罕见耳聋家系GJB2基因新发突变基因检测和产前基因诊断

目的对1个耳聋家系进行耳聋致病基因检测和胎儿产前诊断,探讨建立遗传性耳聋产前诊断规范流程。方法1个耳聋家系,采用耳聋基因芯片对先证者和家系成员进行遗传性耳聋基因突变初筛;采用PCR反应和Sanger测序进行GJB2基因编码区突变分析,采用羊膜穿刺术对胎儿进行突变位点分析。取50例听力正常的健康人DNA作为对照并对新生儿进行随访,检测新生儿听性脑干反应阈值。结果该家系中检测到已知致病性突变c.235del C和c.299del AT,新发突变c.446CA(p.149AlaAsp);在50例正常人的DNA中未检测到c.446CA(p.149AlaAsp)突变;排除羊水母体污染,检测到胎儿携带235del C杂合突变;新生儿听性脑干反应阈值:左耳25db,右耳30db,听力正常。结论突变c.446CA(p.149AlaAsp)可能是该家系中致病性突变,可能是GJB2基因的一种新致病性突变。     

新生儿耳聋基因联合听力筛查结果分析

目的调查耳聋基因热点突变位点在武汉地区新生儿中的携带率,探讨新生儿耳聋基因筛查联合听力筛查的临床应用价值和意义。方法回顾性分析2016年1月至2017年12月在武汉市出生的11 231例足月新生儿听力筛查与耳聋基因筛查结果。新生儿出生后3d采集足跟血,采用实时荧光定量PCR法对常见的3个基因4个位点进行筛查,包括GJB2c.235delC、SLC26A4c.919-2AG、12SrRNA m.1555AG及m.1494CT,同时利用耳声发射法于生后48～72h进行听力初筛,初筛未通过者在出生后42d行听力复筛,复筛未通过者于出生后6个月进行听力评估与诊断。基因突变阳性或听力确诊未通过的病例采用一代测序法进行验证。结果 11 231例新生儿中,59例未通过6月龄听力检测。耳聋基因检测检出346例(占3.08%)携带耳聋基因突变,包括GJB2c.235delC突变199例,c.176del16突变2例,c.427CT杂合突变1例;c.235delC/c.257CG复杂杂合突变1例,c.235delC/c.299delAT复杂杂合突变2例,c.235delC/c.427CT复杂杂合突变1例;SLC26A4c.919-2AG突变113例;线粒体12SrRNA m.1555AG突变20例及m.1494CT突变1例。GJB2基因突变合并SLC26A4基因突变2例;GJB2基因突变合并线粒体基因突变4例。结论部分类型的耳聋基因突变携带患儿出生时不表现出听力异常,单纯应用常规听力筛查会漏检部分耳聋高危患儿。新生儿常规听力筛查联合耳聋基因筛查,有助于提高耳聋患儿的检出率,有利于耳聋患儿的早期发现及早期干预。     

广州市地区7234例新生儿耳聋基因突变分析

目的分析广州地区7234例新生儿4个常见遗传性耳聋基因热点突变情况,为广州地区遗传性耳聋的防治提供依据。方法收集广州市天河区中山大学附属第三医院2015年6月至2019年1月分娩的7234例新生儿脐带血液标本进行耳聋基因热点检测,基因突变新生儿行Sanger测序验证及基因外显子测序。结果检测到耳聋基因突变携带者266例(3.68%),其中GJB2基因突变159例(22.0%),SLC26A4基因突变85例(1.18%)。在266例的基因携带者中,GJB2 c.235delC杂合突变占49.6%(132/266),SLC26A4 IVS7-2A>G突变占28.2%(75/266),其余位点占22.2%。携带者一代测序验证结果与耳聋基因筛查结果一致,基因外显子测序中发现有3名双重突变患儿,两例为GJB2 c.235 del C与GJB2 c.109G>A双重杂合突变患儿,另一例为SLC26A4 IVS 7-2 A>G与SLC26A4 c.1983C>A双重杂合突变患儿,3例患儿经父母血液标本验证,双重杂合位点分别遗传自父母。结论本研究7234例新生儿聋基因筛查中,GJB2基因突变频率最高,其次是SLC26A4基因,为耳聋儿童的早期发现与早期干预提供参考与指导。现行热点突变检测位点可能漏检其他突变位点,可根据本地检测情况调整或者制定适合本地的筛查方案。     

一个Rett综合征合并努南综合征家系的基因诊断

目的：对1例发育迟缓患儿及其家系进行基因检测,了解其基因突变的类型和遗传模式,以对其进行临床诊断。方法：提取先证者及其家系成员的外周血DNA,利用高通量测序技术对先证者进行基因筛查,结合临床表型资料,寻找候选基因致病位点,结合Sanger测序技术对先证者及其家系成员进行致病位点验证。按照美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG）变异分类指南判断致病性。结果：高通量测序结果发现, 先证者MECP2基因、PTPN11基因存在杂合错义变异,分别为第4号外显子c.398G>A,p.Arg133 His及第3号外显子c.188A>G,p.Tyr63Cys。Sanger测序结果显示,MECP2基因变异遗传自母亲,导致Rett综合征;PTPN11基因变异遗传自父亲,导致努南综合征（Noonan syndrome, NS）。这2个错义变异均为致病性变异,与先证者及其父母的临床表型相一致。结论：本研究通过高通量测序发现1例发育迟缓患儿存在2个不同基因的致病性变异,导致同患2种不同的遗传性综合征,提示遗传性疾病患者中可能同时存在2种或以上的疾病表型,需加以重视。     

1例罕见Melnick-Needles综合征患者基因变异分析

摘要:目的研究 1例Melnick-Needles综合征家系的致病基因并为该家系提供遗传咨询依据。方法采集先证者即 1例不明原因骨骼发育异常、身材矮小的青年女性患者及其父母外周血标本,提取基因组DNA,采用家系全外显子组测序(Trio-WES)筛查先证者致病基因及突变位点，并通过Sanger测序进行验证。结果先证者位于 X染色体上的FLNA基因有一杂合变异位点:NM_ 001 110556.2: c.3562G>A(p.A1188T),父母均为野生型。根据ACMG指南,提示FLNA基因的c.3562G>A突变为1个致病突变位点,与X连锁显性遗传疾病Melnick-Needles综合征相关。国内未见该致病位点报道。结论确诊1 例罕见Melnick-Needles综合征,致病FLNA突变c.3562G>A在国内为首次报道,为患者及家属遺传咨询提供了依据。     

TMPRSS3基因的VUS变异在1个耳聋家系中的致病性分析

摘要:目的针对一对耳聋夫妇和其 胎儿进行家系全外显子组检测,为该家系遗传咨询提供参考和依据。方法收集该家系的临床资料,采集孕妇和其配偶的外周血和孕妇羊水,并提取基因组DNA,应用家系全外显子组测序技术进行产前遗传学检测,发现疑似致病位点进行Sanger测序验证;通过Minigene技术针对可能导致异常选择性剪切突变位点进行分析。结果孕妇携带跨膜丝氨酸蛋白酶3基因( transmembrane serine protease 3 , TMPRSS3)的复合杂合疑似致病突变,孕妇配偶携带GJB2基 因c.235delC的纯合致病突变。胎儿携带TMPRSS3基因复合杂合突变,分别来源于父亲的意义未明的c.323-8T>C杂合突变以及来源于母亲的c.325 C>T杂合突变;采用Minigene技术检测发现c.323-8T>C杂合突变未导致明显的剪切改变。结论 TMPRSS3基因的复合杂合突变可能是导致孕妇耳聋的原因,GJB2基因纯合突变是导致孕妇配偶耳聋的原因,胎儿携带的TMPRSS3基因复合杂合突变不会导致耳聋,夫妇再生聋儿的几率很小。     

一个戈谢病Ⅱ型中国家系GBA基因突变分析及文献复习

目的 鉴定一个戈谢病Ⅱ型中国家系中GBA基因的致病性突变。方法 收集1例戈谢病Ⅱ型10个月女性患儿的临床及家系资料,提取该先证者及其父母外周血DNA,采用PCR扩增GBA基因的11个外显子及剪接位点序列,对PCR产物进行直接测序;对先证者及其父亲的包含第6外显子变异位点的基因序列进行克隆测序。以 “Gaucher disease”“GBA” 和“mutation”为检索词对dbSNP、ClinVar、HGMD和PubMed等数据库进行检索,收集并分析检索到的携带GBA c.680_681delATinsGG突变的病例资料。结合该家系先证者的临床资料以及美国医学遗传学与基因组学学会和分子病理学协会（ACMG/AMP）的指南进行罕见突变的致病性鉴定。结果 该家系先证者GBA基因有2个复合杂合性突变：遗传自父亲的第6外显子的c.680_681delATinsGG（p.N227R）突变和遗传自母亲的第10外显子的c.1448T > C（p.L483P）突变。克隆测序验证了先证者及其父亲的c.680_681位点有2种单体型：突变的GG和正常的AT。c.680_681delATinsGG为罕见突变,尚未有研究对该突变进行致病性鉴定。随访显示先证者有运动、智力进行性减退以及惊厥发作和喂养困难,于出生后16个月因喂养时呛咳、窒息死亡。目前在数据库仅检索到2例患者携带该突变,其中1例患病资料缺乏,另外1例为中国戈谢病Ⅱ型患儿。根据ACMG/AMP的指南,该变异分类为“致病性的”。结论 GBA基因的c.680_681delATinsGG和c.1448T > C复合杂合性突变导致该家系的先证者患病,c.680_681delATinsGG为致病性突变,c.680_681delATinsGG/c.1448T > C基因型与戈谢病Ⅱ型相关。     

1个导致 Ｂ１ 型短指的 ＲＯＲ２ 基因新突变的鉴定

目的 对湖北省一个B1型短指(趾)家系进行基因突变分析。方法 采集家系成员的外周血并提取基因组DNA,对先证者进行全外显子组测序，根据ACMG指南判定位点的致病性，发现疑似致病位点后对家系患者和未受累亲属的该突变位点进行Sanger测序验证。结果 家系中所有患者临床表型符合BDB1的特征，c.2239C>T(p.R747X)这一杂合致病突变在家系中与BDB1共分离。这一突变产生了部分结构域缺失的ROR2截短蛋白，检索人类基因突变数据库(HGMD)、EXAC等多个数据库均未收录，是此前未发现的新的ROR2基因变异位点。进一步对R747及其上下游序列进行保守性分析，发现其在多个物种中高度保守。结论 首次报道B1型短指(趾)ROR2基因c.2239C>T突变，丰富了ROR2基因突变谱，结合我们报道的另一个ROR2终止突变，提示ROR2基因的终止突变可能是湖北省BDB1疾病的主要致病基因突变。     

COL4A5基因c.3667G>C (p.G1223R)突变致X连锁Alport综合征家系的分子生物学实验诊断研究

目的　探讨外显子捕获高通量测序技术对X连锁Alport综合征（X-linked Alport syndrome, XLAS）的分子生物学实验诊断作用。方法　应用外显子捕获高通量测序技术对家系先证者进行基因检测,然后对检测到的变异进行生物信息学分析及家系验证,并综合分析患者临床特征和患者肾脏病理资料。结果　此家系先证者（III-1）和舅舅（II-3）携带COL4A5 c.3667G>C (p.G1223R)基因突变,先证者母亲（II-2）为此基因突变的杂合子。生物信息学分析结果显示此突变是致病的且在家系中呈共分离。结论　此研究明确了XLAS家系的致病机理并发现一新突变COL4A5 c.3667G>C (p.G1223R),扩大了非典型AS患者COL4A5基因突变谱,对患者的诊疗选择和临床管理具有重要意义。     

广西玉林特殊教育学校耳聋相关基因突变分析

目的 分析广西玉林地区耳聋患者相关致病基因突变,初步了解玉林地区耳聋患者发病的分子机制.方法 对玉林地区2个特殊教育学校191例耳聋患者进行分子病因信息采集,对6岁以上患者行纯音测听和声导抗进行听力评估;小于6岁的患儿行40Hz相关电位、畸变产物耳声发射(distortion product otoacoustic emission,DPOAE)和听性脑干反应(auditory brainstem response,ABR)进行听力评估.采集外周血4mL并提取基因组DNA,用耳聋基因微阵列芯片技术对4个致聋基因的9个突变位点(GJB2基因:c.35delG、c.235delC、c.176de116、c.299delAT;GJB3基因:c.538C＞T;SLC26A4基因:c.919-2A＞G、c.2168A＞G;线粒体DNA 12SrRNA基因:m.1494C＞T、m.1555A＞G)进行基因突变分析.结果 在28例耳聋患者中检出GJB2、SLC26A4和线粒体DNA 12SrRNA基因突变,总检出率为14.66％(28/191),其中GJB2基因c.235delC纯合突变3例,c.176_191de116和c.235delC复合杂合突变1例,c.235delC杂合突变2例,c.299_300delAT杂合突变合并SLC26A4基因c.919-2A＞G杂合突变1例;SLC26A4基因c.919-2A＞G纯合突变4例,c.919-2A＞G杂合突变13例,c.919-2A＞G和c.2168A＞G复合杂合突变2例;线粒体DNA 12SrRNA基因m.1555A＞G均质突变2例. 结论 广西玉林地区耳聋患者热点突变基因以SLC26A4基因最为常见.玉林地区耳聋患者的相关基因检出阳性率、GJB2基因、SLC26A4基因及线粒体DNA 12SrRNA基因的携带率均低于全国平均水平.     

苯丙氨酸羟化酶缺乏症家系PAH基因新发突变分析

目的 对一个苯丙氨酸羟化酶缺乏症(phenylalanine hydroxylase deficiency,PAHD)家系苯丙氨酸羟化酶(phenylalanine hydroxylase,PAH)基因进行突变位点检测和分析,探讨此家系发病原因。方法 采用二代测序技术(next generation sequencing,NGS)和多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)对先证者及其父母的静脉血进行PAH基因组测序和外显子缺失、重复分析。结果 先证者找到1个错义突变和1个剪接缺失,分别为:第6外显子c.630T>G和第2外显子c.61-1G>A,这两个变异在人类基因突变数据库(Human Gene Mutation Database,HGMD)中未见报道,根据美国医学遗传学与基因组学学会(America College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)指南判定为临床意义未明和疑似致病性变异;信息软件REVEL预测结果为有害和未知。采用MLPA对先证者进行外显子缺失、重复分析显示PAH基因外显子拷贝数未发现异常。结论 PAH基因6号外显子c.630T>G和2号外显子c.61-1G>A可能是该PAHD家系的致病突变。     

广西壮族自治区南宁市新生儿GJB2 致聋基因的携带研究

目的 探讨南宁市新生儿GJB2致聋基因携带状况和突变位点与耳聋相关性。方法 收集2016～2018年期间在南宁市新生儿疾病筛查中心进行听力筛查未通过的1 007例新生儿血液,制成干血斑纸片,提取DNA,采用测序法进行GJB2全基因测序。统计新生儿GJB2基因突变的携带率,并结合新生儿听力损失确诊情况分析致聋基因突变特点。结果 1 007例新生儿中GJB2致聋基因突变携带率为55.21%(556/1 007),检测出GJB2基因突变位点16个,其中GJB2 c.109 G>A 突变携带率较高,占20.36%,其次是c.79 G>A 占10.03%,c.608 T>C 占7.65%,c.217 C>A 占7.15%,c.341 A>G 占6.85%,其它位点(包括c.11 G>A,c.-23+1 G>A, c.235del C, c.299 del AT,c.-121 G>A,c.464 A>G,c.147 C>G, c.676 G>T,c.316 T>G,c.-23-35 G>T 和c.368 C>A)突变携带率<0.1%。556例GJB2致聋基因突变者中有31例确诊为不同程度耳聋,4个致聋突变位点包括GJB2 c.109 G>A(26例),c.11 G>A(2例),c.235del C(2例)和c.299 del AT(1例),分别占耳聋患者比率是83.87%,6.45%,6.45%和3.23%。81例检出6个新突变位点c.-23-35 G>T,c.-121 G>A,c.464 A>G, c.217 C>A,c.147 C>G和 c.676 G>T及4例检出1个未明确致病性位点c.-23+1 G>A,另外有250例检出5个常见多态性突变位点。GJB2 c.109 G>A携带率与北京、台湾和上海比较差异有统计学意义(χ²=133.364,11.724,32.449,均P<0.05)。结论 南宁市新生儿GJB2致聋基因携带率较高,筛查出4个致聋突变位点,6个新突变位点及1个未明确致病位点,明确了致聋突变位点以c.109 G>A纯合子突变为主,基因突变特点有明显的地域性差异。     

一个携带线粒体tRNAHis12192G>A突变的耳聋家系研究

目的从临床、遗传和分子特征等方面对1个携带tRNAHis12192GA突变的非综合征型耳聋(NSHL)家系进行研究,探讨线粒体tRNAHis12192GA突变在NSHL中的作用。方法扩增572例NSHL患者和521例健康者GJB2、GJB3、GJB6基因编码区,以及线粒体12SrRNA和tRNA基因,对携带tRNAHis12192GA突变的1个家系进行GJB2、GJB3、GJB6、线粒体基因相关分析。结果在572例NSHL患者中发现1例线粒体tRNAHis12192GA突变携带者。该患者及其家族成员具有典型母系遗传特征,未检出GJB2、GJB3、GJB6基因致病突变。在患者家系成员中,母系成员13人,其中7人存在不同程度的听力损失。结论 tRNAHis12192GA突变可能是该NSHL家系成员罹患耳聋的主要分子基础。家系成员发病程度、发病年龄等表型存在一定的差异,可能与环境因素以核基因背景等有关。     

COL6A1基因嵌合突变的Bethlem肌病一例并文献复习

目的 报道1例由COL6A1基因嵌合突变所致的Bethlem肌病,并分析该突变的致病性。 方法 应用全外显子基因组测序法（trio-WES）对1例Bethlem肌病患儿及其父母进行基因测序,对检出突变进行生物信息学预测,并以“Bethlem肌病”“COL6A1”（包括中英文）为检索词在PubMed、CNKI、中华医学期刊全文数据库（MedBook）检索相关病例,在千人基因组数据库、ExAC数据库及ClinVar数据库检索患儿的基因突变。 结果 经trio-WES检测发现,患儿COL6A1基因第8外显子存在1个c.868G > A （p.G290R）错义突变（突变频率为48.13%）,该突变同时在其父亲外周血中检出,但突变频率仅7.89%,考虑为嵌合突变（突变频率<10%）,属于新发突变（PS2）;该突变导致的蛋白水平改变发生在甘氨酸位置,属于COL6A1基因热点区域突变（PM1）;同时该突变在正常人群突变频率数据库中均不存在（PM2）。经多种有害突变预测软件预测结果均提示c.868G > A （p.G290R）为有害突变（PP2+PP3）,根据美国医学遗传学与基因组学学会指南判定该新发错义突变为致病性突变（PS2+PM1+PM2+PP2+PP3）。在数据库检索到6例COL6A1基因突变所致Bethlem肌病先证者,无存在嵌合突变者。 结论 COL6A1基因c.868G >A （p.G290R）为该患儿罹患Bethlem肌病的致病原因,该突变未曾被报道,这在一定程度上扩充了COL6A1基因的变异谱。     

中国东北地区非综合征性耳聋患者GJB2基因的致聋突变分析

目的分析58例中国东北地区非综合征性耳聋（nonsyndromic hearing impairment，NSm）患儿GJB2基因突变类型和频率。方法收集吉林省吉林市聋哑学校的58例非综合征性耳聋患儿（分别来自57个家庭）及37例听力正常家属的血样，经聚合酶链反应（Dolymerase chain reaction，PCR）扩增GJB2基因编码区。用酶切方法初步分析已知的233—235位点，进一步行DNA测序证实酶切结果并发现新的突变类型；同时对部分家属进行DNA测序，区分并证实致病突变位点或多态性改变。结果58例患儿中发现11例（18．97％）为233—235delC突变，其中7例（12．07％）为233—235delC纯合突变，4例（6．90％）为233—235delC杂合突变；发现1例35delG杂合突变；4例235delC杂合突变及1例35delG杂合突变者均伴有299—300delAT杂合突变。在患儿及听力正常的家属中均发现有G79A杂合及A341G杂合复合变异、G79A纯合及A341G纯合复合变异。结论东北地区NSHI患儿的GJB2突变热点为233—235delC，突变率为18．97％。233—235delC杂合及299—300delAT杂合复合突变、35delG杂合及299—300delAT杂合复合突变为致病突变。G79A杂合及A341G杂合复合变异、G79A纯合及A341G纯合复合变异为多态性改变。     

沈阳地区非综合征性耳聋患者的基因芯片检测结果分析

目的：探讨基因芯片技术在耳聋基因筛查的临床应用价值,了解沈阳地区非综合征性耳聋患者致病基因的分子特征。方法采集沈阳地区门诊或病房散发的非综合征性耳聋患者100例的外周血并提取DNA ,应用晶芯遗传性耳聋基因芯片试剂盒检测GJB2、GJB3、SLC26A4和线粒体12SrRNA 4个常见耳聋基因中的9个突变位点。结果在100例患者中,36例耳聋患者检出遗传性耳聋基因突变,检出阳性率为36．0％（36/100）;其中GJB2、SLC26A4、线粒体12S rRNA 和 GJB3基因突变的阳性检出率分别为20．0％（20/100）、14．0％（14/100）、2．0％（2/100）和0．0％（0/100）。检出致聋基因突变型19例,占被检出阳性总数的52．8％（19/36）,杂合基因突变型17例,占被检出阳性总数的47．2％（17/36）。结论中国人常见的4个致聋基因突变在沈阳地区人群中除GJB3外都有一定的检出率。