rare or absent. The frequencies of functional SLCO1B1*15 alleles differed statistically between Chinese (8.2%) and Korean (14.0%) and Vietnamese (16.3%) (p<0.05, chi(2)-test). CONCLUSIONS: The duplex pyrosequencing assay appears to be an accurate, rapid, and cost-effective genotyping method to detect major SLCO1B1 important alleles in Asian populations.     

建立一种HBV突变检测的蝎子实时荧光PCR新方法

目的：为 HBV 突变检测建立一种有效、快速、简捷的蝎子实时荧光 PCR 新方法。方法同时用蝎子实时荧光 PCR 新方法和 Sanger 测序法对比：对157例 HBV 患者的血清的 DNA 进行 HBV 基因rtN236T 突变检测,统计其符合率;通过对混有不同比例的 HBV 基因 rtN236T 突变核酸的样本进行对照检测来比较两者的灵敏度。结果在157例 HBV 患者的血清样本中,蝎子实时荧光PCR 新方法检测到 rtN236T 突变的有69例,而 Sanger 测序法检测的有68例,其符合率为98.6％;蝎子实时荧光PCR 新方法能检测出混有5％突变的样本,其灵敏度达5％,比 Sanger 测序法高。结论蝎子实时荧光 PCR 新方法能有效检测到 HBV 突变,且比 Sanger 测序法更为简单、快速、灵敏度高,适合临床应用。     

CYP2C19基因多态性检测的临床实验室性能验证

目的对人细胞色素P450酶等位基因(CYP2C19)多态性检测试剂盒进行性能验证。方法根据中国合格评定国家认可委员会CNAS-GL039:2019《分子诊断检验程序性能验证指南》相关要求,结合试剂盒说明书,从符合率、精密度、检出限和抗干扰能力4个方面对“人CYP2C19基因多态性检测试剂盒(荧光PCR法)”进行性能验证。符合率验证采用荧光PCR法和Sanger测序法检测;精密度验证选择杂合突变CYP2C19 c.681GA、c.636GA样本进行检测;抗干扰能力验证判断基因型检测是否受影响。结果PCR法和Sanger测序法的检测符合率为100%;CYP2C19 c.681 G和A等位基因的FAM和ROX荧光通道精密度检测CV值分别为3.78%、1.76%、3.76%和3.56%;CYP2C19 c.636 G和A等位基因的FAM和ROX荧光通道精密度检测CV值分别为3.08%、2.81%、3.40%和3.73%;样本最低检出限为10 ng/μL;抗干扰能力验证显示基因型可以正常检测。结论人CYP2C19基因多态性检测试剂盒(荧光PCR法)符合ISO15189质量管理要求,可以为临床提供准确可靠的检测结果。     

Profiling SLCO and SLC22 genes in the NCI-60 cancer cell lines to identify drug uptake transporters

Molecular and pharmacologic profiling of the NCI-60 cell panel offers the possibility of identifying pathways involved in drug resistance or sensitivity. Of these, decreased uptake of anticancer drugs mediated by efflux transporters represents one of the best studied mechanisms. Previous studies have also shown that uptake transporters can influence cytotoxicity by altering the cellular uptake of anticancer drugs. Using quantitative real-time PCR, we measured the mRNA expression of two solute carrier (SLC) families, the organic cation/zwitterion transporters (SLC22 family) and the organic anion transporters (SLCO family), totaling 23 genes in normal tissues and the NCI-60 cell panel. By correlating the mRNA expression pattern of the SLCO and SLC22 family member gene products with the growth-inhibitory profiles of 1,429 anticancer drugs and drug candidate compounds tested on the NCI-60 cell lines, we identified SLC proteins that are likely to play a dominant role in drug sensitivity. To substantiate some of the SLC-drug pairs for which the SLC member was predicted to be sensitizing, follow-up experiments were performed using engineered and characterized cell lines overexpressing SLC22A4 (OCTN1). As predicted by the statistical correlations, expression of SLC22A4 resulted in increased cellular uptake and heightened sensitivity to mitoxantrone and doxorubicin. Our results indicate that the gene expression database can be used to identify SLCO and SLC22 family members that confer sensitivity to cancer cells.     

建立一种PCR产物直接测序检测HBVYMDD突变的方法

目的 建立检测HBV YMDD变异的PCR产物直接测序法,并与传统实时荧光PCR检测YMDD突变的结果进行比较分析.方法 选取103份慢性乙型肝炎患者血清标本,提取血清HBVDNA.用实时荧光PCR检测YMDD突变;用巢式pcR扩增HBV逆转录酶基因,对PCR产物进行DNA双向测序,NTI软件比对结果.采用Kappa一致性检验对DNA测序法检测的rt204位点突变与实时荧光PCR检测的YMDD突变结果进行比较.结果 PCR产物直接测序法可有效检测低病毒载量标本(500拷贝/ml)和高病毒载量(1010拷贝/ml)标本,同时可以避免高病毒载量标本的抑制效应.与实时荧光PCR相比较,YIDD突变检测符合率为100%,YVDD突变检测符合率97.1%,YIDD与YVDD共生突变符合率76.2%(Kappa=0.853,P<0.01).结论 本研究建立的PCR产物直接测序法检测HBV耐药相关基因突变,灵敏度高,检测范围宽,与实时荧光PCR检测结果有较高的符合率,并可同时检出YMDD、YIDD和YVDD.     

Sanger测序技术在检测肺癌吉西他滨化疗耐药敏感基因CDA中的应用

目的分析吉西他滨耐药敏感基因胞苷脱氨酶(CDA)多态性位点突变,以实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法为参照,探讨Sanger测序技术应用于临床样本检测的适用性。方法随机选取255例ⅢB和Ⅳ期晚期非小细胞肺癌(NSCLC)外周血样本,提取DNA,分别采用qPCR法和Sanger测序法检测CDA基因G208A和A79C突变情况,评价Sanger测序法检测的敏感度和特异度。结果 255例ⅢB和Ⅳ期晚期NSCLC外周血样本Sanger测序法和qPCR法检测CDA基因突变的成功率分别为98.04%(250/255)和97.25%(248/255)。以qPCR法为参照,Sanger测序法检测的敏感度和特异度分别为92.50%和99.52%,两种方法检测出的突变分型完全吻合。结论采用Sanger测序法可有效检测耐药基因CDA突变,实现了突变分型,可准确、高通量、高效检测CDA突变位点,为临床NSCLC对吉西他滨用药敏感提供一种有效检测手段。     

空肠弯曲菌 TaqMan-MGB双重探针实时荧光定量 PCR快速检测

目的　开发一种特异、灵敏的TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 方法,用于空肠弯曲菌的快速定量检 测。方法　针对空肠弯曲菌鞭毛蛋白A 和马尿酸酶基因设计特异性引物和探针,建立一种新型TaqMan-MGB 双重探针 实时荧光定量PCR 检测空肠弯曲菌方法,对该方法的定量检测线性范围、特异度、灵敏度、重复性、稳定性进行评价, 应用该方法对临床标本中的空肠弯曲菌进行检测,同时用细菌培养、普通PCR、基因克隆和测序鉴定。结果　建立的 空肠弯曲菌TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 检测方法专属性强,能准确检出空肠弯曲菌,而与其他细菌无交 叉反应,特异度为100%。该技术灵敏度高,能精确定量检测空肠弯曲菌DNA 线性范围达10 个数量级,最低检测限为 4 个菌落形成单位。重复性和稳定性良好,组内和组间相对标准偏差均小于1%。应用该方法成功从78 例临床标本中定 量检出28 例空肠弯曲菌阳性标本,用普通PCR 和基因克隆测序分析确认,细菌培养方法仅获得6 株存活的空肠弯曲菌。 结论　TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 具有快速简便、可靠稳定、特异灵敏的优点,可用于临床标本中空肠 弯曲菌定量检测,值得推广应用。     

造血干细胞移植患者人巨细胞病毒监测的临床意义

目的探讨荧光定量聚合酶链反应对造血干细胞移植患者人巨细胞病毒活动性感染的早期诊断价值。方法收集40例造血干细胞移植患者共416份血标本,应用实时荧光定量PCR方法动态监测血浆HCMV—DNA载量,并与60例健康体检者血浆HCMV—DNA载量对比分析。结果416份血标本中96份阳性,阳性率23．1％,病毒载量介于5．0x10^2-1．0x10,拷贝／ml之间。结论实时荧光定量PCR方法检测HCMV—DNA适用于造血干细胞移植后巨细胞病毒活动性感染的早期诊断。     

Combination of real-time PCR and sequencing to detect multiple clinically relevant genetic variations in the lactase gene

Background: Lactase persistence is an autosomal dominant trait commonly distributed in Europe as well as some parts of east Africa and the Arabian Peninsula. Using real-time PCR to detect the ?13910C?>?T variant common in the European population is a reliable analysis although other variants in the probe-binding site may cause errors in analysis. The aim of this study was to determine the prevalence of the variants in a Danish cohort examined for lactose intolerance as well as to improve the real-time PCR analysis for detection of the different variants.

Methods: We genotyped 3395 routine samples using real-time PCR for the ?13910C?>?T-variant. All consecutive samples identified as ?13910CC were sequenced using Sanger Sequencing. Using the SDS software we examined various quality value settings to improve on the genetic analysis.

Results: Using real-time PCR resulted in 100% successful genotyping of the ?13910C?>?T variant. By using a quality value of 99% and sequencing the undetermined samples we improved the ability of the assay to identify variants other than ?13910C?>?T. This resulted in a reduction of the diagnostic error rate by a factor of 2.4 while increasing the expenses only 3%.

Conclusions: We conclude that using a quality value of 99% in the SDS software significantly improves the diagnostic efficiency of the real-time PCR assay for detecting variants associated to lactase persistence.