5''HOXD基因与单纯性马蹄内翻足的相关性分析

目的检测HOXD10、HOXD12、HOXD13基因内4个已知单核苷酸多态（single nueleotide polymorphisins,SNP）rs2593778、rs847154、rs847151、rs13392701在单纯性马蹄内翻足核心家系中的分布情况，分析各个SNP位点及所构成单倍型与单纯性马蹄内翻足的相关性。方法应用限制性片段长度多态性技术结合测序，分析84个单纯性马蹄内翻足核心家系4个SNP位点基因型；应用ETDT软件统计分析各SNP位点基因型与单纯性马蹄内翻足的相关性；应用TRANSMIT软件构建单倍型并统计分析单倍型频率是否存在差异。结果位于HOXD12基因5’侧翼序列的SNP位点rs847154和位于HOXD13第1外显子的SNP位点rs13392701在单纯性马蹄内翻核心家系中存在传递不平衡（P〈0．05）；位于HOXD12基因第1外显子的SNP位点rs847151未检测到多态；位于HOXD10第1外显子的SNP位点rs2593778经ETDT分析无统计学意义。结论HOXD12基因5’侧翼序列的SNP位点rs847154和位于HOXD13第1外显子的SNP位点rs13392701与单纯性先天性马蹄内翻足有明显的相关性，提示HOXD12、HOXD13可能是单纯性马蹄内翻足重要的易感基因。     

GLI3基因与单纯性马蹄内翻足的关联分析及其突变筛查

目的对GLU基因与单纯性马蹄内翻足进行关联分析和突变筛查，探讨GLU基因与单纯性马蹄内翻足的相关性。方法应用限制性片段长度多态性分析技术，分析84个单纯性马蹄内翻足核心家系中GLI3基因内两个单核苷酸多态（single nucleotide polymorphisms, SNP）位点的基因型，并应用ETDT软伯统计分析各SNP位点基因型与单纯性马蹄内翻足的关联；应用变性梯度凝胶电泳技术对103例单纯性马蹄内翻足患者GLI3基因的第9至12外显子进行突变筛查。结果经ETDT分析，位于GLI3基因第4外显子的cSNP rs846266差异无统计学意义（χ^2=3．3582，P〉0．05）；第14外显子的cSNP rs929387差异有统计学意义（χ^2=7．2466，P〈0．05），在单纯性马蹄内翻足核心家系中存在传递不平衡；发现1例患者及其母亲的第9外显子有108（G→A）的同义点突变。结论GLI3基因与单纯性马蹄内翻足相关，其第9至12外显子可能并非该病的突变热点。     

单纯性先天性心脏病易感区域12q13内HOXC簇基因单核苷酸多态单倍型分析

目的 在人类单纯性先天性心脏病（congenital heart disease，CHD）易感区12q13内，选取HOXC4、HOXC5、HOXC6基因内4个已知单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism，SNP）G7471T、C16476T、A17860G、A36130G，检测其在单纯性CHD患者和正常人群中的分布情况，分析各个SNP位点及所构成单倍型与单纯性CDH的相关性。方法 应用限制性片段长度多态性和变性高效液相色谱法结合测序，分析108例单纯性先天性心脏病患者及200名正常人4个SNP位点基因型；应用列联表法统计分析患者组和对照组各SNP位点基因型及等位基因频率；应用PHASE软件构建单倍型并统计分析患者组及对照组单倍型频率是否存在差异。结果 C16476T未检测到多态；位于HOXC5基因3’侧翼序列的SNP位点A17860G等位基因频率及基因型频率在患者组和对照组中的分布差异有统计学意义，患者组G等位基因频率明显高于对照组（P〈0．05）；单倍型分析可见4种单倍型在患者组和对照中的分布频率有统计学意义（P〈0．01）；G7471／G17860／G36130和G7471／G17860／A36130为人群中常见单倍型，与对照组相比，患者组中G7471／G17860／G36130、G7471／G17860／A36130两种单倍型频率较高。结论 HOXC5基因3’侧翼序列的SNP位点A17860G与单纯性CHD有明显的相关性，具有G等位基因的人发生CHD的危险性相对增高；3个SNP位点所构成的单倍型有一定意义，可能与单纯性CHD易感基因相连锁。     

HOXD13调控SOX9基因可能参与先天足部软组织畸形的发生

目的　研究HOXD13与SOX9基因在单纯性马蹄内翻足（idiopathic congenital talipes equinovarus,ICTEV）足部软组织畸形发生中的分子机制。 方法　软件预测SOX9基因5′上游3个HOXD13结合位点,构建SOX9基因上游不同长度片段以及结合位点野生和突变序列载体,并测定其荧光素酶活性。在体内用ChIP验证HOXD13与SOX9基因启动子区3位点结合作用。干扰HOXD13基因表达,qRT-PCR检测HOXD13和SOX9表达水平的改变。 结果　荧光素酶检测发现在SOX9基因5′上游-1158至-770 bp（位点1）和-512至-368 bp之间（位点3）为负调控区;-770至-512 bp之间（位点2）是正调控区。ChIP检测显示HOXD13蛋白可与SOX9基因位点3结合。干扰HOXD13表达,SOX9基因mRNA表达上调。 结论　HOXD13结合SOX9基因5′上游负调控区可上调SOX9基因表达。干扰HOXD13会上调SOX9基因表达,高表达SOX9基因可能与足踝部软组织的挛缩发生相关。     

HOXD13调控SOX9基因可能参与先天足部软组织畸形的发生

目的　研究HOXD13与SOX9基因在单纯性马蹄内翻足（idiopathic congenital talipes equinovarus,ICTEV）足部软组织畸形发生中的分子机制。 方法　软件预测SOX9基因5′上游3个HOXD13结合位点,构建SOX9基因上游不同长度片段以及结合位点野生和突变序列载体,并测定其荧光素酶活性。在体内用ChIP验证HOXD13与SOX9基因启动子区3位点结合作用。干扰HOXD13基因表达,qRT-PCR检测HOXD13和SOX9表达水平的改变。 结果　荧光素酶检测发现在SOX9基因5′上游-1158至-770 bp（位点1）和-512至-368 bp之间（位点3）为负调控区;-770至-512 bp之间（位点2）是正调控区。ChIP检测显示HOXD13蛋白可与SOX9基因位点3结合。干扰HOXD13表达,SOX9基因mRNA表达上调。 结论　HOXD13结合SOX9基因5′上游负调控区可上调SOX9基因表达。干扰HOXD13会上调SOX9基因表达,高表达SOX9基因可能与足踝部软组织的挛缩发生相关。     

CASP9基因在非小细胞肺癌中的表达及其多态性研究

目的探讨caspase9(CASP9)基因在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达及其单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点在非小细胞肺癌患者和正常人中的分布情况。方法应用逆转录-PCR方法检测了81例NSCLC患者及对应癌旁正常组织中CASP9的表达情况;应用限制性片段长度多态性技术结合测序法,分析81例NSCLC患者及100名正常人CASP9基因2个SNP位点基因型;应用列联表法统计分析患者组和对照组各SNP位点基因型及等位基因频率。结果44.4%(36/81)的NSCLC组织CASP9基因表达明显下调,与癌旁正常组织相比差异有统计学意义(P<0.05)。位于CASP9基因第1外显子的SNP位点rs1052571的基因型频率和等位基因频率在两组人群中的分布差异无统计学意义;位于CASP9基因第5外显子的SNP位点rs1052576的基因型频率和等位基因频率在两组人群中的分布差异有统计学意义;患者组G等位基因频率明显高于对照组(P<0.05);AG基因型频率在有淋巴结转移的患者中明显高于无淋巴结转移的患者(P<0.05)。结论CASP9基因在NSCLC中低表达,rs1052576多态位点G等位基因和肺癌的发生相关。AG基因型和淋巴结转移有关。     

染色体9p21-22区域两个新的SNPs位点在湖南汉族人群中的多态分布

目的 在人类染色体9p21—22区域克隆的两个候选抑瘤基因NGX6和UBAPl以及该区域另一个已知抑瘤基因CDKN2A中筛查未知的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms，SNPs)。方法 用96名正常人外周血白细胞基因组DNA在3个基因的外显子及基因上下游调控区中逐段PCR扩增、大规模涵序。结果 在UBAP1基因第6外显子及CDKN2A基因第4外显子中各发现一个新的SNP位点，dbSNP登录号为rs3135929和rs3088440，其多态信息含量分别为0．102和0．213。两个SNPs之间不存在连锁不平衡，单倍型分析表明两个SNPs联用，其多态信息含量可达到0．302。结论多 个SNP联用，其多态信息含量明显提高，可克服SNPs信息量不足的弱点；两个SNPs均位于基因的3'非翻译区，对基因表达调控是否有影响值得进一步研究。     

浙江地区汉族人群caspase-3基因三个位点的单倍型研究

目的分析汉族人群caspase-3基因的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)位点及其构成的单倍型,为研究caspase-3基因对凋亡调节机制的个体差异提供线索。方法用变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-3基因的调控区、第2～7外显子及部分侧翼序列的多态性位点;分析位点间的连锁不平衡关系,估算它们构成的单倍型。结果共检出3个SNP位点(C829A、A17532C、C20541T),分别位于caspase-3基因的5′端调控区、第4内含子和3′调控区;3个位点间存在强连锁不平衡,其中位点A17532C与C20541T呈完全连锁不平衡;54.3%的C-829/A-17532/C-20541是汉族人群的主要单倍型。结论浙江地区汉族人群caspase-3基因上的3个SNP位点间存在强连锁不平衡,它们构成的主要单倍型不同于北美人群。     

CASP3基因单核苷酸多态性与中国儿童川崎病的相关性研究

目的 分析半胱氨酸蛋白酶3基因(caspase-3,CASP3)多态性与中国儿童川崎病(Kawasakidisease,KD)临床表型的潜在相关性,以寻找中国儿童KD发生发展的高风险分子标记.方法 采用病例对照研究,实验组包括238例KD患儿,对照组包含年龄与性别组成匹配的364名非KD儿童.同时应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性与DNA测序技术,对研究对象的CASP3基因包括功能性单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphism,SNP)rs113420705在内的3个多态位点进行基因分型,分别比较KD组与对照组、继发与不继发冠状动脉损伤(coronary artery lesions,CALs)以及静脉注射免疫球蛋白(intravenous immunoglobulin,IVIG)治疗敏感与抗性情况下这些SNP位点等位基因与基因型频率.结果 KD组中rs113420705的T等位基因频率与该等位基因携带者频率均显著高于对照组.在3种常见的单倍型中,2种包含SNP rs113420705风险等位基因的单倍型更常见于KD患者组.3个SNP位点的等位基因、基因型与次等位基因携带者频率在继发与不继发CALs患者组,以及IVIG治疗敏感与不敏感患者组之间差异均无统计学意义.结论 CASP3基因rs113420705与中国人群川崎病的发生存在显著的相关性,提示该SNP的风险等位基因有希望成为判断中国儿童川崎病易患性的分子遗传标记.CASP3基因风险单倍型的证实为该基因在KD发生中的作用提供了新的证据.     

浙江地区汉族人群caspase-8、-10基因四个单核苷酸多态性位点的单倍型研究

目的分析汉族人群caspase-8、-10基因的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisins，SNPs）位点及其构成的单倍型，为研究caspase-8、-10基因与多基因复杂疾病的关联分析奠定基础。方法采用PCR、变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-10基因的第2．5外显子，caspase-8基因的第8-10外显子及其部分侧翼序列的多态性位点；分析配对位点的连锁不平衡关系，最大期望值法估算它们构成的单倍型。结果（1）caspase-10基因的第2、5外显子分别检出一个SNP位点A2823G和A12799G，其中A12799G是新发现的低信息度的SNP；caspase-8基因中检测到3个SNP位点A43466G、G51484A、G52951A，分别位于第8、9外显子和第9内含子；它们均未改变所编码蛋白的一级结构；（2）caspase-10基因中A2823G位点与caspase-8基因中3个位点间已达到连锁平衡，caspase-8基因中A43466G与G52951A、G51484A与G52951A也达到连锁平衡，连锁不平衡系数分别接近于0；只有A43466G与G51484A存在强的连锁不平衡，连锁不平衡系数接近于1；（3）caspase-10基因的A2823G位点与caspase-8基因的3个位点预计产生11种单倍型，其中A-2823／A-43466／G-51484／G-52951是主要单倍型，频率为0．381l，其次是A．2823／A-43466／G-51484／A-52951，频率为0．2536；这4个SNP位点联用，多态信息含量可达到0．7106。结论浙江地区汉族人群caspase-10、-8基因中的SNP位点至少处于3个不同的单倍型块；联合多个相邻的位点构成单倍型，可以弥补单个SNP信息度较低的不足。     

抑郁症与cAMP反应元件结合蛋白基因的关联研究

目的 探讨cAMP反应元件结合蛋白(cyclic adenosine monophosphate response elementbinding protein,CREB1)基因与抑郁症的关联关系.方法 采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法检测105个抑郁症核心家系CREB1基因上单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)rs10932201和rs6740584的等位基因与基因型分布情况.进行单位点及单倍型的传递/不平衡检验(transmission disequilibrium test,TDT).结果 CREB1基因上SNP位点rs10932201和rs6740584与抑郁症均无显著性关联,TDT χ2 值分别为2.700(P=0.1004)和0.458(P=0.4986),差异均无统计学意义.单倍型TDT分析结果显示由rs10932201和rs6740584构成的单倍型与抑郁症存在显著性关联,差异有统计学意义(总χ2=23.458,df=3,P=0.00003241).单个单倍型A-C和A-T与抑郁症也均有显著性关联,差异有统计学意义(χ2 值分别为5.405和13.623,P值分别为0.020和0.00022).结论 CREB1基因上SNP位点rs10932201和rs6740584与抑郁症均无显著性关联,但由这2个SNP位点构成的单倍型与抑郁症存在显著性关联,提示CREB1基因rs10932201-rs6740584单倍型可能在抑郁症的遗传学发病机制中具有重要作用.     

SLC22A12基因第8外显子和第8内含子多态与中国汉族人原发性高尿酸血症关联研究

目的 研究原发性高尿酸血症患者SLC22AI2基因第8内含子和第8外显子单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与原发性高尿酸血症遗传易感性的关系.方法 选择山东沿海地区原发性高尿酸血症患者215例,正常对照人群323名.提取基因组DNA,PCR扩增SLC22A12基因第8内含子和第8外显子,对PCR扩增产物进行测序.结果 序列分析发现:(1)SLC22AI2基因第8外显子存在T1309C单核苷酸多态,第8内含子存在-103A＞G单核苷酸多态,这2个多态位点完全连锁.(2)高尿酸血症组-103A＞G G等位基因频率和T1309C C等位基因频率明显高于正常对照组(均为51.9%vs.42.4%,P＜0.01);(3)高尿酸血症组GG+GA基因型频率和CC+CT基因型频率显著高于正常对照组(均为80.0%vs.69.0%,P＜0.01).(4)-103 A＞G和T1309C基因多态中,含有等位基因G的基因型GG+GA及含有等位基因C的基因型CC+CT均使高尿酸血症的发病危险性上升了1.79倍(OR=1.79,95%CI:1.19～2.70).结论 SLC22A12基因第8外显子T130gC及第8内含子-103A＞G SNP与原发性高尿酸血症密切相关.     

高度近视人群METTL4基因的单核苷酸多态分析

目的:分析位于18p11.31的METTL4基因的单核苷酸多态(SNPs),探讨它们与高度近视发病的关系。方法:收集正常对照人群71例及高度近视患者177例,其中常染色体显性遗传家系先证者(AD组)59例、常染色体隐性遗传家系先证者(AR组)46例、无明显家系的散发患者(SF组)52例。制备外周血基因组DNA,PCR扩增METTL4基因的外显子序列,应用异源双链-单链构象多态性(HA-SSCP)方法分析PCR产物,对存在差异条带的PCR产物进行测序分析。结果:在METTL4基因的编码区发现2个SNPs位点:SNP7438A→C位于第2外显子,Glu 230 Asp,在GenBank未见报道;SNP131C→A位于第4外显子,Gln310Lys。正常人与高度近视各组SNP7438A→C的基因型分布无明显差异;AR高度近视组、SF高度近视组的SNP131C→A基因型分布与对照人群无显著差异,而AD高度近视与对照组差异显著(P<0.05)。结论: SNP7438A→C与高度近视的发病无关。SNP131C→A与AD高度近视发病的关系需要进一步研究。     

GNB3、ADD1和ADRB2基因多态性可能与高原肺水肿发病无关

目 的 探讨G蛋白β3亚基（GNB3）、α-内收蛋白（ADD1）及β2肾上腺素受体（ADRB2）基因多态位点与高原肺水肿的易感相关性。方 法 用PCR-RFLP和AS-PCR法检测148例高原肺水肿患者和158例正常对照者的GNB3基因rs5443、ADD1基因rs4961和ADRB2基因rs1042713位点，进行基因关联研究。结 果 （1）高原肺水肿患者GNB3基因rs5443、ADD1基因rs4961和ADRB2基因rs1042713位点的3种基因型频率分布与对照组间无差异；（2）对rs5443、rs4961和rs1042713位点进行单倍型分析，8种单倍型组合（最小基因频率>1%）在两组间的频率分布无差异。（3）联合基因型分析亦未发现有意义的基因型组合。结 论 GNB3基因rs5443、ADD1基因rs4961和ADRB2基因rs1042713位点可能不参与中国汉族高原肺水肿的发病。     

中国北方人群NBN基因外显子SNPs分布及其与乳腺癌的关系

目的探讨NBN基因与中国北方人群乳腺癌的相关性。方法对188例正常人及205例乳腺癌患者NBN基因的16个外显子进行直接测序。结果在中国北方人群乳腺癌样本中未发现NBN基因突变。对基因频率大于5%的NBN基因SNPs进行分析,发现rs709816(D399D,AG)的AG基因型较AA基因型发生乳腺癌的风险增加2.34倍,有显著的统计学差异,提示该SNP与乳腺癌的发生相关。结论 NBN基因第10外显子内SNP rs709816(AG)可能与中国北方人群乳腺癌发生相关。     

一个并指(趾)多指(趾)家系的 HOXD13基因突变研究

目的 研究一个中国人并指(趾)多指(趾)(synpolydactyly，SPD)家系的临床特征，检测患者中是否存在同源盒D13基因(homeobox D13，HOXD13）突变。方法 现场调查获取临床资料和19个家系成员的外周血液标本；PCR扩增HOXD13基因突变热点序列进行突变检测；并扩增全编码区用于检测是否存在其他位点的突变；采用2％琼脂糖凝胶电泳初步分析PCR产物，5％聚丙烯酰胺凝胶电泳分离突变片段，纯化后将所有产物直接测序进行基因检测。结果 患者HOXD13基因第1外显子额外插入了编码8个丙氨酸残基的序列，可认为是正常基因中编码第5～12丙氨酸残基序列的异常重复。结论 证实该家族畸形可由HOXD13基因的多聚丙氨酸链扩展突变引起。     

云南汉族人群IL-4基因5’和3’非编码区域多态性与HCV慢性感染无相关性

目的探讨IL-4基因5’和3’非编码区域单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNP)与HCV慢性感染的相关性。方法选取云南地区汉族人群HCV慢性感染患者380例,健康体检人群439例。采用Taq Man探针基因分型方法对IL-4基因5’和3’非编码区域6个SNP位点SNP-1138A/G(rs2243247)、-1098G/T(rs2243248)、-589C/T(rs2243250)、-33C/T(rs2070874)、2979C/A(rs2227284)、3’端C/T(rs2243292)进行基因分型,并构建单倍型,评估上述6个SNP位点及单倍型与HCV慢性感染的相关性。结果 IL-4基因SNP-1138A/G(rs2243247),3’端C/T(rs2243292)在病例组和对照组中无多态性;SNP位点-1098G/T(rs2243248)、-589C/T(rs2243250)、-33C/T(rs2070874)、2979C/A(rs2227284)的基因型频率和等位基因频率在病例组和对照组中差异无统计学意义(P0.05);单倍型分析结果显示:SNP位点-1098G/T(rs2243248)、-589C/T(rs2243250)、-33C/T(rs2070874)、2979C/A(rs2227284)构建的单倍型频率在病例组和对照组中差异无统计学意义(P0.05)。结论在云南汉族群体中,IL-4基因5’和3’非编码区域SNP位点-1138A/G(rs2243247)、-1098G/T(rs2243248)、-589C/T(rs2243250)、-33C/T(rs2070874)、2979C/A(rs2227284)、3’端C/T(rs2243292)与HCV慢性感染没有相关性。     

IgE高亲和力受体MS4A2基因单核苷酸多态性与哮喘气虚体质患儿相关性研究

目的探讨IgE高亲和力受体MS4A2基因外显子及其侧翼区碱基序列单核苷酸多态性与哮喘气虚体质患儿相关性。方法选取58例气虚体质哮喘患儿作为哮喘组,50例健康体检儿童作为实验对照组。提取哮喘组和对照组外周血基因组DNA样本,应用PCR技术扩增MS4A2基因外显子及其侧翼区序列。扩增产物直接测序,确定碱基类型。结果通过测序结果分析,发现三个内含子多态（rsl441586,rs2847663,rs512555）,一个外显子多态（rs569108）。rs569108位点AG基因型频率高于正常对照组（X2=7.938,P=0.0189）。结论rs569108位点AG型多态可能是导致气虚体质患儿哮喘的易感因素。     

GLI3基因在单纯性马蹄内翻足发病机制中的作用

目的 探讨GLI3基因与单纯性马蹄内翻足(idiopathic congenital talipes equinovarus,ICTEV)的相关性.方法 应用变性梯度凝胶电泳技术检测GLI3基因编码区的突变.用逆转录-PCR方法研究GLI3基因在1CTEV患者下肢的表达情况.构建ICTEV大鼠模型,应用实时定量PCR、免疫组织化学染色和蛋白质免疫印迹(Western blotting)方法研究Gli3基因在ICTEV模型鼠下肢肌肉组织中的表达.结果 在84例ICTEV患者外周静脉血中未发现GLI3基因第1～8外显子以及第13外显子存在突变.在ICTEV患者及正常人下肢拇长屈肌中均未检测到GLI3基因的表达.不论在mRNA水平还是在蛋白质水平,Gli3基因在ICTEV模型胎鼠下肢组织中的表达均明显高于正常对照胎鼠.结论 GLI3基因的编码区突变可能不是ICTEV发病的主要原因,但GLI3基因的表达异常与马蹄内翻足的发病可能有关.     

一个眼牙指发育不良家系的基因突变分析

目的 旨在报道一个罕见的中国汉族眼牙指发育不良家系,并对该家系进行基因突变分析.方法 采用PCR及测序方法检测该家系先证者GJA1基因编码区及其侧翼序列的突变,然后在家系成员中验证,并通过Weblogo软件对可疑变异位点进行保守性分析;同时利用PCR、电泳及测序分析方法,检测HOXD13基因突变,排除患者由HOXD13基因突变致病的可能.结果 该家系内患者均携带GJA1基因的杂合突变c.605 C>T,正常个体均无此突变;该突变导致Cx43蛋白第202位氨基酸由精氨酸变成组氨酸(p.R202H);HOXD13基因未见异常.结论GJA1基因c.605 C>T(p.R202H)突变是该中国汉族眼牙指发育不良家系的致病突变,该突变为中国人群中首次报道.